L’histoire des expansions européennes est peuplée d’ethnonymes dont l’évocation seule suffit à figurer les confins de la civilisation et à résumer les espoirs déçus des empires coloniaux. Autant de noms exotiques que l’on prononce, tels des emblèmes de la résistance indigène opposée à tout effort de conquête. Caraïbes est de ceux-là qui, sitôt entrés dans les chroniques européennes, ont été érigés en légende. Or, au-delà des discours hérités et convenus, que savons-nous de ces Indiens, de leurs logiques, de leurs pratiques, de leurs représentations sociales, ou des relations qu’ils entretiennent avec les Français au XVIIe siècle ? À dire vrai, fort peu de choses. Ces questions, bien que sorties des mortes-eaux de l’histoire coloniale, n’ont suscité que peu d’intérêt. Elles n’ont été qu’effleurées dans des monographies insulaires, ou dans des ouvrages consacrés à l’occupation archéologique de l’archipel. C’est en écho à ce constat un peu trop vite entériné qu’a pris forme le projet d’écrire une histoire de la cohabitation entre Français et Caraïbes au XVIIe siècle. La présente recherche aspire donc non seulement à apporter un éclairage sur ce chapitre, mais également à désenclaver des histoires généralement séparées dans la production scientifique. Aussi, souhaitons-nous que cette enquête, à l’intersection des histoires coloniales et indigènes, conduise à revoir nos grilles d’analyse, en tenant compte des réflexions développées par l’ethnologie et l’archéologie, afin d’éviter les écueils de l’histoire-récit. Les circulations et les échanges entre Indiens, Européens et Africains, où prime le facteur humain, seront par conséquent au cœur de l’intrigue. / In the stories of European expansion, many ethnonyms are synonymous with barbarism (as opposed to civilization) or with the failure of the colonial empire. These “exotic” demonyms became the symbols of the resistance of the natives against any attempt of conquest. “Caraïbes” (Caribs) is one of the names which became legendary as soon as it appeared in the European chronicles. But beyond the inherited and agreed discourses, what do we know about these Caribs, their logics, their practices, their social representations, or their relations with the French settlers during the seventeenth century? It must be acknowledged we know next to nothing about these Indians, despite the historiographical revival in the field of colonial history over the last decades. The Caribs have only been touched upon in monographs concerned with such or such island, or in books focusing on archaeological occupation of the archipelago. On the basis of these observations, this doctoral thesis explores the history of the cohabitation between the French and the Caribs in the seventeenth century. It also attempts to open up stories which have generally been studied separately although they all belong to the same scientific field. Such project, at the intersection of colonial and native history, will therefore take into account archaeological and ethnological research in order to avoid the pitfalls of story-telling. As a consequence, the circulation and exchanges between Amerindians, Europeans and Africans, in which the human factor prevailed, will be an essential field of investigation.

L'objectif était d'étudier l'histoire naturelle de la colonisation nasale par S. aureus, en particulier l'impact des antibiotiques sur l'acquisition et la persistance de S. aureus résistant (SARM) ou sensible à la méticilline (SASM). Ce travail s'est appuyé sur les données issues d'une cohorte prospective multicentrique incluant des patients hospitalisés dans des centres de médecine physique et réadaptation et non colonisés par S. aureus à l'admission. 1) Les facteurs de risque d'acquisition de SARM et de SASM ont été examinés à l'aide d'une analyse cas-cas-témoins nichée. L'utilisation de fluoroquinolones, le sexe masculin et une plus grande intensité des soins à l'admission étaient significativement associés à l'acquisition de SARM. L'aide à la toilette et l'utilisation d'un dispositif urinaire étaient significativement associées à l'acquisition de SASM. 2) Les facteurs influençant la perte de colonisation ont été examinés à l'aide de modèles de Cox à fragilité partagée. L'utilisation de fluoroquinolones et la présence d'une plaie positive pour une souche différente de celle du nez étaient significativement associées à la décolonisation de SASM. Le phénotype de résistance à la méticilline n'était pas associé à la durée de colonisation par S. aureus, les durées médianes estimées de colonisation par SARM et par SASM étant respectivement de 3 et 2 semaines. Ce travail offre un nouvel éclairage sur l'histoire naturelle de la colonisation nasale par S. aureus en discriminant les facteurs relatifs à la forme résistante et à la forme sensible de la bactérie. Ces résultats montrent un impact différentiel des fluoroquinolones sur l'acquisition et la persistance de SARM ou de SASM. / The objective was to study the natural history of nasal S. aureus colonization, particularly the impact of antibiotics on methicillin-resistant (MRSA) or methicillin-sensitive (MSSA) S. aureus acquisition and persistence. This work was based on data provided by a prospective multicenter cohort including patients hospitalized in long-term-care facilities and not colonized with S. aureus at admission. 1) Risk factors for MRSA or MSSA acquisition were investigated using a nested case-case-control analysis. Fluoroquinolone use, male sex and more intensive care at admission were significantly associated with MRSA acquisition. Body-washing assistance and use of a urination device were significantly associated with MSSA acquisition. 2) Factors influencing the time to loss of colonization were investigated using shared-frailty Cox models. Fluoroquinolone use and the presence of a wound positive for a non-nasal strain were significantly associated with MSSA decolonization. The methicillin resistance phenotype was not associated with S. aureus colonization duration, and estimated median time to MRSA or MSSA decolonization was 3 or 2 weeks respectively. This work provides new insights into the natural history of nasal S. aureus colonization discriminating factors for the methicillin-resistant or -sensitive phenotypes of the bacteria. These results strongly suggest a distinct impact of fluoroquinolones on MRSA or MSSA acquisition and persistence.

