Orientador: Sandra Mara Martins Franchetti / Coorientador: José Carlos Marconato / Banca: Regina Teresa Rosim Monteiro / Banca: Carlos Renato Corso / Resumo: O aumento do consumo de materiais plásticos, no mundo todo, tem sido objeto de grande preocupação e especial atenção por parte da comunidade científica, no sentido de promover o desenvolvimento de materiais que, ao serem descartados sejam biodegradados em tempo mais curto, no meio ambiente. Os plásticos sintéticos mais utilizados atualmente são de difícil degradação, por serem hidrofóbicos e resistentes à ação de enzimas microbianas. Entretanto, o uso de materiais alternativos, tais como as blendas de polímeros biodegradável e sintético, pode minimizar o efeito danoso do descarte desses materiais em lixões e aterros sanitários, por serem suscetíveis à ação de micro-organismo. Este trabalho visou investigar a biodegradação dos filmes de PHBV (biodegradável), PEBD (polietileno de baixa densidade) e da blenda de PEBD/PHBV (70/30), empregando fungos específicos em meios de cultura sólido e líquido, utilizando metodologias como: Microscopia óptica (MO), Microscopia Eletrônica de Varredura (MEV) e Espectroscopia de Absorção no Infravermelho com Transformada de Fourier (FTIR). Os fungos Penicillium funiculosum e Paecilomyces variotii degradam eficientemente o PHBV, sendo que o primeiro degradou o polímero com formação de ácidos insaturados, fortes indicadores da biodegradação deste tipo de material. Além disso, estes fungos aderem significativamente à superfície do PE, mudando expressivamente sua morfologia. A blenda de PE/PHBV (70/30), é um material suscetível à ação destes fungos, tendo sofrido mudanças, inclusive, na sua cristalinidade. Nesta blenda ficou evidente também a ação de proteção do PE, que inibiu o acesso do fungo à fase do PHBV contido na mesma. No meio mineral completo houve consumo da fase amorfa e... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The increase in consumption of plastics in the world has been the subject of great concern and special attention from the scientific community, to promote the development of materials that are biodegradable in a shorter time when discarded in the environment. The most widely used synthetic plastics are hardly degraded, because they are hydrophobic and resistant to the action of microbial enzymes. However, the use of alternative materials, such as blends of biodegradable polymers and synthetic, can minimize the harmful effect of the disposal of these materials in dumps and landfills, because they are susceptible to the action of microorganisms. This work aims to investigate the biodegradation of PHBV films (biodegradable), LDPE (low density polyethylene) and blends of LDPE / PHBV (70/30), using specific fungi in culture media solid and liquid, employing methods such as optical microscopy (OM), scanning electron microscopy (SEM) and Fourier Transform Infrared (FTIR). Penicillium funiculosum and Paecilomyces variotii degrade PHBV efficiently and the first one degraded the polymer producing insaturated acids, strong indicators of the biodegradation of this type of material. Besides that, they adhere significantly on PE surface, changing meaningly the morphology of these materials. The PE / PHBV (70/30) blend, is a material susceptible to the fungi action, having undergone changes, including in its crystallinity. It was also evident the protective action of the PE, preventing the access of the fungus to the PHBV phase contained in the blend. In the complete mineral medium there was a consumption of amorphous and crystalline phases (decrease and increase of carbonyl indices, respectively - FTIR) and in the incomplete mineral medium, the amorphous and crystalline phases were consumed, showing the efficiency of P. funiculosum... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Orientador: André Rodrigues / Coorientador: Priscila Cintra Socolowski / Banca: Mauricio Bacci Junior / Banca: Dartanhã José Soares / Resumo: Em interações parasita-hospedeiro é esperado que o parasita obtenha a maior parte de sua nutrição a partir do hospedeiro. Colônias de formigas atíneas podem ser utilizadas como modelo para estudar diferentes mecanismos envolvidos em interações de parasitismo. Esses insetos cultivam um fungo basidiomiceto, o qual é alvo de micoparasitas do gênero Escovopsis. É sabido que o jardim de fungo, local onde as formigas praticam a fungicultura, apresenta uma alta concentração de fontes de carbono simples, de fácil assimilação. No presente estudo investigamos se o parasita se beneficia desses recursos nutricionais e se esses influenciam na infectividade frente ao hospedeiro. Para tanto, realizamos ensaios para avaliar o desenvolvimento de seis isolados de Escovopsis em diferentes fontes de carbono tanto na ausência, quanto na presença do fungo cultivado pelas formigas. Além disso, observamos a interação Escovopsis - fungo cultivado com microscopia de epifluorescência, a fim de verificar em que momento é iniciada a degradação do micélio do hospedeiro. No geral, o parasita apresentou esporulação abaixo de 59 % quando somente uma fonte simples de carbono estava disponível. Quando interagindo com seus hospedeiros em meio com apenas uma ou duas fontes de carbono, três dentre seis isolados do parasita foram menos infectivos do que o esperado. Observamos que a adição de uma fonte nutricional não aumenta a infectividade do parasita, mas influencia seu crescimento, mesmo na presença do hospedei... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: In parasite-host interactions it is expected from the former to rely mostly on nutrients derived from the host. Attine ant colonies may be considered as a model system for studying different mechanisms of parasitism. These insects cultivate a basidiomycetous fungus, which is threatened by mycoparasites in the genus Escovopsis. It is known that the fungus garden, the substrate where the ants cultivate the fungal cultivar, has a high concentration of simple carbon sources. Here we investigated whether the parasite benefits from these nutritional resources and whether these nutrients influence host infectivity. We performed bioassays to evaluate the development of six Escovopsis isolates in different carbon sources in the absence as well as in the presence of the ant fungal cultivar. In addition, we observed the interaction Escovopsis - fungal cultivar with epifluorescence microscopy, to assess when the degradation of the host mycelium begins. Overall, the parasite showed sporulation below 59 % when only one carbon source was available. When interacting with their hosts in culture medium with one or two carbon sources, three out of six Escovopsis isolates were less infective than expected, probably due to nutritional stress. We observed that the parasite's infectivity did not increase with the addition of one nutritional source, however, influenced its growth, even in the presence of the host (the expected primary source of nutrition). Our results suggest that in addition to the... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:23:28Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010-09-30Bitstream added on 2014-06-13T19:09:17Z : No. of bitstreams: 1 egea_tc_me_sjrp.pdf: 1427713 bytes, checksum: d8f2e425f18704f4f7828a1c94ad86de (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Para o setor industrial, o isolamento e identificação de microrganismos com habilidade em produzir biocatalisadores é de grande importância para a apresentação de novas fontes de enzimas ao mercado. O isolamento é uma das ferramentas mais utilizadas na seleção de microrganismos, proporcionando o levantamento de espécies capazes de metabolizar compostos químicos potencialmente tóxicos, sendo essenciais na biorremediação, pois atuam como medida mitigadora para os problemas decorrentes do uso irracional de agrotóxicos. Neste trabalho, foram isoladas 75 linhagens fúngicas de solo de plantação de cana de açúcar, por diferentes fontes de carbono, em diferentes épocas do cultivo e em duas áreas de coleta – solo com e sem a queima da palha – para o estudo do potencial de produção enzimática e de degradação do herbicida diuron. Dentre os isolados, encontrou-se 10 gêneros diferentes, sendo a maioria referente ao gênero Trichoderma (40%), seguido de Fusarium (15%), Cunninghamella (13%) e Aspergillus (12%). Da quantidade total de fungos isolados, 56% foram oriundos do solo de queimada e 44% do solo sem queima. Os gêneros Aspergillus, Cunninghamella, Fusarium e Trichoderma foram os gêneros encontrados em todos os meios de isolamento, como também os mais constantes, sendo os dois últimos, os únicos a serem encontrados em todas as coletas. Os isolados foram submetidos à fermentação do estado sólido, contendo bagaço de cana e farelo de trigo como substratos, para estudo da produção de xilanase, CMCase e lacase. A atividade das enzimas pelos isolados fermentados foi bastante variada, com produção de xilanase atingindo valores máximos de 64,0 U/mL (Aspergillus) e 63,7 U/mL (Aspergillus), a produção de CMCase foi de 5,5 U/mL (Fusarium) e 4,2 U/mL (Aspergillus) e lacase de 0,50 U/mL (Verticillium) e 0,27 U/mL (Fusarium). Dos 74 isolados, 23 foram... / The isolation and identification of microorganisms with ability to produce biocatalysts is a great method for the presentation of new sources of enzymes to the industry. Isolation is one of the most used tools in the selection of microorganisms, providing a survey of species able to metabolize potentially toxic chemical compounds In this study, 75 fungal strains were isolated from soil of plant sugar cane from different carbon sources, at different times of cultivation and collecting in two areas - soil with and without straw burning - to study the enzyme activity and degradation of the herbicide diuron. Among the isolates, were found 10 different genres, mostly related to the genus Trichoderma (40%), followed by Fusarium (15%), Cunninghamella (13%) and Aspergillus (12%). Of the total isolates, 56% came from the soil of burned and 44% of the ground without