Orientador: Reinaldo José Bertini / Banca: Maria Eliana Carvalho Navega Gonçalves / Banca: Silvia Regina Gobbo Rodrigues / Resumo: Amphisbaenia é um importante grupo de amniotas reptilianos, providos de corpo cilíndrico e alongado, usualmente desprovidos de membros, com a exceção da Família Bipedidae, que apresentam os anteriores desenvolvidos. Esta anatomia facilita a vida fossorial. São alocados aos Squamata, por possuírem hemipênis, dente para romper e sair do ovo, cloaca transversal e tegumento coberto de escamas. Por assemelharem-se a lacertílios e ofídios, seu posicionamento filogenético tem sido amplamente discutido e sua ancestralidade é ainda controversa. São limitados às regiões subtropicais e tropicais, constituindo importante informação para abordagens paleoecológicas e paleobiogeográficas. Confeccionam profundos túneis compactando o solo, o que implica em grandes modificações morfológicas, tais como crânio robusto, formado por placas ósseas rígidas, e ligações interdigitais na região frontal, podendo ser sobrepostas, o que lhes confere maior resistência contra impactos na escavação. Sua anatomia é bastante convergente com aquela dos fósseis de lacertiformes mesozóicos, demonstrando um provável ancestral em comum com estes diápsidos. Um espécimen de Cryptolacerta, oriundo da Alemanha, compartilha características com Amphisbaenia. Entretanto sua filogenia ainda é incerta. De todo modo, junto com Sineoamphisbaena, pode indicar características convergentes entre "lagartos" laurasianos, possivelmente com aqueles que originaram Amphisbaenia. Os fósseis de anfisbênios são geograficamente restritos, predominantemente encontrados nos Estados Unidos, em quantidade relativamente escassa. A maior parte está relacionada à Família Rhineuridae, que poderia ser considerada primitiva. No entanto Bipedidae, um grupo recente, também é considerado como primitivo, devido à presença de cintura escapular e membros anteriores. Entretanto não há registros fósseis seguros, pois até então não foram encontrados restos fossilizados.. / Abstract: Amphisbaenia is an important group of reptilian amniotes, provided with cylindrical and elongated body, usually limbless, with the exception of the Family Bipedidae, which presents limbs. This anatomy facilitates fossorial life. They are allocated to Squamata, by having hemipenis, tooth to break the egg, cross cloacal vent and integument covered with scales. Resembling lacertilians and snakes, their phylogenetic position has been widely discussed and their ancestry is still controversial. They are limited to subtropical and tropical regions, providing important paleoecological and paleobiogeographical informations to the group. They cave deep tunnels, compacting soil, which implies major morphological changes, such as robust skull bones, with rigid plates, and strong osteological connections in the frontal region, with superimposed bones, giving them greater resistance to impacts during excavation. Their anatomy is quite convergent with Mesozoic lacertiform fossils, showing a probable common ancestor with these diapsids. A specimen of VIII Cryptolacerta, from Germany, shares features with Amphisbaenia. However its phylogeny is still uncertain. But Sineoamphisbaena may indicate convergent features between Laurasian "lizards", possibly with those originated Amphisbaenia. The fossil records are geographically restricted, predominantly from USA, in relatively small quantity. Most are related to the Family Rhineuridae, which could be considered primitive. However the Family Bipedidae, a recent group, is classified also as primitive, due to the presence of shoulder girdle and forelimbs. But Bipedidae does not present fossils, because until now there are not fossilized remains assigned to them. Morphological convergence occurs in Rhineuridae, detailed in phylogenetic analyses, placing it as a apomorphic group. Anyway it is clear that the origin of Amphisbaenia remains obscure. There are not well preserved fossil materials before beginning of Eocene / Mestre

Orientador: Hussam El Dine Zaher / Coorientador: Sandro Luis Bonatto / Banca: Taran Grant / Banca: Marcio Roberto Costa Martins / Banca: Giovanna Gondim Montigelli / Banca: Ricardo Jannini Sawaya / Resumo: A relação filogenética entre os caenofídeos (serpentes avançadas) tem sido matéria de debate durante décadas. As principais questões para a sistemática eram representadas pela condição monofilética da família Colubridae, e a composição de sua subfamílias. Mais recentemente, novos métodos para inferir filogenias baseadas em critérios objetivos, bem como a utilização da biologia molecular, lançaram alguma luz sobre estas questões tradicionais. Aqui, são apresentados os resultados de duas análises filogenéticas moleculares das serpentes cenofídeas, focando principalmente nas serpentes neotropicais (subfamílias Xenodontinae e Dipsadinae). Otimização direta com base na máxima parcimônia, e homologia estática (alinhamento múltiplo), utilizando máxima parcimônia e máxima verossimilhança foram aplicados em uma matriz expandida de dados molecular. Os principais resultados de ambas as análises são: posicionamento de Acrochordus, Xenodermatideos e Pareatideos como grupos irmãos sucessivos de todos os caenofídeos restantes; viperídeos e homalopsideos são clados irmãos sucessivos de todos as demias serpentes, foram recuperados os seguintes clados monofiléticos dentro do crown-group Caenophidia: psammofídeos Afro-Asiaticos (incluindo Mimophis de