As doenças entéricas associadas com diarreia, desidratação e perda de peso constituem um dos principais problemas da bovinocultura mundial, contribuindo para expressivos índices de morbidade e mortalidade, principalmente entre neonatos. Nesse contexto, exigências para o aprimoramento do diagnóstico laboratorial de doenças entéricas de natureza infectocontagiosa, tornaram-se constantes, face às perdas econômicas vinculadas. Entre os principais enteropatógenos virais, de distribuição mundial e história recente, destaca-se o astrovírus bovino (BoAstV), cuja primeira identificação data de 1978. BoAstV entérico induz diarreia principalmente entre neonatos e imunocomprometidos, tendo uma prevalência acima de 60% nas 5 primeiras semanas de vida dos animais. Devido à carência de dados a respeito da prevalência desse vírus no Brasil, o presente estudo foi realizado objetivando a detecção e caracterização moleculares de cepas de BoAstV em amostras fecais de bovinos com e sem diarreia de diferentes idades. O estudo foi conduzido a partir de 272 animais em diferentes estados do Brasil, obtendo-se 14,3% de positividade através de RT-PCR, sendo que 11 amostras, provenientes dos estados de São Paulo, Minas Gerais e Rio Grande do Sul, foram submetidas ao sequenciamento nucleotídico. A similaridade entre as sequências deduzidas de aminoácidos das amostras obtidas foi maior do que 86,8%, quando comparadas umas com as outras, e situou-se entre 86,2 a 94,8% quando comparadas com sequências de outros BoAstV descritos. Nas reconstruções filogenéticas, 9 amostras agruparam-se conjuntamente em clado distinto de outros BoAstV, uma amostra (BoAstV-155-BRA) formou ramo parafilético a clado que agrupa tanto outros BoAstV como astrovírus de cervídeos e a amostra restante (BoAstV-267-BRA) formou ramo basal aos astrovírus bovinos e suínos. No entanto, o posicionamento das 2 amostras divergentes (BoAstV-155-BRA e BoAstV-267-BRA) não derivou de episódios de seleção positiva ou recombinação. Em síntese, os resultados obtidos indicam, de maneira inédita, a circulação de variantes de BoAstV entérico em rebanhos de estados da região centro-sul do Brasil. / Enteric diseases associated with diarrhea, dehydration and weight loss is one of the major problems of cattle worldwide, contributing to significant morbidity and mortality, especially among newborns. In this context, demands for improving the laboratory diagnosis of infectious enteric diseases, became constant, given the economic losses involved. Among the major viral enteropathogens of worldwide distribution and recent history, highlight the bovine astrovirus (BoAstV), whose first mention dates from 1978. Enteric BoAstV induce diarrhea especially among newborns and immunocompromised animals, having a prevalence above 60% in the first 5 weeks of life. Due to lack of data concerning the occurrence of this virus in Brazil, the present study was aimed at molecular detection and characterization of BoAstV strains in fecal samples from cattle with and without diarrhea of different ages. The study was conducted on 272 animals from different states of Brazil, obtaining positivity of 14.3% by RT-PCR, and 11 samples from the states of São Paulo, Minas Gerais and Rio Grande do Sul were subjected to nucleotide sequencing. The similarity between the deduced amino acid sequences of the samples was greater than 86.8% when compared with each other and was between 86.2 to 94.8% compared with sequences of other BoAstV described. In phylogenetic reconstructions, 9 samples were grouped together in a separate clade from other BoAstV, a sample (BoAstV-155-BRA) formed a paraphyletic branch to a clade that groups both other BoAstV and deer astrovirus and the remaining sample (267-BRA-BoAstV ) formed a basal branch to bovine and porcine astrovirus. However, the positioning of the two different samples (BoAstV-155-BRA and BoAstV-267-BRA) did not derive from episodes of positive selection or recombination. In summary, the results indicate, in an unprecedented manner, the circulation of enteric BoAstV variants in herds of cattle form states of the south-central region of Brazil.

