Quatro gêneros compõem a tribo Callitrichini: Callibella (monotípico), Callithrix (com seis espécies), Cebuella (monoespecífico) e Mico (com 13 espécies, recentemente desmembrado de Callithrix por filogenias moleculares). As espécies da tribo ocorrem desde o sudeste do Brasil (estado de São Paulo), até o sul da Colômbia (departamento de Putumayo). Atualmente, morfologistas não reconhecem a validade de Mico, e Callibella não é reconhecido em algumas filogenias moleculares. Com o objetivo de testar a validade desses quatro gêneros, estabelecer hipóteses de relacionamento entre eles e entre as espécies que os compõem, realizei uma filogenia morfológica incluindo todas 21 espécies atualmente reconhecidas para o grupo. O grupo-externo é constituído por Callimico goeldii, Leontopithecus chrysomelas, L. chrysopygus, Saguinus fuscicollis weddelli, S. midas midas, Saimiri ustus e Callicebus moloch. Foram obtidos 80 caracteres, 34 considerados multiestado. Desse total, quatro são morfológicos quantitativos, 21 tegumentares e 51 osteológicos quantitativos, um cariológico e três vocais. Para comparar os caracteres osteológicos e tegumentares, duas análises utilizando somente caracteres desses sistemas foram realizadas. Na análise tegumentar, foram obtidas 72 árvores com comprimento (l) de 84 passos e um índice de consistência (IC) de 0,571. A análise osteológica resultou em 12 árvores (l = 104; IC = 0,635). Comparando os IC, os caracteres de pelagem se revelaram mais homoplásticos que os osteológicos. Ainda, os primeiros resolviam principalmente as relações em níveis taxonômicos menos inclusivos, i.e. relações interespecíficas, enquanto que os osteológicos recuperavam tribos e gêneros. Após uma busca exata, utilizando os 80 caracteres, obtive uma única árvore totalmente resolvida (l = 211, IC = 0,588 e índice de retenção = 0,787). O monofiletismo de Callitrichini foi evidenciado, e o clado apresentou suporte Bremer igual a 10 passos. O grupo irmão da tribo foi Leontopithecus. A topologia do grupo-interno foi a seguinte: (((((Mico argentatus + M. leucippe) M. emiliae) ((M.marcai + M. nigriceps) M. rondoni)) (M. acariensis + M. melanurus)) ((M. mauesi + M. humeralifer) Callibella humilis) ((M. intermedius + M. saterei) M. chrysoleucos)) Cebuella pygmaea) ((Callithrix jacchus + C. penicillata)((C. aurita + C. flaviceps)(C. geoffroyi + C. kuhlii))). Devido à posição de Callibella, considero o gênero como sinônimo júnior de Mico, sendo M. humilis um representante diminuto do gênero provavelmente por ocorrer em simpatria com M. marcai. Callithrix é altamente autapomórfico, com nove sinapomorfias e um alto suporte de Bremer (7 passos). A relação Cebuella + Mico é inédita em estudos morfológicos e o grupo foi unido por sete sinapomorfias (suporte de Bremer = 5). Devido ao alto número de autapomorfias em Callithrix, o considero um gênero adaptado à sazonalidade e ao ambiente floristicamente pobre do leste do Brasil. A dicotomia inicial de Mico corresponde aproximadamente à clássica separação taxonômica das espécies com tufo e sem tufo. As relações interespecíficas desse gênero revelam um grupo parafilético ocorrendo no interflúvio Madeira/Tapajós. Este trabalho, portanto, reconhece três gêneros em Callitrichini: Callithrix, Cebuella e Mico, sendo a primeira filogenia morfológica a obter (Cebuella + Mico) e a primeira a propor que M. humilis estaria inserido em um subclado de Mico. / The tribe Callitrichini is composed of four marmoset genera: Callibella (monotypic, described in 2003), Callithrix (six species), Cebuella (monospecific) and Mico (13 species, recently revalidated based on molecular phylogenies). These species occur from southeastern Brazil to southern Colombia. Presently, morphologists do not recognize Mico as valid, and Callibella is also not recognized in molecular phylogenies. Aiming to test the validity of these genera and formulate relationships hypotheses among them and their species, I carried out a morphological phylogeny including all 21 currently recognized species of marmosets. The outgroup was composed of Callimico goeldii, Leontopithecus chrysomelas, L. chrysopygus, Saguinus fuscicollis weddelli, S. midas midas, Saimiri ustus e Callicebus moloch. A total of 80 characters, 34 multistate, were obtained. From this number, four are quantitative morphological, 21 qualitative tegumentar and 51 osteological, a karyological and three vocal. In order to compare tegumentary and osteological character set, two analyses, using exclusively characters from these morphological systems were carried out. On the tegumentar analysis, 72 trees with a length (l) of 84 steps and consistency index (CI) of 0.571, were obtained. The osteological analysis resulted in 12 tress (l = 104; IC = 0.635). By comparing the CIs, the pelage characters revealed to be more homoplastic than the osteological ones. Still, the former were better at resolving relationship at less inclusive levels, taxonomically, i.e. interspecific relations, while osteological characters recovered tribes and genera. After an exhaustive search, including all 80 characters, a single completely resolved tree was obtained (l = 211, IC = 0.588, retention index = 0.787). Callitrichini turned out to be a monophyletic group, with a Bremer support of 10 steps. The lion-tamarin genus Leontopithecus was its sister group. The ingroup topology was as follows: (((((Mico argentatus + M. leucippe) M. emiliae) ((M.marcai + M. nigriceps) M. rondoni)) (M. acariensis + M. melanurus)) ((M. mauesi + M. humeralifer) Callibella humilis) ((M. intermedius + M. saterei) M. chrysoleucos)) Cebuella pygmaea) ((Callithrix jacchus + C. penicillata)((C. aurita + C. flaviceps)(C. geoffroyi + C. kuhlii))). Callibella was nested inside Mico, and thefore it is to be regarded as a junior synonym of it. The significantly smaller size of Mico humilis may be related to the fact that it occurs sympatrically with M. marcai. Callithrix is a highly autapomorphic genus, with nine characters supporting it and a Bremer support of seven steps. Due to this fact, the genus is herein considered to be an eastern Brazil specialist. The clade Cebuella +Mico, supported by seven synapomorphies (Bremer support = 5), is recovered for the first time in a morphological work. The first dichotomy in Mico corresponds roughly to the classical tufed and untufted division. The interspecific relations among this genus reveal a paraphyletic group inhabiting the Madeira/Tapajós interfluvium. This work therefore recognizes three marmoset genera: Callithrix, Cebuella and Mico, being the first morphological phylogeny to obtain (Cebuella + Mico) and the first one to propose that M. humilis is nested within Mico.

