Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Biologia de Fungos, Algas e Plantas, Florianópolis, 2015. / Made available in DSpace on 2015-10-20T03:12:11Z (GMT). No. of bitstreams: 1 334837.pdf: 2471453 bytes, checksum: c8d933918ddca14ab49bb32081552c85 (MD5) Previous issue date: 2015 / Os fungos possuem um papel ecológico fundamental na decomposição e ciclagem de nutrientes. Agaricales inclui um grande grupo de fungos macroscópicos encontrados na natureza e entre seus membros variam desde fungos de vida livre decompositores a simbiontes ectomicorrízicos. Dentre os simbiontes, Pterulaceae chamou atenção recentemente devido a descoberta de espécies cultivadas por formigas. Das 92 espécies de Pterulaceae pelo menos 49 possuem registros de ocorrência na Região Neotropical e 26 no Brasil. A presente dissertação trata do estudo das espécies de Pterulaceae que ocorrem no Brasil sob duas abordagens. O capítulo 1 traz uma abordagem taxonômica, com estudos morfológicos e descrições de espécies, com a apresentação de uma espécie nova, Pterula harrisonii, um novo registro para a Região Neotropical, Deflexula lilaceobrunnea, e um novo registro para o Brasil, Pterula velohorta. O capítulo 2 traz uma abordagem filogenética, com a apresentação de três hipóteses filogenéticas baseadas em dois marcadores moleculares (ITS e LSU), onde é proposta um novo arranjo para a família. Através da análise dos resultados sete clados são propostos para incluir espécies que originalmente pertenciam a Deflexula, Pterula e Pterulicium. Este é o primeiro trabalho de filogenia molecular proposto para resolver as relações filogenéticas de Pterulaceae, abrindo o caminho para futuros estudos sobre a família.<br> / Abstract : Fungi have a key ecological role in decomposition and nutrient cycling. Agaricales includes a large group of macroscopic fungi found in nature and its members ranges from free-living decomposers to ectomycorrhizal symbionts. Among the symbionts, Pterulaceae recently drew attention for the discovery of some species being cultivated by ants. From 92 species of Pterulaceae at least 49 are reported to occur in the Neotropical Region and 26 in Brazil. In this work we studied species of Pterulaceae occurring in Brazil using two approaches. The chapter 1 is a taxonomic approach including morphological studies and species descriptions where a new species to science is presented, Pterula harrisonii; one new record for the Neotropical Region, Deflexula lilaceobrunnea; and one new record for Brazil, Pterula velohorta. In chapter 2 a phylogenetic study is presented showing three phylogenetic hypotheses based on two molecular markers (ITS and LSU), where a new arrangement is proposed for the family. The analysis of these results revealed seven clades harboring species that originally belonged to Deflexula, Pterula and Pterulicium. This is the first study of molecular phylogeny proposed to resolve the phylogenetic relationships of Pterulaceae, paving the way for future studies on the family.

Made available in DSpace on 2014-09-09T12:30:35Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) 41.pdf: 8046601 bytes, checksum: e06703afffad9699a86a2084978dbe84 (MD5) Previous issue date: 2012 / A meningite asséptica é uma síndrome infecto-contagiosa, estabelecida após inflamação das meninges. A etiologia mais comum desta síndrome é a viral, e os enterovírus são responsáveis por mais de 80% dos casos em que o agente etiológico é identificado. Outros agentes etiológicos virais envolvidos são Arbovírus (West Nile virus, Vírus da Encefalite Japonesa e Vírus da Encefalite de Saint Louis), vírus da caxumba, herpersvírus e adenovírus, entre outros. A primeira etapa deste estudo teve como objetivo o aprimoramento do diagnóstico dos casos de meningite asséptica e meningoencefalite com a tentativa de detecção molecular de enterovírus em 267 amostras de LCR recebidas entre 2008 e 2009, negativas para o isolamento viral em culturas de células. A extração direta do LCR seguida de síntese de cDNA e PCR foi capaz de detectar enterovírus em 59 amostras de LCR (22,1%). Estes resultados foram confirmados por sequenciamento nucleotídico parcial e demonstram que a pesquisa do genoma viral diretamente dos LCRs é apropriada para um aumento na possibilidade de detecção de enterovírus neste tipo de amostra clínica. O objetivo da segunda etapa deste estudo foi analisar o potencial papel etiológico dos flavivírus em casos de meningite asséptica e meningoencefalite. As 208 amostras negativas na etapa anterior foram utilizadas nesta etapa. Para tanto, foram desenvolvidas duas abordagens moleculares para detecção de flavivírus: semi-Nested-PCR e PCR convencional. Iniciadores foram desenhados para as duas técnicas. / A meningite asséptica é uma síndrome infecto-contagiosa, estabelecida após inflamação das meninges. A etiologia mais comum desta síndrome é a viral, e os enterovírus são responsáveis por mais de 80% dos casos em que o agente etiológico é identificado. Outros agentes etiológicos virais envolvidos são Arbovírus (West Nile virus, Vírus da Encefalite Japonesa e Vírus da Encefalite de Saint Louis), vírus da caxumba, herpersvírus e adenovírus, entre outros. A primeira etapa deste estudo teve como objetivo o aprimoramento do diagnóstico dos casos de meningite asséptica e meningoencefalite com a tentativa de detecção molecular de enterovírus em 267 amostras de LCR recebidas entre 2008 e 2009, negativas para o isolamento viral em culturas de células. A extração direta do LCR seguida de síntese de cDNA e PCR foi capaz de detectar enterovírus em 59 amostras de LCR (22,1%). Estes resultados foram confirmados por sequenciamento nucleotídico parcial e demonstram que a pesquisa do genoma viral diretamente dos LCRs é apropriada para um aumento na possibilidade de detecção de enterovírus neste tipo de amostra clínica. O objetivo da segunda etapa deste estudo foi analisar o potencial papel etiológico dos flavivírus em casos de meningite asséptica e meningoencefalite. As 208 amostras negativas na etapa anterior foram utilizadas nesta etapa. Para tanto, foram desenvolvidas duas abordagens moleculares para detecção de flavivírus: semi-Nested-PCR e PCR convencional. Iniciadores foram desenhados para as duas técnicas. O uso desses iniciadores possibilitou a amplificação do genoma de flavivírus utilizados como controle, mostrando serem ferramentas úteis para a detecção desses vírus. Apesar disso, nenhuma amostra de LCR foi positiva para flavivírus. Diante destes resultados, da possibilidade da circulação silenciosa de WNV ou de sua entrada iminente no país, é evidenciada a necessidade de estudos adicionais sobre este vírus e outros