Evalúa la eficacia de la fagoterapia para reducir la mortalidad en Artemia franciscana causada por una infección inducida con la cepa de Vibrio alginolyticus. Desarrolla las infecciones experimentales en recipientes con 100 ml de agua de mar estéril suplementada con peptona a una densidad de 100 nauplios por ml. Se toma como LD50, la dosis de inóculo bacteriano que causó el 50% de muerte de nauplios de Artemia franciscana a las 48 horas y realiza la cinética de infección de Vibrio alginolyticus para evaluar cómo disminuye la tasa de supervivencia en el cultivo experimental. Para evaluar la eficacia de la fagoterapia del fago Va1 se inoculan diferentes dosis del bacteriófago para determinar cuál de ellas es más efectiva y se trabaja con esta dosis para determinar en qué tiempo de comenzada la infección se debe inocular el bacteriófago para obtener una mayor supervivencia de los nauplios. Demuestra que el fago Va1 es efectivo para aumentar la supervivencia, una sola dosis de 400µl con un título de 8.108 UFP/mL al comienzo de la infección es suficiente para eliminar la infección inducida con Vibrio alginolyticus. El tiempo de aplicación del bacteriófago no puede exceder las 15 horas post infección, ya que dentro de este intervalo de tiempo el índice de supervivencia se encuentra entre 75 y 97%, resultados que muestran diferencias significativas con respecto al control. Concluye que el uso de bacteriófagos como tratamiento contra vibriosis utilizando a Artemia franciscana como modelo biológico es efectivo para la prevención y control de Vibrio alginolyticus. / Tesis

Memoria para optar al Título Profesional de Médico Veterinario / La alta prevalencia de enfermedades infecciosas bacterianas ha generado la continua búsqueda de nuevos elementos terapéuticos que ayuden a su control y prevención. Entre estas herramientas terapéuticas se encuentran los bacteriófagos o fagos, virus que, a través de su ciclo reproductivo lítico, destruyen bacterias. Es por esto que la investigación sobre el uso de fagos en Medicina Veterinaria se ha vuelto cada vez más importante. Fagos que infectan Salmonella han sido documentados, siendo abundantes y ampliamente distribuidos en ambientes relacionados a producciones bovinas. En este estudio investigamos la abundancia y diversidad de fagos de Salmonella en muestras de bovinos provenientes de 6 sectores distintos de Isla de Pascua. Como resultado, se aislaron en total 90 fagos, provenientes de los 6 sectores muestreados. La caracterización del rango de hospederos (RH) determinó que los fagos aislados lisan entre 1 y 19 cepas de Salmonella hospederas, siendo S. Javiana, S. Dublin, S. Heidelberg, S. Enteritidis y S. Agona las más susceptibles a la lisis. Además, según el número de cepas lisadas, 26 de los 90 fagos aislados (28,9%) fueron clasificados en estrecho RH, mientras los otros 63 (70%) en amplio RH. Solo 1 fago fue clasificado en muy amplio RH, por lisar 19 cepas hospederas. Nuestro estudio no solo mostró la considerable diversidad fenotípica que presentan los fagos de Salmonella que se encuentran común y ampliamente distribuidos a lo largo del territorio de Isla de Pascua, sino también muestra que fagos que lisan serotipos que comúnmente causan salmonelosis en bovinos, son obtenidos con frecuencia, sugiriendo que los fagos podrían jugar un rol importante en la ecología de Salmonella en estos animales. / The high prevalence of bacterial infectious diseases has generated the continuous search for new therapeutic elements that help its control and prevention. Among these therapeutic tools are bacteriophages or phages, viruses that cross their lytic reproductive cycle, destroy bacteria. Therefore research on the use of phages in Veterinary Medicine has become increasingly important. Phages that infect Salmonella have been documented, being abundant and widely distributed in environments related to bovine production. In this study, we investigated the abundance and diversity of Salmonella phage in samples of cattle from 6 different sectors of Easter Island. As a result, a total of 90 phage were isolated from the 6 sampled sectors. The characterization of the host ranges (HR) determined that phages isolated lysed between 1 and 19 Salmonella host strains, being S. Javiana, S. Dublin, S. Heidelberg, S. Enteritidis and S. Agona, the most susceptible to lysis. In addition, according to the number of lysed strains, 26 of the 90 isolated phages (28.9%) were classified in narrow RH, while the other 63 (70%) in broad RH. Only 1 phage was classified in very broad RH, by lysing 19 host strains. Our study not only showed the considerable phenotypic diversity of the Salmonella phages that are common and widely distributed throughout the Easter Island territory, but also shows that phage lysing serotypes that commonly cause salmonellosis in cattle are obtained with frequency, suggesting that phages could play an important role in the ecology of Salmonella in these animals.

Memoria para optar al Título Profesional de Médico Veterinario / En los últimos años se han utilizado biotecnologías, como los bacteriófagos, para controlar patógenos bacterianos asociados a enfermedades transmitidas por alimentos (ETA), tales como Campylobacter spp., E. coli 0157H7 y Salmonella enterica. Si bien en un inicio se realizaron fagoterapias directamente en los animales de abasto, hace poco más de una década se inició el biocontrol de estos agentes biológicos directamente en los alimentos, tanto a temperatura de refrigeración como ambiental. Los resultados internacionales indican que la aplicación directa de ellos logra reducir en rangos variables los recuentos bacterianos, sin producir cambios organolépticos. El objetivo de este estudio fue establecer la efectividad de una mezcla de fagos líticos nativos en la reducción de los recuentos de Salmonella Enteritidis (SE), en dos matrices alimentarias como son las cecinas cocidas, particularmente el jamón de pavo y la vienesa pollo. Para esto se trabajó con dos grupos de 25 muestras cada uno: el grupo experimental se contaminó con SE y se le aplicó la mezcla de fagos (MOI 105), en tanto que el grupo control sólo se contaminó con la cepa desafío. La dosis de contaminación varió según la temperatura de incubación de las muestras. Una vez contaminada y aplicada la mezcla de fagos, las muestras se incubaron por 10 días a temperatura ambiente (18 ºC) y a temperatura de refrigeración (4 ºC) para luego realizarles recuento bacteriano. Pasados los 10 días se observó que la aplicación de la mezcla de bacteriófagos redujo significativamente (p < 0,0001) los recuentos de SE en jamón de pavo mantenidos a temperatura ambiente, logrando una leve reducción de 0,48 unidades logarítmicas de SE/g mientras que en las muestras que permanecieron a temperatura de refrigeración se obtuvieron mayores reducciones del orden de 1,72 unidades logarítmicas de SE/g. Para vienesa pollo, la mezcla de fagos redujo los recuentos en 1,13 unidades logarítmicas de SE (p < 0,05) para el grupo que permaneció a temperatura ambiente mientras que en el grupo a temperatura de refrigeración se logró obtener reducciones significativas de 0,48 unidades logarítmicas (p < 0,05) de SE. Los resultados obtenidos indican que la efectividad de esta mezcla de fagos líticos depende de la matriz alimentaria y que podría ser una alternativa para el biocontrol de SE en jamón de pavo y vienesa de pollo a temperatura ambiente y de refrigeración por 10 días. / In recent years, biotechnological tools, as bacteriophages, have been used to control bacterial pathogens associated with food-borne diseases, such as Campylobacter spp., E. coli 0157:H7 and Salmonella enterica. While initially performed direct phagetherapies were performed in livestock, just over a decade ago the biocontrol direct in Food began, both cooling and room temperature. The international data have shown that the bacteriophage direct application reduce, in variable ranges, the bacterial counts, with no organoleptic changes. The aim of this study was to establish the effectiveness of a native lytic bacteriophage cocktail in reducing Salmonella Enteritidis (SE) counts, in two processed food matrices, as turkey breast ham and chicken sausage. Thus, two groups of 25 samples each one were differentiated: the experimental group was inoculated with SE and receive the phage cocktail (MOI 105), in so far as the control group was only inoculated with the bacterial strain. The inoculation dose varied according to the storage temperature of the samples. Once contaminated and added with the phage cocktail, the samples were incubated for 10 days at room (18 ºC) and cooling (4 ºC) temperature, to next perform the bacterial count. After 10 days a significant bacterial count reduction (p < 0.0001) was observed due to the application of the phage cocktail in turkey breast ham stored at room temperature, achieving a slight reduction of 0.48 log CFU/g, while in the samples stored at cooling temperature higher reductions were obtained, around 1.72 log UFC/g. In chicken sausage, the phage cocktail reduced the bacterial counts in 1.13 log UFC/g (p < 0.05) in the samples stored at room temperature, while in the samples stored at cooling temperature the reduction were of 0.48 log CFU/g (p < 0.05). The present results indicates that the effectiveness of this lytic bacteriophage cocktail depends strongly in the type of food matrix, and that could be an alternative tool for the biocontrol of SE in turkey ham and chicken sausages at room and cooling temperatures for 10 days. / Financiamiento: Proyecto FONDECYT 1110038.

