Spelling suggestions: "subject:"[een] MODULARITY"" "subject:"[enn] MODULARITY""
111 |
Génération modulaire de grammaires formelles / Modular generation of formal grammarsPetitjean, Simon 11 December 2014 (has links)
Les travaux présentés dans cette thèse visent à faciliter le développement de ressources pour le traitement automatique des langues. Les ressources de ce type prennent des formes très diverses, en raison de l’existence de différents niveaux d’étude de la langue (syntaxe, morphologie, sémantique,. . . ) et de différents formalismes proposés pour la description des langues à chacun de ces niveaux. Les formalismes faisant intervenir différents types de structures, un unique langage de description n’est pas suffisant : il est nécessaire pour chaque formalisme de créer un langage dédié (ou DSL), et d’implémenter un nouvel outil utilisant ce langage, ce qui est une tâche longue et complexe. Pour cette raison, nous proposons dans cette thèse une méthode pour assembler modulairement, et adapter, des cadres de développement spécifiques à des tâches de génération de ressources langagières. Les cadres de développement créés sont construits autour des concepts fondamentaux de l’approche XMG (eXtensible MetaGrammar), à savoir disposer d’un langage de description permettant la définition modulaire d’abstractions sur des structures linguistiques, ainsi que leur combinaison non-déterministe (c’est à dire au moyen des opérateurs logiques de conjonction et disjonction). La méthode se base sur l’assemblage d’un langage de description à partir de briques réutilisables, et d’après un fichier unique de spécification. L’intégralité de la chaîne de traitement pour le DSL ainsi défini est assemblée automatiquement d’après cette même spécification. Nous avons dans un premier temps validé cette approche en recréant l’outil XMG à partir de briques élémentaires. Des collaborations avec des linguistes nous ont également amené à assembler des compilateurs permettant la description de la morphologie de l’Ikota (langue bantoue) et de la sémantique (au moyen de la théorie des frames). / The work presented in this thesis aim at facilitating the development of resources for natural language processing. Resources of this type take different forms, because of the existence of several levels of linguistic description (syntax, morphology, semantics, . . . ) and of several formalisms proposed for the description of natural languages at each one of these levels. The formalisms featuring different types of structures, a unique description language is not enough: it is necessary to create a domain specific language (or DSL) for every formalism, and to implement a new tool which uses this language, which is a long a complex task. For this reason, we propose in this thesis a method to assemble in a modular way development frameworks specific to tasks of linguistic resource generation. The frameworks assembled thanks to our method are based on the fundamental concepts of the XMG (eXtensible MetaGrammar) approach, allowing the generation of tree based grammars. The method is based on the assembling of a description language from reusable bricks, and according to a unique specification file. The totality of the processing chain for the DSL is automatically assembled thanks to the same specification. In a first time, we validated this approach by recreating the XMG tool from elementary bricks. Some collaborations with linguists also brought us to assemble compilers allowing the description of morphology and semantics.
