Made available in DSpace on 2017-07-21T19:59:53Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Ricardo Oliveira Brito.pdf: 1923139 bytes, checksum: 08b643e5706fe65ed2608e5a4ed4e1e9 (MD5) Previous issue date: 2011-03-25 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / The order Thysanoptera comprises small insects known as thrips, which present different life histories and habits; they reproduce by haplodiploidy, and reached the status of prague by their feeding damage to plants. Their systematics, taxonomy and phylogenetic relationships are complicated, due to the small morphological variation among the taxa. Thus, this study aimed to analyze three species of the family Phlaeothripidae: Gynaikothrips uzeli, Liothrips sp. and Pseudophilothrips gandolfoi through conventional and molecular cytogenetics giving emphasis to the evolutionary processes that have occurred during the differentiation karyotype in the group, reinforcing the importance of cytogenetic studies as a tool for taxonomy of order, in addition to estimate genetic population parameters of G. uzeli. To that end, we analyzed the diploid number, the chromosome morphology, the distribution pattern of the heterochromatic regions, the chromosomes bearing Ag-NORs and performed mapping physical for cístrons of rDNA 18S. In addition, it was estimated the genetic variability and population structure of G. uzeli through the RAPD marker. The results obtained with the probe of 18S rDNA revealed a pair chromosomal bearer of RON in the three species, however, in G. uzeli only one of the elements of chromosomal 13 pair was marked. In addition, the results of cytogenetic analysis indicate that the genera Pseudophilothrips and Liothrips display strong similarities in their chromosomal complements. The low genetic variability, observed with the RAPD marker for G. uzeli, and result of the system of sexual determination haplodiploidy and ecological features. The cytogenetic analysis revealed differences that are difficult to observe the morphological level, demonstrating the importance of this methodology for systematic and taxonomy and clarification of complex evolutionary patterns presented in the order. / A ordem Thysanoptera compreende pequenos insetos conhecidos como tripes, os quais apresentam diversas histórias de vida e hábitos, se reproduzem por haplodiploidia, e alcançaram o status de praga por sua alimentação danificar as plantas. Sua sistemática, taxonomia e relações filogenéticas são complicadas, devido à pequena variação morfológica entre os taxa. Assim, este trabalho teve como objetivo analisar três espécies da família Phlaeothripidae: Gynaikothrips uzeli, Liothrips sp. e Pseudophilothrips gandolfoi através de citogenética convencional e molecular dando ênfase aos processos evolutivos que ocorreram durante a diferenciação cariotípica do grupo, reforçando a importância da citogenética como ferramenta para taxonomia da ordem, além de estimar parâmetros genético populacionais de G. uzeli. Para tal, foi analisado o número diplóide, a morfologia cromossômica, o padrão de distribuição das regiões heterocromáticas, os cromossomos portadores de Ag-RONs e realizado o mapeamento físico dos cístrons de rDNA 18S. Além disso, foi estimada a variabilidade genética e a estrutura populacional de G. uzeli através do marcador RAPD. Os resultados obtidos com a sonda de rDNA 18S revelaram um par cromossômico portador da RON nas três espécies, no entanto, em G. uzeli somente um dos elementos cromossômicos do 13º par foi marcado. Em adição, os resultados da análise citogenética indicam que os gêneros Pseudophilothrips e Liothrips apresentam grandes semelhanças em seus complementos cromossômicos. A Baixa variabilidade genética, observada com o marcador RAPD, para G. uzeli, é resultado do sistema de determinação sexual haplodiplóide e de características ecológicas. As análises citogenéticas revelaram diferenças que são difíceis de observar no nível morfológico, demonstrando a importância desta metodologia para a sistemática e a taxonomia e no esclarecimento dos complexos padrões evolutivos apresentado pela ordem.

