Made available in DSpace on 2014-11-10T11:09:55Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-06-30Bitstream added on 2014-11-10T11:57:43Z : No. of bitstreams: 1 000790139.pdf: 2822695 bytes, checksum: 9777dea5ed40849ee6778f2f097212e3 (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / A elevada migração da população remanescente da zona rural para os grandes centros urbanos, nas últimas décadas, ocasionou uma maior produção de lixo, principalmente, os orgânicos de origem doméstica, alcançando os 55,5mi de toneladas em 2011. Considerando que aproximadamente 50% do lixo urbano no Brasil é composto de matéria orgânica, este poderia ser reaproveitado pelo processo de compostagem. A compostagem é a transformação do lixo orgânico em um produto relativamente estável e com baixa quantidade de matéria orgânica, que pode ser reaproveitado como adubo orgânico na agricultura ou como corretivo de solos degradados. Com base nessa problemática, foi proposto o presente trabalho cujo objetivo foi conhecer a microbiota fúngica das diferentes fases da compostagem, isola-los e reintroduzi-los no processo, buscando uma aceleração da biodegradação da matéria orgânica presente no lixo urbano, a fim de reduzir os custos de produção do composto orgânico, aumentar a aceitação da técnica como alternativa ambientalmente correta aos lixões à céu aberto e gerar uma diminuição na quantidade de resíduos encaminhada aos aterros sanitários. Em testes laboratoriais, o inóculo fúngico demonstrou melhorar o processo de compostagem, pela redução mais acelerada da matéria orgânica e diminuição da toxicidade do produto acabado, porém em testes em escala de pilhas o inóculo não apresentou grande variação em relação à compostagem tradicional, não degradando a matéria orgânica mais rapidamente, porém gerando diminuição acelerada da toxicidade / The high migration of the remaining population from rural to large urban centers in recent decades, has led to a greater production of waste, mainly organic, home-grown, reaching 55.5 mi tonnes in 2011. Whereas approximately 50% of urban waste in Brazil is composed of organic matter, this could be reused by the composting process. Composting is the transformation of organic waste into a relatively stable and low in organic matter product, which can be recycled as organic fertilizer in agriculture or as a corrective of degraded soils. Based on these problems, we proposed the present work aims to better understand the fungal microbiota of the different stages of composting, isolates them and reintroduce them in the process, seeking an accelerated biodegradation of organic matter in municipal waste in order to reduce production costs of organic compost, increase acceptance of the technique as an environmentally friendly alternative to open dumps and generate a decrease in the amount of waste sent to landfills. In laboratory tests, the fungal inoculum was shown to improve the composting process, the faster decline in organic matter and decrease in toxicity of the finished product, but in the pile sacale tests inoculum showed no great variation from the traditional composting, not degrading the organic matter faster, but generating accelerated decrease of toxicity

O manguezal é um ecossistema costeiro, localizado em regiões de interface entre os ambientes terrestre e marinho, de ocorrência exclusiva em zonas tropicais e subtropicais. Esta localização confere ao sedimento deste ambiente características únicas, como alta salinidade e baixa disponibilidade de oxigênio, associado a grande riqueza em matéria orgânica. O resultado destas condições é a ocorrência de uma restrita diversidade de plantas em tais ambientes, associada a uma grande diversidade de animais, que usam o manguezal para sua proteção e reprodução. O presente estudo mostrou como as comunidades de arquéias (amoA e 16S DNAr) e bactérias (nifH e 16S DNAr) estão estruturadas em sedimentos de manguezais sob distintos estados de preservação. Os perfis de DGGE indicaram alterações na composição das comunidades alvo, ligando sua estruturação com a contaminação do ambiente, enquanto que as quantificações de tais genes por meio de PCR quantitativo em tempo real (qPCR) indicaram alterações apenas na comunidade de arquéias oxidadoras de amônio. A filogenia destes grupos revelou a presença de grupos comumente encontrados em solos e água, alem de grupos particulares, possivelmente relacionado ao processo de especiação no ambiente de manguezal. De maneira geral, os resultados indicam que as