Resumo: Este trabalho teve como objetivo avaliar características de carcaça por ultra-som de 28 bubalinos jovens Mediterrâneo terminados em confinamento e abatidos aos 450, 480, 510 e 540 kg de peso vivo (PV). Foi utilizado um equipamento de ultra-som Piemedical Scanner 200 Vet, com transdutor linear de 178 mm e 3,5 MHz, a cada intervalo de aproximadamente 28 dias, para obter a área do longíssímus dorsí (ALOU), espessura de gordura subcutânea (EGSU) entre a 12ª e 13ª costelas e a espessura de gordura na picanha (EGP8U), sob o terço superior do músculo bíceps femorís. Após atingirem os pesos de abate pré-estabelecidos, os animais foram abatidos e obteve-se o peso de carcaça quente (PCQ) e o rendimento de carcaça (RC). Após 24 horas de resfriamento, as carcaças foram seccionadas entre a 12a e 13a costelas e obtidas a área do longíssímus dorsí (ALOC), a espessura de gordura (EGSC) e a espessura de gordura sob o bíceps femorís (EGP8C) na carcaça. As correlações entre as medidas por ultra-som e na carcaça foram de 0,96 entre ALOU e ALOC, de 0,99 entre EGSU e EGSC e de 0,91 entre EGP8U e EGP8C. Equações de regressão utilizando o peso vivo (PV), ALOU, EGSU e EGP8U explicaram 95% da variação do PCQ quando a medida foi realizada imediatamente antes do abate. As equações para estimar o RC utilizando as mesmas características explicaram cerca de 32% da variação quando a medida foi realizada imediatamente antes do abate. O peso da porção comestível do corte traseiro a partir de medidas efetuadas por ultra-som e na carcaça é predito com maior magnitude que a percentagem da porção comestível. Os resultados indicam que as equações para as medidas ultra-sônicas apresentaram boa acurácia e podem ser utilizadas para estimar diferenças entre grupos de animais, mas há a necessidade de mais estudos envolvendo maior número de animais e de outros grupos genéticos de bubalinos. / Abstract: The objective of this study was to evaluate carcass traits by ultrasound measures of 28 young Mediterranean buffaloes finished in feedlot and slaughtered at 450, 480, 510 and 540 kg live weight (PV). The Piemedical Scanner 200 ultrasound with a linear transductor of 178 mm and 3,5 MHz was utilized, and the measurements taken at 28 days intervals of the rib eye rea (ALOU) and subcutaneous fat thickness (EGSU) between the 1ih and 13 th ribs and also over the bíceps femoris muscle (EGP8U). After to reach end-points weights the animais were siaughtered and the hot carcass weight (PCQ) was taken and the carcass dressing percentage (RC) calculated. After 24 hours of chilling the carcasses were separated between the 1ih and 13th ribs and the rib eye área (ALOC), fat thickness (EGSC) and rump fat (EGP8C) measured directly. The correlations between ultrasound and carcass measurements were 0.96 for ALOU and AOLC; 0.99 for EGSU and EGSC; 0.91 for EGP8U and EGP8C, Regression equations using live weight (PV), ALOU, EGSU and EGP8U explained 95% of the variation in the PCQ when measured immediately before slaughter. The equations to estimate RC using the same ultra-sound measurements explained 32% of the variation when taken in the day before siaughter. The weight of hindquarter retail product by ultrasound and in carcass are predict with greater magnitude than percentage of hindquarter retail product. The ultrasound measurements showed good accuracy and could be used to estimate differences among buffaloes groups, but further studies are necessary envolving greater number of animais from different genetic groups of water buffaloes.