O filo Myxozoa possui uma grande diversidade, sendo conhecidas cerca de 2300 espécies, as quais infectam principalmente peixes, mas também anfíbios répteis e aves. Para este estudo, coletas dos peixes de água doce foram realizadas no Pantanal Mato-grossense (estados de Mato Grosso e do Matogrosso do sul) e no Rio Mogi Guaçu e piscicultura do CEPTA/ICMBio (estado de São Paulo), visando estudos moleculares e morfológicos de mixosporídeos parasitas de 6 espécies de peixes. Os resultados das análises moleculares (amplificação e sequenciamento do gene 18S rDNA) e morfológicas revelaram a ocorrência de 11 espécies de mixosporídeos, sendo cinco parasitas comuns a Pseudoplatystoma corruscans e Pseudplatystoma fasciatum, três parasitas de Salminus brasiliensis, uma espécie parasita de Brycon hilarii, uma de Zungaru jahu e outra de Piaractus mesopotamicus. Das onze espécies, cinco ainda não são descritas pela literatura. A análise filogenética, utilizando o método de Neighbor-Joining, mostrou que o agrupamento das espécies ocorre principalmente de acordo com a proximidade filogenética de seus hospedeiros e que todas as espécies da América do Sul agruparam em um clado monofilético. Foi observado, em alguns pontos da árvore filogenética, que o tropismo de tecido e/ou órgão de infecção caracteriza um importante fator de seleção evolutiva. Com menor frequência também foi observado alguns agrupamentos resultantes de parasitas cuja maior relação aparente era a sua localização geográfica, porém, novos estudos ainda são necessários para determinar o verdadeiro papel deste fator na evolução dos mixosporídeos. / The phylum Myxozoa has a great diversity, with about 2300 known species, which infect mainly fishes, but also amphibians, reptiles and birds. In this study, freshwater fishes were caught in the Brazilian Pantanal wetland (Mato Grosso and Mato Grosso do Sul states) and in the Mogi Guaçu River and CEPTA/ICMBio\'s fishfarm (São Paulo state) aiming the molecular and morphological studies of myxosporeans parasites of 6 fish species. The results of molecular (amplification and sequencing of the 18S rDNA gene) and morphological analysis revealed the occurrence of 11 species of myxosporeans, five of them infecting both Pseudoplatystoma corruscans and Pseudoplatystoma fasciatum, three parasites of Salminus brasiliensis, one specie infecting Brycon hilarii, one infecting Zungaro jahu and another infecting Piaractus mesopotamicus. Of these eleven species, five are not yet described by literature. The phylogenetic analysis, using the Neighbor-joining method, showed that the species clustered mainly according to the phylogenetic distance of their hosts and that all species of South America were grouped in a monophyletic clade. In some positions of the phylogenetic tree was observed that tissue tropism and/or organ of infection characterized an important factor in evolutionary selection. Less frequently was also observed some groups containing species which the major apparent relation is its geographical position, however, new studies are still needed to determine the true role of this factor in the evolution of myxosporeans.

Submitted by Renata Lopes (renatasil82@gmail.com) on 2016-05-13T11:25:32Z No. of bitstreams: 1 marianafonsecarossi.pdf: 3622749 bytes, checksum: 75680c20f0af5b48589dec0954c64298 (MD5) / Approved for entry into archive by Adriana Oliveira (adriana.oliveira@ufjf.edu.br) on 2016-06-27T20:09:03Z (GMT) No. of bitstreams: 1 marianafonsecarossi.pdf: 3622749 bytes, checksum: 75680c20f0af5b48589dec0954c64298 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-06-27T20:09:03Z (GMT). No. of bitstreams: 1 marianafonsecarossi.pdf: 3622749 bytes, checksum: 75680c20f0af5b48589dec0954c64298 (MD5) Previous issue date: 2013-02-27 / FAPEMIG - Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais / A dissertação está dividida em três seções. A Seção 1 apresenta um estudo morfológico e taxonômico detalhado, no qual 36 espécies de ciliados do rúmen de bovino e ovino foram inventariadas, com base na observação dos ciliados in vivo, corados com preparações semipermanentes, impregnados pela técnica do carbonato de prata amoniacal e visualizados por microscopia eletrônica