As the major source of energy in the cell, mitochondria need to be able to effectively communicate their status to the nucleus. Defects in this process can have profound effects on the health of an organism and may affect its lifespan. The mitochondrial enzyme CLK-1 is required to produce ubiquinone for respiration and CLK-1 loss of function mutants have been shown to increase lifespan in both Caenorhabditis elegans and mammals. In this thesis, it is demonstrated that in addition to its mitochondrial role, CLK-1 also localises to the nucleus in C. elegans. This nuclear localisation is mediated by reactive oxygen species (ROS) and can be blocked using anti-oxidant treatment. In the nucleus CLK-1 regulates gene expression to suppress ROS production, suppresses the mitochondrial unfolded protein response and regulates lifespan. The importance of CLK-1 enzymatic activity for its nuclear role was also tested and it appears that enzymatic function is required to regulate ROS homeostasis but not for lifespan regulation. Interestingly, in fertile adult hermaphrodites nuclear CLK-1::GFP was only detected during the reproductive period. This suggests that there is a second mechanism regulating its localisation. This research indicates that CLK-1 may be part of a homeostatic regulatory mechanism that acts to suppress activation of stress responses in response to minor fluctuations in ROS levels.

Dans l’espèce équine, les mécanismes de la fécondation sont mal connus. Afin de mieux les comprendre, nous avons développé une approche comparative entre les équins (faibles taux de fécondation in vitro : 0-60%) et les porcins (forts taux : 80–90%). Notre but était d’identifier les différences et les similitudes entre ces deux modèles opposés afin de mettre en évidence des éléments clés de la fécondation. Nous avons montré que 1) la zone pellucide de l’ovocyte est un élément clé dans l’interaction des gamètes, 2) sa composition et sa structure sont différentes entre les espèces équine et porcine, 3) chaque vertébré a son propre jeu de protéines permettant l’interaction des gamètes, 4) la ß-1,4-galactosyltransferase n’est pas nécessaire pour cette interaction dans les espèces équine et porcine, contrairement aux bovins, 5) les sécrétions de l’oviducte participent aux mécanismes de la fécondation équine, mais les protéines impliquées n’ont pas pu être identifiée. / In equine species, the mechanisms of fertilization remain largely enigmatic. In order to clarify these mechanisms, we have developped a comparative strategy between equine (low in vitro fertilization rates: 0- 60%) and porcine (high rates: 80-90%) species. Our objective was to identify differences and similarities between these two opposite models in order to highlight key components of fertilization. We showed that 1) the zona pellucida is a determining element in gamete interaction, 2) its composition and its structure are different between equine and porcine species, 3) each vertebrate has its own protein-set involved in gamete interaction, 4) the ß-1,4-galactosyltransferase is not necessary for gamete interaction in the horse and the pig, contrary to the bovine, 5) the secretions of oviduct cells take part in the mechanism of equine fertilization, but the proteins involved remain to be identified.

