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Mobilidade da hélice 12 de receptores nucleares: comparação entre simulações de dinâmica molecular e experimentos de anisotropia de fluorescência / Nucler receptor\'s helix 12 mobility: comparison between molecular dynamics simulations and fluorescence anisotropy experimentsMariana Raquel Bunoro Batista 15 February 2013 (has links)
Receptores nucleares formam uma superfamília de proteínas responsáveis pela regulação da expressão de genes. Estruturalmente, são formados por três domínios: um domínio N-terminal bastante variável, um domínio altamente conservado de ligação com o DNA e um domínio C-terminal, menos conservado, denominado domínio de ligação com o ligante (LDB). Diversos experimentos mostram que a interação com o ligante afeta a estrutura e a mobilidade da hélice C-terminal dos receptores nucleares (hélice 12 do domínio de ligação com o ligante), sendo o principal mecanismo de ativação e repressão da transcrição. As primeiras estruturas de LBDs de receptores nucleares revelaram importantes diferenças entre estruturas contendo ligantes (holo) e estruturas apo, principalmente no que diz respeito a posição da hélice 12: em estruturas apo, foi observada a H12 em uma conformação aberta, expondo o sítio de ligação com o ligante, enquanto que em estruturas holo, foi observada a H12 em uma conformação fechada, dobrada sobre o corpo do LBD e envolvendo completamente o ligante. Essa diferença sugeriu um mecanismo para a entrada e saída de ligantes do sítio de ligação denominado modelo da ratoeira, entretanto, esse modelo apresenta diversas inconsistências e tem sido desacreditado. Estudos experimentais e teóricos recentes mostram que a hélice 12 é mais móvel na ausência de ligantes, entretanto, esses estudos não fornecem evidencias de que o aumento da mobilidade da está associado com o deslocamento da H12 em relação ao corpo do LBD, como sugerido pelo modelo da ratoeira. Embora esteja claro que a hélice 12 é mais móvel na ausência de ligantes, a dimensão da variação conformacional sofrida pela hélice 12 ainda não está clara. Nesse trabalho buscamos a construção de um modelo capaz de dimensionar a mobilidade da hélice 12 através da comparação direta entre simulações de dinâmica molecular e experimentos de anisotropia de fluorescência resolvida no tempo. Utilizando simulações de dinâmica molecular reproduzimos experimentos de anisotropia de fluorescência acoplando a sonda cys-flúor a hélice 12 do PPARγ para estudar sua mobilidade. Mostramos que as observações experimentais só podem ser explicadas por conformações onde a sonda fluorescente permanece presa a superfície do LBD. Foi mostrado também que curvas de anisotropia com decaimentos comparáveis com os decaimentos experimentais estão associados a pequenas variações conformacionais de hélice 12. Simulações para dois modelos de apo-PPARγ com a H12 aberta em relação ao corpo do LBD e para as estruturas cristalográficas de apo-RXR e apo-ER, onde a H12 também adota uma conformação aberta, revelaram curvas de anisotropia com decaimentos mais rápidos que os experimentais. Esses resultados implicam em um modelo onde a H12 sofre alterações conformacionais locais, não apresentando variações tão dramáticas como o proposto pelo modelo da ratoeira. / Nuclear Hormone Receptors comprise a protein superfamily responsible for regulation of gene expression. Structurally, they are composed by three domains: a variable N-terminal domain, a highly conserved DNA-binding domain (DBD), and a less conserved C-terminal domain, known as ligand binding domain (LBD). Many experiments have shown that the interaction with ligands affects the structure and the mobility of nuclear receptors C-terminal helix (LBDs Helix 12), being the main mechanism of transcription activation and repression. The first nuclear receptor LBDs structures revealed important differences between ligand bound (holo) and apo-structures concerning the position of the H12: in apo structures, H12 adopted an open conformation, exposing the ligand binding pocket, whereas in holo structures, the H12 was closed, packed over the body of the LBD, burying completely the ligand. This difference suggested a mechanism for ligand entry and exit from the binding pocket called mouse-trap model, however this model has several inconsistencies and has been discredited. Recent experimental and theoretical studies have shown that H12 is more labile in the absence of ligand, but these studies dont provide evidences that the increase in the mobility is associated with the detachment of H12 from the body of the LBD as suggested by the mouse-trap model. Although its clear that H12 is more flexible in the absence of ligands, the size of the conformational changes undergone by H12 is not yet clear. In this work we seek to construct a definitive model for the range of motions that H12 may undergo in the presence or absence of ligand using molecular dynamics simulations. Through direct comparison between molecular dynamics simulations and time-resolved fluorescence anisotropy experiments, we show that experimental observation can only be explained by conformations where the fluorescent probe is interacting with the surface of the PPARγ surface. We also show that simulations with anisotropy decay rates comparable to the experimental decay are associated with small helix 12 conformational changes. Simulations with two models of apo-PPARγ with H12 detached from the body of the LBD and with crystallographic structures of apo-RXR and apo-ER, where the H12 also is in an open conformation, display anisotropy decay rates significantly faster than the experimental ones. These results imply a model for the molecular mobility of the LBD where H12 undergoes local conformational changes and should exhibit dynamic properties less dramatic than proposed by the mouse trap model.