de varredura. Esta seção traz novas informações sobre os caracteres morfométricos importantes para a taxonomia deste grupo, com a descrição da infraciliatura e a importância do uso de técnicas ciliatológicas pouco usadas na caracterização de ciliados ruminais. Na Seção 2, com intuito de revelar a infraciliatura oral e somática para amplo espectro de gêneros e espécies de ciliados ruminais foram realizadas modificações nos protocolos existentes para a técnica do carbonato de prata amoniacal com piridina e estabelecido um protocolo modificado que permitiu a impregnação da infraciliatura oral e do aparato nuclear de todas as 36 espécies de ciliados do rúmen de bovino e ovino alimentados com cana-de-açúcar. O protocolo proposto é simples, rápido e fácil de ser reproduzido, sendo vantajoso para taxonomistas interessados em realizar estudos de levantamento de biota ruminal e para zootecnistas e ecólogos interessados em entender a estrutura da taxocenose de protistas ciliados ruminais. A Seção 3 apresenta um estudo filogenético da família Ophryoscolecidae com base em informações do gene 18S-rDNA, incluindo cinco novas sequências. Os principais resultados obtidos foram: ¹evidenciação da monofilia das subfamílias Entodiniinae e Ophryoscolecinae; ²a subfamília Diplodiniinae é considerada parafilética; ³os padrões de infraciliatura oral refletem divergência evolutiva na família Ophryscolecidae; 4evidenciação da monofilia dos padrões de ciliatura oral padrão-Entodinium, padrão Ostracodinium (Ostracodinium gracile e Ostracodinium mammosum), padrão-Epidinium e padrão-Ophryoscolex; 5a condição ancestral do padrão-Entodinium sugerida por alguns autores não pôde ser comprovada usando informações do gene 18S-rDNA. As incongruências observadas entre os dados morfológicos e moleculares refletem a necessidade de se ampliar o número de sequências do gene 18S-rDNA para representantes da família Ophryoscolecidae e investigar a evolução deste grupo usando outros marcadores moleculares. / The dissertation is divided into three sections. Section 1 provides a detailed taxonomic and morphological study, in which 36 species of rumen ciliates in cattle and sheep were inventoried, based on live observation, semipermanent preparations, pyridinated silver carbonate impregnation and scanning electron microscopy. This section provides new information on important morphometric characters for the taxonomy of this group, with the description of infraciliature and the importance of using techniques ciliatológicas underused in the characterization of rumen ciliates. In Section 2 aiming to reveal the somatic and oral infraciliature for wide spectrum of genera and species of rumen ciliates, were made modifications to existing protocols for the pyridinated silver carbonate impregnation and established a modified protocol that allowed allowed impregnation of infraciliatura oral and nuclear apparatus of all 36 species of rumen ciliates of cattle and sheep fed with cane sugar bagasse. The proposed protocol is simple, quick and easy to be reproduced, being advantageous for taxonomists interested in perform survey studies of ruminal biota and animal scientists and ecologists interested in understanding the taxocenose and structure of the rumen ciliates. Section 3 presents a phylogenetic study of the family Ophryoscolecidae based on 18S-rDNA gene information, including five new sequences. The main results were: ¹ confirmation of the monophyly of the Entodiniinae and Ophryoscolecinae subfamilies; 2 Diplodiniinae subfamily is considered paraphyletic; 3 oral infraciliature patterns reflect evolutionary divergence in the family Ophryscolecidae; 4 confirmation of monophyly of oral ciliature patterns Entodinium-type, Ostracodinium-type (Ostracodinium gracile and Ostracodinium mammosum), Epidinium-type and Ophryoscolex-type; 5 the ancestral condition of Entodinium-type suggested by some authors could not be verified using information from 18S-rDNA gene. The inconsistencies observed between the morphological and molecular data reflect the need to increase the number of 18S rDNA gene sequences to family Ophryoscolecidae representatives and investigate the evolution of this group using other molecular markers.