|
112 |
Extension paramétrée de compilateur certifié pour la programmation parallèle / Parameterised extension of certified compiler for parallel programmingDailler, Sylvain 17 December 2015 (has links)
Les applications informatiques sont de plus en plus présentes dans nos vies. Pour les applications critiques (médecine, transport, . . .), les conséquences d’une erreur informatique ont un coût inacceptable, que ce soit sur le plan humain ou financier. Une des méthodes pour éviter la présence d’erreurs dans les programmes est la vérification déductive. Celle-ci s’applique à des programmes écrits dans des langages de haut-niveau transformés, par des compilateurs, en programmes écrits en langage machine. Les compilateurs doivent être corrects pour ne pas propager d’erreurs au langage machine. Depuis 2005, les processeurs multi-coeurs se sont répandus dans l’ensemble des systèmes informatiques. Ces architectures nécessitent des compilateurs et des preuves de correction adaptées. Notre contribution est l’extension modulaire d’un compilateur vérifié pour un langage parallèle ciblant des architectures parallèles multi-coeurs. Les spécifications des langages (et leurs sémantiques opérationnelles) présents aux divers niveaux du compilateur ainsi que les preuves de la correction du compilateur sont paramétrées par des modules spécifiant des éléments de parallélisme tels qu’un modèle mémoire faible et des notions de synchronisation et d’ordonnancement entre processus légers. Ce travail ouvre la voie à la conception d’un compilateur certifié pour des langages parallèles de haut-niveau tels que les langages à squelettes algorithmiques. / Nowadays, we are using an increasing number of computer applications. Errors in critical applications (medicine, transport, . . .) may carry serious health or financial issues. Avoiding errors in programs is a challenge and may be achieved by deductive verification. Deductive verification applies to program written in a high-level languages, which are transformed into machine language by compilers. These compilers must be correct to ensure the nonpropagation of errors to machine code. Since 2005, multicore processors have spread in all electronic devices. So, these architectures need adapted compilers and proofs of correctness. Our work is the modular extension of a verified compiler for parallel languages targeting multicore architectures. Specifications of these languages (and their operational semantics) needed at all levels of the compiler and proofs of correctness of this compiler are parameterized by modules specifying elements of parallelism such as a relaxed memory model and notions of synchronization and scheduling between threads. This work is the first step in the conception of a certified compiler for high-level parallel languages such as algorithmic skeletons.
|
113 |
Integração entre arquitetura modular e Seis Sigma no processo de desenvolvimento de produtos : proposta na indústria de eletrodomésticos / Integration of Modularity and Six Sigma into product development processes: a proposal in the eletrodomestics’ industryHabigzang, Moisés January 2011 (has links)
A sustentação econômica de empresas de eletrodomésticos está relacionada com a capacidade de desenvolver produtos inovadores, com qualidade elevada e custo competitivo em relação à concorrência. Adicionam-se a estes requisitos, a agilidade na entrega para os clientes, dispostos a despender mais recursos para possuir um produto inovador. O estudo e aprimoramento do Processo de Desenvolvimento de Produtos (PDP) têm sido explorado a fim de garantir agilidade e cumprimento das premissas definidas no escopo de cada projeto. Neste trabalho apresenta-se uma proposta de integração entre os métodos de Arquitetura Modular e Seis Sigma, objetivando melhores resultados financeiros e de qualidade, através da aplicação conjunta. A partir de uma revisão da literatura e estudos dos processos de Arquitetura Modular, Seis Sigma e PDP de uma empresa de eletrodomésticos, o autor propõe uma integração entre os métodos, aplicados à um modelo de PDP conhecido, de Ulrich e Eppinger (2000), e também propõe indicadores para medir os resultados obtidos com esta integração. Para ajustes da proposta, ela é aplicada no desenvolvimento de um aparelho de ar condicionado, através de um estudo de caso na empresa de eletrodomésticos. Os resultados indicaram que a proposta de integração é viável, sendo que as etapas da Arquitetura Modular devem coincidir com as fases de planejamento e desenvolvimento do conceito do produto e, o Seis Sigma é uma ferramenta que contribui para a otimização do produto após a conceitualização. A decisão de investimento no projeto Seis Sigma durante o desenvolvimento do produto deve ser justificada através de uma ferramenta de estudo dos riscos e impacto de falha, como o FMEA, por exemplo. O resultado indicou que o uso isolado da Arquitetura Modular pode não gerar ganhos tão significativos se comparada à aplicação desta em integração com o Seis Sigma, o qual possibilita otimização nos módulos. Ganhos de qualidade, referentes à integração entre Arquitetura Modular e Seis Sigma, possibilitaram a comunalização de peças, aliadas a melhoria de qualidade, garantindo melhores resultados sem aumentar o risco de epidemias de falhas. Por fim, a proposta de integração sofreu alguns ajustes e sugere-se a aplicação em projetos futuros, com o intuito de aumentar o horizonte de aplicação, e por conseqüência, tornar os indicadores mais robustos. / Support economic development companies of household appliances is related to the ability to develop innovative products with high quality and competitive cost-competitive. Add to these requirements, fast delivery to customers willing to spend more resources to have an innovative product. The study and improvement of Product Development Process (PDP) have been extensively exploited in order to ensure compliance and agility of the premises defined in the scope of each project. This paper presents a proposal to integrate the methods of Six Sigma and Modular Architecture, aimed at improved financial results and quality through the joint application. From a literature review and study the processes of Modular Architecture, Six Sigma and PDP of an appliance company, the author proposes an integration between the methods applied to a known PDP model, Ulrich and Eppinger (2000), and also proposes indicators to measure the results obtained with this integration. For the proposed adjustments, it is applied in the development of an air conditioner, through a case study in the company of home appliances. The results indicated that the proposed integration is viable and that the stages of Modular Architecture should coincide with the phases of planning and development of the product concept, and Six Sigma is a tool that contributes to the optimization of the product after the conceptualization of same. The decision to invest in Six Sigma project during product development must be justified by a tool to study the risks and impact of failure, such as FMEA, for example. The result indicated that the isolated use of Modular Architecture can not generate significant gains as compared to the application of this integration with Six Sigma, which allows the optimization modules. Quality gains, related to the integration between Arquiterua Modular and Six Sigma, allowed communalisation of parts, coupled with improvements in quality, ensuring better results without increasing the risk of epidemics of failures. Finally, the proposed integration suffered some adjustments and it is suggested to use in future projects, in order to increase the horizon of application, and consequently, become more robust indicators.
|
114 |
O design de sistemas modulares : customização em massa de produtos de moda / The design of modular systems : mass customization of fashion productsKörbes, Rafael January 2015 (has links)
Uma das vantagens da customização em massa está na possibilidade de atender aos desejos individuais de um maior número de consumidores. Em um mercado saturado de produtos massificados, com consumidores que desejam expressar sua individualidade por meio de sua aparência, a customização de produtos de moda pode significar um diferencial competitivo. A adoção de sistemas modulares no design de produtos de moda é um fator crucial para a implementação da customização em massa. O estudo aqui apresentado aborda aspectos do design de moda, customização em massa e design de sistemas modulares. Esta pesquisa foi desenvolvida com o intuito de investigar de que forma o uso de sistemas modulares aparecem no contexto atual da customização em massa de alguns produtos de moda brasileiros. Por meio de revisão bibliográfica e estudo de caso de seis empresas brasileiras que já oferecem produtos de moda customizados pelos próprios clientes, visa-se compreender como se dá o processo de design de moda em empresas customizadoras, para contribuir com a disseminação do pensamento projetual focado no design de sistemas modulares de produtos de moda. / One of the advantages of mass customization is the possibility of meeting the individual desires of a larger number of consumers. In a market saturated with mass products, with consumers wishing to express their individuality through their appearance, customization of fashion products can mean a competitive advantage. The adoption of modular systems in the design of fashion products is a crucial factor for the implementation of mass customization. The study presented here addresses aspects of fashion design, mass customization and modular system design. This research was developed in order to investigate how the use of modular systems appear in the current context of mass customization of some Brazilian fashion products. Through literature review and case study of six Brazilian companies that already offer fashion products customized by the customers themselves, the aim is to understand how is the process of fashion design in customizer companies, in order to contribute to the dissemination of the a design thinking focused on modular systems for fashion products.
|
115 |
Integração entre arquitetura modular e Seis Sigma no processo de desenvolvimento de produtos : proposta na indústria de eletrodomésticos / Integration of Modularity and Six Sigma into product development processes: a proposal in the eletrodomestics’ industryHabigzang, Moisés January 2011 (has links)
A sustentação econômica de empresas de eletrodomésticos está relacionada com a capacidade de desenvolver produtos inovadores, com qualidade elevada e custo competitivo em relação à concorrência. Adicionam-se a estes requisitos, a agilidade na entrega para os clientes, dispostos a despender mais recursos para possuir um produto inovador. O estudo e aprimoramento do Processo de Desenvolvimento de Produtos (PDP) têm sido explorado a fim de garantir agilidade e cumprimento das premissas definidas no escopo de cada projeto. Neste trabalho apresenta-se uma proposta de integração entre os métodos de Arquitetura Modular e Seis Sigma, objetivando melhores resultados financeiros e de qualidade, através da aplicação conjunta. A partir de uma revisão da literatura e estudos dos processos de Arquitetura Modular, Seis Sigma e PDP de uma empresa de eletrodomésticos, o autor propõe uma integração entre os métodos, aplicados à um modelo de PDP conhecido, de Ulrich e Eppinger (2000), e também propõe indicadores para medir os resultados obtidos com esta integração. Para ajustes da proposta, ela é aplicada no desenvolvimento de um aparelho de ar condicionado, através de um estudo de caso na empresa de eletrodomésticos. Os resultados indicaram que a proposta de integração é viável, sendo que as etapas da Arquitetura Modular devem coincidir com as fases de planejamento e desenvolvimento do conceito do produto e, o Seis Sigma é uma ferramenta que contribui para a otimização do produto após a conceitualização. A decisão de investimento no projeto Seis Sigma durante o desenvolvimento do produto deve ser justificada através de uma ferramenta de estudo dos riscos e impacto de falha, como o FMEA, por exemplo. O resultado indicou que o uso isolado da Arquitetura Modular pode não gerar ganhos tão significativos se comparada à aplicação desta em integração com o Seis Sigma, o qual possibilita otimização nos módulos. Ganhos de qualidade, referentes à integração entre Arquitetura Modular e Seis Sigma, possibilitaram a comunalização de peças, aliadas a melhoria de qualidade, garantindo melhores resultados sem aumentar o risco de epidemias de falhas. Por fim, a proposta de integração sofreu alguns ajustes e sugere-se a aplicação em projetos futuros, com o intuito de aumentar o horizonte de aplicação, e por conseqüência, tornar os indicadores mais robustos. / Support economic development companies of household appliances is related to the ability to develop innovative products with high quality and competitive cost-competitive. Add to these requirements, fast delivery to customers willing to spend more resources to have an innovative product. The study and improvement of Product Development Process (PDP) have been extensively exploited in order to ensure compliance and agility of the premises defined in the scope of each project. This paper presents a proposal to integrate the methods of Six Sigma and Modular Architecture, aimed at improved financial results and quality through the joint application. From a literature review and study the processes of Modular Architecture, Six Sigma and PDP of an appliance company, the author proposes an integration between the methods applied to a known PDP model, Ulrich and Eppinger (2000), and also proposes indicators to measure the results obtained with this integration. For the proposed adjustments, it is applied in the development of an air conditioner, through a case study in the company of home appliances. The results indicated that the proposed integration is viable and that the stages of Modular Architecture should coincide with the phases of planning and development of the product concept, and Six Sigma is a tool that contributes to the optimization of the product after the conceptualization of same. The decision to invest in Six Sigma project during product development must be justified by a tool to study the risks and impact of failure, such as FMEA, for example. The result indicated that the isolated use of Modular Architecture can not generate significant gains as compared to the application of this integration with Six Sigma, which allows the optimization modules. Quality gains, related to the integration between Arquiterua Modular and Six Sigma, allowed communalisation of parts, coupled with improvements in quality, ensuring better results without increasing the risk of epidemics of failures. Finally, the proposed integration suffered some adjustments and it is suggested to use in future projects, in order to increase the horizon of application, and consequently, become more robust indicators.
|
116 |
Modularidade e intercambialidade : uma proposta de produção audiovisual em ambientes digitaisKawakami, Renato Mitsuo Inatomi 14 March 2014 (has links)
Submitted by Jordan (jordanbiblio@gmail.com) on 2017-08-01T12:43:38Z
No. of bitstreams: 1
DISS_2014_Renato Mitsuo Inatomi Kawakami.pdf: 969702 bytes, checksum: 8c7feb949ea5e4345add266c4dbd6a0d (MD5) / Approved for entry into archive by Jordan (jordanbiblio@gmail.com) on 2017-08-01T12:52:18Z (GMT) No. of bitstreams: 1
DISS_2014_Renato Mitsuo Inatomi Kawakami.pdf: 969702 bytes, checksum: 8c7feb949ea5e4345add266c4dbd6a0d (MD5) / Made available in DSpace on 2017-08-01T12:52:18Z (GMT). No. of bitstreams: 1
DISS_2014_Renato Mitsuo Inatomi Kawakami.pdf: 969702 bytes, checksum: 8c7feb949ea5e4345add266c4dbd6a0d (MD5)
Previous issue date: 2014-03-14 / CAPES / Este trabalho tem como objetivo apresentar uma proposta diferenciada para produção de
produtos audiovisuais partindo da identificação e adequação de algumas etapas
presentes no processo produtivo. A pesquisa discorre sobre diferentes tipos de
narrativas e sujeitos, passando para a lógica de produção e consumo informacional.
