O vírus de influenza aviária H5N1 tem se disseminado rapidamente por diversos países e continentes nos últimos anos, gerando grandes perdas econômicas e de vidas humanas. Existe a possibilidade de a doença chegar ao Brasil, o que provocaria elevado impacto sobre a economia, especialmente sobre o setor avícola. A ausência e a necessidade de estimativas de impacto econômico no país, derivadas de surtos de gripe aviária em território brasileiro, motivaram a presente pesquisa. Visando gerar tais estimativas e analisá-las, foram simulados três cenários utilizando-se de um modelo aplicado de equilíbrio geral inter-regional, denominado TERM-BR. O primeiro cenário (Cenário I) contempla um foco da doença no Rio Grande do Norte, região Nordeste do país. O segundo (Cenário II) simula a presença de diversos focos da doença no estado de São Paulo. O terceiro (Cenário III) considera o surgimento de diversos focos presentes nos estados Rio Grande do Norte, Rondônia, São Paulo e Rio Grande do Sul. Os resultados sinalizam impactos de maior dimensão na medida em que os focos da doença surgem próximos aos mercados produtores, exportadores e consumidores, como é o caso da região Sul e Sudeste. Na região Sul, em função da dimensão da avicultura na economia local, a crise do setor avícola acaba refletindo negativamente e acentuadamente sobre o conjunto da economia local. Nas regiões Norte e Nordeste, as restrições sobre a aquisição de aves vivas pelas famílias têm grande peso na retração da atividade econômica do setor avícola, já que a atividade de abate é pouco representativa e parcela importante das aves é adquirida diretamente pelas famílias, o que não acontece na mesma dimensão nas demais regiões do país. Observa-se também que o aumento do consumo de carne bovina e suína contribui para reduzir a crise na economia estadual nos estados produtores, e é também a fonte de crescimento para os estados em que a bovinocultura se destaca. O choque de demanda doméstica de produtos avícolas, comparado com os demais choques, revela-se como o principal responsável pelo comportamento na produção em quase todos os estados. Já a redução das exportações tem grande peso sobre o comportamento da produção avícola quando o foco da doença é na região exportadora ou próxima a ela. No estado de Santa Catarina, o choque de exportações prepondera sobre a queda do consumo doméstico quando do fechamento quase total dos mercados externos para carne de aves. Por último, o choque de oferta, via mortalidade das aves e destruição de ovos, pouco influencia a magnitude da queda na produção dos produtos da avicultura. / In the past few years, the bird flue virus H5N1 spread rapidly through various countries and continents, causing great economic and human losses. There is also the possibility of the disease arriving in Brazil, which would have a substantial impact on the country\'s economy, particularly on its poultry sector. The present study addresses the lack of estimates of the potential economic consequences of a bird flu outbreak on commercial poultry production in Brazil. The analysis consists of three simulations using a interregional general equilibrium model called TERM-BR. The first scenario focuses on an outbreak in the state of Rio Grande do Norte in the Northeastern part of the country. The second scenario simulates an outbreak at various places in the State of Sao Paulo, and the third scenario assesses the consequences of a bird flue outbreak in various states simultaneously, Rio Grande do Norte, Rondônia, São Paulo and Rio Grande do Sul. The results indicate greater economic impact when the outbreak occurs close to points of production and consumption, which is the case in the Southern and Southeastern regions of Brazil. In the South, where the poultry sector constitutes a larger share of the local economy, a potential avian flu outbreak will also have a greater negative economic impact. In the Northern and Northeastern region, live birds are generally purchased and slaughtered directly by individual families living in suburban and small town settings rather then by large scale processors and packinghouses. This characteristic explains why potential restrictions on these small purchases of live birds will have a very large negative economic impact on the poultry sector in the affected states. A possible reduction in poultry supply could however be offset by an increase in beef and pork consumption, thereby softening the economic affect of a bird flue outbreak by promoting growth of the beef and pork industry. In most states, this fall of domestic poultry demand is the primary cause for a shift in production. In contrast, the fall in export demand only weighs heavily on the local economy when the outbreak occurs close to exporting regions. In the state of Santa Catarina, for example, the effect of a fall in export demand dominates the effect of a fall in domestic demand, as export markets are almost completely shutdown. Finally, the reduction in poultry supply through death of infected birds and destruction of eggs, has little affect on the decrease of poultry production.