Madagascar), Elapidae, Pseudoxyrhophiinae, Colubrinae, Natricinae, Dipsadinae e Xenodontinae. Homoroselaps está associada com os atractaspidídeos. Dois grupos taxonômicos superiores dentro de Caenophidia e uma nova subfamília dentro Dipsadidae foram nomeados. As análises filogenéticas sugerem mudanças taxonômicas dentro dos xenodontíneos; cinco novas tribos, oito novos gêneros foram criados e dois gêneros foram ressuscitados. Os gêneros Xenoxybelis e Pseudablabes foram sinonimizados com Philodryas; Liophis e Umbrivaga com Erythrolamprus e Lystrophis e Waglerophis com Xenodon / Abstract: The phylogenetic relationship among the caenophidian (advanced) snakes has been a matter of debate for decades. The principal issues for the systematic were represented by the monophyletic condition of the large family Colubridae, and the composition of its subfamilies. More recently, new methods for infering phylogenies based on objective criteria, and the use of molecular biology, shed some light on these traditional issues. Here, two molecular phylogenetic analyses of caenophidian snakes focusing principally in the Neotropical snakes (subfamilies Xenodontinae and Dipsadinae) are presented. Direct optimization based on maximum parsimony, and static homology (multiple alignment) using maximum parsimony and maximum likelihood were applied on a expanded molecular data matrix. The major results of both analyses are: placement of Acrochordus, Xenodermatids, and Pareatids as successive outgroups to all remaining caenophidians; viperids and homalopsids are sucessive sister clades to all remaining snakes; the following monophyletic clades within crown group caenophidians: Afro- Asian psammophiids (including Mimophis from Madagascar), Elapidae, Pseudoxyrhophiinae, Colubrinae, Natricinae, Dipsadinae, and Xenodontinae. Homoroselaps is associated with atractaspidids. Two higher taxonomic clades within Caenophidia one new subfamily within Dipsadidae were nomed. The phylogenetic analyses suggest taxonomic changes within xenodontines, five new tribes, eight new genera were created and two genera were resurrected. The genera Xenoxybelis and Pseudablabes were synonymize with Philodryas; Liophis and Umbrivaga with Erythrolamprus; and Lystrophis and Waglerophis with Xenodon / Doutor

Orientador: Reinaldo J. Bertini / Banca: Emérito Paulo Milton Barbosa Landim / Banca: Douglas Riff Gonçalves / Resumo: Testudines constituem um grupo de amniotas muito comum em depósitos do Cretáceo do Brasil, sendo abundantes na Bacia Bauru. Até o momento, para estes sedimentos, foram descritas as espécies "Podocnemis" harrisi, "Podocnemis" brasiliensis, Roxochelys wanderleyi, Bauruemys elegans e Cambaremys langertoni. As ocorrências de Testudines distribuem-se amplamente pelo Oeste dos estados de São Paulo e Minas Gerais, estando presentes nas formações Santo Anastácio, Araçatuba, Adamantina e Marília. O presente estudo revisa a Paleontologia, Paleoecologia e Paleobiogeografia relacionadas a essas ocorrências. Em adição, um novo material é descrito e discutida a Filogenia de alguns Pelomedusoides e as espécies presentes na Bacia Bauru. A descrição do novo morfótipo permitiu algumas questões sobre o relacionamento entre Cambaremys langertoni e "Podocnemis" brasiliensis, considerados no presente trabalho como um único táxon. Assim, essa proposta pode trazer possibilidades de correlações estratigráficas, porque o novo morfótipo, e as espécies Cambaremys langertoni e "Podocnemis" brasiliensis são provenientes de quatros unidades geológicas distintas da Bacia Bauru, formações Araçatuba, Adamantina, Marília e Santo Anastácio / Abstract: Testudines is an amniote group very common in the Cretaceous deposits from Brazil, and it is abundant in the Bauru Basin. For these sediments, until now, there were described the species: "Podocnemis" harrisi, "Podocnemis" brasiliensis, Roxochelys wanderleyi, Bauruemys elegans and Cambaremys langertoni. The occurrences of Testudines are widely distributed in Western São Paulo and Minas Gerais states, and they are present in the Santo Anastácio, Araçatuba, Adamantina and Marília formations. The present study revises the Paleontology, Paleoecology and Paleobiogeography related to these occurrences. In addition, a new fossil material is described and the Phylogeny of some Pelomedusoides and the species presents in the Bauru Basin is discussed. The description of the new morphotype allowed some questions about the relationships between Cambaremys langertoni and "Podocnemis" brasiliensis, and in this study they are considered the same taxon. So, this assumption could bring significant stratigraphical correlations possibilities, because the new morphotype, "Podocnemis" brasiliensis and Cambaremys langertoni came from four distinct geological units of the Bauru Basin, Araçatuba, Adamantina, Marília and Santo Anastácio Formation / Mestre

