Le microbiote intestinal joue un rôle fondamental chez son hôte. Son étude contribue à la compréhension de différents mécanismes physiologiques chez l’hôte. Suite à l’interdiction d’utiliser des antibiotiques comme facteurs de croissance dans l’alimentation animale, l’utilisation de probiotiques s’est largement répandue pour améliorer les performances zootechniques des animaux. De plus, depuis 1999, des études ont été demandée aux pays producteurs de foie gras de rechercher des méthodes alternatives au gavage. Les travaux de cette thèse se sont donc articulés autour de ces deux objectifs. L’effet de la supplémentation en probiotiques (genre Lactobacillus ou mix de souches) chez des canards mulard durant la phase d’élevage et de gavage a donc été étudié. Si aucun effet des probiotiques sur le métabolisme n’a été démontré, l’expression des marqueurs de l’inflammation a diminué lors du gavage. De plus, nous avons confirmé l’importance du genre Lactobacillus, pendant le gavage, groupe bactérien à fort pouvoir amylolytique. Dans un second temps, la composition du microbiote intestinal de l’oie grise landaise gavée ou suite à une stéatose hépatique spontanée a été étudiée et comparée dans le cadre d’un projet d’alternative au gavage. Pour finir, une étude sur le déclenchement d’une stéatose hépatique chez des oies issues du système de reproduction à l’aide d’un aliment complet de croissance a été réalisée. Ces deux études sur les oies nous ont permis d’observer des similitudes dans les phyla majoritaires du microbiote intestinal qui sont les Firmicutes et les Proteobacteria bien que des différences ont été observées à des niveaux taxonomiques plus bas. L’ensemble de ces travaux ont confirmé la corrélation entre diversité du microbiote intestinal et aptitude à déclencher une stéatose hépatique qu’elle soit issue d’un gavage ou spontanée. / The intestinal microbiota plays a fundamental role in its host. Microbiota studies contribute to understand the different physiological mechanisms in the host. Then, following the ban on antibiotics as growth factors in animal feed, the use of probiotics has increased to improve zootechnical performances. Moreover, since 1999, studies have been requested to the European countries producing “foie gras” to develop alternative methods to overfeeding. The work of this phD was organized according to these two objectives. The effect of probiotic supplementation in ducks during breeding and overfeeding periods was studied. If no impact of probiotics on metabolism has been demonstrated, the expression of markers of inflammation decreased during overfeeding. Moreover, we confirmed the importance of the Lactobacillus genus during overfeeding period, bacterial group with strong amylolytic activities. In a second step, the composition of the intestinal microbiota of the graylag goose after overfeeding period or following a spontaneous hepatic steatosis was studied and compared. Finally, a study on the initiation of hepatic steatosis in graylag geese fed with complete pellets was performed. These two geese studies allowed us to observe the similarities in the major phyla of the intestinal microbiota. Major phylum are still Firmicutes and Proteobacteria although differences were observed at lower taxonomic levels. All of these studies confirmed the correlation between intestinal microbiota diversity and the ability to trigger hepatic steatosis, whether with overfeeding or spontaneous.