Orientador: Jacqueline Teixeira Caramori / Coorientador: Maria de Lourdes Ribeiro de Souza da Cunha / Banca: Pasqual Barretti / Banca: Alessandro Mondelli / Banca: Ronaldo D'Ávila / Banca: Carlos Henrique Camargo / Resumo: Peritonites e infecções do orifício de saída do cateter de diálise representam as principais complicações infecciosas relacionadas à diálise peritoneal, frequentemente respondem pela falência deste método dialítico, portanto com importante impacto na morbidade e mortalidade dos pacientes. Existem associações entre o portador de S. aureus e aumento no risco de infecções nos pacientes tratados por diálise peritoneal. Entretanto, desconhecemos estudos que avaliaram a virulência de Staphylococcus spp. carreados. Fatores de virulência são descritos como responsáveis pelos sintomas e gravidade de diversas infecções causadas por S. aureus. Esses fatores incluem as hemolisinas α, β, γ e δ, lipases, lecitinases, proteases, toxina 1 da Síndrome do Choque tóxico (TSST-1) e as enterotoxinas estafilocócicas (EEs), desoxirribonuclease (DNAse) e de desoxirribonuclease termoestável (TNAse). Este estudo teve como objetivo avaliar se fatores de virulência produzidos por Staphylococcus spp. e as características clinicas e epidemiológicas dos pacientes podem influenciar na ocorrência de infecções relacionadas ao tratamento. Para tal, foram incluídos 32 pacientes tratados por diálise peritoneal na Unidade de Diálise do Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina de Botucatu- UNESP, avaliados primariamente quanto à colonização (culturas de coletas nasais e pele pericateter, em três momentos distintos no período de 12 meses) e subsequentemente foram observados quanto ao risco para a ocorrência de infecções, acompanhados por até 36 meses confirmados com culturas do efluente peritoneal na ocorrência de peritonites e secreção da pele pericateter na vigência de infecção de orifício de saída do cateter. As amostras de Staphylococcus spp. carreadas depois de devidamente identificadas, foram reavaliadas usando como critério de similaridade o método de susceptibilidade com ... / Abstract: Peritonitis and infections in the exit orifice of the dialysis catheter represent the main infectious complications related to peritoneal dialysis, and are often responsible for the failure in this dialysis method, therefore with a significant impact on morbidity and mortality of patients. There are associations between the carrier of S. aureus and increased risk of infection in peritoneal dialysis patients. However, studies that evaluated the virulence of Staphylococcus spp. carried are not aware. Virulence factors are described as responsible for the symptoms and severity of different infections caused by S. aureus. These factors include hemolysins α, β, and δ, lipases lecithinases, proteases, toxin 1 in Toxic Shock Syndrome (TSST-1) and staphylococcal enterotoxins (SEs), deoxyribonuclease (DNase) and thermostable deoxyribonuclease (TNAse). This study aimed to evaluate whether virulence factors produced by Staphylococcus spp. and the clinical and epidemiological characteristics of patients may influence the occurrence of infections related to the treatment. In order to do this, 32 patients treated by peritoneal dialysis at the Dialysis Unit of the University Hospital, Botucatu School of Medicine, UNESP, Brazil were included, evaluated primarily by the colonization (cultures collected from the nose and pericatheter skin, at three different times during 12 months) and subsequently were observed regarding the risk for the occurrence of infections, followed by at least 36 months confirmed with cultures from peritoneal effluent in the occurrence of peritonitis and secretion of the pericatheter skin in the occurrence of infection in the outlet orifice of the catheter. Samples of Staphylococcus spp. carriers after being properly identified, were reevaluated using similarity criteria from the method of susceptibility agar drug diffusion technique (Kirby-Bauer method), thus allowing strains selection of ... / Doutor

Made available in DSpace on 2014-08-13T14:50:42Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-11-29Bitstream added on 2014-08-13T18:00:57Z : No. of bitstreams: 1 000750035.pdf: 2030515 bytes, checksum: 03239f5573eff2a95bc9a82c9eec449d (MD5) / O aumento recente da incidência e gravidade de Staphylococcus aureus tem suscitado diversos estudos abordando sua epidemiologia em instituições fechadas. Isolados de S. aureus resistentes à meticilina (methicillin resistant S. aureus, MRSA) são agentes comuns de infecção em hospitais. Nos últimos anos, a atenção dos epidemiologistas e clínicos tem se voltado aos MRSA de origem comunitária, associados a infecções graves de pele e trato respiratório. Nesse contexto, as Casas de repouso representam espaços de especial interesse, já que são instituições intermediárias entre a comunidade e os serviços de saúde. Não há dados sobre prevalência de S. aureus e MRSA em Casas de repouso no Brasil, um país onde somente 0,8% da população idosa são institucionalizadas. O presente estudo teve delineamento transversal e objetivou identificar a prevalência e fatores de risco para colonização por S. aureus como um todo e MRSA em particular. Foram incluídos 300 idosos vivendo em Casas de repouso no município de Bauru (SP). A colonização foi analisada através de coleta de swabs nasais dos sujeitos da pesquisa. Estes foram cultivados, e nos casos de isolamento de S. aureus, foi realizada a caracterização molecular da resistência à meticilina. Adicionalmente, os isolados de MRSA foram submetidos à genotipagem por Pulsed-Field Gel Electrophoresis (PFGE). Para análises de fatores de risco, foram levantados os prontuários dos sujeitos de pesquisa. Dados demográficos, internações, procedimentos e uso de antimicrobianos foram identificados. Análises univariadas e multivariadas (regressão logística) foram aplicadas. As prevalências identificadas para S. aureus e MRSA foram 17,7% e 3,7%, respectivamente. A idade avançada e a internação recente em hospitais foram preditores independentes para colonização por S. aureus como um todo. Os fatores associados à colonização por MRSA foram à residência em instituições de ... / The recent increase in the incidence and severity of Staphylococcus aureus gave rise to many studies on its epidemiology in closed institutions. Isolates of methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) are usual agents of infection in hospitals. In recent years, the attention of epidemiologists and clinicians has turned to MRSA of community origin, associated with severe infections of skin and respiratory tract. In this context, nursing homes represent areas of special interest, since they are intermediary institutions between the community and health services. No data on the prevalence of S. aureus and MRSA in nursing homes in Brazil, a country where only 0.8% of the elderly population is institutionalized. This cross-sectional study aimed to identify the prevalence and risk factors for colonization by S. aureus as a whole and MRSA in particular. We enrolled 300 elderly living in nursing homes in the city of Bauru, São Paulo State, Brazil. Colonization was analyzed by collecting nasal swabs of research subjects. Whenever S. aureus was isolated, we performed molecular characterization of methicillin resistance. Additionally, MRSA isolates underwent genotyping by pulsed-field gel electrophoresis (PFGE). For analysis of risk factors, we reviewed the charts of research subjects. Demographics, hospitalizations, procedures and uses of antimicrobials were identified. Univariate and multivariate (logistic regression) were applied. The prevalence identified for S. aureus and MRSA were 17.7% and 3.7%, respectively. Old age and recent hospitalization in hospitals were independent predictors of colonization with S. aureus as a whole, while small or medium-sized facilities and recent hospital admission were associated with carriage of MRSA. In the molecular analysis of 11 MRSA isolates, six were identified as carriers of chromosome cassette SCCmec type II (typically hospital), and two as carriers of SCCmec IV (associated with the community). ...

