Submitted by LOUISE HELENA MARTINS MARAN null (louise.maran@outlook.com) on 2016-06-28T16:37:01Z No. of bitstreams: 1 Dissertação_Definitivo.pdf: 2004003 bytes, checksum: 2157b94fbd9ba1934694a695aea03633 (MD5) / Approved for entry into archive by Juliano Benedito Ferreira (julianoferreira@reitoria.unesp.br) on 2016-06-29T18:55:46Z (GMT) No. of bitstreams: 1 maran_lhmm_me_jabo.pdf: 2004003 bytes, checksum: 2157b94fbd9ba1934694a695aea03633 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-06-29T18:55:46Z (GMT). No. of bitstreams: 1 maran_lhmm_me_jabo.pdf: 2004003 bytes, checksum: 2157b94fbd9ba1934694a695aea03633 (MD5) Previous issue date: 2016-05-31 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Estudos recentes com a espécie Mazama americana apontam duas linhagens cromossômicas dentro deste possível complexo de espécies crípticas e entre elas verificou-se a existência de eficiente barreira reprodutiva por isolamento pós-zigótico. No entanto, o efeito das pequenas diferenças cromossômicas entre populações é ainda pouco esclarecido, não sendo claro se seriam polimorfismos intraespecíficos, diferenças subespecíficas ou específicas. Marcadores moleculares permitem investigar se ocorreu fluxo entre estas populações e se este fluxo ainda ocorre no presente, auxiliando na elucidação dos processos evolutivos que ocorreram na diferenciação cromossômica e qual o real efeito dessas variações no isolamento e especiação no táxon. Diante do exposto, o presente trabalho estudou as relações filogenéticas entre variantes cromossômicas, com alto número diplóide, de M. americana com o objetivo de compreender melhor a história evolutiva da espécie e verificar a existência de unidades evolutivamente significativas dentro deste complexo específico, contribuindo para o delineamento de programas de conservação da espécie. As relações filogenéticas da espécie foram examinadas utilizando genes mitocondriais (citocromo b, citocromo oxidade I, região controladora D-loop e NADH dehigrogenase subunit 5), com 44 indivíduos de veados-mateiro provenientes de diferentes localidades do Brasil. Os resultados encontrados não corroboram a existência de unidades evolutivamente significativas dentro do grupo amostrado. A topologia encontrada nas árvores filogenéticas não mostram agrupamentos por citótipos, mas sim uma polifilia dos clados das árvores filogenéticas. / Recent studies on the species Mazama americana point two chromosomal lineages within red brocket deer and among them there was the existence of effective reproductive barrier post-zygotic isolation. However, the effect of these small chromosomal differences between these populations is not clearly established, it is not clear whether they would be intraspecific polymorphisms, subspecific or specific diferences. The molecular markers allow to investigate if there was flows occurred between these populations and whether these flows still occur in the present, helping to unravel the evolutionary processes that have occurred on chromosome differentiation and what the actual effect of these changes in isolation and speciation in the taxon. Given the above, this research project studied the phylogenetic relationships among chromosomal variants of M. americana with the aim of elucidating the evolutionary history of the species and verify the existence of evolutionarily significant units within this particular complex, contributing to the design of programs conservation of the species. The phylogenetic relationships of the species were examined using mitochondrial genes (cytochrome-b, cytochrome oxidase I, control region D-loop and NADH dehidrogenase subunit 5), with 44 individuals of red brocket deer from different locations in Brazil. The results do not support the existence of distinct evolutionary units within the sampled groups. The topologies found in phylogenetic tree show no groupings cytotypes but a polyphyly of clades of the phylogenetic tree. / CNPq: 132063/2014-0