A phylogenetic hypotesis of American Vernonieae based on three molecular regions (ITS, ndhF, rpl32-trnL) and on a morphological dataset reveals the existence of four main lineages in the group. Three of these lineages correspond, with a few adjustments, to subtribes Chrestinae, Lychnophorinae and Vernoniiae. The last lineage is mainly composed of Lepidaploinae and Elephantopinae. In order to keep the Lychnophorinae monophyletic, two small subtribes (Centratherinae, Sipolisiinae) and three monotypic genera (Albertinia, Blanchetia and Gorceixia) must be to transferred to Lychnophorinae, which has the presence of heliangolide in aerial parts as a synapomorphy. Our results show that syncephaly probably appeared independently three of four times in the course of evolution of American Vernonieae. Special features of these aggregation of heads in each lineage suggest that the formation of syncephalia is related to different biological functions: attractive in Chrestinae, disseminative in Rolandrinae or protective in Lychnophorinae. A phylogenetic analysis of Lychnophorinae was further performed based on a morphological dataset and on four molecular regions (ETS, ITS, ndhF, rpl32-trnL), in order to delimit monophyletic genera in Lychnophorinae, and to achieve a better understanding fo the relationships between the genera of the subtribe. The richest genus of the subtribe, Lychnophora, with 32 describe species, emerged as polyphyletic, involving three main lineages not closely related. Most clades obtained are associated with some existing generic concept and can be defined by a simple combination of morphological characters. Albertinia, Blanchetia and Gorceixia are the most basal lineages, whereas Eremanthus and Lychnophora stricto sensu emerged as the most derived clade, which contains half of the species of the subtribe. However, relationships between the remaining clades persist partially unresolved. Aiming to compare the influence of a hierarchical representation of homology hypotheses on phylogenetic inference, two morphological datasets of American Vernonieae and Lychnophorinae (Asteraceae) have been analyzed using parsimony and three-item analysis. The results widely diverged not only in terms of topology but also in the number of homologies recovered. The three-item analysis appears to retrieve a higher information content fron the original datasets. The already acknowledged high level of homoplasy in Vernonieae morphological data is here confirmed and most of the clades are not supported by synapomorphies. Based on the results of the phylogenetic analyses performed, a new classification of the subtribe Lychnophorinae is here proposed. The subtribes Centratherinae and Sipolisiinae are reduced to synonymy of Lychnophorinae and three genera (Albertinia, Blanchetia, Gorceixia) are transferred to the subtribe. As now circumscribed, Lychnophorinae comprises 18 genera and 104 species distributed mostly in the cerrado, domain of the Brazilian Central Plateau, Oiospermum is synonymized under Centratherum, and Irwinia under Blanchetia. Because Lychnophora as currently circumscribed was shown to be polyphyletic, it is here dismantled into three monophyletic genera: Lychnophora s.s., Lychnocephalus and a new genus described herein, Lychnophorella. 17 new combinations are proposed as well as 10 new synonymies. The descriptions of eight new species of Lychnophorinae are presented: Eremanthus brevifolius, Heterocoma gracilis, H. Robinsoniana, Minasia ramose, Paralychnophora glaziouana, Piptolepis campestris, P. monticola and P. schultziana. The synopsis provides the taxonomic status, data on nomenclatural types, geographical distribution, and taxonomic notes for each species. / Uma hipótese filogenética das Vernonieae Americanas, baseada em uma matriz morfológica e em três regiões moleculares (ITS, ndhF, rpl32-trnL), revela a existência de quatro linhagens principais neste grupo. Três dessas linhagens correspondem, com alguns ajustes, às subtribos Chrestinae, Lychnophorinae e Vernoniinae. A última linhagem é principalmente composta de Lepidaploinae e Elephantopinae. Para uma circunscrição de Lychnophorinae monofilética, devem ser aqui incluídos duas pequenas subtribos (Centratherinae, Sipolisiinae) e três gêneros monotípicos (Albertinia, Blanchetia e Gorceixia), tendo como sinapomorfia a presença de heliangolidos nas partes aéreas. Nossos resultados mostram que a sincefalia provavelmente surgiu três ou quatro vezes ao longo da evolução das Vernonieae Americanas. As características especiais dessas agregações de capítulos em cada linhagem sugerem que a formação da sincefalia deve estar relacionada a diferente funções biológicas: atração nas Chrestinae, dispersão nas Rolandrinae ou proteção nas Lychnophorinae. A análise filogenética das Lychnophorinae foi realizada baseada numa matriz morfológica e quatro regiões moleculares (ETS, ITS, ndhF, rpl32-trnL), a fim de delimitar gêneros monofiléticos na subtribo, e alcançar uma melhor compreensão das relações entre seus gêneros. O gênero mais rico da subtribo, Lychnophora, com 32 espécies descritas, emergiu como polifilético, envolvendo três principais linhagens não estreitamente relacionadas. A maioria dos clados obtidos estão associados a conceitos de gêneros já existentes e podem ser definidos por uma combinação simples de caracteres morfológicos. Albertinia, Blanchetia e Gorceixia são as linhagens mais basais, enquanto Eremanthus e Lychnophora stricto sensu emergiram como o clado mais derivado, que contém metade das espécies da subtribo. Porém, as relações entre os demais clados persistem apenas parcialmente resolvidas. Com o objetivo de comparar a influência de uma representação hierárquica de hipóteses de homologia em inferência filogenética, uma matriz morfológica das Vernonieae Americanas e uma das Lychnophorinae (Asteraceae) foram ambas analisadas usando a parcimônia e análise de três itens. Os resultados divergiram muito não só em termos de topologia, mas também no número de homologias recuperadas. A análise de três itens parece recuperar um maior conteúdo de informação das matrizes originais. O nível elevado de homoplasia já reconhecido em dados morfológicos de Vernonieae foi aqui confirmado e a maioria dos clados não são sustentados por sinapomorfias. Baseada nos resultados das análises filogenéticas realizadas, propõe-se aqui uma nova classificação da subtribo Lychnophorinae, e uma sinopse é apresentada. As subtribos Centratherinae e Sipolisiinae são reduzidas a sinonímia de Lychnophorinae e três gêneros (Albertinia, Blanchetia, Gorceixia) são transferidos para a subtribo. Como agora circunscrita, Lychnophorinae compreende 18 gêneros e 104 espécies distribuídas principalmente no domínio do cerrado do Planalto Central Brasileiro. Propõe-se a sinonimização de Oiospermum sob Centratherum, e de Irwinia sob Blanchetia. Devido ao fato de Lychnophora, como atualmente circunscrito ter-se mostrado polifilético, suas espécies tiveram que ser rearranjadas em três gêneros monofiléticos: Lychnophora s.s., Lychnocephalus e um novo gênero agora descrito, Lychnophorella. 17 novas combinações são propostas bem como 10 novas sinonímias. As descrições de oito novas espécies de Lychnophorinae são apresentadas: Eremanthus brevifolius, Heterocoma gracilis, H. robinsoniana, Minasia ramosa, Paralychnophora glaziouana, Piptolepis campestris, P. monticola e P. schultziana. A sinopse inclui os dados fundamentais de todas as espécies de Lychnophorinae: status taxonômico, dados sobre os tipos nomeclaturais, distribuição geográfica e habitat, além de notas taxonômicas.