Orientador: Ida Maria Foschiani Dias Baptista / Banca: Ana Carla Pereira Latini / Banca: Andrea Faria Fernandes Belone / Resumo: O município de Rondonópolis, no Mato Grosso é altamente endêmico para a hanseníase, apesar da existência de serviços qualificados para o diagnóstico e acompanhamento dos casos e a implementação da poliquimioterapia. Para resolver este paradoxo, um estudo completo de epidemiologia molecular foi iniciado. Questionários estruturados, incluindo detalhes clínicos, residencial, demográficas e ocupacionais, amostras biópsias de pele e outros exames laboratoriais para diagnóstico foram coletadas para 260 pacientes diagnosticados no período de 2007-2010. Genótipos de Mycobacterium leprae foram determinados pela a análise por STRs e tipagem de SNP utilizando DNA extraído de biópsias de pele antes de iniciar o tratamento. GoogleMaps foi utilizado para localizar os pacientes. A média de idade dos pacientes variou na faixa dos 11 aos 90 anos e incluiu a 137 homens e 123 mulheres. De acordo com a classificação Ridley & Jopling observamos um predomínio das formas TT (39%) e BT (33%), seguido por BB (19%), BL (5%), LL (3%) e I (1%). A cidade é essencialmente urbana, com 200.000 habitantes e os pacientes estavam distribuídos em 106 bairros. Bairros de alta endemicidade englobando bairros vizinhos puderam ser detectados. Das 260 amostras de DNA de biópsias foram analisadas por meio de 17 loci STRs, 15 loci foram polimórficos (2-23 alelos), enquanto que os loci de 6-3A e 21- 3 foram invariáveis. Quando foram analisados os genótipos do SNP observou-se que 77% (n = 200) foram genótipo 3, 16% (n = 41), o genótipo 4, 1,5% (n = 4), o genótipo 1 e 3, 8% (n = 10 ) genótipo 2. Duas amostras (0,76%) para diferenciar o genótipo 1 do 2 na análise de seqüenciamento foi inconclusivo e em outras três amostras (1,15%) não obtivemos amplificação. Por meio da análise filogenética, observou-se uma estrutura populacional composta por alguns subgrupos. Vários isolados tipados por STRs foram encontrados em cada um dos bairros. Diversidade... / Abstract: The municipality of Rondonópolis, in Mato Grosso is highly endemic for leprosy despite the existence of qualified services for diagnosis and monitoring of cases and the implementation of multidrug therapy. To address this paradox, a comprehensive molecular epidemiology study was initiated. Structured questionnaires including clinical, residential, demographic, and occupational details and skin samples for diagnosis and laboratory tests were collected for 260 patients diagnosed during the period of 2007-2010. Genotypes of Mycobacterium leprae were determined using STR analysis and SNP typing using DNA extracts from skin biopsies taken before starting treatment. GoogleMaps was used to localize patients. The patients ranging in age from 11 to 90 years included 137 males and 123 females. According to the classification of Ridley & Jopling observed a predominance of forms TT (39%) and BT (33%), followed by BB (19%), BL (5%), LL (3%) and I (1%). The city is primarily urban with 200,000 inhabitants and the patients could be assigned to 106 smaller units (villages). Neighborhoods of high endemicity encompassing adjoining villages could be detected. Of the 260 biopsy DNA samples analyzed across 17 STR loci, 15 loci were polymorphic (2-23 alleles), while the loci 6-3a and 21-3 were not. When we analyzed the genotypes of the SNP we observed that 77% (n = 200) were genotype 3: 16% (n = 41) genotype 4, 1.5% (n = 4) genotype 1 and 3, 8% (n = 10) 2 genotype. Two samples (0.76%) to differentiate genotype 1 and 2 the sequencing analysis was inconclusive and the other three samples (1.15%) did not amplification. Through phylogenetic analysis, we observed a particular population structure composed of some subgroups. Multiple STR strain types are found in each of the neighborhoods. Genetic diversity within and among the neighborhoods does not reveal a distinct population structure. Spatial clustering of patients is likely a consequence of socio-economic ... / Mestre

Submitted by MÔNICA DA SILVEIRA null (monysilveira@hotmail.com) on 2018-04-02T16:11:42Z No. of bitstreams: 1 Tese envio finalizada word CONSIDERAR ESTA.docx: 690043 bytes, checksum: e80e2e36f9594702a4be600cd7c660a0 (MD5) / Rejected by ROSANGELA APARECIDA LOBO null (rosangelalobo@btu.unesp.br), reason: Solicitamos que realize uma nova submissão seguindo as orientações abaixo: problema 1: o arquivo submetido deve, obrigatoriamente, estar em formato PDF. Seu arquivo está em word. Assim que tiver efetuado essa correção submeta o arquivo, em PDF, novamente. Agradecemos a compreensão. on 2018-04-02T18:10:40Z (GMT) / Submitted by MÔNICA DA SILVEIRA null (monysilveira@hotmail.com) on 2018-04-02T19:59:16Z No. of bitstreams: 1 TESE MONICA Envio corrigida final word.docx: 1700359 bytes, checksum: e76a9ea2129d8977db94071aab2a25d2 (MD5) / Rejected by ROSANGELA APARECIDA LOBO null (rosangelalobo@btu.unesp.br), reason: Solicitamos que realize uma nova submissão seguindo as orientações abaixo: problema 1: o arquivo submetido deve, obrigatoriamente, estar em formato PDF. Seu arquivo está em word. problema 2: Falta ficha catalográfica A ficha deve ser inserida no arquivo PDF logo após a folha de rosto do seu trabalho. Assim que tiver efetuado essa correção submeta o arquivo, em PDF, novamente. Agradecemos a compreensão. on 2018-04-03T11:31:00Z (GMT) / Submitted by MÔNICA DA SILVEIRA null (monysilveira@hotmail.com) on 2018-04-03T18:37:37Z No. of bitstreams: 1 TESE MONICA Envio corrigida final pdf modificada.pdf: 3684235 bytes, checksum: b11122c43df736efb00a769565e94d26 (MD5) / Rejected by Luciana Pizzani null (luciana@btu.unesp.br), reason: Monica, por favor, colocar a ficha catalográfica após a página de rosto. Obrigada Luciana Pizzani on 2018-04-03T18:47:46Z (GMT) / Submitted by MÔNICA DA SILVEIRA null (monysilveira@hotmail.com) on 2018-04-03T19:30:34Z No. of bitstreams: 1 TESE MONICA Envio corrigida final word modificada ok.pdf: 3526672 bytes, checksum: aa12e249981a8458333be778d0062faf (MD5) / Approved for entry into archive by ROSANGELA APARECIDA LOBO null (rosangelalobo@btu.unesp.br) on 2018-04-03T19:40:57Z (GMT) No. of bitstreams: 1 silveira_m_dr_bot.pdf: 3526672 bytes, checksum: aa12e249981a8458333be778d0062faf (MD5) / Made available in DSpace on 2018-04-03T19:40:57Z (GMT). No. of bitstreams: 1 silveira_m_dr_bot.pdf: 3526672 bytes, checksum: aa12e249981a8458333be778d0062faf (MD5) Previous issue date: 2018-03-02 / Estima-se que no Brasil ocorram centenas de milhares de Infecções Relacionadas à Assistência (IRAS) à Saúde todos os anos, e uma proporção significativa desses quadros é causada por Acinetobacter baumannii. Essa bactéria, hiperendêmica em hospitais brasileiros, é geralmente resistente a múltiplas drogas, restando um escasso arsenal terapêutico. Para além dos fatores de risco tradicionais (comorbidades, exposição ao ambiente hospitalar, procedimentos invasivos, uso de antimicrobianos), estudos recentes demonstraram sazonalidade e associação de sua incidência com altas temperaturas ambientais. No entanto, as razões para esses achados permanecem obscuras. Nós conduzimos estudos em três hospitais públicos conveniados do município de Bauru-SP, com o objetivo de colaborar para a compreensão da epidemiologia do A. baumannii, com ênfase nos isolados resistentes a carbapenêmicos (Carbapenem-resistant A. baumannii, CRAB). O primeiro deles, com delineamento ecológico, analisou o comportamento de taxas mensais de incidência de A. baumannii como um todo e em subgrupos (enfermarias versus Unidades de Terapia Intensiva [UTI], amostras clínicas totais versus hemoculturas) no período de 2006 a 2017. Estudamos o impacto de temperatura, umidade e pluviosidade sobre essa incidência. Como resultados, identificamos que temperaturas médias mensais acima do percentil 75 (24,7°C) estavam associadas a maior incidência de A. baumannii como um todo e de CRAB. Curiosamente, esses achados foram mais consistentes nas UTI e para isolados de hemoculturas. No segundo estudo, tipo “caso-controle” analisamos a clonalidade e fatores de risco para infecções da corrente sanguínea causadas por CRAB (CRABBloodstream infections, CRAB-BSI). Foram estudados 38 pacientes com CRABBSI e 76 controles. Fatores de risco significantes (p<0,05) em análise multivariada para aquisição de CRAB-BSI foram a inserção de cateter venoso central e o uso de cefepima ou meropenem. Na genotipagem por Pulsed-Field Gel Electrophoresis (PFGE), identificamos 12 perfis, sendo que 7 deles agrupavam mais de um isolado. Além disso, identificamos a presença de genes codificadores das enzimas OXA-23 e OXA-51, associadas à resistência aos carbapenêmicos. O terceiro estudo comparou os mesmos 38 casos de CRAB e 76 controles, em delineamento tipo “coorte pareada”, para o desfecho “óbito durante a internação”. Como esperado, os casos foram significantemente associados a maior risco de óbito em modelos de análise de sobrevida. Além disso, quando estudados somente os casos, o uso de Aminoglicosídeos e Polimixina após o diagnóstico se associou a melhor prognóstico. Concluímos que o A. baumannii é um agente potencialmente letal, que se transmite no interior de hospitais e entre diferentes serviços, com incidência aumentada em períodos quentes. / It is estimated that in Brazil hundreds of thousands of Healthcare Associated Infections (HCAI) occur every year, and a significant proportion of these are caused by Acinetobacter baumannii. This bacterium, hyperendemic in Brazilian hospitals, is generally resistant to multiple drugs, leaving behind a scarce therapeutic arsenal. In addition to the traditional risk factors (comorbidities, exposure to the hospital environment, invasive procedures, antimicrobial use), recent studies have demonstrated seasonality and association of A. baumannii incidence with high environmental temperatures. However, the reasons underlying these findings remain obscure. We conducted studies in three public hospitals in the city of Bauru-SP, Brazil, in order to contribute to understanding the epidemiology of A. baumannii, with emphasis on carbapenem resistant isolates (CRAB). The first one, with ecological design, analyzed the behavior of monthly rates of incidence of overall A. baumannii and several subgroups (non-critical wards vs. Intensive Care Units (ICU), overall clinical samples vs. blood cultures) from 2006 to 2017. We studied the impact of temperature, humidity and rainfall on this incidence. As a result, we identified that average monthly temperatures above the 75th percentile (24.7°C) were associated with a higher incidence of overall A. baumannii and CRAB. Interestingly, these findings were more consistent in ICUs and for isolates of blood cultures. In the second study (casecontrol), we analyzed the clonality and risk factors for CRAB bloodstream infections (CRAB-BSI). We studied 38 patients with CRAB-BSI and 76 controls. Significant risk factors (p <0.05) in multivariable analysis for CRAB-BSI acquisition were central venous catheter insertion and use of cefepime or meropenem. In the Pulsed-Field Gel Electrophoresis (PFGE) genotyping, we identified 12 patterns, 7 of which grouped more than one isolate. In addition, we identified the presence of genes encoding the enzymes OXA-23 and OXA-51, associated with resistance to carbapenems. The third study compared the same 38 cases of CRAB and 76 controls, in a "matched cohort" design, for the outcome "in-hospital death”. As expected, the cases were significantly associated with a higher risk of death in survival analysis models. In addition, when only cases were studied, the use of Aminoglycosides and Polimyxyns after diagnosis was associated with a better prognosis. We conclude that A. baumannii is a potentially lethal agent, which is transmitted within hospitals and between different services, with an increased incidence during warm periods.

Orientador: Maria de Lourdes Ribeiro de Souza da Cunha / Coorientador: Carlos Magno Castleo Branco Fortaleza / Banca: Carlos Roberto Veiga Kiffer / Banca: Elizabeth Losshchagin Pizzolitto / Resumo: Estudos recentes apontam para elevação da incidência e da gravidade das infecções por Staphylococcus aureus. Esse fato é agravado pela ampla disseminação de isolados de Staphylococcus aureus resistentes à meticilina (MRSA) nos hospitais, além de sua recente introdução na comunidade. A colonização nasal de indivíduos assintomáticos é o principal fator responsável pela persistência e disseminação de S. aureus nas populações humanas. Assim sendo, inquéritos de carreamento nasal são importantes para estimar a "carga" (burden) de S. aureus como um todo e de MRSA na comunidade. Além disso, a compreensão da relação bactéria-hospedeiro e dos fatores de virulência envolvidos se faz necessária para o combate às infecções que colocam em risco a vida da população em geral. O presente trabalho teve como objetivo investigar a distribuição de clones de Staphylococcus aureus e MRSA na população da área urbana de Botucatu, SP, identificando a prevalência dos determinantes de virulência junto aos fatores de risco associados em isolados obtidos da nasofaringe de indivíduos hígidos do município. Um total de 223 amostras de S. aureus isoladas de secreções nasais foi submetido a testes de susceptibilidade antimicrobiana à oxacilina e cefoxitina através da técnica de discodifusão. O método de E-test foi empregado para determinar a Concentração Inibitória Miníma (CIM) em amostras resistentes. Em seguida, foram realizadas reações de PCR para a detecção dos genes mecA, genes codificadores de fatores de virulência das enterotoxinas (sea, seb e sec) e toxina associada à síndrome do choque tóxico (tst); toxinas esfoliativas A e B (eta, etb), leucocidina de Panton-Valentine (lukS-PV e lukF-PV), hemolisinas alfa e delta (hla e hld); e biofilme (icaA e icaD). A tipagem molecular para a determinação dos clusters foi realizada pela técnica de PFGE. Para avaliar os fatores ... / Abstract: Recent findings show an increase on the incidence and severity of Staphylococcus aureus infection. This fact is worsened by the wide dissemination of the methicillin-resistant S. aureus (MRSA) isolates in hospitals and its recent introduction in the community settings. The nasal colonization in asymptomatic individuals remains the main factor responsible for the persistence and dissemination of S. aureus in the human population. Thereby, nasal carriage surveys are an important tool in order to estimate the total S. aureus burden and the MRSA in the community. Besides, understanding the bacterial-host relationship and the virulence factors involved is necessary in order to manage the infections that jeopardize the population's health. The present study aims at investigating the clonal distribution of S. aureus and MRSA strains in an urban population area in Botucatu, SP, identifying both the prevalence of the virulence determinants together to the associated risk factors in samples obtained from the nasopharynx of healthy individuals from Botucatu. A total of 223 S. aureus samples isolated from nasal secretions were submitted to the antimicrobial susceptibility tests through the disk-difusion method with oxacillin and cefoxitin disks. The E-test method with oxacillin was applied in order to obtain the Minimum Inhibitory Concentration (MIC) among oxacillin disk resistant samples. Afterwards, PCR (Polimerase Chain Reaction) was carried out for the detection of the mecA gene and of the following virulence genes: enterotoxins (sea, seb and sec), toxic shock syndrome toxin (tst), exfoliative toxin A and B (eta, etb), Panton-Valentine Leukocidin (lukS-PV and lukF-PV), alphaand delta-hemolysins (hla and hld), and biofilms (icaA and icaD). The PFGE molecular typing was employed in order to determine the prevalent clusters. The univariate and multivariate linear regression was carried out so that the risk factors ... / Mestre

