The incessant growth of human populations, and the increase in recreational activities on seashores have altered the natural conditions of most coastal ecosystems, with a series of consequences for the distribution, abundance, and behavior of a range of organisms. While Atalaia beach in the city of Aracaju is highly urbanized, it is an important point in the migratory cycle of some species of migratory Nearctic shorebirds. The principal objective of the present study was to characterize the avian fauna of Atalaia beach, and to evaluate the influence of anthropogenic impacts on the spatial distribution and habitat use of migratory shorebirds. For this, a total of 81 surveys of a 5 km stretch of the beach were conducted on a monthly basis between October, 2008, and November, 2009. Data were also collected on the homogeneous availability organic matter of benthic macrofauna and the presence of beachgoers along the same stretch of shore. A total of 70 bird species were identified, of which the most abundant were the migratory shorebirds, with over 2500 individuals being recorded between October and March. The most common species were Arenaria interpres, Calidris alba, Calidris pusilla, and Charadrius semipalmatus, which together accounted for 79,09% of all birds recorded. These species were not distributed homogeneously across the survey area (H = 31.98; g.l. = 9; p = 0.002), nor did their abundance correlate with the availability of invertebrates (rs = 0.14; p = 0.71; n = 10). Unexpectedly, the sectors of the area with the highest concentrations of beachgoers also harbored the greatest abundance of birds (rs = 0.61; p = 0.059; n = 10). This appears to have been at least partly explained by the availability of leftover food within these areas, which represent an alternative dietary resource for the migratory shorebirds, and interferes in their behavior patterns. There is a clear need to better understand this phenomenon, and its potential consequences for the birds. / O contínuo crescimento das populações humanas, e o aumento das atividades recreativas ao longo do litoral alteram as condições naturais dos diversos ecossistemas costeiros, e consequentemente afetam a ocorrência, distribuição e comportamento de diversos organismos. Embora inserida no contexto urbano da cidade de Aracaju, a praia da Atalaia, apresenta-se como uma importante área no ciclo migratório de aves limícolas neárticas. O presente trabalho tem por principal objetivo trazer informações sobre a avifauna da praia da Atalaia, fazendo uma breve avaliação da influência antrópica sobre a distribuição espacial e uso de habitat das aves limícolas migratórias. Para isso, foram realizadas um total de 81 amostragens ao longo de 5 km de extensão de praia no período entre os meses de outubro de 2008 a novembro de 2009. Foram coletados dados sobre a homogeneidade espacial da macrofauna bêntica a partir da mensuração da matéria orgânica, bem como o número de pessoas foi contabilizado ao longo dessa faixa de praia. Foi identificado um total 70 espécies de aves, dentre estas as aves limícolas migratórias foram as mais abundantes, com registros de mais 2500 indivíduos entre os meses de outubro e março. As espécies mais comuns foram Arenaria interpres, Calidris alba, Calidris pusilla, e Charadrius semipalmatus que em conjunto totalizaram 79,09% do número total de indivíduos registrados. Essas espécies não apresentaram distribuição homogênea ao longo da faixa de praia amostrada (H = 31,98; g.l. = 9; p = 0,002), tampouco a abundância apresentou correlação os potenciais setores de disponibilidades de invertebrados (rs = 0,14; p = 0,71; n = 10). Inesperadamente, os setores de praia com maiores concentrações de pessoas também registraram as maiores abundâncias de aves (rs = 0,61; p = 0,059; n = 10). Tal fato parece estar associado com a oferta de restos de comidas e de lixo existentes nessas áreas, o que pode constituir um recurso alimentar alternativo para as aves migratórias, e consequentemente, influenciando os padrões de ocorrência e comportamentais dessas espécies. Faz-se necessário ampliar os estudos e pesquisas para um melhor entendimento dessa situação, e principalmente avaliar quais as potenciais consequências dessas substâncias para as aves e o ciclo migratório.