Memoria para optar al Título Profesional de Médico Veterinario. / La diarrea neonatal (DN) es la patología más frecuente y la primera causa de muerte en terneros, generando altas pérdidas en la industria. Los tratamientos más utilizados incluyen el uso de antibióticos de amplio espectro. El uso de antibacterianos específicos podría contribuir al control de esta patología. El objetivo del presente estudio fue evaluar el efecto de un producto comercial formulado a base de bacteriófagos específicos para el control de E.coli y Salmonella spp., sobre la presentación de DN y peso al destete en terneras Holstein de la zona central de Chile. Para ello, se trabajó en dos lecherías comerciales ubicadas en las regiones de Valparaíso y Metropolitana, donde se asignaron aleatoriamente 80 terneras recién nacidas a dos grupos en cada predio, un grupo control y un grupo experimental. El grupo experimental recibió 0,5 gramos de un controlador microbiológico (Milkeeper S®, Phage Technologies, Santiago, Chile) a base de bacteriófagos específicos contra E. coli, Salmonella panama, S. dublin, S. mbandaka y S. typhimurium, disueltos en la leche o sustituto, dos veces al día hasta el destete. El grupo control recibió, 0,5 gramos de un placebo a base de almidón disuelto en la leche o sustituto, dos veces al día hasta el destete. Se evaluó en cada ternera el peso al nacimiento, proteínas séricas totales (PST) entre el 3er a 5to día de vida, peso a los 30, 60 y 75 días aproximadamente, como también se registraron los casos de enfermedad y muertes. Las incidencias de diarrea no fueron diferentes (p=0,79) entre el grupo control (50%) y el grupo experimental (42,5%). Tampoco se observaron diferencias en la mortalidad registrada en el periodo, siendo de 7,5% en el grupo control y de 5% en el grupo experimental. Por otro lado, la duración de los cuadros fue significativamente menor (p=0,03) en las terneras tratadas con el bacteriófago (5,9±1,81 días) que en el grupo control (8,5 ± 4,24 días) y se observó una tendencia a una menor severidad de las diarreas en las terneras tratadas. Las terneras del grupo experimental tuvieron una tendencia a una mayor ganancia diaria de peso que las del grupo control (628gr/día y 578gr/día, respectivamente; p=0,07), y un mayor peso al destete que las del grupo control (82,0 kg y 78,0 kg, respectivamente; p=0,03). Se concluye que el producto testeado no disminuye en forma significativa la incidencia de DN en terneras, pero sí la duración y la severidad de estas, mejorando significativamente el peso al destete. / The neonatal diarrhea (ND) is the most common disease and the main cause of death in calves, generating high losses in the industry. The most widely used treatments include the use of broad-spectrum antibiotics. The use of specific antibacterials could help to control this disease. The aim of this study was to evaluate the effect of a commercial product formulated with specific bacteriophages for control of E. coli and Salmonella spp., on the presentation of ND and weaning weight in Holstein calves of central Chile. The study was conducted in two commercial dairies located in Valparaiso and Metropolitan regions, where 80 newborn calves were randomly assigned to two groups on each farm, a control group and an experimental group. The experimental group received 0.5 grams of a microbiological controller (Milkeeper S®, Phage Technologies, Santiago, Chile) based on specific bacteriophages against E. coli, Salmonella panama, S. dublin, S. Mbandaka and S. typhimurium, dissolved in milk or substitute, twice a day until weaning. The control group received 0.5 grams of a placebo based on starch dissolved in the milk replacer, twice a day until weaning. Birth weight, total serum protein (TSP) from the 3rd to 5th day of life, weight at about 30, 60 and 75 days, and illness and deaths frequencies were also registered. The incidences of diarrhea were not different (p = 0.79) between the control group (50%) and the experimental group (42.5%). No differences were observed in mortality rates during the period, with 7.5% in the control group and 5% in the experimental group. On the other side, the duration of the episodes of diarrhea was significantly lower (p = 0.03) in calves treated with bacteriophage (5.9 ± 1.81 days) than in the control group (8.5 ± 4.24 days ) and a trend toward a lower severity of diarrhea in treated calves was observed. The calves of the experimental group had a trend to greater daily weight gain than the control group (628gr / day and 578gr / day, respectively; p = 0.07), and increased weaning weight than the control group (82.0 kg and 78.0 kg, respectively; p = 0.03). It is concluded that the tested product does not significantly decrease the incidence of DN in calves, but affects the duration and severity of that, significantly improving weaning weight. / Financiamiento: VETNOVO, EIP-2014.