Submitted by Aelson Maciera (aelsoncm@terra.com.br) on 2018-02-01T16:44:30Z No. of bitstreams: 1 TeseCBMS.pdf: 4190969 bytes, checksum: 7f39aaee9acdf743fad7b9fcaec22326 (MD5) / Approved for entry into archive by Ronildo Prado (bco.producao.intelectual@gmail.com) on 2018-02-01T18:49:59Z (GMT) No. of bitstreams: 1 TeseCBMS.pdf: 4190969 bytes, checksum: 7f39aaee9acdf743fad7b9fcaec22326 (MD5) / Approved for entry into archive by Ronildo Prado (bco.producao.intelectual@gmail.com) on 2018-02-01T18:50:08Z (GMT) No. of bitstreams: 1 TeseCBMS.pdf: 4190969 bytes, checksum: 7f39aaee9acdf743fad7b9fcaec22326 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-02-01T18:54:28Z (GMT). No. of bitstreams: 1 TeseCBMS.pdf: 4190969 bytes, checksum: 7f39aaee9acdf743fad7b9fcaec22326 (MD5) Previous issue date: 2016-09-30 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Salminus is a genus comprised of four Neotropical medium- and large-sized fishes species, top predators, with both recreational and commercial importance. The paucity of information on taxonomy, phylogeny and phylogeography make appropriate conservation policies difficult for the genus, which is in a significant population decline. For this reason, our goal was, by using mitochondrial (COI, Cytb and D-loop) and nuclear (RAG2 and S7 intron) molecular makers, to elucidate taxonomic uncertainties, identify cryptic diversity, investigate the phylogenetic relationship among the species and infer the historical processes that shaped the current Salminus distribution. To assist in taxonomic issues, we employed the traditional DNA barcoding and GMYC COI-based analyses in 110 specimens, representing the four valid species. In both methodologies, eight MOTUs (molecular operational taxonomic units) were identified. Only two species, Salminus affinis and Salminus franciscanus, represented a MOTU each. The species Salminus brasiliensis and Salminus hilarii were represented by two and four MOTU, respectively. These MOTUs are distributed in distinct hydrographic basins where morphological polymorphisms had already been described. The average intraspecific distances greater than the optimal threshold of 1.1% (S. brasiliensis – 3.6%, e S. hilarii – 5%), reinforce the idea of more taxonomic units in Salminus. The multiloci analysis recovered interesting information about the cryptic diversity: the paraphyletic mitochondrial lineages of S. brasiliensis, one from Upper Paraná river and another composed of specimens from the other regions of the Platina basin, formed a unique monophyletic group. For S. hilarii, despite the four MOTUs observed, only three of them were recovered. Therefore, based on multiloci analysis and phylogenetic species concept, we proposed a new taxonomic scenario for Salminus. The genus is now composed of six species: S. affinis, S. franciscanus, S. brasiliensis, S. hilarii, Salminus sp. Amazonas and Salminus sp. Araguaia. The phylogeny reconstruction refuted hypotheses previously proposed. S. affinis, the only trans-Andean species, was the sister species of the other Salminus, which formed two main groups: Northwest group, composed of S. sp. Amazonas and S. sp. Araguaia, and Southeast group, formed by S. brasiliensis, S. franciscanus and S. hilarii. The divergence processes among Salminus began in Later Miocene and it is associated with vicariance and geodispersion events that shaped the hydrological landscape in the past 12 million years. For the first time, it was used a model-based approach in order to test alternative biogeographic scenarios and to distinguish phylogeography signatures among the events responsible for Neotropical fishes’ diversification. We evidenced that the distinct vicariance and geodispersion signatures could be detected in our biological model. A clear description of these species brings in a valuable information for conservation, because, now, six biological units need to be protected. As these species are located in distinct hydrographic basins, each basin becomes one important biogeographic unit to maintain the evolutionary and ecological processes that sustain the species permanence and diversity. / Salminus é um gênero constituído por quatro espécies de peixes Neotropicais de médio e grande porte, predadores topo de cadeia, que possuem importância na pesca comercial e esportiva. Escassez de informações quanto a taxonomia, filogenia e filogeografia, dificultam medidas de conservações adequadas para o gênero, que se encontra em acentuado declínio populacional. Por essa razão, este estudo objetivou, através do emprego de marcadores moleculares mitocondriais (COI, Cytb e D-loop) e nucleares (RAG2 e íntron do S7), elucidar incertezas taxonômicas, identificar diversidade críptica, investigar as relações filogenéticas entre as espécies e inferir os processos históricos que modelaram a distribuição atual do gênero Salminus. Para auxiliar nas questões taxonômicas, nós empregamos análise de DNA barcoding tradicional e GMYC utilizando o marcador COI em 110 espécimes, representando as quatros espécies válidas. Em ambas metodologias, oito MOTUs (unidades taxonômicas operacionais moleculares) foram identificadas. Apenas duas espécies, Salminus affinis e Salminus franciscanus, apresentaram uma única MOTU cada. As espécies Salminus brasiliensis e Salminus hilarii foram representadas por duas e quatro MOTUs, respectivamente. Essas MOTUs estão distribuídas em distintas bacias hidrográficas onde polimorfismos morfológicos já haviam sido descritos. As médias das distâncias intraespecíficas superiores ao threshold ótimo de 1.1% (S. brasiliensis – 3.6%, e S. hilarii – 5%), reforçam a ideia de mais unidades taxonômicas em Salminus. A análise multiloci recuperou informações interessantes quanto à diversidade críptica: as linhagens mitocondriais parafiléticas de S. brasiliensis, uma proveniente do Alto rio Paraná e outra formada por espécimes das demais regiões da bacia Platina, formaram um único grupo monofilético. Para S. hilarii, apesar de quatros MOTUs observadas, apenas três foram recuperadas. Portanto, baseada na análise multiloci e no conceito filogenético de espécie, propomos um novo cenário taxonômico para Salminus. O gênero passa a ser constituído por seis espécies: S. affinis, S. franciscanus, S. brasiliensis, S. hilarii, Salminus sp. Amazonas e Salminus sp. Araguaia. A filogenia recriada refutou hipóteses previamente propostas. S. affinis, única espécie transandina, foi a espécie-irmã dos demais Salminus, que formam dois grandes grupos: grupo Noroeste, constituído por S. sp. Amazonas e S. sp. Araguaia, e grupo Sudeste, composto por S. brasiliensis, S. franciscanus e S. hilarii. Os processos de divergência entre as espécies do gênero se iniciou no Mioceno Superior e está associada a eventos de vicariância e geodispersão que modelaram a paisagem hidrogeológica nos últimos 12 milhões de anos. Pela primeira vez, foi utilizado uma abordagem baseada em modelos para testar cenários biogeográficos alternativos e distinguir se existem assinaturas filogeográficas entre os eventos responsáveis pelo processo de diversificação de peixes Neotropicais. Nós evidenciamos que distintas assinaturas filogeográficas entre vicariância e geodispersão puderam ser detectadas em nosso modelo biológico. A clara designação das espécies por si só já acarreta em uma informação valiosa para conservação, afinal seis unidades biológicas precisam ser protegidas. Como essas espécies estão localizadas em distintas bacias hidrográficas, cada bacia passa ser avaliada como uma unidade biogeográfica importante para a manutenção dos processos evolutivos e ecológicos que sustentam a diversidade e permanência das espécies.

Thèse numérisée par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal.

Thèse numérisée par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal