La question de la préservation et de la pérennisation du patrimoine documentaire des archives et des bibliothèques a toujours été au centre des préoccupations et des débats des professionnels en information-documention et intéresse maintenant de plus en plus les usagers. Ceci est lié à l’importance que nos sociétés attachent à l’histoire et à la mémoire. Ce retour vers le passé n’est souvent possible que si la preuve qui l’incarne (en l’occurrence les archives) est bien conservée et valorisée. La numérisation a ouvert de nouvelles perspectives pour la sauvegarde du patrimoine, surtout dans le contexte des pays du Sud où les conditions de conservation font défaut en raison d’un climat tropical défavorable et de moyens infrastructurels et matériels qui manquent souvent. Les solutions offertes par la numérisation pour la sauvegarde, la pérennisation et l’accès au patrimoine documentaire sont certes satisfaisantes, mais ne donnent pas toutes les garanties surtout quand il s’agit des documents historiques fragiles et précieux comme les fonds d’archives de l’esclavage et de la colonisation. [etc.] / The question of preservation and perennisation of documentary heritage of archives libraries has always been the mains worries and debates of professionals of information-documentation and now more than ever interests users. This is in line with the importance societies give to History and Memory. This return to the past is only possible if the relevant prove (mainly archives) is well kept and given value. Digitalization opened new ways to save the heritage, especially in the context of Southern countries where the conditions of conservation are challenging due to unfavorable tropical climate and due to the fact that infrastructure and material means are often lacking. The solutions offered by digitalization for the saving, perennisation and the access to documentary heritage are somewhat satisfactory, but they do not give all guaranties especially for the fragile and precious historical documents like the master copies of archives on slavery and colonization. [etc.]

Le genre Pneumocystis regroupe des microchampignons atypiques qui colonisent par voie respiratoire les alvéoles pulmonaires de nombreux mammifères. C’est un pathogène opportuniste qui s’avère particulièrement dangereux lorsque le système immunitaire de l’hôte est déficient (VIH, greffés) et dans ce cas il provoque une pneumonie, la pneumocytsose, fatale en absence de traitement. Du fait que les Pneumocystis spp restent des microchampignons non cultivables, il est alors impossible de manipuler directement ses gènes et la seule solution pour étudier leurs fonctions et leurs localisations, demeure leur expression en système hétérologue. Situé dans l'espace alvéolaire, Pneumocystis spp. sont exposés au stress oxydatif générés par les macrophages alvéolaires, les granulocytes neutrophiles ainsi que par les espèces réactives de l'oxygène (EROs) produits par le métabolisme respiratoire. Pour se protéger, ces micro-organismes ont développé un système spécifique de détoxification des EROs incluant les SuperOxyde Dismutases (SOD). Dans notre étude, la carence en MnSOD d'une souche de Saccharomyces cerevisiae (EG110) dépourvue du gène Scsod2 a été complétée par l'introduction d'un plasmide portant une version inductible du gène Sod2 de P. carinii (Pcsod2). Une fois exprimée la PcMnSOD était capable de complémenter le défaut de croissance de la souche EG110 qui a été exposés à la ménadione. En bref, notre étude a montré une bonne complémentation du gène Sod2 de P. carinii chez une levure déficiente en MnSOD à savoir (i) la reprise de la culture en conditions de stress oxydant, (ii) la mise en évidence de la protéine traduite (Western Blot) et (iii) l’adressage mitochondriale de la protéine hétérologue. Selon le degré d’altération du système immunitaire, les infections à P. jirovecii peuvent présenter des tableaux cliniques variés allant de la colonisation à la pneumocystose. Ces infections semblent être en grande partie liées à des déficits majeurs de l’immunité cellulaire se traduisant plus précisément par une diminution du nombre des lymphocytes TCD4 (LTCD4). Notre deuxième objectif était de parvenir à une appréciation quantitative du risque de contamination par P. carinii en fonction du degré d’immunodépression (ID) des rats exposés. Nous avons ainsi développé un modèle animal de transmission naturelle de P. carinii où des rats nude développant une pneumocystose (« rats donneurs ») sont mis en contact direct avec des rats Sprague Dawley Pneumocystis-free (« rats receveurs ») présentant différents niveaux d’ID (dexamethasone). Après 2 semaines de contact, le niveau de colonisation des rats graduellement ID est déterminé soit par comptage après coloration au Bleu de Toluidine O, soit par qPCR. Cette étude a permis tout d’abord de valider notre modèle d’ID graduelle chez le rat ; mais surtout, et pour la première fois dans un modèle