Leptosphaeria maculans est un champignon pathogène, responsable de l’une des principales maladies du colza (Brassica napus), la nécrose du collet. Le cycle de vie infectieux de L. maculans est particulièrement complexe. Après l’infection primaire des feuilles et des cotylédons, le champignon développe une longue phase de vie endophytique dans la tige. Cette phase de vie, qui est entièrement asymptomatique, dure plusieurs mois, avant que la nécrose ne se développe à la base de la tige, préjudiciable à l'élaboration du rendement. Durant cette phase, le colza peut présenter une « résistance adulte » limitant l'apparition et la gravité des symptômes. Alors que les gènes fongiques exprimés au cours de l’infection primaire du colza sont largement étudiés, très peu de connaissances étaient disponibles concernant la phase de colonisation systémique. Pour expliquer la capacité du champignon à coloniser la tige sans induire de symptômes, nous avons donc émis l’hypothèse que L. maculans exprimait à ce stade des effecteurs, c'est-à-dire des petites protéines sécrétées, interférant avec le système de défense de la plante. L’objectif de ma thèse était d'identifier de tels effecteurs et de les caractériser afin de mieux comprendre la colonisation systémique du colza par le champignon. Un des enjeux sous-jacents de cette thèse était aussi d'identifier de nouvelles résistances permettant la reconnaissance spécifique de ces effecteurs, qui pourraient expliquer, au moins en partie, la résistance adulte observée dans certaines variétés.Par une approche transcriptomique, j'ai pu identifier 307 effecteurs candidats "tardifs", spécifiquement exprimés lors de la colonisation de la tige et 107 effecteurs "précoces", spécifiquement exprimés lors de la colonisation des cotylédons. J’ai confirmé que les gènes codant des effecteurs précoces de L. maculans sont spécifiquement localisés dans les régions pauvres en gènes et riches en éléments répétés du génome fongique. A l'inverse les gènes codant des effecteurs candidats tardifs sont absents de ces régions et sont localisés dans les régions riches en gènes du génome. Les effecteurs de L. maculans ont donc une localisation génomique distincte en fonction de leur profil d'expression.Une analyse approfondie de cinq de ces effecteurs tardifs a permis de montrer leur conservation dans les populations naturelles de L. maculans et leur implication dans la suppression de la mort cellulaire végétale. Ces résultats associés à l'analyse de leur profil d'expression dans des échantillons de tige issus du champ au cours d'une saison culturale ont permis de proposer le modèle suivant: L. maculans coloniserait la tige de colza en sécrétant des effecteurs supprimant la mort cellulaire et donc interférant avec les défenses de la plante. A la fin de la saison culturale, la diminution de l'expression de ces effecteurs permettrait au champignon de passer d'un stade de vie biotrophe à un stade de vie nécrotrophe et d’induire la nécrose au collet. Cette transition entre les deux modes de vie serait donc basée sur un équilibre entre effecteurs supprimant la mort cellulaire et effecteurs induisant la mort cellulaire.Dans le but d'identifier de nouvelles sources de résistance spécifiques et/ou faciliter l’identification de résistances quantitatives dans le matériel végétal, j'ai créé des souches fongiques sur-exprimant précocement des effecteurs tardifs. Avec ces souches transformées j'ai évalué par test cotylédonnaire une grande collection de génotypes de colza pour identifier de potentielles relations de type gène-pour-gène. Une variété présentant une réponse hypersensible à un effecteur tardif a ainsi pu être identifiée, le contrôle monogénique de cette réponse a été validé et sa cartographie génétique effectuée dans deux descendances. Cette approche permet donc effectivement d'identifier de nouvelles sources de résistances pour lutter efficacement contre la nécrose du collet. / Leptosphaeria maculans is a pathogenic fungus, responsible for one of the main diseases of oilseed rape (Brassica napus), the stem canker disease. The infectious life cycle of L. maculans is especially complex. After the primary infection of leaves and cotyledons, the fungus develops a long endophytic stage in the stem. This infection stage, which is entirely asymptomatic, lasts several months before necrosis develops at the stem base, responsible of yield loss. At this stage, the oilseed rape may exhibit "adult resistance" limiting the onset and severity of symptoms. While the fungal genes expressed during the primary infection are extensively studied, very little knowledge was available concerning the systemic colonization. To explain the ability of the fungus to colonize the stem without inducing symptom, we have therefore hypothesized that L. maculans expressed effectors, i.e. small secreted proteins, interfering with the plant defense system.The objective of my thesis was to identify such effectors and to characterize them to better understand the systemic colonization of oilseed rape by L. maculans. One of the underlying challenges of this thesis was also to identify new resistances allowing the specific recognition of these effectors expressed during stem colonization, and which may explain, at least in part, the adult resistance observed in some varieties.Using a transcriptomic approach, I was able to identify 307 "late" effector candidates specifically expressed during stem colonization and 107 "early" effector