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Estudo comparativo da conformabilidade mecÃnica dos aÃos MAR 350 e MAR 300 / Comparative study of mechanical forming of MAR350 and Mar300 steels.Nathanael Wagner Sales Morais 18 December 2013 (has links)
nÃo hà / Os aÃos maraging sÃo materiais de ultra-alta resistÃncia que tem grande importÃncia tecnolÃgica devida sua aplicaÃÃo nos setores nuclear e bÃlico. Devido suas aplicaÃÃes de responsabilidade, à necessÃrio compreender como se comportam as propriedades plÃsticas desses materiais, pois a literatura carece de informaÃÃes sobre o comportamento mecÃnico dos aÃos Mar350 e de liga desenvolvida Mar350*. Esse trabalho investigou como a diferentes nÃveis de deformaÃÃo à frio influenciam as propriedades de anisotropia plÃstica de ambos materiais. Foram realizadas deformaÃÃes a frio nos nÃveis de 50, 70 e 80% por laminaÃÃo e apÃs foram realizados recozimentos a 900ÂC por 1h variando-se a taxa de resfriamento, resfriado-se as amostras em Ãgua, ao
ar e ao forno atà a temperatura ambiente. Os resultados das anÃlises metalogrÃficas mostraram que os materiais nÃo sofrem alteraÃÃes morfolÃgicas nos grÃos com a variaÃÃo de taxa de resfriamento, mas sofrem um coalescimento nas deformaÃÃes de 50 e 70%. As amostras do aÃo Mar350 laminadas a frio em 80% mostraram um ultra-refino de grÃo e a precipitaÃÃo de uma fase intermetÃlica enquanto as amostras do aÃo Mar350* mostraram um refino grÃo quando comparado Ãs demais condiÃÃes para o
mesmo aÃo, mas sem sofre um endurecimento significativo. As mediÃÃes de textura mostraram com o evoluir da deformaÃÃo à frio hà uma tendÃncia de âlimpezaâ da textura apresentado mais intensa a fibra γ. As mediÃÃes de microtextura mostram que algumas para a maioria das condiÃÃes estudadas a presenÃa da componente cubo girado menos intensa γ, componentes estas que poderiam ser a justificativa para o afastamento de ΔR
de zero e os menores valores de Rm. / The maraging steels are ultra - high strength materials that has great technological importance due its application in military and nuclear sectors . Because its applications, it is necessary to understand how the plastic properties of these materials behave, because the literature lacks information on the mechanical behavior of steel the Mar350 and alloy redeveloped Mar300 . This study investigated how different levels of cold deformation influence the properties of plastic anisotropy of both materials . Cold deformation were carried out on levels of 50, 70 and 80% by rolling and after was made annealing were the materials carried out at 900 Â C for 1h varying the rate of cooling, the samples were cooled in water , air and the furnace until the room temperature. The results of metallographic analysis showed that the materials do not undergo morphological changes in the grains by varying the cooling rate, but some coarsening undergo a deformation in 50 and 70%. The samples of cold rolled steel Mar350 80% showed an ultra- grain refinement and precipitation of an intermetallic phase while the samples of steel Mar350* showed grain refining compared to the other conditions for the same steel, but without undergoes a significant hardening. The texture measurements showed the evolution of the cold deformation there is a tendency to cleanup texture appears more intense γ fiber . The measurements show that some microtexture for most conditions studied the presence of other components less intense outside the fiber γ , these components that could be the reason for the displacement of ΔR zero.