Resumo: Os búfalos possuem importância econômica como animais de produção no cenário agropecuário brasileiro e mundial. O conhecimento de polimorfismos em marcadores microssatélites mapeados em búfalos é imprescindível para auxiliar em questões evolutivas da espécie, variabilidade genética intra e inter-populacional, além de serem potencialmente úteis para os programas de melhoramento animal. Foram utilizadas três raças comerciais bubalinas, Mediterrâneo, Jafarabadi e Murrah de rebanhos brasileiros para análise de polimorfismos visando avaliar a diversidade genética existente dentro e entre as raças. Foram analisados 30 animais de cada raça pela amplificação do DNA genômico extraído do bulbo de pelos utilizando quatro locos microssatélites localizados em um cromossomo de interesse econômico. Os produtos de PCR foram separados por eletroforese vertical em gel de poliacrilamida desnaturante. O loco IDVGA-53 não obteve sucesso na amplificação e foi descartado das análises de polimorfismo. Os locos MB099 e BL41 foram monomórficos. Os parâmetros de diversidade foram gerados para o loco CSSM054, o único polimórfico, com média de 3,33 alelos por loco. A heterozigosidade observada com média de 0,503 foi maior que a esperada, indicando excesso de heterozigotos. As raças Mediterrâneo e Jafarabadi apresentaram desvio de equilíbrio de Hardy-Weinberg. O parâmetro Theta indicou evidências de que as três raças diferem entre si, e quando analisadas duas a duas foi possível verificar alta estruturação populacional entre elas. A maior distância genética foi verificada entre as raças Mediterrâneo e Murrah. O conteúdo de informação polimórfica revelou que o loco CSSM054 foi altamente informativo para a raça Mediterrâneo, portanto, considerando todos os resultados, essa raça apresentou maior variabilidade genética / Abstract: The buffalo water are economically important livestock in Brazilian global and agricultural scenario. The knowledge of polymorphisms in microsatellites markers mapped in buffaloes is essential to assist in evolutionary studies of species, genetic variability within and between populations, as well as being potentially useful for animal breeding programs. Three commercial breeds of buffalos (Mediterranean, Jaffarabadi and Murrah) of Brazilian herds were used for polymorphisms analysis to evaluate the genetic diversity within and among them. In each breed 30 animals were analysed by amplification of genomic DND extracted from the hair bulbs using four microsatellite loci located on a chromosome of economic interest. PCR products were separated by vertical electrophoresis in denaturing polyacrylamide gel. The IDVGA-53 locus was not successful in amplifying and was discarded from the analysis of polymorphism. The loci MB099 and CSSM054 were monomorphic. The parameters of diversity were generated for the locus CSSM054, the only polymorphic, with an average of 3.33 alleles per locus. With a mean value of 0.503, the observed heterozygosity was higher than the expected, indicating excess of heterozygotes. Mediterranean and Jaffarabadi breeds had deviation of Hardy-Weinberg equilibrium. The parameter Theta indicated evidence that the three breeds differ and when they were analyzed in pairs, it was observed high population differentiation among them. The largest genetic distance was found between the Mediterranean and Murrah breeds. The polymorphic information content revealed that the locus CSSM054 was highly informative to the Mediterranean breed, therefore considering all the results that race had a high genetic variability / Orientador: Vera Fernanda Martins Hossepian de Lima / Coorientador: Maria Elisabete Jorge Amaral / Banca: Sandra Aidar de Queiroz / Banca: Beatriz da Costa Aguiar Alves Reis / Mestre

Orientador: Mary Anne Heidi Dolder / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-07-20T11:55:08Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Santos_JeannieNascimentodos_M.pdf: 32745022 bytes, checksum: e65636e6bbbcef6ffef2461bf4bbb383 (MD5) Previous issue date: 1995 / Resumo: A regionalização do epidídimo de búfalos das raças Mediterrânea (Me), Murrah (Mu) e mestiços Me x Mu foi estudada entre as idades de quatro a trinta e seis meses. Os animais foram agrupados em duas faixas etárias: pré e pós-púberes e os epidídimos foram divididos em 7 sub-regiões denominadas de A a G. Cada sub-região foi analisada sob microscopia de luz e eletrônica de transmissão. A microscopia de luz inclui técnica de rotina para coloração com Hematoxilina e Eosina, histoquímica com P AS e análise morfométrica para diâmetros de túbulo e lúmen e alturas de epitélio e estereocílios. À microscopia eletrônica foram analisados os aspectos ultraestruturais dos tipos celulares do epitélio epididimário e duetos eferentes. Ao longo do epidídimo, à microscopia de luz, observou-se em ambas as faixas etárias, células Principais (P), Basais (B), Apicais (A) e leucócitos intraepiteliais (LI). Figuras mitóticas no terço apical do epitélio também estavam presentes, sendo mais numerosas nas sub-regiões B e C, principalmente em búfalos prépúberes. A análise histoquímica revelou a existência de atividade secretória a partir dos 5 meses de idade, principalmente na sub-região A, a qual contém os duetos eferentes e nestes a atividade se torna cada vez maior com o amadurecimento do animal. Através da análise morfométrica, observou-se que os búfalos em pré-puberdade já possuem bem definidas as variações dos diâmetros tubular e lurninal e das alturas de epitélio e estereoecílios, que se mostraram semelhantes ao observado nos animais pós-púberes. Os diâmetros tubular e lurninal são crescentes entre as sub-regiões A e G, enquanto as alturas de epitélio e estreocílios apresentam um comportamento contrário; mais, em ambos os aspectos morfométricos existe uma diferença significativa (p<O,O5), considerando-se as sub-regiões entre as faixas etárias. Os aspectos ultraestruturais do epitélio em pré e pós-púberes, não mostraram diferença entre A e P; as células B se assemelharam a células de reserva enquanto LI se assemelharam a linfócitos e macrófagos. As células P apresentaram características secretórias e absortivas que variaram de intensidade entre as sub-regiões, especialmente nos búfalos pó-spúberes. O animal de quatro meses de idade já apresentou grande atividade epitelial nas sub-regiões da cauda (F e G) e na sub-região G, possui volumosas estruturas paracristalinas intracitoplasmáticas e intranucleares, também observadas nas sub-regiões E, F e G dos animais pós-púberes. Estas estruturas estão associadas possivelmente ao armazenamento de proteínas / Abstract: The zonation of the buffalo epididymis of Mediterranea (Me), Murrah (mu) breeds and croosbreed Me x Mu was studied in 4 to 36 month old animals. These buffalos were c1assified in two groups, the animals which have not reached puberty (sexually immature) and animals (mature animals) and their epididymis was divided in 7 subregions called A to G. each subregion was analysed with and transmission electron microscopy. Light microscopy inc1uded routine staining with Hematoxilin & Eosin (HE), histochemistry with P AS and morphometric analysis for tubular and luminal diameters and height of epithelium and stereocilia. Throughout the epididymary tubule it was observed with light microscopy that tubules of alI ages have Principal cell (P), basal cell (B), Apical ceeII (A) and intraepithelialleukocytes (LI). Mitotic figures in the apical region of the epithelium are also found and are more numerous in the B and C subregions, specially in buffalos between 5 and 9 months of age. Histochemical analysis revealed the existence of secretory activity from the 5th month of age, principally in the A subregion, where the activity increases with sexual maturation. Morphometric analysis supports the idea that the buffalos which have not reached puberty already havee weell determined diameters and height variations of the tubule, lumen, epithelium and stereocilia. These variations were similar to that observed in buffalos after puberty. Tubular and luminal diameters increase from the A to G subregions while the height of epithelium and stereocilia diminish. However, in both morphometric features a significant difference (p<O.O5) was verified between the subregions of the animals sexually immature and animals after puberty. Ultraestructural features of the epididymary epithelium in both age ranges reveal no differences among the A and P cells; B cells appear to be reserve cells, while LI are similar to lymphocytes and macrophages. In P cells Llltrastructural features suggestive of secretory and absorptive activities were found in varying intensities in alI subregion, specially in buffalos after puberty. The 4 month old mimal already had an accentuated epithelial activity in its caudal subregions (P and G). The G subregion had large cytoplasmic and intranuc1ear paracristalline structures, similar to that Jbserved in E, P and G subregions of buffalos after puberty. These structures are probably !lssociated protein storage / Mestrado / Mestre em Ciências Biológicas

