O hormônio tireotrófico (TSH) é o principal regulador da síntese e da secreção dos hormônios tireoidianos (HTs), os quais exercem um mecanismo de feedback negativo na hipófise reduzindo a síntese das cadeias beta (Tshb) e alfa (Cga) por meio de ações genômicas. Em paralelo, algumas ações dos HTs são desencadeadas na presença de inibidores da transcrição gênica e em segundos a minutos, caracterizando-se assim as ações não genômicas. O objetivo deste estudo foi avaliar as possíveis ações não genômicas do T3 sobre a expressão, processamento pós-transcricional, tradução e secreção do TSH, e a participação do cálcio e magnésio neste processo. Os resultados demonstraram que o T3, via interação com a integrina aVb3, reduz o conteúdo de mRNA de Tshb mesmo na presença de bloqueador da transcrição gênica, o comprimento da cauda poli(A), a taxa de tradução deste transcrito e a secreção por vias dependentes da integrina aVb3 e PI3K. E também aumenta a concentração intracelular de magnésio mas não altera a de cálcio. Estes dados evidenciam a existência de um mecanismo adicional e não genômico pelo qual o T3 interage com a integrina aVb3 e reduz a síntese/secreção de TSH que se soma ao já conhecido efeito de feedback negativo via controle da taxa de transcrição gênica de Tshb e Cga. / The thyrotropin (TSH) is the main regulator of thyroid hormones (HTs) synthesis and secretion, which in turn, exert a negative feedback in the pituitary gland reducing the synthesis of alpha (Cga) and beta (Tshb) TSH subunits by genomic actions. In parallel, some HTs actions are triggered in the presence of inhibitors of gene transcription and in seconds to minutes, featuring the non genomic actions of HTs. The goal of this study was to evaluate the possible non genomic actions of T3 on expression, posttranscriptional regulation, translation and secretion of TSH, as well as, the participation of calcium and magnesium on this process. The results have shown that the T3, interacts with aVb3 integrin, reduces the content of Tshb mRNA even in the presence of gene transcription inhibitor, decreases the poly(A) tail length, the translation rate of this transcript and the secretion through aVb3- and PI3K-dependent mechanisms. The T3 also increases and does not alter the intracellular concentration of magnesium and calcium, respectively. These data demonstrates the existence of an additional and non genomic mechanism by which the T3 interacts with aVb3 integrin and reduces the synthesis/secretion of TSH, in parallel to the control of Tshb and Cga gene transcription.

O hormônio tireotrófico (TSH) é o principal regulador da síntese e da secreção dos hormônios tireoidianos (HTs), os quais exercem um mecanismo de feedback negativo na hipófise reduzindo a síntese das cadeias <font face=\"Symbol\">&#946 e <font face=\"Symbol\">&#945 (CGA - Glycoprotein hormones Alpha Chain) por meio de mecanismos que envolvem modificações na transcrição de genes que codificam essas proteínas (ações genômicas). Na última década tem aumentado o número de evidências de que, em paralelo as ações genômicas clássicas, algumas ações dos HTs são desencadeadas na presença de inibidores da transcrição gênica e em curto espaço de tempo (segundos a minutos), caracterizando-se assim as ações não genômicas dos HTs. Este trabalho tem como foco avaliar a possibilidade de que os HTs regulem a expressão desses genes não genomicamente. Para tal avaliamos as alterações decorrentes do hipotiroidismo, seguido ou não do tratamento agudo com T3 em dose fisiológica ou saturante, sobre o grau de poliadenilação e a expressão do mRNA das subunidades alfa (CGA) e <font face=\"Symbol\">&#946TSH, bem como sua repercussão sobre a síntese e secreção de <font face=\"Symbol\">&#946TSH. Através da metodologia de PCR em Tempo Real observamos nos animais tireoidectomizados tratados com salina (Tx) um aumento de 10 e 4 vezes no conteúdo de mRNA do <font face=\"Symbol\">&#946TSH e CGA, respectivamente, e na razão <font face=\"Symbol\">&#946TSH/CGA quando comparado ao animal eutireoideo. A administração da dose saturante de T3 em 30 min não alterou o conteúdo do mRNA de <font face=\"Symbol\">&#946TSH e CGA, enquanto a dose fisiológica reduziu 52 e 34%, respectivamente, sem alterar a razão <font face=\"Symbol\">&#946TSH/CGA, comparando com o grupo