burning. The genera Aspergillus, Cunninghamella, Fusarium and Trichoderma were the genera found in all media of isolation, and the last two were the only ones to be found in all samples. The isolates were subjected to solid-state fermentation, containing sugar cane bagasse and wheat bran as substrates to study the production of xylanase, CMCase and laccase. The activity of enzymes by the fungus fermentation was quite varied, with xylanase production reached maximum values of 64.0 U/mL (Aspergillus) and 63.7 U/mL (Aspergillus), the production of CMCase was 5.5 U/mL (Fusarium) and 4.2 U/mL (Aspergillus) and laccase from 0.50 U/mL (Verticillium) and 0.27 U/mL (Fusarium). Of the 74 isolates, 23 were selected for verification of the potential degradation of the herbicide diuron. All selected microorganisms showed higher degradation of the herbicide in question, and the genus Aspergillus had the most promising degradation (47.7% for peak product and 67.1 per concentration) in the period studied

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:55Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2008-06-25Bitstream added on 2014-06-13T18:44:33Z : No. of bitstreams: 1 soncinijunior_g_me_rcla.pdf: 1717046 bytes, checksum: 5d7542bfd8a08d08354e8d04579eb2f5 (MD5) / Universidade Estadual Paulista (UNESP) / Neste trabalho o crescimento micelial, os aspectos morfológicos e o potencial para catálise enzimática foram avaliados em relação ao fungo termofílico Thermomyces lanuginosus, quando inoculado em meios de cultura YpSs (extrato de amido + água + Agar), com fonte de carbono substituída por matérias-primas encontradas na indústria química, como intermediários clássicos, na síntese de diversos ésteres. O monitoramento do crescimento do microrganismo envolvendo parâmetros tais como aspecto das hifas, quantidade de conídios e conidióforos, produção de pigmentos, pH, além das condições de imobilização do fungo, serviram para a averiguação da capacidade do microrganismo em expressar uma eventual condição de transformação de reagentes (di-álcoois e ácidos graxos) em produtos de síntese (ésteres). Os pellets contendo micélio de Thermomyces lanuginosus em erlenmeyers com as matérias-primas acima citadas, permaneceram em estufa microbiológica durante 15 dias, sendo, então, averiguadas as transformações decorrentes dos diferentes meios, evidenciando o consumo dos reagentes. Para a caracterização do material, foram realizadas medidas de absorção no infravermelho com transformada de Fourier (FTIR) efetuadas com o próprio micélio e meios de cultura, microscopia ótica (MO) de micro cultivo do fungo nos diversos meios de cultura propostos, e avaliações com cromatografia gasosa (GC). Os resultados obtidos, acrescidos ao crescimento de Thermomyces lanuginosus em todos os meios propostos, bem como a manutenção da sua capacidade de reprodução, mostram ser esse fungo termofílico altamente promissor em futuros trabalhos de biocatálise com microrganismos vivos. A capacidade demonstrada de catalisar reações de esterificação e a adaptação deste fungo as diversas fontes de carbono a que foi exposto, sugerem... / In this work, the mycelial growth, the morphologic aspects and the potential for enzymatic catalysis were evaluated considering the thermophilic fungus Thermomyces lanuginosus, when inoculated in YpSs media (starch extract + water + Agar), with its carbon source substituted by different raw materials normally found in the chemical industry, as classics intermediates used in diverse ester synthesis. The continuous observation of the microorganism growth involving parameters as hyphae aspect, amount of conidia and conidiophores, pigment production, pH and the fungus immobilization conditions, avoid the ascertainment of the fungus capacity to show an eventual condition of transform reagents (dialcohol and fatty acids) in synthesis products (esters). Erlenmeyers with the mentioned raw-materials and pellets containing Thermomyces lanuginosus mycelium, were allocated in microbiological oven for 15 days and transformations due to the different media were studied and interpreted showing the reagents consumption. Measures of absorption in the transformed infra-red ray with transformed of Fourier (FTIR) of the fungus mycelium and the media, optical microscopy (MO) of the fungus micro-cultive in several media, and evaluations with gas chromatography (GC) were evaluated for the material characterization. The obtained results, added to the growth of Thermomyces lanuginosus in all the considered media, as well as the maintenance of its capacity of reproduction, aimed to understand and evaluate that Thermomyces lanuginosus is promising microorganism alternative for immobilized biocatalysts. The demonstrated capacity to catalyze esterifications reactions and the adaptation of this fungus to different carbon sources, suggest several future works aiming the optimization of ester production, or even though, the use of its capacity in promoting such reactions when sterical hindrances already are significant.