Submitted by Renata Lopes (renatasil82@gmail.com) on 2018-06-12T11:58:26Z No. of bitstreams: 0 / Approved for entry into archive by Adriana Oliveira (adriana.oliveira@ufjf.edu.br) on 2018-06-14T12:44:23Z (GMT) No. of bitstreams: 0 / Made available in DSpace on 2018-06-14T12:44:23Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2018-02-26 / A família Cycloposthiidae (Ciliophora, Trichostomatia) inclui protozoários ciliados simbiontes intestinais de mamíferos herbívoros conhecidos por contribuir de forma significativa no metabolismo digestivo de seus hospedeiros. Atualmente, é representada por 69 espécies, divididas em 17 gêneros. Entretanto, devido à ausência de padrão metodológico para descrições de espécies, bem como diversas outras incongruências taxonômicas, a sistemática da família Cycloposthiidae necessita de ampla reformulação. Estudos recentes tem demonstrado que a família Cycloposthiidae não é monofilética, porém, há escassez de dados molecures para investigar tais relações. Esta dissertação encontra-se dividida em duas seções. A Seção 1 apresenta breve revisão taxonômica da família Cycloposthiidae, com dados sobre taxonomia, morfologia, checklist de espécies, hospedeiros e distribuição geográfica, e discute a validade dos táxons pertencentes à família, a fim de refletir sobre a sistemática do grupo. A Seção 2 apresenta dados sobre filogenia molecular de representantes da família Cycloposthiidae e fornece dez novas sequências, sendo nove de representantes do gênero Cycloposthium e uma do gênero Monoposthium, a fim de investigar a relação entre os membros da família Cycloposthiidae e demais ciliados tricostomatídeos, e investigar a evolução de alguns caracteres morfológicos dentro do gênero Cycloposthium. Deste modo, ressalta-se a importância de conhecer melhor os representantes da família Cycloposthiidae, a considerar sua diversidade, amplo espectro de hospedeiros nos quais estas espécies ocorrem e sua importância na digestão desses animais. / The family Cycloposthiidae (Ciliophora, Trichostomatia) includes symbiotic intestinal ciliates of herbivorous mammals known to contribute significantly to the digestive metabolism of their hosts. Currently, it is represented by 69 species, divided into 17 genera. However, because to the absence of a methodological pattern for species descriptions, as well as several other taxonomic incongruities, the systematics of the family Cycloposthiidae requires extensive reformulation. Recent studies have shown that the family Cycloposthiidae is not monophyletic, however, there is a paucity of molecular data to investigate such relationships. This dissertation is divided into two sections. Section 1 presents a brief taxonomic review of the family Cycloposthiidae, with data on taxonomy, morphology, species checklists, hosts and geographic distribution, and discusses the validity of taxa belonging to the family, with the objective to reflect on the group's systematics. Section 2 presents data on molecular phylogeny of representatives of the family Cycloposthiidae and provides ten new sequences, nine of which are representatives of the genus Cycloposthium and one of the genus Monoposthium, with the objective to investigate the relationships between the members of the family Cycloposthiidae and other tricostomatids ciliates, and to investigate the evolution of some characters within the genus Cycloposthium. In this way, it is emphasized the importance of knowing better the family Cycloposthiidae, to consider its diversity, wide spectrum of hosts where the family occurs and its importance in the digestion of these animals.

Orientador: Lara Durães Sette / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-21T06:41:16Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Passarini_MichelRodrigoZambrano_D.pdf: 6997453 bytes, checksum: 0a905c32bd8d912eb875c88cff54de8e (MD5) Previous issue date: 2012 / Resumo: O oceano representa um habitat promissor na busca por novos micro-organismos, os quais podem apresentar capacidade de produzir enzimas de interesse industrial diferentes das produzidas por seus parceiros terrestres. Neste contexto, duas amostras da esponja marinha Dragmacidon reticulatum foram coletadas no litoral Norte do Estado de São Paulo, objetivando a caracterização da diversidade fúngica por métodos dependentes e independentes de cultivo, bem como a avaliação da produção, expressão da enzima e caracterização do gene da lacase. Com relação à parcela cultivada das amostras, 108 fungos filamentosos foram isolados. Destes, 64 ribotipos distintos foram submetidos aos experimentos de taxonomia polifásica e aos relacionados com a lacase. Análises macro- e microscópicas, moleculares (genes ribossomais ITS/28S) e pela técnica de MALDI TOF ICMS, resultaram na caracterização de 38 isolados distribuídos em 23 gêneros pertencentes ao Filo Ascomycota e um ao Filo Zygomycota. Este foram posteriormente depositados na Coleção Brasileira de Micro-organismos de Ambiente e Indústria (CBMAI). Dentre os isolados obtidos, uma potencial espécie