Compreender a fisiologia reprodutiva de Aedes aegypti, vetor primário do vírus dengue, é uma etapa básica para o desenvolvimento de novos métodos de controle. Baseado nesta premissa, estudos de expressão gênica durante o ciclo gonotrófico de Aedes aegypti foram realizados neste trabalho e foram identificados 3 genes com expressão elevada nos ovários na fase de término do período vitelogênico, 48 horas após o repasto. Interessantemente, foi mostrado que o gene AAEL01714, anotado in silico como codificante para uma proteína ligadora de odor atípica OBP45 (ZHOU et al., 2008), é transcrito nas células foliculares que envolvem os oócitos. A caracterização da sequência completa do cDNA de AAEL010714 levou a identificação de uma fase aberta de leitura (ORF) codificante para uma proteína putativa, que foi nomeada como OBP45B atípica. Experimentos de Western blot evidenciaram que esta proteína é sintetizada nos ovários. Este estudo descreve a primeira caracterização molecular de um gene de Aedes aegypti que codifica para uma OBP atípica, expressa em ovários. / Understanding the reproductive physiology of Aedes aegypti, the primary vector of dengue virus, is a basic step to develop new control methods. Based on this premise, studies on gene expression during Aedes aegypti gonotrophic cycle were performed and we found 3 genes with high expression in ovaries at the end phase of the vitellogenic period, 48 hours after blood meal. Interestingly, it was shown that the gene AAEL01714, in silico annotated as encoding for atypical odorant binding protein OBP45 (ZHOU et al., 2008), is transcribed in the follicle cells surrounding the oocyte. Characterization of AAEL010714 full length cDNA led us to identify an open reading frame (ORF) which encodes for a protein named as atypical OBP45B. Western blot experiments showed that this protein is synthesized in the ovaries. This study describes the first molecular characterization of an Aedes aegypti gene encoding for an atypical OBP that is expressed in ovaries.

<p>This thesis deals with evolutionary relationships within the asterids, a group of plants comprising about one-third of all flowering plants.</p><p>Two new families are recognised: Pennantiaceae and Stemonuraceae. The woody <i>Pennantia</i> from New Zealand and Australia is the sole genus of Pennantiaceae. Stemonuraceae consist of a dozen woody genera with a pantropical distribution and a centre of diversity in South East Asia and the Malesian islands. They are characterised by long hairs on their stamens and/or fleshy appendages on their fruits. Both families were formerly included in Icacinaceae. While Pennantiaceae are unrelated to any of the former Icacinaceae and placed in the order Apiales, other former Icacinaceae genera are related to <i>Cardiopteris</i>, a twining herb from South East Asia and Malesia. The monogeneric family Cardiopteridaceae is enlarged as to include also these. Cardiopteridaceae and Stemonuraceae are sister groups and placed in Aquifoliales. The three other families of Aquifoliales are monogeneric and closely related. The Asian Helwingiaceae and the Central/South American Phyllonomaceae are suggested to be merged into Aquifoliaceae (hollies). The genera of Icacinaceae in the traditional sense not placed in any of the above families (all euasterids II) are members of early diverging lineages of the euasterids I and possibly included in the order Garryales.</p><p>The three woody Australasian families Alseuosmiaceae, Argophyllaceae, and Phellinaceae are confirmed as members of Asterales, despite traditional placements not close to that order. They are, moreover, supported as each other’s closest relatives.</p><p>The results are based mainly on parsimony analysis of DNA sequence data, but morphological studies have revealed characters in support for the molecularly based conclusions. The gene that has provided most new information is the chloroplast <i>ndh</i>F gene. The results are, however, drawn from combined analyses of sequences from one or several additional genes (<i>atp</i>B, <i>mat</i>K, <i>rbc</i>L, <i>18S</i> rDNA). The data have also been explored with Bayesian analysis, a statistical, model-based method that most recently has been developed for phylogeny reconstruction.</p>