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Estudo do fenômeno da auto-intersecção em um anel anisotrópico / Study of the self-intersection anomaly in an anisotropic ringJesús Antonio García Sánchez 17 November 2008 (has links)
Estuda-se numericamente uma placa circular homogênea com furo centrado sob estado plano de deformação. A placa está fixa ao longo do contorno interno e está sob compressão radial uniforme ao longo do contorno externo. O material da placa é elástico-linear e anisotrópico. Apresenta-se a solução analítica do problema, a qual satisfaz as equações governantes de equilíbrio, no contexto da elasticidade linear clássica. Esta solução prediz o comportamento espúrio da auto-intersecção em uma região central da placa. Para evitar este comportamento, utiliza-se uma teoria que propõe encontrar um campo de deslocamento que minimize a energia potencial total do corpo sujeito à restrição de injetividade local para o campo da deformação correspondente. Esta teoria, juntamente com o método das penalidades interiores, permite encontrar uma solução numérica que preserva a injetividade. Esta solução corresponde a um campo de deslocamento radialmente simétrico. Estuda-se a possibilidade de encontrar uma solução rotacionalmente simétrica do problema restrito, em que o campo de deslocamento possua as componentes radial e tangencial, ambas funções somente do raio. Os resultados desta última modelagem mostram que a componente tangencial é nula, indicando que o campo de deslocamento é, de fato, radialmente simétrico. Mostra-se também que a solução do problema do anel converge para a solução do problema de um disco sem furo à medida que o raio do furo tende a zero. / This work concerns a numerical study of a homogeneous circular plate with a centered hole that is under a state of plane strain. The plate is fixed at its inner surface and is under uniform radial compression at its outer surface. The plate is linear, elastic, and anisotropic. An analytical solution for this problem, which satisfies the governing equations of equilibrium, is presented in the context of classical linear elasticity. This solution predicts the spurious behavior of self-intersection in a central region of the plate. To avoid this behavior, a constrained minimization theory is used. This theory concerns the search for a displacement field that minimizes the total potential energy of the body, which is a quadratic functional from the classical linear theory, subjected to the constraint of local injectivity for the associated deformation field. This theory together with an interior penalty method and a standard finite element methodology yield a numerical solution, which is radially symmetric, that preserves injectivity. Here, it is investigated the possibility of finding a rotationally symmetric solution to the constrained problem; one for which the associated displacement field has radial and tangential components, which are both functions of the radius only. The numerical results show, however, that the tangential component is zero. It is also shown that, as the radius of the hole tends to zero, the corresponding sequence of solutions tends to the solution of a solid disk.
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Ressonância magnética eletrônica em materiais heterogêneos : Gd5(SixGe1-x)4, Co-SiO2 e Co-Cu / Electron spin resonance in heterogeneous materials: Gd5(SixGe1-x)4 , Co-SiO2 and Co-CuPires, Manoel Jose Mendes 02 March 2006 (has links)
Orientador: Edson Correa da Silva / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas. Instituto de Fisica Gleb Wataghin / Made available in DSpace on 2018-08-05T10:58:19Z (GMT). No. of bitstreams: 1
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Previous issue date: 2006 / Resumo: Estudamos materiais magnéticos heterogêneos por meio de várias técnicas experimentais mas tendo como técnica principal a ressonância magnética eletrônica (RME), tanto no regime ferromagnético quanto no paramagnético. Dois grupos de materiais foram investigados: compostos de Gd5(SixGe1-x)4 e filmes finos granulares de cobalto embebido em matrizes metálicas (cobre) e semicondutoras (dióxido de silício). Ambos são materiais de grande interesse tecnológico, sobretudo para aplicações em refrigeração magnética no primeiro caso e em dispositivos para gravação e leitura magnética no último. Medidas de RME em função da temperatura foram utilizadas para a caracterização de fases coexistentes em compostos de Gd5(S ixGe1-x)4 permitindo uma discriminação de seus comportamentos magnéticos individuais mais clara do que pode ser obtido por técnicas de magnetometria. É apresentado um estudo detalhado do fator de separação espectroscópica no regime paramagnético que permite a determinação do parâmetro de troca entre os spins localizados e os elétrons de condução. E todos esses resultados são empregados para a análise do complexo comportamento magnético de toda essa família de compostos. Medidas de ressonância ferromagnética em função da orientação do campo magnético aplicado e em função da temperatura foram empregadas para a determinação das anisotropias magnéticas efetivas de filmes finos de Co10C u90 e de Co-SiO2de várias composições. Para estes últimos empregamos um modelo que considera explicitamente a anisotropia de forma dos aglomerados de Co e que prevê, a partir disto, um termo de anisotropia perpendicular adicional ao que advém da forma da amostra. A análise das linhas de ressonância