candidates specifically expressed during cotyledon colonization. I confirmed that the genes encoding early effectors of L. maculans are specifically localized in gene-poor regions and rich in repeated elements of the fungal genome. Conversely, late candidate effectors are absent from these regions and are located in regions rich in genes of the genome. L. maculans effectors have thus a distinct genomic localization based on their expression profile.A detailed analysis of five of these late effectors showed their conservation in the natural populations of L. maculans and their involvement in the suppression of plant cell death. These results, associated with the analysis of their expression profile in stem samples from the fields during a growing season, allowed us to propose the following model: L. maculans would colonize systemically the oilseed rape stem by secreting effectors suppressing cell death and thus interfering with plant defenses. At the end of the growing season, the decreased expression of these effectors would allow the fungus to switch from a biotrophic to a necrotrophic lifestyle and to induce stem canker. This transition between the two ways of life would therefore be based on a balance between effectors suppressing and effectors inducing cell death.In order to identify new specific sources of resistance and / or to facilitate the identification of quantitative resistances in plant material, I created fungal strains over-expressing late effectors during cotyledon colonization. With these transformed strains I evaluated by cotyledonary test a large collection of oilseed rape genotypes to identify potential gene-for-gene. A variety with a hypersensitive response to a late effector was thus identified, the monogenic control of this response was validated and its genetic mapping carried out in two progenies. This approach therefore effectively enables the identification of new sources of resistance for effective control of L. maculans.

Si l’instruction scolaire semble un acquis de la plupart des sociétés contemporaines, elle n’en demeure pas moins le fruit d’une très lente évolution comme ce fut le cas dans l’actuelle République démocratique du Congo pendant un siècle. Lors de la période coloniale – de la création de l’Etat du Congo en 1885 par la conférence de Berlin jusqu’à l’indépendance obtenue en 1960 – la fonction de l’enseignement a été confiée par le pouvoir essentiellement aux missions catholiques belges avec la vision utilitariste de former des auxiliaires de l’administration et des ouvriers aux fins d’exploitation de la colonie. Sur le plan juridique, cet objectif apparaît de façon sous-jacente dans le concordat de 1906, la réglementation des études de 1924 et la réforme scolaire de 1948. Malgré l’élan réformateur impulsé par le parti socio-libéral belge après la Seconde Guerre mondiale, l’école coloniale a peiné à promouvoir une élite locale avec cette conséquence que le chaos sanglant des cinq premières années de l’indépendance est à attribuer en grande partie à l’impréparation des Congolais à assumer de hautes responsabilités politiques. Le modèle social hérité du passé colonial étant considéré comme aliénant, le Président Mobutu a étatisé les écoles en décembre 1974 en opposition à la hiérarchie catholique, déclenchant ainsi une grave crise qui fut apaisée par la signature d’un accord en 1977 permettant la rétrocession des réseaux scolaires à leurs anciens administrateurs. Puis, une loi portant régime général applicable à l’enseignement national a été promulguée le 22 septembre 1986, marquée par le souci d’une austérité budgétaire nécessitée par la politique économique désastreuse de zaïrianisation du Maréchal-Président. / If schooling for all is taken for granted in most contemporary societies, it remains nevertheless the result of a slow process of development. Such was the case in the present Democratic Republic of Congo where it evolved over a century. During the colonial period – from the creation of the Congo as a state by the Berlin Conference of 1885 up to its independence proclaimed in 1960 – education, average length 2 years, was entrusted by the government above all to the Belgian Catholic Missions, with the utilitarian objective in mind of forming government employees and workers able to exploit the colony Generally speaking, this objective appears to underlie the Concordat of 1906, the School Regulations of 1924 and the School Reform of 1948. In spite of the impetus to reform given by the Belgian Social Liberal Party after World War II, colonial schools had great difficulty forming an elite in the local population. The consequence was bloody chaos during the first five years of independence. This is to be attributed to the lack of sufficient preparation given to the Congolese people for them to be able to assume political positions of great responsibility. As the model of society inherited from the colonial past became considered an alienation, Maréchal-President Mobutu nationalized the schools in December 1974 in opposition to the Catholic hierarchy. This caused a period of serious unrest finally settled by the signing of an agreement in 1977 granting the handing back of school systems to their former administrators. Then, on 22 September, 1986, an outline-law applying to the national school system was promulgated marked by the need for budgetary austerity brought about by President Mobutu’s disastrous economic politics, his zaïranisation.