Orientador: Irenilza de Alencar Naas / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Engenharia Agricola / Made available in DSpace on 2018-08-15T17:46:50Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Neves_DiegoPereira_M.pdf: 5283046 bytes, checksum: b82b4259c9e80ea06f454b337aefd6a7 (MD5) Previous issue date: 2010 / Resumo: As últimas 30 décadas foram marcadas por uma intensiva produção avícola, onde se alcançou um nível satisfatório de produção com a utilização de tecnologia. Estes fatos permitiram que o país se destacasse dentro de um cenário global, tornando o país o maior exportador e o terceiro maior produtor de carne de frango do mundo. Atualmente os projetos relacionados a equipamentos rurais desenvolvidos no Brasil têm sido objeto de estudo unicamente por engenheiros e técnicos, mas que poderão ser otimizados com a participação dos Designers. Este trabalho teve como objetivo comparar de três tipos de comedouros para frangos de corte sob o ponto de vista de manejo e preferência das aves, analisando as atividades comportamentais e tempo de duração das refeições das aves, além de estimar a eficiência dos equipamentos. Os comedouros avaliados foram: Tubular e Automático, ambos comercializados atualmente, e o comedouro Fênix, equipamento manual proposto por um Designer que ainda encontra-se em fase de testes. O estudo foi conduzido em um galpão comercial de frangos de corte que alojava 14 mil aves, com densidade de 16 aves m-2 aos 17, 18, 20, 21, 23 e 24 dias de idade. Utilizou-se vídeo-filmagem para o registro dos comportamentos e, a partir destas análises e de conhecimentos gerais sobre o tema, foi procedida uma avaliação, através do método AHP (Analitic Hierarchy Process), para se estimar a eficiência de cada comedouro de acordo com três tipos distintos de consumidores: C1 (produtor de pequeno porte), C2 (produtor de grande porte) e C3 (pesquisador). Os resultados apontam uma preferência das aves pelo comedouro Tubular, no qual o comportamento "comendo" e o tempo de refeição foram maiores, sendo este o único que não dispunha de uma divisória sobre o prato de alimentação, fato que pode ter sido determinante na preferência das aves. O comedouro Fênix indicou ser mais adequado ao consumidor C1 e o Automático para os consumidores C2 e C3. O Tubular ficou na terceira colocação para os três consumidores, mesmo sendo o preferido pelas aves. O comedouro Fênix apresentou características compatíveis com os concorrentes, sendo mais eficiente que o Tubular, indicando, após alguns ajustes, a possibilidade de ser fabricado / Abstract: The last 30 decades were marked by an intensive poultry production, which reached a satisfactory level of production with the use of technology. These facts have allowed the country to stand out in a global setting, making the country the largest exporter and third largest producer of chicken meat in the world. Currently, projects related to rural equipment developed in Brazil have been studied only by Engineers and technicians, but could be optimized with the participation of Designers. This study aimed to compare three types of feeder for broiler chickens under the standpoint of management and preference of birds, examining the behavioral and duration of birds' meals, and estimate the efficiency of the equipments. The evaluated feeders were: Tubular and Automatic, both currently marketed, and Fênix feeder, manual equipment proposed by a designer who is still undergoing tests. The study was conducted in a shed broiler commercial house that housed 14 thousand birds at a density of 16 birds m-2 at 17, 18, 20, 21, 23 and 24 days old. We used video footage to record the behavior and, based on these results and general knowledge on the subject, an assessment was preceded by the AHP (Analytic Hierarchy Process), to estimate the efficiency of each feeder in accordance with three distinct types of consumers: C1 (small producer), C2 (large producer) and C3 (researcher). The results indicate a bird's preference to the Tubular feeder, in which the behavior of "eating" and the time of meal were higher, and this is the only one that did not have a partition grid on the food plate, which may have been determinant to the birds' preference. The Fênix feeder indicated that it was more appropriate to the consumer C1 and Automatic for consumers C2 and C3. The Tubular came in third place for the three consumers, even as the favorite for birds. The Fênix feeder presented compatible characteristics with competitors, been more efficient than the Tubular indicating, after some adjustments the ability to be manufactured / Mestrado / Construções Rurais e Ambiencia / Mestre em Engenharia Agrícola

Made available in DSpace on 2014-07-29T15:07:52Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertacao2008_Eliete_Souza.pdf: 988968 bytes, checksum: 83e526f4061a2613940db4e37b3c6955 (MD5) Previous issue date: 2009-07-25 / This study was conducted at the Experimental Center of Poultry Diseases and Laboratory of Bacteriology Department of Veterinary Medicine Veterinary School, Federal University of Goias to evaluate the effects of lactulose in Salmonella typhimurium in broilers. The experimental design was completely randomized, evaluating substance applied (lactulose) and bacterial challenge. We used 630 chicks of commercial strain, which were distributed in six treatments with seven replicates and 15 birds per experimental unit. The microbial challenge was provided to birds in the first days of life containing 5.0 X 102 CFU / 0.5 mL of Salmonella typhimurium. And lactulose at a dose of 0.023 mL / g of body weight up to 14 days of age. The weights of the birds and feed intake were seen weekly for performance measurement. On days seven, 14, 21 and 28, one