Tx. Com o ensaio RACE-PAT, observou-se que o grupo Tx apresentou um aumento no comprimento da cauda poli-A do mRNA de <font face=\"Symbol\">&#946TSH, não havendo alterações semelhantes para o mRNA de CGA. A administração aguda de T3, apenas na dose saturante, provocou uma redução de 17% no comprimento da cauda poli-A do mRNA do <font face=\"Symbol\">&#946TSH nos animais hipotiroideos comparados com o grupo Tx. Nenhuma alteração foi observada no comprimento da cauda poli-A do mRNA de CGA, indicando um possível efeito específico do T3 sobre a poliadenilação da subunidade <font face=\"Symbol\">&#946. Através dos ensaios Western Blot / ECL, Imunohistoquímica e Histoquímica foi observado que as duas doses de T3 utilizadas promoveram um aumento de 30% no conteúdo protéico de TSH, uma redução na marcação de <font face=\"Symbol\">&#946TSH na periferia dos tireotrofos e aumento na polimerização de actina na hipófise dos animais hipotiroideos tratados, possivelmente por inibir a secreção deste hormônio. Como estes resultados foram observados em 30 min, e parte deles envolveu alterações em etapas pós-transcricionais da regulação da expressão de genes (poliadenilação), podemos inferir que o T3 esteja agindo por uma via não genômica regulando a síntese e secreção do TSH. / The thyroid-stimulating hormone (TSH) is the main regulator of the synthesis and secretion of thyroid hormones (TH), which exert a negative feedback mechanism in the pituitary by reducing the synthesis of <font face=\"Symbol\">&#946 and <font face=\"Symbol\">&#945 (CGA - Glycoprotein hormones alpha chain) chains through mechanisms that involve changes in the transcription of genes that encode these proteins (known as genomic action). However, in the last decade, an increasing body of evidence has shown that, in parallel with the classical genomic mechanisms, some TH actions might be elicited in a short period time (seconds to minutes), and in the presence of gene transcription inhibitors, which indicates that TH can also act nongenomically. In the present study we evaluate if TH could regulate some steps of the expression of <font face=\"Symbol\">&#946 TSH and CGA in a short period of time, which might provide evidence that they could act by non genomic mechanisms. For this, the expression and polyadenylation of alpha (CGA) and <font face=\"Symbol\">&#946 subunits of TSH mRNA, and TSH content, were evaluated by real time PCR and western blot, respectively, in thyroidectomized (hypothyroid) rats, 30 min after they were subjected or not to physiological or saturating doses of T3. It was observed that hyroidectomyzed animals treated with saline (Tx) presented an increase of 10 and 4 times in the content of <font face=\"Symbol\">&#946TSH and CGA mRNA, respectively, and in the <font face=\"Symbol\">&#946TSH / CGA ratio compared with control group. The saturating dose of T3 did not alter the <font face=\"Symbol\">&#946TSH and CGA mRNAs content, but the physiological dose reduced them at 52 and 34% respectively, without changing the <font face=\"Symbol\">&#946TSH / CGA ratio, compared with Tx group. The RACE-PAT assay showed that the Tx rats presented an increase in the mRNA <font face=\"Symbol\">&#946TSH poly-A tail length, whereas no change was observed to the mRNA of CGA. The acute and saturating dose of T3 caused a 17% reduction in the length of mRNA <font face=\"Symbol\">&#946TSH poly-A tail in hypothyroid animals compared with hypothyroid group. No changes were observed in the length of the poly-A tail of mRNA CGA, suggesting a specific effect of T3 on the <font face=\"Symbol\">&#946 subunit polyadenylation. Through the Western blot/ECL, histochemistry and immunohistochemistry methods we could observe that T3 (in both doses used) promoted a 30% increase in TSH protein content, a decrease in <font face=\"Symbol\">&#946TSH labeling near thyrotrophs plasma membrane and increased the actin polymerization in the pituitary of hypothyroid animals, possibly by inhibiting the secretion of this hormone. Considering that these results were observed in 30 min, and some of them involve changes in post-transcriptional regulation of gene expression (polyadenylation), we can infer that in parallel to its genomic action, T3 acts by non genomic pathways in the regulation of the TSH synthesis and secretion.