Thesis advisor: Paul Gray / As birds throughout Asia, Europe, and Africa have been infected with an avian influenza, public health experts everywhere are worried that if spread to humans, the world could face a pandemic with proportions similar to the 1918 Spanish influenza. In the past, the federal government has been more concerned with foreign militaries than foreign diseases. But today, the government has devoted over $7.1 billion to preventing a potential pandemic. While much of this goes to research and the production of vaccinations, money is also allocated to strengthen local infrastructures and control the disease in other countries. The fact that the federal government has put so much time and effort to prevent a disease that has affected few humans worldwide, let alone any Americans, points to a growing belief in human security rather than national security. This thesis will evaluate the concept of human security and argue that U.S. action and public opinion regarding the threat of an avian flu pandemic clearly shows decision-making based on human security. / Thesis (BA) — Boston College, 2006. / Submitted to: Boston College. College of Arts and Sciences. / Discipline: International Studies. / Discipline: College Honors Program.

Os rotavírus estão entre os principais causadores de diarreia em humanos e animais, inclusive em mamíferos e aves. Os sintomas da doença geralmente incluem diarreia e depressão, aumento da mortalidade, e \"runting and stunting syndrome\", caracterizado principalmente por perda de peso, também tem sido atribuído a infecções por rotavírus em aves. O capsídeo externo da partícula viral é formado pelas proteínas estruturais VP4 e VP7 que possuem antígenos de neutralização baseados nos quais os rotavírus são classificados em genotipos P e G, respectivamente. O capsídeo intermediário é formado pela VP6 que define os grupos de rotavírus de A-G de acordo com a reatividade de anticorpos ou sequenciamento nucleotídico desta proteína. A proteína não estrutural NSP5 está envolvida no processo de replicação viral, sendo essencial para a formação dos viroplasmas. Este estudo teve o objetivo de pesquisar a frequência de ocorrência de rotavírus dos grupos A e D, em amostras fecais de aves de diferentes criações comerciais brasileiras, seguida da caracterização dos genotipos P e G, dos rotavírus do grupo A, através de sequenciamento nucleotídico. Para isso, 111 pools de amostras fecais foram processados através das técnicas de ELISA, PAGE e RT-PCR (NSP5), resultando em 43 (38,73%) amostras positivas pelas três técnicas. Definiram-se os genotipos G5, G8 e G11 através de RT-PCR (VP7) e o genotipo G19 após reação de RT-PCR seguida de sequenciamento nucleotídico. Definiu-se ainda o genotipo P[31] a partir do sequenciamento de amostras positivas por RT-PCR (VP4). Das 111 amostras processadas por RT-PCR visando o gene codificador da VP6, obtiveram-se 4 sequências que confirmaram tratar-se de rotavírus do grupo D. Os genotipos G5, G8 e G11 estão relacionados a surtos em bovinos e suínos, enquanto que os genotipos G19 e P[31] estão descritos em aves. Conclui-se que os rotavírus encontram-se amplamente disseminados nas criações comerciais brasileiras devido à elevada frequência da ocorrência e que existe a possibilidade de transmissão interespécie. / Rotavirus are a major cause of diarrhea in humans and animals, including several mammalian and avian species. The symptoms of the disease generally include diarrhea and depression, increased mortality and the chronic runting and stunting syndrome mainly characterized by weight loss have also been linked to rotavirus infections of birds. The outer layer of the virus particle is formed by VP4 and VP7 proteins, which possess neutralization antigens. Based on VP7 and VP4 the rotavirus are classified into genotypes G and P respectively. The intermediate layer consists of VP6 which defines the rotavirus groups. Based on the antibody reactivity and sequence identity of VP6, seven rotavirus groups (A to E) have been defined. The NSP5 are involved in viral replication and they are essential for the formation of viroplasm. Here we report the occurrence of group A and D rotavirus in feces of broilers, layers and broiler breeders from Brazilian poultry farms. A total of 111 pools of intestinal contents were processed in this study, using a ELISA, PAGE and RT-PCR (NSP5) techniques. Out of 111 pools of fecal samples tested, 43 showed positive results (38.73%) for rotavirus. Were typed the G5, G8 e G11 genotypes using the RT-PCR (VP7) and the G19 genotype using a RT-PCR followed by nucleotide sequencing reaction of the amplicons. Was defined the P[31] genotype using the RT-PCR (VP4) technique followed by nucleotide sequencing reaction. Out of 111 pools of fecal samples tested by RT-PCR (VP6), 4 showed positive results for rotavirus of group D. The G5, G8 and G11 are typical bovine and porcine rotavirus genotypes, whereas the G19 and P[31] genotypes are found in birds. As a conclusion, rotavirus is widely spread in commercial Brazilian poultry farms due to the high frequency of occurrence and there is the possibility of interspecies transmission.