flavivírus nestes casos. Na terceira etapa deste estudo, foi realizada a análise da variabilidade genética de echovírus 30 envolvidos em surtos e casos esporádicos de meningite asséptica entre 1998 e 2008, através da análise filogenética do gene completo (876 nt) da VP1 de 48 E30 isolados. Além da comparação das amostras entre si, foram feitas comparações destas com a VP1 da cepa protótipo Bastianni e também com outras cepas isoladas em diversos países. Durante o período do estudo, E30 foi o principal enterovírus envolvido nos casos de meningite asséptica e meningoencefalite no Brasil (58,6% dos 302 enterovírus isolados), tendo sido o agente etiológico de seis surtos. As sequências de VP1 de E30 segregaram em três Grupos distintos e sete subgrupos, cujos agrupamentos estavam fortemente associados ao ano de isolamento. A divergência de sequências nucleotídicas entre os E30 isolados variou de 0,2-13,8%. Não foi definido um ancestral comum direto para este conjunto de isolados de E30. O isolado 39-SC- BA-07 estava geneticamente relacionado com cepas de E30 isoladas no Pará (3,2-4,6% de divergência) e pode ser originário de uma destas cepas. Os isolados do Grupo I estavam geneticamente relacionados com uma sequência de E30 isolada em 1997 nos Estados Unidos (2,4-5,7%), sendo provável que eles possuam um ancestral comum. Dois E30 isolados na Argentina em 2007 mostraram estreita relação com os isolados do Grupo III (5,8-6,0%), podendo ter sido originados a partir de um dos isolados deste Grupo III.

Made available in DSpace on 2016-02-26T13:38:42Z (GMT). No. of bitstreams: 2 taina_monte_ioc_mest_2014.pdf: 2518433 bytes, checksum: 7691ab89b672f7a5b9084cbb9979957c (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2016-02-23 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Angiostrongylus cantonensis é responsável por causar meningoencefalite eosinofílica em humanos e casos já foram registrados em diversas partes do mundo incluindo o Brasil (ES, PE e SP). Nesse estudo, relatamos a variabilidade genética entre isolados de A. cantonensis do Brasil utilizando sequências do gene mitocondrial COI. Foram identificados três haplótipos brasileiros de A. cantonensis, baseados em oito haplótipos conhecidos (ac1-ac8). O haplótipo brasileiro ac5 ficou agrupado com isolados do Japão e o haplótipo brasileiro ac8 (isolados do RJ, SP, PA e PE) formaram um clado distinto. Foi relatado um novo haplótipo brasileiro, haplótipo ac9, o qual se encontra intimamente relacionado com os haplótipos da China (ac6) e do Japão (ac7). Dois isolados brasileiros de A. cantonensis, Olinda e Caju (haplótipos ac8 e ac9, respectivamente) relatados no presente estudo, tiveram sua biologia e morfologia caracterizadas após infecção experimental. Foi observada diferença significativa com maior carga parasitária recuperada nos isolados de Caju e um número significativamente maior de larvas L1 eliminadas nas fezes no início do período patente. Entretanto, quando comparado o total de larvas eliminadas não foi verificada diferença significativa entre os dois isolados O isolado de Caju apresentou diferença significativa na proporção entre espécimes fêmeas e machos (0,64:1), enquanto que o mesmo não foi observado para o isolado de Olinda (1,16:1). A análise morfométrica revelou que os espécimes machos e fêmeas do isolado de Olinda foram significativamente maiores com relação aos caracteres analisados quando comparados com os espécimes de Caju. A análise morfológica evidenciou pequena variação no nível das bifurcações que unem os raios laterais no lobo direito da bolsa copuladora, entre os dois isolados. A variação genética observada apoia a hipótese que o aparecimento do parasito no Brasil é um resultado de múltiplas introduções de ratos parasitados e pelo molusco Achatina fulica, o qual contribui para a dispersão. As variações biológicas, morfológicas e morfométricas entre os dois haplótipos estudados, reforçam a variação observada pelo marcador COI e pela possível influência do isolamento geográfico. Estudos futuros devem ser realizados para verificar a possível presença do haplótipo recentemente relatado, ac9, em outras áreas do país, além da zona portuária da cidade do Rio de Janeiro / Angiostrongylus cantonensis is respons ible for causing eosinophili c meningoencephalitis in humans and cases have been recorded in various part s of the world including Brazil (ES, PE and SP) . In this study, we report the geneti c variability among Brazilian isolates of A. cantonensis using seque nces of the mitochondrial COI gen e . We identified three Brazilian haplotypes of A. cantonensis , based o n eight known haplotypes (ac1 - ac8) . The Brazilian haplotype ac 5 , was clustered with isolates from Japan and the Brazilian haplotype ac8 ( is olates from R J, SP, PA and PE) formed a distinct clade . It was reported a new Brazilian haplotype , haplotype ac9 , which is closely re lated to haplotype from China (ac6) and Japan (ac7) . Two Brazilian isolates of A. cantonensis , Olinda and Caju (haplotypes ac8 and ac9 , respectively ) reported in this st udy, had their biology and morphology characterized after experimental infection . Significant differences were observed with higher parasite load recovered in the isolates from Caju and a significantly greater number of L1 larvae eliminated in the feces at the beg inning of the patent pe riod . However , when compared to the total larvae eliminated there was no significant difference between the two isolates . The isolates from Caju showed significant difference in the proportion of female and male spec imens (0,64 :1) , but it was not observe d for isolates from Olinda (1,16 :1 ) . The m orphom etric analysis showed that male and female spec imens from Olinda were significantly higher with respect to the analyzed characters when c ompared w it h specimens from Caju. The m orphologic al analysis showed little variation in the level of bifurcations that unite the lateral rays in the right lobe of copulatory bursa , betwe en the two isolates . Genetic variation among isolates supports the hypothesis t hat the appearance of the parasite in Brazil is a result of multiple introd uctions of infected rodents and by the mollusc , Achatina fulica , which contributes to the dispersion . Biological, morphological and morphometric variation between the two haplotype s of A. cantonensis studied , reinforce the observed v ariation by the COI marker and the possible influence of geographical isolation. Future studies should be performed to verify the possible presence of the haplotype recently reported, ac 9, in other areas of the country, beyond the port area of the city of Rio de Janeiro.