Orientador: Maria Elisabete Jorge Amaral / Banca: Eliana Morielle Versute / Banca: Humberto Tonhati / Resumo: Nesse trabalho apresentamos o primeiro mapa comparativo do cromossomo 6 do búfalo de rio (BBU6), desenvolvido a partir da utilização de um painel de células somáticas híbridas irradiadas búfalo-roedor com fragmentação de 5000 rads. O mapa preliminar construído é composto por 33 marcadores, os quais estão ordenados em dois grupos de ligação compostos por 12 microssatélites, 19 genes codificantes e duas ESTs. A freqüência de retenção observada entre os marcadores variou de 14.4% a 40%. A ordem dos marcadores dentro dos grupos de ligação do BBU6, em sua maioria, é consistente com o mapa RH bovino. Esse mapa preliminar do BBU6 é um ponto de partida para comparar a ordem dos genes entre as espécies, fornecendo uma oportunidade para estudar micro-arranjos nesse cromossomo, além de possibilitar a clonagem posicional em búfalo de rio. / Abstract: We present the first radiation hybrid map of BBU6 developed from a recently constructed river buffalo whole-genome radiation hybrid panel (BBURH5000). The preliminary map contains 33 cattle-derived markers, including 12 microsatellites, 19 coding genes and two ESTs, distributed in two linkage groups. The retention frequency of individual markers ranged from 14.4% to 40.0%. Most of the marker order within the linkage groups is consistent with the cattle RH maps. This preliminary BBU6 RH map is the starting point for comparing gene order between both species, presenting opportunity for examination of micro-rearrangements of these chromosomes and, thereby enhancing the possibility of positional candidate cloning in river buffalo. / Mestre

Orientador: Maria Elisabete Jorge Amaral / Coorientador: Nedenia Bonvino Stafuzza / Banca: Danísio Prado Munari / Banca: Luciane Madureira de Almeida / Resumo: O Complexo Principal de Histocompatibilidade (MHC) é uma região do genoma com um denso agrupamento de genes que apresentam alto grau de polimorfismo. Os genes do MHC estão divididos em regiões que apresentam similaridades funcionais, contendo genes da classe I, II e III, sendo que em bovídeos a classe II é subdividida em dois agrupamentos denominados IIa e IIb. Genes da classe II do MHC têm chamado muito a atenção, se tratando de animais de produção, diante da necessidade de melhorar métodos de controle de doenças, por meio do desenvolvimento de novas vacinas e seleção de animais resistentes. Desta forma, o presente trabalho visou à realização de um estudo da diversidade alélica do gene DRB3 em três raças de búfalo de rio criadas no Brasil (Mediterrâneo, Jafarabadi e Murrah) utilizando a técnica de PCR-RFLP. As amostras de DNA foram extraídas de bulbo folicular de 24 animais da raça Mediterrâneo, 23 animais da raça Jafarabadi e 18 animais da raça Murrah. As reações de PCR foram realizadas com volume total de 30 μl e o produto de PCR obtido foi digerido com três enzimas de restrição: RsaI, HaeIII e PstI. Os pares de iniciadores de PCR produziram produto de PCR de aproximadamente 300 bp de tamanho. A digestão com a enzima de restrição RsaI apresentou oito alelos, com tamanhos aproximados: O (300 bp), RsaI-A (230+70 bp), RsaI-B (180+120 bp), RsaI-C (130+90+70 bp), RsaI-D (140+90+70 bp), RsaI-E (120+70+60 bp), RsaI-F (120+110+70 bp) e RsaI-G (110+70+60+55 bp), sendo cinco alelos (O, RsaI-A, RsaI-B, RsaI-C, RsaI-E) na raça Mediterrâneo, quatro alelos (O, RsaI-A, RsaI-F e RsaI-G) na raça Jafarabadi e três alelos (O, RsaI-A e RsaI-D) na raça Murrah. Em todos os produtos de PCR, das três raças, o genótipo homozigoto para o alelo O foi o mais frequente (300bp/300bp). Com a enzima de restrição HaeIII foram observados quatro alelos, com tamanhos aproximados ... / Abstract: The Major Histocompatibility Complex (MHC) is a genome region with have a dense clusters of genes that showing a high degree of polymorphism. The genes of the MHC are divided in regions that show similar functions, and contain genes of the classe I, II and III. The class II, in bovides is subdivided in two clusters called IIa and IIb. Much attention has been given to class II genes, especially to the livestock, because the production animal has a need of more efficient methods to control diseases through the development of vaccines and selection of resistant animals. Therefore, the present work aimed study the allelic diversity of the DRB3 gene in three breeds of river buffaloes raised in Brazil (Mediterranean, Jafarabadi and Murrah) by PCR-RFLP. DNA samples were extracted from follicle bulb of 24 Mediterranean, 23 Jafarabadi and 18 Murrah buffaloes breeds. The PCR reactions have 30 μl of volume and the PCR product was digested with three restriction enzymes: RsaI, HaeIII and PstI. The primers pairs produced a PCR product with 300 bp size proximally. Digestion with the restriction enzyme RsaI presented eight alleles, with proximally sizes: O (300 bp), RsaI-A (230+70 bp), RsaI-B (180+120 bp), RsaI-C (130+90+70 bp), RsaI-D (140+90+70 bp), RsaI-E (120+70+60 bp), RsaI-F (120+110+70 bp) and RsaI-G (110+70+60+55 bp), and were five alleles (O, RsaI-A, RsaI-B, RsaI-C and RsaI-E) in the Mediterranean breed, four alleles (O, RsaI-A, RsaI-F and RsaI-G) in the Jafarabadi breed and three alleles (O, RsaIA and RsaI-D) in the Murrah breed. In all of the PCR products, of the three breeds, the homozygote genotype for the allele O was the most frequent (300bp/300bp). Digestion with the HaeIII restriction enzyme produced four alleles, with proximally sizes: HaeIII-A (220+80 bp), HaeIII-B (170+80+50 bp), HaeIII-C (210+80 bp) and HaeIII-D (170+130 bp), where the Mediterranean breed presented the four alleles ... / Mestre