Orientador: Carlos Camargo Alberts / Banca: Sérgio Nascimento Stampar / Banca: Gelson Genaro / Resumo: As relações evolutivas da Ordem Carnivora são extensivamente estudadas e contraditórias, principalmente entre os caniformes. Embora as filogenias baseadas em dados moleculares tenham feito uma contribuição importante, elas também podem ser comparadas a reconstruções usando outros tipos de caracteres, como comportamentais. O comportamento vem conquistando espaço no cenário da biologia evolutiva, e entre os comportamentos exibidos pelos animais, a autolimpeza se apresenta como uma boa fonte de caracteres filogenéticos. Este estudo teve como objetivo reconstruir uma filogenia das principais Famílias de carnívoros caniformes usando o comportamento de autolimpeza como caractere. Foi criada uma reconstrução filogenética por meio de caracteres moleculares como forma de comparação e evidência adicional. Nas análises comportamentais, excetuando-se os representantes dos grupos externos, uma grande politomia é o resultado para os demais terminais analisados. Os terminais dentro dessa politomia, no entanto, apresentam algumas relações interessantes e com grande sustentação em verificações de bootstrap e jackknife. Os resultados com dados moleculares, nos quais foram empregados setores específicos do gene citocromo b mostraram uma filogenia clássica da Subordem, exceto no que diz respeito à posição do representante da Família Canidae, mas com baixo suporte em verificação bootstrap em alguns ramos, exceto no que diz respeito à posição do representante da Família Canidae. A rápida radiação adaptativa, bem como especiação recente e grande diversidade ecológica dos grupos do estudo representam dificuldades ao se tentar estabelecer o exato relacionamento entre as espécies, independente dos dados biológicos utilizados para reconstrução filogenética. / Abstract: The evolutionary relationships inside the Order Carnivora are extensively studied and sometimes contradictory, especially among caniforms. Although phylogenies based on molecular data have made a significant contribution, they can also be compared to reconstructions using other types of characters, such as the behavioral ones. Behavior has aided space on the current state of evolutionary biology, and among the various possible behaviors exhibited by animals, grooming is a very good source of phylogenetic characters. Grooming has stereotyped patterns and it has been shown that differences in patterns of grooming are observable between closely related species, which makes it a good source of phylogenetic characters. Thus this study aimed to reconstruct a phylogeny of the major families of caniforms carnivores using the grooming behavior as character. A molecular phylogenetic reconstruction was created for comparison and also as further evidence. In the behavioral reconstruction, except for the representatives of the external groups, it resulted a large polytomy. Terminals within this polytomy, however, present some interesting and highly bootstrap and jackknife supported associations. The results with molecular data, in which specific sectors of the cytochrome b gene were employed, showed a classical phylogeny of the suborder, except for the position of the Canidae‟s representative, but with low bootstrap support in most branches. Rapid adaptive radiation, recent speciation and great ecological diversity of the studied group turn difficult to establish the exact relationship between the terminals, independent of the biological data used. / Mestre

Orientador: Reinaldo José Fazzio Feres / Banca: Maria Magdalena Vázquez Gonzalez / Banca: Fernando Barbosa Noll / Resumo: Opilioacaridae é um pequeno e raro grupo de ácaros de vida livre, com seus aspectos biológicos e ecológicos pouco conhecidos. Das 37 espécies conhecidas no mundo, 15 são encontradas no Novo Mundo, sendo 12 pertencentes ao gênero Neocarus e as outras três pertencentes ao gênero Caribeacarus, podendo ser diagnosticados pelas setas modificadas no tarso do palpo e no telotarso da perna I. Apesar das descrições recentes, não existe uma proposta de parentesco entre suas espécies. Com intuito de preencher esta lacuna, apresenta-se a primeira hipótese de relacionamento filogenético entre as espécies de Neocarus. Do material analisado, 20 táxons terminais e 37 caracteres foram incluídos na análise. Utilizou-se o NONA com 1000 replicações e 100 árvores armazenadas por replicação, com pesagens iguais de caracteres, através da busca heurística TBR, utilizando a otimização ACCTRAN e o WinClada como interface. A análise filogenética produziu 20 árvores igualmente parcimoniosas com 73 passos, com índice de consistência 68 e índice de retenção 74. A árvore de consenso estrito encontrada apresentou 83 passos, índice de consistência 60 e índice de retenção 63. Para verificar o suporte dos ramos, foi utilizado o índice de Bremer, com 1000 replicações e considerando árvores com 5 passos adicionais. O monofiletismo de Neocarus não foi observado, sendo parafilético em relação à Caribeacarus, com as relações entre suas espécies não totalmente estabelecidas, apresentando politomias. O material tipo de algumas espécies não pôde ser obtido para análise taxonômica, assim como algumas estruturas não puderam ser observadas. A espécie Neocarus ojastii se enquadra na diagnose de Caribeacarus, sugerindo-se uma nova combinação, bem como a espécie N. calakmulensis que pode se tratar de uma sinonímia de N. nicaraguensis / Abstract: Opilioacaridae is a small and rare group of free-living mites, their biological and ecological aspects unfamiliar. Of the 37 known worldwide species, 15 are found in the New World, which 12 belong to the genus Neocarus and the other three belong to the genus Caribeacarus and can be diagnosed by the setae in the modified tarsus of palp and telotarsus I. Despite recent descriptions, there is no proposed relationship between their species. In order to fill this gap, we present the first hypothesis of phylogenetic relationships among species of Neocarus. Of the material analyzed, 20 characters and 37 terminal taxa were included in the analysis. We used NONA with 1000 