Memoria para optar al Título Profesional de Médico Veterinario / Salmonella Enteritidis continúa siendo una zoonosis emergente tanto en Chile como en el mundo entero, principalmente asociada al sector avícola. Los productores de aves han realizado esfuerzos para implementar medidas de control y prevención frente a este enteropatógeno, sin embargo estas medidas aún no han mostrado la eficiencia esperada. En la actualidad en el sector avícola se están realizando novedosas investigaciones sobre el uso de bacteriófagos líticos como biocontroladores frente a patógenos de importancia en salud publica. El objetivo de este trabajo fue demostrar la eficiencia de tres bacteriófagos líticos frente a la colonización de SE en pollos SPF experimentalmente infectados, estudiando su administración solos o en asociación y diferentes vías de administración. En una primera experiencia se formaron 5 grupos de 30 pollos SPF de 10 días de edad cada uno, estos fueron tratados con fagos, individuales y en asociación (mezcla) con una MOI de 103 UFP y posteriormente las aves fueron desafiadas con 8,5x105 UFC/ml de SE. A los 20 días de edad las aves recibieron eutanasia, obteniendo muestras individuales de intestino y pool de órganos (hígado, corazón y bazo), para bacteriología cualitativa y cuantitativa. Los grupos controles fueron: uno tratado solo con fagos, otro que recibió solo cepa desafío y un tercer grupo que no recibió tratamiento ni desafío. En una segunda experiencia se formaron 3 grupos de 22 pollos libres de Salmonella spp y provenientes de madres no vacunadas. Al día 9 de edad, dos grupos recibieron una mezcla de los tres fagos (MOI 103 cada uno), uno por aerosol y otro por agua de bebida. Un día después, los tres grupos fueron desafiados con 9,6 x 105 UFC/ml de SE. A los 10 días post infección las aves recibieron eutanasia obteniendo muestras individuales de intestino y pool de órganos (hígado, corazón y bazo), para bacteriología cualitativa y cuantitativa. En la primera experiencia, solo las aves tratadas con la mezcla de fagos (58,6%) y el fago 3 de forma individual (53,3%) disminuyeron significativamente el número de aves infectadas (P= 0,0154 y P= 0,0099 respectivamente) comparado con el grupo control de infección (86,6%). Mediante bacteriología cuantitativa se demostró que la terapia con mezcla, fago 1 y fago 3 redujeron el recuento de SE en contenido intestinal, desde 108 UFC/g hasta 105/UFC/g. El fago 2 logró una menor disminución en los recuentos (107UFC/g). En relación a las vías de administración, la bacteriología cualitativa reveló diferencias estadísticas en el total de aves infectadas solo en el grupo de aves que recibió la mezcla de fagos por vía aerosol (P= 0,0084) donde se logró un nivel de infección de 72,7% comparado con el 100% de infección detectado en el grupo control. En las aves que recibieron la mezcla de fagos en el agua de bebida se detectó un nivel de infección del 90,9%. En relación al recuento bacteriano las aves tratadas con fagos por ambas vías, aerosol y agua de bebida, lograron reducir significativamente SE a nivel intestinal (P< 0,01 y P< 0,05 respectivamente), mientras que solo la terapia por agua de bebida fue capaz de disminuir los recuentos a nivel sistémico (P= 0,014). El grupo que solo recibió fago y el grupo control sano no evidenciaron algún tipo de alteración clínica ni lesiones macroscópicas a la necropsia, hecho que aseguró la inocuidad de los fagos, y de las vías de administración y descartó una posible contaminación entre los grupos experimentales. Con los resultados obtenidos se concluye que la terapia preventiva de fagos podría constituir una herramienta promisoria para el biocontrol de Salmonella Enteritidis en el sector avícola, disminuyendo la incidencia y la colonización intestinal y sistémica. A pesar que quedan desafíos pendientes respecto a la incorporación de partículas virales en animales, esta experiencia sugiere que la fagoterapia es una medida fácil y económica para ser aplicada a gran escala en la producción aviar.