Made available in DSpace on 2016-03-28T12:39:36Z (GMT). No. of bitstreams: 2 mariela_gomez_ioc_mest_2009.pdf: 2281409 bytes, checksum: f9b9a1b11805beacdb9238a9bda6a0ef (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2016-01-13 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil. / Segundo a OMS, as gastrenterites são, após as infecções respiratorias agudas, os mais importantes agravos à saúde em crianças ≤ anos. Devido à complexidade da epidemiologia dos rotativos do grupo A (RV-A), particularmente em países em desenvolvimento, torna-se fundamental o conhecimento dos genótipos das amostras circulantes, principalmente a partir da introdução da vacina monovalente Rotarix® (G1P[8] pela Programa Nacional de Imunizações no Brasil em março de 2006. Nos estudos de Fase III realizados com a Rotarix® a prevalência do RV-A genótipo G2P[4] foi extremamente baixa e a avaliação de imunização heterotípica contra este genótipo foi realizada através de estudos de metanálises estatísticas. Este genótipo, em geral, está associado às manifestações clínicas mais graves. Diferentes estudos evidenciaram a re-emergência do genótipo G2P[4] no Brasil a partir de 2005, e em outros países, sugerindo que seria um fenômeno continental relacionado à variabilidade temporal da distribuição de genótipos qu ocorre naturalmente. Porém, uma mudança na epidemiologia e distribuição deste genótipo relacionada à introdução da vacina Rotarix® no Brasil não pode ser descartada e necessita ser investigada. Deve-se considerar que o genótipo G2P[4] não compartilha antígenos VP4 ou VP7 com a amostra vacinal Rotarix®. Os dados obtidos neste estudo revelaram a circulação de diferentes variantes de RV-A genótipo G2P[4] no período de 1996 a 2009 no Brasil. Além das variantes genotípicas, também foi possível identificar variantes genéticas do genes VP7, VP4, VP6 e NSP4, mostrando a segregação independente dos mesmos. As análises filogenéticas baseadas nos genes que codificam para as proteínas VP7 e VP4, permitiram inferir a ocorrência de múltiplas introduções do genótipo G2P[4] no Brasil. Evidenciando o fluxo de variantes genéticas que ocorre em nível global para este genótipo. Também foi possível evidenciar a ocorrência de mutações pontuais e reassortment entre amostras humanas, para os quatro genes analisado; e entre amostras humanas e amostra bovinas para o gene que codifica para a proteína NSP4. Os resultados do presente estudo são fundamentais na tentativa de se ter uma melhor entendimento da epidemiologia e a evolução dos RV-A genótipo G2P[4] e demonstra a importância do monitoramento contínuo e a caracterização molecular das amostras de RV-A circulantes, tanto em humanos quanto em animais / According to the World Health Organization (WHO), a cute gastroenteritis are the major cause of gastroenteritis in children ≤ 5 years old, after acute respiratory infections. Due to the epidemiology complexity of rotavirus-A (RV-A), especially in developing countries, it is important to determinate which are the genotypes of the circulating strains, principally after the introduction of the monovalent vaccine Rotarix ® (G1P[8]) in Brazil by the National Immunization Program. In Phase III trials with Rotarix®, the prevalence of genotype G2P[4] was extremely low, and therefore, evaluation of heterotypic immunization against this genotype was performed by meta-analysis statistics tests. This genotype, in general, is associated with more severe clinical manifestations. Different studies have showed the re-emergence of genotype G2P[4] in Brazil, since 2005, and in other countries, suggesting that it would be a continental phenomenon related to the temporal variability in the genotypes distribution that occur naturally. However, changes in the epidemiology and distribution of this genotype related to the introduction of the vaccine Rotarix® in Brazil can not be excluded and needs to be investigated. Should be considered that genotype G2P[4] does not share VP4 or VP7 antigens with the Rotarix® vaccine strain. Data obtained in this study revealed the circulation of different variants of RV-A genotype G2P [4] in the period of 1996 to 2009 in Brazil. In addition to genotypic variants, was also possible to identify genetics variants of the genes: VP7, VP4, VP6 and NSP4, showing independent segregation. The phylogenetic analysis based on the genes that code proteins VP7 and VP4, allowed to infer the ccurrence of multiple introductions of genotype G2P[4] in Brazil. It was possible to identify the occurrence of point mutations and reassortment events between human strains for the four genes studied, and between human and bovine strains for NSP4 gen. The results obtained in this study are fundamental in our attempt to gain a better understanding of epidemiology and evolution of RV-A genotype G2P[4] and demonstrates the importance of continuous monitoring and molecular characterization of RV-A strains circulating in human and animal populations.