permitiu ainda uma discussão a respeito das interações magnéticas entre os aglomerados e de como distintos conjuntos de partículas magnéticas contribuem para o comportamento magnético global das amostras / Abstract: We have studied heterogeneous materials by means of several experimental techniques but adopting electron spin resonance (ESR) as the main one, both in the paramagnetic and ferromagnetic regimes. Two sets of materials were investigated: Gd5(SixGe1-x)4 compounds and granular thin films of Co embedded into metallic (Cu) and semiconductor (SiO2) matrixes. There is a great interest on the technological applications of these materials, especially for magnetic refrigeration concerning the former and for magnetic recording and reading devices concerning the last set. ESR measurements as a function of temperature were used for a characterisation of the coexisting phases on Gd5(S ixGe1-x)4 compounds, which allowed a more clear discrimination of their individual behaviours than what can be obtained by magnetometry techniques. It is presented a detailed study of the spectroscopic splitting factor in the paramagnetic regime that allows a determination of the localised spin¿conduction electron exchange parameter. All these results are employed for a analysis of the complex magnetic behaviour of this family of compounds. Ferromagnetic resonance measurements as a function of the orientation of the applied magnetic field and also as a function of temperature have been employed for the determination of the effective magnetic anisotropies of Co10Cu90 and Co-SiO2 thin films of several compositions. For these last films we employed a model considering explicitly the shape anisotropy of the Co clusters, which leads to a perpendicular anisotropy term additional to the one coming from the sample shape. Furthermore, the analysis of the resonance lines allowed a discussion about the magnetic interactions between the clusters and also about the manner as different sets of magnetic particles contribute to the whole magnetic behaviour of the samples / Doutorado / Física da Matéria Condensada / Doutor em Ciências
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Estudo por ressonância ferromagnética das anisotropias uniaxial e unidirecional em bicamadas e tricamadas magnéticas / Ferromagnetic resonance study of the anisotropies uniaxial and unidirectional magnetic bilayer and tricamadasSousa, Marcos Antonio de 15 April 2009 (has links)
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Previous issue date: 2009-04-15 / The Ferromagnetic Resonance (FMR) technique at the X-band (~ 9.70 GHz) and Q-band (~ 34.0
GHz) was used to study the magnetic properties of NiO/Co, NiO/Py and Py/FeMn bilayers, and
Co/NiO/Co trilayers with different thicknesses, deposited by dc magnetron sputtering technique in
the presence of a 400 Oe magnetic field. The FMR experiments were all done at room
temperature using a high sensitivity Bruker ESP-300 spectrometer, with static scanning field and
usual modulation and phase sensitive detection techniques. The angular dependence of the inplane
resonance field allows the measurement of the exchange bias field for some NiO/Py
bilayers and the uniaxial anisotropy of the Co layer of NiO/Py bilayers and Co/NiO/Co trilayers.
The value of the exchange bias field of the NiO/Py bilayers varies from 29 Oe to 123 Oe while the
uniaxial anisotropy field of the Co layer, varies from 5 to 45 Oe. For Co/NiO/Co trilayers, the Co
in-plane uniaxial anisotropy field varies from 34 to 216 Oe. The out-of-plane angular dependence
of the resonance field allows the measurement of the effective magnetization and the g-factor,
which depend not only on the specific parameters of the samples, such as thickness of the
ferromagnetic layer, but also on the deposition conditions. The results obtained were compared
with known values in the literature and show the high sensitivity of the ferromagnetic resonance
technique in the study of the magnetic anisotropy and the exchange bias phenomena. / A técnica de ressonância ferromagnética (FMR) foi utilizada para estudar propriedades
magnéticas de bicamadas NiO/Co, NiO/Py e Py/FeMn (Py = Ni81Fe19) e tricamadas Co/NiO/Co,
com diferentes espessuras das camadas ferromagnética e antiferromagnética, depositadas pela
técnica de dc magnetron sputtering na presença de campo magnético de 400 Oe. Os experimentos
de FMR foram todos realizados em temperatura ambiente usando um espectrômetro Bruker ESP-
300 de alta sensibilidade, com varredura do campo estático e técnicas padrões de modulação e
detecção sensível à fase, em Banda-X (~ 9.70 GHz) e Banda-Q (~ 34.0 GHz). A dependência
angular do campo de ressonância res H no plano do filme permitiu medir o campo de exchange
bias observado em algumas bicamadas NiO/Py. Para as demais bicamadas e as tricamadas
Co/NiO/Co foi possível medir a anisotropia uniaxial no plano da camada de Co. Os valores dos
campos de exchange bias medidos para as bicamadas variaram de 29 Oe a 123 Oe, enquanto que
os campos de anisotropia uniaxial variaram de 5 a 45 Oe. Para as tricamadas Co/NiO/Co, os
campos de anisotropia uniaxial no plano apresentaram grande variação de 34 a 216 Oe. A
dependência angular do campo de ressonância fora-do-plano do filme permitiu obter os valores da
magnetização efetiva e do fator-g, dependentes não somente de parâmetros específicos das
amostras, como a espessura da camada ferromagnética, mas também das condições de deposição.