Resumo: Este trabalho teve como objetivo avaliar a produção de lipase pelo fungo Myceliophthora sp F 2.1.4, por fermentação em estado sólido (FES), fermentação submersa (FS) e fermentação semi-sólida. Alguns testes foram realizados para a obtenção do meio nutricional que melhor proporciona a produção da lipase. Nas condições encontradas foi possível a obtenção de 21 U/mL de lipase na FES, enquanto que para a FS, a produção caiu bruscamente tendo conseguido somente 0,20 U/mL, indicando que a FES foi mais adequada para a produção de lipase por Myceliophthora sp F 2.1.4. As mesmas condições também foram testadas para a fermentação semi-sólida com o uso de buchas vegetais e, dessa forma, a produção enzimática voltou a aumentar com aproximadamente 9 U/mL. A caracterização parcial da lipase produzida pelo fungo Myceliophthora sp. F 2.1.4 por fermentação em estado sólido indicou que a enzima atua em seu máximo em pH entre 5,0 e 7,0 e a temperatura de 35ºC sendo estável entre 35 e 50ºC e em faixa de pH 4,0 e 9,0. A enzima foi sensível a SDS, Al 3+ e Hg 2+ e tolerante a etanol e metanol, solventes utilizados na produção de biodiesel. Quanto à especificidade aos substratos, a lipase apresentou atividade crescente com o aumento da cadeia acila dos substratos sintéticos, conseguindo atuar em substratos com cadeia superior a 10 carbonos, critério utilizado para classificar uma enzima como lipase. Além disso, ela atuou bem em todos os substratos naturais testados, mostrando sua eficiência para aplicações de digestão de óleos. A lipase foi imobilizada em alginato de cálcio e em quitosana sendo possível uma reutilização da enzima por 6 e 12 vezes consecutivas, respectivamente. Estes resultados mostram que as propriedades físico-químicas da lipase de Myceliophthora sp F 2.1.4 possuem um grande potencial para aplicações industriais / Abstract: This study aimed to evaluate the production of lipase by the fungi Myceliophthora sp F 2.1.4, by solid-state fermentation (SSF), submerged fermentation (SmF) and semisolid fermentation. Several tests were made in order to obtain the best nutritional media to lipase production. This conditions were tested for SSF, SmF and semisolid fermentation. The results of the tests showed that for SSF it was possible to obtain 21 U/mL of lipase. On the other hand, for SmF, the production declined brusquely having obtained only 0,20 U/mL, indicating that the SSF was more appropriate for the production of lipase by Myceliophthora sp F 2.1.4 than SmF. In addition, for semisolid fermentation, using loofa sponges, the enzymatic production increased again with approximately 9 U/mL. Partial characterization of lipase produced SSF showed that this enzyme has maximum activity in both pH between 5,0 and 7,0 and temperature of 35 ºC, being stable between 35 and 50 ºC and in range of pH 4,0 and 9,0. The enzyme was sensible to SDS, Al 3+ and Hg 2+ , and tolerant to ethanol and methanol, solvent used for biodiesel production. Regarding the substrate specificity, the tests proved that the enzyme studied seems to be a real lipase since it could act in long-chain substrate. Moreover, it acted effectively for all natural substrates tested, being efficient for applications of oil digestion. Lipase was immobilized in alginate of calcium and chitosan, with the possibility of reuse of 6 and 12 consecutive times, respectively. These results imply that the physicochemical properties of lipase produced by Myceliophthora sp F 2.1.4 make it a great potential for industrial applications / Orientador: Eleni Gomes / Coorientador: Gustavo Orlando Bonilla Rodriguez / Banca: Maurício Boscolo / Banca: Humberto Márcio Santos Milagre / Mestre

Orientador: Adriana Zanin Kronka / Coorientador: Ricardo Toshio Fujihara / Banca: Edson Luiz Furtado / Banca: Martha Maria Passador / Banca: Antonio Ismael Inácio Cardoso / Banca: José Otávio Machado Menten / Resumo: A identificação morfológica e a transmissão de fungos são dois ramos importantes da Patologia de Sementes. As chaves interativas, que têm como base a morfologia fúngica, auxiliam a pesquisa e trabalhos técnicos, de forma que a identificação digital se torne mais presente. Por este método, desenvolveu-se uma chave interativa que auxilie a identificação de onze espécies fúngicas associadas às sementes de cebola, cenoura, pimentão e tomate. Esta baseou-se em uma matriz composta por seis caracteres: cultura, conídio, conidióforo, coloração do conidióforo longo, coloração do micélio e presença ou não de