Made available in DSpace on 2016-04-12T12:39:36Z (GMT). No. of bitstreams: 2 barbara_lago_ioc_dout_2014.pdf: 5383589 bytes, checksum: 322d0cf39449dd63d1f95fcc257a8530 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2014 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / A infecção pelo vírus da hepatite B (HBV) representa um grave problema de saúde pública mundial, apesar da existência de uma vacina eficiente. Estima-se que cerca de 350 milhões de indivíduos no mundo estejam cronicamente infectados, dos quais a maior parte se encontra em países em desenvolvimento. A heterogeneidade das sequências dos isolados do HBV permite a sua classificação em oito genótipos, A a H, baseada na divergência do genoma completo de mais de 7,5%. A presente tese é composta principalmente de três manuscritos, sendo um trabalho publicado e dois outros em submissão, além de cinco trabalhos como colaboradora. Esses estudos se propuseram a investigar a evolução dos genótipos do HBV entre África e Brasil e associar a dispersão dos genótipos no Brasil com a rota de escravos. No primeiro trabalho, entitulado \201CAnalysis of Complete Nucleotide Sequences of Angolan Hepatitis B Virus Isolates Reveals the Existence of a Separate Lineage within Genotype E\201D, realizamos a caracterização filogenética viral dos isolados circulantes em Angola e sua associação com os perfis sorológicos e moleculares existentes naquela população. Através dessas análises, identificamos a separação das amostras angolanas como pertencentes a uma nova linhagem, composta por Angola, Namibia e Republica Democratica do Congo, provisoriamente denominada pela nossa equipe, SWL (Southwest African Lineage) No segundo trabalho, entitulado \201CHBV subgenotype A1: Relationships between Brazilian, African and Asian isolates\201D, fomos em busca das história evolutiva do HBV/A1, e suas suas rotas de dispersão entre África e Brasil durante o período do tráfico negreiro. Surpreendentemente, observamos que todas as amostras brasileiras estão geneticamente relacionadas às amostras da Ásia, ao invés da África. Esse fato sugere quer que o HBV/A1 possa ter sido introduzino no Brasil a partir dos portos de Moçambique, no sudeste africano, ou diretamente atravpés da Índia por navegantes portugueses. Estudos futuros utilizando amostras de Moçambique serão necessários para confirmar essa hipótese. No terceiro trabalho, entitulado \201CComparison of levels of HBV (subgenotype A1) antigens synthesis after transfection of Huh7 cells by HBV cccDNA and 1.28 mer HBV DNA construct\201D, objetivamos comparar os níveis de replicação do HBV entre dois modelos previamente descritos. Uma vez que HBV não é um vírus cultivável, estratégias que possam auxiliar na compreensão dos seus mecanismos biológicos e replicativos são particularmente importantes. Esses estudos visam contribuir para um maior entendimento das características biológicas, variabilidade genética e outras particularidades envolvidas na infecção pelo HBV / Hepatitis B virus (HBV) infection is one of the major global human health problems, despite the existence of an effective vaccine. It is estimated that around 35 0 million people worldwide are chronically infected; most of them is in developing countries. The sequence heterogeneity of HBV isolates has led to the classification of HBV into eight genotypes, A to H, based on full - length genomic divergence of more than 7.5% . This thesis is composed mainly of three manuscripts: One of them is already published and t wo others are in submission. Five other manuscripts are listed as complementary production. These studies have set out to understand the evolution of HBV geno types between Africa and Brazil and associate its dispersion with slave routes. In the first study, entitled " Analysis of Complete Nucleotide Sequences of Hepatitis B Virus Isolates Angolan Reveals the Existence of a Separate Linea ge Within Genotype E" , performed the phylogenetic characterization of viral isolates circulating in Angola and its association with serological and molecular profiles. Through these analyzes, we characterized a separated lineage composed by Angolan, Namibia and Democratic Republ ic of Congo, provisionally named by our team as SWL (Southwest African Lineage). In the second paper, entitled " Hepatitis B virus subgenotype A1: Relationships between Brazilian , African and Asian isolates " we aimed investigate the evolutionary history a nd migration patterns of HBV/A1 from Africa to Brazil during the slave trade. Surprisingly, was observed that all Brazilian samples are genetically related to Asian isolates, rather than the African ones. These finds suggest that Asia was the source of HBV /A1 infection in Brazil, probably through Moz ambique in southeastern Africa, or directly through India by Portuguese sailors. Further studies with samples from Mozambique will be needed to validate this hypothesis. The third paper, entitled "Comparison of levels of HBV (subgenotype A1) antigens synthesis after transfection of Huh7 cells by HBV cccDNA and HBV DNA construct 1.28 mer", aimed to compare HBV/A1 replication levels between two previously described systems. Since the absence of appropriate cell cul ture systems supporting an efficient in vitro HBV infection, strategies that can assist in understanding their biological and replicative mechanisms are particularly important. These studies aim to clarif y biological characteristics, genetic variability an d peculiarities of HBV infection.

Made available in DSpace on 2016-04-27T12:30:59Z (GMT). No. of bitstreams: 2 cintia_souza_ioc_mest_2015.pdf: 2439155 bytes, checksum: 4de1f395c16fd6ae40c81e24947a6232 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2015 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Thylamys é um gênero de marsupial sulamericano que a taxonomia ainda não esta bem estabelecida, e o número de espécies reconhecidas variam de nove a 13, segundo diferentes autores. Pelo menos três espécies ocorrem no Brasil, Thylamys karimii no Cerrado e Caatinga, T.velutinus no Cerrado e áreas de transição, e T.macrurus no Cerrado. Esse trabalho teve como objetivo analisar características morfológicas diagnósticas paras identificar T. karimii, T. macrurus e T. pusillus, realizar análises filogenéticas e biogeográficas com o marcador mitocondrial Citocromo b e filogenéticas com o marcador nuclear éxon 28 do fator de von Willebrand. Foram montados cariótipos de T. karimii e T. venustus, que foram comparados com os cariótipos conhecidos para as espécies de Thylamys. Este estudo mostrou que T.karimii, T.macrurus e T.pusillus possuem caracteristicas morfológicas diagnósticas como: bula e forame palatal postero-lateral grandes em T. karimii e pequenos em T.macrurus e T.pusillus; fenestra palatina pequena em T.karimii e robusta em T.macrurus e T.pusillus; canal da carótida mais aberto na vista ventral em T.karimii, e menos aberto em T.macrurus e T.pusillus; cauda longa em T.macrurus e T.pusillus, e cauda curta em T. karimii; garras que ultrapassam o limite das pontas dos dedos em T. karimii, e não ultrapassam nas outras duas espécies O cariótipo de T.karimii e T.venustus é 2n=14 e NF=20. O 2n é similar em todas as espécies, mas o número fundamental dos cariótipos publicados para T. elegans, T.pusillus e T. velutinus diferem devido à interpretação da morfologia dos cromossomos. A morfologia do cromossomo sexual X também pode variar entre as diferentes espécies. As análises de Máxima Verossimilhança e Inferência Bayesiana mostram T. karimii e T. velutinus em um clado à parte do restante das espécies. A análise de datação mostrou duas radições quase concomitantes, uma com T. karimii e T. velutinus no Cerrado e Caatinga, e a outra com o restante das espécies. Essas radiações concomitantes podem ter ocorrido no Mioceno Médio, quando houve a formação de mares epicontinetais formados após introgressão marinha e esses mares podem ter influenciado a dispersão de indivíduos do gênero Thylamys / Thylamys is a marsupial genus without a well stablished taxonomy, with the number of recognized species varying from nine to 13 by different authors. Three of these species occur in Brazil, T. karimii in the Cerrado and Caatinga, T.velutinus in the Cerrado and transition areas, and T. macrurus in the Cerrado. Thylamys karimii, T. macrurus, and T. pusillus have diagnostic features for identification, such as bull and palatal posterior-lateral foramen large in T. karimii and smaller in T. macrurus and T. pusillus; small palatine fenestra in T. karimii and more robust in T. macrurus and T. pusillus; carotid duct more open in ventral view in T. karimii, in T. macrurus and T. pusillus is less open; the last species, the tail is longer than the tail T. karimii, shorter; T. karimii has claws that go beyond the limit of the fingertips and in the other two species do not exceed. The karyotype of T. karimii and T. venustus is 2n = 14 and NF = 20. The 2n is similar to all other Thylamys species, whereas variation in fundamental autosome number in T. elegans, T.pusillus and T. velutinus are due to different interpretation of chromosome morphology. The morphology of sexual chromosome X can also vary between differents species. Phylogenetic analyzes of maximum likelihood and Bayesian inference with Citochrome b gene showed the clade T. karimii and T. velutinus in Cerrado and Caatinga separated of all other species. The analyses with exon 28 of von Willebrand factor were less informative due to lower sample size. The date showed two radiations, one with T. karimii in Cerrado and Caatinga, and another with the remaining species. These radiations can be occur in Miocene when there was introgresion marine and the formation of epicontinental sea that can be influenced dispersion of Thylamys specimens. / 2016-10-06

LIMA, Rita Amanda Chaves de. Coccidioides posadasii de origem clínica e ambiental : um estudo da diversidade genética. 2010. 