This thesis deals with evolutionary relationships within the asterids, a group of plants comprising about one-third of all flowering plants. Two new families are recognised: Pennantiaceae and Stemonuraceae. The woody Pennantia from New Zealand and Australia is the sole genus of Pennantiaceae. Stemonuraceae consist of a dozen woody genera with a pantropical distribution and a centre of diversity in South East Asia and the Malesian islands. They are characterised by long hairs on their stamens and/or fleshy appendages on their fruits. Both families were formerly included in Icacinaceae. While Pennantiaceae are unrelated to any of the former Icacinaceae and placed in the order Apiales, other former Icacinaceae genera are related to Cardiopteris, a twining herb from South East Asia and Malesia. The monogeneric family Cardiopteridaceae is enlarged as to include also these. Cardiopteridaceae and Stemonuraceae are sister groups and placed in Aquifoliales. The three other families of Aquifoliales are monogeneric and closely related. The Asian Helwingiaceae and the Central/South American Phyllonomaceae are suggested to be merged into Aquifoliaceae (hollies). The genera of Icacinaceae in the traditional sense not placed in any of the above families (all euasterids II) are members of early diverging lineages of the euasterids I and possibly included in the order Garryales. The three woody Australasian families Alseuosmiaceae, Argophyllaceae, and Phellinaceae are confirmed as members of Asterales, despite traditional placements not close to that order. They are, moreover, supported as each other’s closest relatives. The results are based mainly on parsimony analysis of DNA sequence data, but morphological studies have revealed characters in support for the molecularly based conclusions. The gene that has provided most new information is the chloroplast ndhF gene. The results are, however, drawn from combined analyses of sequences from one or several additional genes (atpB, matK, rbcL, 18S rDNA). The data have also been explored with Bayesian analysis, a statistical, model-based method that most recently has been developed for phylogeny reconstruction.

Bancos de dados biológicos utilizados para comparação e alinhamento local de sequências tem crescido de forma exponencial. Isso popularizou programas que realizam buscas nesses bancos. As implementações dos algoritmos de alinhamento de sequências Smith- Waterman e distância Levenshtein demonstraram ser computacionalmente intensivas e, portanto, propícias para aceleração em hardware. Este trabalho descreve arquiteturas em hardware dedicado prototipadas para FPGA e ASIC para acelerar os algoritmos Smith- Waterman e distância Levenshtein mantendo os mesmos resultados obtidos por softwares. Descrevemos uma nova e eficiente unidade de processamento para o cálculo do Smith- Waterman utilizando affine gap. Também projetamos uma arquitetura que permite particionar as sequências de entrada para a distância Levenshtein em um array sistólico de tamanho fixo. Nossa implementação em FPGA para o Smith-Waterman acelera de 275 a 494 vezes o algoritmo em relação a um computador com processador de propósito geral. Ainda é 52 a 113% mais rápida em relação, segundo nosso conhecimento, as mais rápidas arquiteturas recentemente publicadas. / Bioinformatics databases used for sequence comparison and local sequence alignment are growing exponentially. This has popularized programs that carry out database searches. Current implementations of sequence alignment methods based on Smith- Waterman and Levenshtein distance have proven to be computationally intensive and, hence, amenable for hardware acceleration. This Msc. Thesis describes an FPGA and ASIC based hardware implementation designed to accelerate the Smith-Waterman and Levenshtein distance maintaining the same results yielded by general softwares. We describe an new efficient Smith-Waterman affine gap process element and a new architecture to partitioning and maping the Levenshtein distance into fixed size systolic arrays. Our FPGA Smith-Waterman implementation delivers 275 to 494-fold speed-up over a standard desktop computer and is also about 52 to 113% faster, to the best of our knowledge, than the fastest implementation in a most recent family of accelerators.