Como metodologia é utilizado o método hipotético-dedutivo de enfoque exploratório, e
como instrumento principal a revisão bibliográfica. A partir da abordagem de temas
como criação e recepção, o trabalho desenvolve subtemas como produção e da interação
com o espectador, noção de mercado e meios de produção, as particularidades do
cinema. Também trata da questão da convergência tecnológica e das mídias. Como
resultado essa dissertação propõe um modelo capaz de abranger a capacidade produtiva
e a recepção dos espectadores, alterada pelos novos hábitos e dinâmica de consumo
audiovisual. / This research proposes an alternative way to produce and compose audiovisual material
fitted to digital environment. It starts from the identification and adjusts in the process
as regularly done and goes forward analyzing narratives, subjects, production and
consuming of information. The methodology used is based on hypothetical-deductive
model for an exploratory research, and its instrument bibliographic review. The themes
reception and creation divides the following subthemes: production of content,
interaction, market, production methods and cinema. There are also information on
technological convergence of equipment and information. As results it is suggested
guidelines to creation of audiovisual material suited to users new characteristics on
digital environment.
|
117 |
Customização em massa aplicada ao setor de serviçosVieira, João Francisco da Fontoura January 2014 (has links)
Atualmente, a customização apresenta-se como um importante diferencial competitivo para as empresas. No entanto, ao consumir bens customizados, o cliente está, em geral, sujeito ao pagamento de altos preços e à espera de longos tempos de entrega. Portanto, quanto mais as empresas desenvolverem soluções customizadas com altos níveis de eficiência, maior será a tendência de conquista do cliente. Nesse cenário, a customização em massa (CM), que está relacionada à produção de altos volumes de produtos e serviços customizados a um custo semelhante ao de itens padronizados, surge como solução. Verifica-se, porém, que, apesar da importância do setor de serviços no contexto atual, existe pouco conhecimento sobre a utilização da CM neste ramo de atividade. Dado isso, o objetivo desta dissertação é aplicar conceitos da CM, já difundidos na manufatura, no setor de serviços. Para atingir o objetivo, foram desenvolvidos três artigos. No primeiro artigo, foi realizada uma revisão da literatura a fim de identificar linhas de pesquisa já existentes sobre o tema e oportunidades possíveis de serem exploradas. No segundo artigo, foi proposta uma classificação para a customização de serviços, apresentando diversos tipos de customização possíveis de serem realizados nesse setor. No terceiro artigo, foi desenvolvido um dos tipos de customização apresentado no artigo anterior (mais especificamente, o tipo “Modularização e Plataforma de Serviços”) através da adaptação de um método de modularização, já utilizado para modularizar produtos, para o setor de serviços. Como conclusão geral, confirmou-se a expectativa de que a CM em serviços está em um nível baixo de maturidade, pois existem poucos estudos desenvolvidos sobre o tema. Além disso, verificou-se que as poucas soluções propostas pela literatura raramente são viáveis de serem utilizadas pelas empresas. Por fim, acredita-se que os habilitadores da CM em serviços devem considerar as características específicas desse setor, visto que, atualmente, os estudos introduzem no setor de serviços o que já foi desenvolvido para produtos, sem, no entanto, considerar as diferentes características desses dois setores. / Customization has been viewed as an important competitive advantage by companies. However, when consuming customized goods, customers are likely to pay higher prices and wait longer for the items purchased. Therefore, the more the companies develop customized solutions with high levels of efficiency, the greater the tendency to hold customers. In such context Mass Customization (MC), defined as the production of high volumes of customized products and services at mass production costs, arises as a solution. It is verified, however, that, despite the importance of the service industry, there is insufficient knowledge about the use of MC in such application context. The objective of this thesis is to apply MC concepts, already used in the manufacturing sector, in the service industry. We achieve that through the papers that compound this document. In the first paper, we present a literature review on MC in services and point to promising research opportunities. In the second paper, we propose a classification for service customization, presenting many types of customization feasible to be carried out in that sector. In the third paper we developed one of the customization types proposed in the second paper (namely, "Modularization and Platform of Services") by adapting a modularization method already used in manufacturing to the service sector. In general, we concluded that MC in the service industry is indeed at a low maturity level. Furthermore, it was found that the solutions proposed by authors are rarely applicable in practice. Finally, it is believed that MC enablers in the service industry should consider its specific characteristics instead of using solutions developed for products, without considering the specifics of the service industry.