91 f. Dissertação (Mestrado em Microbiologia Médica) - Universidade Federal do Ceará. Faculdade de Medicina, Fortaleza, 2010. / Submitted by denise santos (denise.santos@ufc.br) on 2015-03-18T13:26:44Z No. of bitstreams: 1 2010_dis_raclima.pdf: 2032085 bytes, checksum: c3f5ac005ba0fdb42b1c01f27d117165 (MD5) / Approved for entry into archive by denise santos(denise.santos@ufc.br) on 2015-03-18T13:27:54Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2010_dis_raclima.pdf: 2032085 bytes, checksum: c3f5ac005ba0fdb42b1c01f27d117165 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-03-18T13:27:54Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2010_dis_raclima.pdf: 2032085 bytes, checksum: c3f5ac005ba0fdb42b1c01f27d117165 (MD5) Previous issue date: 2010 / Coccidiodomycosis is a systemic infection, predominantly pulmonary, caused by the geophilic and dimorphic fungi, Coccidioides immitis and Coccidioides posadasii. In Brazil, coccidioidomycosis is associated with semi-arid areas in the Northeastern region of this country, which is considered one of the endemic areas of this disease in South America. These pathogens are morphologically indistinguishable species, but they exhibit molecular differences. Different molecular techniques have been described for the characterization of these species. The nuclear ribosomal DNA (rDNA) from Coccidioides spp. has been described as an important molecular marker for the identification, taxonomy and phylogeny. Currently, there are still shortages of maps for epidemiological approaches in order to direct the correlation between populations of Coccidioides spp. and the outbreaks of coccidiomycosis. Given the above, this study aimed at performing the molecular identification of 18 clinical and environmental isolates of C. posadasii, from Northeastern Brazil, maintained in the fungal collection of the Specialized Medical Mycology Center (CEMM), through PCR, as well as, to analyze the genetic diversity of these isolates by sequencing of 18S-28S regions of nuclear rDNA. The identification of the isolates was performed through PCR, using specific primers Coi9-1F and Coi9-R. The sequencing of the 18S-28S rDNA regions was performed through the method of chain termination by dideoxynucleotides, using the kit DYEnamicTM ET terminators cycle sequencing (GE Healthcare). The results confirmed the identification of all strains included in this study as belonging to the species C. posadasii. The phylogenetic tree based on 18S-28S rDNA region of C. posadasii from CEMM and Coccidioides spp. from Genbank. reveals the formation of a unique cluster encompassing the following strains CEMM 05-2-063, CEMM 05-2-064, CEMM 05-2-066 and CEMM 05-2-065, in a properly sustained branch, which apparently seems to group these isolates according to their geographical origin. The strains of C. posadasii showed lower genetic divergence in the ITS1 and ITS2 regions, when compared to strains of C. immitis. Analyses did not detect differences between strains of clinical origin and those of environmental origin. Further studies involving the analysis of fast evolving markers, such as microsatellites, can provide evidences to determine whether the groups found in this study are derived from a lineage of clonal reproduction. / A coccidioidomicose é uma infecção sistêmica, predominantemente pulmonar, causada pelos fungos dimórficos e geofílicos, Coccidioides immitis e Coccidioides posadasii. No Brasil, a coccidioidomicose está associada a locais situados na zona semi-árida da região Nordeste, considerada uma das áreas endêmicas da doença na América do Sul. Estes patógenos consistem em espécies morfologicamente indistinguíveis, mas que exibem diferenças moleculares peculiares. O DNA ribossômico nuclear (rDNA) de Coccidioides spp. tem sido apontado como importante marcador molecular utilizado na identificação, taxonomia e filogenia. Atualmente, ainda há escassez de mapas de abordagens epidemiológicas para direcionar a correlação entre as populações de Coccidioides spp. com os surtos de coccidioidomicose. Diante do exposto, este estudo teve por objetivo, realizar a identificação molecular de 18 isolados clínicos e ambientais de C. posadasii, oriundos do Nordeste brasileiro, mantidos na Micoteca do Centro Especializado em Micologia Médica (CEMM), através da técnica de PCR, bem como, analisar a diversidade genética destes isolados por meio do seqüenciamento das regiões 18S-28S do rDNA nuclear. A identificação dos isolados foi realizada por PCR utilizando os primers específicos Coi9-1F e Coi9-R. O sequenciamento das regiões 18S-28S rDNA foi realizado pelo método da terminação da cadeia pelo didesoxinucleotídeo, usando-se o kit DYEnamicTM ET terminators cycle sequencing (GE Healthcare). Os resultados confirmaram a identificação de todas as cepas incluídas neste estudo, como pertencentes à espécie C. posadasii. A árvore filogenética, baseada na região 18S-28S rDNA de C. posadasii do CEMM, juntamente com sequências de Coccidioides spp. depositadas no Genbank. revela a formação de um cluster exclusivo englobando as cepas CEMM 05-2-063, CEMM 05-2-064, CEMM 05-2-065 e CEMM 05-2-066, em um ramo adequadamente sustentado, que aparentemente parece agrupar estes isolados segundo sua origem geográfica. As cepas de C. posadasii apresentaram menor índice de divergência genética nas regiões ITS1 e ITS2, quando comparadas às cepas de C. immitis A análise não detectou diferenças entre as cepas de origem clínica e as de origem ambiental. Estudos posteriores envolvendo a análise de marcadores de evolução mais rápida, os microssatélites, podem fornecer evidências para determinar se os agrupamentos encontrados neste estudo são resultantes de uma linhagem de reprodução clonal.

