Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:06Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2011-08-05Bitstream added on 2014-06-13T19:33:18Z : No. of bitstreams: 1 meirelles_jad_me_jabo.pdf: 1044355 bytes, checksum: 0bc33764beb92268741c437b1c688dd8 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Os búfalos possuem importância econômica como animais de produção no cenário agropecuário brasileiro e mundial. O conhecimento de polimorfismos em marcadores microssatélites mapeados em búfalos é imprescindível para auxiliar em questões evolutivas da espécie, variabilidade genética intra e inter-populacional, além de serem potencialmente úteis para os programas de melhoramento animal. Foram utilizadas três raças comerciais bubalinas, Mediterrâneo, Jafarabadi e Murrah de rebanhos brasileiros para análise de polimorfismos visando avaliar a diversidade genética existente dentro e entre as raças. Foram analisados 30 animais de cada raça pela amplificação do DNA genômico extraído do bulbo de pelos utilizando quatro locos microssatélites localizados em um cromossomo de interesse econômico. Os produtos de PCR foram separados por eletroforese vertical em gel de poliacrilamida desnaturante. O loco IDVGA-53 não obteve sucesso na amplificação e foi descartado das análises de polimorfismo. Os locos MB099 e BL41 foram monomórficos. Os parâmetros de diversidade foram gerados para o loco CSSM054, o único polimórfico, com média de 3,33 alelos por loco. A heterozigosidade observada com média de 0,503 foi maior que a esperada, indicando excesso de heterozigotos. As raças Mediterrâneo e Jafarabadi apresentaram desvio de equilíbrio de Hardy-Weinberg. O parâmetro Theta indicou evidências de que as três raças diferem entre si, e quando analisadas duas a duas foi possível verificar alta estruturação populacional entre elas. A maior distância genética foi verificada entre as raças Mediterrâneo e Murrah. O conteúdo de informação polimórfica revelou que o loco CSSM054 foi altamente informativo para a raça Mediterrâneo, portanto, considerando todos os resultados, essa raça apresentou maior variabilidade genética / The buffalo water are economically important livestock in Brazilian global and agricultural scenario. The knowledge of polymorphisms in microsatellites markers mapped in buffaloes is essential to assist in evolutionary studies of species, genetic variability within and between populations, as well as being potentially useful for animal breeding programs. Three commercial breeds of buffalos (Mediterranean, Jaffarabadi and Murrah) of Brazilian herds were used for polymorphisms analysis to evaluate the genetic diversity within and among them. In each breed 30 animals were analysed by amplification of genomic DND extracted from the hair bulbs using four microsatellite loci located on a chromosome of economic interest. PCR products were separated by vertical electrophoresis in denaturing polyacrylamide gel. The IDVGA-53 locus was not successful in amplifying and was discarded from the analysis of polymorphism. The loci MB099 and CSSM054 were monomorphic. The parameters of diversity were generated for the locus CSSM054, the only polymorphic, with an average of 3.33 alleles per locus. With a mean value of 0.503, the observed heterozygosity was higher than the expected, indicating excess of heterozygotes. Mediterranean and Jaffarabadi breeds had deviation of Hardy-Weinberg equilibrium. The parameter Theta indicated evidence that the three breeds differ and when they were analyzed in pairs, it was observed high population differentiation among them. The largest genetic distance was found between the Mediterranean and Murrah breeds. The polymorphic information content revealed that the locus CSSM054 was highly informative to the Mediterranean breed, therefore considering all the results that race had a high genetic variability