|
118 |
O design de sistemas modulares : customização em massa de produtos de moda / The design of modular systems : mass customization of fashion productsKörbes, Rafael January 2015 (has links)
Uma das vantagens da customização em massa está na possibilidade de atender aos desejos individuais de um maior número de consumidores. Em um mercado saturado de produtos massificados, com consumidores que desejam expressar sua individualidade por meio de sua aparência, a customização de produtos de moda pode significar um diferencial competitivo. A adoção de sistemas modulares no design de produtos de moda é um fator crucial para a implementação da customização em massa. O estudo aqui apresentado aborda aspectos do design de moda, customização em massa e design de sistemas modulares. Esta pesquisa foi desenvolvida com o intuito de investigar de que forma o uso de sistemas modulares aparecem no contexto atual da customização em massa de alguns produtos de moda brasileiros. Por meio de revisão bibliográfica e estudo de caso de seis empresas brasileiras que já oferecem produtos de moda customizados pelos próprios clientes, visa-se compreender como se dá o processo de design de moda em empresas customizadoras, para contribuir com a disseminação do pensamento projetual focado no design de sistemas modulares de produtos de moda. / One of the advantages of mass customization is the possibility of meeting the individual desires of a larger number of consumers. In a market saturated with mass products, with consumers wishing to express their individuality through their appearance, customization of fashion products can mean a competitive advantage. The adoption of modular systems in the design of fashion products is a crucial factor for the implementation of mass customization. The study presented here addresses aspects of fashion design, mass customization and modular system design. This research was developed in order to investigate how the use of modular systems appear in the current context of mass customization of some Brazilian fashion products. Through literature review and case study of six Brazilian companies that already offer fashion products customized by the customers themselves, the aim is to understand how is the process of fashion design in customizer companies, in order to contribute to the dissemination of the a design thinking focused on modular systems for fashion products.
|
119 |
Identificação de domínios em proteínas com redes complexas / Protein domain identification with complex networks.Luiz Carlos Büttner Mostaço-Guidolin 20 January 2011 (has links)
A utilização de redes complexas para a descriçãoi de diversos sistemas naturais e artificias,compreendidos nas mais diversas áreas do conhecimento humano, tem se mostrado uma abordagem poderosa para a redução da complexidade inerente a tais sistemas. Em muitos casos, tal complexidade resulta do número de componentes envolvidos e de suas intrincadas relações. Uma forma de reduzir a complexidade associada a tais sistemas, consiste em identificar e agrupar componentes que possuam características similares. Sendo assim, desenvolvemos nesta tese métodos de identificação de comunidades em redes complexas. Tais métodos se baseiam na ideia de que comunidades surgem quando grupos de vértices possuem um número mais elevado de conexões entre os vértices do mesmo grupo do que com vértices externos à este grupo. Além disso, utilizamos a função modularidade como função objetivo e como forma de avaliação e comparação dos resultados obtidos nesta tese com resultados previamente reportados na literatura. Uma vez estabelecido um método de identificação de comunidades, utilizamos a abordagem de redes complexas para a determinação de domínios estruturais de proteínas. Para tal, criamos redes de contato entre os aminoácidos de uma proteí?na buscando representar apenas as ligações relevantes do ponto de vista topológico. Por meio destas representações, aplicamos os métodos de identificação de comunidades desenvolvidos nesta tese, no intuito de identificar domínios estruturais de cadeias proteicas. Por fim, desenvolvemos um método específico para a identificação de domínios em proteínas com dois domínios sequencias, concluindo desta forma, os objetivos propostos nesta tese. / The use of complex networks for the representation of various natural and artificial sys- tems in the most diverse fields of human knowledge, has proven to be a powerful approach for the reduction of the complexity in the study of such systems. In many cases, this complexity emerges from the number of components of the system and from the intricate relationship between them. A reduction in this complexity is made possible by the iden- tification and grouping of the components of the system with similar characteristics. In this way, we developed in this thesis, methods for community identification in complex networks. Such methods are based on the notion that communities arise when groups of vertices are more densely connected with vertices of their same group, than with ver- tices belonging to other groups in the network. Moreover, the modularity function has been used as an objective function, and as a score for the evaluation and comparison of the results obtained in this thesis with the results reported in the literature of complex networks. Upon the establishment of a method for community detection, we used the framework of complex networks to the determination of structural protein domains. The- refore, we have created contact networks of amino acids of protein chains, focusing on the representation of only the most relevant interactions between them, from a topological point of view. We have applied to these networks the methods for community identi- fication developed in this thesis, aiming to identify the structural domains of proteins. Finally, we have developed a specific method for the identification of protein domains in protein chains with two sequential domains, concluding in this way, the objectives proposed in this thesis.
|
120 |
Integração morfológica craniana em morcegos da família Phyllostomidae / Morphological integration on phyllostomid bat skulls (Chiroptera: Phyllostomidae)Daniela Munhoz Rossoni 13 December 2013 (has links)
No presente trabalho utilizo as abordagens de genética quantitativa e integração morfológica para compreender a evolução do crânio em morcegos da Família Phyllostomidae. Esses morcegos exibem uma diversidade de especializações alimentares que não encontra precedentes dentre os demais mamíferos, havendo atualmente formas envolvidas na insetivoria, hematofagia, nectarivoria, carnivoria, omnivoria e frugivoria. Neste trabalho comparo as matrizes de correlação e covariância fenotípicas que quantificam a associação entre caracteres que descrevem o crânio entre espécies de filostomídeos, com o objetivo de investigar se há similaridade estrutural entre elas. Além disso, exploro possíveis fatores que podem afetar a sua estabilidade, como a história evolutiva (filogenia), dieta e as associações funcionais e de desenvolvimento entre os caracteres cranianos. Por fim, investigo a presença de módulos nos crânios dos filostomídeos e avalio as consequências evolutivas dos padrões e das magnitudes de integração na evolução desse grupo. A base de dados compreende 35 medidas cranianas de 2665 indivíduos, abrangendo todas a subfamílias, e representando ao todo 48 espécies e 45 gêneros. Os resultados indicam que após um período de diversificação evolutiva de aproximadamente 33.9 milhões de anos, a estrutura fenótipica de variância/covariância se manteve até certo ponto similar entre as espécies de morcegos filostomídeos. Enquanto os padrões estruturais das matrizes de correlação e covariação permaneceram relativamente similares, a magnitude geral de integração se mostrou evolutivamente mais plástica entre as espécies. Os caracteres cranianos que mais divergiram entre as matrizes estão relacionados às regiões do crânio que expressam grande variação morfológica qualitativa e estão diretamente relacionadas aos hábitos alimentares das espécies. A independência entre a distância filogenética e a similaridade estrutural das matrizes de variância/covariância indica que as mudanças e as manutenções dos padrões de covariância são, até certo ponto, dissociados da história evolutiva do grupo. Por outro lado, mudanças nas estruturas de correlação e covariância fenotípicas estão associadas à dieta do grupo. Embora dieta e filogenia estejam relacionadas, estes fatores diferem quanto a sua associação (e potencial causalidade) com a evolução tanto do fenótipo médio quanto da estrutura de correlação entre os caracteres do crânio. A dieta mostrou um ajuste melhor do que a filogenia para as matrizes de correlação, e para as matrizes de distância morfológica. Além disso, os resultados demonstram que os filostomídeos compartilham padrão de modularidade craniana relacionado à função e desenvolvimento, e os resultados corroboram a organização modular encontrada em outras linhagens de mamíferos. Em geral, as subregiões oral, nasal e a abóbada craniana aparecem como módulos dominantes nos crânios destes morcegos, e um olhar para aspectos funcionais e de história evolutiva ajudam a compreender os padrões de integração morfológica desse grupo tão diverso e intrigante. Nem todas as espécies de filostomídeos estudadas aqui apresentaram variação associada ao tamanho no primeiro componente principal da matriz de covariância. Mesmo não sendo tamanho, esse componente ainda assim age como uma restrição à evolução. Esse resultado é evidente nos valores de correlação altos e significativos entre os índices de magnitude geral de integração e o primeiro componente principal, e das correlações entre o primeiro CP e os índices de flexibilidade e restrição. Espécies que apresentaram alta magnitude geral de integração entre os caracteres do crânio possuem menor capacidade de evoluir na direção da seleção, sendo portanto mais restritas evolutivamente. Espécies de filostomídeos que apresentam asssociações mais baixas nos caracteres cranianos apresentam maior flexibilidade evolutiva, ou seja, maior capacidade em responder na direção em que a seleção está atuando / Here I use a quantitative genetics and morphological integration approaches to understand the evolution of bat skulls of the Phyllostomidae family. These bats display an unprecedented diversity in terms of dietary specialization that is unique in mammals, with insectivorous, hematophagous, nectarivorous, carnivorous, omnivorous and frugivorous species. In this thesis, I compare the covariance and correlation phenotypic matrices, which are a quantification of the relationship among skull traits, in order to investigate whether there is structural similarity between them. Furthermore, I explore possible factors that may affect its stability, such as evolutionary history (phylogeny), dietary habits and functional and developmental associations between cranial traits. Finally, I investigate the presence of modules in the skulls of phyllostomids and assess the evolutionary consequences of the patterns and magnitudes of morphological integration in the evolution of this group. The database comprises 35 cranial measurements of 2665 specimens, including all the subfamilies, representing 45 genera and 48 species. The results indicate that after an approximately 33.9 million years period of evolutionary diversification, the phenotypic variance/covariance structure remained, to some extent, similar among species of phyllostomid bats. While the patterns of covariance and correlation matrices remained relatively similar, the overall magnitude of integration presented considerable variation between species. The cranial traits that diverged the most between the matrices are related to the regions of the skull that display great qualitative morphological variation and are directly related to the dietary habits of the species. The independence between the phylogenetic distance and the structural similarity of variance/covariance matrices indicates that changes and stasis in covariance patterns are, to some extent, decoupled from the evolutionary history of the group. On the other hand, changes in the phenotypic correlation and covariance structure are associated with the dietary habits of the group. While diet and phylogeny are related, these factors differ regarding their association (and potential causality) with evolution, both concerning the average phenotype divergence, as well as the correlation structure between cranial traits. The diet showed a better adjustment than the phylogeny for correlation matrices, as well as for the morphological distance matrices. Furthermore, the results demonstrate that the phyllostomids share the same patterns of cranial modularity for functional and developmental hypothesis, and confirm the modular structure found in other lineages of mammals. Generally speaking, the oral, nasal and cranial vault subregions appear as dominant modules in the skulls of these bats, and focusing on functional and evolutionary history aspects help to better understand the patterns of morphological integration of this group that is so diverse and intriguing. Not all species of bats that were included in this study showed size variation in the first principal component of the covariance matrix. Even if this first principal component is not size related, this component still acts as an evolutionary constrain. This result is evident in the high and significant correlation values between the overall integration indexes and the first principal component, and regarding the correlation between the first PC and the flexibility and constraint indexes. Species with high overall magnitude of integration between the skull traits have less ability to evolve in the direction of the selection and, therefore, are more evolutionary constrained. Species of bats that exhibit lower associations of cranial traits show greater evolutionary flexibility, i.e., greater capacity to respond in the direction in which selection is acting
|
Page generated in 0.027 seconds