O setor avícola apresenta o maior crescimento em volume produzido dentre todos os setores cárneos no Brasil. A grande participação dos produtos avícolas na alimentação humana somada ao risco do desenvolvimento de resistência bacteriana, levaram a União Européia (UE) a abolir utilização de antimicrobianos como aditivos e de forma profilática na ração de animais. A remoção dos aditivos associada ao sistema de criação intensivo acabaram por fazer que doenças, até então consideradas controladas, se tornassem reemergentes. A enterite necrótica aviária (NE) é considerada um exemplo. De forma geral, condições estressoras predispõem ao desenvolvimento de doenças, sendo o calor um dos estressores mais comuns que ocorrem em granjas aviárias. Este estudo enfoca o efeito do estresse térmico por calor (35±1ºC) sobre o desenvolvimento da NE em frangos de corte. Para isso, 60 frangos de corte machos foram divididos em 6 grupos experimentais: 1 Grupo Controle; 2 Grupo Controle Estressado (C/HS35); 3 Grupo Tioglicolato (T); 4 Grupo Tioglicolato Estressado (T/HS35); 5 Grupo Infectado (I); 6 Grupo Infectado Estressado (I/HS35). A infecção experimental com Clostridium perfringens foi feita por via oral, com a bacteria em meio de cultura misturada a ração, do 15º ao 21º dia de vida nos grupos I e I/HS35. O estresse por calor (35±1º C) foi realizado do 14º ao 21º dia de vida das aves dos grupos estressados. Durante todo período experimental os animais foram mantidos em isoladores. Em relação aos animais não estressados, os animais submetidos ao estresse por calor apresentaram: 1- menor escore lesional macro e microscópico no intestino delgado; 2- maior concentração de IgA no lavado intestinal do duodeno; 3 - menor concentração de IgA no jejuno; 4 - redução dos níveis séricos de IgA e IgY; 5 - maior concentração sérica de IgM; 6 - diminuição qualitativa evidente dos heterofilos intestinais em relação aos animais infectados e estressados. Portanto, mostrou-se que o estresse por calor apresentou efeito imunomodulador importante, ao reduzir a inflamação intestinal. Este achado associa-se provavelmente à diminuição da imunidade inata por redução da migração de heterófilos para a mucosa intestinal, desta forma prevenindo a manifestação de um um quadro clínico mais grave de NE, fato associado à diminuição das lesôes desencadeadas pelo processo inflamatório heterofílico. / The poultry sector presented the highest growth in the volume of production among all meat sectors in Brazil. The great participation of poultry products on human diet together with the risk of food and environmental contamination by resistant bacteria led the European Union (EU) countries to abolish the use of antibiotics as feed additives in animal production. This fact associated with the intensive farming system are being reported as responsible for the re-emergence of some already controlled diseases. The avian necrotic enteritis (NE) exemplify such an effect. Generally, stressful conditions are predisponent factors for disease development; heat stress is one of the most common stressor in poultry farms. This study focuses on the effects of heat stress (35 ± 1 º C) on the development of NE in broilers. For this purpose, 60 male broilers were divided into 6 groups: 1 - control group, 2 - stressed control group (C/HS35) 3 - thioglycolate group (T) 4 - thioglycolate stressed group (T/HS35); 5 - infected group (I) 6 - infected stressed group (I/HS35). Experimental infection with Clostridium perfringens, grown in thioglycollate broth medium, was given through the feed to the birds of groups I and I/HS35 from the 15th to 21st days of life. The heat stress (35 ± 1 °C) was induced continuously from the 14th to the 21st day of life in birds of the stressed groups. Throughout the experimental period the animals were kept in isolators. Compared to non-stressed animals, broilers subjected to heat stress showed: lower gross and microscopic score lesions in the small intestine; increased concentrations of IgA in duodenal lavage and decreased IgA concentrations in the jejunum; smaller concentrations of serum IgA and IgY; increased concentration of serum IgM; reduction in gut number of heterophils in the thioglycolate treated and in the infected groups. Therefore, this experimental model showed that heat stress presented a significant immunomodulatory role on the induced NE, most probably because it reduced intestinal inflammation via decrease in heterophils migration to the intestinal mucosa, which in turn might had reduced tissue damage during infamation, hence preventing the development of a more severe form of NE.