Le but de cette thèse est de concevoir et mettre en œuvre une stratégie de renseignement sur les menaces cyber afin de soutenir les décisions stratégiques. L'alerte précoce et la détection des violations sont décisives, ce qui signifie que l'accent de la cyber sécurité a évolué vers l'intelligence des menaces. Pour cette raison, nous avons créé, analysé, mis en œuvre et testé deux solutions. La première solution agit comme un mécanisme prédictif et proactif. C'est un nouveau cadre utilisé pour analyser et évaluer quantitativement les vulnérabilités associées à un réseau de villes intelligentes. Cette solution utilise le modèle de chaîne de Markov pour déterminer le niveau de gravité de vulnérabilité le plus élevé d'un chemin d'attaque potentiel du réseau. Le niveau de gravité élevé amènera l'administrateur système à appliquer des mesures de sécurité appropriées à priori aux attaques. La deuxième solution agit comme un mécanisme défensif ou auto-protecteur. Ce cadre atténue les attaques par disponibilité zero-day basées sur Identification, Heuristics et Load Balancer dans un délai raisonnable. Ce mécanisme défensif a été proposé principalement pour atténuer les attaques par déni de service distribué (DDoS) car elles sont considérées comme l'une des attaques de disponibilité les plus sévères qui pourraient paralyser le réseau de la ville intelligente et provoquer une panne complète. Cette solution repose sur deux équilibreurs de charge dans lesquels le premier utilise une approche heuristique et le second agit comme une sauvegarde pour produire une solution dans un délai raisonnable. / The purpose of this thesis is to design and implement a cyber-threat intelligence strategy to support strategic decisions. Early warning and detection of breaches are decisive to being in a state of readiness, meaning that the emphasis of cybersecurity has changed to threat intelligence. For that reason, we created, analyzed, implemented, and tested two solutions. The first solution acts as a predictive and proactive mechanism. It is a novel framework used to analyze and evaluate quantitatively the vulnerabilities associated with a smart city network. This solution uses the Markov Chain Model to determine the highest vulnerability severity level of a potential attack path in the attacks graph of the network. High severity level of a potential attack path will lead the system administrator to apply appropriate security measures a priori to attacks occurrence. The second solution acts as a defensive or self-protective mechanism. This framework mitigates the zero-day availability attacks based on Identification, Heuristics and Load Balancer in a reasonable time frame. This defensive mechanism has been proposed mainly to mitigate Distributed Denial of Service (DDoS) attacks since they are considered one of the most severe availability attacks that could paralyze the smart city’s network and cause complete black out. This solution relies on two load balancers in which the first one uses a heuristic approach, and the second acts as a backup to produce a solution in a reasonable time frame.

A infecção pelo vírus da imunodeficiência humana (HIV) foi largamente disseminada pela população humana a partir da década de 80. Diversos estudos retrocedem o surgimento da epidemia do HIV a vírus infectantes de símios africanos de vida livre e ao conseqüente contato entre estas espécies e humanos. As rápidas taxas evolutivas e a associação às inter-relações humanas foram suficientes para a disseminação e a diversificação das formas virais. Desta forma, a expansão do HIV-1 pelo mundo estabeleceu uma pandemia formada por diferentes variantes virais. O subtipo B foi a primeira forma detectada do vírus e atualmente está presente em um grande número de países, sendo responsável por aproximadamente 10% das infecções por HIV no mundo todo. Fora da África, o subtipo B emergiu na região do Caribe, se disseminou pelos países vizinhos e atingiu os Estados Unidos, onde estabeleceu a pandemia. O traçado geográfico das rotas de disseminação nas Américas a partir do Haiti é, até o momento, difuso ou ausente. O presente trabalho visa investigar a história evolutiva do subtipo B nas Américas e, através de filogenias e análises estatísticas, examinar o papel da América do Sul no estabelecimento da epidemia. Os resultados obtidos sugerem uma participação primária das populações da América do Sul na disseminação do subtipo B. A estruturação populacional e as filogenias corroboram uma ligação epidemiológica importante entre os países do Caribe e os da América do Sul, visto que um clado agrupando isolados sul-americanos emerge diretamente do clado caribenho. Além deste, um grande grupo, formado por sequências das três Américas, denominado cluster pandêmico, compartilha um ancestral comum com o clado da América do Sul. Possíveis explicações para estes resultados envolvem a co-dispersão para as Américas a partir do Caribe e também a intermediação da América do Sul entre o Caribe e os Estados Unidos no estabelecimento da pandemia. Dados históricos de migrações populacionais a partir do Caribe reforçam estes cenários. Os dados apresentados revelam uma nova perspectiva a respeito da epidemia do HIV-1 subtipo B. Além disso, destacam a utilidade de uma abordagem populacional para o entendimento da dispersão da epidemia, contribuindo para a avaliação entre a diversidade viral e a movimentação de populações humanas. / Infections with human immunodeficiency virus (HIV) have been widely disseminated by the human population from the 1980's. Several studies point the onset of the epidemic to virus infecting free-living African apes through blood contact between these species and humans. The fast evolutionary rates and the human relationships were sufficient for the spreading and diversification of the epidemic. Thus, the spread oh HIV-1 established a worldwide pandemic formed by different viral forms. Among them, subtype B was the first form detected and is currently present in a large number of countries, accounting for approximately 10% of HIV infections worldwide. Out of Africa, subtype B likely emerged in Haiti in the Caribbean region, reached neighboring countries and the United States, where the pandemic was established. The geographical layout of the routes of spread within the Americas, so far, is diffuse or absent. This study aimed to investigate the evolutionary history of subtype B in the Americas and, through phylogenetic and statistical analyses sought to examine the role of South America in the pandemic. Our main findings suggest a primary involvement of the populations of South America in the spread of subtype B. The genetic structure of the viral population and the phylogenetic analyses supported an epidemiological link among the countries of the Caribbean and South American ones since a clade grouping isolates from South America emerges directly from the Caribbean. Besides this, a large group, formed by sequences of the three Americas, called pandemic cluster, share a common ancestor with the clade of South America. The co-dispersion to the Americas from the Caribbean and the intermediation of South America between the Caribbean and North America epidemics are explanations to support our results. The data presented here outline a new perspective on the HIV-1 subtype B epidemic. Furthermore, we highlight the usefulness of a population-based approach to understanding the spread of the epidemic, contributing to the assessment between the viral diversity and the movement of human populations.