Staurozoa é uma das cinco classes atuais do filo Cnidaria. Nesta tese, propomos um estudo integrado da evolução de Staurozoa englobando dados moleculares, morfológicos e de cnidoma. Visando abordar estes diferentes aspectos, este projeto teve como objetivos inferir (1) o relacionamento evolutivo entre as espécies de Staurozoa; (2) a evolução do plano corporal de Staurozoa; e (3) o significado taxonômico/evolutivo do cnidoma para classe. O capítulo \"Global diversity and phylogenetic systematics of stalked jellyfishes (Cnidaria: Staurozoa)\" propõe uma hipótese filogenética para representantes da classe Staurozoa. Esta hipótese balizou uma extensa revisão da classificação do grupo. O estudo apresenta ainda uma revisão histórica da classe, incluindo dados de taxonomia, diversidade, distribuição geográfica e batimétrica, uso do substrato, alimentação, comportamento, ciclo de vida e conservação. No capítulo \"Evolution of the body plan in Staurozoa (Cnidaria): a comparative histological study\", a anatomia interna de 10 espécies foi analisada evolutivamente com base na nossa proposta filogenética molecular para a classe. Caracteres pouco estudados para o grupo foram detalhados de forma comparativa e suas possíveis funções discutidas. A evolução dos nematocistos em Staurozoa é analisada no capítulo \"Phylogenetic signal of nematocysts in Staurozoa (Cnidaria)\". Dados de 17 espécies foram analisados com base em nossa hipótese filogenética. Por meio de dados de morfometria tradicional e geométrica, concluímos que há um sinal filogenético significativo nos nematocistos dos tentáculos secundários, o que não ocorre no tipo de nematocisto encontrado nas baterias subumbrelares. A possível relação entre o sinal filogenético e o desenvolvimento dos nematocistos em Staurozoa é discutida, assim como possíveis pressões evolutivas envolvidas na presença e ausência de sinal filogenético / Staurozoa is one of the five current classes of the phylum Cnidaria. In this Dissertation we propose an integrative study of the evolution of Staurozoa, encompassing molecular, morphology, and cnidome information. In order to address these different aspects, the general aims of this project are to infer (1) the evolutionary relationship between species of Staurozoa; (2) the evolution of the body plan in Staurozoa; and (3) the taxonomic and evolutionary meaning of cnidome for the class. The chapter \"Global diversity and phylogenetic systematics of stalked jellyfishes (Cnidaria: Staurozoa)\" presents a comprehensive phylogenetic hypothesis for representatives of the class Staurozoa. This hypothesis supported an extensive reassessment of staurozoan classification. The study also presents an historical review of the class, including information on taxonomy, diversity, geographical and bathymetric distribution, use of substrate, feeding, behavior, life cycle, and conservation. In the chapter \"Evolution of the body plan in Staurozoa (Cnidaria): a comparative histological study\", the internal anatomy of 10 species was evolutionarily analyzed based on our molecular phylogenetic hypothesis for the class. Characters rarely studied for the group were comparatively described in detail, and their possible functions were discussed. The evolution of nematocysts in Staurozoa is analyzed in the chapter \"Phylogenetic signal of nematocysts in Staurozoa (Cnidaria)\". Data from 17 species were analyzed based on our phylogenetic hypothesis. Using traditional and geometric morphometric data, we concluded that there is a significant phylogenetic signal for the nematocysts from secondary tentacles, which was not observed for the nematocysts from white spots. The possible relationship of phylogenetic signal and development of nematocysts in Staurozoa is discussed, as well as the possible evolutionary pressures involved in the presence and absence of phylogenetic signal

Dentre os 20 gêneros de Microhylidae reconhecidos para o Novo Mundo, o gênero Chiasmocleis é considerado o mais diversificado, contendo 25 espécies amplamente distribuídas pela América do Sul ao leste dos Andes e ao sul da América Central. O gênero carece de uma análise filogenética que proponha uma hipótese de parentesco robusta entre a maioria das espécies, que teste objetivamente o seu monofiletismo e que o posicione dentro da irradiação de microhylídeos neotropicais. A análise comparada da morfologia de 18 espécies de Chiasmocleis, mais 19 espécies pertencentes a 15 gêneros de microhilídeos neotropicais resultou em uma matriz de 116 caracteres, 48 referentes à morfologia externa e 68 osteológicos. Através de uma análise cladística esta matriz foi analisada no programa TNT, resultando em duas árvores igualmente parcimoniosas, com 490 passos, índice de consistência 0.308 e índice retenção 0.562. O monofiletismo do gênero Chiasmocleis é rejeitado, com o gênero Syncope enraizando-se no ápice da linhagem formada pelas espécies do gênero Chiasmocleis. Além disso, C. panamensis não se agrupa com as demais espécies do gênero, se posicionando como o grupo-irmão do clado formado pelos gêneros Relictivomer, Elachistocleis, Dasypops, Synapturanus, Myersiella sendo este o clado irmão das demais espécies de Chiasmocleis mais Syncope. A topologia encontrada agrupa as espécies de menor tamanho, nos ramos mais derivados na irradiação americana de microhylídeos, sugerindo uma tendência evolutiva a redução do tamanho corporal. Embora não se tenha traçado um perfil geral das conseqüências da redução do tamanho no grupo, características da cintura escapular sugerem a retenção de estados pedomorficos nas espécies miniaturalizadas. / Among the 20 recognized genera of the New World Microhylidae, Chiasmocleis is the most diverse, containing 25 species widely distributed throughout South America east of the Andes and south of Central America. The genus lacks a robust hypothesis of relationship between its species, and its monophyly has never been adequately tested. In this work a phylogenetic analysis is employed to specifically address those issues and to position Chiasmocleis among American microhylids. Comparative analysis of the morphology of 18 species of Chiasmocleis, and 19 species from 15 genera of Neotropical microhylids resulted in a matrix of 116 characters, 48 concerning the external morphology and 68 osteological. This matrix was analyzed in a cladistic framework with the program TNT, resulting in a single most parsimonious tree with 490 steps, consistency index 0.308 and retention index 0.562. The monophyly of the genus Chiasmocleis is rejected, with the genus Syncope rooting at the apex line formed by species of the genus Chiasmocleis. In addition, C. panamensis did not group with other species in the genus, and is positioned as the sister group to the clade formed by Relictivomer, Elachistocleis, Dasypops, Synapturanus, Myersiella , this clade being the sister group of the other species of Chiasmocleis plus Syncope. The topology found positioned the smaller species in the more derived branches, suggesting an evolutionary trend of reduction of body size in the new world microhylid lineage. Although the present work has not drawn a general profile of the consequences of miniaturization in the group, characteristics of the shoulder girdle suggest the retention of paedomorphic states in smaller species.

The genus Pristimantis has 500 species of anurans with distribution in northwest South America, specially in the Andes. Due to the large number of species morphologically diverse, the genus was divided in 11 species groups, with 312 species not allocated in any of them. The great number of species not allocated in species groups is due to the lack of morphological characters to better define and diagnose these groups, and because most of the anteriorly recognized groups in the literature of 70, 80 and 90s decades of the last century were not recovered monophyletic in the most recent phylogenetic analyses. The present study aims to perform a phylogenetic analysis of Pristimantis, with phenotypic and genotypic characters, through total evidence with dynamic homology and parsimony. As a result, Pristimantis is not monophyletic and some of its species were reallocated in the genus Tachiramantis. The species groups within Pristimantis were reformulated with proposed diagnosis. In total, 25 species groups are here defined / O gênero Pristimantis possui 500 espécies de anfíbios anuros com distribuição no noroeste da América do Sul, concentrado principalmente nos Andes. Devido ao grande número de espécies, morfologicamente diversas, o gênero encontra-se atualmente dividido em 11 grupos de espécies, com 312 espécies não alocadas em grupos. O grande número de espécies não alocadas em grupos se deve especialmente pela falta de dados morfológicos para definir e diagnosticar esses grupos, e pelo fato dos grupos anteriormente reconhecidos nas décadas de 70, 80 e 90, serem em sua grande maioria não monofiléticos. O presente trabalho tem como objetivo uma análise filogenética do gênero Pristimantis, utilizando caracteres fenotípicos e genotípicos através de uma análise de evidência total utilizando homologia dinâmina e parcimônia. Pristimantis não resultou monofilético e algumas de suas espécies foram realocadas no gênero Tachiramantis. Os grupos de espécies em Pristimantis foram reformulados com diagnoses propostas. No total 25 grupos de espécies são reconhecidos

Foi realizada a investigação cladística dos Bouchardiinae (Brachiopoda, Terebratellidae), braquiópodes comuns no registro fóssil cenozóico da Argentina, Uruguai, Antártica, Nova Zelândia e Austrália, bem como, atualmente, na plataforma brasileira. A história geológica do grupo remete ao limite Cretáceo/Terciário. O estudo teve como objetivo central demonstrar que a análise das feições morfológicas internas e externas de conchas fósseis e atuais de braquiópodes possibilita a realização de estudos cladísticos. Para atingir esse objetivo foram avaliadas as relações de parentesco e a sistemática dos Bouchardiinae (Família Terebratellidae), bem como o escopo de seus gêneros. A análise envolveu os gêneros Bouchardia, Bouchardiella, Neobouchardia e Malleia, tendo como grupo externo Adnatida, Aliquantula, Anakinetica, Australiarcula, Elderra, Magadina, Magadinella, Parakinetica, Pilkena, Pirothyris e Rhizothyris. A análise contou com 22 táxons (grupo interno e externo) e 43 caracteres. O cladograma (CI= 0,714; RI= 0889; RC= 0,635) escolhido como proposta de trabalho apresentou topologia bem resolvida, com dois clados bem distintos. Um deles, reúne todos os Bouchardiinae, tendo Malleia portlandica como táxon basal, o outro agrupa os Anakineticinae, incluindo Australiarcula artesiana. Entre os Bouchardiinae, a única indefinição ficou por conta das espécies Bouchardia rosea e Bouchardia transplatina, o que reforça a suspeita de serem sinônimos. Entre os táxons do grupo externo destaca-se a posição basal de Australiarcula artesiana. Os resultados obtidos permitiram considerar que: a) a análise morfológica interna e externa de conchas de braquiópodes fósseis e viventes fornece dados morfológicos adequados à análise cladística; b) existem 2 clados distintos no cladograma escolhido como hipótese de trabalho, um representativo dos Bouchardiinae e outro dos Anakineticinae, incluindo Australiarcula artesiana, o que esclarece, de momento, a dúvida quanto a posição desse gênero; c) a condição dos táxons enquanto gêneros válidos e distintos foi reavaliada e foi proposta a sinonímia entre Bouchardiella e Neobouchardia, em favor da primeira; d) Bouchardia rosea e Bouchardia transplatina não