Este trabalho investigou a diversidade microbiana e a filogenia de arquéias e bactérias em consórcios anaeróbios metanogênicos, originados de sedimentos estuarinos enriquecidos com pentaclorofenol (PCP) e 2,6-diclorofenol (2,6-DCP). Para tanto foram construídas bibliotecas genômicas e utilizados métodos moleculares independentes de cultivo como a Eletroforese em Gel de Gradiente Desnaturante (DGGE) e o seqüenciamento de segmentos específicos do DNAr 16S microbiano. Os resultados da DGGE permitiram verificar alterações na estrutura das comunidades microbianas, as quais provavelmente ocorreram devido às adversidades ocorridas nos sistemas durante o período de incubação como a entrada de oxigênio nos frascos e o acúmulo de compostos clorados no meio de cultivo, principalmente o 2,6-DCP. A estimativa da diversidade beta, realizada pela comparação dos padrões de bandas da DGGE, também permitiu inferir que as alterações nas composições das comunidades de arquéias e bactérias foram devidas às duas estratégias empregadas para o enriquecimento da microbiota autóctone do estuário estudado, ou seja, a pasteurização/não pasteurização das amostras de sedimentos estuarinos. Os resultados das análises filogenéticas revelaram que as seqüências analisadas dos clones bacterianos foram relacionadas ao grupo das bactérias Gram-positivas com baixo conteúdo de G+C pertencentes à Ordem Clostridiales (100%) do Filo Firmicutes e as das arquéias relacionadas ao grupo das metanogênicas pertencentes às Ordens Methanobacteriales (7,1%), Methanosarcinales (14,3%), Methanomicrobiales (57,1%) e arquéias não identificadas (21,4%) do Filo Euryarchaeota. Em relação às bactérias, alguns clones foram identificados como pertencentes aos gêneros Sedimentibacter, Clostridium e Alkalibacter, os quais são representados por microrganismos que apresentam metabolismo fermentativo e requerem a presença de extrato de levedura para o crescimento. Provavelmente as bactérias analisadas neste trabalho fermentaram a glicose e o piruvato, os quais foram utilizados como doadores de elétrons, com conseqüente produção de lactato, etanol, butirato, acetato, formiato e hidrogênio/gás carbônico, que podem ter sido utilizados por outros grupos de microrganismos no processo global da digestão anaeróbia. Tais bactérias foram importantes para o processo global de degradação dos clorofenóis, pois também utilizaram como doadores de elétrons os produtos parcialmente degradados por outras bactérias fazendo com que não houvesse acúmulo desses compostos no sistema. Enquanto que algumas arquéias foram relacionadas a organismos hidrogenotróficos pertencentes aos gêneros Methanoculleus e Methanocalculus, Methanobacterium, e acetotróficos do gênero Methanosaeta, as quais utilizaram como substratos para a metanogênese os subprodutos da fermentação bacteriana, ou seja, o \'H IND.2\'/\'CO IND.2\', o formiato e o acetato, contribuindo assim para a manutenção do equilíbrio das demais reações ocorridas no sistema. Desta forma, os dados obtidos neste trabalho poderão auxiliar na compreensão do funcionamento de ecossistemas contaminados por compostos clorados, bem como contribuir para o desenvolvimento de novos processos biotecnológicos aplicados aos problemas ambientais. / This work aimed to investigate microbial diversity and phylogeny of archaea and bacteria microrganisms methanogenic in estuarine sediment samples enriched with organic sources under methanogenic and halophlic conditions. The samples were obtained from previous study on anaerobic degradation of pentachlorophenol (PCP) and 2,6-dichlorophenol (2,6-DCP). Microbial studies were done by the molecular methods without cultivation requirement, Denaturing Gradient Del Electrophoresis (DGGE) and specific segments of 16S rDNA sequencing. DGGE-profile showed structure changes in microbial community. Probably, as a consequence of \'O IND.2\' intake and accumulation of chlorinated compounds, mainly 2,6-DCP, in the culture medium. The beta diversity estimation showed that changes in arquaea and bacteria communities probably occurred as a consequence of the two enrichment strategies used for estuarine indigenous microorganisms, pasteurization and non-pasteurization of the estuarine sediments samples. Phylogenetic analysis indicated the presence of gram-positive bacterium with low G+C content related to Clostridiales Order (100%) belonging to Firmicutes Phylum, as well as related to methanogenic archaea from Methanobacteriales (7,1%), Methanosarcinales (14,3%) and Methanomicrobiales (57,1%) Order. Non-identified archaeas from Euryarchaeota Phylum were also found (21,4%). Concerning to bacterias, it was identified clones related to genera Sedimentibacter, Clostridium and Alkalibacter, which have fermentative metabolism and require yeast extract to grow. Probably, bacterial cells analised in this work fermented glucose and pyruvate producing lactate, ethanol, butirate, acetate, formiate and hydrogen/carbon dioxide. All these products could be used for other microbial groups in the global process of anaerobic digestion. The bacterial microorganisms were important to global process of chlorophenol degradation because contributed in the overall process utilizing the products partially degraded by other bacterias and preventing its accumulation in the system. Identified archaeal cells were related to hydrogenotrophs microorganisms of the genera Methanosaeta, Methanoculleus, Methanocalculus and Methanobacterium, which utilized the bacterial fermentation sub-products as acetate, \'H IND.2\'/\'CO IND.2\' and formiate as substrate for the methanogenesis, contributing for the maintenance of the balance of other reactions occurred in the system. The results of this work give advanced knowledge about understanding biotechnological process of contaminated ecosystems by chlorinated compounds. Therefore, it could contribute to development of new biotechnological processes applied to environmental problems.

