Šio darbo tikslas buvo dviejų naujų, Lietuvoje išskirtų, virulentinių bakteriofagų – Salmonella fago VinS9 ir Klebsiella fago RaK2 charakterizavimas genetiniais ir biocheminiais metodais. Darbų metu atlikus bioinformacinę analizę paaiškėjo, kad fago VinS9 genominės DNR sekos homologiškiausios Myoviridae šeimai priklausančių Salmonella fago Vi01 (97-99%) ir Shigella fago phiSboM-AG3 (70-80%) genomų sekoms. Pilnai nustatytos fago VinS9 koduojamos T4 esminių struktūrinių (g21, g22, g23) ir funkcinių (g41 (helikazės), g61 (praimazės), g44-62 (DNR polimerazės žiedo užkėlėjo), g43 (DNR polimerazės)) genų produktų homologų sekos. Darbo metu taip pat atlikta ~300 kb (iš esamų~ 350 kb) bakteriofago RaK2 genomo sekų analizė, nustatyti 362 hipotetiniai ASR, tarp jų esminių bakteriofagų struktūrinių ir funkcinių genų produktų homologai. Atskleista, kad didžioji dalis (63%) RaK2 ASR neturi patikimos homologijos su kitų bakteriofagų genų sekomis, bet aptinkami kituose organizmuose (daugiausia bakterijose). 27% ASR koduoja baltymus, homologiškus kitų fagų baltymams ribose nuo 18% iki 58% (iš kurių didžioji dauguma pasižymi didžiausia a.r. sekų homologija su T4-tipo fagų a.r. sekomis). Likusių 10 % RaK2 ASR analogų NCBI duomenų bazėje nebuvo rasta. Bakteriofagų genominės DNR metilinimo tyrimais įrodyta, kad tirtieji RaK2 genominės DNR fragmentai yra metilinti, o VinS9 – ne. Tuo tarpu fagų virionų struktūrinių baltymų analizė atskleidė, kad VinS9 ir T4 pagrindinio struktūrinio viriono baltymo... [toliau žr. visą tekstą] / The aim of this work was to biochemically and genetically characterize two novel, virulent bacteriophages VinS9 and RaK2 infecting Salmonella and Klebsiella, respectively. Bioinformatic analyses uncovered that the genomic DNA sequences of bacteriophage VinS9 have the biggest homology with Salmonella phage Vi01 (97-99%) and Shigella phage phiSboM-AG3 (70-80%) which belong to the Myoviridae family. The sequences of Vins9 hypothetical ORFs were determined and it was also shown that they share homology with phage’s T4 essential structural (g21, g22, g23) and functional (g41 (helicase), g61 (primase), g44-62 (DNA clamp-loader subunits), g43 (DNA polymerase)) genes. RaK genome sequences were also analyzed, where ~300 kb of the total ~ 350 kb genome contained 362 hypothetical ORFs showing homologies with essential structural and functional genes of other bacteriophages. It was established, that most of the RaK2 ORFs (63%) do not have reliable homology with sequences of other phages, but are found in other organisms, especially in bacteria. 27% ORFs codes proteins, that share homology with proteins of other phages with identity between 18% and 58% (most of them are the most homological with genome sequences of phage T4). The last 10% ORFs of the phage RaK2 had no homologues in national databases tested. DNA methylation experimental analyses unraveled that RaK2 genomic DNA fragments are methylated, while VinS9 genomic DNA fragments were not. The analysis of phages structural virion... [to full text]

The complete genome sequence of bacteriophage VR7 has been determined. The genome sequence is 169,285 nt, with an overall G+C content of 40,3%, compared with 35.3 % of T4. VR7 encodes 293 putative protein-encoding open reading frames (ORFs) and tRNAMet. In total, 211 of the 293 VR7 open reading frames encode putative proteins that share 30% ‒ 97% amino acid sequence identity with those found in T4; 46 ORFs resemble genes from other T4-like phages, 9 show similarities to genes of non T4 type phages and 27 ORFs lack any database matches. Homologs to the T4 α-gt, β-gt, SegA, SegB, SegC, SegD, SegE, I-TevI, I-TevII, I-TevIII, gp42, Ac, NrdG, NrdD, Arn, IPI, IPII, IPIII, Mrh as well as the T4-specific tRNAs are all absent in VR7. The amino acid sequences of the three major structural proteins gp23, gp18 and gp19 of VR7 show 84.9%, 71.3% and 69.9% aa identity respectively with adequate proteins of T4. In total, 43 PE, 43 PM and 44 PL have been identified in VR7. Moreover, phage VR7 encodes homologues of all transcription-associated proteins of T4. The functional complementation experiments of VR7 MotA, sharing only 34% amino acid sequence identity with MotA of T4, have been performed. It has been demonstrated, that the presence of plasmid encoded VR7 MotA complements the T4motAΔ mutant for growth in E. coli, and activates middle-mode transcription during the growth of T4motA-. Bacteriophages VR5, VR7 and VR20 have been characterized. It has been demonstrated that these phages... [to full text] / Nustačius 169,285 b.p. bakteriofago VR7 genomo nukleotidų seką aptikta viena tRNRMET ir 293 hipotetiniai ASR. Du šimtai vienuolika šio fago genų koduoja baltymus, kurie yra 30% ‒ 97% homologiški atitinkamiems fago T4 baltymams. Keturiasdešimt šeši fago VR7 baltymai neturi analogų T4, bet yra homologiški įvairių kitų T4 giminingų fagų baltymams, 9 baltymai nėra artimi T4-giminingų fagų koduojamiems baltymams, o 27 bakteriofago VR7 ASR koduoja baltymus, kuriems homologų NCBI duomenų bazėje nėra. Fago VR7 genome nėra genų, koduojančių bakteriofago T4 : α ir β gliukoziltransferazes (α-gt , β-gt) , DNR endonukleazes SegA, SegB, SegC, SegD, DNR metilazę Dam, dCMP hidroksimetilazę gp42, atsparumą akriflavinui sąlygojantį baltymą Ac bei ląstelės šeimininkės σ32 fosforilinime dalyvaujančio mrh geno produkto. Nustatyta, kad GC sudaro 40,3% fago VR7 genominės DNR, kai tuo tarpu fago T4 - 35%. Taipogi nustatyta, kad VR7 gp18, gp19 ir gp23 yra tik 71.3% , 69.9% ir 84.9% homologiški atitinkamiems fago T4 baltymams. Tiriant bakteriofago VR7 transkripcijos reguliaciją buvo aptikti 43 ankstyvieji, 43 vidurinieji bei 44 vėlyvieji promotoriai. Šio fago genominėje DNR taip pat buvo identifikuoti visų fago T4 transkripcijos reguliacijoje dalyvaujančių baltymų homologai. Klonavus bakteriofago VR7 geną motA buvo atliktas funkcinės komplementacijos tyrimas fago T4motA- sistemoje in vivo. Nustatyta, kad plazmidėje koduojamas fago VR7 viduriniosios transkripcijos aktyvatorius MotA, kurio... [toliau žr. visą tekstą]