replicates and 100 trees stored for replication, with equal weights of characters through the TBR heuristic search using the ACCTRAN optimization and WinClada as interface. Phylogenetic analysis produced 20 equally parsimonious trees with 73 steps, with a consistency index of 68 and a retention index of 74. The strict consensus tree had found 83 steps, consistency index 60 and 63 retention rate. To check the support of branches was used Bremer index, with 1000 replications and considering trees with 5 additional steps. The monophyly of Neocarus was not observed, being paraphyletic with respect to Caribeacarus, and the relationships between their species is not fully established, presenting polytomies. The type material of some species could not be obtained for taxonomic analysis, as well as some structures could not be observed. The Neocarus ojastii fits the diagnosis of Caribeacarus, suggesting a new combination, as well N. calakmulensis that can treat a synonymy of N. nicaraguensis / Mestre

Orientador: Antonio Carlos Lofego / Banca: Carlos Holger Wenzel Flechtmann / Banca: Owen Douglas Seeman / Banca: Ricardo Pinto da Rocha / Banca: Wojciech Łukasz Magowski / Resumo: Daidalotarsonemus (Acari: Tarsonemidae) é um dos poucos gêneros de ácaros tarsonemídeos registrados em todo mundo. Até 2014, este era composto de 26 espécies conhecidas. Excelsotarsonemus também é um gênero de ácaros tarsonemídeos; contudo, sua distribuição geográfica estava restrita a América Central e apenas três espécies foram descritas até aquele ano. Neste trabalho, são apresentados avanços no conhecimento sobre a biologia, taxonomia e a filogenia destes dois gêneros. Os primeiros três capítulos apresentam a descrição de 15 novas espécies, 13 pertencendo à Daidalotarsonemus e duas à Excelsotarsonemus. O capítulo final compila informações sobre as espécies de ambos os gêneros em uma revisão taxonômica. Também é apresentada uma análise filogenética, além de uma breve discussão sobre a distribuição geográfica destas. Os resultados aqui obtidos incrementam o conhecimento, não apenas para estes dois gêneros, mas para toda família Tarsonemidae / Abstract: Daidalotarsonemus (Acari: Tarsonemidae) is one of the few tarsonemid mite genera which have been recorded worlwide. Until 2014, it was composed of 26 known species. Excelsotarsonemus is also a tarsonemid mite genus; however, its geographical distribution was restricted to the Central America and just three species were described until that year. Here, it is presented some advances on knowledge about the biology, taxonomy and phylogeny of these two genera. The first three chapters show the description of 15 new species, 13 of those belonging to Daidalotarsonemus and two to Excelsotarsonemus. The last chapter gathers information about all species of both genera in a taxonomic revision. It is also provided a phylogenetic analysis, and a brief discussion about their geographical distribution. The results obtained increase the knowledge, not just for these two genera, but for all family Tarsonemidae / Doutor

Made available in DSpace on 2013-08-07T19:12:43Z (GMT). No. of bitstreams: 1 000384726-Texto+Completo-0.pdf: 12188195 bytes, checksum: bd1cf0b49b346f13e75fd2bbf968a341 (MD5) Previous issue date: 2006 / The subfamily Cheirodontinae comprises about 50 valid species, being a group of characids widely distributed in South and Central Americas, occurring in the major hydrographic basins of South America (Amazon, Orinoco, Paraná-Paraguay and São Francisco basins), besides including representatives of the transandinean genus Cheirodon from Chile. Among 15 genera recognized to the monophyletic subfamily Cheirodontinae by Malabarba (1998), five remained incertae sedis: Odontostilbe Cope (1870) with Holoshesthes Eigenmann, 1903 as synonym, Aphyocheirodon Eigenmann, 1915, Pseudocheirodon Meek & Hildebrand, 1916, Prodontocharax Pearson, 1924 with Amblystilbe Fowler, 1940 as synonym, and Cheirodontops Schultz, 1944. Odontostilbe was notable containing about ten valid species (Malabarba, 2003), the highest number of species among all the remaining Cheirodontinae (followed by Serrapinnus with seven species). The taxonomic status of Odontostilbe was confusing, with the holotype of the type species Odontostilbe fugitiva referred as lost, and this species being weakly defined by lateral line complete and multicuspid teeth. In this study, the main goal was the taxonomic revision and phylogeny of the Odontostilbe, which jointly leaded to the revisions of the Holoshesthes, Aphyocheirodon and Cheirodontops. In all, Odontostilbe Cope (1870) is redefined with 15 species recognized to the genus, 10 new species. The phylogenetic analysis with 53 taxa, 28 species of Cheirodontinae and 15 species of Odontostilbe, resulted in the definition of a new tribe Odontostilbini with 26 species recognized in the genera Odontostilbe, Holoshesthes, Prodontocharax, Amblystilbe, Pseudocheirodon, and Lobodeuterodon Fowler, 1945.The new tribe is supported by thirteen synapomorphies related to modifications of the sensory canals of the parietal and first infraorbital and the shape of the second and sixth infraorbitals, palatine, anterodorsal border of maxilla, a ridge laterally on lower jaw, exposed lateral portion of lower branch of anguloarticular, posteriormost branchiostegal, to the length of the unbranched pelvic-fin ray, to the anal-fin profile and extent of the lateral line. However, the interrelationships of the species and genera of