expérimentale chez le rat, nous avons montré une relation inverse entre le niveau de colonisation par P. carinii et le taux de LTCD4 ou LTCD8 circulants. Enfin, nous avons réalisé la première étude épidémiologique portant sur Pneumocystis au Liban. Ce projet franco-libanais a été mis en place au vue de l’importance majeure de la colonisation par Pneumocystis chez les patients immunocompétents, en particulier chez les patients atteints de pathologies pulmonaires chroniques obstructives tels que la BPCO où la colonisation par Pneumocystis est considérée comme un facteur aggravant de la maladie. Nos résultats montrent une faible prévalence de colonisation (5.2%) et une prédominance du génotype mtLSU2 chez les patients atteints de pathologies respiratoires au Liban. De plus, dans notre cohorte de patient présentant des pathologies respiratoires variées, la BPCO semble être la seule maladie respiratoire associée à un facteur de risque de colonisation par P. jirovecii. / Pneumocystis is an opportunistic pulmonary fungal pathogen that causes Pneumocystis pneumonia (PcP) in immunocompromised individuals such as patients with HIV infection as well as those without HIV infection who are undergoing immunosuppression as a consequence of chemotherapy or organ transplantation. Pneumocystis colonization in immunocompetent individuals has recently been described by the detection of fungal DNA without signs or symptoms of pneumonia, and accumulating evidences underline its clinical importance. Pneumocystis organisms are airborne transmitted and represent a large group of species of atypical fungi that cannot be continuously grown in culture. Consequently, it is impossible to directly manipulate genes in Pneumocystis species. Located in the alveolar space, Pneumocystis organisms are exposed to oxidative burst from phagocytic alveolar macrophages and neutrophils as well as to reactive oxygen species (ROS) produced by the mitochondrial oxygen metabolism. To counteract this, microorganisms have developed a ROS detoxifying system. This includes superoxide dismutases (SOD). In the present study, the MnSOD deficiency of a Saccharomyces cerevisiae mutant strain was complemented by introducing a plasmid carrying an inducible version of the P. carinii Sod2 gene (Pcsod2). Expression of Pcsod2 revealed that the corresponding MnSOD recombinant protein could complement the growth defect in the mutant yeast strain when cells were exposed to menadione. The mitochondrial localization was confirmed by immuno-colocalization of the P. carinii recombinant MnSOD with the yeast mitochondrial Cox4 protein. These results suggest that Pcsod2 encodes an active MnSOD that is targeted to the mitochondrion. This work increases our understanding of the antioxidant defense mechanisms deployed by the Pneumocystis organisms.The adaptive host response to Pneumocystis infection involves humoral and cellular immune responses working in concert to promote the clearance of infection. Depending on the degree of alteration of the immune system, Pneumocystis infections may have various clinical presentations going from colonization to the most severe form (PcP).These infections appear to be largely related to major deficits in cellular immunity and are more closely reflecting a decrease in the number of CD4 T lymphocytes (LTCD4). Our objective was to achieve a quantitative assessment of the risk of contamination by Pneumocystis depending on the degree of immunosuppression (ID) of the exposed host. Thus, we developed an animal model of natural transmission of P. carinii where rats undergoing gradual ID (dexamethasone) named receivers, are cohoused with nude rats developing PcP, named donors. Following contact between receiver and donor rats, the level of colonization by Pneumocystis of receiver rats is determined by toluidine blue O staining or by qPCR. This study allowed us to validate our gradual ID rat model, in the sense that we were able to maintain the level of circulating LTCD4 and LTCD8 stable. Finally, and for the first time in an experimental rat model, we observed an inverse relationship between the level of colonization by P. carinii and the level of circulating LTCD4 and LTCD8.Finally, we aimed to acquire the first data concerning the prevalence of P. jirovecii in the Lebanese population. This Franco-Lebanese project was set up because the colonization by Pneumocystis is probably of major importance in the public health, especially in susceptible patients such as patients with chronic obstructive pulmonary diseases (COPD) where Pneumocystis is considered as a worsening prognosis factor. Our results show a low prevalence of P. jirovecii colonization (5.2%) and the predominance of mtLSU genotype 2 in patients with respiratory diseases in Lebanon. Moreover, in our cohort of patients with various respiratory diseases, COPD was the only respiratory disease associated with a significant increased risk of P. jirovecii colonization.