Bancos de dados biológicos utilizados para comparação e alinhamento local de sequências tem crescido de forma exponencial. Isso popularizou programas que realizam buscas nesses bancos. As implementações dos algoritmos de alinhamento de sequências Smith- Waterman e distância Levenshtein demonstraram ser computacionalmente intensivas e, portanto, propícias para aceleração em hardware. Este trabalho descreve arquiteturas em hardware dedicado prototipadas para FPGA e ASIC para acelerar os algoritmos Smith- Waterman e distância Levenshtein mantendo os mesmos resultados obtidos por softwares. Descrevemos uma nova e eficiente unidade de processamento para o cálculo do Smith- Waterman utilizando affine gap. Também projetamos uma arquitetura que permite particionar as sequências de entrada para a distância Levenshtein em um array sistólico de tamanho fixo. Nossa implementação em FPGA para o Smith-Waterman acelera de 275 a 494 vezes o algoritmo em relação a um computador com processador de propósito geral. Ainda é 52 a 113% mais rápida em relação, segundo nosso conhecimento, as mais rápidas arquiteturas recentemente publicadas. / Bioinformatics databases used for sequence comparison and local sequence alignment are growing exponentially. This has popularized programs that carry out database searches. Current implementations of sequence alignment methods based on Smith- Waterman and Levenshtein distance have proven to be computationally intensive and, hence, amenable for hardware acceleration. This Msc. Thesis describes an FPGA and ASIC based hardware implementation designed to accelerate the Smith-Waterman and Levenshtein distance maintaining the same results yielded by general softwares. We describe an new efficient Smith-Waterman affine gap process element and a new architecture to partitioning and maping the Levenshtein distance into fixed size systolic arrays. Our FPGA Smith-Waterman implementation delivers 275 to 494-fold speed-up over a standard desktop computer and is also about 52 to 113% faster, to the best of our knowledge, than the fastest implementation in a most recent family of accelerators.

Bancos de dados biológicos utilizados para comparação e alinhamento local de sequências tem crescido de forma exponencial. Isso popularizou programas que realizam buscas nesses bancos. As implementações dos algoritmos de alinhamento de sequências Smith- Waterman e distância Levenshtein demonstraram ser computacionalmente intensivas e, portanto, propícias para aceleração em hardware. Este trabalho descreve arquiteturas em hardware dedicado prototipadas para FPGA e ASIC para acelerar os algoritmos Smith- Waterman e distância Levenshtein mantendo os mesmos resultados obtidos por softwares. Descrevemos uma nova e eficiente unidade de processamento para o cálculo do Smith- Waterman utilizando affine gap. Também projetamos uma arquitetura que permite particionar as sequências de entrada para a distância Levenshtein em um array sistólico de tamanho fixo. Nossa implementação em FPGA para o Smith-Waterman acelera de 275 a 494 vezes o algoritmo em relação a um computador com processador de propósito geral. Ainda é 52 a 113% mais rápida em relação, segundo nosso conhecimento, as mais rápidas arquiteturas recentemente publicadas. / Bioinformatics databases used for sequence comparison and local sequence alignment are growing exponentially. This has popularized programs that carry out database searches. Current implementations of sequence alignment methods based on Smith- Waterman and Levenshtein distance have proven to be computationally intensive and, hence, amenable for hardware acceleration. This Msc. Thesis describes an FPGA and ASIC based hardware implementation designed to accelerate the Smith-Waterman and Levenshtein distance maintaining the same results yielded by general softwares. We describe an new efficient Smith-Waterman affine gap process element and a new architecture to partitioning and maping the Levenshtein distance into fixed size systolic arrays. Our FPGA Smith-Waterman implementation delivers 275 to 494-fold speed-up over a standard desktop computer and is also about 52 to 113% faster, to the best of our knowledge, than the fastest implementation in a most recent family of accelerators.