Orientador: Maria Elisabete Jorge Amaral / Coorientador: Nedenia Bonvino Stafuzza / Banca: Janete Apparecida Desidério / Banca: Poliana Fernanda Giachetto / Resumo: Em mamíferos, os genes relacionados à resposta imune do hospedeiro à patógenos encontram-se organizados na região genômica denominada Complexo Principal de Histocompatibilidade (MHC). Os genes da região MHC também estão envolvidos na escolha do parceiro para acasalamento, na ocorrência de abortamentos espontâneos e na manutenção da gestação. A disponibilidade de uma biblioteca genômica construída com o genoma de búfalo torna possível a caracterização molecular dos genes dessa região. Tal caracterização permitirá o entendimento dos mecanismos envolvidos na resistência/suscetibilidade à doenças e na reprodução em búfalos, além de contribuir para a anotação desses genes no genoma bubalino. Visando determinar a estrutura molecular dos genes do sistema imune de búfalo, o presente trabalho teve como objetivo a identificação e a caracterização de clones da biblioteca genômica de búfalo contendo marcadores da classe IIb. A seleção dos clones foi realizada por meio da tecnologia de PCR, segundo o sistema de organização tridimensional (superpool, singlepool e sistema linha/coluna) no qual os clones da biblioteca se encontram organizados. As reações de PCR foram realizadas utilizando 21 marcadores da classe IIb mapeados no cromossomo 2 de búfalo. Dentre os 33.792 clones avaliados, foram identificados três clones positivos para quatro marcadores da classe IIb, sendo eles: 11.05, 12.05, 13.00 e DMA. Após a seleção, os clones foram purificados e sequenciados via pirosequenciamento, onde apresentaram tamanho de inserto variando de 26 a 117 Kb. As sequências obtidas para cada um dos clones foram alinhadas com as duas versões de anotação do genoma bovino (UMD_3.1 e Btau_4.6.1), onde os alinhamentos mais significativos foram identificados com as sequências correspondentes do cromossomo BTA23. Os resultados obtidos mostraram que as sequências de ambos os clones ... / Abstract: In mammals, genes related to immune response to pathogens are organized in a genomic region named Major Histocompatibility Complex (MHC). MHC genes are also involved in mate-choice, occurrence of spontaneous abortions and maintenance of pregnancy. The existence of a genomic library, constructed with buffalo genome, allows the characterization of MHC genes, providing sources for understanding the mechanisms involved in resistance/susceptibility to diseases and in reproduction, contributing for annotation of these genes on buffalo genome. To determine the molecular structure of buffalo immune system genes, the present study aimed to identify and characterize clones containing class IIb markers from a buffalo genomic library. Selection of clones was performed by PCR technique, according to three-dimensional system (superpool, singlepool, row/column system) in which clones are arranged. To identify the clones were used 21 class IIb markers, previously mapped on buffalo chromosome 2. Among the 33.792 clones evaluated, three clones were identified for the MHC markers 11.05, 12.05, 13.00 and DMA. These clones were then purified and sequenced by pyrosequencing, presenting insert size ranging from 26 to 117 Kb. Each clone sequence were aligned with two bovine genome assemblies (UMD_3.1 and Btau_4.6.1), where the most significant alignments were identified with the corresponding sequences to BTA23. Sequences of both clones showed a greater coverage in UMD_3.1 assembly. Four genes were predicted for clone A/17 DNA sequence (H2B, DMB, DMA and BRD2), and one gene (VPS52) was predicted for clone I/09 sequence. Each gene had the number and size of exons and introns determined. The identification of repetitive sequences showed that 49,3% of clone A/17 sequence and 46,3% of clone I/09 sequence are represented by transposable elements. Furthermore, small RNA sequences were identified in both clones ... / Mestre

Orientador: Humberto Tonhati / Banca: Henrique Braga Nunes / Banca: Francisco Araujo Neto / Resumo: É de extrema importância saber a natureza das variâncias e como essas afetam as característias produtivas e estimativas. Foram utilizadas aproximadamente 3500 bufálas em lactação, predominantemente da raça Murrah, genotipadas através do chip "Illumina Infinium bovine HD bead Chip" , obtidos do banco de dados do campus de Jaboticabal da UNESP, para se avaliar a produção de leite acumulada aos 305 dias(PL), produção de proteína(PPRO) e produção de gordura(PGOR) neste animais, estimando-se parâmetros de herdabilidade e variâncias Foi utilizado um modelo misto com duas propostas distintas, uma tradicional e outra onde é considerada a heterogeneidade das variâncias, tanto aditiva quanto