This thesis examines the potential use of a facilitated process of decolonisation, or whakawātea, amongst whānau whakapapa in Aotearoa. Ten kaimahi whānau of Ngāti Raukawa ki te Tonga, who have worked for many years in government, community, Māori and iwi social service agencies have shared their experiences of colonisation, racism, social work and decolonisation. Using a "from Māori, by Māori, with Māori, for Māori" research approach, their voices have been woven with the voices of other Māori and indigenous writers, to consider how a facilitated process of decolonisation, or whakawātea, could be used to assist whānau whakapapa to develop their own systems of support, based on the traditions, values, skills and beliefs of their tūpuna. Despite the positive development and wellbeing currently enjoyed by many whānau whakapapa, this study has developed in response to the disconnection from te ao Māori observed amongst many whānau whakapapa interacting with social service agencies. Colonisation has created loss of wairuatanga, kotahitanga and manaakitanga amongst many of these whānau whakapapa, and affected their ability to lead their own positive development and wellbeing. This study promotes a facilitated process of decolonisation, or whakawātea, as a means of reclaiming those values and strengthening whānaungatanga amongst whānau whakapapa. The process envisaged would enable whānau whakapapa to learn about the history of Aotearoa; hear the stories of their tūpuna; uncover their own truths, and exit the "Matrix" created by colonisation The Matrix, from the popular movie trilogy, is used in this study, as an analogy, and compares the computerised Matrix programme created by machines in the movies, with the "programme" created by the coloniser in Aotearoa. Within this programme, the traditions, values, skills and beliefs of the coloniser, dominate the traditions, values, skills and beliefs of tūpuna. This study argues that only through finding ways for all whānau whakapapa to exit the Matrix, will rangatiratanga be restored in Aotearoa.

This thesis presents a narrative of Aboriginal economic responses in the 19th century to the colonisation of the Shoalhaven and Illawarra regions of New South Wales. It explores the competing claims of articulation theory and dependency theory about the intersection of colonial and indigenous economies. Dependency theory claims that settlers destroy the indigenous mode of production to permit the expansion of their own economic system. They exploit indigenous labour which then becomes dependent on capitalist sources of subsistence. Articulation theory, as modified by Layton (2001) to recognise the bi-directional nature of contact, posits that the rate of capitalist penetration into indigenous economies is variable and that the non-capitalist mode of production may be preserved to create a self-supporting source of labour. The contrasting theories are assessed in this thesis by determining the contribution different strategies made to Aboriginal subsistence. Historical evidence is used to assess each strategy. The main source of information is from Alexander Berry's Shoalhaven estate, where Aboriginal people lived from settlement in 1822 until they were moved to a reserve in the early 1900s. The analysis suggests that contrary to previous research, Aboriginal people gained the majority of their subsistence from fishing, hunting and gathering until 1860. Strategies that depended on the colonial economy such as farm work, trading, living with settlers and stealing made only minor contributions to Aboriginal subsistence. After 1860, European land use intensified and Aboriginal people were further alienated from the land. The contribution of hunting and gathering contracted as a result. Dependency on government assistance increased, particularly after the foundation of the Aborigines Protection Board in 1882. Fishing remained an important source of food and cash. Maritime resources were not commercially exploited to a significant extent until the closing years of the 19th century when Aboriginal people were provided with boats and nets to assist their efforts. The historical evidence demonstrates that articulation theory offers a more realistic approach than does dependency theory when analysing the intersection of colonial and indigenous economies. This is because articulation theory can predict variable outcomes. The variable outcome suggested by the Shoalhaven and Illawarra data are that hunting, gathering and fishing economies have the resilience to withstand the colonial encounter if sufficient resources are made available.