Odontostilbini are not clear and the monophyly of Odontostilbe is not established. Even though, three monophyletic lineages are distinguished in Odontostilbini: the clade corresponding to Holoshesthes with six species and Aphyocheirodon and Cheirodontops as its junior synonyms; the clade Pseudocheirodon with two species; and the clade Lobodeuterodon + (Prodontocharax + Amblystilbe) with three species. Holoshesthes is revalidated. Odontostilbe is valid and conservatively includes several species in a basal polytomy of the tribe, including the type species of the genus. A new member to the Cheirodontini tribe was found, Axelrodia lindeae. / A subfamília Cheirodontinae compreende cerca de 50 espécies válidas, sendo um grupo de caracídeos de ampla distribuição geográfica nas Américas do Sul e Central, presente em todas as bacias hidrográficas maiores da América do Sul (Amazônica, Orinoco, Paraná-Paraguay e São Francisco) e ainda com representantes do gênero Cheirodon transandinos no Chile. Dentre 15 gêneros reconhecidos na subfamília monofilética Cheirodontinae por Malabarba (1998), cinco permaneceram incertae sedis: Odontostilbe Cope (1870) com Holoshesthes Eigenmann, 1903 como sinônimo, Aphyocheirodon Eigenmann, 1915, Pseudocheirodon Meek & Hildebrand, 1916, Prodontocharax Pearson, 1924 com Amblystilbe Fowler, 1940 como sinônimo, e Cheirodontops Schultz, 1944. Odontostilbe destacava-se com cerca de dez espécies consideradas válidas (Malabarba, 2003), o maior número de espécies entre todos os gêneros de Cheirodontinae (seguido de Serrapinnus com sete espécies). A situação taxonômica de Odontostilbe era confusa, com o holótipo da espécie tipo Odontostilbe fugitiva referido como perdido e esta espécie fracamente definida por linha lateral completa e dentes multicúspides. No presente estudo, o objetivo principal foi a revisão taxonômica e filogenia de Odontostilbe, que juntamente levou às revisões de Holoshesthes, Aphyocheirodon e Cheirodontops. No total, Odontostilbe Cope (1870) é redefinido com o reconhecimento de 15 espécies para o gênero, 10 novas. A análise filogenética com 53 táxons, 28 espécies de Cheirodontinae e 15 espécies de Odontostilbe, resultou na definição de uma nova tribo Odontostilbini com 26 espécies reconhecidos nos gêneros Odontostilbe, Holoshesthes, Prodontocharax, Amblystilbe, Pseudocheirodon, e Lobodeuterodon Fowler, 1945.A nova tribo é sustentada por treze sinapomorfias relacionadas a modificações dos canais sensoriais do parietal e do primeiro infraorbital, a forma do segundo e sexto infraorbitais, do palatino, do bordo anterodorsal da maxila, da protuberância lateral da maxila inferior, da parte lateral exposta do ramo inferior do ângulo-articular, do branquiostegal mais posterior, ao comprimento do raio não ramificado da nadadeira pélvica, ao perfil da nadadeira anal e a extensão da linha lateral. No entanto, inter-relações dos gêneros de Odontostilbini não são esclarecidas e Odontostilbe não tem sua monofilia estabelecida. Mesmo assim, três linhagens monofiléticas foram distinguidas em Odontostilbini: clado correspondente a Holoshesthes com seis espécies e Aphyocheirodon e Cheirodontops como seus sinônimos; clado Pseudocheirodon com duas espécies; e clado Lobodeuterodon + (Prodontocharax + Amblystilbe) com três espécies. Os gêneros Holoshesthes e Lobodeuterodon são removidos da sinonímia de Odontostilbe e Amblystilbe é removido da sinonímia de Prodontocharax. Holoshesthes é revalidado. Odontostilbe é válido e em uma posição conservadora inclui várias espécies em uma politomia basal da tribo, incluindo a espécie-tipo do gênero. Um novo membro para a tribo Cheirodontini foi encontrado, Axelrodia lindeae.

Made available in DSpace on 2013-08-07T19:12:50Z (GMT). No. of bitstreams: 1 000383016-Texto+Completo-0.pdf: 3072217 bytes, checksum: f0908c89e821c622afedebebe9114f90 (MD5) Previous issue date: 2005 / Scytalopus is a taxonomically difficult bird genus due to the low morphological differentiation among the species. Identification and species delimitation have been done basically by geographic distribution and bioacustic data, but these approaches are not enough to solve these issues as well as have not produced a consistent picture of their phylogeny. Besides, some species of the group are endemic and present conservation issues. This study intended to study the evolution of the Brazilian Scytalopus, including phylogeny and species delimitation. We studied all five known Brazilian species (S iraiensis, S. novacapitalis, S. speluncae, S. indigoticus and S. psychopompus) and two new species: S. sp. nov. 1 from Serra do Espinhaço and S. sp. nov. 2 from southern Brazil (both are being described elsewhere). Fragments of the genes ND2 and cytochrome b, and control region of the mitochondrial DNA obtained (approximately 1300 base pairs) were analysed using methods as distance, maximum likelihood, maximum parsimony. Brazilian Scytalopus were divided into two clades: (1) S. indigoticus/S psychopompus, (2) S. speluncae, S. iraiensis, S. novacapitalis and the two new species. S. speluncae was subdivided into three very divergent (about 10% in ND2) clades: (1) S. speluncae northern group, (2) S. speluncae southern group and (3) the specimen from Serra da Ouricana Mountain, in Bahia State. These latter two clades likely represent two different new species.The taxonomic status of S. psychopompus as a valid species was corroborated as it represents a clade of haplotypes with 8. 