Memoria para optar al Título Profesional de Médico Veterinario / Salmonella Enteritidis (S.E.) se encuentra ampliamente distribuida alrededor del mundo, causando problemas en salud pública y pérdidas económicas para los países, particularmente para la industria avícola. Las aves de corral son el principal reservorio de este enteropatógeno y dentro de los productos avícolas, el huevo presenta una mayor importancia epidemiológica en los brotes causados por esta bacteria. Debido a que las medidas de control no han sido lo suficientemente satisfactorias y, producto del desarrollo de resistencia a antimicrobianos, renace el interés por el uso de bacteriófagos líticos como una herramienta terapéutica y profiláctica. El objetivo de este estudio fue determinar si una mezcla de tres bacteriófagos líticos, administrados de manera profiláctica, era capaz de disminuir la incidencia de infección y el recuento (UFC/g) de S.E. en el tracto reproductivo (ovario y oviducto) de gallinas infectadas experimentalmente. Para ello, se utilizaron 80 gallinas comerciales de postura Hy Line Brown, de 22 semanas de edad, las que se dividieron de manera aleatoria en cuatro grupos; control negativo (A, no recibió fagos ni S.E.), control de inocuidad de fago (C, solo se le administraron fagos), control de infección (B, solo desafiadas con S.E.) y grupo terapia (D, fagos y S.E.). Las aves pertenecientes a los grupos C y D, recibieron por tres días consecutivos una dosis de 1011 UFP/cada fago/mL (MOI 103), por vía oral forzada y al cuarto día del ensayo, las gallinas de los grupos B y D, fueron desafiadas con S.E. a una dosis total de 2,4 x 108 UFC, por vía oral. Al décimo día post infección se procedió al sacrificio de las aves, para la obtención de muestras separadas de ovario y oviducto, las que se analizaron mediante bacteriología cualitativa y cuantitativa (UFC/g). La bacteriología cualitativa reveló a nivel de ovario, un 43,3% de positividad en el grupo control de infección, mientras que en el grupo tratado con bacteriófagos el porcentaje alcanzó un 30%, reducción (13,3%) que no fue estadísticamente significativa (p=0,2839). Situación similar ocurrió en tejido oviductal, en donde la incidencia de S.E. en el grupo control de infección (23,3%) y en el grupo que recibió fagos (10%), no presentaron diferencias estadísticamente significativas (p=0,1659). 4 En cuanto a la bacteriología cuantitativa, el tratamiento con bacteriófagos no logró disminuir significativamente el recuento de S.E. a nivel oviductal (p=0,1007), mientras que en ovario, la utilización profiláctica del cóctel de fagos redujo significativamente (p=0,0489) la colonización de la bacteria, al compararlo con los recuentos del grupo control de infección (0,95 versus 0,31 UFC log10). Las aves pertenecientes al grupo control de inocuidad de fago, se observaron asintomáticas durante toda la experiencia y no presentaron lesiones patológicas macroscópicas al momento de la necropsia. De acuerdo a los resultados obtenidos en este trabajo, se concluye que la utilización profiláctica de una mezcla de tres bacteriófagos líticos, en gallinas de postura no fue eficaz en reducir la incidencia de infección ni los recuentos de S.E. en tejidos reproductivos, exceptuando la colonización a nivel ovárico (recuento). La actividad lítica de estos virus demostrada sólo en el tejido ovárico, sugiere que una mayor investigación es necesaria para determinar el verdadero aporte de la utilización de bacteriófagos como biocontroladores de S.E. en gallinas de postura.