L'objectif a été d'évaluer à l'aide de techniques de phylogénie moléculaire la diversité bactérienne non cultivable dans la neige du Mont Blanc (MtBl) contenant de la poussière saharienne déposée au cours de quatre événements pendant la période 2006-2009. La diversité bactérienne a été évaluée par digestion enzymatique d'ADN et le séquençage partiel de la région V3-V5 du gène et des séquences complètes d'ARNr 16S. Nous avons étudié : (i) de la neige (MtBl) ne contenant aucune poussière saharienne (par ADNr et ARNr) ; (ii) du sable du Sahara (Tunisie) ; (iii) des poussières sahariennes collectées à Grenoble (200 m ASL) et de la neige récupérée au MtBl (4250 m ASL). Le contenu en espèces et en phylotypes dominants a varié dans la neige du MtBl associée aux quatre dépôts de poussière saharienne sur 3 années. Les phylotypes dominants appartiennent aux classes des Actinobacteria, Proteobacteria, Firmicutes, Deinococcus-Thermus, Bacteroidetes et les Cyanobactéria. Cette variabilité semble être davantage causée par les conditions de transport de la poussière. Quinze phylotypes ont été reconnus comme candidats pour colonisation de la neige. Les représentants des genres Massilia, Tumebacillus, Phormidium et Stigonema sont les candidats les plus probables pour la propagation dans la neige. Parmi tous les phylotypes identifiés, 10% ont été classés comme HA-phylotypes basés sur leur similitude (≥98%) avec les représentants du microbiome humain et 11% ont montré moins de 90% de similarité avec les taxons connus. Le séquençage partiel (V3-V5) et complet des gènes codant l'ARNr 16S a permis de décrire la diversité microbienne plus complète et d'en obtenir une image plus détaillée.

Depuis les années 1860 en Nouvelle-Calédonie, de nombreux textes évoquent les activités de la mine, son organisation, sa structure de commandement, la vie des mineurs et autres activités liées à la mine, les conflits entre les catégories sociales. L'attention se porte notamment sur Jules Garnier et son récit de voyage, sur les nouvelles de Baudoux et sa " Chanson des cobaleurs ", en passant par les romans et nouvelles de Mariotti, Quel langage spécifique est recrée par les textes littéraires ? Comment rendent-ils compte du véritable argot minier qui a existé et existe peut-être encore ? Ils témoignent surtout d'une partie de l'imaginaire de la mine développé en Nouvelle-Calédonie : celui qui s'est élaboré à travers le prisme changeant de l'idéologie coloniale de 1853 à 1953, c'est-à-dire, avec le souci d'écrire une " légende ", ou une "épopée " et de participer à la grandeur de l'empire colonial français. C'est, en effet, pendant cette période que la plupart des termes et des représentations -- notamment celles du pionnier -- qui servent encore à évoquer l'exploitation minière, ont été crées par les auteurs qui ont occupé l'espace littéraire de la Nouvelle-Calédonie. Pour traiter des représentations d'une notion ou d'une réalité dans un texte appartenant à la littérature, il a été nécessaire d'aborder le texte comme une construction. En effet, même les témoignages qui semblent marqués de la plus pure authenticité sont d'abord des faits de discours qu'il faut démonter, dont on décrit les relations dans un modèle qui est toujours dynamique. De même, les évolutions dans les représentations suivent ou anticipent les mutations historiques avec une temporalité qui propre à la vie imaginaire et symbolique des collectivités humaines.