4% (ND2) sequence divergence of S. indigoticus (its sister species). The genetic diversity of Scytalopus sp. nov. 2 from southern Brazil is structured in three geographic groups, consisting of distinct evolutionary units. The status of the new species suggested in this study (from Serra da Ouricana and southern S. speluncae) is consistent with morphology and bioacoustic data. The results presented here, mainly the discovery of new species and corroboration of the specific status of others would help the design of conservation strategies for this neglected group. / Em decorrência da grande semelhança morfológica e da condição críptica de algumas de suas espécies o gênero Scytalopus representa um dos grupos de aves de taxonomia mais difícil. Até o presente, a identificação das espécies vinha sendo obtida basicamente através de sua distribuição geográfica e bioacústica, o que se mostrou pouco efetivo para o conhecimento mais detalhado das espécies e suas relações. Com este estudo pretende-se conhecer as relações filogenéticas das espécies brasileiras de Scytalopus, até então indefinidas, e colaborar para o reconhecimento de novas espécies. Foram estudadas as cinco espécies descritas atualmente: S iraiensis, S. novacapitalis, S. speluncae, S. indigoticus e S. psychopompus e duas espécies novas sendo descritas: S. sp. nov. 1 da Serra do Espinhaço e S. sp. nov. 2 do sul do Brasil. Foram analisados os segmentos dos genes mitocondrial ND2, citocromo b e da região controle utilizando-se métodos de Distância, Máxima Parcimônia e Máxima Verossimilhança, resultando em uma hipótese filogenética consistente. As espécies de Scytalopus brasileiras apresentam-se divididas em dois grandes grupos: (1) S. indigoticus/psychopompus; (2) S. speluncae lato sensu, compreendendo as espécies S. speluncae, S. iraiensis, S. novacapitalis e as duas espécies novas. Scytalopus speluncae stricto sensu mostrou-se subdividida em três clados geograficamente estruturados: (1) ao norte, (2) ao sul da distribuição e (3) um indivíduo amostrado na Serra da Ouricana (BA). Estes clados muito provavelmente representam três diferentes espécies, sendo duas novas (sul e da Serra de Ouricana). Corroborou-se a validade do status específico de S. psychopompus, que apresentou divergência genética de 8,4% (ND2) de sua espécie irmã (S. indigoticus). A espécie S. sp. nov. 2, apresentou-se subdividida em três populações genética e geograficamente diferenciadas, constituindo assim unidades evolutivas distintas.A filogenia e as delimitações de espécies novas propostas neste estudo, são corroboradas por evidências morfológicas e bioacústicas obtidas em campo por especialistas. Além da contribuição para sistemática, os resultados poderão auxiliar diretamente na conservação destas espécies, pois existe um consenso na literatura que uma incorreta taxonomia pode levar a decisões errôneas na conservação. Um exemplo claro disto é o indivíduo de S. speluncae da Serra da Ouricana (espécie nova a ser descrita), que pertence a uma população isolada, de local problemático para conservação, com várias outras espécies endêmicas ameaçadas, necessitando de medidas imediatas de conservação.

Made available in DSpace on 2013-08-07T19:13:27Z (GMT). No. of bitstreams: 1 000418843-Texto+Completo-0.pdf: 3552633 bytes, checksum: 84ec8875567ea185fbad22a2012002a8 (MD5) Previous issue date: 2009 / The Loricariidae, or armored catfishes, is one of the most diverse fish families, currently containing nearly 800 recognized species. They are solely freshwater inhabitants, with a distribution from Uruguay and Argentina to Costa Rica. Loricariids occur in every kind of waters, from cool mountain streams to lakes in the Amazon floodplain and reach sizes from a few centimeters up to more than one meter. Though the first species have been described by Linnaeus in 1758 and much effort has been done, especially in the last 15 years, their phylogenetic relationships could be only partly resolved so far. In particular, molecular analyses showed some groupings that conflict with the results from morphological analyses. The most problematic groups are the subfamilies Hypostominae, Hypoptopomatinae, and Neoplecostominae. Both morphologic and molecular studies suggest that the latter two form a monophyletic group, although leaving doubts if they are monophyletic separately. Therefore, the Hypoptopomatinae and the Neoplecostominae were chosen as subjects for the present project. In a flrst study, sequences from a 709 basepair fragment of the first subunit of the mitochondrial cytochrome e oxidase gene (COI) were used. The maximum parsimony (MP) and maximum likelihood (ML) analyses included data from 83 loricariid species from 29 genera representing five loricariid subfamilies. Additionally, eight species from four closely related families were used as outgroup. The results conflrmed the Delturinae as the most basal subfamily and showed the Hypoptopomatinae + Neoplecostominae as sister to the Hypostominae. Corroborating previous molecular studies, the Neoplecostominae was monophyletic only when including the hypoptopomatine genus Pseudotocinclus.The Hypoptopomatinae formed a paraphyletic group, embracing the Neoplecostominae. In a second study, more taxa as well as partial sequences from the nuclear recombination activating genes 1 (RAG1) and 2 (RAG2), and the F-Reticulon 4 gene were included, increasing the data set to a total of 136 species and 4678 basepairs. The MP, ML, and Bayesian analyses confirmed most previous molecular results, but some new polyphyletic taxa