comunidades de arquéias e bactérias são responsivas ao estado de contaminação dos manguezais, o que pode gerar um processamento diferencial do nitrogênio nestes sedimentos / The mangrove is a coastal ecosystem, located in the interface regions between the land and sea environments, with exclusive occurrence in tropical and subtropical areas. Such location confers to the mangrove sediments unique characteristics, like as high salinity and low availability of oxygen, associated with the high abundance of organic matter. The result of these conditions is the occurrence of a restrict plant diversity, associated with a great diversity of animals, who use the mangroves for its protection and reproduction. The present study has shown how the communities of archaea (16S DNAr and amoA) and bacteria (16S DNAr and nifH) are structured in mangrove soils under distinct states of preservation. The DGGE patterns indicate alterations in the composition of targeted communities, linking its structure with the environmental contamination, while the quantifications of targeted genes by real time PCR (qPCR) has indicated alterations only in the community of ammonium oxidizers archaea. The phylogeny of these groups revealed the presence of groups commonly found in soils and water samples, besides the occurrence of particular groups, possibly resulted from a speciation process in the mangrove environment. In general, results indicated that archaeal and bacterial communities are responsive to the mangroves contamination, and its alteration can also lead to differential nitrogen processing in these soils

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:27:21Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2004-04-07Bitstream added on 2014-06-13T19:14:40Z : No. of bitstreams: 1 silveira_el_me_jabo.pdf: 655008 bytes, checksum: ac46de019a2703894b3c1bc37633b43c (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Métodos tradicionais de isolamento e cultivo limitam análises da diversidade microbiana no meio ambiente, pois acredita - se que aproximadamente 10% desses microrganismos possam ser cultivados. A ecologia microbiana molecular teve recentes progressos através da construção de bibliotecas metagenômicas, o que constitui uma poderosa abordagem para explorar a diversidade microbiana de solo fornecendo inclusive dados sobre os microrganismos não cultiváveis desse habitat. Este trabalho teve por objetivo comparar e estimar a diversidade de comunidades bacterianas, em solos de duas áreas, sendo solo de Floresta Nativa (SFN) e a outra sob arboreto com eucaliptos (SAE) de uma mesma região. Utilizando oligonucleotídeos iniciadores específicos, o gene 16S rRNA foi amplificado por PCR, os amplicons foram clonados em pGEMR-T e os clones obtidos seqüenciados parcialmente. No solo SFN foram analisados 231 clones e no solo SRE 248 clones. As seqüências obtidas foram submetidas à análise de similaridade de nucleotídeos com o banco de dados GenBank. Os filos bacterianos que mais se destacaram nos dois tipos de solo foram Acidobacteria e Proteobacteria. No solo SFN destacaram-se também as bactérias pertencentes ao filo Bacteroidetes e no solo SAE observou-se alta freqüência das bactérias Actinobacteria. Análises filogenéticas revelaram diferenças em ambos os solos, verificando através de índice de diversidade bacteriana observou-se que o solo sob eucalipto apresentou maior diversidade quando comparado ao solo sob de Floresta Nativa. / Traditional methods of isolation and culture limits the analyses of the microbian diversity in the environment, because it is believed - that approximately 10% of these microrganisms can be cultivated. The molecular microbian ecology have had recent progress through the construction of metagenomics Iibraries, what constitutes a powerful boarding to explore the microbian diversity of soil, also supplying information on the microrganisms that cannot be cultivated on this habitat. This work had the objective of stimate the diversity of bacterial communities, in two areas, an area of Native Forest (SFN) and the another one under eucalypts (SAE) of the same region. Using specific oligonucleotides starters, the gene 16S rRNA was amplified by PCR, amplicons had been cloned in pGEMR-T and the obtained clones were partial/y sequenced. In the soil SFN, 231 clones had been analyzed and 248 clones in the soil SAE. The sequences obtained were submitted to the nucleotides similarity analysis with the GenBank database. The bacterial phylum that was more evident in the two types de soil were Acidobacteria and Proteobacteria. In the soi! SFN the bacteria of the phylum Bacteroidetes were evident and in the soil SRE high frequency of the Actinobacteria bacteria was observed. Phylogenetic analyses reveled an extensive diversity in both soils, verified through diversity index differences in the bacterial communities in both areas, and that the area under eucalypt presented more diversity in relation to the area of Native Forest.