setas. O usuário seleciona respostas aos caracteres oferecidos no software e o microrganismo é corretamente indicado. A validação desta ferramenta foi realizada por meio de teste com grupos de voluntários compostos por alunos de graduação e pós-graduação. Analisou-se o tempo despendido por cada voluntário para analisar 25 sementes com fungos comuns aos da chave, como também a porcentagem de acerto e o grau de dificuldade de cada participante. Os resultados foram confrontados com um grupo controle, o qual utilizou o meio convencional (manuais impressos de identificação). A elevada porcentagem de acertos na diagnose com o auxílio da chave e a classificação de fácil uso pelos usuários confirmou a eficiência do método. Também observou-se um aumento da acurácia dos resultados quando comparado ao sistema convencional. Além disso, esta chave pode ser útil em vários setores, desde auxiliar... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Morphological identification and fungi transmission are two important Seed Pathology branches. Interactive keys, based on fungal morphology, help research and technical work, so that digital identification becomes more present. Through this method, an interactive key was developed to help identify eleven fungal species associated with carrot, onion, pepper and tomato. It was based on a matrix composed by six characters: crop, conidium, conidiophore, long conidiophore coloration, mycelial staining and presence of setae. The user selects responses to the features offered in the software and the micro-organism is correctly indicated. The validation was performed through volunteers groups composed of undergraduate and graduate students. It was analysed the time spend by each volunteer to examine 25 seeds with fungi common to the key, as well as the percentage of hits and the difficulty level of each participant. The results were compared with a control group, which used the conventional means (printed identification manuals). The high percentage of correct answers in the diagnosis with the key use and the user easy classification confirmed its efficiency. There was also an increase in the results accuracy when compared to the conventional system. In addition, this key can be useful in many sectors, from assisting in training beginners in seed pathology to academic activities. For the study of fungi transmission through seeds, both morphological and molecular knowledge were necessary, which made the result safer. In this sense, the three races of Fusarium oxysporum f. sp. lycopersici transmission by tomato seeds were analyzed. Two isolates of each race were used and 200 seeds were inoculated in spore suspension at 107 spores/mL concentration. These inoculated seeds were planted in trays with individual cells and kept under controlled light and humidity conditions until completed three weeks ... / Doutor

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Biologia Molecular, 2016. / Submitted by Albânia Cézar de Melo (albania@bce.unb.br) on 2016-04-28T13:39:52Z No. of bitstreams: 1 2016_AndreiSteccaSteindorff.pdf: 3749164 bytes, checksum: 9a4a5c3bdc4e24bc0a92b9777e8680f2 (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana(raquelviana@bce.unb.br) on 2016-04-28T20:07:09Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2016_AndreiSteccaSteindorff.pdf: 3749164 bytes, checksum: 9a4a5c3bdc4e24bc0a92b9777e8680f2 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-04-28T20:07:09Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2016_AndreiSteccaSteindorff.pdf: 3749164 bytes, checksum: 9a4a5c3bdc4e24bc0a92b9777e8680f2 (MD5) / O controle biológico é um processo complexo que inclui diferentes mecanismos e uma diversidade de vias metabólicas. Espécies de Trichoderma harzianum são conhecidas por sua atividade de biocontrole contra patógenos de plantas. Para melhor entender os mecanismos utilizados por T. harzianum no controle biológico, no presente trabalho foi sequenciado o genoma do isolado TR274 usando sequenciamento Illumina, assim como seu respectivo transcritoma na interação direta com Scletotinia sclerotiorum ou na presença de sua parede celular. A montagem do genoma feita utilizando o programa AllPaths-LG cobertura máxima de 100x, resultou em 2282 contigs, tamanho do genoma de 40,8 Mb e um conteúdo GC de 47.7%, similar aos outros genomas de Trichoderma. Um total de 13932 genes foram anotados. Análise do Core Eukariotic Genes Dataset (CEGMA) sugere que o genoma está 100% completo e 97,9% das