Os resultados obtidos foram comparados com valores conhecidos na literatura e mostram a alta
sensibilidade da técnica de ressonância ferromagnética para o estudo da anisotropia magnética e
do fenômeno de exchange bias
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Estudo do comportamento hidráulico de mistura solo-bentonita visando alternativa de emprego como sistema de proteção para aterros sanitários / Study of the hydraulic behavior of soil-bentonite mixture seeking employment as protection system for sanitary landfillsChristopher Fonseca da Silva 27 February 2015 (has links)
Este trabalho apresenta um estudo sobre a influência do acréscimo de 4% de bentonita sódica, da anisotropia inerente, produzida pela compactação, e do estado de tensões no comportamento hidráulico de um solo areno-argiloso encontrado na região Costeira Sul do estado do Rio Grande do Sul. Neste estudo, busca-se não somente viabilizar o emprego do referido solo como barreira mineral em obras de proteção ambiental, mas também verificar seu desempenho, quando misturado ao aditivo, perante as condições de fluxo de água experimentalmente impostas, antes e depois da fase de consolidação, nas direções normal e paralela aos planos de orientação preferencial das partículas e poros a elas associados. Com o escopo de atingir tais objetivos, executaram-se dois métodos de compactação (ensaios Mini e Proctor Normal) para a moldagem de corpos de prova com planos de orientação preferencial das partículas ou de compactação normais (θ = 90º) e paralelos (θ = 0º) à vertical. As amostras de solo e mistura foram compactadas na energia Proctor Normal e submetidas aos ensaios triaxiais de condutividade hidráulica, em permeâmetro de parede flexível à carga constante, e de consolidação. A técnica permitiu determinar a condutividade hidráulica dos materiais para vazões desenvolvidas preferencialmente nas direções normal e paralela aos planos de compactação dos corpos de prova. Os resultados demonstram que o acréscimo de 4% de bentonita sódica provoca uma redução da condutividade hidráulica do solo, que supera o valor mínimo exigido de 10-9 m/s em ambas as direções de fluxo, habilitando o emprego deste material para a aplicação prevista. Além disso, verifica-se que a compactação confere um comportamento hidráulico anisotrópico ao solo, no entanto, quando misturado ao aditivo no teor indicado, seu comportamento se modifica, tornando-se mais isotrópico. Os resultados ainda revelam que o efeito da tensão de confinamento sobre a diminuição da condutividade hidráulica do solo e da mistura se mostra significativo para ambas as modalidades experimentais. / This work proposes to evaluate the influence of the inherent anisotropy, promoted by compaction, and the confining pressure on the hydraulic behavior of a clayey sand from the south coastal region of Rio Grande do Sul state (Brazil), in pure condition and mixed with 4% sodium bentonite content. This study aims to make possible the use of this soil as mineral barrier in environmental protection works, as well as evaluating the hydraulic behavior of both materials (soil and mixture), before and after the consolidation stage, when developed water flow conditions in the perpendicular and parallel directions in relation to the compaction planes of the compacted samples. In order to achieve these objectives, was performed a Standard Proctor Test and an alternative compaction test (Mini-test), intending to get specimens with compaction planes in the perpendicular (θ= 90º) and parallel (θ = 0º) directions in relation to the vertical. The soil and mixture samples were compacted at Normal Proctor energy and subjected to the triaxial consolidation and hydraulic conductivity tests. The technique allowed to evaluate the hydraulic conductivity of the specimens for flow perpendicular and parallel to the directions of the compaction planes. The results indicate that the increase of 4% sodium bentonite content reduces the hydraulic conductivity of the soil in both flow directions, making it suitable for employment as protection system in sanitary landfills or in other similar applications. Furthermore, it is observed that compaction provides anisotropic hydraulic behavior to the soil, however, when it is mixed with 4% sodium bentonite content, its behavior changes, becoming more isotropic. The results also reveal that the effect of the confining pressure on the decrease in hydraulic conductivity of the soil and mixture is significant in both adopted experimental conditions.
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Imagem por tensor de difusão da substância branca aparentemente normal no comprometimento cognitivo leve e na doença de Alzheimer / Diffusion tensor imaging of normal-appearing white matter in mild cognitive impairment and early Alzheimer diseaseMartins, Sergilaine Pereira, 1965- 25 August 2018 (has links)
Orientador: Elizabeth Maria Aparecida Barasnevicius Quagliato / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciências Médicas / Made available in DSpace on 2018-08-25T22:29:43Z (GMT). No. of bitstreams: 1