Orientador: Carlos Magno Castelo Branco Fortaleza / Resumo: Estima-se que no Brasil ocorram centenas de milhares de Infecções Relacionadas à Assistência (IRAS) à Saúde todos os anos, e uma proporção significativa desses quadros é causada por Acinetobacter baumannii. Essa bactéria, hiperendêmica em hospitais brasileiros, é geralmente resistente a múltiplas drogas, restando um escasso arsenal terapêutico. Para além dos fatores de risco tradicionais (comorbidades, exposição ao ambiente hospitalar, procedimentos invasivos, uso de antimicrobianos), estudos recentes demonstraram sazonalidade e associação de sua incidência com altas temperaturas ambientais. No entanto, as razões para esses achados permanecem obscuras. Nós conduzimos estudos em três hospitais públicos conveniados do município de Bauru-SP, com o objetivo de colaborar para a compreensão da epidemiologia do A. baumannii, com ênfase nos isolados resistentes a carbapenêmicos (Carbapenem-resistant A. baumannii, CRAB). O primeiro deles, com delineamento ecológico, analisou o comportamento de taxas mensais de incidência de A. baumannii como um todo e em subgrupos (enfermarias versus Unidades de Terapia Intensiva [UTI], amostras clínicas totais versus hemoculturas) no período de 2006 a 2017. Estudamos o impacto de temperatura, umidade e pluviosidade sobre essa incidência. Como resultados, identificamos que temperaturas médias mensais acima do percentil 75 (24,7°C) estavam associadas a maior incidência de A. baumannii como um todo e de CRAB. Curiosamente, esses achados foram mais consi... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: It is estimated that in Brazil hundreds of thousands of Healthcare Associated Infections (HCAI) occur every year, and a significant proportion of these are caused by Acinetobacter baumannii. This bacterium, hyperendemic in Brazilian hospitals, is generally resistant to multiple drugs, leaving behind a scarce therapeutic arsenal. In addition to the traditional risk factors (comorbidities, exposure to the hospital environment, invasive procedures, antimicrobial use), recent studies have demonstrated seasonality and association of A. baumannii incidence with high environmental temperatures. However, the reasons underlying these findings remain obscure. We conducted studies in three public hospitals in the city of Bauru-SP, Brazil, in order to contribute to understanding the epidemiology of A. baumannii, with emphasis on carbapenem resistant isolates (CRAB). The first one, with ecological design, analyzed the behavior of monthly rates of incidence of overall A. baumannii and several subgroups (non-critical wards vs. Intensive Care Units (ICU), overall clinical samples vs. blood cultures) from 2006 to 2017. We studied the impact of temperature, humidity and rainfall on this incidence. As a result, we identified that average monthly temperatures above the 75th percentile (24.7°C) were associated with a higher incidence of overall A. baumannii and CRAB. Interestingly, these findings were more consistent in ICUs and for isolates of blood cultures. In the second study (casecontrol), w... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2016-04-18T14:52:38Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 2107997 bytes, checksum: 9af3c7a1788cd5f34e07226a97b0fc13 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-04-18T14:52:38Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 2107997 bytes, checksum: 9af3c7a1788cd5f34e07226a97b0fc13 (MD5) Previous issue date: 2015-07-09 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / A criação de aves em sistemas industrializados vem adquirindo, mundialmente, características que envolvem uma elevada densidade animal, o que, consequentemente, leva ao surgimento de condições epidemiológicas capazes de predisporem ao aparecimento de problemas sanitários. Diante deste contexto, aumenta-se a preocupação com as doenças infecciosas, dentre elas, a Bronquite Infecciosa das Galinhas (BIG), cujo agente etiológico é o Infectious bronchitis virus (IBV). O presente estudo teve como objetivo reconstruir a epidemiologia molecular do IBV, por meio de análises filogenéticas e filogeográficas dos genes estruturais N e S1, para estudo da evolução viral. Estas informações são importantes para estabelecer um padrão de dispersão em um contexto histórico geográfico, entender eventos biológicos no passado relacionados à dinâmica populacional e ajudar no desenvolvimento de estratégias efetivas de controle do IBV. Para isso, foram montados dois bancos de dados com sequências moleculares completas e parciais dos genes N e S1 obtidos no GenBank. O primeiro banco de dados (IBV1) contemplou sequências completas de S1 (N=256) e N (N=154) e o segundo banco de dados (IBV2) foi montado com sequências parciais de S1 (N=390) e N (N=173). Importantes parâmetros para estudo da evolução viral foram analisados nesse trabalho para os genes S1 e N do IBV, incluindo estimativas de eventos de recombinação, taxa de mutação, pressão de seleção, dinâmica populacional e dispersão espacial. Os resultados apontam que, na ausência de uma elevada taxa de mutação e pelo fato da seleção purificadora ser a principal forma de seleção natural no IBV, o processo de recombinação tem um papel fundamental na evolução do IBV. As análises de dinâmica populacional sugerem que, até meados da década de 2000, os diferentes programas de vacinação, juntamente com os métodos de biosseguridade, foram eficazes para controlar o crescimento do tamanho efetivo populacional do IBV. Contudo, a partir de 2007, o aumento da população de variantes do IBV, pode indicar que os