Depuis des décennies, l’origine du peuple Sakha interroge les chercheurs en raison de ses particularités économiques et linguistiques. L'histoire de la Iakoutie est abordée via les données historiques et les études menées par diverses écoles scientifiques. On assiste, dès la colonisation de la Iakoutie au XVIIème siècle, à une évolution culturelle, notamment sous l'influence de la culture russe et de l’orthodoxie. L'étude historique de la société iakoute au sein de l'État russe, via les données en partie inédites, nous permet d’envisager les facteurs de son évolution au cours des siècles et ses mutations sociétales. Notre étude s'appuie aussi sur les données ethnoarchéologiques qui sont issues des travaux de la mission archéologique française en Sibérie Orientale et en Mongolie.À travers l’ethnoarchéologie, j’étudie le peuplement et l’histoire de cette population. La conservation exceptionnelle de tombes fouillées, liée à la présence du pergélisol, nous permet de mener des études approfondies sur les pratiques funéraires et culturelles à travers le riche mobilier associé à ces tombes. Cette approche transversale de la culture Sakha est utilisée dans notre recherche afin de mieux cerner son évolution, ses ruptures et ses transformations ethniques et culturelles. La visée principale de cette recherche est de montrer la transformation culturelle de la société Sakha entre le XVIIème et le début de XXème siècle avec un regard posé sur les siècles précédents. / For many decades researchers have been interested in the origins of the Sakha culture because of its economic and linguistic distinctive features. The Yakutia history has been examined through historical data and studies conducted by various scientific schools. With the colonization of Yakutia in the 17th century, comes a cultural evolution due in particular to the rise of the influence of Russian culture and Orthodoxy. The historical study of the colonized Yakute society within the Russian State, via the data unedited, enables us to understand the factors of its evolution over the centuries along with its societal mutations. Our study is also based on ethnoarcheological data resulting from the work the French archeological mission in Eastern Siberia and Mongolia. Through ethnoarcheology, I study the population and the history of these people. Thanks to permafrost, the excavated graves are exceptionally well preserved, which gives us the opportunity to conduct in-depth studies on funerary and cultural practices through the rich movable property found with these graves. In our research, we use this transversal approach of the Sakha culture in order to better understand its evolution, discontinuities as well as its ethnic and cultural transformations. The main objective of this research is to highlight the cultural transformation of the Sakha society from the 17th century to the 20th century while observing the previous centuries.