apresentaram diferenças morfológicas significativas e, somando-se a isso, sua posição na topologia obtida sugere sinonímia entre os táxons, em favor de Bouchardia rósea (Mawe), 1823; e) o monofiletismo dos Bouchardiinae foi corroborado; f) foram confirmadas as 3 sinapomorfias já sugeridas pela literatura, isto é, espessamento posterior, processo cardinal em forma de \'V\' e braquídio incompleto; g) a topologia obtida suporta a sugestão de que Bouchardia rosea e Anakinetica cumingi apresentam morfologia semelhante por compartilharem modos de vida similares e não por parentesco próximo; h) a proposta de classificação mais adequada para os Bouchardiinae parece combinar opiniões de RICHARDSON (1994) e BRUNTON(1996), tornando válida a Subfamília Bouchardiinae, composta por Bouchardia, Bouchardiella e Malleia; i) a despeito da falta do registro estratigráfico de parte da história evolutiva dos Bouchardiinae, foi identificada a evolução em paralelo de dois grupos, um deles, de duração mais curta e restrito à Austrália e Nova Zelândia, formado por Bouchardiella cretacea, Bouchardiella (Neobouchardia) minima e Malleia portlandica, e outro, formado por Bouchardiella patagonica, Bouchardiella jorgensis e as espécies de Bouchardia, persistindo até o Recente, tendo se desenvolvido entre a Península Antártica e a costa leste da América do Sul; j) além do padrão geral de migração das espécies de Bouchardia para o norte, foram identificados alguns passos intermediários nesse modelo, principalmente quanto à migração de Bouchardia da Terra do Fogo (Argentina) para a Península Antártica; assim, o modelo de \"contínua migração das espécies para o norte, sem retenção de suas localidades prévias\" estaria parcialmente descartado, não invalidando, contudo, o padrão geral de migração para o norte. / A cladistic investigation of Bouchardiinae (Brachiopoda, Terebratellidae) was carried out. These brachiopods are common in the Cenozoic fossil record of Argentina, Uruguay, Antarctica, New Zealand, Australia, as well as in the Brazilian shelf. The geological history of the group can be tracked back until de Cretaceous/Tertiary boundary. The main goal of present study was to verify the hypothesis that morphological analysis on internal/external features of extinct/extant brachiopod shells allow us to proceed a cladistics analysis for the group. In order to achieve this goal, the relationships and systematic of the Bouchardiinae (Family Terebratellidae) were evaluated, as well as the scope of their genera. The cladistics analysis involved the in-group taxa Bouchardia, Bouchardiella, Beobouchardia, Malleia, having Adnatida, Aliquantula, Anakinetica, Australiarcula, elderra, Magadina, Magadinella, Parakinetica, Pilkena, Pirothyris, Rhizothyris, as the out-group. A total of 22 taxa and 43 characters were evaluated. The cladogram used as work hypothesis (CI= 0,714; RI= 0,889; RC= 0,635) presented a well resolved topology with 2 distinct clades; one with all Bouchardiinae, being Malleia portlandica the basal taxon; the other presented all Anakineticinae, including Australiarcula artesiana. The only unresolved relationship was between Bouchardia rosea and Bouchardia transplatina, suggesting that both taxa are synonymous. Among the out-group taxa the basal position of Australiarcula artesiana is worthy to mention. The results allow us to consider that: a) the morphological analysis of internal/external features of extinct/extant brachiopod shells supply important morphological data for cladistics analysis; b) there are 2 distinct clades that are representative of the Bouchardiinae and Anakineticinae, the later including Australiarcula artersiana, bringing some new evidences on their systematic position; c) the status of the genera, while valid and distinct taxa was re-evaluated, and resulted on the proposition of the synonymy between Bouchardiella and Neobouchardia, favoring the former; d) Bouchardia rosea and Bouchardia transplatina did not share significant morphological differences to keep them as distinct taxa. Thus the synonymy in favor of Bouchardia rosea (Mawe), 1823 is proposed; e) the monophyletic status of Bouchardiinae was corroborated; f) 3 synapomorphies ever suggested by the literature were confirmed, as follow: posterior thickening of the shell, \"V\" shapped cardinal process, and incomplete brachidia; g) based on the topology the condition of Bouchardia rosea and Anakinetica cumingi as distinct taxa is reinforced. Thus, their morphological similarities are much more due to similar ecological pressures (or mode of life) than to their close relationships; h) the classification of bouchardiid brachiopods seems to combine the suggestions of RICHARDSON (1994) and BRUNTON (1996), validating the Subfamily Bouchardiinae, with Bouchardia, Bouchardiella, and Malleia; i) despite of the lack of stratigraphic record of part of bouchardiid history, the parallel evolution of 2 groups was identified; one presenting a short interval, restricted to Australia e New Zealand, and corresponding to Bouchardiella cretacea, Bouchardiella (Neobouchardia) minima e Malleia portlandica, and the other group corresponding to Bouchardiella patagonica, Bouchardiella jorgensis, and species of Bouchardia, with an almost continuous record since the Cretaceous. This group evolved around the Antarctic Peninsula and east coast of southern South America; j) in spite the general north migration pattern presented by species of Bouchardia, some intermediate steps could be recognized, specially the migration of Bouchardia towards the Tierra del Fuego coast (Argentina) and Antarctic Peninsula. Consequently, the previous pattern of continuous northward migration of bouchardiid species without the retention of previous locations is only partially supported by the current data.