protocolos vacinais, usados no presente, não estão sendo mais eficazes. Os resultados das análises de dispersão viral do gene S1 e N foram analisados de forma conjunta, a fim de reconstruir um padrão de dispersão do IBV ao longo de sua história evolutiva. O ponto de origem de todas as cepas atuais do IBV foi a China que, após dispersão local, disseminou para os Estados Unidos e, por conseguinte, se dispersou para diferentes países e continentes até alcançar a ampla distribuição mundial encontrada nos dias atuais. Os principais centros de dispersão atuais do IBV foram a China, Estados Unidos, Brasil, Taiwan e Europa. / The intensification of poultry in industrial systems has acquired, worldwide, features that involve a high stock density, which, consequently, leads to the emergence of epidemiological conditions that may predispose to the appearance of health problems. Given this context, the concern with infectious diseases increases, among the diseases is the Avian Infectious Bronchitis (IB), whose etiologic agent is the Infectious bronchitis virus (IBV). This study aimed to reconstruct the molecular epidemiology of IBV through phylogenetic and phylogeographic analyzes of structural genes N and S1, to the study of viral evolution. These pieces of information are important to establish a pattern of dispersion in a geographical historical context, to understand biological events in the past related to population dynamics and to help develop effective strategies for control of IBV. To establish a better outlook for discussion of IBV molecular epidemiology, there were created two databases with complete and partial molecular sequences of genes N and S1 obtained from GenBank. The first database (IBV1) considered complete sequences of the S1 (N = 256) subunit and of the N (N = 154) gene of IBV. To increase the extension of countries from which sequences are available, a second database (IBV2) was created with partial sequences of the S1 (N = 390) gene and the N (N = 173) gene. Important parameters for the study of viral evolution were analyzed in this work for the S1 and N genes of the IBV, including estimates of recombination events, mutation rate, selection pressure, population dynamics and spatial dispersion. The results show that, in the absence of a high mutation rate and because of the purifying selection to be the main form of natural selection in IBV, the recombination process plays a key role in the evolution of IBV. The analysis of population dynamics suggest that, until the mid-2000s, the different vaccination programs, along with the biosecurity methods have been effective in controlling the growth of effective population size of the IBV. However, since 2007, the increase in the population of IBV variants may indicate that the vaccine protocols, used in the present, have not been effective anymore. The results of analyzes of the viral spread of the gene S1 and N were analyzed together, in order to reconstruct a pattern of the IBV dispersion along its evolutionary history. The point of origin of all current strains of IBV was China, which after local dispersion spread to the United States of America and thus dispersed to different countries and continents until reaching the worldwide distribution found today. The current main scattering centers of the IBV were China, the United States, Brazil, Taiwan and Europe.

Made available in DSpace on 2012-05-07T14:43:59Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) 000063.pdf: 1337362 bytes, checksum: fdc0d841069eb0184e4ae777bec25b84 (MD5) Previous issue date: 2007 / A Yersinia pestis é o agente causador da peste, doença infecciosa transmitida através da picada de pulgas infectadas. O homem se contamina acidentalmente ao entrar em contato com roedores ou outros animais infectados (raposas, cães e gatos) e suas pulgas. A Y. pestis é uma espécie muito homogênea, fenotipicamente, apresentando um sorotipo, um fagotipo e três biotipos. Diferentes métodos moleculares foram utilizados em estudos epidemiológicos para discriminar cepas bacterianas. No entanto, para Y. pestis isoladas em focos do Nordeste do Brasil, a maioria dos marcadores estudados não conseguiram discriminar as cepas originadas de diferentes hospedeiros, períodos e locais de isolamento. A eletroforese em gel de campo pulsado (PFGE) é caracterizada pela separação de fragmentos de DNA obtidos por digestão dos cromossomos com endonucleases de restrição. Essa técnica é considerada o padrão ouro dos métodos de tipagem molecular, sendo altamente discriminatória e válida para muitos patógenos bacterianos, inclusive Y. pestis de outros focos do mundo. O objetivo deste trabalho foi realizar tipagem molecular de cepas brasileiras de Y. pestis através do PFGE. Das 43 cepas de Y. pestis, 36 foram usadas para padronização da técnica e 22 cepas, obtidas antes e durante um surto de peste ocorrido no Estado da Paraíba, para avaliação do PFGE. De acordo com padrões encontrados com a endonuclease de restrição AscI, 19 perfis foram gerados. Esses genótipos foram enquadrados em oito grupos (A-H) geneticamente relacionados. A técnica do PFGE mostrou se capaz de diferenciar as cepas de Y. pestis obtidas em diferentes municípios, antes e durante o surto de peste. De acordo com a variabilidade dos padrões de restrição e o alto poder discriminatório, a técnica PFGE pode ser utilizada para diferenciação e análise de novos isolados. A padronização do protocolo do PFGE para genotipagem das cepas brasileiras de Y. pestis pode ser útil na compreensão e controle da expansão da peste