nova de Penicillium foi identificada. Os resultados da triagem enzimática permitiram a seleção de dois isolados identificados como Nigrospora sp. CBMAI 1328 (0,30 U L-1) e Arthorpyrenia sp. CBMAI 1330 (0,40 U L-1), os quais foram submetidos à uma nova avaliação da atividade e expressão (RT-PCR) com indução de íons cobre e caracterização do genes da lacase. A adição de íons cobre na concentração de 5 mM, proporcionou aumento das atividades enzimáticas dos isolados CBMAI 1328 e CBMAI 1330 em 3,9X (25,2 U L-1) e 1,2X (9,0 U L-1) após 120 h, respectivamente. Os resultados da expressão dos genes da lacase para o isolado CBMAI 1328 foram os mesmos encontrados pela indução com cobre (maior expressão em 5 mM após 120 h), entretanto para o isolado CBMAI 1330, a maior expressão foi após 96 h sem adição de cobre. Os resultados da caracterização dos genes da lacase revelaram a possivel existência de 3 novos putativos genes de lacases marinhas. Com relação à parcela não cultivada, foi possível a identificação de 7 gêneros e de um fungo não cultivado (uncultured fungi) do Filo Ascomycota bem como 3 gêneros e um fungo não cultivado (uncultured fungi) do Filo Basidiomycota a partir da técnica de DGGE e do sequenciamento direto do gene RNAr ITS e do gene 18S. Em ambas as abordagens utilizadas, a maior diversidade foi encontrada na amostra DR9. Os dados derivados do presente trabalho, ressaltam a importância em se utilizar a taxonomia polifásica, bem como empregar metodologias dependente e independente de cultivo (em paralelo) para um melhor e maior conhecimento da real diversidade em amostras ambientais. Estes resultados ampliam o conhecimento dos fungos filamentosos recuperados de esponjas marinhas e demonstram o potencial biotecnológico destes micro-organismos / Abstract: The ocean represents a promissing habitat in the search for new microorganisms, which may have the ability to produce enzymes of industrial interests different from that produced by their terrestrial counterparts. In this context, two samples of the marine sponge Dragmacidon reticulatum were collected on northern coast of São Paulo State, aiming at the characterization of fungal diversity by cultureddependent and -independent approaches as well as the evaluation of the production, characterization and expression of laccase enzyme gene. Regarding the cultivated portion of the samples, around 108 filamentous fungi were isolated, belonging to 64 different taxonomic groups (ribotypes), which were subjected to enzymatic activity assays. Polyphasic taxonomy approaches (macro- and microscopic, molecular - ITS/28S ribosomal genes - and MALDI TOF ICMS analyses) resulted in the characterization of 38 isolates distributed in 23 genera belonging to the phylum Ascomycota and one to the phylum Zygomycota, which were deposited in the Brazilian Collection of Micro-organisms from Environment and Industry (CBMAI). Among the isolates recovered one possible new species of Penicillium was identified. Enzymatic screening allowed the selection of two isolates identified as Nigrospora sp. CBMAI 1328 (0,30 U L-1) and Arthorpyrenia sp. CBMAI 1330 (0,40 U L-1), which were subjected to a new activity evaluation and expression (RT-PCR) with the induction of copper ions and the laccase genes characterization. The addition of copper ions in a concentration of 5 mM resulted in an increase in the enzymatic activities of CBMAI 1328 and CBMAI 1330 strains in 3,9X (25,2 U L-1) and 1,2X (9,0 U L-1) after 120h, respectively. The results of the expression of the laccase genes for CBMAI 1328 strain were the same found by induction with copper (expression increased in 5 mM after 120 h), however for CBMAI 1330 the higher expression was after 96 h without addition of copper. Results of laccase genes characterization revealed the existence of three possible putative new marine laccase genes. Regarding to the uncultured portion of the samples, from the DGGE and direct sequencing of the ITS rRNA gene and 18S gene approaches, was possible to identify seven species of fungi and one uncultured fungus from phylum Ascomycota and three species and one uncultured fungus from phylum Basidiomycota. For both approaches used the greatest diversity was achieved in the DR9 sample. Data derived from the present work highlight the importance of using polyphasic taxonomy as well as applying culturedependent and culture-independent methodologies (in parallel) in order to have a better and greater knowledge of the real diversity in environmental sample. These results expand the knowledge of fungi recovery from marine sponges and demonstrate the biotechnological potential of these micro-organisms / Doutorado / Genetica de Microorganismos / Doutor em Genetica e Biologia Molecular