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:23:05Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2012-12-20Bitstream added on 2014-06-13T18:50:15Z : No. of bitstreams: 1 macedo_hs_me_jabo.pdf: 1624776 bytes, checksum: 697b976d908b2b1b10f1c365c6a60429 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Estudos sobre comunidades bacterianas associadas às culturas agrícolas são fundamentais no entendimento de como os microrganismos presentes nos solos podem influenciar no ambiente. Além disso, o conhecimento sobre a importância dos microrganismos na reciclagem dos elementos químicos do solo e sua influência sobre a emissão de gases do efeito estufa, como o dióxido de carbono (CO2), e alterações climáticas globais. Neste estudo foi comparada a população bacteriana em solos cultivados com cana-de-açúcar sob os sistemas de manejo cana crua (CC) e cana queimada (CQ) e solo sob mata nativa (MN), com as emissões de CO2 e características físico-químicas (pH, M.O e classe textural) de cada área. As populações microbianas dos solos foram analisadas pelas técnicas moleculares T-RFLP (“Terminal Restriction Fragment Length Polymorphism”) e sequenciamento do gene 16S rRNA. Observou-se que as comunidades bacterianas foram influenciadas pelas mudanças no uso da terra e nos tipos de sistemas de manejo adotados. As áreas estudadas apresentaram comunidades bacterianas distintas, sendo os filos Acidobacteria e Proteobacteria os grupos que foram mais abundantes em todas as amostras. Bactérias pertencentes aos filos Cyanobacteria e Nitrospira foram encontradas exclusivamente nas áreas CQ, por outro lado bactérias do filo Bacterioidetes aparecem apenas nas áreas de manejo mecanizado CC. Por fim, os resultados das duas técnicas sugerem que os solos sob o cultivo com cana-de-açúcar mostraram uma maior diversidade e riqueza, quando comparados com a MN / Studies on bacterial communities associated with agriculture are fundamental in understanding how microorganisms in soil can influence the environment. Furthermore, knowledge about the importance of microorganisms in the recycling of chemical elements in soil and its effect on the emission of greenhouse gases such as carbon dioxide (CO2), and global climate change. This study compared bacterial populations in soils cultivated with sugarcane in the management systems (CC) and burnt cane (CQ) and native forest (MN), with CO2 emissions and physico-chemical (pH, organic matter and textural class) in each area. The soil microbial populations were analyzed by T-RFLP molecular techniques (Terminal Restriction Fragment Length Polymorphism) and sequencing of 16S rRNA. It was observed that bacterial communities were influenced by changes in land use and the types of soil management. The areas studied showed distinct bacterial communities, being the phyla Proteobacteria and Acidobacteria groups that were most abundant in all samples. Bacteria Cyanobacteria belonging to the phyla and Nitrospira were found exclusively in the areas CQ, on the other bacteria of the phylum Bacterioidetes appear only in the areas of mechanized handling CC. Finally, the results of the two techniques suggests that soils under cultivation with sugarcane showed greater diversity and richness compared to MN

Made available in DSpace on 2016-06-02T19:28:52Z (GMT). No. of bitstreams: 1 TeseSHSAF.pdf: 6604803 bytes, checksum: a0e5f8bea6921d3e218efe7b8f76f6bb (MD5) Previous issue date: 2005-12-28 / Financiadora de Estudos e Projetos / TEP (Transparent Exopolymer Particles) have a great importance in the microbiological processes, in the carbon cycle and in food chain dynamics of the aquatic ecosystems. These particles are composed by a gel matrix formed mainly by acid polysaccharides dissolved and/or colloidal those are released by phytoplankton microorganisms. TEP are abundant in the oceans and in fresh waters and they have a dimension that varies from some micra to millimeters. This current work has the main objective of quantify and study the distribution per range of the TEP present in Barra