Memoria para optar al Título Profesional de Médico Veterinario / Salmonella spp. es uno de los principales patógenos involucrados en enfermedades transmitidas por los alimentos, siendo el serotipo Enteritidis el que más se asocia a productos derivados de la industria avícola, principalmente a los huevos. Es por esto que se han buscado diversas medidas de control en gallinas comerciales de postura, no logrando éstas ser completamente eficientes. Los bacteriófagos podrían ser una potencial alternativa para el control de Salmonella Enteritidis (S.E.) en huevos ya que demostraron ser inocuos para las células eucariotas y logran reducir una variedad de patógenos en diversos alimentos. El objetivo del presente trabajo fue determinar in vitro la efectividad de una mezcla de bacteriófagos sobre Salmonella Enteritidis en yemas y albúminas de huevos. Se trabajó con tres grupos de huevos SPF: grupo control de infección que sólo recibió S.E. (101 UFC/0,1 mL), grupo control de fagos que sólo recibió fagos (106 UFP/0,1 mL) y tres grupos que recibieron S.E. (101 UFC/0,1 mL) y fagos en distintas concentraciones (MOI de 103, 104 y 105 /0,1 mL). Albúminas y yemas por separado fueron inoculadas con la cepa desafío S.E. nalr rifr y luego de dos horas a temperatura ambiente, se les administró la mezcla de tres fagos líticos. Las muestras fueron mantenidas a 37 ºC por 24 horas (protocolo de 24 horas) y por 48 horas (protocolo de 48 horas), antes de ser analizadas por bacteriología cualitativa y cuantitativa (recuento bacteriano). Los fagos no lograron disminuir (p > 0,05) la incidencia de S.E. en las muestras de yemas, presentándose un 100% de positividad, tanto para el protocolo de 24 horas como para el de 48 horas, independiente de la MOI utilizada. En las muestras de albúminas, los fagos no lograron disminuir (p > 0,05) la incidencia de S.E. en el protocolo de 24 horas, presentándose un 100% de positividad. En el protocolo de 48 horas, los fagos no disminuyeron (p > 0,05) la incidencia de S.E. en albúminas tratadas con una MOI de 103 (96%) y 104 (100%), pero sí lo hicieron (p < 0,05) en albúminas tratadas con una MOI de 105 (68% de positividad) Los resultados de la bacteriología cuantitativa en los grupos experimentales demostraron que los fagos disminuyen (p < 0,05) los recuentos de S.E. en yemas en 2,53 log10 (MOI 105), en 2,26 log10 (MOI 104) y en 2,32 log10 (MOI 103) en relación al grupo control de infección, para el protocolo de 24 horas. Para el protocolo de 48 horas, los recuentos disminuyeron (p < 0,05) en 0,48 log10 (MOI 103), en 0,35 log10 (MOI 104) y en 0,25 log10 (MOI 105), en relación al grupo control de infección. En las muestras de albúminas tratadas con fagos, los recuentos de S.E. aumentaron (p < 0,05) en 2,4 log10 (MOI 103) y en 1,55 log10 (MOI 104) en relación al grupo control de infección, mientras que en el grupo tratado con una MOI 105 (4,49 log10), no hubo diferencias significativas (p > 0,05) en relación al grupo control (3,07 log10), para el protocolo de 24 horas. Para el protocolo de 48 horas, los recuentos de S.E. disminuyeron (p < 0,05) en 1,81 log10 (MOI 105) y en 1,35 log10 (MOI 103) en relación al grupo control de infección, mientras que en el grupo tratado con una MOI 104 (3,00 log10), no hubo diferencias significativas (p > 0,05) en relación al grupo control de infección (3,55 log10). Con los resultados obtenidos se concluye que el uso de fagos líticos podría ser una herramienta eficaz en la reducción de Salmonella Enteritidis en huevos, sin embargo mayores estudios son necesarios para optimizar el modelo experimental

Memoria para optar al Título Profesional de Médico Veterinario / Salmonella corresponde a una de las principales causas de enfermedades gastroentéricas, principalmente por la ingestión de alimentos de origen animal contaminados. Para detectar la presencia de Salmonella en alimentos existe el método tradicional y métodos alternativos. El método tradicional es bastante extenso y laborioso, retrasando la obtención de resultados. Los métodos alternativos permiten obtener resultados más rápidamente, aun cuando, deben ser validados y verificados frente a un método tradicional. Este estudio tiene por finalidad verificar al interior de la Unidad de Bacteriología Pecuaria del Servicio Agrícola y Ganadero (SAG) un nuevo método alternativo denominado VIDAS® UP SALMONELLA para la detección de Salmonella spp. en dos matrices del ámbito alimentario, como lo son esponja sobre carcasa de bovino y enjuague de carcasa de pollo. Para ello se analizaron, en forma simultánea, 52 muestras de cada matriz por el método alternativo y por el método tradicional, de tal manera de obtener valores de sensibilidad relativa, especificidad relativa y exactitud relativa del método alternativo, y la concordancia entre ambos métodos mediante el índice Kappa. Para la matriz esponja sobre carcasa de bovino se obtuvo una sensibilidad relativa de 100%, especificidad relativa de 100% y exactitud relativa de 100%. Mientras que en la matriz enjuague de carcasa de pollo los valores fueron de 80,7%, 100% y 90,4% respectivamente. La concordancia alcanzada fue de 1,0 y 0,81 para esponja sobre carcasa de bovino y enjuague de carcasa de pollo respectivamente. Los resultados permiten concluir que este nuevo método alternativo obtiene criterios muy buenos en comparación con su contraparte tradicional, entregándole a la Unidad de Bacteriología Pecuaria una nueva herramienta de análisis