Mixosporídeos apresentam ampla distribuição geográfica e infectam principalmente peixes e invertebrados. Até o momento foram descritas aproximadamente 2.400 espécies. No entanto, para a América do Sul, onde se encontra a maior diversidade ictiofaunística, ainda existem poucos estudos. Esse estudo foi desenvolvido na Bacia do rio São Francisco a qual possui uma extraordinária ictiofauna com aproximadamente 158 espécies descritas. Entre estas, algumas espécies como aquelas da família Bryconidae merecem destaque pela importância econômica na pesca extrativista e potencial de cultivo. As analises morfológicas (microscopia de luz e análise ultraestrutural), biologia molecular (PCR e sequenciamento) foram utilizadas para descrever duas espécies novas de Myxobolus encontradas infectando um bryconídeo endêmicos do Rio São Francisco popularmente conhecido como matrinxã (Brycon orthotaenia). Myxobolus sp.1 foi encontrada no ovário e Myxobolus sp. 2 no fígado de B. orthotaenia. O estudo da interação parasito-hospedeiro permitiu a análise do processo de desenvolvimento do parasito e como interage com o hospedeiro. O estudo taxonômico foi realizado a partir da análise morfológica, utilizando microscopia de luz, microscopia eletrônica de transmissão e análise molecular através do sequenciamento do 18s rDNA. A análise filogenética também foi realizada. / Mixosporids have a wide geographical distribution and mainly infect fish and invertebrates. So far approximately 2,400 species have been described. However, for South America, where the greatest ichthyofaunistic diversity is found, there are still few studies. This study was developed in the São Francisco river basin where an extraordinary ichthyofauna has been reported with approximately 158 species described. Among these, some species such as the ones in the Bryconidae family deserve special attention because of their economic importance for extractive fisheries and potential for farming. Morphological analyses (light microscopy and ultrastructural analysis), molecular biology (PCR and sequencing) were used to describe two new species of Myxobolus found infecting an endemic bryconid, Brycon orthotaenia known as matrinxã, from São Francisco River. Myxobolus sp.1 was found in the ovary and Myxobolus sp. 2 in the liver of B. orthotaenia. The study of host-parasite interaction allowed an analysis of the developmental process of the parasite and how it interacts to the host. The taxonomic study was done by morphological analysis, using light microscopy, transmission electron microscopy and the molecular analysis was done through the sequencing of the 18S rDNA. The phylogenic tree was also performed.

Mixosporídeos apresentam ampla distribuição geográfica e infectam principalmente peixes e invertebrados. Até o momento foram descritas aproximadamente 2.400 espécies. No entanto, para a América do Sul, onde se encontra a maior diversidade ictiofaunística, ainda existem poucos estudos. Esse estudo foi desenvolvido na Bacia do rio São Francisco a qual possui uma extraordinária ictiofauna com aproximadamente 158 espécies descritas. Entre estas, algumas espécies como aquelas da família Bryconidae merecem destaque pela importância econômica na pesca extrativista e potencial de cultivo. As analises morfológicas (microscopia de luz e análise ultraestrutural), biologia molecular (PCR e sequenciamento) foram utilizadas para descrever duas espécies novas de Myxobolus encontradas infectando um bryconídeo endêmicos do Rio São Francisco popularmente conhecido como matrinxã (Brycon orthotaenia). Myxobolus sp.1 foi encontrada no ovário e Myxobolus sp. 2 no fígado de B. orthotaenia. O estudo da interação parasito-hospedeiro permitiu a análise do processo de desenvolvimento do parasito e como interage com o hospedeiro. O estudo taxonômico foi realizado a partir da análise morfológica, utilizando microscopia de luz, microscopia eletrônica de transmissão e análise molecular através do sequenciamento do 18s rDNA. A análise filogenética também foi realizada. / Mixosporids have a wide geographical distribution and mainly infect fish and invertebrates. So far approximately 2,400 species have been described. However, for South America, where the greatest ichthyofaunistic diversity is found, there are still few studies. This study was developed in the São Francisco river basin where an extraordinary ichthyofauna has been reported with approximately 158 species described. Among these, some species such as the ones in the Bryconidae family deserve special attention because of their economic importance for extractive fisheries and potential for farming. Morphological analyses (light microscopy and ultrastructural analysis), molecular biology (PCR and sequencing) were used to describe two new species of Myxobolus found infecting an endemic bryconid, Brycon orthotaenia known as matrinxã, from São Francisco River. Myxobolus sp.1 was found in the ovary and Myxobolus sp. 2 in the liver of B. orthotaenia. The study of host-parasite interaction allowed an analysis of the developmental process of the parasite and how it interacts to the host. The taxonomic study was done by morphological analysis, using light microscopy, transmission electron microscopy and the molecular analysis was done through the sequencing of the 18S rDNA. The phylogenic tree was also performed.