Orientadores: Reginaldo Palazzo Junior, Marcio de Castro Silva Filho / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Engenharia Eletrica e de Computação / Made available in DSpace on 2018-08-15T16:43:49Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Rocha_AndreaSantosLeiteda_D.pdf: 5117477 bytes, checksum: e8f0c742c67382cad01387d3e62f6705 (MD5) Previous issue date: 2010 / Resumo: Um dos desafios em biologia matemática e mostrar a existência de qualquer forma de códigos corretores de erros na estrutura do DNA. Usando os conceitos da teoria de comunicação, propomos um modelo para o sistema de codificacao e decodificaçao do mecanismo de importaçao de proteínas mitocondriais similar a um sistema de comunicacoes digital. Este modelo consiste de um mapeador responsável por transformar os nucleotídeos (A, C, G, T) no alfabeto (0,1, 2, 3) usado pelo codigo sobre a estrutura de anel; um codificador (cádigo BCH); e um modulador (codigo genetico, tRNA e rRNA). O processo de decodificaçao baseia-se em uma analogia entre o processo de decodificacão do algoritmo Berlekamp-Massey para aneis e o complexo TOM (complexo ancorado na membrana externa da mitocondria responsavel por auxiliar na importacçãao das proteínas precursoras). Neste processo temos um demodulador (proteínas Tom 70 e Tom20), um decodificador (o complexo GIP - poro geral de inserção) e o receptor (subcompartimento mitocondrial). Neste trabalho mostramos que as sequencias de DNA (sequencias de direcionamento) são identificadas como palavras-codigo de um código G-linear sobre a extensão de um anel de Galois. Além disso, essas sequências de DNA e suas fitas complementares estão relacionadas matematicamente através dos polinómios primitivos e seus polinómios recíprocos, respectivamente. Um estudo filogenético sugere que a proteína malato desidrogenase da Arabidopsis thaliana encontrada no banco de dados NCBI e uma sequência derivada da proteína malato desidrogenase reproduzida pelo cídigo corretor de erros. Este modelo também reproduz com notível precisão os parâmetros cinéticos baseados em substituicões de aminoíacidos em oligopeptídeos sintéticos. Apresentamos, pela primeira vez, a existência de códigos corretores de erros associados com as sequências de DNA, os quais sugerem fortemente a existência de códigos concatenados no genoma. Os resultados apresentados neste trabalho contribuem para o desenvolvimento de um procedimento sistemático que podera ser empregado em analises de mutacães/polimorfismos com aplicações na engenharia geníetica. / Abstract: One of the puzzling problems in mathematical biology is to show the existence of any form of error-correcting code in the DNA structure. Using information theory considerations we propose a model for the biological coding system similar to that of a digital communication system. This model consists of a mapper (transformations from the set of nucleotides either to the set (0, 1, 2, 3) ring; an encoder (BCH code); and a modulator (genetic code, tRNA and rRNA). The decoding process is based on the Modified Berlekamp-Massey algothm in an analogy with the TOM complex (translocase of the mitochondrial outer membrane). In this process we have a demodulator (Tom 70 and Tom 20 proteins), a decoder (GIP complex) and the receiver (mitochondrion). In this work we show that DNA sequences (targeting sequences) are identified as codewords of a G-linear code over Galois ring extensions. In addition, these DNA sequences and their complementary strands are mathematically related to the primitive polynomials and their reciprocal polynomials, respectively. A phylogenetic study suggest that the MDH protein, Arabidopsis thaliana, found in the NCBI databank is a derived sequence of the MDH protein reproduced by the error correcting code. This model also reproduces with remarkable accuracy kinetic parameters based on amino acid substitutions on synthetic oligopeptides. We show, for the first time, the existence of error-correcting codes associated with DNA sequences, which strongly infer on the existence of nested codes within the genome. The results presented in this work contribute to the development of a systematic procedure which may be employed in the mutations/polymorphisms analysis with applications in genetic engineering. / Doutorado / Telecomunicações e Telemática / Doutor em Engenharia Elétrica