Este trabalho investigou a diversidade microbiana e a filogenia de arquéias e bactérias em consórcios anaeróbios metanogênicos, originados de sedimentos estuarinos enriquecidos com pentaclorofenol (PCP) e 2,6-diclorofenol (2,6-DCP). Para tanto foram construídas bibliotecas genômicas e utilizados métodos moleculares independentes de cultivo como a Eletroforese em Gel de Gradiente Desnaturante (DGGE) e o seqüenciamento de segmentos específicos do DNAr 16S microbiano. Os resultados da DGGE permitiram verificar alterações na estrutura das comunidades microbianas, as quais provavelmente ocorreram devido às adversidades ocorridas nos sistemas durante o período de incubação como a entrada de oxigênio nos frascos e o acúmulo de compostos clorados no meio de cultivo, principalmente o 2,6-DCP. A estimativa da diversidade beta, realizada pela comparação dos padrões de bandas da DGGE, também permitiu inferir que as alterações nas composições das comunidades de arquéias e bactérias foram devidas às duas estratégias empregadas para o enriquecimento da microbiota autóctone do estuário estudado, ou seja, a pasteurização/não pasteurização das amostras de sedimentos estuarinos. Os resultados das análises filogenéticas revelaram que as seqüências analisadas dos clones bacterianos foram relacionadas ao grupo das bactérias Gram-positivas com baixo conteúdo de G+C pertencentes à Ordem Clostridiales (100%) do Filo Firmicutes e as das arquéias relacionadas ao grupo das metanogênicas pertencentes às Ordens Methanobacteriales (7,1%), Methanosarcinales (14,3%), Methanomicrobiales (57,1%) e arquéias não identificadas (21,4%) do Filo Euryarchaeota. Em relação às bactérias, alguns clones foram identificados como pertencentes aos gêneros Sedimentibacter, Clostridium e Alkalibacter, os quais são representados por microrganismos que apresentam metabolismo fermentativo e requerem a presença de extrato de levedura para o crescimento. Provavelmente as bactérias analisadas neste trabalho fermentaram a glicose e o piruvato, os quais foram utilizados como doadores de elétrons, com conseqüente produção de lactato, etanol, butirato, acetato, formiato e hidrogênio/gás carbônico, que podem ter sido utilizados por outros grupos de microrganismos no processo global da digestão anaeróbia. Tais bactérias foram importantes para o processo global de degradação dos clorofenóis, pois também utilizaram como doadores de elétrons os produtos parcialmente degradados por outras bactérias fazendo com que não houvesse acúmulo desses compostos no sistema. Enquanto que algumas arquéias foram relacionadas a organismos hidrogenotróficos pertencentes aos gêneros Methanoculleus e Methanocalculus, Methanobacterium, e acetotróficos do gênero Methanosaeta, as quais utilizaram como substratos para a metanogênese os subprodutos da fermentação bacteriana, ou seja, o \'H IND.2\'/\'CO IND.2\', o formiato e o acetato, contribuindo assim para a manutenção do equilíbrio das demais reações ocorridas no sistema. Desta forma, os dados obtidos neste trabalho poderão auxiliar na compreensão do funcionamento de ecossistemas contaminados por compostos clorados, bem como contribuir para o desenvolvimento de novos processos biotecnológicos aplicados aos problemas ambientais. / This work aimed to investigate microbial diversity and phylogeny of archaea and bacteria microrganisms methanogenic in estuarine sediment samples enriched with organic sources under methanogenic and halophlic conditions. The samples were obtained from previous study on anaerobic degradation of pentachlorophenol (PCP) and 2,6-dichlorophenol (2,6-DCP). Microbial studies were done by the molecular methods without cultivation requirement, Denaturing Gradient Del Electrophoresis (DGGE) and specific segments of 16S rDNA sequencing. DGGE-profile showed structure changes in microbial community. Probably, as a consequence of \'O IND.2\' intake and accumulation of chlorinated compounds, mainly 2,6-DCP, in the culture medium. The beta diversity estimation showed that changes in arquaea and bacteria communities probably occurred as a consequence of the two enrichment strategies used for estuarine indigenous microorganisms, pasteurization and non-pasteurization of the estuarine sediments samples. Phylogenetic analysis indicated the presence of gram-positive bacterium with low G+C content related to Clostridiales Order (100%) belonging to Firmicutes Phylum, as well as related to methanogenic archaea from Methanobacteriales (7,1%), Methanosarcinales (14,3%) and Methanomicrobiales (57,1%) Order. Non-identified archaeas from Euryarchaeota Phylum were also found (21,4%). Concerning to bacterias, it was identified clones related to genera Sedimentibacter, Clostridium and Alkalibacter, which have fermentative metabolism and require yeast extract to grow. Probably, bacterial cells analised in this work fermented glucose and pyruvate producing lactate, ethanol, butirate, acetate, formiate and hydrogen/carbon dioxide. All these products could be used for other microbial groups in the global process of anaerobic digestion. The bacterial microorganisms were important to global process of chlorophenol degradation because contributed in the overall process utilizing the products partially degraded by other bacterias and preventing its accumulation in the system. Identified archaeal cells were related to hydrogenotrophs microorganisms of the genera Methanosaeta, Methanoculleus, Methanocalculus and Methanobacterium, which utilized the bacterial fermentation sub-products as acetate, \'H IND.2\'/\'CO IND.2\' and formiate as substrate for the methanogenesis, contributing for the maintenance of the balance of other reactions occurred in the system. The results of this work give advanced knowledge about understanding biotechnological process of contaminated ecosystems by chlorinated compounds. Therefore, it could contribute to development of new biotechnological processes applied to environmental problems.

Made available in DSpace on 2014-08-20T14:37:53Z (GMT). No. of bitstreams: 1 dissertacao_tanise_fortes.pdf: 3529801 bytes, checksum: 88734c926a2abf7729f24c5ee75649d1 (MD5) Previous issue date: 2013-07-25 / Brazil has one of the largest commercial heard of the world and it is a great beef exporter. Meanwhile, for the consolidation of Brazilian exportation of meat in natura and its derivatives it is necessary that the products have food safety. Among the microorganisms used as indicators of food security, Salmonella has a special attention because it causes severe diseases to animals and humans. This study was developed with the objective to isolate Salmonella during the cattle slaughter in a state inspection slaughterhouse located in the city of Pelotas, Rio Grande do Sul. A hundred and fifty samples were collected from three different points of slaughter: leather of the animal after bleeding (P1), the carcass after evisceration (P2) and cecum contents (P3). The isolates were tested for their antimicrobial susceptibility in vitro using amoxicillin, ampicillin and ciprofloxacin. As results, two (1,33%) strains were isolated from bovines and classified as Salmonella. No strain was isolated from buffalos. The two isolates were susceptible to amoxicillin and ciprofloxacin. Besides the investigation of the presence of Salmonella in the cattle flowchart, a review about Salmonella pathogenicity islands (SPI) was performed. According to the results, we conclude that there is the risk of incorporating the bacteria at the slaughter time by the ruminants, contaminating the carcasses. The implementation and maintenance of means to control the quality in the market facilities are important to prevent or reduce the health risk to employees and consumers. / O Brasil possui um dos maiores rebanhos de ruminantes do mundo e destaca-se como um grande exportador de carne. Entretanto, para que a exportação brasileira de carne in natura e seus derivados seja consolidada é importante que o produto tenha segurança alimentar. Entre os micro-organismos usados como indicadores de segurança alimentar, Salmonella se destaca por causar muitas doenças em animais e humanos. Este estudo foi realizado com o objetivo de isolar Salmonella durante o abate de ruminantes em um frigorífico sob inspeção estadual, localizado na cidade de Pelotas, Rio Grande do Sul, que utiliza medidas para o controle de qualidade. Cento e cinquenta amostras foram coletadas de três pontos diferentes do abate: couro do animal após a sangria (P1), carcaça após a evisceração (P2) e conteúdo cecal (P3). Os isolados foram testados quanto à suscetibilidade antimicrobiana in vitro usando amoxicilina, ampicilina e ciprofloxacina. Como resultados, duas (1,33%) cepas foram isoladas de bovinos e classificadas como Salmonella. Nenhuma cepa foi isolada de búfalos. Os dois isolados apresentaram suscetibilidade à amoxicilina e à ciprofloxacina. Além da investigação da presença de Salmonella no fluxograma de ruminantes, foi realizada uma revisão sobre ilhas de patogenicidade em Salmonella (SPI). De acordo com os resultados, conclui-se que existe o risco da bactéria ser incorporada na linha de abate pelos ruminantes e, dessa forma, provocar a contaminação das carcaças. A implementação e a manutenção de medidas para o controle de qualidade nos estabelecimentos são importantes para prevenir ou reduzir o risco à saúde dos funcionários e consumidores.