L’étude de la prostitution au Tonkin pendant la colonisation française est celle d’un monde en mutation. Le développement de la prostitution est à relier directement avec les changements socio-économiques que connaît le Tonkin. La mobilité croissante des populations à l’époque coloniale a pour conséquence une urbanisation importante accompagnée d’une transformation radicale de la société urbaine. Ces changements favorisent une expansion à la fois quantitative et qualitative de la prostitution car de nouvelles formes apparaissent (chanteuses, danseuses, etc.). Fenêtre ouverte sur un monde urbain en transformation, le monde prostitutionnel permet également de rendre compte de la complexité de la société coloniale dont il est le microcosme puisqu’il en reprend la hiérarchie raciale, les rapports de domination, de tension et de sympathie réciproque. Ce microcosme est placé sous le signe de la rencontre des genres et, surtout, des races, ce qui, en situation coloniale, ne va pas sans poser problème. La gestion de la prostitution par les autorités s’insère directement dans la politique de maintien de l’ordre mise en place par l’État colonial, puisqu’elle s’efforce de recréer au sein du monde prostitutionnel la hiérarchie, à la fois genrée et raciale, régissant l’ensemble de la société coloniale. Le second volet de l’administration de la prostitution est sanitaire car c’est au nom de la santé publique que la prostitution est réglementée. Le but est de lutter contre les maladies vénériennes, péril pour l’individu et la nation. L’histoire de la prostitution au Tonkin est celle d’une tension entre une administration tentant de contrôler un monde prostitutionnel mouvant et multiforme et les acteurs du monde prostitutionnel qui mettent en place des stratégies de contournement et d’évitement. Ce travail entend analyser à la fois le système mis en place par les autorités et la réalité du monde prostitutionnel en s’intéressant à ses acteurs et à ses lieux. / During French colonization, the world of prostitution in Tonkin evolved as the result of the numerous social and economic changes that were occurring at the time. The increasing mobility of the population led to rapid, significant urbanization: consequently, the city changed in form and in culture. Prostitution hence became increasingly visible. Its expansion was both quantitative and qualitative in the sense that prostitutes were no longer confined within the so-called spaces of “legal” brothels and were no longer perceived as being the only women capable of providing sexual services. In this regard, the world of prostitution is a critical vantage point which permits a far-reaching study of these global changes as well as a unique vantage point onto the complexity of colonization itself. This world was a microcosm of colonial society with its latent notions of racial hierarchy, inherent domination, and intimacy for colonization, and these all represent an intimate yet politically charged encounter. The racial boundaries delineated at the very foundations of the colonial order were therefore blurred and had to be redrawn and sharpened. The regulation of prostitution was one of the means used by authorities to control the interaction between the colonizers and the colonized because it reproduced the racial distinctions of the colonial society. The second dimension of the administration of prostitution was medical: because of venereal diseases, prostitution was perceived to be a threat to individuals and the nation as a whole. The regulation of prostitution thus was part and parcel of the policing strategies set up by the authorities to insure colonial order and public health. Nonetheless, its application proved to be difficult because prostitution, which was understood as construing both actors and places, resisted the police and medical frameworks that sought to confine them. Authorities’ attempts clashed with the evasive strategies of prostitutes, madams, clients, and others as well. In light of these issues, this study offers a thorough examination of the official frameworks and the reality of prostitution as it existed in colonial Tonkin.

À l’heure où les débats politiques se cristallisent autour du multiculturalisme, de la peur de la mondialisation et des récentes arrivées de migrants, ceci dans une Europe qui développe un repli sur soi, il semble important de redonner une profondeur historique aux échanges de toutes sortes entre les différentes rives de la Méditerranée. La cuisine en tant qu’objet d’analyse montre comment différents pays ont pu s’influencer mutuellement culturellement au point qu’il est difficile aujourd’hui de déterminer exactement l’origine d’une recette. Cependant, il existe toujours des résistances à certains traits culturels de l’Autre et ceci se voit à travers les habitudes alimentaires. Ce travail de recherche étudie les relations gastronomiques entre la France et le Maroc en utilisant le paradigme du transfert culturel. Il montre comment un aliment ou une recette passe ou non les frontières (culturelles et géographiques) et pourquoi. Pour cela, trois contextes ont été définis. La colonisation provoque une des grandes « rencontres » ayant marqué les deux sociétés jusqu’à aujourd’hui. L’alimentation est en effet au cœur des rapports de pouvoir en contexte colonial. Le deuxième facteur de la « rencontre » entre ces deux sociétés est le phénomène migratoire. Après avoir déterminé ses propres stratégies pour se nourrir lui-même en tant qu’individu, le migrant a un rôle dans les transferts culturels gastronomiques entre son pays et la France, notamment lorsque l’on sait que le secteur de l’alimentation est choisi par beaucoup de migrants marocains pour s’installer en France. Le migrant a un rôle d’innovateur en matière gastronomique pendant que l’on voit aussi évoluer les pratiques des sociétés française et européenne au regard de cette migration. En somme, à travers les pratiques alimentaires, les notions d’intégration, d’assimilation et d’acculturation sont réinterrogées. La recherche se termine enfin par une vision d’ensemble qui est celle de la mondialisation et de la volonté politique du Maroc d’utiliser ses ressources d’ordre gastronomique pour se placer sur la scène internationale. / At a time when political debates are crystallizing around multiculturalism, fear of globalization and furthermore the recent arrival of migrants in a Europe which is developing a withdrawal into itself, it seems important to restore some historical depth to the exchanges between the various shores of the Mediterranean area. Food as an object of analysis shows how different countries have so much culturally influenced one another that it is difficult today to determine exactly from where does a recipe comes. However, there is still resistance to certain cultural traits of “the Other” and this is reflected in one’s eating habits. This research studies the gastronomic relations between France and Morocco using the cultural transfer paradigm that shows how recipes could or couldn’t cross borders (in the cultural and geographical meaning) and why. Three context typologies have been defined. Colonization causes one of the great "meetings" that have marked the two societies until today given that in a colonial context food is in the center of power relations. The second factor of the "encounter" between those two societies is the the context of international migration. Migrants and immigrants have a role in cultural gastronomic transfers between their origin country and France, especially because it is chosen by many Moroccan migrants to settle in France by opening restaurants. The migrant has a role of innovator in gastronomic matters while we also see evolving the French and European companies practices towards this migration. Briefly, through eating practices, notions of integration, assimilation and acculturation are re-examined. Finally, the research concludes with an overall vision of globalization and Morocco's political will to use its gastronomic resources to position itself on the international stage.