bird per treatment was necropsied, and liver collected for biometric analysis and histopathological. The contents of ingluvie and caeca were submitted to enumeration of Salmonella and Escherichia coli and bacterial analysis, as well as the spleen, liver and heart were examined bacteriologically. Was also measured the pH of ingluvie, small intestine and cecum and blood collected for evaluation of liver enzymes. The quantitative performance data, biometrics liver, pH, bacterial count and liver enzymes were analyzed by applying ANOVA and Tukey (5%), and data resulting from analysis of fecal excretion of Salmonella were analyzed using the nonparametric chi-square . There was greater weight gain and lower feed conversion (P <0.05) in groups receiving lactulose with or without S. Typhimurium to 21 days of life and decreased fecal excretion of S. Typhimurium at 10 days of age for birds fed lactulose (P <0.05) from the first days of life. It was also found that the lactulose caused decrease in values (P <0.05) pH in the organs of the digestive system for seven days of life and that lactulose decreased (P <0.05) the CFU of E. coli in ingluvie at 21 and 28 days and S. Typhimurium in the treatments administered lactulose before the pathogen and ages. Lactulose prevented infection in the early period of life for birds, showing a better effect when administered 48 hours before inoculation. It was also that there was an increase in relative liver weight by S. Typhimurium in all ages studied and that the lactulose caused mild liver abnormalities, and it was also found that the S. Typhimurium did not cause severe clinical signs or mortality and that its recovery rate decreased with age. It can be concluded that lactulose causes greater weight gain in birds until one week after delivery, as well, was able to decrease the fecal excretion of S. Typhimurium. It also appears that the lactulose changed the pH values, except pH and reduced cecal colonization of S. Typhimurium in the cecum and the number of CFU of E. coli in ingluvie. It is also concluded that lactulose was able to prevent systemic infection while being provided, showing better preventive effect, and also ordered discrete liver, a process similar to congestive / O presente trabalho foi conduzido no Núcleo Experimental de Doenças de Aves e Laboratório de Bacteriologia do Departamento de Medicina Veterinária da Escola de Veterinária da Universidade Federal de Goiás para avaliar os efeitos da lactulose na Salmonella Typhimurium em frangos de corte. O delineamento utilizado foi inteiramente casualizado, avaliando substância aplicada (lactulose) e desafio bacteriano. Foram utilizados 630 pintos de linhagem comercial, os quais foram distribuídos em seis tratamentos, com sete repetições e 15 aves por unidade experimental. O desafio microbiano foi fornecido às aves no primeiro dia de vida contendo 5,0 X 102 UFC /0,5mL de Salmonella Typhimurium. E lactulose na dose de 0,023 mL/g de peso vivo até 14 dias de idade. Os pesos das aves e ração consumida foram considerados semanalmente para cálculo do desempenho. Nos dias sete, 14, 21 e 28, uma ave por parcela foi necropsiada, sendo coletado o fígado para análises biométricas e histopatológicas. Os conteúdos dos inglúvios e dos cecos foram submetidos à enumeração de Salmonella e Escherichia coli e às análises bacterianas, assim como o baço, o fígado e o coração foram examinados bacteriologicamente. Também foi aferido o pH do inglúvio, intestino delgado e ceco e coletado sangue para avaliação das enzimas hepáticas. Os dados quantitativos de desempenho, biometria do fígado, pH, contagem de bactérias e enzimas hepáticas foram analisados aplicando ANOVA e Tukey (5%), e os dados resultantes das análises de excreção fecal da Salmonella foram analisados utilizando o teste não paramétrico qui-quadrado. Observou-se maior ganho de peso e menor conversão alimentar (P<0,05) nos grupos que receberam a lactulose com ou sem S. Typhimurium até 21 dias de vida e que houve redução da excreção fecal de S. Typhimurium aos 10 dias de idade, para as aves que receberam a lactulose (P<0,05) desde o primeiro dia de vida. Constatou-se também, que a lactulose determinou redução nos valores (P<0,05) de pH nos órgãos do sistema digestivo aos sete dias de vida e que a lactulose reduziu (P<0,05) as UFC de E. coli no inglúvio aos 21 e 28 dias de vida e de S. Typhimurium nos tratamentos em que se administrou a lactulose antes do patógeno e nas idades avaliadas. A lactulose impediu infecção no período inicial de vida das aves, mostrando melhor efeito, quando administrada 48 horas antes da inoculação do patógeno. Constatou-se, ainda, que houve aumento do peso relativo do fígado pela S. Typhimurium em todas as idades estudadas e que a lactulose causou discretas alterações hepáticas; e constatou-se também, que a S. Typhimurium não determinou sinais clínicos severos, nem mortalidade e que seu índice de recuperação diminuiu com a idade. Pode-se concluir que a lactulose propiciou maior ganho de peso nas aves até uma semana após seu fornecimento; assim como, foi hábil em diminuir a excreção fecal de S. Typhimurium. Conclui-se também, que a lactulose alterou os valores de pH, com exceção do pH cecal e reduziu a colonização de S. Typhimurium no ceco e o número das UFCs de E. coli no inglúvio. Conclui-se ainda, que a lactulose foi capaz de impedir a infecção sistêmica enquanto estava sendo fornecida, tendo mostrado melhor efeito preventivo; e ainda, determinou alterações hepáticas discretas, semelhantes a um processo congestivo