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:07Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2008-02-26Bitstream added on 2014-06-13T20:14:41Z : No. of bitstreams: 1 aspilcuetaborquis_rr_me_jabo.pdf: 274348 bytes, checksum: 31ca6918ca8e55efea6a5e7c06c39b93 (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Conhecer a variabilidade genética aditiva de características com importância econômica é fundamental para a elaboração de programas de melhoramento genético nas espécies domésticas. Assim sendo, utilizou-se 4.757 lactações completas de búfalas da raça Murrah, obtidas no período de 1985 a 2005 para estimação de parâmetros genéticos das produções acumuladas até os 305 dias de leite (PL305), gordura (PG305), proteína (PP305) e sólidos totais (PST305), e das produções no dia do controle PLDC, PGDC, PPDC e PSTDC, respectivamente, além das porcentagens de gordura (%G) e proteína (%P). Utilizando-se o método de máxima verossimilhança restrita foram realizadas análises tricaracterísticas envolvendo PL305, %G e %P. Considerando as informações no dia do controle, analisaram-se as produções mensais de leite, gordura, proteína e sólidos totais. Os modelos matemáticos incluíram como aleatórios os efeitos genético aditivo, de ambiente permanente e o residual e, como efeitos fixos, o grupo de contemporâneos (rebanho-ano-estação de parto), número de ordenhas e idade da búfala ao parto como covariável (linear e quadrático). Os mesmos efeitos foram incluídos no modelo para ajustes da produção no dia de controle de leite, gordura, proteína e sólidos totais, sendo o efeito de grupo de contemporâneos definido por rebanho-ano-mês de controle. Nas análises tricaracterísticas, observaram-se estimativas de herdabilidade moderadas e as correlações genéticas entre a produção de leite e as porcentagens de gordura e proteína foram baixas e negativas, indicando dificuldade de seleção simultânea para estas características. / Know the variability additive of characteristics with importance economic is fundamental for elaboration of programs of improvement genetic on the species domestic. Given this, uses 4.757 lactations completed of buffaloes from race Murrah, obtained into the period of 1985 and 2005, about to valuation of genetic parameters from the yield total the 305 days the milk (Y305), fat (YF305), protein (YP305) and solid totals (YST305), and the yield milk test day (YMTD), fat (YFTD), protein (YPTD) and solid total (YSTTD), there from the percentages of fat (%F) and (%P). Considering the information test day, analyzed productions month of milk, fat, protein and solid total. Variance components were estimated by restricted likelihood method, in analyzed three-trait for Y305, %F and %P. The model mathematicians included additive genetic, environmental permanent effects as random, the fixed effect of contemporary groups, number of to milk and age of the cow at calving as linear and quadratic covariável. Contemporary groups were defined by herd-year-month of test for test day month and by herd-year-season calving for yield total. For test day and yield total estimated by analyzed one and two-trait.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:35:11Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2012-12-12Bitstream added on 2014-06-13T20:26:12Z : No. of bitstreams: 1 camargos_as_dr_botfmvz_parcial.pdf: 67933 bytes, checksum: 2094efb1e7f37edf06ccd1d3f8b62930 (MD5) Bitstreams deleted on 2015-02-09T14:35:35Z: camargos_as_dr_botfmvz_parcial.pdf,Bitstream added on 2015-02-09T14:36:19Z : No. of bitstreams: 1 000711994.pdf: 521661 bytes, checksum: 002c33dc96d33e4102653cbd3a53db4d (MD5) Bitstreams deleted on 2015-02-09T17:15:01Z: 000711994.pdf,Bitstream added on 2015-02-09T17:15:38Z : No. of bitstreams: 1 000711994.pdf: 521661 bytes, checksum: 002c33dc96d33e4102653cbd3a53db4d (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Este estudo foi dividido em três experimentos. No experimento 1, objetivou-se avaliar e comparar o efeito da administração de análogo sintético de prostaglandina em diferentes períodos do puerpério de bubalinos. 45 búfalas pluríparas foram distribuídas aleatoriamente em três grupos: CON (controle) – soro fisiológico na primeira e terceira semanas pós-parto; CLO1 – cloprostenol sódico na primeira semana e; CLO3 – cloprostenol sódico na terceira semana. Os animais foram avaliados nos dias 7, 14, 21, 28 e 35 após o parto quanto ao grau de involução uterina, acúmulo de fluido intrauterino, concentração de progesterona plasmática, período de serviços e intervalo entre partos. Não houve diferença entre os grupos quanto ao grau de involução uterina e concentração de progesterona plasmática. Os animais dos grupos CLO1 e CLO3 apresentaram menor acúmulo de fluido intrauterino, período de serviços e intervalo entre partos em relação ao grupo controle. O protocolo com aplicação de cloprostenol na primeira semana apresentou os melhores resultados sobre a eficiência reprodutiva de búfalas pós-parto. No experimento 2, o objetivo do estudo foi verificar se a aplicação de cloprostenol, no puerpério precoce ou intermediário, induz mudanças nas concentrações plasmáticas de progesterona, PGFM e estradiol de búfalas pós-parto, além de efeitos sobre a involução uterina, acúmulo de fluido intrauterino e retorno da atividade ovariana cíclica. 30 búfalas Murrah foram distribuídas aleatoriamente em três grupos: CONT (solução salina); CLO2 (cloprostenol nos dias 2 e 5 pós-parto) e; CLO15 (cloprostenol nos dias 15 e 20 pós-parto). Exames ginecológicos foram realizados nos dias 2, 7, 14, 21 e 28 pós-parto, onde foram avaliados o grau de involução uterina, o acúmulo de fluido intrauterino e a atividade... / This study was divided into three experiments. In experiment 1, the aim was to evaluate and compare the effect of prostaglandin synthetic analogue administration at different periods of buffalo puerperium. 50 pluriparous buffaloes were randomly divided into three groups: CON (control) – saline at first and third weeks postpartum; CLO1 – chloprostenol at first week and; CLO3 – chloprostenol at third week. Animals were evaluated at days 7, 14, 21, 28 and 35 after parturition about uterine involution degree, uterine fluid accumulation, progesterone plasmatic level, service period and parturition interval. There was no difference between groups on uterine involution degree and progesterone plasmatic level. Groups CLO1 and CLO3 animals presented lower uterine fluid accumulation, service period and parturition interval in relation to control group. The protocol of chloprostenol administration in the first week presented best results on postpartum buffalo reproductive efficiency. In experiment 2, the objective of the study was to verify if chloprostenol administration, at early or intermediary puerperium, can induces changes on progesterone, PGFM and oestradiol plasma concentrations of postpartum buffaloes, beyond effects on uterine involution, intrauterine fluid accumulation and ovarian activity return. 30 Murrah buffaloes were randomly divided into three groups: CONT (saline); CLO2 (chloprostenol at days 2 and 5 postpartum) and; CLO15 (chloprostenol at days 15 and 20 postpartum). Gynecological examinations were performed at days 2, 7, 14, 21 and 28 postpartum, when were evaluated uterine involution degree, intrauterine fluid accumulation and ovarian activity. After exams, were collected blood samples to dosage of progesterone, PGFM and oestradiol plasma concentrations. Group CLO2 showed more uterine involution, faster ovarian activity return and.. (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2015-06-17T19:33:34Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-02-02. Added 1 bitstream(s) on 2015-06-18T12:48:23Z : No. of bitstreams: 1 000834199_20160202.pdf: 110591 bytes, checksum: 9b4d763896b837f183fbb81b557d4619 (MD5) Bitstreams deleted on 2016-02-03T15:35:13Z: 000834199_20160202.pdf,. Added 1 bitstream(s) on 2016-02-03T15:35:54Z : No. of bitstreams: 1 000834199.pdf: 1278335 bytes, checksum: 9ed66d4ca576eca0681d0113a356d68a (MD5) / Dentre as proteínas do leite, as caseínas (alfa-s1, alfa-s2, beta- e kapa-caseína) assumem papel de destaque devido ao alto valor nutritivo e às características físico-químicas que favorecem a fabricação de derivados do leite. Essas proteínas são codificadas pelos genes CSN1S1, CSN1S2, CSN2 e CSN3. A fim de realizar análise comparativa dos genes das caseínas de búfalo, o presente trabalho teve como objetivo a identificação, caracterização e sequenciamento de clones da biblioteca genômica de búfalo, visando analisar a estrutura molecular de genes das caseínas. Dentre os 33.792 clones avaliados, foram identificados dois clones positivos para genes das caseínas, um para o gene CSN1S1 (clone A/2) e outro para o gene CSN3 (clone L/8). Na sequência de DNA obtida a partir do clone A/2, foram identificados os genes CSN1S1 inteiro e CSN2 parcial, enquanto que nas sequências de DNA do clone L/8 identificou-se o gene CSN3 partial. O gene CSN1S1 apresentou 17.008 bp organizados em 19 éxons com tamanhos variando de 24 bp a 380 bp e 18 íntrons com tamanhos de 90 bp a 1.710 bp. As análises comparativas revelaram que os éxons e íntrons desse gene apresentaram conservação acima de 85% entre búfalo e boi. As porções do gene CSN2 identificadas incluíram o éxon 9 e parte do íntron 8, os quais mostraram conservação acima de 98% com as sequências correspondentes em boi. Já as sequências parciais do gene CSN3 abrangeram parte dos íntrons 2 e 3 e o íntron 4 completo, além dos éxons 3, 4 e 5. Estas sequências apresentaram conservação acima de 94% com as correspondentes em boi. As análises de identificação de sequências repetitivas mostraram que 43,83% e 44,98% das sequências de DNA do clone A/2 e L/8, respectivamente, são representadas por elementos retrotransposons. Nas análises comparativas, tanto o gene CSN1S1 quanto o gene CSN3 parcial apresentaram sequências repetitivas búfalo específicas. A sequência ... / Among milk proteins, the caseins (alpha-s1, alpha-s2, beta- and kappa-casein) play a crucial role considering their high nutritional value and physicochemical characteristics which contribute to the manufacture of dairy products. These proteins are encoded by the CSN1S1, CSN1S2, CSN2 and CSN3 genes, respectively. In order to analyze the buffalo casein genes and compare the sequences with other species, the goal of the present study was to identify, characterize and sequence clones from a buffalo genomic library. A total of 33,792 clones were evaluated, and two clones were identified as positive, one for the CSN1S1 gene (clone A/2) and other for the CSN3 gene (clone L/8). The DNA sequence from clone A/2 identified the whole CSN1S1 and a partial sequence from the CSN2 genes. The DNA sequence from clone L/8 revealed a partial sequence from the CSN3 gene. The CSN1S1 gene presented a total of 17,008 bp organized in 19 exons ranging from 24 bp to 380 bp and 18 introns ranging from 90 bp to 1,710 bp. Comparative analysis showed sequence conservation higher than 85% on exons and introns of the CSN1S1 gene when compared with the cattle gene sequence. The partial sequence from the CSN2 gene included exon 9 and part of intron 8, with conservation higher than 98% when compared with the cattle sequence. The partial sequences of the CSN3 gene included parts of the introns 2 and 3, the whole sequence of intron 4 and exons 3, 4 and 5. These sequences showed conservation higher than 94% with cattle. The identification of repetitive sequences showed that 43.83% of DNA sequence from clone A/2 and 44,98% from clone L/8 were represented by retrotransposable elements. Further comparative analysis showed buffalo specific repetitive sequences in the CSN1S1 gene and the partial CSN3 gene with when compared with other bovids species. The coding sequence of the buffalo CSN1S1 gene showed 98%, 93%, and 90% of identity with the correspondent sequences in cattle ...

Made available in DSpace on 2015-01-26T13:21:11Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-02-27Bitstream added on 2015-01-26T13:31:02Z : No. of bitstreams: 1 000802696.pdf: 377699 bytes, checksum: 2c5a5d1b4bd8c1d09ab0bebaf3dcaa31 (MD5) / A bubalinocultura no Brasil passa por um crescente incremento na mecanização dos sistemas de produção, o que está promovendo, principalmente, a intensificação da produção leiteira. Tendo em vista essa intensificação, é importante ampliar o entendimento sobre o comportamento das búfalas leiteiras, a fim de embasar recomendações de boas práticas de manejo. Um dos aspectos comportamentais mais relevantes para a compreensão das diferenças individuais é o conceito de temperamento. Temperamento é um fenômeno complexo e envolve diversas características intrínsecas do individuo. Buscando entender relação entre dois indicadores comportamentais de temperamento, a fim de descrever as implicações destas características na produção e qualidade do leite, esta dissertação foi elaborada. O primeiro capítulo foi desenvolvido com o objetivo de contextualizar o leitor sobre os temas gerais da dissertação. O segundo capítulo, estudo observacional, foi elaborado com o objetivo de avaliar a associação entre o grau de reatividade de búfalas na ordenha e as distâncias percorridas por esses animais, além de estudar como essas características indicadoras do temperamento afetam a produção e a qualidade do leite. Concluímos que há variação individual na reatividade das búfalas em sala de ordenha, e também para a consistência dessa característica. Para os animais com alto grau de consistência, a intensa reatividade na ordenha tem efeito deletério sobre a produção e qualidade do leite. Concluímos também que o deslocamento das búfalas não está associado a sua reatividade na ordenha e não tem efeito sobre a produtividade dos