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Previous issue date: 2014 / Resumo: A ressonância magnética por tensor de difusão (DTI) proporciona aumento da sensibilidade para estudar a alterações na microestrutura da substância branca aparentemente normal (SBAN) in vivo e é especialmente indicada para estudar doenças que apresentam lesão axonal e desmielinização. No presente estudo, sugerimos a hipótese de que a neurodegeneração produz alterações microestruturais na SBAN de indivíduos com DA e CCL, especialmente em regiões específicas do cérebro. Foram estudados 71 participantes (21 com DA leve, 25 com CCL e 25 controles normais-CN) que foram recrutados de serviço médico neurológico em Campinas. Os indivíduos foram avaliados por um protocolo de avaliação clínica padronizada que incluiu: escala de depressão geriátrica (GDS), questionário de atividades funcionais (FAQ - Pfeffer), mini exame do estado mental (MEEM), teste de aprendizado auditivo-verbal de REY (RAVLT), testes de memória prospectiva (MP) (consulta e pertence) (subtestes do Teste de Memória Comportamental Rivermead), teste de fluência verbal (FV) (animais e FAS), teste desenho do relógio (TDR) e teste de nomeação de Boston (TNB). As imagens de RNM foram adquiridas usando um scanner MRT 1.5. A anisotropia fracionada (FA) e as difusividades axial (DAx) e radial (DRa) foram analisadas em regiões de interesse (ROI) alocados nos lobos frontal, parietal, temporal e occipital. FA, DAx e DRa foram calculadas para cada ROI. Em seguida, calculamos as médias de todas as seções para FA, DAx, e DRa para cada região da SBAN bilateralmente. Resultados: Nossos resultados mostraram que: (1) Comparado com CN, o grupo CCL demonstrou diminuição da FA no lobo frontal (parte do fórceps menor e do fascículo uncinado e coroa radiada), região importante para a memória episódica. (2) Na avaliação por análise de regressão múltipla, FA e DAx frontal, DAx temporal e parietal e FA occipital formaram um padrão de parâmetros associados ao maior risco para CCL e DA. (3) O estudo da acurácia revelou que a DTI da região frontal é a que apresenta maior sensibilidade e especificidade para identificar CCL. Em relação à DA, as variáveis FA frontal e temporal e DAx parietal apresentaram maior especificidade para identificar DA. (4) Não encontramos correlação robusta entre variáveis neuropsicológicas e de neuroimagem / Abstract: MRI technique, diffusion tensor imaging (DTI), provides increased sensitivity to alterations in the microstructure of white matter in vivo and is especially indicative for diseases causing axonal damage and demyelination. In the present study, we hypothesized that neurodegeneration produces microstructural changes in the cerebral white matter of subjects with AD and MCI, especially in specific regions in the brain. We studied 71 participants (21 mild AD, 25 MCI, and 25 normal controls-NC) that were recruited from neurological medical service in Campinas. Subjects were evaluated by using a standardized clinical evaluation protocol, which included: Geriatric depression Scal (GDS), the functional activities questionnaire (FAQ-Pfeffer), mini-mental status examination (MMSE), Rey auditory verbal learning test (RAVLT), prospective memory (Rivermead Behavioral Memory Test), verbal fluency test (animal and FAS), clock drawing test and Boston naming test. MR images were acquired using a 1.5 T MR scanner. Fractional anisotropy (FA) and axial and radial diffusivities (DA and DR) were analyzed in regions of interest (ROIs) in frontal, parietal, temporal and occipital lobes. FA, DA, and DR were calculated for each ROI. Then the measures of FA, DA, and DR were averaged across all the sections of each white matter region bilaterally. Our results showed that: (1) Compared to NC, MCI group showed decreased FA in the frontal lobe (the minor forceps and the uncinate fasciculus, and corona radiata), important region to episodic memory. (2) The evaluation by multiple regression analysis, frontal FA and DA, temporal and parietal DA and occipital FA formed a pattern of parameters associated with increased risk for MCI and AD. (3) The accuracy revealed that the frontal area has the greatest sensitivity and specificity to identify MCI. Regarding the AD, the frontal FA and temporal and parietal DA have the greatest specificity for identifying AD. (4) We did not find correlation between neuropsychological and neuroimaging variables / Doutorado / Neurologia / Doutora em Ciências Médicas
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Environment-induced anisotropy and the sensitivity of the radical pair mechanism in the avian compass / Anisotropia induzida pelo ambiente e a sensibilidade do mecanismo de pares radicais na orientação magnética aviáriaCarrillo Lozada, Alejandro, 1983- 04 July 2013 (has links)
Orientadores: Marcos Cesar de Oliveira, Silvio Antonio Sachetto Vitiello / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Física Gleb Wataghin / Made available in DSpace on 2018-08-22T14:05:32Z (GMT). No. of bitstreams: 1
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Previous issue date: 2013 / Resumo: O campo magnético da Terra é essencial na orientação de pássaros migratórios. A explicação mais promissora para esta orientação utiliza o mecanismo de pares ra-dicais (PR) criados em uma reação foto-estimulada, a qual é conjecturada ocorrer em fotorreceptores criptocromo. Esta última conjectura foi particularmente reforçada recentemente pela evidência de sensibilidade magnética do criptocromo humano. Os radicais devem ter uma anisotropia intrínseca, a fim de definir um quadro de referência para esse tipo de bússola. Esta anisotropia, quando introduzida através de interação hiperfinas, impõe imobilidade ao RP formado dentro do olho do pássaro, e implica na preservação do emaranhamento entre os elétrons desemparelhados do PR por tempos longos (de centenas de microssegundos). Consequentemente, os tempos de coerência são também longos, mesmo que o papel do emaranhamento na reação permaneça desconhecido. Mostra-se que esse tipo de anisotropia devido às interações hiperfinas não é necessário para o funcionamento da bússola. Pares radicais isotrópicos, isto é, moléculas que executam um movimento de rotação ou de difusão capaz de remover qualquer anisotropia no Hamiltoniano quando submetidos a um processo de decoerência rápida, são capazes de fornecer a anisotropia necessária para que a bússola funcione. O ambiente no qual o PR está imerso _e responsável pelo referencial da bússola, relaxando a hipótese de imobilidade. Isto expande significativamente a gama de aplicabilidade do mecanismo de PR fornecendo mais elementos para