Genomas bacterianos são extremamente dinâmicos e boa parte dessa dinâmica ocorre devido a transferência horizontal e aquisição de DNA exógeno, um processo natural e fundamental para a evolução, adaptação e diversificação dos microrganismos. Ilhas genômicas são grandes regiões do cromossomo bacteriano adquiridas por transferência horizontal e estão presentes em apenas algumas linhagens, podendo conferir alguma vantagem adaptativa. Em Pseudomonas aeruginosa, até o momento foram caracterizadas pelo menos dezesseis ilhas genômicas e cada uma delas confere características diferentes a seus hospedeiros. Em P. aeruginosa UCBPP-PA14 (ou simplesmente PA14), encontram-se duas ilhas de patogenicidade denominadas PAPI-1 e PAPI-2, sendo a primeira a maior e a mais estudada, contendo 115 ORFs (&#8220;Open Reading Frame&#8221;, ou quadros abertos de leitura). Dentre estes, o gene int codifica uma integrase essencial para a excisão e integração de PAPI-1, e o gene soj é necessário para a manutenção da ilha na célula e é expresso apenas quando esta se encontra na forma epissomal. PAPI-1 codifica um provável sistema de secreção tipo IV (T4SS), similar ao do elemento móvel ICEHin1056, responsável pela transferência deste para outras bactérias. O objetivo deste trabalho foi identificar fatores genéticos e ambientais que contribuem para a transferência de PAPI-1 entre linhagens de P. aeruginosa. Foi observado que os mutantes por transposon nos genes PAPI-1 PA14_59860, PA14_59880, PA14_59920 e PA14_59940 têm a frequência de transferência de PAPI-1 diminuída, mas os genes interrompidos nesses mutantes não são essenciais para a excisão da ilha. Também foi mostrado que os reguladores percepção de quorum RhlR e MvfR têm influência na expressão do gene int, mas não de soj. O terceiro regulador de percepção de quorum, LasR, assim como a proteína H-NS MvaT, não tem influência na expressão de int e de soj. Ensaios de RT-PCR quantitativos mostraram que o choque térmico aumentou os níveis do mRNA de soj, mas não de int, corroborando dados previamente sugeridos pela literatura, que mostram uma maior freqüência de transferência de PAPI-1 nessas condições. Também foi analisado se o segundo mensageiro celular em bactérias, c-di-GMP, poderia contribuir para a excisão/manutenção de PAPI-1. Alterações nas concentrações deste segundo mensageiro pela superexpressão de proteínas responsáveis por sua síntese ou degradação não foram capazes de afetar a excisão/manutenção de PAPI-1. Houve diminuição na frequência de transferência de PAPI-1 a partir de linhagens doadoras superexpressando uma diguanilato ciclase ou uma fosfodiesterase de c-di-GMP, mas provavelmente este efeito não se deve aos níveis alterados desse segundo mensageiro. Em Xanthomonas axonopodis pv. citri 306 (XAC), uma região de 86 kb possui uma grande semelhança com PAPI-1 na organização dos genes. Além disso, possui uma série de ORFs relacionados aos genes &#8220;core&#8221; que definem uma família de ilhas genômicas sintênicas das quais PAPI-1 faz parte. Entretanto, os genes acessórios encontrados entre os blocos de genes conservados varia muito entre PAPI-1 e a região de XAC. Foi determinado que esta região de XAC não pode se excisar do cromossomo nas condições analisadas. Por fim, com o intuito de verificar as possíveis interações entre os produtos dos genes conservados em PAPI-1 e XAC, ensaios de duplo-híbrido foram realizados, porém não foi possível determiná-las, visto que apenas resultados falsos positivos foram obtidos. Este trabalho mostrou pela primeira vez que a percepção de quorum está envolvida com a expressão de soj e determinou uma extensa similaridade entre essa ilha e uma região do genoma de XAC / Bacterial genomes are extremely dynamic mostly because of horizontal gene transfer, a natural and fundamental process for evolution, adaptation and diversification of microorganisms. Genomic islands are large DNA segments acquired by horizontal gene transfer which are present only in a few strains and may confer some adaptative advantage. At least sixteen genomic islands have been characterized in Pseudomonas aeruginosa to date and each confers different characteristics to its host strain. P. aeruginosa UCBPP-PA14 (PA14) harbors two pathogenicity islands named PAPI-1 and PAPI-2. PAPI-1 is the largest one, carrying 115 open reading frames (ORFs). Among these, int codes for an integrase essential for PAPI-1 excision and integration, and soj is required for maintaining PAPI-1 in the cells, being expressed only when this island is in an episomal, circular form. PAPI-1 also harbors genes coding for a type four secretion system (T4SS) similar to the mobile element ICEHin1056, which is responsible for transferring this element to other bacteria. In this work, we show that transposon insertion in PAPI-1 genes PA14_59860, PA14_59880, PA14_59920 and PA14_59940 lowered the frequency of conjugation of PAPI-1 from PA14 to other bacteria, but those genes were not essential for PAPI-1 excision. Quorum sensing regulators RhlR and MvfR had a role in int expression, but did not alter soj transcription. The third quorum sensing regulator LasR, as well as the H-NS protein MvaT, did not alter both int and soj expression. Quantitative RT-PCR assays showed that cells incubated at heat shock conditions present higher levels of soj, mRNA, confirming published data that showed an increase in PAPI-1 transfer in these conditions. It was also analyzed whether the second messenger c-di-GMP would contribute to PAPI-1 excision/maintenance. Changes in the levels of this second messenger