animais. Por fim, as implicações dessa pesquisa foram descritas no capitulo três / The production of dairy buffaloes in Brazil is going through a moment of increased investments on the production mechanization systems, which is promoting, mostly, the intensification of milk production. Given this intensification, it is important to broaden the understanding of the behaviour of dairy buffaloes in order to base recommendations for the good practices of handling. One of the most relevant behavioral aspects for the understanding of individual differences is the concept of temperament. Temperament is a complex phenomenon that involves several intrinsic characteristics of the individual. The aim of this study was to evaluate the relationship between two behavioral indicators of temperament and the implications of these characteristics on milk yield and milk quality. The first chapter was developed with the purpose of contextualizing the reader about the mainly subjects of the dissertation. The second chapter, regarding the observational study, was designed to evaluate the association between the reactivity levels of dairy buffaloes during milking and the distances traveled daily by these animals; besides we focus to evaluate the effects of these temperament indicators on the production and the quality of milk. We conclude that there is individual variation in the reactivity of buffaloes in the milking parlour, and also for the consistency of this characteristic. For animals with a high degree of consistency, the intense reactivity during milking has deleterious effects on the production and quality of milk. We also concluded that the distance traveled daily by the buffaloes is not associated with their reactivity during milking; and have no effect on the animals’ productivity. Finally, the implications of this research have been described in chapter three

Orientador: Humberto Tonhati / Coorientador: Marcelo Cervini / Banca: Maria Elisabete Jorge Amaral / Banca: Joslaine Noely dos Santos Gonçalves Cyrillo / Resumo: O gene responsável pela codificação do hormônio leptina tem sido associado à produção de leite, e diversos polimorfismos encontrados nesse gene foram associados a características produtivas em bovinos. O objetivo do presente estudo foi a identificação do polimorfismo LEP-1620 (A/G) no gene bubalino da leptina e suas possíveis associações com as produções de leite, gordura, proteína e porcentagens de gordura e proteína. Foram coletadas amostras de pelo da cauda de 200 búfalas, e após a extração do DNA as amostras foram genotipadas pela técnica PCR-RFLP. Três amostras foram sequenciadas e foi encontrado um SNP na posição 70 do íntron 2 do gene da leptina, caracterizado pela substituição de um A por um G. As médias das produções mensais de leite, gordura, proteína e as porcentagens de gordura e proteína foram avaliadas em um modelo misto. Os genótipos encontrados (AA, AG, GG) foram positivamente associados às características porcentagem de gordura e de proteína (p<0,05), sendo que os animais AA apresentaram médias superiores para as características. As curvas de lactação para as características produção de leite e porcentagens de gordura e proteína apresentaram trajetórias semelhantes para os três genótipos. Esses resultados indicam que o polimorfismo LEP-1620 (A/G) pode ser utilizado futuramente como marcador molecular para as características porcentagem de gordura e proteína do leite de búfalas / Abstract: The gene responsible for encoding the hormone leptin has been associated with milk production, and several polymorphisms of this gene were associated with production traits in cattle. The aim of the present study was to identify the LEP-1620 (A/G) polymorphism in the buffalo leptin gene and its possible associations with milk, fat and protein yield, and fat and protein percentages. Samples of tail hair from 200 buffalo cows were collected, and after DNA extraction the samples were genotyped by PCR-RFLP. Three samples were sequenced and an SNP was found at position 70 of intron 2 in the leptin gene, characterized by the substitution of an A for a G. The means from monthly milk, fat and protein yield and falt and protein percentages were evaluated by a mixed model. The genotypes found (AA, AG, GG) were positively associated with fat and protein percentages (p<0,005), and the AA animals showed the highest means for this traits. The lactation curves for milk yield and fat and protein percentages showed similar trajectories for the three genotypes. These results indicate that the LEP-1620 (A/G) polymorphism can be used in the future as a molecular marker for fat and protein percentages traits of buffalo cow's milk / Mestre