A partir de amostras de campo de diferentes regiões do país, o TCoV foi identificado em aves de 13-84 dias, em órgãos como intestino, rins e traqueia, por uma reação em cadeia pela polimerase para a região 3\' UTR e o gene 3. A presença deste coronavírus nesses diferentes órgãos, que não o intestino, sugere a presença de uma diferente estirpe, com características fenotípicas mais próximas em relação ao vírus da Bronquite Infecciosa das Galinhas (BIG), o IBV. Ao mesmo tempo, um perfil considerando a idade das aves positivas foi desenhado por um teste T de duas amostras, que mostrou maior positividade em aves mais jovens. Com a finalidade de desenvolver um novo ensaio de PCR, várias sequências do TCoV disponíveis no GenBank foram alinhadas, um segmento gênico foi desenhado e submetido a diferentes condições de reação. Um fragmento de 436 pb foi obtido, sequenciado e apresentou 100% de identidade quando sua sequência foi comparada a sequência completa do TCoV. A reação mostrou boa repetibilidade, bem como boa reprodutibilidade, e algumas amostras de campo não se apresentaram positivas. / TCOV was identified from field samples of birds with 13-84 days, from different regions of the country, and from organs such as intestine, kidneys and trachea, by polymerase chain reaction for 3\' UTR region and gene 3. The presence of this coronavirus in these different organs, not intestine, suggest a different strain, with similar phenotype observed in Infectious Bronchitis Virus (IBV). At the same time, a profile considering age of positive birds was designed by a Two sample T-test, which showed higher positivity in younger poults. Several TCOV sequences obtained from GenBank were aligned, and a genic segment was designed and submitted to different conditions in reaction in pursuit to develop a new PCR assay. A 436bp fragment was obtained, sequenced and presented 100% ID when compared to a TCOV complete sequence. The reaction featured good repetition, and reproduction as well, and some field samples did not turn out on positive results.

Os vírus da influenza aviária têm provocado epidemias e pandemias através dos tempos, a pandemia mais devastadora que se tem notícia, a gripe espanhola em 1918, teve sua origem no vírus aviário do tipo A subtipo H1N1. Desde 2003 o vírus aviário do subtipo H5N1 infectou 442 pessoas e levou a morte 262. Além do aspecto de saúde os vírus da gripe aviária causam grande impacto econômico. O Brasil como maior exportador de frango do mundo tem muito a perder caso a gripe aviária chegue ao país. Devido às aves selvagens serem o reservatório natural influenza A, é que se faz necessário a execução do monitoramento. Apesar de existir programas de monitoramento contínuo de aves selvagens na Europa, EUA, Canadá, Japão entre outros, pouco foi feito no Brasil. Amostras coletadas de 671 aves foram testadas por meio das técnicas de GeneScan, PCR em tempo real e RT-PCR e Duplex Nested-PCR. / The avian influenza virus has caused epidemics and pandemics through the ages, the most devastating pandemic that we know, the Spanish flu in 1918, had its origin in the avian virus type A subtype H1N1. Since 2003 the avian virus subtype H5N1 has infected 442 people and led to death 262. Besides the health aspect of the avian influenza viruses cause major economic impact. Brazil as the largest exporter of chicken in the world has much to lose if bird flu reaches the country. Because wild birds are the natural reservoir of influenza A, is that it is necessary to implement the monitoring. Although programs exist for continuous monitoring of wild birds in Europe, USA, Canada, Japan and others, little has been done in Brazil. Samples collected from 671 birds were tested by GeneScan techniques, real-time PCR and RT-PCR and nested-PCR Duplex.