Salmonella enterica es una de las principales causas de toxiinfección alimentaria en todo el mundo. Su transmisión a humanos generalmente se produce a través de productos de origen animal y, en menor medida, de origen vegetal. En este contexto, el uso de bacteriófagos podría ser una estrategia aceptable dado que los fagos no alteran dichos productos ni comportan riesgos para la salud humana. El objetivo del presente trabajo ha sido aislar y caracterizar nuevos fagos capaces de infectar a las serovariedades S. Typhimurium y S. Enteritidis a partir de muestras fecales de cerdos y estudiar su aplicación a diferentes matrices alimentarias. Para abordar dicho objetivo y mediante un método basado en medios de enriquecimiento y de selección de Salmonella, se aislaron 33 fagos específicos desde muestras de heces de cerdo de granjas españolas entre los años de 2007 y 2009. Posteriormente, se realizó un estudio de su biodiversidad, comparando el perfil de infección y el perfil de restricción, junto a la de 22 fagos obtenidos por nuestro grupo desde muestras de heces de aves (Bardina, 2011). Los resultados obtenidos mostraron que los fagos procedentes de granjas de aves fueron distintos de los de granjas de cerdos. A pesar de ello, ambos grupos fueron capaces de infectar a cepas de S. Typhimurium y S. Enteritidis, independientemente de su origen (aves, cerdos y humanos). De entre todos los fagos de origen porcino aislados, se seleccionó el fago UAB_Phi78 por presentar un elevado rango de huésped y una mayor y más rápida capacidad lítica. Además, una caracterización más profunda reveló que el fago UAB_Phi78 pertenece al género tipo SP6 de la familia Podoviridae. Mostró una elevada estabilidad a diferentes temperaturas y a pH comprendido entre 4 y 9, aunque su infectividad disminuyó a pH 2. El análisis de la secuencia de su genoma no reveló la existencia de genes de virulencia conocidos. Dicho fago se combinó en un cóctel con otros dos fagos (UAB_Phi20 y UAB_Phi87), abordándose su aplicación conjunta como desinfectante sobre distintas matrices alimentarias. Se obtuvieron resultados significativos de reducción de la concentración de Salmonella en todas las matrices estudiadas: piel de cerdo (modelo de presacrificio de los animales), pechuga de pollo (modelo cárnico), huevos frescos (modelo de producto final de origen animal) y en lechuga envasada (modelo de producto final de origen vegetal). El conjunto de los resultados obtenidos demuestran la potencialidad del uso del cóctel desarrollado en la desinfección específica de alimentos, tanto en el producto final como en algunos puntos críticos de su producción. Los resultados permitieron concluir que el uso de dichos bacteriófagos en el biocontrol de Salmonella puede representar una opción efectiva si es utilizada de manera complementaria a las medidas de buenas prácticas de manufactura, ya utilizadas en la industria alimentaria. Palabras clave: Salmonella, bacteriófagos, lechuga, pollo, huevos, piel, biocontrol. / Salmonella enterica is one of the leading causes of foodborne disease worldwide. This pathogen is usually transmitted to humans through animal products. However, in the last years, fresh vegetables are also an important source of transmission of Salmonella. In this context, the use of bacteriophages could be an acceptable strategy due to they do not cause change in food and are safe for human health. The aim of this work was to isolate and characterize new phages capable of infecting S. Typhimurium and S. Enteritidis serovars from swine faecal samples and use a phage cocktail as a disinfectant in different matrices of the food production chain. A method based on the use of a selective enrichment medium for Salmonella allowed the isolation of 33 phages from faecal samples obtained in Spanish swine farms during 2007-2009. Later, we studied the biodiversity of 55 phages from our collection, which include the phages isolated in this work and 22 isolated from Gallus gallus faeces and obtained in another study of our research group (Bardina, 2011), comparing the host range and the restriction profile. The results showed that the phages from poultry farms were different from those from pig farms. In spite of this, both groups of phages were able to infect S. Typhimurium and S. Enteritidis strains, regardless of their origin (poultry, pigs or human). Among all phages isolated from swine samples, UAB_Phi78 was selected due to its high host range, and a high and faster lytic capacity. Afterwards, a deeper characterization revealed that UAB_Phi78 is a SP6-like phage, from Podoviridae family. Furthermore, it was demonstrated its ability to withstand at different temperatures and pH range from 4 to 9, although its infective capacity diminished significantly at pH 2. The analysis of the sequence of its genome did not reveal the existence of known virulence genes. Finally, we composed a cocktail with UAB_Phi78 and another two phages (UAB_Phi20 and UAB_Phi87) and its capacity as disinfectant on different food matrices was studied. In this way, it is noteworthy the significant results of decreasing the concentration of Salmonella obtained in all the matrices artificially contaminated: pig skin (model for pre-slaughter animals), chicken breast (meat model), fresh eggs (model of animal products) and lettuce (model of plant products). Moreover, it was demonstrated the potential of using a phage cocktail specifically developed for food disinfection, both in final product and in some critical points of production. Finally, all these results allow concluding that the use of these bacteriophages in the biocontrol of Salmonella can be an effective option if they are used as a complement to the measures of good manufacturing practices already applied in food industry. Keywords: Salmonella, bacteriophage, lettuce, chicken, eggs, skin, biocontrol.