Orientador: Maria Elisabete Jorge Amaral / Coorientador: Nedenia Bonvino Stafuzza / Banca: Paola Jocelan Scarin Provazzi / Banca: Luciane Madureira de Almeida / Resumo: As β-defensinas são as proteínas mais amplamente estudadas dentre as três subfamílias das defensinas, uma vez que possuem extensa atividade antimicrobiana e são produzidas por vários tipos de células epiteliais, fornecendo assim proteção às membranas das células do hospedeiro. Em mamíferos, além de sua atividade antimicrobiana, essas proteínas atuam na maturação do espermatozoide, na capacitação espermática, na proteção do espermatozoide contra a resposta imune da fêmea e na expressão diferenciada e específica nos tecidos reprodutivos, sugerindo assim, uma importante função na reprodução e na fertilidade. O painel de linhagens celulares híbridas irradiadas (painel RH) construído para o genoma do búfalo (BBURH5000) vem sendo utilizado com sucesso nos estudos de mapeamento dos cromossomos bubalinos. A estratégia do mapeamento RH, ou seja, a utilização do painel RH associado a análises estatísticas, determina a ordem linear de marcadores nos cromossomos, sendo uma importante ferramenta para a construção de mapas físicos de alta resolução do genoma, e também na construção de mapas comparativos entre espécies. O presente trabalho teve por objetivo utilizar o painel BBURH5000 para mapear um conjunto de genes das β-defensinas no cromossomo 14 bubalino (BBU14) e a construção de um mapa comparativo in silico entre o BBU14 e seu homólogo em bovino. Para tal, foram testados com DNA bubalino, sequências de iniciadores para PCR provenientes de oito genes das β-defensinas, localizados no cromossomo 13 bovino (BTA13), o qual é homólogo ao BBU14. Do total de marcadores testados, seis amplificaram produtos de PCR adequados ao mapeamento utilizando o painel BBURH5000. No entanto, dois marcadores foram excluídos na etapa de genotipagem. A frequência de retenção dos marcadores no painel apresentou uma variação de 16,66% com o marcador BBD125 a 20,00% com ... / Abstract: The β-defensins are proteins most widely studied of the three subfamilies of defensins, because have extensive antimicrobial activity and are produced by several types of epithelial cells, thereby providing protection to the membranes of host cells. In mammals, in addition to their antimicrobial activity, these proteins act in the maturation of spermatozoa, in sperm capacitation, in protecting the sperm against the female immune response and specific and differential expression in reproductive tissues, thus suggesting an important role in reproduction and fertility. The radiation hybrid panel (RH panel) constructed for buffalo genome (BBURH5000) has been successfully used in mapping studies of buffalo chromosomes. The RH mapping strategy, in other words, use of RH panel associated statistical analysis, determines the linear order of markers on chromosomes and is an important tool for the construction of physical maps of high resolution genome and also in the construction of comparative maps between species. The present study has the purpose to use the BBURH5000 panel to map a set of β-defensins genes on buffalo chromosome 14 and the construction of a comparative map in silico between BBU14 and homologous bovine. To this end, we tested buffalo DNA sequences of primers for PCR from eight genes of β-defensins, located on bovine chromosome 13 (BTA13), which is homologous to BBU14. Of the markers tested, six amplified suitable PCR product to the mapping using BBURH5000 panel. However, two markers were excluded in step genotyping. The retention frequency of markers on the panel presented a variation of 16.66% with a marker BBD125 to 20.00% with markers BBD119 and BBD122. The comparative analysis in silico between the BBU14 RH map and the sequence map of BTA13 allowed to indicate the location of these markers on buffalo chromosome 14 / Mestre