A Mata Atlântica foi devastada desde o início da colonização, permanecendo hoje com cerca de 7% de sua cobertura original. Região biogeográfica de extrema importância para aves e outros táxons, abrigando elevado número de espécies endêmicas e ameaçadas de extinção, foi considerada bioma prioritário para conservação e constitui a segunda floresta mais ameaçada do planeta. Classe especialmente popular no estudo de comunidades, as aves constituem-se em um excelente indicador ecológico. O presente trabalho foi realizado no Núcleo Cubatão do Parque Estadual da Serra do Mar, uma das áreas mais importantes de Mata Atlântica do Estado de São Paulo. O objetivo geral deste trabalho foi caracterizar a comunidade de aves e avaliar o estágio de conservação da área. Seus objetivos específicos foram descrever a composição e as estruturas espacial, social e alimentar da comunidade de aves; verificar a importância ecológica da área com base na presença de espécies endêmicas e/ou ameaçadas de extinção; avaliar as condições de conservação deste ambiente com base na composição específica de espécies e comparar a avifauna desta área de Mata Atlântica com a de outros remanescentes presentes na região. O levantamento da avifauna foi realizado em área de encosta localizada às margens de uma estrada de serviço pertencente ao Sistema Anchieta-Imigrantes, atualmente sob administração da Ecovias, através de quatro trajetos de 1000m, dois no interior da mata e dois em sua borda. A identificação foi feita visualmente, com auxílio de binóculo e através de vocalizações. Foram registradas em fichas de campo todas as espécies identificadas com segurança, anotando-se a quantidade de indivíduos, posição no estrato, padrão social da espécie e hábitat, parâmetros que foram utilizados para caracterizar a estrutura da comunidade observada na área. A abundância de cada espécie foi expressa em indivíduos por 100 horas de observação; índices de diversidade de Shannon-Weaver e de similaridade de Sorensen foram calculados. Foram registradas 168 espécies de aves em 294 horas de observação. Houve predominância de espécies habitantes de interior florestal e que ocupam sub-bosque e dossel da mata. Insetívoros e frugívoros possuem a maior representatividade entre as guildas alimentares. O padrão social solitário foi registrado com maior freqüência entre os insetívoros e bandos mistos são constituídos principalmente por espécies frugívoras. A presença de espécies habitantes do epigeu, espécies cinegéticas, espécies altamente sensíveis a distúrbios ambientais, espécies características de florestas conservadas, espécies endêmicas e ameaçadas de extinção e espécies das famílias Dendrocolaptidae, Furnariidae, Formicariidae e Rinocriptidae, assim como a baixa porcentagem de espécies características de ambientes degradados, indicam que o Núcleo Cubatão, apesar de sofrer com atividades antrópicas, ainda está em bom estágio de conservação e mostram que a área de estudo apresenta grande importância para a conservação da Mata Atlântica e sua avifauna. / Atlantic Rainforest, an ecosystem that occupied most of the east coast of Brazil, is a biogeographic region of extreme importance for birds and other groups, which includes great number of endemic and threatened species. It was considered priority for conservation and it is the second most threatened forest of the planet. It has been devastated since the colonization and only 7% of the original forest still remains, almost all concentrated in a mountain range called Serra do Mar. As a class particularity common of communities&#39; studies, birds are an excellent ecological indicator. This research was carried out at Serra do Mar State Park &#150; Cubatao Nucleus, one of the most important areas of Atlantic Rainforest in Sao Paulo State. The general goals of this research were to describe bird community and to value the conservation situation of the area. Its specifics goals were to describe the composition and the spatial, social and feed structure of the bird community; to verify the ecological relevancy based on the presence of endemic and threatened species; to value the conservation situation based on the specific composition of species and to compare the avifauna of this area of Atlantic Rainforest with other regional remains. The bird surveying was realized in a slope section near a road service that belongs to Anchieta-Imigrantes System, under Ecovias administration, thought four transects of 1000m, two inside the forest and two on the edge. The identification was visual with binoculars and thought vocalizations. Field cards were made to register all security identified species and their individual&#39;s numbers, position in the stratum, social patterns and habitat, items used to characterize the avifauna community structure. The species&#39; abundance was demonstrated in individuals by 100 hours of observation and Shannon-Weaver diversity index and Sorensen similarity were calculated. A hundred sixty eight bird species were registered in two hundred ninety four hours of observation. Most of the species were observed inside the forest, occupying the understory and canopy. Insectivorous and frugivorous were the most representative feed habits. The solitary social pattern were the most often observed between insectivorous. Mixed flocks were constituted mainly by frugivorous species. The presence of species that live on the floor, hunted species, high sensitive to environmental disturbances, typical of conserved forests, endemics and threatened species and species of Dendrocolaptidae, Furnariidae, Formicariidae and Rinocriptidae families, as well as low percentage of typical species of degraded areas, indicate that, despite the men activities and vicinity of cities, the degradation situation is not severe and that the slope section studied of the Cubatao Nucleus remains in a good conservation situation and remains essential to Atlantic Rainforest conservation.