O vírus do mosaico amarelo da abobrinha (Zucchini yellow mosaic virus - ZYMV) é provavelmente um dos mais dinâmicos e prejudiciais vírus emergentes de plantas. Desde sua primeira detecção na Itália e na França em 1973 e 1979, respectivamente, o ZYMV tem sido reportado em mais de 50 países variando de condições climáticas tropicais a temperadas em todos os continentes, exceto na Antártida. No Brasil esse potyvirus foi constatado primeiramente nos Estados de São Paulo e Santa Catarina, no início da década de 90 e posteriormente nos Estados do Ceará, da Bahia, do Rio Grande do Norte, do Pará, do Mato Grosso do Sul e do Maranhão. É provável que atualmente ocorra em todos os estados brasileiros onde se cultivam cucurbitáceas. Embora ocorra no Brasil há mais de 20 anos, pouco se conhece sobre as características biológicas, sorológicas e moleculares dos isolados até então encontrados no país. Esse projeto de pesquisa teve por objetivo cobrir parcialmente essa lacuna para fornecer subsídios para programas de melhoramento genético. Foram utilizados 11 isolados coletados em diversos estados brasileiros. A caracterização biológica consistiu no estudo da reação de diversas espécies vegetais inoculadas mecanicamente. A caracterização sorológico consistiu na marcação da proteína capsidial dos isolados com o antissoro policlonal contra o vírus. A caracterização molecular foi feita por meio da análise das sequências de nucleotídeos e aminoácidos deduzidos do gene da proteína capsidial dos isolados. A reação das espécies variou de acordo com o isolado inoculado. Análises de RFLP mostraram que a enzima de restrição Hpa II permitiu diferenciar o isolado fraco ZYMV-M da maioria dos isolados severos. O peso molecular da proteína capsidial dos isolados analisados foi em torno de 36 KDa, típico da proteína capsidial desse potyvirus. A identidade de nucleotídeos do gene da proteína capsidial entre os isolados brasileiros do ZYMV variou de 93% a 100% e a de aminoácidos deduzidos variou de 97% a 100%. Comparados com as sequências correspondentes de isolados do ZYMV de diferentes origens geográficas a identidade de nucleotídeos variou de 82% a 99%, enquanto a de aminoácidos deduzidos ficou entre 87% e 99%. Na árvore filogenética os isolados brasileiros do ZYMV pertencem ao grupo A, subdivisões I ou II, indicando uma variação entre os isolados. Nenhum evento de recombinação foi detectado nos isolados brasileiros. / Zucchini yellow mosaic virus (ZYMV) is probably one of the most dynamics and economically important emerging plant viruses. Since it was first report in Italy and France in 1973 and 1979, respectively, ZYMV has been found in over than 50 countries ranging from tropical to temperate climate conditions in all continents, except in Antartida. In Brazil this potyvirus was first reported in the beginning of 90´s in São Paulo and Santa Catarina States, and then in Ceará, Bahia, Rio Grande do Norte, Pará, Mato Grosso do Sul and Maranhão states. Probably it occurs in all Brazilian states which grow cucurbit species. Although ZYMV occurs in Brazil for more than 20 years, there is little information about the biological, serological and molecular characteristics for the isolates found in the country. The purpose of this work was to cover partially this gap to provide subsidies for genetic breeding programs. Eleven isolates collected in several Brazilian states were used. The biological characterization consisted in the study of the reaction of several vegetal species mechanically inoculated with the virus. The serological characterization consisted in the identification of the molecular weight of the coat protein through western blot analysis. The molecular characterization was done by the analyses of nucleotides and deduced amino acids sequences for the coat protein gene. The host reaction showed slight variation according to the virus. RFLP analyses showed that restriction enzyme HpaII allowed differentiate the mild ZYMV-M isolate from the majority of severe isolates. The coat protein molecular weight for all studied isolates was about 36 KDa, typical of the coat protein of this potyvirus. The nucleotide identity of the coat protein gene among the ZYMV Brazilian isolates ranged from 93% to 100%, and the deduced amino acids sequences ranged from 97% to 100%. Compared to corresponding sequences of ZYMV isolates from different geographical locations the nucleotide sequences identity ranged from 82% to 99%, while the deduced amino acids sequences ranged from 87% to 99%. Phylogenetic analysis place the Brazilian isolates of ZYMV into the group A, subdivision I or II, showing some diversity between the isolates. No recombination event was detected in the Brazilian isolates.