Bonita reservoir water column in the Tietê River in the period between September of 2002 and January of 2004. Further the bacteria attached to TEP were quantified as well as preliminary protocols were established to the biological molecular analysis (DNA extraction, PCR e DGGE) of the bacteria attached to the TEP. During this study, the TEP concentration (> 1 µm), determined by a spectrophotometric method developed in this thesis, varied from 0.02 to 3.10 equiv. GX µg mL-1 and by light microscopy from 5.4 x 103 to 1.6 x 105 particles mL-1. Although, during the study period, the average concentrations did not suffer significant variations because of the unstable and dynamic system with constant changes of the Barra Bonita reservoir nature. The abundance of TEP size decreased with the increase of the particles diameter show by the equation N = kdp -β used in studies of this nature. In this equation k is related to particles concentration and β is to particles distribution per class size. In this work the k value varied from 2.40 x 104 to 3.86 x 10 6 particles mL-1 and β value from 0.2 to 2.5, indicating a predominance of particles of smaller size in the reservoir. Regarding bacteria attached to TEP, they were found on the surface and in the interior of the particles in average concentrations varying from 9 to 45 bacteria (TEP)-1, showing that not all TEP were colonized by bacteria. The number of bacteria attached to TEP can not be related to the particle surface or volume. Considering the total of bacteria numbered by fluorescence microscopy, the percentage of bacteria attached to TEP varied from 6.9 to 80.3%. The adequation of protocols to the extraction and amplification of the DNAr 16S of the bacteria attached to TEP from the water samples were performed with success and the use of PCR/DGGE techniques in these samples showed high diversity of bacteria community attached to TEP. / TEP (Transparent Exopolymer Particles) têm grande importância nos processos microbiológicos, no ciclo do carbono e na dinâmica da cadeia alimentar nos ecossistemas aquáticos. Essas partículas são compostas por uma matriz gelatinosa formada principalmente por polissacarídeos ácidos, dissolvidos e/ou coloidais oriundos da excreção de microrganismos fitoplanctônicos. As TEP são abundantes nos oceanos e em água doce e têm dimensão que varia de algumas micras até milímetros. O presente trabalho teve por objetivo quantificar e estudar a distribuição por tamanho das TEP presentes na coluna d água do reservatório de Barra Bonita, no rio Tietê, SP, no período de setembro de 2002 a janeiro de 2004. Ademais, foram quantificadas as bactérias aderidas às TEP, bem como foram estabelecidos protocolos iniciais para análise de biologia molecular (extração de DNA, PCR e DGGE) das bactérias aderidas às TEP. Durante este estudo, a concentração das TEP (> 1 µm), determinadas por um método espectrofotométrico desenvolvido neste estudo, variou de 0,02 a 3,10 equiv. GX µg mL-1 e por microscopia de luz clara de 5,4 x 103 a 1,6 x 105 partículas mL- 1. No entanto, durante o período em estudo, as concentrações médias não sofreram variações significativas devido à natureza instável de um sistema dinâmico e com constantes mudanças do reservatório de Barra Bonita. A abundância das TEP por tamanho decresceu com o aumento do diâmetro das partículas como previsto pela equação do tipo N = kdp -β empregada em estudos dessa natureza. Nesta equação o k está relacionado com a concentração das partículas e o β com a distribuição das partículas por classe de tamanho. Neste trabalho o valor de k variou de 2,40 x 104 a 3,86 x 10 6 partículas mL-1 e o valor de β de 0,2 a 2,5, indicando uma predominância de partículas de menor tamanho no reservatório. Em relação às bactérias aderidas às TEP as mesmas foram encontradas na superfície e no interior das partículas em concentrações médias variando de 9 a 45 bactérias (TEP)-1, sendo que nem todas as TEP estavam colonizadas por bactérias. O número de bactérias aderidas por TEP não pode ser relacionada com a superfície ou com o volume das partículas. Considerando o total de bactérias enumeradas por microscopia por fluorescência, a percentagem de bactérias aderidas às TEP variou de 6,9 a 80,3%. A adequação dos protocolos para a extração e amplificação do DNAr 16S das bactérias aderidas às TEP das amostras de água foi conseguida com sucesso e utilizando as técnicas de PCR/DGGE nessas amostras, foi evidenciada uma ampla diversidade na comunidade bacteriana aderidas às TEP.

Made available in DSpace on 2016-06-02T19:29:05Z (GMT). No. of bitstreams: 1 TeseIL.pdf: 3670762 bytes, checksum: f9b79de7fd8b8efb05cca3e3098d1522 (MD5) Previous issue date: 2007-08-31 / Financiadora de Estudos e Projetos / As inter-relações entre as comunidades planctônicas e o ambiente foram estudadas no Reservatório do Fazzari (21°58'S e 47°53'W), São Carlos, SP, utilizando-se mesocosmos com diferentes relações entre os compartimentos do sistema aquático: aberto para o sedimento e para a atmosfera, aberto apenas para a atmosfera e aberto apenas para o sedimento. Os experimentos foram conduzidos durante 21 dias, em dois períodos: no final da estação chuvosa (abril) e durante a estação seca (agosto/setembro). O Reservatório do Fazzari foi caracterizado como um ambiente de águas ácidas, bem oxigenado e com baixo grau de trofia em função de suas concentrações de nutrientes (fósforo e nitrogênio) e de clorofila a, não sendo observadas diferenças significativas entre os dois períodos estudados. Concentrações expressivas de matéria orgânica e de r-total (médias de 41% e 1.107 Ilg g-l, respectivamente) foram determinadas no sedimento, o qual apresentou um importante papel na acumulação e na retenção de nutrientes. A oxigenação de toda a coluna d'água e os baixos valores de pH favoreceram a imobilização do fósforo neste compartimento. O aporte de partículas via atmosfera, por sua vez, não representou uma importante fonte de nutrientes para este sistema. A presença do sedimento nos mesocosmos esteve associada aos maiores incrementos das concentrações de íon amônio, clorofila a e de densidade populacional do fitoplâncton, enquanto no mesocosmo fechado para este compartimento, estes incrementos foram menores ou não ocorreram. Os resultados obtidos sugerem que as comunidades fitoplanctônicas foram limitadas pelas baixas concentrações de íon amônio e de nitrato, sendo sua composição caracterizada pelo predomínio de algas mixotróficas (Dinobryon sp e representantes de Dinophyceae). O zooplâncton, por sua vez, foi caracterizado pelo predomínio expressivo do phylum Rotifera (destaque para Polyarthra aff. vulgaris e Keratella cochlearis). Entre os Cladocera e os Copepoda, os principais táxons registrados foram Bosminopsis deitersi e o Cyclopoida Tropocyclops prasinus meridionalis. As variações das densidades populacionais de bactérias e de nanoflagelados, associadas às densidades de rotíferos e de algas mixotróficas, sugerem que a rede trófica microbiana teve um papel de destaque na manutenção da estrutura biológica deste sistema. A predação (controle "top down") foi o principal mecanismo de controle das densidades bacterianas e de nanoflagelados, embora seja provável a ocorrência simultânea do controle "bottom-up".

Made available in DSpace on 2016-06-02T19:29:58Z (GMT). No. of bitstreams: 1 5442.pdf: 24447413 bytes, checksum: 0fb87e9809105da0cdcac9e0a602e588 (MD5) Previous issue date: 2013-07-03 / Financiadora de Estudos e Projetos / The occurrence of nuisance phytoplankton blooms is a worldwide problem that affects water quality and other aquatic biota. Bacterial (non-cyanobacterial) communities can influence and interfere with the formation, maintenance and termination of such blooms via many biotic interactions. The bacterial communities associated with 3 bloom forming phytoplankton species, the Cyanobacteria Microcystis aeruginosa and Cylindrospermopsis raciborskii and the diatom Aulacoseira granulata, were assessed by the 454-Pyrosequencing of 16S rRNA gene amplicons (V3-V5 regions). The aims of this work were to verify if different bacterial communities would develop with different host species, or in different fractions (attached and free-living bacteria) and different growth phases (physiological state) of each phytoplankton species. Still