S100B é uma citocina produzida e secretada por astrócitos, que está envolvida no ciclo de citocinas desencadeado pela IL-1β na doença de Alzheimer. Entretanto, a secreção de S100B seguida de estímulo pela IL-1β não tem sido demonstrado diretamente. Nós investigamos a secreção de S100B em culturas gliais e fatias hipocampais expostas a IL-1β. Culturas corticais primárias de astrócitos, células de glioma C6 e fatias hipocampais agudas de ratos Wistar expostas a IL-1β (de 1 pg a 10ng/mL) foram utilizadas.S100B extracelular foi medida por ELISA. Migração nuclear de NF-κB foi investigada por imunocitoquímica e immunoblotting. A secreção de S100B também foi avaliada na presença de inibidores de NF-κB e MAPK. A análise estatística foi realizada utilizando teste t de Student ou ANOVA de uma via, assumindo p< 0.05. A secreção de S100B foi estimulada por IL-1β em todas as preparações. Migração nuclear de NF-κB também foi observada nessas condições experimentais. PDTC (inibidor de NF-κB) e PD98059 (inibidor da via ERK) foram hábeis em inibir o aumento da secreção do S100B. Níveis micromolares de S100B, assim como IL-1β, induziram a produção de óxido nítrico. Nossos dados demonstram que a IL-1β induz um aumento da secreção basal de S100B nos três diferentes modelos in vitro utilizados: astrócitos corticais primários, células C6 e fatias hipocampais de ratos, e que esse aumento na secreção foi mediado pela via de sinalização MAPK-ERK/NFκB. Astrócitos primários e glioma C6 exibiram diferente sensibilidade a IL-1β na modulação tanto da secreção, quanto da expressão de S100B. Esses resultados sugerem que S100B extracelular pode contribuir para respostas reparativas em lesões cerebrais agudas, bem como para desordens neurodegenerativas em lesões crônicas. O mecanismo de indução de secreção de S100B por IL-1β suporta a hipótese de um "ciclo de citocinas", proposto na gênese da doença de Alzheimer. / S100B is an astrocyte-derived cytokine, which has been implicated in the IL-1β- triggered cytokine cycle in Alzheimer’s disease. However, the secretion of S100B following stimulation by IL-1β has not been directly demonstrated. We investigated S100B secretion in glial preparations and hippocampal slices exposed to IL-1β. Cortical primary astrocyte cultures, C6 glioma cells and acute hippocampal slices from the brain of Wistar rats exposed to IL-1β (from 1pg to 10ng/mL) were utilized. Extracellular S100B was measured by ELISA. Nuclear migration of NF-κB was investigated by immunocytochemistry and immunoblotting. S100B secretion was also evaluated in the presence of specific inhibitors for NF-κB and MAPK. Statistical analyses were carried out by Student t test or one-way ANOVA, assuming p < 0.05. IL-1β-stimulated S100B secretion was observed in all preparations. Nuclear migration NF-κB was also observed under these experimental conditions. PDTC (an inhibitor of NF-κB) and PD 98059 (an inhibitor of ERK) inhibited S100B secretion stimulated by IL-1β. S100B, at micromolar levels, like IL-1β, was able to induce NO production. Our data demonstrate IL-1β-induced S100B secretion in three different in vitro preparations: cortical primary astrocytes, C6 glioma cells and hippocampal slices of rats; this secretion was mediated by MAPK-ERK/NF-κB signalling. Primary astrocytes and C6 cells exhibited different sensitivities to IL-1β concerning S100B expression and secretion. These results suggest that extracellular S100B could contribute to a reparative response in acute brain injury, as well as in neurodegenerative disorders due to chronic injury. The mechanism of IL-1β-induced S100B secretion supports the hypothesis for a “cytokine cycle”, proposed in the genesis of Alzheimer disease.