Submitted by Renata Lopes (renatasil82@gmail.com) on 2016-06-30T20:05:29Z No. of bitstreams: 1 thaisaparecidavieirareis.pdf: 1630302 bytes, checksum: d9e1d09066119dbc3c4a339f7ccc6564 (MD5) / Approved for entry into archive by Adriana Oliveira (adriana.oliveira@ufjf.edu.br) on 2016-07-13T15:59:16Z (GMT) No. of bitstreams: 1 thaisaparecidavieirareis.pdf: 1630302 bytes, checksum: d9e1d09066119dbc3c4a339f7ccc6564 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-07-13T15:59:16Z (GMT). No. of bitstreams: 1 thaisaparecidavieirareis.pdf: 1630302 bytes, checksum: d9e1d09066119dbc3c4a339f7ccc6564 (MD5) Previous issue date: 2012-06-29 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / FAPEMIG - Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais / A doença diarréica aguda (DDA) é, ainda hoje, uma das principais causas de morbidade e mortalidade infantil, nos países em desenvolvimento. Na diarreia aguda não bacteriana, os adenovírus entéricos constituem um dos importantes agentes etiológicos da doença. Os adenovírus humanos (HAdV) pertencem à família Adenoviridae e ao gênero Mastadenovirus, cujos membros estão classificados em 7 espécies (A-G) e 54 sorotipos. Dentre estes, os sorotipos 40 e 41, ambos da espécie F, são os mais comumente associados com a DDA. Considerando-se, então, a importância da DDA em países em desenvolvimento, o grande número de casos que não são esclarecidos e o pouco conhecimento sobre a infecção e a participação dos HAdV na gênese da DDA, em Juiz de Fora, Minas Gerais, foi realizado o presente estudo. Entre janeiro de 2007 e dezembro de 2010, foram analisados 395 espécimes fecais diarréicos, provenientes de indivíduos de várias idades, atendidos em serviços ambulatoriais e hospitalizados. A presença dos HAdV foi detectada pela reação de PCR , utilizando-se os iniciadores específicos e a caracterização molecular das amostras positivas foi feita pelo seqüenciamento e análise filogenética das sequências parciais do gene do Hexon. Para as análises estatísticas, foi utilizado o programa SPSS versão 13.0, tendo se adotado um valor de significância como p<0,05. A prevalência da infecção por HAdV, no período 2007-2010, foi de 10,9% (43/395). Os resultados mostraram que não houve correlação significante entre a procedência da amostra (ambulatorial X hospitalar) e a ocorrência da infecção (p=0,152), o mesmo tendo sido observado em relação ao gênero do indivíduo infectado (p=0,393). Por outro lado, a maioria dos casos positivos foi detectada em crianças de até 24 meses de idade, mostrando uma correlação estatisticamente significante entre a idade dos indivíduos infectados e a ocorrência da infecção (p=0,007). Na maioria dos casos de infecção pelo HAdV (36/43), este foi o único agente viral detectado, no entanto, foram observados casos de coinfecção HAdV/Rotavirus (5/43) e HAdV/Norovirus (2/43). A análise filogenética das sequências parciais do gene do Hexon, de 35 amostras positivas, revelou que todas agruparam com amostras de HAdV da espécie F, sorotipo 41, confirmando assim, a associação de HAdV entéricos, nos casos estudados. Este levantamento epidemiológico revelou a presença e a circulação destes vírus na população de Juiz de Fora, no período avaliado, bem como sua importante participação na gênese da DDA, permitindo assim, esclarecer uma boa parte dos casos da doença, que normalmente ficaria sem definição etiológica. / Acute diarrheal disease (ADD) is still the major cause of child morbidity and mortality in developing countries. Among the non-bacterial diarrhea, enteric adenoviruses are one of the most important etiologic agents of disease. Human adenoviruses (HAdV) belongs to the Adenoviridae family and Mastadenovirus genus. The virus are classified into seven species (A-G) and 54 serotypes. Among them, serotypes 40 and 41, both of the species F, are the most commonly associated with ADD. Taking in consideration the importance of the DDA in developing countries, the large number of cases that don’t have the etiologic agent identified and the lack of knowledge about the participation of HAdV infection and the pathogenesis of ADD, we performed this study in Juiz de Fora, Minas Gerais. Between January of 2007 and December of 2010 395 diarrheal