using pyrosequencing data, the strength of phytoplankton-bacteria association was analyzed for M. aeruginosa and A. granulata by culturing the phytoplankton species with different bacterial inocula (and growth medium for the cyanobacteria). Furthermore, the effects of bacterial strains isolated from attached community of A. granulata and M. aeruginosa cultures were tested on the growth of the phytoplankton species. Significantly different bacterial communities developed: i) in response to physiological state and between fractions of the same phytoplankton culture, and ii) in response to the different host phytoplankton species, with major differences in the proportion of the OTUs between phytoplankton cultures rather than in the absence or presence of specific bacterial taxa. Differences between experiments significantly changed the BCC that developed associated with the same host species. However, some bacterial OTUs were found associated with the same phytoplankton species in different experiments, suggesting a tight association with the host species. Most of the strains either isolated from M. aeruginosa or from A. granulata affected negatively the growth of the diatom. However, the isolated strains had no effect on the cyanobacterial growth, suggesting the importance of bacterial community to the dominance of M. aeruginosa on Barra Bonita Reservoir, at least concerning to the competition with A. granulata. / A ocorrência de florações fitoplanctônicas é um problema mundial e que afeta a qualidade da água e a biota aquática. A comunidade bacteriana pode influenciar e interferir na formação, manutenção e término de tais florações por meio de diversas interações bióticas. Neste trabalho, por meio do sequenciamento massivo (pirossequenciamento) das regiões V3-V5 do gene RNAr 16S, foram caracterizadas as comunidades bacterianas associadas a 3 espécies fitoplanctônicas formadoras de blooms: as cianobactérias Microcystis aeruginosa e Cylindrospermopsis raciborskii e a diatomácea Aulacoseira granulata. Os objetivos do trabalho foram verificar se diferentes comunidades bacterianas desenvolvem-se com diferentes espécies hospedeiras ou em diferentes frações (aderidas e livres) e fases de crescimento (estados fisiológicos) de cada espécie fitoplanctônica. Ainda utilizando os dados de pirossequenciamento, a consistência dessas associações foi testada para M. aeruginosa e A. granulata por meio do cultivo de cada espécie fitoplanctônica com diferentes inóculos bacterianos (e meio de cultura para a cianobactéria). Além disso, os efeitos de bactérias aderidas isoladas de A. granulata e M. aeruginosa foram testados sobre o crescimento de ambas as espécies fitoplanctônicas. Comunidades bacterianas significativamente diferentes se desenvolveram: i) em resposta ao estado fisiológico e entre diferentes frações da mesma espécie fitoplanctônica, e ii) em resposta às diferentes espécies fitoplanctônicas hospedeiras, com maiores diferenças na proporção das UTOs (unidades taxonômicas operacionais) do que na presença/ausência de UTOs específicas. Diferenças entre experimentos (e inóculos bacterianos) alteraram significativamente a composição da comunidade bacteriana associada a uma mesma espécie fitoplanctônica. Algumas UTOs foram recorrentes nos diferentes experimentos, sugerindo uma associação mais consistente com a espécie hospedeira. A maioria das linhagens bacterianas isoladas de M. aeruginosa ou de A. granulata afetou negativamente o crescimento da diatomácea. No entanto, nenhuma linhagem ou mistura de linhagens apresentou efeito sobre a cianobactéria durante seu crescimento exponencial, sugerindo a importância da comunidade bacteriana para a dominância de M. aeruginosa no reservatório de Barra Bonita, ao menos em relação à competição com A. granulata.