Submitted by Hiolanda Rêgo (hiolandar@gmail.com) on 2013-09-17T19:08:10Z No. of bitstreams: 1 Dissertação_ICS_ Rilma Ferreira de Souza Santos.pdf: 2519703 bytes, checksum: 9b3e67fd2162d148a0e9d2e3c41a3675 (MD5) / Approved for entry into archive by Patricia Barroso(pbarroso@ufba.br) on 2013-09-18T17:02:48Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertação_ICS_ Rilma Ferreira de Souza Santos.pdf: 2519703 bytes, checksum: 9b3e67fd2162d148a0e9d2e3c41a3675 (MD5) / Made available in DSpace on 2013-09-18T17:02:48Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertação_ICS_ Rilma Ferreira de Souza Santos.pdf: 2519703 bytes, checksum: 9b3e67fd2162d148a0e9d2e3c41a3675 (MD5) / Auxílio Financeiro à Pesquisa para apoio a projeto de pesquisa científica e/ou tecnológica – Processo 480292/2009-4; Bolsa de Produtividade em Pesquisa do coordenador do Estudo PROHEMO (CNPq – Processo 309468/2009-4); Bolsas de iniciação científica do PIBIC concedidas ao coordenador do Estudo PROHEMO – doze bolsas PIBIC – CNPq de 2005 a 2011. / Introdução: A prevalência da infecção pelo HTLV-1 varia de acordo com a região considerada. No Brasil, Salvador tem uma das maiores prevalências do vírus, variando de 1,35% a 1,80% de acordo com os diversos estudos. Em um estudo populacional realizado na cidade, encontrou-se uma prevalência de 1,70% (IC95%: 1,1 a 2,5%). Sabe-se pouco sobre a prevalência desta infecção na população dialítica, o que justifica a realização deste estudo. Objetivo: Determinar a prevalência de infecção por HTLV-1 em indivíduos em hemodiálise na cidade de Salvador, avaliar o impacto desta infecção sobre a anemia da doença renal crônica (DRC) e a frequência de co-infecção com outros vírus (vírus hepatotróficos). Métodos: Corte transversal dentro de uma coorte prospectiva. Entraram no estudo todos os participantes do PROHEMO (Estudo Prospectivo do Prognóstico de Pacientes Tratados por Hemodiálise) e que se encontravam ativos no estudo no período da coleta do sangue para a pesquisa sorológica. A sorologia para HTLV-1 foi feita pelo método ELISA e os casos positivos foram confirmados pelo método Western Blot. Utilizou-se o teste t de student (distribuição normal) ou U de Mann Witney (distribuição não normal) para comparar variáveis contínuas e teste do X2 ou teste exato de Fisher para variáveis categóricas. Resultados: Foram avaliados 695 indivíduos com média de idade de 48,7 anos, sendo 62% do sexo masculino. Identificamos 15 casos de HTLV-1, correspondendo a uma prevalência de 2,2% (IC95% 1,11 a 3,29). Dentre os casos positivos para HTLV-1, um deles (6,7%) era portador do vírus C da hepatite (HCV) e um (6,7%) portador do vírus B da hepatite (HBV). Os indivíduos soropositivos se encontravam há menos tempo em diálise e apresentavam níveis séricos menores de creatinina e paratormônio (PTH) que os indivíduos soronegativos; não houve diferença estatisticamente significante nos parâmetros hematimétricos entre os dois grupos. Conclusão: A prevalência de infecção pelo HTLV-1 na população dialítica pouco diferiu da encontrada na população geral de Salvador, sem impacto sobre a anemia da DRC. A coinfecção com os vírus B e C não foi comum. Na análise univariada, o tempo em diálise, a creatinina e o PTH foram significativamente mais baixos no grupo soropositivo. Estes achados, porém, não foram confirmados na análise multivariada. Nesta última análise, observou-se também que a classe social e o estado civil se associaram de forma independente com a sorologia positiva para o HTLV-1. / Salvador

O deslocamento humano e o comportamento sexual são os principais fatores que impulsionaram a pandemia do Vírus da Imunodeficiência Humana Tipo 1 (HIV-1) para o perfil atual. Dentro da extensa variabilidade genética do HIV-1, o subtipo B (HIV-1 B) é a variante mais disseminada geograficamente, relacionando-se a aproximadamente 11% de todas as infecções no mundo. A estrutura intrínseca da transmissão do HIV-1B entre diferentes indivíduos tem valiosa importância para a compreensão da epidemia e para as intervenções em saúde pública. Assim, o presente estudo tem como objetivo caracterizar epidemiologicamente a dinâmica de transmissão e disseminação do HIV-1 subtipo B. Duas abordagens metodológicas foram empregadas: (1) Caracterização genética e temporal da diversidade molecular do HIV-1B em diferentes pontos no Brasil, através de coleta, amplificação e sequenciamento do material genético viral e, (2) Identificação das cadeias de transmissão existentes na epidemia do HIV-1B no Brasil através da seleção de sequências disponíveis em bancos de dados e posterior reconstrução filogenética. Nossos resultados mostram que a epidemia de HIV-1B é largamente influenciada por tendências regionais e sugerem uma maior probabilidade de transmissão do HIV entre indivíduos de mesma origem geográfica. A aparente diferença na prevalência da variante B”-GWGR em distintas regiões do Brasil e a relação de assinaturas genéticas virais com grupos específicos de exposição em determinados pontos do país corrobora a dinâmica epidemiológica localizada. Este isolamento na epidemia, aparentemente particular para o Brasil e demais países da América do Sul, pode ser um reflexo da discreta conexão nodal entre as diferentes cidades no continente, garantindo importante limitação local da epidemia de HIV-1B. Além disso, identificamos um curto prazo na dinâmica de transmissão do vírus entre indivíduos, envolvendo em média 29 meses. No grupo de indivíduos homossexuais/bissexuais (HSH), especificamente, o intervalo foi estimado em um ano. Estes resultados revelam uma dinâmica particular para o grupo HSH na epidemia do HIV-1B, em que o intervalo de tempo entre as novas infecções é muito estreito e possui ampla participação de indivíduos recém-infectados. A ampla coleta de dados e a utilização de métodos estatísticos robustos permitirão melhor entendimento da dinâmica epidemiológica do HIV e, através de programas ativos de saúde pública, podem influenciar no direcionamento de campanhas de intervenção para populações específicas. / The human displacement and sexual behavior are the main factors driving the human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1) pandemic to the current profile. Within the extensive genetic variability of HIV-1, subtype B (HIV-1 B) is the most widespread variant being related to approximately 11% of all infections worldwide. The intrinsic structure of the HIV transmission among different individuals has valuable importance for the understanding of the epidemic and for the public health response. Thus, this study aims to characterize the epidemiological dynamics of HIV-1B transmission and dissemination. Two methodological approaches are required: (1) genetic and temporal characterization of molecular diversity of HIV-1B at different points in Brazil, through collection, amplification, and sequencing of viral genetic material, and (2) identification of transmission clusters within the HIV-1B epidemic in Brazil by reconstruction of phylogenetic trees using sequences selected from public databases. Our results show that the HIV-1B epidemic is largely influenced by regional trends and suggest a higher probability of HIV transmission between individuals from the same geographic origin. The apparent difference in the prevalence of the B”-GWGR variant in different regions of Brazil and the relationship of viral genetic signatures with specific exposure groups in certain parts of the country also supports the main influence of local factors in the HIV-1B epidemic. This epidemiological isolation apparently particular for Brazil and other South American countries may be a reflection of the discrete nodal connection between different cities within the continent. In addition, we identified a short-term dynamic spread within the transmission clusters in which the mean transmission time is approximately two years. In the group of homosexual/bisexual (MSM) specifically the intertransmissions interval has been estimated at about 1 year. These results show a specific dynamic in the HIV epidemic for the MSM group, and show a narrow interval between new infections with extensive involvement of newly infected individuals. These data highlight the need for better characterization of the HIV epidemic in Brazil and, in addition, show the need for specific prevention measures for concentrated epidemics. Public health services can be broadly benefited from this kind of information in order to guide intervention programs in public health.