Aquaculture facilities involve mooring a large amount of artificial structures in offshore areas, which are colonised by a wide group of marine organisms, forming characteristic fouling communities. Many studies have focused on determining what sessile organisms are able to settle on nets, ropes and buoys, owing to the specific problems they cause and their economic cost to the aquaculture industry. Although sessile fouling communities are well-studied from the point of view of controlling this community on aquaculture facilities, little is known about the epifaunal mobile species inhabiting these artificial structures. This thesis addresses the study of crustacean amphipods, which have been scarcely studied regarding their species composition and relation to the habitats created by the sessile species and despite being detected in high abundances. After the general introduction, which sets the study framework, Chapter 1 is a preliminary study on the composition of fouling assemblages on aquaculture facilities in the Mediterranean Sea, comparing them with others such as those in harbours or offshore structures. Therein, it is shown that fouling communities are made up of mainly bivalves, algae, hydroids and bryozoans and amphipods usually represent more than 80 % of motile fauna associated with these organisms. Moreover, amphipod assemblages are characterised by seven frequent and dominant species: Elasmopus rapax, Jassa marmorata, Jassa slatteryi, Ericthonius punctatus, Stenothoe tergestina, Caprella equilibra and Caprella dilatata. A quantitative study of amphipod densities is carried out in Chapter 2, where mean amphipod densities observed in fish farm fouling amounted to 176,000 ind.m-2 and reached maxima up to 1,000,000 ind.m-2. There, the role of the macro- and microhabitat in supporting such amphipod communities is explored. The effect of the modification of marine currents on pelagic communities due to the introduction of coastal infrastructures is analysed in Chapter 3. Therein, it was detected a retention effect on planktonic amphipods near such facilities, noticeable in the increased abundance of hyperiids and migrating amphipods from different benthic and floating habitats. The influence of fouling amphipods on other habitats is analysed in Chapters 4 and 5, it is shown that fish-farm fouling acts as a source population of amphipods dispersing towards both defaunated sediments in soft-bottoms and surrounding floating habitats. Finally, in the last chapter, based on the possibility of using wild fauna already growing in fish farms, the applicability of amphipods as an accessory culture is tested in an offshore integrated multi-trophic aquaculture (IMTA) system with finfish as main fed species. Throughout this thesis it has been shown that fish-farming activities affect the amphipod assemblage in several ways such as the establishment of high population densities or the intimate connectivity between different subpopulations. As a result, a new potential commercial application arises from the possibility of using them as biofilters of aquaculture wastes, within an off-coast integrated multitrophic aquaculture system, promoting a more sustainable development of aquaculture in the marine environment. / Las estructuras artificiales que conforman las instalaciones de acuicultura en mar abierto suelen ser colonizadas por multitud de organismos marinos, que forman comunidades de fouling características en estas estructuras. Muchos estudios se han centrado en la descripción de los organismos sésiles que se desarrollan sobre cabos, redes y boyas de las instalaciones de acuicultura, debido a los problemas que generan para el cultivo y los costes adicionales que significan para la industria derivados de su necesaria eliminación. Sin embargo, aunque las comunidades de fouling sésiles han sido bien estudiadas desde el punto de vista de su control en las instalaciones de acuicultura, poco se sabe sobre la epifauna que habita estas estructuras artificiales. Esta tesis se centra en el estudio de los crustáceos anfípodos, los cuales aún no han sido estudiados en cuanto a la composición de especies y a su relación con los hábitats creados por los organismos sésiles, a pesar de haber sido detectados en grandes abundancias en las instalaciones de acuicultura. Después de una introducción general, que establece el marco de estudio, el capítulo uno es un estudio preliminar sobre las comunidades de fouling de las instalaciones de acuicultura en el Mediterráneo, comparándolas con las desarrolladas en otras estructuras artificiales como puertos o plataformas petrolíferas. En este capítulo, se demuestra que las comunidades de fouling están compuestas principalmente por bivalvos, algas, hidrozoos y briozoos y que más de un 80% de la fauna asociada a estos organismos son anfípodos. Además el poblamiento se caracteriza por la presencia de siete especies de anfípodos que son frecuentes y abundantes: Elasmopus rapax, Jassa marmorata, Jassa slatteryi, Ericthonius punctatus, Stenothoe tergestina, Caprella equilibra y Caprella dilatata. Un estudio cuantitativo de las densidades de estos anfípodos