residual, dividindo os animais em dois grupos de acordo com o nível de produção. Dentro de ambos os modelos, foram utilizadas informações de genotipagem. As estimativas de herdabilidade foram moderadas e dentro do que se encontra na literatura para todos os modelos, entretanto nos modelos onde se considera a heterogeneidade das variâncias foram encontradas diferentes estimativas. As herdabilidades encontradas para os modelos tradicionais foram de 0,22(sem genômica) e 0,23(com genômica) para PL, 0,32(sem genômica) e 0,30(com genômica) para PGOR e 0,27(sem genômica) e 0,34(com genômica) para PPRO. Ao se considerar heterogeneidade residual, as herdabilidades para os níveis alto e baixo de produção foram, respectivamente: 0,28 e 0,17 para PL, 0,28 e 0,35 para PGOR e 0,30 e 0,42 para PPRO. Quando também se considerou a heterogeneidade aditiva, as herdabilidades para os níveis alto e baixo de produção, respectivamente, foram de: 0,38 e 0,25 para PL, 0,29 e 0,31 para PGORD e 0,33 e ... / Abstract: Is extreme important knowing the variability natures and how those affect production characteristics and population estimations like heritability and correlations. It was used in this research proximally 3500 buffaloes in lactation, most being murrah, genotyped with IlluminaInfiniumbovineHDbeadChip, taken from the database of Jaboticabal Campus, UNESP for the evaluation of milk yield at 305 days(MY), protein yield(PY) and fat yield(F), estimating heritability and variances effects on it. It was used a mixed model with two different approaches, one where doesn't account the heterogeneity of variances, and another where is accounted these variances, both residual and additive, splitting the animals in two groups for production levels. In both models were included genomic informations. And by replacing the relationship matrix with matrix H, including genomic informations, the same results were studied but in models accounting genomic information. The heritability found, all of them, were moderate and between the intervals estimated in other studies. However in the models where different variances are in consideration, were found different heritabilitys for all characteristics. For the tradicional models the heritabilities found, without and with genomic information, were: 0.22 and 0.23 for MY, 0.32 and 0.30 for FY and 0.27 and 0.34 for PY. When take in account only the residual heterogeneity, the heritability for high and low level of production, were: 0.28 and 0.17 for MY, 0.28 and 0.35 for FY and 0.30 and 0.42 for PY. When the additive heterogeneity was also taken in account, the heritabilitys for high and low level of production were: 0.28 and 0.17 for MY, 0.29 and 0.31 for FY and 0.33 and 0.37 for PY. By the results of this studies is possible to concluded that taking in account ... / Mestre

Orientador: Maria Elisabete Jorge Amaral / Coorientador: Nedenia Bonvinos Stafuzza / Banca: Rodrigo Pelicioni Savegnago / Banca: Paola Jocelan Scarin Provazzi / Resumo: Dentre as proteínas do leite, as caseínas (alfa-s1, alfa-s2, beta- e kapa-caseína) assumem papel de destaque devido ao alto valor nutritivo e às características físico-químicas que favorecem a fabricação de derivados do leite. Essas proteínas são codificadas pelos genes CSN1S1, CSN1S2, CSN2 e CSN3. A fim de realizar análise comparativa dos genes das caseínas de búfalo, o presente trabalho teve como objetivo a identificação, caracterização e sequenciamento de clones da biblioteca genômica de búfalo, visando analisar a estrutura molecular de genes das caseínas. Dentre os 33.792 clones avaliados, foram identificados dois clones positivos para genes das caseínas, um para o gene CSN1S1 (clone A/2) e outro para o gene CSN3 (clone L/8). Na sequência de DNA obtida a partir do clone A/2, foram identificados os genes CSN1S1 inteiro e CSN2 parcial, enquanto que nas sequências de DNA do clone L/8 identificou-se o gene CSN3 partial. O gene CSN1S1 apresentou 17.008 bp organizados em 19 éxons com tamanhos variando de 24 bp a 380 bp e 18 íntrons com tamanhos de 90 bp a 1.710 bp. As análises comparativas revelaram que os éxons e íntrons desse gene apresentaram conservação acima de 85% entre búfalo e boi. As porções do gene CSN2 identificadas incluíram o éxon 9 e parte do íntron 8, os quais mostraram conservação acima de 98% com as sequências correspondentes em boi. Já as sequências parciais do gene CSN3 abrangeram parte dos íntrons 2 e 3 e o íntron 4 completo, além dos éxons 3, 4 e 5. Estas sequências apresentaram conservação acima de 94% com as correspondentes em boi. As análises de identificação de sequências repetitivas mostraram que 43,83% e 44,98% das sequências de DNA do clone A/2 e L/8, respectivamente, são representadas por elementos retrotransposons. Nas análises comparativas, tanto o gene CSN1S1 quanto o gene CSN3 parcial apresentaram sequências repetitivas búfalo específicas. A