Neste trabalho buscou-se contribuir para a compreensão da história biogeográfica das florestas da Região Neotropical e, em particular, da Floresta Atlântica a partir de estudos de diversificação inter e intra-específica de grupos de aves. Para investigar a história biogeográfica das florestas da região neotropical foram sequenciados genes mitocondriais (citb, ND2 e ND3) e nucleares (Fib7) de 102 amostras das seis espécies que compõem o gênero Sclerurus, S. mexicanus, S. rufigularis, S. guatemalensis, S. caudacutus, S. albigularis e S. scansor. Por outro lado, para o estudo de diversificação intra Floresta Atlântica, foram utilizadas seqüências dos mesmos marcadores de 86 indiíduos de S. scansor e de 57 de A. leucophthalmus. As análises que envolveram o gênero Sclerurus indicam que as seis espécies que o compõem são reciprocamente monofiléticas e que a diversificação do grupo se deu nos últimos 10 Ma. A origem dos padrões associados às áreas de endemismo do neotrópico, por outro lado, tiveram suas origens durante o Plioceno Superior e Pleistoceno. A congruência verificada na distribuição das linhagens associada à incongruência das relações entre linhagens indicam que histórias evolutivas distintas podem ter dado origem a padrões de distribuição de linhagens similares. Verifica-se, ainda, que populações associadas a diferentes regiões da Amazônia apresentam histórias demográficas distintas. Os estudos filogeográficos e de demografia histórica realizados com Scleurus scansor e Automolus leucophthalmus evidenciam histórias distintas associadas à Floresta Atlântica. Apesar do tempo de divergência entre essas espécies e as linhagens irmãs associadas à Amazônia serem similares, em S. scansor foi verificada marcante estruturação filogeográfica, enquanto em A. leucophthalmus não foi identificado qualquer sinal de estruturação. A partir destes resultados são analisadas as hipóteses biogeográficas propostas para explicar a origem dos padrões de diversidade biológica no Neotropico e, em particular, na Floresta Atlântica. / This work attempts to contribute to the understanding of biogeographic history of the neotropical forest domains, based on studies of inter and intra-specific diversification of birds. For this I sequenced mitochondrial (citb, Nd2 and ND3) and nuclear (Fib7) genes of 102 samples from all Sclerurus species, S. mexicanus, S. rufigularis, S. guatemalensis, S. caudacutus, S. albigularis and S. scansor. For the study of diversification intra Atlantic Forest, I used sequences of the same genes from 86 specimens of S. scansor and 57 of A. leucophthalmus. The analyses involving Sclerurus indicated that the six species are reciprocally monophyletic and that the diversification of the group took place in the last 10 Ma. The origin of the patterns associated with neotropical areas of endemism, on the other hand, is recent, during the Upper Pliocene and Pleistocene. The geographic congruence in lineage distribution associated with incongruity of the relationship between them indicate that distinct evolutionary histories may have shaped similar geographic patterns. Besides, populations associated with distinct regions of the Amazon exhibit different demographic histories. The phylogeographic and historical demographic studies performed with Scleurus scansor and Automolus leucophthalmus show different histories associated with Atlantic Forest. Despite of the congruence on divergence times between these species and their Amazonian sisters, in S. scansor a deep phylogeographic structure was identified, while in A. leucophthalmus no population was observed. From these results I analyzed the biogeographic hypotheses proposed to explain the origins of biodiversity patterns associated to the Neotroical Region and, in particular, to the Atlantic Forest.

Orientadores: Wanderley Dias da Silveira, Marcelo Brocchi / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-25T05:13:36Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Paiva_JacquelineBoldrinde_D.pdf: 5619127 bytes, checksum: 79177e4233fdbb891e6530eb0f3438bd (MD5) Previous issue date: 2014 / Resumo: Escherichia coli patogênica para aves (APEC) é responsável por inúmeras perdas no setor avícola mundial, por causar uma série de doenças nas aves que se apresentam de forma sistêmica ou localizada as quais são, coletivamente, denominadas colibacilose. Os mecanismos de virulência destas linhagens patogênicas para aves e, possivelmente, patogênicas para seres humanos ainda não foram totalmente elucidados. Este trabalho foi desenvolvido com o intuito de estudar genes possivelmente envolvidos com a patogenicidade de uma linhagem APEC causadora de Síndrome da Cabeça Inchada (SCI-07) ONT:H31, a partir de resultados obtidos em um microarranjo realizado in vitro, o qual comparou a linhagem em estudo à linhagem padrão E. coli EHEC 8624 (linhagem enterohemorrágica). Nove genes, detectados como sendo super-expressos no microarranjo, nas condições estudadas, foram selecionados para construção de mutantes nulos e de seus complementos [feoA (transporte de ferro), nirC (transportador de nitrito), flgE ( gancho flagelar), tyrR (regulador de transcrição da síntese de aminoácidos aromáticos), potF (subunidade periplasmática do transportador putrescina), yehD (possível fimbria), bfr (bacterioferrina), csgA ( subunidade principal da curlina) e entD (enteroquelina)]. Os mutantes construídos foram avaliados quanto as suas capacidades de adesão e invasão em cultivos celulares, e quanto ao seu potencial patogênico em aves de um dia de idade em comparação à cepa selvagem. As linhagens ?bfr, ?csgA e ?nirC apresentaram diminuição da capacidade de adesão em fibroblastos de aves (linhagem FEG) em comparação à linhagem selvagem em ambos os modelos adotados: na presença e ausência de alpha-D-mannopyranoside; a linhagem ?potF apresentou diminuição da adesão apenas na ausência de alpha-D-mannopyranoside. Os mutantes ?csgA e ?tyrR apresentaram redução na capacidade de invadir linhagem de células de trato respiratório humano (linhagem Hep-2). Nenhum mutante avaliado mostrou alteração na capacidade de invadir fibroblastos de aves (linhagem CEC-32). Os mutantes ?flgE e ?tyrR mostraram diminuição na capacidade de invadir e sobreviver em macrófagos de aves (linhagem HD11). A motilidade das linhagens mutantes ?csgA, ?bfr, ?yehD, ?potF, ?entD, ?nirC e ?feoA foi aumentada enquanto o mutante ?tyrR mostrou redução de motilidade e o mutante ?flgE tornou-se imóvel. Nenhuma linhagem mutante obtida mostrou a mesma capacidade da linhagem selvagem em causar mortalidade em aves de um dia; ?feoA tornou-se hipervirulenta e todos os demais mutantes apresentaram atenuação em diferentes graus, sendo a linhagem ?entD totalmente atenuada e, portanto, promissora quanto ao seu uso como linhagem vacinal.para o combate à colibacilose em aves, ou como linhagem carreadoras de epítopos presentes em outras linhagens APEC / Abstract: Avian Pathogenic Escherichia coli (APEC) is responsible for significant economic loses in the poultry industry worldwide, by cause a range of systemic or localized diseases in poultry collectively termed colibacillosis. The virulence mechanisms of these pathogenic strains for poultry and possibly pathogenic for humans have not been fully elucidated. This work was developed in order to study genes potentially involved in the pathogenicity of an APEC strain isolated from a Swollen Head Syndrome case (SCI- 07) ONT:H31; since the results obtained in a microarray performed in vitro, which compared the SCI-07 strain to the standard strain E. coli 8624 EHEC (enterohemorrhagic strain). Nine overexpressed genes in microarray under the conditions studied were selected for construction of null mutants and their complements [feoA (iron transport), nirC (nitrite transporter), flgE (flagellar hook), tyrR (transcriptional regulator of the aromatic amino acids biosynthesis), potF (periplasmic putrescine transporter subunit), yehD (putative adhesin), bfr (bacterioferritin), csgA (major curling subunit) and entD (enterochelin)]. The mutants constructed were evaluated for their capacity for adhesion and invasion in cell cultures, and for its pathogenic potential in one-day-old chickens in comparison to the wild type strain (WT). The ?bfr, ?csgA and ?nirC strains showed decreased adhesion capacity on avian fibroblasts (CEF cells) compared to the WT in both models adopted: in the presence and absence of alpha-D-mannopyranoside, the ?potF strain showed decrease on adhesion only in the absence of alpha-D-mannopyranoside. The ?csgA and ?tyrR mutants had reduced ability to invade human larynx cell line (Hep-2 cells). No mutant showed changes in the capacity of invade avian fibroblasts birds (CEC-32cells). The ?flgE and ?tyrR mutants showed decreased ability to invade and survive into avian macrophages (HD11 cells). The motility of mutant strains ?csgA, ?bfr, ?yehD, ?potF, ?entD, ?nirC and ?feoA was increased while the ?tyrR mutant showed reduced motility and the mutant ?flgE became nonmotile. No mutant strain showed the same capacity of the WT in cause mortality in one-day-old chickes; ?feoA became hipervirulenta and all other mutants showed attenuation in different degrees, including the ?entD that was completely attenuated and a promising vaccine candidate strain to combat colibacillosis in poultry, or as a carrier strain of epitopes present in other APEC strains / Doutorado / Genetica de Microorganismos / Doutora em Genética e Biologia Molecular