O HIV é dividido em HIV-1 e 2. O HIV-1 é classificado em três grupos, o M (main) responsável pela maioria das infecções, O (outlier) e N(new). Na atualidade, nove subtipos puros e 43 formas recombinantes do grupo M são reconhecidos incluindo sub subtipos. O subtipo C é o mais prevalente, representando aproximadamente 56% das infecções no mundo. Não foram descritas as conseqüências exatas destes subtipos, algumas evidências indicam que alguns subtipos podem ter vantagem na transmissão viral, enquanto outros na replicação, além de influenciar nas vias de mutação, aparecimento de resistência mais rapidamente e fracasso do tratamento. No Brasil os subtipos B e C são os mais freqüentes e acima de 50% dos indivíduos recentemente infectados pertencem aos subtipos não-B. O Rio Grande do Sul (RS) exibe a prevalência mais alta do subtipo C e há uma forma recombinante específica C e B – CRF-31. Entre julho de 2002 e janeiro de 2003 foi realizada a genotipagem e subtipagem do vírus HIV-1 em 178 pacientes, consecutivamente, atendidos no ambulatório de HIV/AIDS do Hospital de Clínicas de Porto Alegre (HCPA) desde 1983, os quais assinaram o termo de consentimento livre e informado. Após revisão dos resultados destes testes restaram 161 pacientes devido a perda de dados relacionados a nome e prontuário (não foi possível relacionar as 17 amostras a um nome e/ou prontuário). Em busca das variáveis demográficas e epidemiológicas realizou-se revisão de prontuário e busca ativa através de telefonema aos pacientes sem seguimento por pelo menos 2 anos. Consultou-se também o obituário de HIV/AIDS. O objetivo principal deste estudo é avaliar os padrões variáveis do HIV-1, prevalência nos indivíduos assistidos no Hospital de Clínicas de Porto Alegre e relacionar estes subtipos com características demográficas e epidemiológicas. Dos 161 pacientes, 90 eram do sexo masculino e 71 do sexo feminino. O subtipo B foi o mais prevalente em nossa amostra sendo encontrado em 53% dos pacientes. Até 1990 o subtipo B era encontrado na grande maioria dos pacientes com HIV, contribuindo com 75% das infecções. A partir de 2000 o subtipo C passou a representar a maioria das infecções, ficando com 33,3% dos casos, porém este aumento não foi estatisticamente significativo. Dos 161 pacientes com subtipo identificado, 19 não se conhecia a categoria de exposição. Revelando entre o subtipo B, a grande maioria dos pacientes nas categorias de exposição sexual, subdivisão homossexual e bissexual, o subtipo C foi relacionado com categorias de exposição heterossexual e uso de drogas injetáveis, quando se analisou separadamente o subtipo C com as categorias de exposição, não se demonstrou relação com categoria específica. Já o subtipo B analisado separadamente mostrou grande associação com a categoria de exposição MSM e bissexual. Em relação a procedência dos pacientes, houve associação estatisticamente significativa entre o subtipo B e a cidade de Porto Alegre, onde o mesmo foi encontrado na maioria dos pacientes. O subtipo C foi encontrado na maioria dos pacientes procedentes de regiões metropolitanas e do interior do estado. O conhecimento da prevalência dos subtipos de acordo com a procedência dos pacientes pode ajudar as autoridades competentes a dirigir esforços na prevenção da infecção pelo HIV.