pesquisa experimental, quanto as moléculas candidatas não devem estar fixas na retina. Utilizando esta fonte externa de anisotropia, mostramos que o emara-nhamento não é necessário para o bom funcionamento da bússola dado que estados separáveis podem formar produtos anisotrópicos sob as condições apropriadas. Condições iniciais classicamente correlacionadas para o PR, ou em outras palavras, estados iniciais sem correlação quântica, podem fornecer uma outra fonte da anisotropia necessária para o bom funcionamento da bússola; dado que o estado inicial não _e um estado singleto (ou tripleto) perfeito entre os spins eletrônicos e portanto não _e um estado maximamente emaranhado, esta nova fonte de direção preferencial na criação dos produtos químicos ganha relevância / Abstract: Earth's magnetic field is essential for orientation of migratory birds. The most promising explanation for this orientation employs the photo-stimulated radical pair (RP) mechanism, conjectured to occur in cryptochrome photoreceptors. This last conjecture has been particularly reinforced recently by the evidence of magnetosensivity of human cryptochrome. The radicals must have an intrinsic anisotropy in order to define a reference frame for this kind of compass. This anisotropy, when introduced through hyperfine interactions, imposes immobility of the RP formed within the eye of the bird, and implies that entanglement between the unpaired electrons of the RP is preserved over long times of hundreds of microseconds; therefore the coherence times are longer, even if the role of entanglement in the reaction remains unknown. We show that this kind of anisotropy due to hyperfine interactions is not necessary for the proper functioning of the compass. Isotropic radical pairs, i.e., molecules performing diffusional or rotational motion able to average away any anisotropy in the hamiltonian, when subjected to a fast decoherence process, are able to provide the anisotropy required for the compass to work. The environment in which the RP is immersed is then responsible for the reference frame of the compass, relaxing the immobility assumption. This significantly expands the range of applicability of the RP mechanism providing more elements for experimental search, as the candidate molecules must not be fixed within the retina. Using this external source of anisotropy, we show that entanglement is not necessary for the proper working of the compass, given that separable states can form anisotropic yields under proper conditions. Classically correlated initial conditions for the RP, or in other words, initial states without quantum correlations, can provide another source of the required anisotropy for the proper working of the compass; given that the initial state is not a perfect singlet (or triplet) state between the electronic spins and therefore is not a maximally entangled state, this new source of preferred direction in the creation of the chemical products gains relevance / Mestrado / Física / Mestre em Física
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Modelagem física de meios fraturados anisotrópicos e estudo da birrefringência sísmica em função dos parâmetros anisotrópicos / Physical modeling of anisotropic fractured media and study of seismic splitting as a function of the anisotropic parametersFigueiredo, José Jadsom Sampaio de 03 May 2012 (has links)
Orientador: Joerg Dietrich Wilhelm Schleicher / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Engenharia Mecânica e Instituto de Geociências / Made available in DSpace on 2018-08-20T00:32:10Z (GMT). No. of bitstreams: 1
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Previous issue date: 2012 / Resumo: Meios anisotrópicos fissurados ou fraturados têm sido amplamente investigados em muitos estudos teóricos e experimentais. Neste trabalho, realizamos uma série de medidas ultrassônicas objetivando investigar o comportamento de diferentes meios artificialmente anisotrópicos. Três questões foram abordadas: (1) estudo da birrefringência da onda S em função da frequência da fonte, (2) estimativa das direções de fraturas através de ondas elásticas e (3) o estudo do excesso de complacência em meio transversalmente isotrópico com a inclusão de fissuras. No primeiro caso, o efeito da frequência da fonte na estimativa dos parâmetros elásticos (o parâmetro de Thomsen e a atenuação de ondas cisalhantes) foi estudado em três modelos anisotrópicos contendo inclusões (pequenos discos de borrachas) em uma matriz sólida de resina epóxi e densidade de fissuras variando de 0 para 6,2 %. Dois dos três modelos fissurados tem 10 camadas enquanto o outro tem 17. Medidas de birrefringência das onda S têm mostrado que efeitos de dispersão são mais proeminentes em modelos em que a razão entre o comprimento de onda sísmica e a abertura da fissura é 1,6 - 1,64 do que para outros modelos em que essa razão está variando entre 2,72 - 2,85. O modelo com grandes fissuras deu uma magnitude de atenuação três vezes maior em comparação com outro modelo que tinha pequenas inclusões. Os resultados para estes modelos indicam que o espalhamento elástico, as atenuações intrínseca e de espalhamento ...Observação: O resumo, na íntegra, poderá ser visualizado no texto completo da tese digital / Abstract: Anisotropic cracked media have been widely investigated in many theoretical and experimental studies. In this work, we have performed ultrasonic surveys to investigate the behavior of different artificially anisotropic media. Three questions were addressed here: (1) study of the S-wave splitting as a function of source frequency, (2) estimation of the fracture directions using elastic waves and (3) investigation of compliance excess in transversally isotropic media with crack inclusions. Firstly, we studied the effect of source frequency on the estimation of elastic parameters (the Thomsen