No presente projeto, foram realizados estudos sobre a taxonomia, a anatomia esquelética e as relações filogenéticas de Microphilypnus Myers, 1927 (Teleostei: Gobiidae: Eleotrinae). Este gênero de peixes é muito comum em tributários da Bacia Amazônica e do Orenoco, mas até o momento não era bem conhecido em termos taxonômicos. Com base na revisão da literatura e o exame de vários exemplares, duas das três espécies nominais foram validadas, uma espécie nova e duas espécies não descritas foram descobertas: Microphilypnus ternetzi Myers (bacias dos rios Negro, Orenoco, Amazonas, Madeira, Tapajós e Tocantins) (M. amazonicus Myers é sinônimo júnior desta espécie), Microphilypnus macrostoma Myers (bacias do Negro e Orenoco) Microphilypnus acangaquara Caires & Figueiredo (Baixo Tapajós), Microphilypnus sp. 1 (Baixo Tapajós) e Microphilypnus sp. 2 (rio Aripuanã). O estudo da anatomia esquelética baseou-se em 17 exemplares diafanizados e corados; foi constatado que as estruturas ósseas são semelhantes às dos demais membros de Gobioidei, e é postulado que o processo de miniaturização nesta espécie ocorreu por neotenia. Para a análise filogenética, foram incluídas, além de todas as espécies conhecidas de Microphilypnus, táxons de Gobioidei das instituições CAS, INPA, MZUSP e USNM, totalizando 56 terminais e 145 caracteres morfológicos. A análise filogenética resultou em 43 árvores mais parcimoniosas, com 1072 passos, IC: 0,22 e IR: 0,57. As relações de Microphilypnus resgatadas foram (M. macrostoma (M. ternetzi (Microphilypnus sp. 1(M. acangaquara + Microphilypnus sp. 2))), indicando a possibilidade de especiação parapátrica neste gênero. No consenso estrito, Microphilypnus figurou em uma politomia com os demais gêneros de Eleotrinae, ainda que no consenso semi-estrito tenha surgido como mais proximamente relacionado a dois gêneros de água doce: Leptophilypnus, da América Central, e Philypnodon, da Austrália, sugerindo que invasão do gênero objeto de estudo em água doce pode ter sido antiga. Na hipótese filogenética de consenso estrito deste projeto, Eleotrinae figurou como um grupo não monofilético, com Gobiomorus constituindo um ramo mais basal; Gobiidae surgiu como grupo monifilético, mas as subfamílias Gobiinae, Gobionellinae e Gobiosomatini surgiram como agrupamentos polifiléticos. São discutidos caracteres diagnósticos e as relações dos gêneros de Eleotrinae estudados, bem como das subfamílias de Gobiidae, e estudos filogenéticos adicionais com base em dados morfológicos são propostos / This project entails a study on taxonomy, skeletal anatomy and phylogeny of Microphilypnus Myers, 1927 (Teleostei: Gobiidae: Eleotrinae). Members from this genus are very common in tributaries of the Orinoco and the Amazon Basin, but remained poorly known in taxonomic terms. Two of the three nominal species have been validated, a new species and two undescribed species were discovered: Microphilypnus ternetzi Myers (Negro, Orinoco, Amazon, Madeira, Tapajos, and Tocantins basins) (M. amazonicus Myers is a junior synonym); Microphilypnus macrostoma Myers (Negro and Orinoco basins); Microphilypnus acangaquara Caires & Figueiredo (lower Tapajós); Microphilypnus sp. 1 (lower Tapajós) and Microphilypnus sp. 2 (Aripuanã River). The study of skeletal anatomy was based on 17 cleared and stained specimens; it was found that the bone structures are similar to those of other members of Gobioidei, and it is postulated that species of this genus miniaturized by neoteny. For phylogenetic analysis, all Microphilypnus species and Gobiodei taxa from the institutions CAS, INPA, MZUSP and USNM were examined, totaling 56 terminals and 145 morphological characters. Phylogenetic analysis resulted in 43 most parsimonious trees with 1072 steps, CI = 0.22 and RI: 0.57. The relationships among Microphilypnus species that were retrieved in cladogram were: (Microphilypnus macrostoma (M. ternetzi (Microphilypnus sp. 1 (M. acangaquara + Microphilypnus sp. 2))), indicating a possibly parapatric speciation in this genus. In strict consensus, Microphilypnus figured in a polytomy other eleotrins, but in the majority-rule consensus it was nested with two freshwater genera: Leptophilypnus, from the Central America, and Philypnodon, from Australia, suggesting that invasion of freshwater in this genus may have been ancient. In the phylogenetic hypothesis of this project, Eleotrinae figured as a non-monophyletic group, with Gobiomorus constituting a more basal branch; Gobiidae emerged as a monophyletic group, but not the subfamilies Gobiinae, Gobionellinae and Gobiosomatini. Diagnostic characters and the relationships of Eleotrinae and subfamilies of Gobiidae are discussed herein. Additional phylogenetic studies based on morphological data are also proposed

O gênero Acestrorhynchus encontra-se amplamente distribuído na América do Sul, estando presente nas bacias do Paraná-Paraguai, Uruguai, no rio São Francisco, nos rios costeiros das Guianas, e nas bacias dos rios Amazonas e Orinoco, sendo as duas últimas, o local onde se encontra a maior diversidade desses peixes. Na ausência de estudos mais detalhados sobre as relações filogenéticas entre as espécies de Acestrorhynchus, as 14 espécies reconhecidas têm sido agrupadas com base no seu padrão de coloração. O primeiro trabalho focalizando as relações filogenéticas das espécies de Acestrorhynchus, foi desenvolvido recentemente e estabelece as relações de parentesco de 13 espécies do gênero com base na análise de 104 características osteológicas e de morfologia externa. No presente estudo, 2139 pares da região 16S e da ATPase, ambos do genoma mitocondrial, juntamente o primeiro íntron da proteína ribossomal S7 do genoma nuclear, foram analisados para as espécies A. microlepis, A. falcatus, A. heterolepis, A pantaneiro, A. falcirostris, A. altus, A. minimus, A. grandoculis, A. britskii, A. lacustris e A. nasutus. Os gêneros Roeboides, Rhaphiodon e Gephyrocharax foram utilizados como grupo externo. A análise de máxima parcimônia, com busca heurística e adição aleatória de seqüências com o algoritmo TBR resultou na obtenção de uma árvore mais parcimoniosa com 2.551 passos. Os índices de consistência e retenção foram, respectivamente, 0,633 e 0,533. Os resultados obtidos através da análise dos dados moleculares corroboram, assim como os resultados morfológicos, o monofiletismo dos agrupamentos propostos com base nos padrões de coloração. / Fishes of the Neotropical characiform genus Acestrorhynchus Eigenmann, comprise freshwater species widely distributed throughout South American rivers, being found in the Paraná, Paraguai, Uruguai, São Francisco and of Guyana rivers. However it is in the Amazonas and Orinoco river basins where the highest diversity of this group of fishes is present. In the absence of more detailed phylogenetic studies the 14 recognized species are grouped on the basis of their color patterns. The first specific study about the phylogenetic relationships of Acestrorhynchus species, was recently developed and it established the relationships of 13 species of the genus, based in the analysis of 104 osteological and external morphological characters. In the present study, simultaneous analysis of 2139 aligned base pairs from the mitochondrial 16S and ATPase and the nuclear first intron of the S7 ribosomal protein were analyzed for the species A. microlepis, A. falcatus, A. heterolepis, A pantaneiro, A. falcirostris, A. altus, A. minimus, A. grandoculis, A. britskii, A. lacustris e A. nasutus. The genera Roeboides, Rhaphiodon and Gephyrocharax were included in the analysis as outgroups. Maximum parsimony analysis, and heuristic searches with random taxon addition replicates and TBR branch swapping were performed resulting in one most parsimonious tree with 2,551 steps in length. The consistence index and retention index were 0,633 and 0,533, respectively. The results revealed with molecular data as well as the ones obtained with morphological characters corroborate, the monophyly of the genus and the grouping proposed based in the color pattern.

