Spelling suggestions: "subject:"βιοϊατρική"" "subject:"ιατρικής""
1 |
Εξόρυξη πληροφορίας από βιοϊατρική βιβλιογραφία : εφαρμογή στην ανάλυση κειμένων (text mining) από πηγές στον παγκόσμιο ιστόΙωάννου, Ζαφειρία - Μαρίνα 23 January 2012 (has links)
Τα τελευταία χρόνια, υπάρχει ένα αυξανόμενο ενδιαφέρον για την αυτόματη εξόρυξη κειμένων (Text Mining) με βιοϊατρικό περιεχόμενο, λόγω της ραγδαίας αύξησης των δημοσιεύσεων που είναι αποθηκευμένες σε ηλεκτρονική μορφή σε Βάσεις Δεδομένων του Παγκόσμιου Ιστού, όπως το PubMed και το Springerlink.
Το βασικό πρόβλημα που κάνει αυτό τον στόχο περισσότερο προκλητικό και δύσκολο είναι η αδυναμία της επεξεργασίας της διαθέσιμης αυτής πληροφορίας και της εξαγωγής χρήσιμων συνδέσεων και συμπερασμάτων. Κρίνεται, επομένως, επιτακτική η ανάπτυξη νέων εργαλείων που θα διευκολύνουν την εξόρυξη γνώσης από κείμενα βιολογικού περιεχομένου.
Σκοπός της παρούσας διπλωματικής εργασίας είναι αρχικά η παρουσίαση γνωστών μεθόδων εξόρυξης δεδομένων από κείμενα αλλά και η ανάπτυξη ενός εργαλείου για την αποδοτική και αξιόπιστη ανακάλυψη γνώσεων από βιοϊατρική βιβλιογραφία που να βασίζεται σε προηγμένες τεχνικές εξόρυξης γνώσης από κείμενα.
Πιο συγκεκριμένα, η προσπάθειά μας επικεντρώνεται στην ανάπτυξη ενός αποδοτικού αλγόριθμου συσταδοποίησης και τη χρήση αποδοτικών τεχνικών που αξιολογούν τα αποτελέσματα της συσταδοποίησης, έτσι ώστε να παρέχεται βοήθεια στον χρήστη στην προσπάθεια αναζήτησης του για πληροφορία βιολογικού περιεχομένου.
Ο προτεινόμενος αλγόριθμος βασίζεται σε διαφορετικές τεχνικές συσταδοποίησης, όπως ο Ιεραρχικός Αλγόριθμος και ο Spherical K-means Αλγόριθμος και εφαρμόζει μια τελική ταξινόμηση με βάση το Impact Factor των κειμένων που ανακτήθηκαν.
Τα βασικά βήματα που περιλαμβάνει ο αλγόριθμος είναι: η προεπεξεργασία των κειμένων, η αναπαράσταση των κειμένων σε διανυσματική μορφή με χρήση του Διανυσματικού Μοντέλου (Vector Space Model), η εφαρμογή της Λανθάνουσας Σημασιολογικής Δεικτοδότησης (Latent Semantic Indexing), η Ασαφής Συσταδοποίηση (Fuzzy Clustering), ο Ιεραρχικός Αλγόριθμος (Hierarchical Algorithm), o Spherical K-means Αλγόριθμος, η επιλογή της καλύτερης συστάδας και τέλος η ταξινόμηση με βάση το Impact Factor των κειμένων που ανακτήθηκαν.
Η εφαρμογή που υλοποιούμε βασίζεται στον παραπάνω αλγόριθμο και προσφέρει δύο τρόπους αναζήτησης: 1) σε τρέχοντα ερωτήματα του χρήστη, τα οποία αποθηκεύονται στη βάση δεδομένων και επομένως λειτουργεί ως μέσο συμπιεσμένης αποθήκευσης των προηγούμενων ερωτημάτων του χρήστη, 2) αναζήτηση μέσα από μία λίστα προκαθορισμένων Topic βιολογικού περιεχομένου και επομένως παρέχει στο χρήστη μια επιπλέον βοήθεια σε ένα ευρύ φάσμα ερωτημάτων. Επιπλέον, η εφαρμογή εξάγει χρήσιμες συσχετίσεις όρων χρησιμοποιώντας τις τελικές συστάδες. / There is an increasing interest in automatic text mining in biomedical texts due to the increasing number of electronically available publications stored in databases such as PubMed and SpringerLink.