Resumo: No presente trabalho, apresentamos o primeiro mapa RH do cromossomo 16 bubalino (BBU16), construído com a utilização do painel celular BBURH5000. Seqüências de primers para PCR de 30 genes derivados do cromossomo 15 bovino (BTA15) foram testados com DNA de búfalo para a construção do mapa RH BBU16. Dos marcadores testados, 11 geraram produtos de PCR específicos com o DNA de búfalo, mostrando-se adequados para o mapeamento utilizando o painel BBURH5000. A partir de análises estatísticas, 9 genes foram incluídos no primeiro mapa RH do cromossomo BBU16 contendo apenas um grupo de ligação. As freqüências de retenção (FR) dos marcadores variaram entre 16,6% (SDHD) e 32,2% (PORIMIN). Comparando-se o mapa RH obtido com a sequência do BTA15, pode-se verificar que não houve discrepâncias quanto a ordem dos 9 genes em ambas espécies, evidenciando a conservação da ordem linear desses marcadores nas mesmas / Abstract: This paper describes a radiation hybrid (RH) map of river buffalo (Bubalus bubalis) chromosome 16, generated from a previously described river buffalo whole genome RH panel (BBURH5000). PCR Primer sequences were selected for 30 cattle derived genes mapped on bovine chromosome 15. From the total number of selected markers, 11 generated specific PCR products with buffalo DNA and were suitable for mapping using the BBURH5000 panel. The statistical analysis included 9 genes on the BBU16 RH map, which were distributed in one linkage group. Retention frequencies (RF) ranged from 16,6% for SDHD and 32,2 % for PORIMIN. The marker order on the linkage group is entirely consistent with the current BTA15 sequence assembly (Btau_4.0), indicating a conservation in the order of the genes on both species / Orientador: Maria Elisabete Jorge Amaral / Coorientador: Claudia Regina Bonini Domingos / Banca: Humberto Tonhati / Banca: Mary Massumi Itoyama / Mestre

Orientador: Luiz Francisco Zafalon / Coorientador: Fernando Antônio de Ávila / Coorientador: Oswaldo Durival Rossi Junior / Banca: Maurício de Alvarenga Mudadu / Banca: Luciano Menezes Ferreira / Banca: Hélio José Montassier / Banca: Marita Vedovelli Cardozo / Resumo: Tendo em vista a importância e o crescente interesse na produção de leite de búfala e seus derivados e da ocorrência de Staphylococcus coagulase negativa (SCN) como patógenos da mastite tanto em bovinos como em bubalinos. O presente estudo objetivou avaliar genes de virulência, a resistência a antimicrobianos, bem como metodologias para correta identificação destes SCN em ambiente de ordenha e no leite de bubalinos. Foram colhidas 320 amostras de leite de quartos mamários de 80 búfalas escolhidas aleatoriamente, 20 amostras de narinas e 20 amostras da boca dos bezerros bubalinos, 16 amostras das mãos dos ordenhadores e 64 amostras de insufladores das teteiras, coletadas durante a ordenha. Vinte e sete cepas de Staphylococcus coagulase negativa foram positivas para o gene eno, 10 para o gene ebps, 10 para o gene fnbA. Em relação aos genes relacionados com a produção de enterotoxinas, apenas uma cepa foi positiva para o gene sea, uma para o gene see e para os genes relacionados a resistência antimicrobiana, uma cepa foi positiva para o gene mecA. A identificação das espécies isoladas foi realizada utilizando-se a metodologia de MALDI-TOF MS e confirmada por iniciadores espécie-especifico desenhados neste estudo, exceto para S. agnetis o qual foi erroneamente identificado como S. hyiucs por espectofotometria de massa. Neste trabalho a identificação destas duas espécies foi confirmada por sequenciamento genômico de um isolado representativo. Foram observadas quatro amostras resis... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Due to the importance and the growing interest in buffalo milk production and its derivate and the concurrency of coagulase negative staphylococci as major mastitis pathogens both in cattle and in buffalo. This study aimed to search for virulence genes, antimicrobial resistance, and to evaluate methodologies for the identification of these microorganisms in samples of buffalo milk and from milking environment. For this, a total of 320 milk samples were collected from mammary quarters of 80 randomly selected buffaloes, 20 samples from nostrils and 20 samples from buffalo calves 'mouths, 16 samples from milking hands and 64 samples from liners were collected at the time of milking. Twenty-seven strains of coagulase negative staphylococci were positive for the eno gene, ten for ebpS gene, ten for the fnbA. Regarding genes related to enterotoxins production. Only one strain was positive for the sea and see gene and one for the mecA gene. The identification