se lleva a cabo en el capítulo 2, donde se encuentra que la densidad media es de 176.000 ind.m-2, con máximos de más de 1.000.000 ind.m-2. Allí se explora también el papel de los macro y microhábitats en mantener dichas poblaciones de anfípodos. El efecto de la modificación de corrientes sobre las comunidades plantónicas debida a la instalación de las piscifactorías se analiza en el capítulo 3. En él, se detectó una retención de los anfípodos planctónicos cerca de las instalaciones, evidenciada por el incremento en las abundancias de hipéridos y de anfípodos migradores desde diferentes hábitats bentónicos flotantes. La influencia de las grandes densidades de anfípodos del fouling sobre otros hábitats se estudia en los capítulos 4 y 5, donde se observó que el fouling actúa como fuente de anfípodos migradores, exportando individuos que colonizan tanto sedimentos defaunados en el fondo marino como otros hábitats flotantes cercanos. Finalmente, en el último capítulo se analiza la posibilidad de aprovechar la producción natural y la conectividad observadas a través del cultivo de anfípodos como parte de un sistema de acuicultura multitrófica integrada (AMTI) en mar abierto con peces como especie principal. A lo largo de esta tesis, se demuestra que la acuicultura influencia las poblaciones de anfípodos marinos, tanto en el establecimiento de grandes densidades de población como en la conectividad entre las diferentes subpoblaciones. Como resultado, surge una nueva aplicación comercial de la posibilidad de usar los anfípodos del fouling como biofiltros, reciclando los residuos de la acuicultura dentro de un sistema de acuicultura multitrófica, garantizando así un desarrollo más sostenible de la acuicultura en el medio marino.

Clostridium difficile est une bactérie anaérobie stricte responsable de diarrhées consécutives à une antibiothérapie et de colites pseudomembraneuses. La destruction du microbiote intestinal de barrière favorise l’implantation de C. difficile, qui se multiplie, adhère aux cellules épithéliales et produit les toxines TcdA et TcdB. Les infections à C. difficile sont devenues un problème majeur de santé publique. En particulier les nombreuses rechutes posent un problème thérapeutique. L’immunisation active est une des approches permettant de prévenir les rechutes et réduire l’incidence des infections. Plusieurs essais de vaccination ciblant les toxines sont en cours de développement mais sont sans action sur la première étape de l'infection à C. difficile, la colonisation intestinale. Notre objectif a été de développer une stratégie vaccinale par voie muqueuse pour lutter contre la colonisation intestinale. Des protéines de surface de C. difficile ainsi que la toxine TcdB ayant un rôle dans la pathogénicité ont été sélectionnées et utilisées comme cibles vaccinales. Certains candidats vaccinaux ont été encapsulés afin de pouvoir délivrer les antigènes au niveau de la muqueuse intestinale par voie orale. De plus, pour induire une réponse immunitaire localisée au niveau de la muqueuse intestinale, différents adjuvants ont été testés. Nous avons analysé après vaccination la réponse immunitaire induite au niveau local et systémique. Pour identifier de nouveaux candidats vaccin, le rôle de différentes protéines de surface dans la colonisation intestinale de C. difficile a été caractérisé. L'ensemble des essais in vivo a été mené dans deux modèles animaux de référence pour les infections à C. difficile : la souris et le hamster, pour suivre respectivement la colonisation intestinale par C. difficile et le taux de survie après infection. / Clostridium difficile is an anaerobic bacterium that is responsible for post-antibiotic diarrhea and pseudomembranous colitis. The disruption of the intestinal microbiota barrier effect promotes the establishment of C. difficile, which multiplies, adheres to epithelial cells, and produces the toxins TcdA and TcdB. C. difficile infections are considered as a major public threat. In particular, the multiple recurrences are difficult to treat. Active immunization is one of the new approaches to reduce recurrences and the incidence of these infections. Several vaccine targeting toxins are in development. However, these vaccines have no effect on the first step of C. difficile infection, the host colonization. The objective was to develop a mucosal vaccine strategy to act on intestinal colonization. Surface proteins of C. difficile and TcdB involved in the pathogenicity process were selected and used as vaccine targets. These antigens were produced and encapsulated to deliver them to the intestinal mucosa. Furthermore, to induce a gut mucosal immunity, different adjuvants were tested. After vaccination, we analyzed the local and systemic immune response by immunoassays. Finally, in order to characterize new vaccine candidates, the role of different surface proteins in C. difficile colonization was evaluated. These vaccine trials were conducted in two animal models of reference for C. difficile infections: the mouse and the hamster models, which permit to follow the colonization and the survival rate after infection, respectively.

Le microbiote intestinal comprend l’ensemble des micro-organismes présents dans le tractus digestif. Cette flore et sa variabilité est unique et spécifique à chaque individu. L’équilibre microbien, état critique pour la santé, se développe progressivement à partir de la naissance. En complément de la fonction connue du microbiote dans la digestion, son rôle est maintenant avéré comme central dans le métabolisme humain. Dans cet écosystème complexe dans lequel cohabitent et interagissent 10¹³ bactéries, les Bacteroides, genre majoritaire au sein du microbiote, prennent en charge les fibres non digestibles de l’alimentation. Ces bactéries, anaérobies à Gram négatif, sont particulièrement bien adaptées à l’environnement intestinal tout particulièrement dans le domaine de la prise en charge des polysaccharides complexes et celui de la résistance à l’oxygène. Etonnamment, bien que l’hème soit un métabolite requis pour la croissance des Bacteroides, ces bactéries sont incapables de le synthétiser. L’hème, constitué d’un atome de fer fixé sur une porphyrie, est un cofacteur impliqué dans de nombreuses réactions enzymatiques essentielles au métabolisme central. Sa réactivité biochimique le rend responsable d’une induction de phénomènes inflammatoire de l’intestin. Nous avons étudié les interactions entre la bactérie Bacteroides thetaiotaomicron et l’hème environnemental. Nous avons d’abord développé un test permettant la détection de quantités d’hème de l’ordre du nanogramme dans des milieux complexes tels que le contenu intestinal. Nous avons ensuite montré que la bactérie commensale E. coli n’est pas la principale source d’hème lors de la colonisation du tractus digestif par Bacteroides dans un modèle de souris axénique et que l’hôte rempli ce rôle. Nous avons mis en place un système permettant de moduler la quantité d’hème présente dans le tractus digestif en piégeant la molécule sur l’hémophore HasA de Serratia marcescens. Nous avons confirmé que le système HasA était actif in vitro. Les résultats préliminaires montrent que d’une part il réduit la quantité d’hème intestinal disponible et d’autre part cela entraine un retard lors de la colonisation du tractus digestif par Bacteroides. Ce travail fournit des outils permettant de mieux comprendre les facteurs influant sur l’implantation des Bacteroides et souligne l’importance de l’hème dans le processus crucial de la primo-colonisation. Mais cela autorise également à plus long terme d’envisager l’utilisation de ce système pour diminuer la quantité d’hème disponible dans l’intestin et donc son effet pro-inflammatoire, dans les maladies inflammatoires chroniques de l’intestin. / The intestinal microbiota comprises the numerous microorganisms colonizing the digestive tract. This flora, and the variations it undergoes are unique and specific to each individual. The microbial balance, which is a determinant of our state of health, develops gradually from birth. In addition to the known roles of the microbiote in digestion, it is now recognized as an important contributor to human metabolism. Among the 10¹³ bacteria inhabiting the human gut, the genus Bacteroides comprises the dominant genus, and is needed to digest complex dietary polysaccharide fibers. This feature, and the resistance to trace oxygen of these Gram-negative anaerobes make them particularly well adapted to the intestinal environment. Remarkably, although heme is a required metabolite for Bacteroides growth, these bacteria are incapable of heme synthesis. Heme, which comprises an iron atom trapped within a porphyrin ring, is a cofactor involved in numerous enzymatic reactions essential to central metabolism. Its bioactivity may also provoke intestinal inflammatory phenomena. We investigated the interactions between the bacterium Bacteroides thetaiotaomicron and environmental heme. We first developed a test to detect nanogram amounts of heme in complex media such as intestinal contents. We then showed that the commensal bacterium Escherichia coli donates heme to B. thetaiotaomicron in vitro. Nevertheless, we found that E. coli is not the major heme source for Bacteroides colonization, as tested in a germfree mouse model. This study led us to conclude that the host must be the major heme donor. We then set up a system to modulate heme availability in the digestive tract by capturing free heme on a hemophore HasA, from Serratia marcescens. We confirmed the HasA system was active in vitro. Preliminary experiments indicate that it 1- reduces levels of intestinal heme, and 2- delays B. thetaiotaomicron colonization. The present work provides tools for better understanding the factors needed for Bacteroides implantation in the gut and underlines the importance of heme in this crucial process of primocolonization. In the longer term, the bacterial heme-capture system may be considered as a means of decreasing free intestinal pools of heme and thereby its pro-inflammatory effect, in chronic inflammatory bowel diseases.