were found such as Pareiorhaphis, Neoplecostomus, and the Neoplecostominae. To try to better understand the conflicts between the morphological and molecular approaches and to reach a more complete solution, a total evidence analysis was undertaken, since this approach had already yielded good solutions for similar problems. A new data set with a total of 207 species and concatenated sequences from COl, RAG1, and RAG2, as well as 472 morphological characters from previous studies was analyzed using MP, resulting in the largest catflsh phylogeny done so far. The Hypoptopomatinae and the Neoplecostominae were recovered as monophyletic sister groups, the latter including the genus Pseudotocinclus. Inside the Neoplecostominae, only the genus Pareiorhina remained polyphyletic, probably because of the lack of morphological data. The phylogeny of the genus Pareiorhaphis showed a previously unknown structured biogeographic pattern. From the two hypoptopomatine tribes, Hypoptopomatini was recovered as monophyletic, but Otothyrini remained paraphyletic. Although three monophyletic clades were found for the genus Parotocinclus, part of its species remained scattered in the phylogeny. Summarizing, the total evidence analysis was able to resolve several of the previous uncertainties in the loricariid phylogeny, but a further complementation of characters and an expansion of the taxon sampling will be necessary to completely resolve the phylogenetic relationships of this group. / Loricariidae é uma das mais diversas famílias de peixes, atualmente incluindo cerca de 800 espécies reconhecidas. Os loricarídeos são popularmente conhecidos como cascudos ou acaris e têm tamanho de poucos centímetros a mais que um metro. São encontrados somente em água doce, com ampla variação tanto na temperatura, como tipo de ambiente, ou seja, podem ser encontrados desde em córregos frios das montanhas até em lagos da área de inundação do rio Amazonas. A distribuição do grupo é ampla, abrangendo praticamente todas as bacias hidrográficas da América do Sul e parte da América Central, da Argentina até a Costa Rica. Apesar das primeiras espécies terem sido descritas por Linnaeus em 1758 e do trabalho realizado deste então, especialmente nos últimos 15 anos, as relações filogenéticas dos loricarídeos estão apenas parcialmente resolvidas. Os resultados das análises moleculares são conflitantes com os agrupamentos propostos pelas análises morfológicas e um consenso ainda não foi alcançado. Os grupos mais problemáticos são as subfamílias Hypostominae, Hypoptopomatinae e Neoplecostominae. Os estudos morfológicos e moleculares sugerem que Hypoptopomatinae e Neoplecostominae formam um grupo monofilético, porém a monofilia das mesmas ainda é incerta. Por esta razão, o principal objetivo da presente tese é testar a monofilia destas duas subfamílias atráves de uma análise de evidência total. Num primeiro estudo, sequências de um fragmento de 709 pares de bases da primeira subunidade do gene mitocondrial citocromo c oxidase (COI) foram usadas. As análises de Máxima Parcimônia (MP) e de Máxima Verossimilhança (ML) incluíram dados de 83 espécies, pertencentes a 29 gêneros, representando cinco subfamílias de Loricariidae. Adicionalmente, oito espécies de quatro famílias próximas foram usadas como grupo externo.Os resultados confirmaram Delturinae como a subfamília mais basal e mostraram a Hypoptopomatinae + Neoplecostominae como grupo irmão de Hypostominae. Corroborando estudos moleculares anteriores, Neoplecostominae é monofilética somente quando incluído o gênero Pseudotocinclus (Hypoptopomatinae). Neoplecostominae ficou inserida dentro de Hypoptopomatinae, que assim formou um grupo parafilético. Num segundo estudo, foram adicionados mais táxons e sequências parciais dos genes nucleares recombination activating gene 1 (RAG1) e 2 (RAG2) e F-Reticulon 4, resultando na análise de 136 espécies e 4678 pares de bases. As análises de MP, ML e Bayesianas confirmaram a maioria dos resultados moleculares anteriores, exceto pela polifilia de Pareiorhaphis, Neoplecostomus e Neoplecostominae. A análise final dos dados constituiu uma análise de evidência total, com o intuito de compreender melhor os conflitos entre as análises morfológicas e moleculares e encontrar, assim, uma solução mais robusta para o grupo. O novo conjunto de dados inclui 207 espécies e sequências concatenadas de COI, RAG 1 e RAG2, bem como 472 caracteres morfológicos de estudos anteriores, resultando na maior filogenia de bagres já elaborada. A análise de MP confirmou a monofilia de Hypoptopomatinae e de Neoplecostominae + Pseudotocinclus. Dentro de Neoplecostominae, somente o gênero Pareiorhina ficou polifilético, provavelmente devido à falta de dados morfológicos. A filogenia do gênero Pareiorhaphis revelou um padrão biogeográfico de distribuição previamente desconhecido. Das duas tribos de Hypoptopomatinae, Hypoptopomatini foi recuperada como monofilética, mas Otothyrini se manteve parafilética. O gênero Parotocinclus ficou polifilético, formando três ciados monofiléticos e parte das espécies espalhada na filogenia.O resultado obtido pela análise de evidência total conseguiu resolver vários conflitos entre as propostas filogenéticas anteriores para Loricariidae. Porém, os grupos não resolvidos foram os que apresentaram a menor quantidade de caracteres, mostrando que, para resolver as relações filogenéticas dentro desta família, é necessária a complementação dos caracteres, assim como a adição de novos táxons.