sequência... / Abstract: Among milk proteins, the caseins (alpha-s1, alpha-s2, beta- and kappa-casein) play a crucial role considering their high nutritional value and physicochemical characteristics which contribute to the manufacture of dairy products. These proteins are encoded by the CSN1S1, CSN1S2, CSN2 and CSN3 genes, respectively. In order to analyze the buffalo casein genes and compare the sequences with other species, the goal of the present study was to identify, characterize and sequence clones from a buffalo genomic library. A total of 33,792 clones were evaluated, and two clones were identified as positive, one for the CSN1S1 gene (clone A/2) and other for the CSN3 gene (clone L/8). The DNA sequence from clone A/2 identified the whole CSN1S1 and a partial sequence from the CSN2 genes. The DNA sequence from clone L/8 revealed a partial sequence from the CSN3 gene. The CSN1S1 gene presented a total of 17,008 bp organized in 19 exons ranging from 24 bp to 380 bp and 18 introns ranging from 90 bp to 1,710 bp. Comparative analysis showed sequence conservation higher than 85% on exons and introns of the CSN1S1 gene when compared with the cattle gene sequence. The partial sequence from the CSN2 gene included exon 9 and part of intron 8, with conservation higher than 98% when compared with the cattle sequence. The partial sequences of the CSN3 gene included parts of the introns 2 and 3, the whole sequence of intron 4 and exons 3, 4 and 5. These sequences showed conservation higher than 94% with cattle. The identification of repetitive sequences showed that 43.83% of DNA sequence from clone A/2 and 44,98% from clone L/8 were represented by retrotransposable elements. Further comparative analysis showed buffalo specific repetitive sequences in the CSN1S1 gene and the partial CSN3 gene with when compared with other bovids species. The coding sequence of the buffalo CSN1S1 gene showed 98%, 93%, and 90% of identity with the correspondent sequences in cattle ... / Mestre

Orientador: Mateus José Rodrigues Paranhos da Costa / Coorientador: Adriano Gomes Páscoa / Banca: João Alberto Negrão / Banca: Luciandra Macedo Toledo / Resumo: A bubalinocultura no Brasil passa por um crescente incremento na mecanização dos sistemas de produção, o que está promovendo, principalmente, a intensificação da produção leiteira. Tendo em vista essa intensificação, é importante ampliar o entendimento sobre o comportamento das búfalas leiteiras, a fim de embasar recomendações de boas práticas de manejo. Um dos aspectos comportamentais mais relevantes para a compreensão das diferenças individuais é o conceito de temperamento. Temperamento é um fenômeno complexo e envolve diversas características intrínsecas do individuo. Buscando entender relação entre dois indicadores comportamentais de temperamento, a fim de descrever as implicações destas características na produção e qualidade do leite, esta dissertação foi elaborada. O primeiro capítulo foi desenvolvido com o objetivo de contextualizar o leitor sobre os temas gerais da dissertação. O segundo capítulo, estudo observacional, foi elaborado com o objetivo de avaliar a associação entre o grau de reatividade de búfalas na ordenha e as distâncias percorridas por esses animais, além de estudar como essas características indicadoras do temperamento afetam a produção e a qualidade do leite. Concluímos que há variação individual na reatividade das búfalas em sala de ordenha, e também para a consistência dessa característica. Para os animais com alto grau de consistência, a intensa reatividade na ordenha tem efeito deletério sobre a produção e qualidade do leite. Concluímos também que o deslocamento das búfalas não está associado a sua reatividade na ordenha e não tem efeito sobre a produtividade dos animais. Por fim, as implicações dessa pesquisa foram descritas no capitulo três / Abstract: The production of dairy buffaloes in Brazil is going through a moment of increased investments on the production mechanization systems, which is promoting, mostly, the intensification of milk production. Given this intensification, it is important to broaden the understanding of the behaviour of dairy buffaloes in order to base recommendations for the good practices of handling. One of the most relevant behavioral aspects for the understanding of individual differences is the concept of temperament. Temperament is a complex phenomenon that involves several intrinsic characteristics of the individual. The aim of this study was to evaluate the relationship between two behavioral indicators of temperament and the implications of these characteristics on milk yield and milk quality. The first chapter was developed with the purpose of contextualizing the reader about the mainly subjects of the dissertation. The second chapter, regarding the observational study, was designed to evaluate the association between the