Introdução: O desenvolvimento de antirretrovirais (AVRs) para o vírus HIV em pacientes multiexperimentados é prioridade em saúde pública e, além de supressão virológica máxima, recuperação e estabilização imunológica, os ensaios clínicos randomizados (ECRs) que envolvem esquemas de antirretrovirais utilizados em terapias de resgate devem ser capazes de demonstrar segurança na sua utilização, a curto e longo prazos. Objetivo: Realizar revisão sistemática e caracterizar os achados de segurança da terapia antirretroviral (TARV) para a infecção pelo vírus HIV-1 nos ECRs que utilizaram esquemas otimizados de base (EOB) em pacientes multiexperimentados através, principalmente, da avaliação da qualidade da informação sobre riscos baseada na extensão do CONSORT sobre riscos e da avaliação da apresentação de achados laboratoriais que são proxy de desfechos conhecidamente relevantes. Metodologia: Foram revisadas as bases de dados MEDLINE, EMBASE, LILACS, Colaboração Cochrane, SCOPUS e ISI Web of Science visando identificar publicações entre janeiro/2003 e agosto/2014. Também foram revisadas as bases de dados dos seguintes congressos científicos internacionais: International AIDS Conference; Conference on Retroviruses and Opportunistic Infections (CROI); Interscience Conference on Antimicrobial Agents and Chemotherapy (ICAAC); e International Congress on Drug Therapy in HIV Infection. Não foram feitas restrições em relação à língua da publicação dos estudos. Os critérios para inclusão dos estudos foram: ECRs com pelo menos 16 semanas de duração e com pelo menos 100 indivíduos que avaliaram segurança da terapia antirretroviral (TARV) em pacientes com infecção pelo HIV- 1 caracterizados como multiexperimentados. Resultados: Vinte e quatro ECRs foram incluídos, sendo 16 estudos originais e 8 extensões. Vinte e três (95,8%) estudos foram exclusivamente financiados pela indústria farmacêutica. Apenas 15 (62,5%) estudos apresentaram eventos adversos (EAs) clínicos graves. Ocorrência de limiar para a apresentação de resultados foi observada em 13 (86,7%) estudos que apresentaram EAs graves, 22 (95,6 %) estudos que apresentaram EAs considerados comuns e em 8 (42,1%) estudos que apresentaram informações sobre desfechos laboratoriais. Seis (25%) ECRs não apresentaram informações sobre os desfechos laboratoriais investigados. Oito (33,3%) estudos não apresentaram informações sobre triglicerídeos, colesterol total, LDL (low density lipoprotein) e hiperglicemia, resultando em ausência de informação sobre os referidos desfechos para os medicamentos maraviroque (MVC) e vincriviroc (VIC). Nove estudos não apresentaram informações sobre marcadores hepáticos, resultando em ausência de informação destes desfechos para o medicamento enfuvirtida (ENF). Dezoito (75%) estudos não apresentaram informações sobre creatinina, resultando em ausência de informação sobre este desfecho para os medicamentos ENF, tipranavir (TPV) e darunavir (DRV). Conclusões: A informação sobre riscos em ECRs envolvendo TARV para pacientes multiexperimentados é altamente seletiva e insuficiente. Além disso, desfechos conhecidamente relevantes não tem sido incluídos a priori nestes estudos. Os ECRs que avaliam novos ARVs ainda apresentam as características dos estudos do início da era TARV, quando, diante de um cenário com grande mortalidade associada ao HIV, o principal objetivo era preservar a vida dos pacientes, em detrimento das questões de segurança da terapia. / Introduction: The development of antiretroviral drugs (ARVs) for treating the HIV virus in treatment-experienced patients is a priority in public health. In addition to virological suppression, recovery and stabilization of the immune system, randomized clinical trials (RCTs) involving antiretroviral regimens used in recovery therapies must be able to demonstrate short and long term safety in their use. Objective: To perform a systematic review and to characterize the findings regarding the safety of cART for HIV-1 virus infections in RCTs that used optimized background regimen in treatmentexperienced patients primarily through assessing the quality of information based on the extent of the CONSORT on risks and evaluating the overall presentation of laboratory findings that are known to proxy relevant outcomes. Methodology: The following databases were researched: MEDLINE, EMBASE, LILACS, The Cochrane Collaboration, SCOPUS and ISI Web of Science. We searched for works published between January/2003 and August/2014. The databases of the following international scientific conferences were also researched: International AIDS Conference; Conference on Retroviruses and Opportunistic Infections (CROI); Interscience Conference on Antimicrobial Agents and Chemotherapy (ICAAC); and International Congress on Drug Therapy in HIV Infection. There were no restrictions regarding the language of the studies. The criteria for inclusion were the following: RCTs that lasted at least 16 weeks and with at least 100 participants who evaluated the safety of antiretroviral therapies (cART) in treatment-experienced patients with HIV-1. Results: Twenty-four RCTs were included, sixteen original studies and eight extensions. Twenty-three (95.8%) of the studies were funded exclusively by the pharmaceutical industry. Only fifteen (62.5%) of the studies showed serious clinical adverse events (AEs). The occurrence threshold for the presentation of results was observed in thirteen (86.7%) of the studies that showed serious AEs, twenty-two (95.6%) of the studies that showed AEs considered to be common, and eight (42.1%) of the studies which presented information on laboratory outcomes. Six (25%) RCTs have not provided information on laboratory outcomes investigated. Eight (33.3%) studies did not provide information on triglycerides, total cholesterol, LDL (low density lipoprotein) and hyperglycemia, resulting in lack of information on these outcomes for the drugs maraviroc (MVC) and vicriviroc (VIC). Nine studies did not provide information on hepatic markers, resulting in lack of information on these outcomes for the drug enfuvirtide (ENF). Eighteen (75%) studies did not provide information on creatinine, resulting in lack of information on this outcome for the drugs ENF, tipranavir (TPV) and darunavir (DRV). Conclusions: Information on the risks of RCTs involving cART for treatment-experienced patients is highly selective and insufficient. Moreover, known relevant outcomes have not been included a priori in these studies. RCTs evaluating new ARVs have the same characteristics of studies of early ARVs, when, faced with a scenario of high mortality associated with HIV, the main goal was to preserve the lives of patients, at the expense of the safety in therapy.

Made available in DSpace on 2015-12-06T23:47:04Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2007 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Diversos estudos clínicos têm demonstrado que a dinâmica da AIDS na infecção pediátrica difere da observada em adultos. Em especial, diferenças na carga viral, taxa de depleção de linfócitos e rapidez no aparecimento dos sintomas são mais acentuados em crianças infectadas pelo HIV-1 (Luzuriaga et al., 1999). Contudo, os processos evolutivos que ocorrem nos genes do HIV-1 durante a infecção de crianças ainda são pouco caracterizados. Em razão do sistema imunológico das crianças não estar completamente desenvolvido sugere que a pressão seletiva nos genes do HIV é distinta da observada em adultos. Para explorar a diversificação viral nesse contexto, comparamos a pressão seletiva do gene nef do HIV-1 em crianças (transmissão materno-infantil). com idades diferentes (i.e. 0-3 e 4-6 anos ) e comparamos com a observada em adultos. Para esse propósito comparamos a razão entre o número de substituições não-sinônimas por sítio não-sinônimo (dN) e o número de substituições sinônimas por sítio sinônimo (dS) medidos códon a códon no gene nef do HIV-1 entre adultos e crianças. Os resultados mostraram que, independente do tempo de diversificação do HIV-1, não existem diferenças na entendida de seleção e nem na localização dos códons positivamente selecionadas entre crianças e adultos no nível populacional. Em adição, detectamos uma região no gene nef que concentra mais os códons sob seleção positiva. Essa região é densa em epitopos descritos para anticorpos e ausente de epitopos para CTL ou CD4-hekper (de acordo com os mapas de epitopos com os mapas de Los Alamos HIV databank). Esses resultados são importantes pois mostram que a pressão mediada por anticorpos é bastante significativa para a diversificação do HIV-1 no nível populacional. / FAPESP: 04/12044-3 / BV UNIFESP: Teses e dissertações