Abstract The protection of endangered species requires knowledge about the habitat requirements and the genetic issues related to the population viability. In this doctoral thesis, I defined the breeding habitat features of the Finnish populations of the Golden Eagle (Aquila chrysaetos) and the Peregrine Falcon (Falco peregrinus) by applying habitat suitability modelling. Secondly, I studied the conservation genetic issues of the Finnish population of the White-tailed Eagle (Haliaeetus albicilla) and the two Reed Bunting subspecies Emberiza schoeniclus witherbyi and E.s. lusitanica met in the Iberian Peninsula. All study populations are classified as threatened according to IUCN classification and they have experienced declines in population sizes in recent history. My results from habitat suitability models showed that human-induced changes in habitat threaten the Golden Eagle in Finland. The relative suitability for the species presence dropped to zero when the proportion of human altered landscape (agricultural or urbanized areas) in the core of the breeding habitat (4 km2) was more than 5%. Models further showed that habitat structure influences breeding habitat selection of the Peregrine Falcon, as it favours well-connected areas of open peatlands. Therefore, fragmentation (i.e., decreasing the connectivity) of open peatlands decreases the habitat quality for the species. The White-tailed Eagle has recovered mainly through local growth, but my results suggest that gene flow from neighbouring populations has had an impact as well, and has enhanced the genetic viability of the Finnish population. The current structure of the two subpopulations (one along the Baltic Sea coast line and another inland in Northern Finland) results mainly from the species’ ecology (i.e., philopatric behaviour), not from the recent population bottlenecks. The effective population size estimate of the coastal subpopulation of White-tailed Eagle was below the critical size needed to maintain evolutionary potential. The estimates of the effective population sizes for E.s. lusitanica and E.s. witherbyi and inland subpopulation of White-tailed Eagle were close or below the critical level of 50, which makes them prone to losing fitness due to inbreeding depression in the short term. Therefore, these study populations need to increase in size in order to secure population viability in the future. / Tiivistelmä Ihmisen aiheuttamat elinympäristöjen muutokset uhkaavat biodiversiteettiä kasvattamalla yhä useampien eliölajien sukupuuttoriskiä. Tehokkaat suojelutoimenpiteet edellyttävät tietoa uhanalaisten lajien elinympäristövaatimuksista sekä populaation elinkyvylle keskeisistä geneettisistä tekijöistä. Tarkastelen väitöskirjatyössäni maakotkan (Aquila chrysaetos) sekä muuttohaukan (Falco peregrinus) Suomen populaatioiden pesimäympäristön piirteitä maisemaekologisen mallinnuksen avulla. Toiseksi tarkastelen Suomen merikotkapopulaation (Haliaeetus albicilla) sekä Iberian niemimaalla esiintyvien pajusirkun alalajien Emberiza schoeniclus witherbyin ja E.s. lusitanican suojelun kannalta tärkeitä geneettisiä tekijöitä. Kaikki tutkimuspopulaatiot ovat uhanalaisia ja ne ovat kärsineet voimakkaista kannan pienenemisistä. Maisemaekologiset mallit osoittivat maakotkan välttävän ihmisen muokkaamaa ympäristöä (maatalousalueet ja rakennetut alueet). Lajin esiintymistodennäköisyys laski nopeasti nollaan, kun ihmisen muokkaaman ympäristön osuus nousi yli 5 prosenttiin pesimäympäristön ydinalueella (4 km2). Mallit osoittivat maiseman rakenteen vaikuttavan muuttohaukan habitaatinvalintaan, sillä se suosi pesimäympäristönään kytkeytyneitä avosoita. Avosoiden pirstoutuminen (l. kytkeytyneisyyden väheneminen) vähentää näin ollen muuttohaukan pesimäympäristön laatua. Merikotkapopulaatio on toipunut pääosin paikallisen kasvun myötä, mutta tulokseni viittaavat myös siihen, että geenivirta naapurimaiden populaatioista on lisännyt Suomen populaation geneettistä muuntelua. Nykyinen rakenne (rannikon ja Lapin alapopulaatiot) on seurausta lajin synnyinpaikkauskollisuudesta, ei niinkään populaatiokoon romahduksista. Rannikon merikotkapopulaation efektiivinen koko jäi alle kriittisen rajan, joka tarvitaan evolutiivisen potentiaalin säilymiselle. Pajusirkun alalajien sekä Lapin merikotkapopulaation efektiiviset populaatiokoot olivat lähellä kriittisenä pidettyä 50:tä tai jäivät alle, joten ne ovat vaarassa menettää kelpoisuutta sukusiitosdepression seurauksena lyhyellä aikavälillä. Sekä pajusirkun alalajien että merikotkapopulaatioiden tulee sen vuoksi kasvaa säilyäkseen elinvoimaisina tulevaisuudessa.