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2017-04-12T17:27:26Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 435818 bytes, checksum: 11ac8d55485121ae9e428811aa3efe1c (MD5) / Made available in DSpace on 2017-04-12T17:27:26Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 435818 bytes, checksum: 11ac8d55485121ae9e428811aa3efe1c (MD5) Previous issue date: 2015-07-28 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / A microbiota do rúmen bovino é complexa, incluindo organismos dos três domínios da vida, potencial hospedeiros de vários vírus. A população viral do rúmen desempenha um papel importante na manutenção do equilíbrio da população bacteriana e na transferência horizontal de genes. Além disso, bacteriófagos pode ser usada como uma possível estratégia para a mitigação de metano. Isso requer a identificação de espécies de bacteriófagos que infectam a principal Archaea produtora de metano no rúmen. O objetivo deste estudo foi caracterizar o viroma do rúmen de bovinos leiteiros da Universidade Federal de Viçosa usando uma abordagem metagenômica. Para acessa a diversidade viral,nós sequenciamos (Illumina HiSeq2000) partículas vírus-like do líquido de rúmen de dois bovinos leiteiros (amostras 08 e 11). Cada bibliotaca continha cerca de 49 milhões de sequências em pares. De novo assembly gerou 294.757 contigs para a amostra 08 e 193.262 para a amostra 11. Apenas 2% das sequências a partir de cada uma das duas amostras pode ser identificado através da comparação dos contigs com o banco de dados viral RefSeq, do NCBI. As famílias virais mais abundantes foram Siphoviridae, Myoviridae e Podoviridae. Para determinar se o alto número de contigs sem identificação eram possíveis sequências virais, alguns contigs das duas amostras que não mostraram nenhuma identidade com sequências depositadas no banco de dados foram escolhidos aleatoriamente e as ORF’s presentes nesses contigs foram identificadas usando a ferramenta ORFinder. Similaridade com proteínas virais conhecidas, foram detectadas em todas os contigs, sugerindo que a diversidade viral no rúmen é em grande parte desconhecida. Mesmo com o recente avanço nas tecnologias modernas de sequenciamento pouco se avançou no sentido de elucidar a verdadeira importância dos bacteriófagos no funcionamento do ecossistema ruminal, com muitas sequências permanecendo desconhecidas. Palavras-chaves: Metagenômica, rúmen, bacteriófagos / The microbiota of bovine rumen is complex, including organisms of the three domains of life, potential hosts of numerous viruses. The viral population of the rumen plays an important role in maintaining the balance of the bacterial population and in horizontal gene transfer. In addition, bacteriophages can be used as a possible strategy for methane mitigation. This requires the identification of bacteriophage species that infect the dominant methane-producing Archaea in the rumen. The purpose of this study was to characterize the rumen virome in dairy cattle from the University Federal of Viçosa using a metagenomic approach. To access the viral diversity we sequenced (Illumina HiSeq2000) virus-like particles from the rumen fluid of two dairy cattle (samples 08 and 11). Each library contained about 49 million pair-ended sequences. De novo assembly generated 294.757 contigs for sample 08 and 193.262 for sample 11. Only 2% of the sequences from each of the two samples could be identified by comparing the contigs with the viral RefSeq database of the NCBI. The most abundant viral families were Siphoviridae, Myoviridae and Podoviridae. To determine if the high number of contigs without a positive identification were possible viral sequences, some contigs that showed no identity from each of the two samples were randomly selected and the ORFs present in these contigs were identified using the ORFinder tool. Similarity to known viral proteins were detected in all contigs, suggesting that viral diversity in the rumen is largely unknown. Even with the recent advances in modern sequencing technology, little progress has been achived towards elucidating the true importance of bacteriophages in the functioning of the rumen ecosystem, with many sequences remaining unknown. Key words: Metagenomics, rumen, dairy cattle, phage.