L'objectif de cette thèse est d'étudier le rôle des flux d'entrée-sortie d'emploi et d'entreprises dans la dynamique du cycle conjoncturel. Plus particulièrement, ce travail s'attache à montrer les effets de ces flux de réallocation en présence de frictions sur les marchés du travail et du capital. Dans le premier chapitre, écrit en collaboration avec F. Pappadà, nous mettons en évidence un nouveau canal d'amplification associé aux contraintes de crédit. Le modèle théorique que nous proposons prédit que la récession occasionne une chute de la production agrégée plus prononcée en présence de contraintes de crédit en raison d'une plus forte hausse du taux de destruction d'entreprises. Le second chapitre s'intéresse au rôle des flux de réallocation dans la dynamique de la productivité agrégée. Contrairement aux décompositions usuelles, la méthode que nous proposons permet de mesurer la contribution des changements d'efficacité allocative. Estimée sur données françaises sur la période 1991-2006, cette décomposition indique que les récessions contribuent à améliorer la productivité agrégée à travers une amélioration de l'allocation des ressources. Le dernier chapitre, fruit d'une collaboration avec J-O Hairault et F. Langot, examine les conséquences des fluctuations économiques sur le bien-être des agents économiques. En présence de frictions d'appariement, nous montrons que les fluctuations économiques augmentent le niveau moyen du chômage. Les fluctuations sont alors coûteuses, non seulement du fait de l'aversion des ménages pour la volatilité, mais également du fait des conséquences indirectes de cette volatilité sur le niveau moyen de consommation.