in cells overexpressing proteins responsible for its synthesis or degradation did not affect PAPI-1 excision and maintenance. A decrease in PAPI-1 transfer frequency was detected when those cells were used as donors in conjugation, but this effect cannot be attributed to the altered c-di-GMP levels. In Xanthomonas axonopodis pv. citri 306 (XAC), an 86 kb genome region shares similarity with PAPI-1 regarding gene homology and organization. It also carries ORFs related to the core genes that define a syntenic family of genomic islands that includes PAPI-1. Nevertheless, the accessory genes dispersed among the clusters of conserved genes are not related, when comparing PAPI-1 and this region in XAC. An epissomal form of this putative XAC island could not be detected in the conditions tested in this work. Finally, in order to verify interactions involving the conserved proteins in PAPI-1 and XAC, two hybrid assays were carried out, but only false positives results were obtained

Genomas bacterianos são extremamente dinâmicos e boa parte dessa dinâmica ocorre devido a transferência horizontal e aquisição de DNA exógeno, um processo natural e fundamental para a evolução, adaptação e diversificação dos microrganismos. Ilhas genômicas são grandes regiões do cromossomo bacteriano adquiridas por transferência horizontal e estão presentes em apenas algumas linhagens, podendo conferir alguma vantagem adaptativa. Em Pseudomonas aeruginosa, até o momento foram caracterizadas pelo menos dezesseis ilhas genômicas e cada uma delas confere características diferentes a seus hospedeiros. Em P. aeruginosa UCBPP-PA14 (ou simplesmente PA14), encontram-se duas ilhas de patogenicidade denominadas PAPI-1 e PAPI-2, sendo a primeira a maior e a mais estudada, contendo 115 ORFs (&#8220;Open Reading Frame&#8221;, ou quadros abertos de leitura). Dentre estes, o gene int codifica uma integrase essencial para a excisão e integração de PAPI-1, e o gene soj é necessário para a manutenção da ilha na célula e é expresso apenas quando esta se encontra na forma epissomal. PAPI-1 codifica um provável sistema de secreção tipo IV (T4SS), similar ao do elemento móvel ICEHin1056, responsável pela transferência deste para outras bactérias. O objetivo deste trabalho foi identificar fatores genéticos e ambientais que contribuem para a transferência de PAPI-1 entre linhagens de P. aeruginosa. Foi observado que os mutantes por transposon nos genes PAPI-1 PA14_59860, PA14_59880, PA14_59920 e PA14_59940 têm a frequência de transferência de PAPI-1 diminuída, mas os genes interrompidos nesses mutantes não são essenciais para a excisão da ilha. Também foi mostrado que os reguladores percepção de quorum RhlR e MvfR têm influência na expressão do gene int, mas não de soj. O terceiro regulador de percepção de quorum, LasR, assim como a proteína H-NS MvaT, não tem influência na expressão de int e de soj. Ensaios de RT-PCR quantitativos mostraram que o choque térmico aumentou os níveis do mRNA de soj, mas não de int, corroborando dados previamente sugeridos pela literatura, que mostram uma maior freqüência de transferência de PAPI-1 nessas condições. Também foi analisado se o segundo mensageiro celular em bactérias, c-di-GMP, poderia contribuir para a excisão/manutenção de PAPI-1. Alterações nas concentrações deste segundo mensageiro pela superexpressão de proteínas responsáveis por sua síntese ou degradação não foram capazes de afetar a excisão/manutenção de PAPI-1. Houve diminuição na frequência de transferência de PAPI-1 a partir de linhagens doadoras superexpressando uma diguanilato ciclase ou uma fosfodiesterase de c-di-GMP, mas provavelmente este efeito não se deve aos níveis alterados desse segundo mensageiro. Em Xanthomonas axonopodis pv. citri 306 (XAC), uma região de 86 kb possui uma grande semelhança com PAPI-1 na organização dos genes. Além disso, possui uma série de ORFs relacionados aos genes &#8220;core&#8221; que definem uma família de ilhas genômicas sintênicas das quais PAPI-1 faz parte. Entretanto, os genes acessórios encontrados entre os blocos de genes conservados varia muito entre PAPI-1 e a região de XAC. Foi determinado que esta região de XAC não pode se excisar do cromossomo nas condições analisadas. Por fim, com o intuito de verificar as possíveis interações entre os produtos dos genes conservados em PAPI-1 e XAC, ensaios de duplo-híbrido foram realizados, porém não foi possível determiná-las, visto que apenas resultados falsos positivos foram obtidos. Este trabalho mostrou pela primeira vez que a percepção de quorum está envolvida com a expressão de soj e determinou uma extensa similaridade entre essa ilha e uma região do genoma de XAC / Bacterial genomes are extremely dynamic mostly because of horizontal gene transfer, a natural and fundamental process for evolution, adaptation and diversification of microorganisms. Genomic islands are large DNA segments acquired by horizontal gene transfer which are present only in a few strains and may confer some adaptative advantage. At least sixteen genomic islands have been characterized in Pseudomonas aeruginosa to date and each confers different characteristics to its host strain. P. aeruginosa UCBPP-PA14 (PA14) harbors two pathogenicity islands named PAPI-1 and PAPI-2. PAPI-1 is the largest one, carrying 115 open reading frames (ORFs). Among these, int codes for an integrase essential for PAPI-1 excision and integration, and soj is required for maintaining PAPI-1 in the cells, being expressed only when this island is in an episomal, circular form. PAPI-1 also harbors genes