Made available in DSpace on 2013-11-04T16:02:25Z (GMT). No. of bitstreams: 1 000451889-Texto+Completo-0.pdf: 4456883 bytes, checksum: e742e45558fe54b9dfa42a4657b631fb (MD5) Previous issue date: 2013 / The phylogeny of the family Callichthyidae (Siluriformes) was investigated performing a Cladistic parsimony analysis under a Total Evidence approach. Characters explored are mainly based in osteology and molecular data of nuclear and mitochondrial genes. The ingroup included 131 terminals representing 111 species, the outgroup included 13 terminals representing 13 species including Copionodon as the rooting taxa. The phylogenetic analysis resulted in 89 most parsimonious trees which are summarized in a strict consensus cladogram; a new phylogenetic classification and the discussion of this paper are addressed based in this topology. The Total Evidence phylogenetic analysis corroborated the monophyly of the family Callichthyidae, subfamilies Callichthyinae and Corydoradinae, genera Callichthys, Dianema, Lepthoplosternum, Megalechis, and Scleromystax. However, the genera Aspidoras, Corydoras, and Hoplosternum are recovered nonmonophyletic. To reconcile this situation, a revalidation of the genera Hoplisoma and Gastrodermus is proposed to accommodate most species currently recognized in Corydoras. Aspidoras virgulatus and Corydoras lacerdai are transferred to Scleromystax to conceive their currently containing genera monophyletic. On the other hand, Hoplosternum is recovered paraphyletic. However, it was decided to hold making taxonomic changes at this moment until molecular dataset is completed for this genus, which is referred temporarily as “Hoplosternum”. Synapomorphies for each clade recovered and ranked in the phylogenetic classification are reported here, emphasizing their morphological diagnoses. Interrelationships between species and clades are discussed and compared with previous taxonomic and phylogenetic hypotheses. In addition, the taxonomy of Hoplisoma nattereri was reviewed in order to elucidate its synonymy and investigate the presence of cryptic diversity under this name. Hoplisoma nattereri and H. triseriatus are considered valid species. Geographic distribution for each species is also reported. Corydoras juquiaae is removed from the synonymy of Hoplisoma nattereri and transferred to Scleromystax juquiaae, new combination. Scleromystax prionotos is considered a junior synonym of S. juquiaae. All these species are illustrated in this paper. In addition, the original figure of S. juquiaae prepared but never published by Rudolph von Ihering is reproduced here. Phylogenetic relationships of Hoplisoma nattereri and H. triseriatus are discussed and also the morphometric and genetic distance of some of the populations sampled. / A filogenia da família Callichthyidae (Siluriformes) foi estudada realizando uma análise de Parcimônia Cladística sob uma abordagem de Evidência Total. Caracteres explorados foram principalmente baseados em osteologia e dados moleculares de genes nucleares e mitocondriais. O grupo interno incluiu 131 terminais representando 111 espécies; o grupo externo incluiu 13 terminais representando 13 espécies e incluindo Copionodon como o terminal de enraizamento da topologia. A análise filogenética resultou em 89 árvores mais parcimoniosas que foram resumidas em um cladograma de consenso estrito; com base nessa topologia, se propõe e discute uma nova classificação filogenética para Callichthyidae. A análise filogenética de Evidência Total corroborou o monofiletismo da família Callichthyidae, subfamílias Callichthyinae e Corydoradinae, gêneros Callichthys, Dianema, Lepthoplosternum, Megalechis e Scleromystax. No entanto, os gêneros Aspidoras, Corydoras e Hoplosternum foram recuperados nãomonofiléticos. Para conciliar esta situação, se propõe a revalidação dos gêneros Hoplisoma e Gastrodermus para acomodar a maioria das espécies atualmente reconhecidas em Corydoras. Aspidoras virgulatus e Corydoras lacerdai foram transferidas para Scleromystax e assim conceber esses gêneros como monofiléticos. Por outro lado, as espécies de Hoplosternum foram recuperadas como parafiléticas. No entanto, decidiu-se não fazer mudanças taxonômicas no momento até concluir a coleta de dados moleculares para este grupo, o qual é reconhecido temporariamente como “Hoplosternum”. Sinapomorfias para cada clado recuperado e proposto na classificação filogenética são aqui mostrados, enfatizando seus caracteres morfológicos diagnósticos. Inter-relações entre as espécies e clados são discutidas e comparadas com estudos taxonômicos e hipóteses filogenéticas anteriores. Adicionalmente, a taxonomia de Hoplisoma nattereri foi revisada a fim de elucidar sua sinonímia e investigar a presença de diversidade críptica sob este nome. Hoplisoma nattereri e H. triseriatus são consideradas espécies válidas. A distribuição geográfica para cada espécie é reportada. Corydoras juquiaae é removida da sinonímia de Hoplisoma nattereri e transferida para Scleromystax juquiaae, nova combinação. Scleromystax prionotos é considerada um sinônimo júnior de S. juquiaae. Todas estas espécies são ilustradas neste artigo. Também, a figura original de Corydoras juquiaae preparada, mas nunca publicada, por Rudolph von Ihering é aqui reproduzida. As relações filogenéticas de Hoplisoma nattereri e H. triseriatus foram discutidas como assim a sua morfometría e a distância genética de algumas das populações amostradas.