Zoonosis represent the majority of emerging infectious diseases, which have variable occurrence according to biological, environmental, socio-economic and cultural factors. With respect to socio-cultural factors, a growing practice in Brazil is keeping exotic animals as pets. These can have significant role in the spread of pathogens with zoonotic potencial, such as Chlamydia psittaci, etiologic agent of chlamydiosis in birds and psittacosis in humans. The Psittaciformes are the main order of birds affected by C. psittaci and is the most commonly kept as a pet. Avian chlamydiosis is endemic in Brazil; however, few studies have been conducted regarding its zoonotic potential. In human, psittacosis can lead to atypical pneumonia, however, due to difficulties related to laboratory diagnosis and the relative lack of knowledge by health professionals about this disease, its prevalence in the country is still unknown. In this context, this study aimed to determine the occurrence of C. psittaci in patients with psittacosis symptoms attended at the Ambulatory of Tropical Diseases and Zoonosis of the Infectology Institute Emilio Ribas (IIER). In addition, establishing the epidemiological link with birds and evaluate risk factors related to this zoonosis. Therefore, serum samples from eligible patients were collected in order to be tested for C. psittaci IgA, IgM and IgG antibodies. At the same time, biological samples from any species of birds related to suspected cases of psittacosis were collected for molecular analysis of C. psittaci. Among the eligible patients in this study, 27% (10/37) were classified as confirmed cases of psittacosis; 13.5% (5/37) as probable and 59.5% (22/37) as discarded. Pneumonia (p = 0.004), cough (p = 0.002) and chills (p = 0.011) were statistically significant when comparing with those patients in which psittacosis was discarded. With reference to the epidemiological link with birds, 73% (11/15) of the confirmed/probable cases had domiciliary contact with birds and 27% (4/15) had occupational contact. In addition, 47% (7/15) patients had contact with infected birds in which C. psittaci was laboratorial confirmed; from another 47% (7/15) of the cases, biological samples of the birds related to the patient could not be obtained, and in 6% (1/15) of the cases C. psittaci was not detected in the bird hosts evaluated. In addition, several confirmed/probable cases reported having close contact with the birds as handling (100%, 15/15), keeping the bird in the shoulder (67%, 10/15), kissing the bird (40%, 6/15) and sharing the food with the bird (13%, 2/15), practices that facilitate diseases transmission. Human and animal health care providers have an important role to play in identifying specific factors affecting the health of their patients and should work together. Conjointly efforts would increase the understanding on zoonotic disease and would, ultimately, improve prevention and control strategies / As zoonoses representam a maior parte das doenças infecciosas emergentes, as quais tem ocorrência variável de acordo com fatores biológicos, ambientais e sócio-econômico-culturais. No que tange aos fatores sócio-culturais, uma prática crescente no Brasil é a manutenção de espécies silvestres como animais de estimação. Estes podem ter significante papel na disseminação de agentes patogênicos com potencial zoonótico, tal como Chlamydia psittaci, agente etiológico da clamidiose em aves e da psitacose em seres humanos. Os Psittaciformes representam a principal Ordem de aves acometida pela C. psittaci, sendo também a mais comumente mantida como pet. A clamidiose aviária é endêmica no Brasil, contudo, são raros os estudos direcionados a avaliação do seu potencial zoonótico. Em humanos a psitacose pode desencadear um quadro severo de pneumonia atípica, no entanto, devido à dificuldade relacionada ao diagnóstico laboratorial e pelo relativo desconhecimento da doença pelos profissionais de saúde, sua prevalência no país é ainda desconhecida. Dentro desse contexto, o presente trabalho teve como objetivo determinar a ocorrência da C. psittaci em pacientes suspeitos de psitacose atendidos no Ambulatório de doenças tropicais e zoonoses do Instituto de Infectologia Emílio Ribas (IIER); estabelecer o vínculo epidemiológico com aves realizando o diagnóstico nestas, assim como avaliar os