The Ortolan Bunting (Emberiza hortulana) is a farmland bird species, whose population size has declined very sharply in recent decades, especia ll y in Western and Central European countries. The aim of our study in 2015 was to record where the last populations of this critically endangered species in the Czech Republic are located and also what habitat the species associated with. We examined nine areas (925 km2 in total). Two main areas of occurrence (surface mines in northern Bohemia and farmland landscape of Silesia) and two small isolated populations in central Bohemia were registered for this species. In contrast, observations in some traditional areas of its occurence (České středohoří in northern Bohemia, Hovorany-Čejkovice region in southe r n Moravia and Javoricko region in Silesia) were negative. Altogether, we counted 75-79 singing males. Our estimation of the size of the Czech population in 2015 is 75-100 singing males, which indicates further population decline compared to the last mapping in 2001-2003. Furthermore, habitat associat io ns were investigated at two spatial scales and we made habitat compar is o n between farmland and post-mining landscape. Our research highlights a high degree of flexibility in habitat selection of Ortolan Bunting and also positive association with high...

Understanding species-habitat relationships for endangered species is critical for their conservation. However, many studies have limited value for conservation because they fail to account for habitat associations at multiple spatial scales, anthropogenic variables, and imperfect detection. We addressed these three limitations by developing models for an endangered wetland bird, Yuma Ridgway's rail (Rallus obsoletus yumanensis), that examined how the spatial scale of environmental variables, inclusion of anthropogenic disturbance variables, and accounting for imperfect detection in validation data influenced model performance. These models identified associations between environmental variables and occupancy. We used bird survey and spatial environmental data at 2473 locations throughout the species' U.S. range to create and validate occupancy models and produce predictive maps of occupancy. We compared habitat-based models at three spatial scales (100, 224, and 500 m radii buffers) with and without anthropogenic disturbance variables using validation data adjusted for imperfect detection and an unadjusted validation dataset that ignored imperfect detection. The inclusion of anthropogenic disturbance variables improved the performance of habitat models at all three spatial scales, and the 224-m-scale model performed best. All models exhibited greater predictive ability when imperfect detection was incorporated into validation data. Yuma Ridgway's rail occupancy was negatively associated with ephemeral and slow-moving riverine features and high-intensity anthropogenic development, and positively associated with emergent vegetation, agriculture, and low-intensity development. Our modeling approach accounts for common limitations in modeling species-habitat relationships and creating predictive maps of occupancy probability and, therefore, provides a useful framework for other species.

Sound is used as a medium for communication by taxa as varied as insects, fish, amphibians, birds and mammals. In some birds like the suboscines, song is genetically encoded, whereas in parrots, hummingbirds and oscines, it is learnt. The diversity and plasticity of birdsong continues to generate interest amongst ornithologists, and many questions remain unresolved. For instance, why do some species sing hundreds of different songs while others use simple, stereotyped ones for the same purposes? Why do some birds learn not only their own species’ song, but also the songs of heterospecifics? There are several anecdotal reports of such vocal mimicry in wild birds, where a species imitates the song or call of heterospecifics in its natural habitat, but much has yet to be learnt about this intriguing phenomenon. There has been a recent surge of interest and research into avian vocal mimicry. Despite having several species of birds that are known to produce mimicry, there is a dearth of research on this field in India. The Greater Racket-tailed drongo’s loud song and ability to mimic other species of birds with great accuracy has drawn the attention of many birdwatchers, but other than a few phonetic descriptions, no study has focussed on their song. Therefore, this thesis focuses on the structure, contexts and functions of vocal mimicry in this species. In order to understand the functions of vocal mimicry in any species, we require certain fundamental data, which are often overlooked in many studies of bird song. Since this is the first study focusing on the racket-tailed drongo in India, I began with collecting natural history data on the ecology and breeding biology of the species. Then, I attempted to arrive at an objective and quantitative definition and classification of the racket-tailed drongo’s vocal repertoire, especially its mimicry. It is also essential to have information on the contexts in which this mimicry is used. Using a combination of focal animal sampling and sound recordings, I documented the contexts in which the racket-tailed drongo imitates other species in the wild. I also examined the diversity of the species that were mimicked across these contexts. Building on the data from these observations, I used playback experiments to test hypotheses for the functions of mimicry in multiple contexts. Results from these show that greater racket-tailed drongos use mimicry in a flexible manner according to the intended audience. Drongos use two different sets of mimicked calls with distinct syntax directed at conspecifics and heterospecifics respectively, the former in territorial song and the latter to attract members of mixed-species flocks. These results also imply that mimicry may be driven by both sexual and natural selection within the same species, and have implications for the definition of avian vocal mimicry, which remains highly debated.