coding for a type four secretion system (T4SS) similar to the mobile element ICEHin1056, which is responsible for transferring this element to other bacteria. In this work, we show that transposon insertion in PAPI-1 genes PA14_59860, PA14_59880, PA14_59920 and PA14_59940 lowered the frequency of conjugation of PAPI-1 from PA14 to other bacteria, but those genes were not essential for PAPI-1 excision. Quorum sensing regulators RhlR and MvfR had a role in int expression, but did not alter soj transcription. The third quorum sensing regulator LasR, as well as the H-NS protein MvaT, did not alter both int and soj expression. Quantitative RT-PCR assays showed that cells incubated at heat shock conditions present higher levels of soj, mRNA, confirming published data that showed an increase in PAPI-1 transfer in these conditions. It was also analyzed whether the second messenger c-di-GMP would contribute to PAPI-1 excision/maintenance. Changes in the levels of this second messenger in cells overexpressing proteins responsible for its synthesis or degradation did not affect PAPI-1 excision and maintenance. A decrease in PAPI-1 transfer frequency was detected when those cells were used as donors in conjugation, but this effect cannot be attributed to the altered c-di-GMP levels. In Xanthomonas axonopodis pv. citri 306 (XAC), an 86 kb genome region shares similarity with PAPI-1 regarding gene homology and organization. It also carries ORFs related to the core genes that define a syntenic family of genomic islands that includes PAPI-1. Nevertheless, the accessory genes dispersed among the clusters of conserved genes are not related, when comparing PAPI-1 and this region in XAC. An epissomal form of this putative XAC island could not be detected in the conditions tested in this work. Finally, in order to verify interactions involving the conserved proteins in PAPI-1 and XAC, two hybrid assays were carried out, but only false positives results were obtained

The present work aims to determine the physiological and sanitary quality of Sweet sorghum (Sorghum bicolor (L.) Moench) seeds, as well as to identify pathogens associated with seed, their transmission to seedlings and the subsequent pathogenicity of isolates obtained, In addition, molecularly identify the fungal species pathogenic to this crop. The experiments were carried out in the Teaching and Seed Research Laboratory (TSRL), of the Plant Engineering Department; In the Elocy Minussi Phytopathology Laboratory, Department of Plant Protection, and at the Biological Institute of São Paulo. Sweet sorghum seeds were used, all without chemical treatment. Sanitary quality was evaluated by sanity test, and physiological characteristics by germination and vigor tests (seedling length, dry mass, emergence, rate of emergence and accelerated aging). It was performed the test of transmission of the pathogens associated to the seeds and the subsequent pathogenicity of the obtained isolates, culminating with the molecular characterization of the identified pathogens, in which were sequenced the Internal Transcribed Spacer (ITS) genomic regions and the Elongation Factor 1 - alpha (TEF1-α) gene. The design used was the completely randomized design, with four cultivars of Sweet sorghum (BRS 506, F19, BRS 511 and BRS 509); For the evaluation of pathogenicity, the factorial scheme is represented by four cultivars and three isolates of Fusarium spp., besides the witness. The seeds of the BRS 509 cultivar were considered to have lower physiological quality than the other cultivars. The DNA sequencing allowed identifying the Fusarium thapsinum species as a pathogenic agent in the sweet sorghum crop, and proven its transmission via seeds. / O presente trabalho teve como objetivo determinar a qualidade fisiológica e sanitária de sementes de cultivares de sorgo sacarino (Sorghum bicolor (L.) Moench), bem como identificar os patógenos associados à semente, sua transmissão às plântulas e a posterior patogenicidade de isolados obtidos, além disso, identificar molecularmente as espécies fúngicas patogênicas a esta cultura. Os experimentos foram realizados no Laboratório Didático e de Pesquisas em Sementes (LDPS), do Departamento de Fitotecnia; no Laboratório de Fitopatologia Elocy Minussi, do Departamento de Defesa Fitossanitária e, no Instituto Biológico de São Paulo. Foram utilizadas sementes de sorgo sacarino, todas sem tratamento químico. A qualidade sanitária foi avaliada pelo teste de sanidade, e as características fisiológicas por meio dos testes de germinação e de vigor (comprimento de plântulas, massa seca, emergência, índice de velocidade de emergência e envelhecimento acelerado). Foi realizado o teste de transmissão dos patógenos associados à semente e a posterior patogenicidade dos isolados fúngicos obtidos, culminando com a caracterização molecular dos patógenos identificados, na qual foram sequenciadas as regiões genômicas Internal Transcribed Spacer (ITS) e o gene do fator de elongação 1-α (TEF1α). O delineamento utilizado foi o inteiramente casualizado com quatro cultivares de sorgo sacarino (BRS 506, Fepagro 19, BRS 511 e BRS 509); já para a avaliação da patogenicidade, o esquema fatorial foi representado pelas quatro cultivares e três isolados de Fusarium sp., além da testemunha. As sementes da cultivar BRS 509 foram consideradas de qualidade fisiológica inferior as demais cultivares. O sequenciamento de DNA permitiu identificar a espécie Fusarium thapsinum como agente patogênico na cultura do sorgo sacarino, sendo comprovada sua transmissão via sementes.