fatores de risco relacionados com essa zoonose. Para tanto, amostras de sangue de pacientes com quadros suspeitos de psitacose foram coletadas para a investigação de anticorpos anti-C. psittaci IgA, IgM e IgG. Paralelamente, amostras biológicas de quaisquer espécies de aves relacionadas com os casos suspeitos de psitacose foram coletadas para a pesquisa molecular de C. psittaci. Entre os pacientes elegíveis deste estudo, 27% (10/37) foram classificados como casos confirmados de psitacose; 13,5% (5/37) como prováveis e 59,5% (22/37) como descartados. Pneumonia (p = 0.004), tosse (p = 0.002) e calafrio (p = 0.011) foram estatisticamente significantes quando comparado com os pacientes nos quais a psitacose foi descartada. Quanto ao vínculo epidemiológico com aves, 73% (11/15) dos casos prováveis e confirmados de psitacose relataram exposição domiciliar com aves e em 27% (4/15) a exposição foi ocupacional. Adicionalmente, 47% (7/15) dos pacientes tiveram contato com aves nas quais a infecção por C. psittaci foi comprovada laboratorialmente. Em 47% (7/15) dos casos não foi possível obter material biológico das aves relacionadas com os casos e em 6% (1/15) dos casos C. psittaci não foi detectada nas aves avaliadas. Ainda, os casos prováveis e confirmados de psitacose relataram manter contato próximo com suas aves, como pega-lás na mão (100%, 15/15), mantê-las no ombro (67%, 10/15), beijá-las (40%, 6/15) e dividir alimento com elas (13%, 2/15). Ressalta-se que essas práticas facilitam a transmissão do patógeno. Profissionais da saúde tanto humana quanto animal têm um papel importante a desempenhar na identificação de fatores que afetam a saúde de seus pacientes e devem, portanto, trabalhar juntos. Esforços mútuos contribuiriam no conhecimento de doenças com potencial zoonótico e certamente contribuiriam para medidas mais eficazes de prevenção e controle

Os astrovírus são agentes virais associados com enteropatias e infecções extra-intestinais em aves, ocasionando prejuízos no desenvolvimento produtivo e saúde animal. Porém, são escassos os estudos no Brasil que visem a detecção e caracterização deste vírus com maior amplitude. Nesse contexto, detectaram-se e caracterizaram-se cepas de astrovírus a partir de 60 amostras fecais de aves procedentes de diferentes criações comerciais brasileiras (postura, corte e matrizes), mediante o emprego de uma reação PanAstrovírus como triagem inicial, que consistiu numa reação de RT-hemi-nested-PCR, visando a amplificação e posterior sequenciamento de um segmento parcial do gene RdRp (RNA polimerase dependente de RNA) do gene ORF1b, uma região gênica conservada entre todos os astrovírus. Subsequentemente, nas amostras positivas na triagem, realizou-se a amplificação, clonagem e sequenciamento do gene ORF2 codificante do capsídeo viral, analisado mediante análise filogenética. Os dados obtidos demonstraram uma frequência de infecção por astrovírus em 48,3% (29/60) das amostras analisadas. As espécies virais detectadas foram as seguintes: Avastrovírus 2 (Avian Nephritis Virus, ANV) em 72,4% (21/29), Chicken Astrovírus (CAstV) em 6,8% (2/29) e Avastrovírus 1 (Turkey Astrovírus tipo 1, TAstV-1) em 20,8% (6/29) das amostras positivas. O sequenciamento total do gene ORF2 foi possível em oito amostras (8/21) positivas a ANV, em uma amostra (1/6) positiva a TAstV-1 e uma amostra (1/2) positiva para CAstV. A análise deste gene revelou, nas sequências ANV, a presença de três genótipos bem diferenciados, segundo critérios do Astroviridae Study Group, sendo que um deles, agrupou-se dentro do genótipo 5. Além disso, quando analisado com sequências procedentes de outras regiões, as sequências deste estudo formaram seis clusters, dois deles, relacionados com sequências procedentes de Austrália e Reino Unido. O análise do ORF2 em CAstV, revelou também um agrupamento com cepas procedentes do Reino Unido. Já o análise da ORF2 de TAstV-1, revelou divergência genética com cepas isoladas em Estados Unidos, que foram as únicas sequências disponíveis no GenBank. O presente estudo traz a luz vários dados epidemiológicos concernentes aos astrovírus aviário de origem brasileira o que permitirá a realização de outros estudos relacionados a epidemiologia deste vírus, seus possíveis riscos potenciais em saúde pública e a adoção de medidas de controle direcionadas a este agente / The