of the isolates was correctly done by MALDI-TOF MS and subsequently confirmed by species specific primers, except for S. agnetes that was wrongly identified as S. hyiucs. This identification was confirmed by genomic sequencing of a representative isolate from each species. There were four strains resistant to clindamycin, nine to vancomycin, one to chloramphenicol, seven to rifanmpicina, four to cefepime, seven to oxacillin, 17 to penicillin, 13 to erythromycin, 15 to cotrimoxazole and three to tetracycline. Furthermore, resistance to two or more antibiotics were observed in 21 isolates. The present study results may contribute to incidence prevention and control of mastitis in buffalo, caused by coagulase negative Staphylococcus. The main SCN species isolated were S. chromogenes, S. agnetis and S. epidermidis., the detection of genes related to adhesion and the production of enterotoxins m... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:27:30Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2008-07-28Bitstream added on 2014-06-13T20:56:40Z : No. of bitstreams: 1 bianchini_w_dr_botfmvz.pdf: 625794 bytes, checksum: 39e58158fd9b6061d06d312f793e4743 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Universidade Estadual Paulista (UNESP) / Este estudo buscou determinar através da utilização dos isótopos estáveis do carbono a fase em que o bezerro já está apto para ser desmamado e capaz de consumir alimentos sólidos. Para isso foram coletadas ao longo do período experimental amostras de fezes e sangue, para monitorar o comportamento do turnover do carbono em quatro bezerros bubalinos que recebiam dieta C3 em cocho privativo durante amamentação e leite proveniente de búfalas que se alimentavam de pasto C4. As análises isotópicas foram realizadas no Centro de Isótopos Estáveis do Instituto de Biociências da UNESP, campus de Botucatu. Para mensurar o turnover do carbono nos tecidos em determinado intervalo de tempo, foi utilizado o método sigmoidal de regressão de Boltzmann ou a função exponencial do tempo. Os resultados isotópicos das amostras dos animais que foram submetidos à análise por meio do modelo de Boltzmann ou equação exponencial evidenciaram a dinâmica de consumo do grupo durante os primeiros dias de vida. A meia-vida nas fezes do animal 1091 foi de 224,8 dias e no animal 1093 foi de apenas 61,2 dias, no sangue apenas no animal 1093 foi possível determinar a meia-vida, que foi de 125,6 dias e no plasma sangüíneo a meiavida do animal 1091 foi de 63,8 dias, no animal 1093 foi de 88 dias e no animal 1094 foi de 53,3 dias. Portanto, pode-se concluir que fezes não podem ser consideradas marcadores de digesta confiáveis para as condições deste estudo, apenas como indicadores de consumo. Plasma e sangue total foram eficientes em determinar o tempo de desmame para bubalinos Murrah. / This study it searched to determine through the use of stable isotopes of carbon the phase where the year-old calf already is apt to be weaned and capable to consume solid foods. For this samples of blood and faeces had been collected throughout the experimental period, to monitor the behavior of turnover of carbon in four buffaloes year-old calves that received privative C3 diet during breast-feeding and milk proceeding from buffalos that if they fed of C4 grass. The isotopic analyses had been carried through in the Steady Isotope Center of the Institute of Biociências of the UNESP, campus of Botucatu. To measure turnover of carbon in fabrics in determined time interval, the sigmoid method of regression of Boltzmann or the exponential function of the time was used. The isotopic results of the samples of the animals that had been submitted to the analysis by means of the model of Boltzmann or exponential equation had evidenced the dynamics of consumption of the group during the first days of life. The stocking-life in faeces of animal 1091 was of 224,8 days and in animal 1093 it was of only 61,2 days, in the blood only in animal 1093 was possible to determine the stocking-life, that was of 125,6 days and in the plasma sanguine the stocking-life of animal 1091 was of 63,8 days, in animal 1093 it was of 88 days and in animal 1094 it was of 53,3 days. Therefore, it can be concluded that faeces cannot be considered true markers of digestibility for the conditions of this study, as only indicating of consumption... (Complete abstract click electronic access below)