Cette thèse est consacrée à l'étude des pratiques des services de police active (police judiciaire, renseignements généraux, sécurité urbaine) à l'égard des " Français musulmans d'Algérie " émigrés en région parisienne entre 1944 et 1962. Ce gouvernement policier est analysé comme une modalité de l'inscription métropolitaine de la " situation coloniale ". Le répertoire d'action policier est étudié en regard de l'histoire des polices métropolitaines et des dispositifs appliqués à d'autres groupes de " citoyens diminués " (vagabonds, prostituées, homosexuels). Les matériaux analysés (archives de la Préfecture de police et de la Sûreté nationale, manuels de police, publications syndicales, enquêtes orales auprès de policiers retraités...) visent à rendre compte des techniques ordinaires des métiers de police et d'une " culture institutionnelle " appréhendées au travers d'une socialisation, de représentations et de pratiques partagées par les agents. La diversité des grades, des métiers et des services est replacée dans leurs relations de concurrence et de complémentarité, afin d'appréhender l'action des polices de cette époque. Les rapports et les confrontations de genre entre un groupe professionnel exclusivement composé d'hommes, garants des rapports sociaux de sexe, et des migrants, le plus souvent venus sans femme, font l'objet d'une attention particulière. La périodisation choisie et l'attention aux routines ou pratiques ordinaires favorisent la compréhension d'événements " hors norme ", tel le massacre du 17 octobre 1961. Celui-ci est intégré à l'histoire des dispositifs policiers (rafles, internement administratif...), à une sociologie des relations entre administrations policières et pouvoirs politiques et à l'étude des reconfigurations impériales intervenues au moment des décolonisations.

Notre thèse porte sur l'étude de la colonisation pénale de la Guyane française par des relégués internés au bagne colonial de Saint-Jean-du-Maroni. La loi sur la relégation des récidivistes votée le 27 mai 1885 entraîne l'exil à perpétuité au sein d'une colonie de délinquants et de criminels récidivistes. De 1887 à 1953, la Guyane va ainsi recevoir plus de 17 000 condamnés destinés à devenir des colons et à s'intégrer au tissus économique et social de la colonie. Les cibles de cette loi sont essentiellement des délinquants récidivistes condamnés pour des délits de vol simple, d'escroquerie et de vagabondage et leur "élimination sociale" repose sur une mécanique unique dans l'histoire du droit pénal français. La relégation aménage en effet une "présomption irréfragable d'incorrigibilité" qui repose sur un quantum, c'est-à-dire sur un nombre de peines qui, si elles sont toutes inscrites au casier judiciaire d'un condamné récidiviste, entraînent le prononcé obligatoire pour le magistrat de la peine de la relégation. Cette loi détermine ainsi un seuil positif qui consacre l'existence de criminels et de délinquants dits incorrigibles. Notre travail repose donc d'une part sur l'analyse de la construction de la catégorie pénale de criminels incorrigibles que la relégation vient consacrer en droit à partir de 1885 et s'articule d'autre part sur les modalités d'application de cette mesure sur le sol de la métropole puis sur celui de la colonie. Le processus d'élaboration de la relégation s'effectue au sein d'une configuration politique qui conduit les législateurs à subir de multiples pressions et à tenir compte des conclusions dégagées par un grand nombre d'acteurs extérieurs à la sphère parlementaire. L'origine de cette loi est ainsi fortement conditionnée par des experts du crime et des peines, par des magistrats et par des statisticiens qui vont construire dans leurs domaines d'activité respectifs une représentation de la criminalité qui repose sur une distinction fondamentale à partir de la seconde moitié du XIXe siècle : le partage entre criminels d'accident ou d'occasion et criminels d'habitude ou incorrigibles. Ces derniers correspondent à tous ceux que la pénalité classique, c'est-à-dire l'emprisonnement, ne parvient plus à "corriger" et les multiples récidives dont ils sont coupables manifestent aux yeux des législateurs leur dangerosité avérée. Dans ce schéma, la relégation permet de garantir à la métropole sa sécurité en les exilant hors d'elle et permet d'espérer leur relèvement grâce à un changement de "milieu" salvateur. Mais la relégation, en étiquetant comme incorrigibles tous les condamnés qu'elle atteint, ne manque pas de les signaler comme tels sur le sol de la colonie. Le stigmate de l'incorrigibilité poursuit ainsi les relégués en Guyane et, partagé par les acteurs en charge de les condamner en métropole, il est également partagé en Guyane par les acteurs en charge de faciliter et d'organiser leur réinsertion. Loin de faciliter leur installation sur place, la relégation s'apparente ainsi à une condamnation aux travaux forcés et les relégués demeurent une main-d'œuvre essentiellement employée aux besoins d'un bagne colonial.