astroviruses are viral agents associated with enteropathy and extraintestinal infections in poultry, causing injuries to the productive development and animal health. However, are scarce the studies in the Brazil that aimed to detection and characterization of this virus with greater scale. In this context, were detected and characterized astrovirus strains from 60 fecal samples of poultry from differents Brazilian commercial flocks (laying hens, broilers and breeders) by using of the Pan-Astrovirus reaction as initial screening, consisting of RT-Hemi-nested PCR reaction, aiming the amplification and subsequent sequencing of a partial segment of the RdRp gene (RNA polymerase RNA dependent) of the ORF1b gene, a genic conserved region among all of the astroviruses. Thereafter, in the positive samples in the screening, amplification, cloning and sequencing of the ORF2 gene, codificant of the viral capsid, was performed, and analyzed by phylogenetic analysis. The data obtained demonstrated a astroviruses frequency infection in 48,3% (29/60) of the analyzed samples. The viral species detected were the following: Avastroviruses 2 (Avian Nephritis Virus, ANV) in 72,4 % (21/29), Chicken Astrovirus (CAstV) in 6,8% (2/29) and Avastrovirus 1 (Turkey Astrovirus type 1, TAstV-1) in 20,8% (6/29) of the positive samples. The total sequencing of the ORF2 gene was possible in eight positive samples (8/21) to ANV, in one positive sample (1/6) to TAstV-1 and a one positive sample (1/2) to CAstV. The analyze of this gene showed, in the ANV sequences, the presence of three distinct genotypes, according to the Astroviridae Study Group criteria, being one of them, was grouped within of the genotype 5. Furthermore, when analyzed with sequences from other regions, the sequences of this study, formed six clusters, two of them, related with sequences from Australia and United Kingdom. The ORF2 analyze in CAstV showed likewise a grouping with strains from United Kingdom. And the analyze of TAstV-1 ORF2, showed genetic divergence with strains isolated in United States of America, that were the only sequences available in the GenBank. The present study brings to light several data concerning to the Brazilian avian astroviruses, allowing to realization of the others studies related to the epidemiology of this virus, theirs potential public health risks and the adoption of the control measures targeted to this agent

Viral sequence data has great potential for answering questions about the epidemiological dynamics and evolution of viruses. Classical approaches have sought amino acid changes that alter pathogenesis or transmissibility by influencing a virus's ability to enter or replicate within cells. However, this approach rarely recognises the fundamental impact of heterogeneous host contact structures and existing immunological responses on viral transmission. This thesis draws heavily on ecological and immunological concepts to explore the epidemiological dynamics, diversity and evolution of viruses using molecular sequence data. A number of different research approaches and study systems are used in this thesis. I begin by describing a novel polyomavirus in a European badger, and apply phylogenetic techniques to analyze the evolutionary history of the Polyomaviridae. I subsequently describe a large metaviromic study in a population of wild mute swans, for which host demographic data are available. I describe nine new viral species and test whether age and season are associated with differences in abundance and prevalence of different viral taxonomic groups. The study highlights the potential of metaviromics for investigating viral epidemiological dynamics in natural populations. Influenza A viruses of avian origin (AIV) threaten human and animal health. Using phylogeographic methods, I reconstruct the spatial spread of an H5N8 virus at a regional scale, and investigate how bird density and migration shaped this dispersal. Despite the importance of acquisition of humoral immunity to different strains throughout the lifespan of wild birds for epidemiological dynamics, this topic is poorly understood. I assess the accumulation of immune responses to AIV with age in mute swans. I consider how ecological factors, including age-structured immunity, might have affected the epidemiology of an H5N8 outbreak in the population.