Resumo: Métodos tradicionais de isolamento e cultivo limitam análises da diversidade microbiana no meio ambiente, pois acredita - se que aproximadamente 10% desses microrganismos possam ser cultivados. A ecologia microbiana molecular teve recentes progressos através da construção de bibliotecas metagenômicas, o que constitui uma poderosa abordagem para explorar a diversidade microbiana de solo fornecendo inclusive dados sobre os microrganismos não cultiváveis desse habitat. Este trabalho teve por objetivo comparar e estimar a diversidade de comunidades bacterianas, em solos de duas áreas, sendo solo de Floresta Nativa (SFN) e a outra sob arboreto com eucaliptos (SAE) de uma mesma região. Utilizando oligonucleotídeos iniciadores específicos, o gene 16S rRNA foi amplificado por PCR, os amplicons foram clonados em pGEMR-T e os clones obtidos seqüenciados parcialmente. No solo SFN foram analisados 231 clones e no solo SRE 248 clones. As seqüências obtidas foram submetidas à análise de similaridade de nucleotídeos com o banco de dados GenBank. Os filos bacterianos que mais se destacaram nos dois tipos de solo foram Acidobacteria e Proteobacteria. No solo SFN destacaram-se também as bactérias pertencentes ao filo Bacteroidetes e no solo SAE observou-se alta freqüência das bactérias Actinobacteria. Análises filogenéticas revelaram diferenças em ambos os solos, verificando através de índice de diversidade bacteriana observou-se que o solo sob eucalipto apresentou maior diversidade quando comparado ao solo sob de Floresta Nativa. / Abstract: Traditional methods of isolation and culture limits the analyses of the microbian diversity in the environment, because it is believed - that approximately 10% of these microrganisms can be cultivated. The molecular microbian ecology have had recent progress through the construction of metagenomics Iibraries, what constitutes a powerful boarding to explore the microbian diversity of soil, also supplying information on the microrganisms that cannot be cultivated on this habitat. This work had the objective of stimate the diversity of bacterial communities, in two areas, an area of Native Forest (SFN) and the another one under eucalypts (SAE) of the same region. Using specific oligonucleotides starters, the gene 16S rRNA was amplified by PCR, amplicons had been cloned in pGEMR-T and the obtained clones were partial/y sequenced. In the soil SFN, 231 clones had been analyzed and 248 clones in the soil SAE. The sequences obtained were submitted to the nucleotides similarity analysis with the GenBank database. The bacterial phylum that was more evident in the two types de soil were Acidobacteria and Proteobacteria. In the soi! SFN the bacteria of the phylum Bacteroidetes were evident and in the soil SRE high frequency of the Actinobacteria bacteria was observed. Phylogenetic analyses reveled an extensive diversity in both soils, verified through diversity index differences in the bacterial communities in both areas, and that the area under eucalypt presented more diversity in relation to the area of Native Forest. / Orientadora: Lúcia Maria Carareto Alves / Coorientadora: Eliana Gertrudes Macedo Lemos / Banca: Janete Apparecida Desiderio Sena / Banca: Uderlei Doniseti Silveira Covissi / Mestre

Orientador: Estevam Guilherme Lux Hoppe / Banca: Fabiana Pilarski / Banca: Wilson Gómez Manrique / Resumo: A facilidade para a obtenção de várias réplicas e a possibilidade de contagem da totalidade de integrantes das comunidades parasitárias permitem o desenvolvimento de numerosos estudos sobre a ecologia de populações e de comunidades, tornando os ictioparasitas bons modelos para estudos em ecologia parasitária. Em adição, com o desenvolvimento da aquicultura no Brasil e no mundo, houve aumento considerável da relevância de estudos relacionados com patógenos de organismos aquáticos. Portanto, o objetivo deste trabalho foi caracterizar e analisar as comunidades e infracomunidades de metazoários parasitos de corvinas capturadas no Reservatório de Promissão, Rio Tietê, no município de Borborema (21°39′58"S, 49°8′49"O), Estado de São Paulo. Foram examinados 50 espécimes, capturados por pescadores profissionais no mês de março de 2015. Os peixes foram necropsiados e os parasitas obtidos foram quantificados, preparados e montados para identificação taxonômica e análise das comunidades de parasitos. Os espécimes de peixe analisados no estudo apresentaram comprimento padrão médio de 25,21 ± 2,27 cm e peso médio de 328,82 ± 89,03 g. Foram coletados 5227 espécimes de parasitas metazoários, sendo 2880 (55,1%) Diplectanum piscinarius (Monogenoidea: Diplectanidae) e 2347 (44,9%) metacercárias de Austrodiplostomum compactum (Digenea, Diplostomidae), ambos com prevalência de 100% e abundância parasitária de 57,6 e 46,9, respectivamente. Foi encontrada baixa diversidade parasitária (riqueza de