Alors que la Guadeloupe possède la plus grande bordure littorale de mangroves des Petites Antilles, la microfaune et la microflore bactérienne marine associées à cet écosystème sont très mal connues. Pourtant, ces diverses communautés de micro-organismes sont à la base du réseau trophique des sédiments marins de mangrove. En effet, grâce à leurs activités basées sur des processus hétérotrophes, ces micro-organismes vont permettre de dégrader la litière constituée de feuilles et branches de palétuviers tombées à la surface du sédiment. En condition anoxique, la dégradation des substrats végétaux par des bactéries sulfato-réductrices entraine la production de sulfures qui vont soutenir l’activité de bactéries chimiosynthétiques. Les protistes ciliés sont des micro-organismes eucaryotes unicellulaires caractérisés par la présence de cils sur la surface cellulaire et appartenant au micro-zooplancton. Leur mode de nutrition basé sur la phagocytose permet non seulement de favoriser la reminéralisation de la biomasse microbienne, ce qui augmente le transfert de nutriments à d'autres organismes du réseau trophique, mais facilite surtout l’émergence de nombreuses associations symbiotiques. Les résultats obtenus durant cette thèse ont permis de mettre en évidence la présence d’associations symbiotiques entre des bactéries sulfo-oxydantes ou hétérotrophes et des espèces de protistes ciliés faisant parties du périphyton de mangrove. / While Guadeloupe has the largest coastal edge of mangroves in the Lesser Antilles, the microfauna and marine bacterial microflora associated with this ecosystem are very poorly understood. However, these diverse communities of microorganisms are at the base of the marine mangrove sediment food web. Indeed, thanks to their activities based on heterotrophic processes, these micro-organisms will make it possible to degrade the litter composed of mangrove leaves and branches that have fallen to the surface of the sediment. In anoxic conditions, the degradation of plant substrates by sulfate-reducing bacteria leads to the production of sulfides that will support the activity of chemosynthetic bacteria. Ciliates protists are unicellular eukaryotic microorganisms characterized by the presence of cilia on the cell surface and belonging to micro-zooplankton. Their phagocytosis-based nutrition not only promotes the remineralization of microbial biomass, which increases the transfer of nutrients to other organisms in the food web, but also facilitates the emergence of many symbiotic associations. The results obtained during this thesis allowed to highlight the presence of symbiotic associations between sulfur-oxidizing or heterotrophic bacteria and ciliates protist species that are part of the mangrove periphyton.

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Apusozoa (Protozoa) is a phylum of heterotrophic gliding zooflagellates of unknown taxonomic affiliation, commonly observed in environmental samples. Almost nothing was previously known about the diversity and ecology of apusozoan species though, as bacterivores, they are probably important functional constituents within microbial assemblages. We explored apusozoan morphological and genetic diversity, ecology, and related methodological questions. By culturing environmental material from a range of habitats, we isolated and maintained monocultures of both previously described apusozoan orders, Apusomonadida (apusomonads) and Planomonadida (planomonads). For planomonads, we present a revised taxonomy based on morphology, ultrastructure, and 18S rDNA genetic differences. We describe nine new species and new genera Nutomonas and Fabomonas, and demonstrate ITS2 rDNA secondary structure analysis for species delineation. During our culturing effort, we also isolated two genotypes of a previously unknown flagellate group, shown here to belong to a novel third apusozoan order, Mantamonadida. We designed molecular probes specific to all three orders and applied them to environmental DNA, detecting novel 18S and ITS1 rDNA lineages in a range of habitats. We mined publically available metagenomic and metatranscriptomic sequence databases using 18S rDNA of described species as seeds, identifying hundreds of sequences with affinities to all three orders. Phylogenies featuring newly retrieved lineages with previously described species suggest that direct sequencing of transcriptomic material is more effective than amplification-dependent methods at detecting rare cells in mixed microbial assemblages. Finally, to test potential future applications of our newly isolated strains, we ran microcosm experiments examining the effect of protozoan (Cercozoa) grazing on the structure of bacterial assemblages, demonstrating that closely related and morphologically similar species can have different impacts on their prey base. Taken together, by combining traditional culturing and modern molecular methods, this thesis drastically improves our understanding of apusozoan diversity and sets the scene for future work using next-generation sequencing and ecologically driven functional experiments.