Objetive: The aim of this study was to evaluate the antibacterial effectiveness of chlorhexidine gluconate (0.12 %) ,quaternary ammonium (10%) and distilled water for the biofilm treatment of the irrigation system of dental units measured at day 0 (first day), third and seventh day. Materials and methods: Dental units were divided according the application of the substance (chlorhexidine gluconato, quaternary ammonium and distilled water) and the measurement was made before application of the counting colony-forming units per milliliter (CFU/ml) (day 0) and after application of substances in two times (third and seventh day). The measurement consisted of taking water samples from the triple syringe of 40 dental units from the “Clínica Docente UPC”, then the samples were cultivated on MacConkey agar and after 24 hours of incubation CFU/ml were count. The kruskal-wallis test was used to find and analyzed the results. Results: The chlorhexidine gluconate group had an average of 1.94x106CFU/ml 0 day 0.03x106CFU/ml at day three and 0.001x106CFU/ml at day seven, the quaternary ammonium group had an average of 1.13x106CFU/ml at day 0, 0.01x106CFU/ml at day three and 611.11CFU/ml at day seven and the distilled water group had average 1.86x106CFU/ml at day 0, 1.89x106CFU/ml at day three and 1.65x106CFU/ml at day seven of application. Statistically significant differences were found. Conclusion: The quaternary ammonium had a greater antibacterial effect than chlorhexidine and distilled water. This products can be an alternative to control bacterial levels in dental units. / Objetivo: evaluar la efectividad antibacteriana del gluconato de clorhexidina al 0.12%, el amonio cuaternario al 10% y agua destilada como tratamiento del biofilm sobre el sistema de irrigación de las unidades dentales al día cero, tres y siete. Materiales y métodos: se dividieron las unidades dentales según la aplicación de la sustancia (gluconato de clorhexidina, amonio cuaternario y agua destilada), y se realizó la medición de unidades formadoras de colonia por mililitro (UFC/ml) antes de la aplicación (día cero), y al día tres y siete luego de la aplicación de las sustancias. La medición consistió en tomar muestras de agua de la jeringa triple de 40 unidades dentales de la Clínica Docente UPC, las cuales se sembraron en agar McConkey y se realizó el conteo a las 24 horas. Los datos fueron analizados con la prueba de Kruskal-Wallis. Resultados: el grupo de gluconato de clorhexidina tuvo como media 1.94x106UFC/ml en el día cero, 0.03x106UFC/ml al día tres y 0.001x106UFC/ml al día siete; el grupo de amonio cuaternario tuvo como media 1.13x106UFC/ml al día cero, 0.01x106UFC/ml al día tres y 611.11UFC/ml al día siete y el grupo de agua destilada tuvo como media 1.86x106UFC/ml al día cero, 1.89x106UFC/ml al día tres y 1.65x106UFC/ml al día siete de aplicación. Se encontraron diferencias estadísticamente significativas al comparar la efectividad con un p de 0.026, 0.005 y 0.005 para el día cero, tres y siete respectivamente. Conclusión: el amonio cuaternario tuvo mayor efecto que la clorhexidina y el agua destilada y puede ser una alternativa para controlar el nivel bacteriano en el sistema de irrigación de las unidades dentales.