reactivity levels of dairy buffaloes during milking and the distances traveled daily by these animals; besides we focus to evaluate the effects of these temperament indicators on the production and the quality of milk. We conclude that there is individual variation in the reactivity of buffaloes in the milking parlour, and also for the consistency of this characteristic. For animals with a high degree of consistency, the intense reactivity during milking has deleterious effects on the production and quality of milk. We also concluded that the distance traveled daily by the buffaloes is not associated with their reactivity during milking; and have no effect on the animals' productivity. Finally, the implications of this research have been described in chapter three / Mestre

Orientador: Humberto Tonhati / Coorientador: Rusbel Raúl Aspilcueta Borquis / Coorientador: Lenira El Faro / Banca: Henrique Nunes / Banca: Josineudson Vasconcelos / Banca: Franciso Araujo Neto / Banca: Leonardo Seno / Resumo: O objetivo deste estudo foi verificar a existência da interação genótipo ambiente(IGA) para características de importância econômica em bubalinos leiteiros do Brasil e Colômbia. No primeiro capitulo é apresentada uma descrição dos problemas e consequências do efeito da IGA, e seus efeitos sobre os parâmetros genéticos em bovinos leiteiros. Alem disso, são revisados as formas de se avaliar o efeito da IGA, e sua relevância na genética quantitativa. No segundo capitulo foi verificada a existência de heterogeneidade de variâncias(Hv) para a produção de leite(PL), gordura(PG) e proteína(PP) até 270 dias da lactação(P270) em rebanhos do Brasil e Colômbia. Na análise da norma de reação, os componentes de variâncias foram regredidos sobre a média da PL, PG e PP, ajustada para cada classe dos descritores ambientais (ED) em análises uni-características em modelos animais. As estimativas médias das distribuições das funções de densidade a posteriori dos componentes de variância e estimativas de correlação genética (CG) e herdabilidade das P270, tenderam a aumentar conforme maior o desvio-padrão fenotípico, e evidenciaram efeito de escala. As estimativas de CG, indicaram a existência de IGA para PL e PP. Entretanto, as CG para PG não evidenciaram IGA. Com base nos valores genéticos preditos foi observado minima alteração na reclassificação dos reprodutores em comum. Como conclusão sugerese que no momento da seleção dos animais de forma conjunta é necessário levar em conta a Hv residual devido a sua influencia sobre os componentes de variância. No terceiro capitulo foi verificado o efeito de IGA para a produção de leite no dia do controle(PLDC) mediante análises multi-característicos em modelos animais. Na análise dos modelos de regressão aleatória(RRM), os componentes de variância das PLDC, foram regredidos sobre a média da produção de leite até 270 dias da lac- tação (PL270) ... / Abstract: The aim of this study was verified the existence of genotype environment interaction (GxE) for traits of economic importance for dairy buffaloes in Brazil and Colombia. A description the problem and the consequences of GxE, and their effect on the genetic parameters in dairy cattle is presented in the first chapter. Moreover, the forms are reviewed to evaluate the effect of GxE, and its relevance to quantitative genetics. In the second chapter was verified the existence of heterogeneity of variances (Hv) for milk yield (MY), fat (FY) and protein (PY) to 270 days of lactation (Y270) in herds in Brazil and Colombia. In analyses reaction norm, the variance components were regressed on the average of MY, FY and PY, adjusted for each class of environmental descriptors (ED) in univariate-traits in animal models. The median estimates of the distributions functions posterior density of variance components and corresponding estimates of heritability and genetic correlations (GC) of Y270, tended to increase as a greater phenotypic standard deviation, and show a scale effect. Estimates of CG, suggested the existence of GxE for MY and PY. However, the GC showed no FY for GxE. Based on the genetic predicted values minimal change was observed in the reclassification of common sires. In conclusion, it is suggested that at the time of selection of animals jointly is necessary to take into account the residual Hv due to its influence on the variance components. In the third chapter was verified the GxE for test-day milk yield (TDMY) for multi-trait analysis in animal models. In the analysis of random regression models (RRM), the variance components of TDMY were regressed to the mean of milk yield to 270 days (MY270) adjusted for each class of ED (high and low level of MY270). The estimated Variance components and heritability for TDMY, were heterogeneous depending of levels MY270. The GC between TDMY were high and positive for adjacent test-days and ... / Doutor