Esta tese está dividida em três partes: I Filogenética Básica, II Filogenia de Pilocarpinae e III Novidades Taxonômicas em Esenbeckiinae. Parte I Filogenética Básica - fornece uma rápida revisão de alguns dos métodos básicos atualmente em uso na filogenética, envolvendo aspectos teóricos e operacionais, assim como algumas de suas possíveis implicações. O Capítulo 1 discute dois conceitos importantes (grupo e caráter) e interrelacionados, mostra como pode ser construído um modelo estocástico para o tratamento de caractres, enfatizando sua adequação e demonstranto como homologia e, por conseqüência grupos, podem ser adequadamente tratados sob ótica probabilística. O Capítulo 2 apresenta os métodos de construção e otimização de árvores uzando máxima verossimilhnaça e análise bayesiana. Parte II Filogenia de Pilocarpinae - apresenta a filogenia de Pilocarpinae baseada em dados moleculares (espaçadores ITS1, ITS2 e gene 5.8 S do DNA nuclear e espaçador trnG-S do DNA platidial) e a filogenia de Pilocarpus Vahl baseada em dados moleculares (mesmas regiões usadas anteriormente) e morfológicos. O Capítulo 3 apresenta a filogenia em nível genérico da subtribo Pilocarpinae e de gêneros relacionados (Helietta e Balfourodendron ), mostrando que, exceto Esenbeckia , os gêneros tradicionalmente reconhecidos (Metrodorea , Pilocarpus e Raulinoa - monoespecífico) emergem como monofiléticos (embora a subtribo não) e que Balfourodendron e Helietta (ambos da subtribo Pteleinae) possuem relações mais estreitas com parte dos gêneros de Pilocarpinae do que com o gênero-tipo de sua própria subtribo (Pteleinae) e reúnem-se (junto com Esenbeckia , Metrodorea e Raulinoa ) em um clado caracterizado pela presença de inflorescências ramificadas, para o qual foi criada uma subtribo, ficando Pilocarpinae monogenérica; além disso, este capítulo apresenta um protocolo para detecção de burn-in em análises filogenéticas bayesia- nas usando métodos já bem estabelecidos em estudos de convergência de MCMC. Por sua vez, o Capítulo 4 apresenta a filogenia das espécies de Pilocarpus baseada em dados morfológicos e moleculares; essa filogenia, associada a simulações computacionais, é utiliza como base para traçar hipóteses evolutivas sobre os padrões foliares e de estivação da corola no gênero, mostrando como os estados desses caracteres se comportam nas árvores obtidas e quão apropriado é utilizar os diferentes estados como sinapomorfias/homoplasias usando o método MCMC como base e contrastando com o mapeamento com parcimônia, deixando claro que sina- pomorfia/homplasia é mais adequadamente tratada como uma questão de probabilidade. Parte III Novidades Taxonômicas em Esenbeckiinae representa um reflexo das atividades de campo e de análise de material de herbário. No Capítulo 5 é apresentada uma redescrição de E. cowanii Kaastra, espécie anteriormente conhecida apenas da Guiana Francesa e apenas pelo material tipo, cuja morfologia floral era desconhecida e foi encontrada nos Estados do Acre, Mato Grosso, Pará e Rondônia durante as expedições de campo que fiz para a Amazônia; além disso, é proposto um epítipo para o táxon. O Capítulo 6 apresenta a descrição de uma nova espécie de Esenbeckia (embora ainda sem diagnose latina), coletada nos estados do Acre e Rondônia e caracterizada pela posse de brácteas persistentes. / This dissertation is composed of three major parts: I Basic Phylogenetics, II Phylogeny of Pilocarpinae, and III Taxonomic Novelties in Esenbecki- inae. Part I Basic Phylogenetics - provides a mini-review of some basic methods currently used in phylogenetics, covering theroretical and operational issues, and some of their implications as well. In the Chapter 1 I discuss two major concepts in phylogenetics, namely groups and characters, demonstrate how to build an evolutionary model and emphasize the importance of models in phylogenetics. As an outcome, the meanings of character evolution and groups are reviewed and improved under a probabilistic view. Chapter 2 presents an introduction to the very basic methods of tree construction and optimization using maximum likelihood and bayesian methods. Part II Phylogenetics of Pilocarpinae - presents a phylogeny of Pilocarpinae based on molecular data (internal trancribed spacers ITS1, ITS2, gene 5.8 S - from the nuclear DNA , and spacer trnG-S - from the plastidial DNA), and a phylogeny of Pilocarpus based on morphological and molecular (same DNA regions used before) evidence. Chapter 3 presents a generic-level phylogeny of the Pilocarpinae and allied genera (Balfourodendron and Helietta), which supports the monophyly of the traditionally recognized genera (Metrodorea and Pilocarpus , Raulinoa - monospecific), except Esenbeckia (which is included in a polytomy), whe- reas the subtribe itself is not monophyletic; it is also shown that Balfourodendron and Helietta (both from subtribe Pteleinae) are more closely related to some genera of Pilocarpinae than to the type genus of their own subtribe (Pteleinae), and emerge (together with Esenbeckia , Metrodorea , and Raulinoa ) nested within a clade that has multi-axis inflorescences, for which I created a new subtribe, leaving the Pilocarpinae monogeneric; moreover, this Chapter presents a new2 protocol to be used in MCMC diagnosis in phylogenetic studies. In the Chapter 4 , in turn, the phylo- geny of Pilocarpus is investigated based on morphological and molecular data; that phylogeny, combined to computer simulations, is then used to propose evolutionary hypotheses of leaf blade and corolla aestivation patterns, and