我國國立大學預算制度，從過去公務預算時期政府「全額補助」，到目前校務基金預算制度下政府「部分負擔」，歷經極大的變革。什麼樣的壓力導致這樣的變革？變革的結果如何？本研究嘗試利用制度經濟學財產權和交易成本的分析架構，分析台灣國立大學從公務預算制度到校務基金預算制度，制度變革的過程及其成果。 首先，經由探究政府遷台之後，高等教育法規的重要沿革及教育政策的演進，建構出形塑整個高等教育發展的正式和非正式規則：從正式規則觀之，面臨外在環境的壓力，高等教育法規不斷地修正或制定；從非正式規則觀之，「經濟性的再製功能」與「意識型態方面的再製功能」，長久以來主導整個高等教育政策的演進。 對於整個外部環境脈絡有所瞭解之後，本研究進一步從「財產權」及「交易成本」的觀點切入。從財產權三要素（排他、可移轉、憲法的保證）觀之，公務預算制度下國立大學的經費特性均不符合，校務基金預算制度下則明顯較為契合，過去對於公務預算制度下經費使用的質疑，由此可得到新的詮釋觀點。從「交易成本」的角度觀之，本研究比較國立大學預算制度變革前後，國立大學運作成本（包括監督和管理成本）及制度變革成本（主要為設立成本及利益團體互動成本），發現採行校務基金預算制度之下，甚為可觀的交易成本在進行績效評估時，相當程度地被忽略了，這樣的忽視會造成在評估新制度的績效時的過度高估。 透過國立大學「財源結構」及「相關教育品質」的統計分析，證實在校務基金實施之後，國立大學的財源結構確實產生了顯著的改變，「多元、彈性、自主」的目標有所達成。然而這樣的成果付出怎樣的代價？相關的教育品質並不全然正面回應，也就是說，目標的達成很可能是以品質的犧牲為代價，本研究認為，這樣的後果相當程度是忽視交易成本所致。 本研究從制度經濟學的分析架構，檢視我國國立大學預算制度變革的過程及成果，雖然在分析中未能賦予交易成本一個「真正的數值」，藉由突顯交易成本的具體存在，彰顯在評估制度變革的成果時，交易成本扮演的重要性，以及忽視交易成本可能造成過度樂觀的後果。