sequencias de RNA-seq alinharam corretamente no genoma. A análise filogenética usando proteínas ortólogas com todas as espécies de Trichoderma sequenciadas no JGI, confirmam a divisão nas seções Tricoderma (T. asperellum e T. atroviride), Longibrachiatum (T. reesei, T. citrinoviride e T. longibrachiatum) e Pachibasium (T. harzianum e T. virens). Das proteínas ortólogas anotadas, 8242 compõem proteínas compartilhadas por todas as espécies, as proteínas espécie específicas variam de 262 (T. reesei) a 1803 (T. longibrachiatum). Os dois genomas de T. harzianum analisados sugerem uma alta similaridade entre eles, mesmo tendo sido isolados de locais e continentes distintos, um de solo de cerrado no Brasil e outro de solo de jardim na Inglaterra. Análises de genes envolvidos com o metabolismo secundário, CAZymes, transportadores, proteases e fatores de transcrição foram feitas. A seção Pachibasium expandiu virtualmente todas as categorias analisadas quando comparada com as outras seções. Análise CAFE mostrou uma correlação positiva entre estas expansões e o tamanho dos genomas. O subgrupo C1 das quitinases foi completamente perdido pela seção Longibrachiatum. Estes resultados sugerem que estas famílias proteicas tem um importante papel nos seus respectivos fenótipos. As abordagens transcritômicas mostraram que a interação entre T. harzianum e S. sclerotiorum é bem complexa e envolve a produção de metabólitos secundários e síntese de transportadores antes e durante o contato, com uma modulação principalmente de enzimas hidrolíticas após o contato. Dos genes encontrados diferencialmente expressos na condição de crescimento em parede celular, 86,8% foram também encontrados diferencialmente expressos na interação direta. Cerca de 25% de todo o genoma de T. harzianum foi modulado durante a interação com S. sclerotiorum. _________________________________________________________________________________________________ ABSTRACT / Biological control is a complex process, which requires many mechanisms and a high diversity of biochemical pathways. Trichoderma harzianum species complex are well known for their biocontrol activity against many plant pathogens. To gain new insights into the biocontrol mechanism employed by T. harzianum, we sequenced genome of the isolate TR274 with its transcriptome during direct interaction with the fungal pathogen Sclerotinia sclerotiorum and its cell wall, using Illumina sequencing. Whole genome assembly was performed using AllPaths-LG, with a maximum coverage of 100x. The assembly resulted in 2282 contigs, with an estimated genome size of 40.8 Mb and GC content of 47.7%, similar to other Trichoderma genomes. Using the JGI Annotation Pipeline we predicted 13,932 genes, with high transcriptome support. Core Eukariotic Genes Dataset (CEGMA) tests suggested 100% genome completeness and 97.9% of RNA-SEQ reads mapped to the genome. The phylogenetic comparison using orthologous proteins with all Trichoderma genomes sequenced at JGI, corroborates the Trichoderma section division described previously (T. asperellum and T. atroviride), Longibrachiatum (T. reesei, T. citrinoviride and T. longibrachiatum) and Pachibasium (T. harzianum and T. virens). A Venn diagram was built with orthologs proteins, with 8242 composing the core protein group and species specific varying from 262 proteins (T. reesei) to 1803 (T. longibrachiatum). The comparison between two Trichoderma harzianum CBS 226.95 and TR274 isolates, suggests a high genome similarity. Analyses of the secondary metabolites, CAZymes, transporters, proteases and transcription factors were performed. The Pachybasium section expanded virtually all categories analyzed compared with the other sections. CAFE analysis showed positive correlation between these families and genome size. The chitinase subgroup C1 was completely absent in Longibrachiatum section members. These results suggest that these proteins families play an important role on their respective phenotypes. Transcriptome analysis suggests that the interaction between T. harzianum and S. sclerotiorum is complex, involving production of secondary metabolites and transporters before and during the contact, with a modulation of CAZymes after contact. A total of 86.8% of differentially expressed genes during growth on Sclerotinia sclerotiorum cell wall were found during direct interaction. Approximately the 25% of whole T. harzianum genome was seen to be modulated during the interaction with S. sclerotiorum.

