La phylogénétique est un champ de recherche de la biologie qui étudie les relations évolutives entre les espèces grâce à des données moléculaires et morphologiques. Ces relations peuvent être résumées dans un arbre communément appelé "arbre des espèces". Ces arbres sont principalement estimés en analysant des "arbres de gènes", i.e., des arbres évolutifs construits par l'analyse d'une famille de gènes. Toutefois, pour des raisons à la fois méthodologiques et biologiques, un arbre de gènes peut différer par endroits de l'arbre des espèces. Pour estimer ce dernier, les biologistes analysent donc simultanément plusieurs jeux de données correspondant à différentes familles de gènes, laissant le poids de l'évidence décider. Ce travail de thèse s'est focalisé sur l'approche "super-arbre" pour combiner les jeux de données. Cette approche consiste premièrement à construire des arbres (appelés communément arbres sources) à partir de données primaires, puis à les assembler en un arbre plus grand et plus complet, appelé super-arbre. Si elles sont utilisées au sein d'une approche "diviser pour régner" dans le but de reconstituer des grandes parties de l'arbre de vie, il est préférable d'utiliser une méthode de super-arbres conservative afin d'obtenir des arbres très fiables. Dans ce contexte, une méthode de super-arbre doit afficher seulement des informations fiables qui sont présentes ou induites par les arbres sources (propriété d'induction - PI), et qui n'entrent pas en conflit avec ces derniers ou avec une de leurs combinaisons (propriété de non contradiction - PC). Nous avons défini de manière formelle ces deux propriétés. De plus, comme aucune des méthodes de super-arbres existantes ne garantissait l'obtention d'un super-arbre satisfaisant PI et PC, nous avons développé un algorithme permettant de modifier un super-arbre afin qu'il les satisfasse. Nous avons également conçu deux méthodes, PhySIC et PhySIC_IST, qui construisent directement des super-arbres satisfaisant ces deux propriétés. L'application de PhySIC_IST au problème complexe de la phylogénie des Triticeae a permis de mieux comprendre l'histoire évolutive de ce groupe. Les événements de duplication aboutissent presque toujours à la présence de plusieurs copies du même gène dans les génomes. Les arbres de gènes sont donc généralement multi-étiquetés, i.e., une seule espèce étiquette plusieurs feuilles. Comme aucune méthode n'existe actuellement pour combiner ce type d'arbres, ils sont le plus souvent complètement ignorés dans les approches phylogénomiques classiques. Pourtant, ils représentent 60% à 80% des arbres de gènes disponibles dans les banques de données moléculaires. Dans cette thèse, nous proposons plusieurs algorithmes permettant d'obtenir, à partir d'un arbre multi-étiqueté, un arbre classique (i.e., où chaque espèce n'apparaît qu'une seule fois) contenant un maximum d'informations de spéciation présentes dans l'arbre initial. Cet arbre peut ensuite être utilisé par n'importe quelle méthode de super-arbres. Une application à la base de données hogenom est présentée

Les processus de Markov auto-similaires apparaissent souvent dans diverses parties de la théorie de probabilités comme limites de processus normalisés. La propriété de Markov ajoutée à l'auto-similarité fournit des propriétés très intéressantes comme l'avait remarqué Lamperti. La première partie de cette thèse est consacrée à l'étude de l'enveloppe inférieure et supérieure au moyen de test intégraux et de lois du logarithme itéré pour une classe suffisamment grandes des processus de Markov auto-similaires positifs et quelques processus associés, comme le minimum futur et le processus de Markov auto-similaire positif réflechi en son minimum futur. La seconde partie concernent à l'étude des forêt de Lévy stables conditionnés par leur taille et leur masse. En particulier, un principe d'invariance est établi pour la forêt de Galton-Watson conditionnée par leur taille et leur masse.

Reproduction de : Habilitation à driger des recherches : Sciences mathématiques. Informatique : Lille 1 : 2005. / N° d'ordre (Lille 1) : 494. Titre provenant de la page de titre du document numérisé. Bibliogr. p. 87-95. Liste des publications.

Thèse (M.A.)--Université Laval, 2008. / Bibliogr.: f. 129-137. Publié aussi en version électronique dans la Collection Mémoires et thèses électroniques.