Using case studies from Australia, Sweden and Finland, and also drawing on examples from parts of Asia, including Papua New Guinea, Indonesia, and Thailand, the thesis explores how state and market actors respond to Indigenous claims and how Indigenous claims are themselves reconstituted through those particular responses. While the duty of protecting Indigenous rights might nominally fall upon the state, we are increasingly witness to the enfolding of market actors and market rationalities in debates concerning Indigenous claims. The research contained in the thesis highlights how a practice of 'passing the buck', or passing of responsibility onto others, is constituted through both market and government relations whereby responsibility for addressing Indigenous claims is shifted from states to corporations, from corporations to states, and from states back to Indigenous peoples themselves. The thesis consists of four articles. Article 1, titled 'Obliging Indigenous Citizens: Shared Responsibility Agreements in Australian Aboriginal Communities' provides a critique of the governmental provision of services to remote Australian Aboriginal communities through quasi-market arrangements. Article 2, titled 'Corporate Social Responsibility, Supply-chains and Saami Claims: Tracing the Political in the Finnish Forestry Industry' explores conflicts over state logging in Saami territories and the construction of the state/market divide in CSR debates over the rights of Indigenous peoples. Article 3, titled 'NGO Campaigns and Banks: Constituting Risk and Uncertainty' studies the negotiated and contested boundaries of markets through debates over the governance of social and environmental risks in the investment banking sector. Article 4, titled 'The Last Frontier? Windpower developments on traditional Saami lands' considers how colonial rationalities constituting the state-Saami relationship are reproduced in new debates over windpower developments in Saami mountain areas. / <p>At the time of the doctoral defense, the following papers were unpublished and had a status as follows: Paper 4: In progress.</p>

The dynamics of a plant-pathogen interaction vary both within and among species. Both spatial structuring and specific genetic and life-history characteristics will affect the interaction and the outcome of a potential co-evolution between the two organisms. In this thesis I have studied the interaction between the wild perennial herb Silene dioica and its automictic, obligate anther smut Microbotryum violaceum MvSd. From the plant perspective, I have examined different aspects of biochemical resistance in S. dioica to M. violaceum MvSd. From the pathogen perspective, I have focused on the breeding system of M. violaceum MvSd and its connection to fitness and distribution of genetic diversity. I have used varying methods; glasshouse trails involving inoculation of plants with the pathogen, classical Mendelian analysis involving controlled crosses between plants, microscopic studies of spores and molecular DNA-analysis. With the results I demonstrate that resistance to M. violaceum MvSd in S. dioica can be specific to the attacking pathogen strain and also spatially highly diverse both within and among populations within a metapopulation. Together, these factors are likely to delay the establishment of the disease within host populations and reduce the spread and amount of disease, once it has been established. The results also suggest that the specific resistance expressed against two different M. violaceum MvSd strains were determined by separate gene systems and that, in both cases, the resistance was simply inherited. This implies a potential for relatively rapid response to M. violaceum-induced selection in S. dioica populations variable for resistance. My results also show that automixis clearly is the predominating breeding system of M. violaceum MvSd, similarly to what earlier has been shown for M. violaceum MvSl. Furthermore, I found lower levels of neutral genetic diversity in M. violaceum MvSd in the northern parts of Sweden, compared to what has been found in populations in more southern Europe. This result is consistent with predictions that populations in the outer regions of a species distribution have lower levels of genetic variation. Moreover, populations were highly differentiated in northern Sweden, which could have been generated by high selfing rates, genetic drift and high population turnover rates, all factors that coincide with life-history and ecology of M. violaceum MvSd. However, despite the general low variability in neutral genetic markers, I did find variation in fitness related traits, both within and among populations, as well as differences in infection ability between strains, suggesting there is a potential for co-evolution between S. dioica and M. violaceum MvSd in the area. To summarize, this thesis reflect a plant-pathogen system that is highly influenced by constant colonisation-extinction dynamics, which is likely to have influenced both the genetics of resistance in the plant and the breeding system of the pathogen and thus also the interaction between the two organisms.