VASCONCELOS, Régis Fernandes. Variabilidade da região ITS do Cluster Ribossõnico Nuclear em populações de ostras de três estuários da costa cearense. 2009. 58 f. Dissertação (Mestrado em Ciências Marinhas Tropicais) - Instituto de Ciências do Mar, Universidade Federal do Ceará, Fortaleza, 2009. / Submitted by Debora Oliveira (deby_borboletinha@hotmail.com) on 2011-12-21T15:12:48Z No. of bitstreams: 1 2009_dis_rfvasconcelos.pdf: 3464396 bytes, checksum: c7a345da34a7daddfad5ae41068015c1 (MD5) / Approved for entry into archive by Nadsa Cid(nadsa@ufc.br) on 2012-01-23T16:54:55Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2009_dis_rfvasconcelos.pdf: 3464396 bytes, checksum: c7a345da34a7daddfad5ae41068015c1 (MD5) / Made available in DSpace on 2012-01-23T16:54:55Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2009_dis_rfvasconcelos.pdf: 3464396 bytes, checksum: c7a345da34a7daddfad5ae41068015c1 (MD5) Previous issue date: 2009 / Oyster taxonomic classifications are problematic, because these organisms have few informative morphological characteristics. The oyster C.brasiliana was, for decades, confused with C. rhizophorae. However, recent studies indicate that the two species are biologically distinct. In order to help solving systematic issues among mollusks the nuclear ribosomal ITS region has been often used in phylogenetic and taxonomic studies. ITS presents high variability and relatively easy amplification by thermocycling. The present study aimed at examining the variability of the ITS-1 region of oyster populations of C.rhizophorae in three estuaries from Ceará State, as well as investigating the presence of a second Crassostrea species in the region. Individuals of the native oyster C.cf.rhizophorae were collected in the estuaries of Ceará for analysis of population variability. We also collected individuals of C.cf.brasiliana for study of phylogeny and evaluation of taxonomic status. After DNA extraction and ITS-1 amplification, sequences were obtained for phylogenetic and population analysis. In addition to these sequences, 35 ITS-1 sequences were retrieved from GenBank, representing 12 species of Crassostrea oysters. Two additional sequences of Saccostrea glomerata were used as outgroup. Phylogenetic trees were inferred through neighbor-joining and maximum parsimony methods. Intraspecific variability in C.cf.rhizophorae was studied through a nested clade maximum parsimony method. Complete ITS-1 sequences were obtained for C.brasiliana and C.rhizophorae with 427 and 439 bp, respectively. The neighbor-joining tree showed a clear separation between C.cf.brasiliana and C.cf.rhizophorae branches (100% bootstrap support), confirming the occurrence of at least two species of Crassostrea in Ceará. Although C. brasiliana has been considered synonymous with C.virginica, the results presented here indicate that C.virginica is much closer to C.rhizophorae The same basic topology was observed in the maximum parsimony tree. That tree also showed a clear separation between C.cf.brasiliana and C.cf.rhizophorae branches (100% bootstrap support). Maximum parsimony analysis of intraspecific variability of C.cf.rhizophorae for the three estuaries studied showed 7 different sequences for C.cf.rhizophorae. The network between these sequences suggests the presence of limited gene flow between populations. ITS-1 seems to be ideal for studies of phylogeny of oysters and has shown to be informative for population studies as well. The confirmation of the presence of a second species of oysters belonging to the genus Crassostrea in Ceará will have direct consequences in the management of these resources, which have marked ecological, economic and social importance to our state. / Classificações taxonômicas de ostras são problemáticas, pois estes organismos possuem características morfológicas pouco informativas. A variabilidade da região ITS do cluster ribossômico tem sido bastante utilizada em estudos filogenéticos e taxonômicos, visto que esta região apresenta uma variabilidade relativamente elevada e fácil amplificação por termociclagem. A ostra Crassostrea brasiliana foi, por décadas, confundida com C. rhizophorae, entretanto, estudos recentes indicam que são duas espécies biologicamente distintas. Esta pesquisa objetivou analisar a variabilidade da região ITS-1 de populações de ostras C. rhizophorae em três estuários da costa do Estado do Ceará e investigar a presença de uma segunda espécie de ostra pertencente ao gênero Crassostrea. Exemplares da ostra nativa C. cf. rhizophorae foram coletados nos estuários da costa cearense para análise de variabilidade populacional. Foram coletados também espécimes de C. cf. brasiliana para estudo de filogenia e comparação com o primeiro grupo de ostras. Após extração de DNA e amplificação por PCR da região ITS-1, seqüências desta região foram obtidas para análise filogenética realizada através dos métodos de neighbour-joining e máxima parcimônia. Sequências de ITS-1 descritas no GenBank para 35 indivíduos, representando 12 espécies de ostras do gênero Crassostrea, e mais duas seqüências de Saccostrea glomerata (grupo externo), foram utilizadas para os alinhamentos com as sequências obtidas na presente pesquisa. A variabilidade intraespecífica de C.cf.rhizophorae foi estudada pelo método da máxima parcimônia. Seqüências inéditas de ITS-1 completo foram obtidas para C.brasiliana e C.rhizophorae, com 427 e 439 pb, respectivamente. A árvore de neighbour-joining evidenciou a clara separação de C.cf.brasiliana e C.cf.rhizophorae em ramos distintos (100%), confirmando a ocorrência de, pelo menos, duas espécies de Crassostrea no local de estudo. O estudo sugere a ocorrência de C.brasiliana no Estado do Ceará. Embora alguns autores tenham considerado C.brasiliana sinônimo de C.virginica, em nosso estudo, C.virginica mostrou-se muito mais próxima de C.rhizophorae, com forte agrupamento (100%). A árvore de máxima parcimônia mostrou que as seqüências de C.cf.brasiliana e C.cf.rhizophorae formaram um grupo monofilético com as demais espécies de Crassostrea em 100% das repetições. C.cf.brasiliana apresentou-se na base do ramo monofilético de Crassostrea e, portanto, foi o grupo mais próximo de S.glomerata. Esta árvore também mostrou a separação dos exemplares de C.cf.brasiliana e C.cf.rhizophorae em ramos distintos (100%), evidenciando o forte sinal filogenético observado na análise. Novamente, C.cf.rhizophorae mostrou-se próxima de C.virginica. A análise de máxima parcimônia para variabilidade intraespecífica de C.cf.rhizophorae nos três estuários estudados mostrou a formação de 7 diferentes sequências para C.cf.rhizophorae. A ligação entre as sequências encontradas sugere a presença de fluxo gênico entre as populações estudadas e a ocorrência de sequências exclusivas pode indicar a formação de populações residentes em cada um dos estuários analisados. A região ITS-1 mostrouse ideal para estudos de filogenia de ostras e estudos de variabilidade gênica populacional. A confirmação de uma segunda espécie de ostra pertencente ao gênero Crassostrea na costa cearense é relevante para uma melhor gestão destes recursos, que possuem grande importância ecológica, econômica e social para nosso Estado.