Orientador: Edson Luiz Furtado / Banca: Nelson Sidnei Massola Junior / Banca: Erivaldo José Scaloppi Junior / Banca: César Junior Bueno / Banca: Eduardo Bagagli / Resumo: A heveicultura é de grande importância para o estado de São Paulo, especialmente, no Planalto Paulista. Representa uma das culturas florestais mais plantadas no país, tendo como principal objetivo, a extração do látex, que serve como fonte de matéria-prima para confecção de produtos para as indústrias pneumáticas, hospitalares, calçadistas, etc. Porém, pelo cultivo em caráter perene, o gênero Hevea sofre com o ataque de patógenos, principalmente, fungos. A fusariose, causada por Fusarium spp., é uma doença descrita recentemente, que afeta a casca das plantas adultas, interferindo na explotação de látex pelos produtores. Os sintomas surgem como trincas no caule, seguidos de necrose na casca, podendo causar o "secamento" do látex da árvore e, consequente, morte da planta. Mesmo sabendo-se da importância dessa doença afetando plantações de seringueira, há poucos estudos na literatura sobre os agentes causais, seu comportamento, resistência genética e outras formas de controle da doença. Portanto, no presente estudo objetivou-se caracterizar patogenicamente, morfologicamente e molecularmente 51 isolados de Fusarium spp., realizando, também, teste de resistência clonal e testando diferentes ingredientes ativos no controle "in vitro" dos isolados patogênicos. Para a caracterização morfológica dos esporos, foram avaliados a forma, o tamanho e o número de septos, os tipos de clamidósporos, a formação das fialides e conidiogênese dos microconídios e mesoconídios. A caracterização cult... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The rubber tree cultivation represents a great importance for the São Paulo state, especially, in the São Paulo uplands. It represents one of the most planted forest crops in the country, with the main objective, the latex extraction, which serves as a source of raw material for the manufacture of products for the pneumatic, hospital, footwear industries, etc. However, by the cultivation on a perennial basis, the genus Hevea suffers from pathogens attack, mainly, fungi. The fusariosis, caused by Fusarium spp., is a disease described recently that affects the bark of adult plants, interfering in the latex exploitation by the producers. The symptoms appear as cracks in the stem, followed by necrosis in the bark, which may cause the "tree drying" of the latex of the tree and, consequently, death of the plant. Even knowing about the importance of this disease affecting rubber tree plantations, there are few studies about the biology of the species, its behavior, genetic resistance and other ways of disease control. Therefore, the study aimed to perform studies about pathogenic, morphological and molecular characterization of 51 isolates of Fusarium spp., also performing a clonal resistance test and to study different active ingredients in the "in vitro" control of the pathogenic isolates. For the morphological characterization of the spores, were evaluated the shape, size and septa number, types of chlamydospores, the formation of phialides and conidiogenesis of the microconidia ... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Agrárias. Curso de Pós-Graduação em Agroecossistemas / Made available in DSpace on 2012-10-17T00:32:24Z (GMT). No. of bitstreams: 0 / Pesquisa realizada em propriedade].Avaliação do efeitos de [associação micorrízica] em [cebola][Alliun cepa L.], cultivadas em sistemas de [manejo alternativo e convencional], e a [ação antropogênica] sobre os [fungos micorrízicos]. Avaliação do uso de insumos orgânicos e industriais sobre a colonização micorrízica de raízes, sobre a [biodiversidade], produtividade de cebola. Uso de micorrizas em [sistemas alternativos de produção de cebola], desde canteiros até o plantio definitive. [Bioensaio] .