The main problem that makes this goal more challenging and difficult is the inability of processing the available information and extracting useful connections and assumptions. Therefore, there is an urgent need for new text-mining tools to facilitate the process of text mining from biomedical documents.
The goal of the present diploma thesis is to present known methods of text mining, and to develop an application that provides reliable knowledge from biomedical literature based on efficient text mining techniques.
In particular, our attempt is mainly focused on developing an efficient clustering algorithm and using techniques for evaluating the results of clustering, in order to assist the users in their biological information seeking activities.
The proposed algorithm involves different clustering techniques, such as Hierarchical Algorithm, Spherical K-means Algorithm and employs a final ranking according to Impact Factor of retrieved documents.
The basic steps of our algorithm are: preprocessing of text’s content, representation with the vector space model, applying Latent Semantic Indexing (LSI), fuzzy clustering, hierarchical clustering, spherical k-means clustering, selection of the best cluster and ranking of biomedical documents according to their impact factor.
The application that we implement is based on the above algorithm and provides two search methods: 1) search with user’s queries, which are saved in the database and thus playing the role of a compacted storage of his past search activities, 2) search through a list of pre-specified biological Topics, and thus providing the user with an extra assistance in his various queries. Moreover the whole scheme can mine useful associations between terms by exploiting the nature of the formed clusters.
|
2 |
Electrophysiologιcal study of brain hypoxia / Ηλεκτροφυσιολογική μελέτη της εγκεφαλικής υποξίαςΤσαρούχας, Νικόλαος 24 January 2011 (has links)
The current research work aims at the development of Biomedical Neuroengineering tools (Biotechnologies) for the in-depth functional study, rapid diagnosis, continuous monitoring and well-timed management of acute and chronic brain disorders, of individuals that are subjected to or suffer from any kind of systemic hypoxaemia or more localized brain hypoxia; as well as the functional assessment and continuous control of adaptability during the training of “altinauts” and generally of individuals that practice activities and function within environments of increased visual-cognitive-motor response demands (a type of brain “stress test”). For this purpose, we subject the entire visuocognitive system, from the elementary sensory to the most complex cognitive level, to an experimental test of categorical discrimination of complex visuocognitive stimuli, following ultra-rapid visual stimulation that leads to a motor response upon categorization of targets (images of animals elicit productive responses) and to its suppression upon categorization of nontargets (images of nonanimals elicit inhibitory responses). The oscillatory electro-physiological responses that are concurrently recorded at the occipital-temporal-parietal brain areas are analyzed in the time-domain (<20Hz) and in the joint time-frequency domain broadband (1-60Hz) with the Continuous Wavelet Transform that optimizes the multiresolution analysis of the high frequency (≥20Hz) γ-band oscillatory activity. This visuocognitive categorization test takes place in normoxaemic as well as hypoxaemic conditions (monitored reduction in the blood oxygen saturation from ≥97% to around 80% under conditions of hypobaric hypoxia within a hypobaric chamber), in order to assess electrophysiological markers that can detect and capture in the most sensitive and dynamic way even so transient, short-living and rather mild changes in brain function. The statistical parametric analysis