Rhinocricus Karsch, 1881 possui atualmente 207 espécies descritas e distribuídas principalmente pelo continente americano, das quais 65 são descritas para o Brasil. A descrição do gênero foi baseada na presença de escobinas (depressões na porção distal dos prozonitos). O presente estudo avaliou a monofilia de três grupos de espécies previamente propostos em Rhinocricus. A matriz de dados foi composta por 39 caracteres morfológicos e 30 espécies terminais, sendo 21 como grupo interno e nove do grupo externo. Nós realizamos uma analise de parcimônia com pesos implicitos usando o software TNT e obtivemos a melhor árvore com a mesma topologia para três melhores valores de K (5.992, 7.309, 9.105). Nenhum dos três grupos de espécies de Rhinocricus foi recuperado monofilético. Rhinocricus (Erythocricus) sanguineostriatus foi recuperado irmão de todas as outras espécies, e Argentocricus Verhoeff, 1941 resultou parafilético. Os caracteres diagnósticos tradicionalmente utilizados para separar grupos de espécies, subgênero e gênero não foram recuperados como sinapomorfias. Ainda durante o exame do material quatro novas espécies de Rhinocricus foram descobertas e são aqui descritas. Futuras investigações incluindo amostras mais amplas de espécies são necessárias, para estabelecer hipóteses de relacionamento robustas entre R. (Erythocricus), Argentocricus, e o restante das espécies de Rhinocricus, deste modo identificando grupos monofiléticos no gênero e suas sinapomorfias. / Rhinocricus Karsch, 1881 currently has 207 species described and distributed mainly by the American continent, of which 65 are described for Brazil. The genus was based on the presence of scobinae (depressions in distal portion of prozonit). The present study evaluated the monophyly of three groups of species previously proposed in Rhinocricus. The data matrix was composed for 39 morphological characters and 30 species as terminal taxa, being 21 the ingroup, and nine the outgroup. We performed a parsimony analysis with implied weights using TNT software, obtaining the same best topology with three optimal K-values (5.992, 7.309, 9.105). None of the three previously proposed species groups of Rhinocricus was recovered monophyletic. Rhinocricus (Erythocricus) was recovered sister to all other species, and Argentocricus Verhoeff, 1941 resulted paraphyletic. The diagnostic characters traditionally used to separate species groups, subgenera, and genera were not recovered as synapomorphies. Still during the examination of the material four new species of Rhinocricus were discovered and here described. Further investigation including a broader species sample is needed attempting to establish robust relationship hypotheses between R. (Erythocricus), Argentocricus, and the remainder species of Rhinocricus, thus identifying the monophyletic groups in the genus and their synapomorphies.

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Biologia de Fungos, Algas e Plantas, Florianópolis, 2015 / Made available in DSpace on 2016-02-09T03:02:02Z (GMT). No. of bitstreams: 1 337160.pdf: 1503037 bytes, checksum: 1b06696b81f4be83f51e2820518f24b4 (MD5) Previous issue date: 2015 / Antrodia é um gênero caracterizado por apresentar basidiomas ressupinados a pileados, sazonais a perenes, dimíticos, com hifas generativas fibuladas, basidiósporos cilíndricos a elipsoides de parede delgada, lisos e inamiloides (IKI-). Amplamente distribuído, principalmente nas zonas temperadas da América do Norte e Europa em florestas de coníferas, compreende exclusivamente espécies causadoras de podridão marrom (brown-rot). Estudos com filogenias moleculares têm demonstrado Antrodia como um gênero polifilético, com ampla variação morfológica. Este trabalho representa uma contribuição para o conhecimento de espécies pertencentes ao  clado antrodia com ênfase nas espécies coletadas na região Neotropical. Além disso, a partir de análises morfológicas, moleculares (ITS) e de dados ecológicos, foi possível reconhecer uma nova espécie de Antrodia s.s. ocorrendo principalmente em Baccharis uncinella. Através das análises moleculares foi possível identificar o posicionamento filogenético de espécies pertencentes ao  clado antrodia como: Antrodia malicola, Daedalea ryvardeniana, Amyloporia sinuosa, Fomitosis meliae e Fomitopsis palustris. Com base nos resultados obtidos neste estudo, percebe-se que existem inúmeras novidades científicas, tanto a nível específico como genérico, no entanto, o uso de múltiplos marcadores moleculares faz-se necessário para melhor delimitação e proposição destes táxons.<br> / Abstract : Antrodia is a genus characterized by a basidiomata resupinate to pileate, seasonal to perennial growth habit, a dimitic hyphal system with clamped generative hyphae, and hyaline, smooth, thin-walled and usually cylindrical to oblong-ellipsoid basidiospores which are negative in Melzer s reagent. Widely distributed, mainly in the temperate zones of North America and Europe in coniferous forests, includes only species causing brown-rot. Studies with phylogenetic analyzes have shown Antrodia as a polyphyletic genus with wide morphological variation. This work represents a contribution to the knowledge of species belonging to the  antrodia clade , with emphasis on species collected in Neotropical region. Furthermore, based on morphological, molecular (ITS) and ecological data, it was also possible to recognize a new species of Antrodia s.s. occurring mainly on Baccharis uncinella. Through molecular analyses it was possible to identify the phylogenetic position of species belonging to the antrodia clade as: Antrodia malicola, Daedalea ryvardeniana, Amyloporia sinuosa, Fomitosis meliae e Fomitopsis palustris. Based on the results obtained in this study, we realize that there are numerous scientific novelties, specific and generic. However the use of multiple molecular markers is necessary for best definition and propose these taxa.