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2018-01-25T11:25:48Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1309742 bytes, checksum: 67507ca85e3eb2be0a8c188ce489a217 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-01-25T11:25:48Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1309742 bytes, checksum: 67507ca85e3eb2be0a8c188ce489a217 (MD5) Previous issue date: 2017-02-17 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Stevia rebaudiana Bertoni (Asteraceae) popularmente conhecida como erva-doce do Paraguai é uma planta perene nativa da Serra de Amambai e ocorre espontaneamente no Paraguai e em regiões adjacentes do Brasil e Argentina. É uma fonte importante de adoçante natural em cujas folhas encontram-se glicosídeos (esteviosídeos e rebaudiosídeos) que podem ser 300 vezes mais doces que a sacarose da cana-de açúcar. As suspeitas de que o consumo dos adoçantes sintéticos tenha efeitos nocivos para a saúde têm ocasionado um aumento na demanda dos edulcorantes naturais, e neste caso a S. rebaudiana tem chamado atenção, pois além de ser um produto natural ainda apresenta propriedades farmacêuticas. Com o rápido aumento do cultivo e comercialização da cultura ocorre o inevitável surgimento de problemas fitossanitários relacionados a doenças fúngicas. Até o momento pouco se sabe sobre os patógenos associados a S. rebaudiana, não apenas no Brasil, mas no mundo todo. Com objetivo de esclarecer e complementar as informações relacionadas aos fungos fitopatogênicos de S. rebaudiana, foi realizado um levantamento dos fungos associados a esta planta no Brasil e no Paraguai visando produzir uma descrição mais completa da sua micobiota. Durante o levantamento foram obtidas amostras da região sul e sudeste do Brasil e do Paraguai. Foram encontrados, descritos (através de morfometria e análises moleculares) e ilustrados doze fungos, dentre os quais dois são aqui reconhecidos como novos taxa, são eles: cinco hifomicetos/formas assexuadas de ascomicetos (Alternaria burnsii, Alternaria novae-guineensis, Cercospora sp., Corynespora cassiicola e Fusarium sp.), cinco celomicetos/formas assexuadas de ascomicetos (Colletotrichum truncatum, Elsinoë sp. nov., Macrophomina phaseolina, Phoma omnivirens e Septoria sp. nov.), uma ferrugem (Aecidium minimum) e um basidiomiceto (Athelia rolfsii). / Stevia rebaudiana Bertoni (Asteraceae) commonly known as Paraguay sweet herb is a perennial plant native from the Amambay region and occuring spontaneously in Paraguay and adjacent regions of Brazil and Argentina. It is an important source of natural sweetener with leaves contain glycosides (steviosides and rebaudiosides) that can be 300 times sweeter than sugarcane. The suspected negative health effects of the consumption of synthetic sweeteners have caused an increase in the demand for natural sweeteners. Stevia rebaudiana has attracted much attention an option, because besides being a natural product it has other benefitial pharmaceutical properties. The rapid increase in cultivation and commercialization has been accompanied - inevitably - by the emergence of phytosanitary problems, including fungal diseases. Until now, little is known about the pathogens associated with S. rebaudiana, not only in Brazil, but also worldwide. In order to clarify and complement the information related to phytopathogenic fungi of S. rebaudiana, a survey of fungi associated with this species in Brazil and Paraguay was carried out in order to produce a more complete description of its mycobiota. During the survey, samples were obtained from the southern and southeastern regions of Brazil and from Paraguay. Twelve fungi were collected, described (through morphometry and molecular analysis) and illustrated, are: five ascomycete/hyphomycete asexual morphs (Alternaria burnsii, Alternaria-novae-guineensis, Cercospora sp., Corynespora cassiicola and Fusarium sp.), five ascomycete/coelomycete asexual morphs (Colletotrichum truncatum, Elsinoë sp. nov., Macrophomina phaseolina, Phoma omnivirens and Septoria sp. nov.), a rust fungus (Aecidium minimum) and a basidiomycete (Athelia rolfsii).