Malgré le franc succès des techniques de planification de mouvement au cours de ces deux dernières décennies, leur adaptation à des scènes comprenant à la fois des obstacles statiques et des obstacles mobiles s'est avérée limitée jusqu'ici. Une des raisons en est le coût associé à la mise à jour des structures de données précalculées afin de capturer la connexité de l'espace libre. Notre contribution principale concerne la proposition d'un nouveau planificateur capable de traiter ces problèmes d'environnements partiellement dynamiques composés à la fois d'obstacles statiques et d'obstacles mobiles.

Thèse numérisée par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal

Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal

Malgré son importance économique, culturelle et historique, l'histoire évolutive du pommier cultivé (Malus domestica) ainsi que celle de ses apparentés sauvages supposés, restaient encore très peu connues. En s'appuyant sur les nouvelles approches de génétique des populations (approximate Bayesian computation) avec l'utilisation de marqueurs microsatellites et de séquences nucléaires, cette thèse a eu pour objectif d'étudier, à différentes échelles évolutives (phylogéographie, spéciation, domestication), les mécanismes de diversification naturelle et artificielle dans le genre Malus. Mes travaux ont porté sur quatre espèces de pommiers sauvages distribuées à travers l'Eurasie (Malus orientalis (Caucase), Malus sieversii (Asie Centrale), Malus sylvestris (Europe), et Malus baccata (Sibérie)) et sur la seule espèce domestiquée du genre, Malus domestica. Cette thèse s'est articulée en quatre parties visant respectivement à inférer : (i) l'histoire de la domestication du pommier cultivé depuis son centre d'origine en Asie Centrale, (ii) l'histoire de la recolonisation post-glaciaire du pommier sauvage Européen (M. sylvestris), (iii) les histoires de spéciation entre les cinq espèces de Malus, (iv) les hybridations interspécifiques et les capacités de dispersion des trois principaux contributeurs (M. sylvestris, M. sieversii et M. orientalis) au génome du pommier cultivé. L'étude des mécanismes de diversification artificielle montre que les processus de domestication sont originaux chez cet arbre fruitier, de par l'absence de goulet d'étranglement et l'existence d'introgressions post-domestication fréquentes par une autre espèce sauvage (M. sylvestris) que l'espèce ancestrale (M. sieversii). L'étude des processus de diversification naturelle (phylogéographie, spéciation et structure des populations) révèlent de grandes tailles de populations, de forts flux de gènes et de faibles structures génétiques spatiales chez chacune des espèces. Cette thèse a aussi révélé de forts taux d'hybridations interspécifiques, en particulier de fortes introgressions des espèces de pommiers sauvages par le pommier cultivé en Europe et en Asie Centrale. Cette étude a permis l'amélioration des connaissances de la structuration des populations de pommiers sauvages ayant contribué au génome du pommier cultivé ainsi que de l'étendue des hybridations du pommier cultivé avec les espèces sauvages. Ces travaux revêtent une grande importance autant pour la conservation des pommiers sauvages, pour le maintien de leur intégrité dans des habitats fragmentés que pour l'amélioration variétale du pommier domestiqué.

Nous étudions dans cette thèse l'algèbre de Hopf H associée à l'opérade pré-Lie. L'espace des éléments primitifs du dual gradué est muni d'une structure pré-Lie à gauche notée ⊲ définie par l'insertion d'un arbre dans un autre. Nous retrouvons la relation de dérivation entre le produit pré-Lie ⊲ et le produit pré-Lie de greffe → sur les éléments primitifs du dual gradué de l'algèbre de Hopf de Connes Kreimer HCK. Nous mettons en évidence un coproduit sur le produit tensoriel H ⊗HCK, qui en fait une algèbre de Hopf dont le dual gradué est isomorphe à l'algèbre enveloppante du produit semi-direct des deux algèbres de Lie considérées. Nous montrons que l'espace engendré par les arbres enracinés qui ont au moins une arête, muni du produit d'insertion, est une algèbre pré-Lie (non libre) engendrée par deux éléments. Nous mettons en évidence deux familles de relations. De plus nous montrons un résultat similaire pour l'algèbre pré-Lie associée à l'opérade NAP. Finalement on introduit les opérades à débit constant et on montre que l'opérade pré-Lie s'obtient comme déformation de l'opérade NAP dans ce cadre.

Mémoire (M.Ress.Renouv.)--Université du Québec à Chicoutimi, 1991. / Document électronique également accessible en format PDF. CaQCU