Submitted by Tatiana Oliveira (tsilva@icict.fiocruz.br) on 2012-06-05T18:28:21Z No. of bitstreams: 1 luciane_a_amado_ioc_bp_0005_2010.pdf: 3292332 bytes, checksum: cfe96b31e4c6b0b9cbe0bc24ceb173c1 (MD5) / Made available in DSpace on 2012-06-05T18:28:21Z (GMT). No. of bitstreams: 1 luciane_a_amado_ioc_bp_0005_2010.pdf: 3292332 bytes, checksum: cfe96b31e4c6b0b9cbe0bc24ceb173c1 (MD5) Previous issue date: 2010 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz / No Brasil, surtos de hepatite A em comunidades fechadas, principalmente em creches e escolas, constituem um importante problema para a saúde pública, que requerem investigação epidemiológica e rápida intervenção de controle, devido ao risco de propagação “silenciosa” para as comunidades próximas. Entretanto, a coleta de sangue é invasiva e dolorosa o que dificulta o acesso à população infantil para a realização do diagnóstico, muitas vezes inviabiliza o estudo epidemiológico quando este envolve um número grande de indivíduos. A coleta de amostras de saliva como uma alternativa, oferece potenciais vantagens, pois se trata de uma coleta não-invasiva, indolor e rápida. A fim de avaliar a utilização da saliva como espécime clínico para o diagnóstico e estudos epidemiológicos da hepatite A, estudos foram conduzidos a partir de amostras pareadas de saliva/soro de pacientes envolvidos em um surto de hepatite A. No primeiro estudo, otimizamos métodos para detecção de anticorpos anti-HAV e do HAV-RNA em amostras de saliva. Neste estudo, observamos sensibilidade e especificidade do teste de detecção de anti-HAV IgM na saliva de 96% e 98%, respectivamente. Após estabelecer os protocolos para detecção do HAV RNA, verificamos uma alta freqüência de detecção de HAV RNA em amostras de saliva tanto de pacientes em fase aguda como em pacientes em período de “janela iminológica” (37,2%). O estudo da epidemiologia molecular conduzido durante o surto revelou co-circulação dos dubgenótipos IA e IB do HAV e a ocorrência de casos de co-infecção por subgenótipos diferentes do HAV entre as amostras pareadas de soro e saliva. Este resultado nos levou a investigação de uma possível replicação extrahepática do HAV em glândulas salivares, através de um estudo de infecção experimental em cinomolgos. Neste estudo constatamos a presença do antígeno viral nos hepatócitos e nas glândulas submandibulares dos animais infectados. Através da detecção do replicativo intermediário do HAV, observou-se uma replicação ativa do HAV nas glândulas submandibulares dos animais infectados experimentalmente. Este trabalho demonstrou a aplicabilidade das amostras de saliva para o diagnóstico da hepatite A e sua importância para estudos de epidemiologia molecular. Os dados deste presente estudo esclareceram alguns aspectos da patogênese do HAV como a ocorrência de replicação extrahepática em glândulas salivares, sugerindo a possibilidade de transmissão do HAV através da saliva. / In Brazil, hepatitis A outbreaks in closed communities, especially in nurseries and schools, is a major problem for public health, which require rapid epidemiological investigation and control intervention, due to the risk of spreading "silent" to nearby communities. However, blood collection is invasive and painful which makes access to the child population for the diagnosis often impedes the epidemiological study when it involves a large number of individuals. The collection of saliva samples as an alternative, offer potential advantages because it is a collection of non-invasive, painless and quick. In order to evaluate the use of saliva as a clinical specimen for diagnosis and epidemiology of Hepatitis A studies, studies were conducted from paired samples of saliva / serum of patients involved in an outbreak of hepatitis A. In the first study, we optimized methods for the detection of anti-HAV antibodies and the HAV-RNA in saliva. This study showed a sensitivity and specificity of the detection of IgM anti-HAV antibodies in the saliva of 96% and 98% respectively. After establishing the protocols for the detection of HAV RNA, we found a high frequency of detection of HAV RNA in saliva samples of both acute-phase patients and patients in a period of "window iminológica" (37.2%). The study of molecular epidemiology conducted during the outbreak revealed co-circulation of dubgenótipos IA and IB HAV and the occurrence of co-infection with HAV subgenótipos different between paired serum and saliva. This result led us to investigate a possible extrahepatic replication of HAV in the salivary glands, through a study of experimental infection in cynomolgus. In this study we verified the presence of viral antigen in hepatocytes and in the submandibular glands of infected animals. By detecting the replicative intermediate of HAV was observed HAV replication active in the submandibular glands of animals infected experimentally. This study demonstrated the applicability of saliva samples for the diagnosis of hepatitis A and its importance for molecular epidemiology studies. The data of this study explained some aspects of the pathogenesis of HAV replication as the occurrence of extrahepatic salivary glands, suggesting the possibility of transmission of HAV by saliva.