Entre os problemas cirúrgicos das aves, as fraturas são os de maior prevalência. Em virtude das variações no tamanho, peso, anatomia óssea peculiar, alta incidência de fraturas complicadas e às diferentes demandas funcionais entre espécies e indivíduos, não foi possível estabelecer ainda um método ideal de osteossíntese para os ossos longos das aves. Por isso, diversos estudos têm sido realizados buscando um método adequado para as diferentes necessidades desses animais. Microplacas de titânio comumente utilizadas em cirurgias maxilofaciais de humanos foram empregadas recentemente na osteossíntese de aves, porém com poucos resultados disponíveis. O objetivo do presente estudo foi avaliar a utilização das microplacas de titânio no tratamento de fraturas experimentais de tibiotarso em pombos domésticos (Columba livia). Foram utilizadas 30 aves, adultas, machos e fêmeas, com 7 meses de idade, pesando entre 400 a 500 gramas, oriundas do Biotério Central da Universidade Federal de Santa Catarina (UFSC). Os animais foram separados aleatoriamente em 3 grupos de dez animais, sendo que no grupo 1 foi utilizado uma microplaca de titânio com 6 furos e espaçador central, no grupo 2 com 8 furos sem espaçador central e no grupo 3 com 8 furos com espaçador central. Após avaliação clínica, as aves foram submetidas a osteotomia médio-diafisária no tibiotarso direito para colocação das diferentes configurações de microplaca de titânio, sendo fixadas com microparafusos de titânio com 7mm de comprimento. Os animais foram avaliados clinica e radiograficamente até os 90 dias de pós-operatório. Após esse período, foi realizada eutanásia em 2 animais de cada grupo. Em todos animais foi observado a consolidação óssea, no grupo 1 o tempo médio e o desvio padrão foram 32,9±9,9; no grupo 2 30,8±6,7 e no grupo 3 26,6±6,4 dias, não havendo diferença estatística entre os grupos. O envergamento do implante foi a complicação mais frequente. A configuração da microplaca resultou em diferença estatística significativa em relação a deambulação e ao grau de envergamento nos diferentes grupos. Sendo que no grupo 3 houve maior precocidade no apoio do membro e menor grau de envergamento em relação aos outros grupos. Histologicamente foi verificado formação de calo ósseo em todos animais e presença de tecido ósseo ao redor da microplaca e microparafusos. Apesar das complicações observadas as microplacas de titânio são uma opção para osteossíntese de tibiotarso em aves de médio porte. / Among the surgical problems in birds, the fractures are the most prevalent. Due to variations in size, weight, peculiar bone anatomy, high incidence of complicated fractures and the functional demands of different species and individuals, is not possible yet to establish an ideal method for osteosynthesis of long bones in birds. Therefore, several studies have been conducted looking for a suitable method for the different needs of these animals. Titanium microplates commonly used in human maxillofacial surgery have been recently employed in osteosynthesis of birds, but with few results available. The aim of this study was to evaluate the use of titanium microplates in the treatment of tibiotarsus fractures in pigeons (Columba livia) 30 birds were used, adult males and females, with 7 months old, weighing from 400 to 500 that came from the Animal Center Facility of the Federal University of Santa Catarina (UFSC). The animals were divided into 3 groups with ten animals each. In group 1 a titanium microplate with 6 holes and a central spacer were used; in group 2 a titanium microplate with 8 holes without a spacer in the center; in group 3 a titanium microplate with 8 holes with central spacer. After clinical evaluation, the birds were submitted to mid-diaphyseal osteotomy in the right bone for placement of different configurations of the titanium plate, and fixed with titanium microscrews 7mm long. The animals were evaluated clinically and radiographically until 90 days postoperatively. After this period, euthanasia was performed in 2 animals from each group. In all animals was observed bone healing and in group 1 the mean and standard deviation were 32.9 ± 9.9, in group 2 30.8 ± 6.7 in group 3 26.6 ± 6.4 days, not having statistical difference in healing time between groups. The bending of the implant was the most common complication. The configuration of the plate resulted in a statistically significant difference in relation to walking and the degree of bending in different groups. Moreover, in group 3 there was higher precocity in the member suppor and a lower degree of bending in relation to other groups. Histologically it was verified the formation of the callus in all animals and the presence of bone tissue around the plate and microscrews. Despite the complications of titanium microplates, they are an option for osteosynthesis of tibiotarsus in birds of medium size.