fecal specimens originating from individuals of various ages treated in ambulatory and hospitalized were analyzed. The presence of HAdV was detected by PCR, using specific primers, and molecular characterization of positive samples was performed by sequencing and phylogenetic analysis of partial sequences of the hexon gene. For statistical analyzes, we used SPSS version 13.0, adopting a value of p <0.05 as significant. The prevalence of infection by HAdV between 2007-2010 was 10.9% (43/395). The results showed no significant correlation between the origin of the sample (hospital X ambulatory) and the occurrence of infection (p = 0.152), and the same was observed in relation to gender of the infected person (P=0,393). Moreover, the majority of positive cases was detected in children under 24 months of age, showing a statistically significant correlation between the age of the infected individuals and the occurrence of infection (p=0,007). In most cases of infection HAdV (36/43), this was the only viral agent detected, however, cases of co-infection HAdV / Rotavirus (5/43) and HAdV /Norovirus (2/43) were identified. Phylogenetic analysis of partial sequences of the hexon gene from 35 positive samples revealed that all samples clustered with HAdV species F, serotypes 41, confirming the association of enteric HAdV in the cases of this study. This epidemiological survey revealed the presence and circulation of these viruses in the population of Juiz de Fora in the period studied, as well as its important role in the genesis of the DDA, our data identified a good number of cases of the disease, which normally remains unidentified.

Abstract In sympatric Drosophila species, songs produced by male wing vibration during courtship are an effective mechanism preventing interspecific matings and maintaining sexual isolation between different species. These songs can vary greatly even between closely related species. The aim of this study was to localise X chromosomal and autosomal genes affecting species differences in male courtship song and to study their interaction in the D. virilis group species. Various genes were probed by in situ hybridisation on the X chromosomes of six species of the group, which enabled us to use localised RFLP markers in QTL studies, as well as to compare gene arrangements of different species. Genetic analyses of differences between the songs of D. virilis and D. littoralis showed that species-specific song traits are affected both by X chromosomal and autosomal genes. The X chromosomal gene(s) having a major impact on pause and pulse length in male song were found to be located at the proximal region of the chromosome. Precise localisation of the song genes was, however, not possible due to multiple chromosome rearrangements restricting recombination between RFLP markers located on this area. The same problem was faced when studying hybrids between D. flavomontana and D. montana with less diverged X chromosomal gene arrangements. Interaction between the X chromosomal and autosomal song genes in determining male song traits was studied in four species belonging to the virilis and montana phylads of D. virilis group. The long pauses in courtship song were found to be mainly caused by X chromosomal song genes (or maternal / cytological factors), while pulse length was determined by X chromosomal genes interacting with autosomal genes. This confirms the important role of X chromosomal gene(s) in song evolution in the montana phylad species. The direction of dominance in hybrid songs suggests that the songs of the montana phylad species have been affected by directional selection favouring shorter pulses and longer pauses between sound pulses during their evolution. The levels and patterns of DNA polymorphism in an X-linked fused (fu) gene was studied in different D. montana populations. These studies revealed that D. montana populations are significantly but not completely isolated, and that a selective sweep at fu (or at a gene linked to fu) may be the reason for the reduced levels and patterns of variability of this gene in Finnish D. montana populations. The methods used in this study will be utilized to study variation in 'song genes' in the future.