parameter and shear-wave attenuation) in four anisotropic models containing cracks simulated by penny-shaped rubber inclusions in a solid epoxy resin matrix with crack density that ranges from 0 to 6.2 %. Two of the three cracked models have 10 layers and the last one has 17 layers. Our S-wave splitting measurements have shown that scattering e_ects are more prominent in models where the ratio of seismic wavelength to crack aperture ranges from 1.6 to 1.64 than in other models where this ratio varies from 2.72 to 2.85. The model with large cracks gave a magnitude of attenuation three times higher as compared with another model that had small inclusions. The results for these models indicate that elastic scattering, intrinsic and scattering attenuation ...Note: The complete abstract is available with the full electronic document / Doutorado / Reservatórios e Gestão / Doutor em Ciências e Engenharia de Petróleo
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Vibration of flexible and rigid plates on transversely isotropic layered media = Vibração de placas flexíveis e rígidas em meios estratificados transversalmente isotrópicos / Vibração de placas flexíveis e rígidas em meios estratificados transversalmente isotrópicosLabaki, Josué, 1982- 21 August 2018 (has links)
Orientador: Euclides de Mesquita Neto / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Engenharia Mecânica / Made available in DSpace on 2018-08-21T04:39:32Z (GMT). No. of bitstreams: 1
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Previous issue date: 2012 / Resumo: Este trabalho apresenta novos modelos para descrever o comportamento harmônico de placas rígidas e flexíveis incrustadas em meios estratificados. Incrustações profundas das placas são representadas por interfaces bi-materiais de meios viscoelásticos transversalmente isotrópicos. Incrustações rasas são representadas por meios estratificados viscoelásticos transversalmente isotrópicos. Os modelos de meios circundantes são obtidos com base em modelos clássicos disponíveis na literatura, que estão em coordenadas cilíndricas. O método usado para obter esses modelos envolve transformadas de Hankel, com o objetivo de obter as equações de movimento em um domínio no qual elas possam ser manipuladas algebricamente. Algumas funções de interesse são expandidas em séries de Fourier, para decompor grandezas como deslocamentos, tensões e carregamentos em termos axissimétricos e antissimétricos. No modelo de placa rígida, a incrustação da placa é descrita assumindo que uma superfície circular do meio circundante é rígida. Um conjunto de equações integrais acopladas, que relaciona deslocamentos e força de superfície atuantes nesta superfície, é resolvido por meio de discretização da superfície em discos anulares concêntricos. A teoria de Kirchhoff para placas finas é usada como modelo de placa flexível. Uma tentativa de solução para o perfil de deflexão da placa é definido em termos de série de potência. Uma função envolvendo as energias de deformação da placa e do meio é definida, cuja minimização, sob as restrições impostas pelas condições de contorno da placa, resulta no perfil de deflexão da placa incrustada. Os modelos de placa rígida e flexível incrustadas são comparados com resultados da literatura para incrustações em meios isotrópicos. Novos resultados são fornecidos para os casos de incrustações rasas ou profundas em meios viscoelásticos estratificados transversalmente isotrópicos, sob a ação de forças harmônicas verticais e transversais, assim como momentos. Os resultados deste trabalho contribuem para o estudo de fundações e âncoras em solos estratificados / Abstract: This work presents new models to describe the time-harmonic behavior of rigid and flexible circular plates embedded in layered media. Deep embedments of the plates are represented by bimaterial viscoelastic transversely isotropic interfaces. Shallow embedments are represented by multilayered viscoelastic transversely isotropic media. The models of surrounding media are derived according to classical models available in the literature, which are in cylindrical coordinates. The method used to derive these models involves Hankel transforms, in order to bring the equations of motion to a domain in which they can be dealt with algebraically. A few functions of interest are expanded in Fourier series, in order to describe quantities such as displacements, stresses and loadings in terms of axisymmetric or antisymmetric components. In the model of rigid plate, the embedded plate is described by considering that a circular surface within the surrounding medium is rigid. A set of coupled integral equations, which relate the displacements and the unknown tractions across this surface, is solved by discretizing the surface into concentric annular disc elements. Kirchhoff theory of thin elastic plates is used to describe the flexible plate. A trial function to describe the deflection profile of the plate is defined in terms of a power series. An energy functional is established, which involves the strain energy of the plate and of its surrounding medium. The minimization of this functional, under the restriction that is must satisfy the boundary conditions at the plate edge, results in the deflection profile of the embedded plate. The models of embedded plates are compared with previous results from the literature for the case of different embedments in isotropic media. New research results are provided for the case of shallow and deep embedments in layered viscoelastic transversely isotropic media, under time-harmonic vertical and transverse loads and rocking moments. The results of this work contribute to the study of embedded foundations and anchors in layered soil / Doutorado / Mecanica dos Sólidos e Projeto Mecanico / Doutor em Engenharia Mecânica
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