show how appropriate the use of character states as synapomorphy/homoplasy can be using the MCMC method; additionally the MCMC and parsimony character mapping procedures are compared, and it is shown that synapomorphy/homoplasy is just a matter of probability. Part III Taxonomic Novelties in Esenbeckiinae is clearly a direct result of my field expeditions to the Amazon, and herbarium work. In the Chapter 5 I present a re-description and epitypification of E. cowanii Kaastra, previously known only from the type locality (and by the type specimens) and whose floral morphology was unknown, which I collected in Acre, Mato Grosso, Pará, and Rondônia States during my collecting trips in the Amazon; further, given the poor type material, I propose an epitype for the species. In the Chapter 6 I describe a new species of Esenbeckia (still without latin diagnose), which I collected in Acre and Rondonia states, whose diagnostic feature is the presence of persistent bracts.

Phylogenetic systematics has revolutionized biological classifications, increasing our understanding of the evolution of the characteristics of living beings and generating more efficient reference systems. At the same time, the computerization and the online availability of biological collections has facilitated consultations of type materials and determination updates. However, the genus Paepalanthus, which represents an important radiation of monocotyledons in the Neotropics and in campos rupestres vegetation, is far from being well-understood taxonomically and evolutionarily. The large numbers of species placed in non-monophyletic groups, and our poor understanding of species boundaries hamper understanding of their diversity. The focus of the present study was to improve our knowledge of this group by carrying out the most comprehensive phylogenetic study possible. The first chapter presents an overview of our current taxonomic knowledge of the family and the genus, as well as a newly revised list of valid names in Paepalanthus, which were only previously estimated. The list contains the infrageneric categories to which the species are assigned, their distributions, and comments when necessary. In the second chapter, a taxonomic study of Paepalanthus ser. Paepalanthus (P. [unranked] Variabiles) is presented, with the recognition of 127 species and delimitation of two complexes based on the examination of 16,000 exsiccate from Brazilian and other herbaria. A list of valid names, synonyms, nomenclatural notes, distribution maps, photographs of species in the field, and a discussion about the patterns found in Paepalanthus ser. Variabiles were produced. The third and last chapter presents the reconstruction of the phylogenetic hypothesis for Paepalanthus. It is based on data of three molecular markers (one plastid and two nuclear) obtained from 174 species of Paepalanthus, 20 species of other genera that emerged within Paepalanthus in previous phylogenies, and 12 species from external groups. The topology resulting from all of the analyses demonstrated good resolution, with well-supported clades, allowing the proposal of a new classification with consistent morphological correspondence / A sistemática filogenética vem revolucionando as classificações biológicas, aumentando o entendimento da evolução das características dos seres vivos e resultando em um sistema de referência mais eficiente. Ao mesmo tempo, a informatização e disponibilização online das coleções biológicas tem acelerado o estabelecimento de acervos com alta confiabilidade taxonômica. No entanto, o gênero Paepalanthus, que respresenta uma importante irradiação de monocotiledôneas nos Neotrópicos e dos campos rupestres, está muito aquém do que poderia no que diz respeito ao seu entendimento, tanto taxonômico quanto evolutivo. O grande número de espécies em grupos não monofiléticos, a falta de circunscrição taxonômica e a grande dificuldade de aplicabilidade dos nomes das espécies emperram o entendimento de sua diversidade. O foco principal do trabalho foi melhorar o conhecimento desse grupo e a partir dos materiais coletados, realizar um estudo filogenético mais abrangente quanto possível. No primeiro capítulo, é apresentado um panorama geral sobre o gênero, bem como uma lista atualizada dos nomes aceitos em Paepalanthus que, até agora, eram somente estimativas. A lista contém categorias infragenéricas as quais as espécies foram atribuídas, incluindo sua distribuição e comentários quando necessário. No segundo capítulo, um estudo taxonômico de Paepalanthus ser. Paepalanthus (=P. [não-ranqueado] Variabiles) é apresentado, com o reconhecimento de 127 espécies e delimitação de dois complexos, a partir de 16.000 exsicatas examinadas em herbários brasileiros bem como internacionais. Foi produzida uma lista nomes aceitos, sinônimos, notas nomenclaturais, mapas de distribuição, fotografia das espécies em campo e uma discussão sobre os padrões encontrados em Paepalanthus ser. Variabiles. No terceiro e último capítulo, é apresentada a reconstrução da hipótese filogenética de Paepalanthus. Essa reconstrução é baseada em dados de três marcadores moleculares (um plastidial e dois nucleares), obtidos de 174 espécies de Paepalanthus, 20 espécies de outros gêneros que emergem juntamente com Paepalanthus nas filogenias anteriores e mais 12 espécies representando o grupo-externo. A topologia resultante de todas as análises apresentou boa resolução, com clados bem sustentados, permitindo que uma nova classificação fosse proposta com correspondência morfológica consistente