of the time-frequency maps and the generalized, statistically safer, method of analysis of variance have established as the most sensitive and reliable the following markers: the major deflections of the evoked potentials, the phase-coherence factor of the oscillations across single-trials and the elicited energy of the evoked/phase-locked and the induced/total oscillatory activity. These electrophysiological markers in conjunction with psychometric tests allow for the investigation of the stages/levels of the decline as well as of the compensatory reserves in the visual-perceptive and cognitive-mental brain functions in order to determine the functional sensitivity thresholds of different brain functions to hypoxia. They open up the way for the functional characterization, the diagnosis and monitoring of brain insults or other acute and chronic pathological brain conditions. / Η παρούσα ερευνητική εργασία στοχεύει στην ανάπτυξη εργαλείων Βιοϊατρικής Νευρομηχανικής (Βιοτεχνολογίες) για την σε βάθος λειτουργική μελέτη, ταχεία διάγνωση, συνεχή παρακολούθηση και έγκαιρη αντιμετώπιση οξέων και χρόνιων εγκεφαλικών διαταραχών, ατόμων που υπόκεινται σε ή πάσχουν από οιαδήποτε μορφή συστηματικής υποξαιμίας ή πιο εντοπισμένης εγκεφαλικής υποξίας, καθώς και για την λειτουργική αξιολόγηση και το συνεχή έλεγχο της προσαρμοστικότητας κατά την εξάσκηση των «υψιβατών», και γενικότερα ατόμων που ασκούν δραστηριότητες και λειτουργούν μέσα σε περιβάλλοντα αυξημένων οπτικο-γνωστικο-κινητικών απαιτήσεων (ένα είδος «στρες τεστ» για τον εγκέφαλο). Για το σκοπό αυτό υποβάλλουμε ολόκληρο το οπτικογνωστικό σύστημα, από το στοιχειώδες αισθητηριακό έως το πιο πολύπλοκο νοητικό επίπεδο, σε μια πειραματική δοκιμασία κατηγορικής διάκρισης σύνθετων οπτικογνωστικών ερεθισμάτων, μετά από υπερταχεία οπτική διέγερση που οδηγεί στην έκλυση κινητικής απάντησης κατά την κατηγοριοποίηση στόχων (εικόνες «ζώων» εκλύουν παραγωγικές αποκρίσεις) και στην καταστολή της κατά την κατηγοριοποίηση μη-στόχων (εικόνες «μη-ζώων» εκλύουν ανασταλτικές αποκρίσεις). Οι ταλαντωτικές ηλεκτροφυσιολογικές αποκρίσεις που συγχρόνως καταγράφονται στις ινιακές-κροταφικές-βρεγματικές περιοχές του εγκεφάλου αναλύονται στο πεδίο του χρόνου (<20Hz) και στο συζευγμένο χρονοφασματικό πεδίο ευρυζωνικά (1-60Hz) με το συνεχή μετασχηματισμό του κυματίου που βελτιστοποιεί την πολυφασματική ανάλυση της υψίσυχνης (≥20Hz) γ-ταλαντωτικής δραστηριότητας. Αυτή η δοκιμασία οπτικογνωστικής κατηγοριοποίησης λαμβάνει χώρα τόσο σε νορμοξαιμικές όσο και υποξαιμικές συνθήκες (ελεγχόμενη μείωση στον κορεσμό του αίματος σε οξυγόνο από ≥97% γύρω στο 80% για 15 λεπτά κάτω από συνθήκες υποβαρικής υποξίας μέσα σε υποβαρικό θάλαμο), προκειμένου να ελέγξουμε ηλεκτροφυσιολογικούς δείκτες που μπορούν να ανιχνεύσουν και να συλλάβουν με τον πιο ευαίσθητο και δυναμικό τρόπο ακόμη και τόσο βραχύβιες και σχετικά ήπιες μεταβολές της εγκεφαλικής λειτουργίας. Η στατιστική παραμετρική ανάλυση των χρονοφασματικών χαρτών και η γενικευμένη, στατιστικά πιο ασφαλής, μέθοδος ανάλυσης των διακυμάνσεων ανέδειξαν ως πλέον ευαίσθητους και αξιόπιστους τους ακόλουθους δείκτες: τις κύριες αιχμές των προκλητών δυναμικών, τον παράγοντα φασικής συνάφειας των ταλαντώσεων μεταξύ των μοναδιαίων καταγραφών και την εκλυόμενη ενέργεια των προκλητών/φασικά-κλειδωμένων και επαγόμενων/ολικών ταλαντώσεων. Οι ηλεκτροφυσιολογικοί αυτοί δείκτες σε συνδυασμό με ψυχομετρικές δοκιμασίες επιτρέπουν τη διερεύνηση των σταδίων/επιπέδων κάμψης καθώς και των αποθεμάτων αντιρρόπησης των οπτικο-αντιληπτικών και γνωστικών-νοητικών λειτουργιών του εγκεφάλου για τον καθορισμό των λειτουργικών ουδών ευαισθησίας διάφορων εγκεφαλικών λειτουργιών στην υποξία. Ανοίγουν μάλιστα το δρόμο. για το λειτουργικό χαρακτηρισμό, τη διάγνωση και την παρακολούθηση εγκεφαλικών προσβολών ή άλλων οξέων και χρόνιων παθολογικών καταστάσεων του εγκεφάλου.
|
Page generated in 0.0315 seconds