espécies=2), com índice de Simpson (D) igual a 0,505 e baixos valores dos índices de Shannon (H'=0,688) e de diversidade de Margalef (I=0,177). O índice de dominância de Berger-Parker (d=0,551) indicou uma leve dominância do monogenético D. piscinarius. Houve correlação positiva intermediária, avaliada pelo coeficiente de Pearson, entre a abundância parasitária de D. piscinarius e comprimento padrão (r=0,43) e... / Abstract: The objective of this study was to characterize and analyze the communities and infracommunities of metazoan parasites of Plagioscion squamosissimus caught in Promissão reservoir, Tiete river in Borborema city (21°39′58"S, 49°8′49"W), São Paulo State. Fish were caught by professional fishermen on March 2015 and 50 specimens were examined. The obtained parasites were quantified and mounted for taxonomic identification and analysis of parasite communities. The P. squamosissimus specimens analyzed in this study had an average standard length of 25.21 ± 2.27 cm and average weight of 328.82 ± 89.03 g. We obtained, in total, 5227 specimens of metazoan parasites, with 2880 (55.1%) Diplectanum piscinarius (Monogenoidea: Diplectanidae) and 2347 (44.9%) metacercarie Austrodiplostomum compactum (Digenea, Diplostomidae), both with prevalence of 100% and abundance of 57.6 and 46.9, respectively. Also, we observed low parasite diversity (species richness = 2), Simpson index (D) of 0.505 and low values of the indices of Shannon (H '= 0.688) and diversity of Margalef (I = 0.177). The Berger-Parker dominance index (p = 0.551) indicated a slight dominance of the monogenean D. piscinarius. There was a positive correlation assessed by Pearson coefficient between parasite abundance of D. piscinarius and standard length (r = 0.43) and weight (r = 0.51) of hosts / Mestre

Orientador: Lúcia Maria Carareto Alves / Banca: Newton La Scala Júnior / Banca: Danielle Gregorio Gomes Caldas / Resumo: Estudos sobre comunidades bacterianas associadas às culturas agrícolas são fundamentais no entendimento de como os microrganismos presentes nos solos podem influenciar no ambiente. Além disso, o conhecimento sobre a importância dos microrganismos na reciclagem dos elementos químicos do solo e sua influência sobre a emissão de gases do efeito estufa, como o dióxido de carbono (CO2), e alterações climáticas globais. Neste estudo foi comparada a população bacteriana em solos cultivados com cana-de-açúcar sob os sistemas de manejo cana crua (CC) e cana queimada (CQ) e solo sob mata nativa (MN), com as emissões de CO2 e características físico-químicas (pH, M.O e classe textural) de cada área. As populações microbianas dos solos foram analisadas pelas técnicas moleculares T-RFLP ("Terminal Restriction Fragment Length Polymorphism") e sequenciamento do gene 16S rRNA. Observou-se que as comunidades bacterianas foram influenciadas pelas mudanças no uso da terra e nos tipos de sistemas de manejo adotados. As áreas estudadas apresentaram comunidades bacterianas distintas, sendo os filos Acidobacteria e Proteobacteria os grupos que foram mais abundantes em todas as amostras. Bactérias pertencentes aos filos Cyanobacteria e Nitrospira foram encontradas exclusivamente nas áreas CQ, por outro lado bactérias do filo Bacterioidetes aparecem apenas nas áreas de manejo mecanizado CC. Por fim, os resultados das duas técnicas sugerem que os solos sob o cultivo com cana-de-açúcar mostraram uma maior diversidade e riqueza, quando comparados com a MN / Abstract: Studies on bacterial communities associated with agriculture are fundamental in understanding how microorganisms in soil can influence the environment. Furthermore, knowledge about the importance of microorganisms in the recycling of chemical elements in soil and its effect on the emission of greenhouse gases such as carbon dioxide (CO2), and global climate change. This study compared bacterial populations in soils cultivated with sugarcane in the management systems (CC) and burnt cane (CQ) and native forest (MN), with CO2 emissions and physico-chemical (pH, organic matter and textural class) in each area. The soil microbial populations were analyzed by T-RFLP molecular techniques ("Terminal Restriction Fragment Length Polymorphism") and sequencing of 16S rRNA. It was observed that bacterial communities were influenced by changes in land use and the types of soil management. The areas studied showed distinct bacterial communities, being the phyla Proteobacteria and Acidobacteria groups that were most abundant in all samples. Bacteria Cyanobacteria belonging to the phyla and Nitrospira were found exclusively in the areas CQ, on the other bacteria of the phylum Bacterioidetes appear only in the areas of mechanized handling CC. Finally, the results of the two techniques suggests that soils under cultivation with sugarcane showed greater diversity and richness compared to MN / Mestre