Made available in DSpace on 2016-12-23T13:56:06Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertacao de Marcus Alexandre Vaillant Beltrame.pdf: 2601197 bytes, checksum: 99d4aecebe83edfdd851f8015a17ae7a (MD5) Previous issue date: 2010-05-24 / Introdução. A prevalência de infecção por Toxoplasma gondii em galinhas caipiras varia nas diferentes regiões e não se conhece a prevalência em galinhas caipiras no Estado do Espírito Santo. Objetivo. Estudar a prevalência da infecção por T. gondii em galinhas caipiras de municípios do E. Santo, tentar o isolamento do parasito nos tecidos de aves positivas e aplicar um questionário entre as pessoas que vivem nas propriedades nas quais as amostras foram tomadas, para verificar o conhecimento sobre o parasita e a doença que ele pode causar. Métodos. Pesquisa de anticorpos anti-T. gondii no soro de 510 galinhas de oito municípios do E. Santo, utilizando testes de hemaglutinação indireta (HAI) e aglutinação modificado (MAT). Em 64 aves soropositivas foi realizado o bioensaio em camundongos a partir de macerados do músculo da coxa, coração e encéfalo. Questionários foram aplicados para avaliar variáveis relacionadas a doença. Resultados. De 510 aves, foram soropositivas 40,4% (IC 95%: 36,1-44,7) no HAI e 38,8% (IC 95%: 34,6-43) no MAT. Das 64 galinhas submetidas ao bioensaio, isolou-se em 48 (75%; IC 95%: 85,6-64,4), com mortalidade ocorrendo entre 10 e 31dias após a infecção, e em duas houve soroconversão. Conclusões. (a) Detectou-se alta prevalência de anticorpos anti-T. gondii em galinhas caipiras no E. Santo, com grande freqüência de isolamento do protozoário; (b) A alta mortalidade dos camundongos utilizados no bioensaio pode estar relacionada com a virulência das cepas isoladas; (c) HAI teve concordância de 82% com o MAT, podendo ser indicado como teste de triagem para pesquisa de anticorpos anti-T. gondii em galinhas; (d) A presença de gatos soltos e em promiscuidade com as aves e demais espécies ocorreu em 73% das propriedades avaliadas; (e) O questionário aplicado revelou desconhecimento dos entrevistados sobre o protozoário, a doença que ele pode causar e seus meios de transmissão / Introduction. The prevalence of Toxoplasma gondii infection in free-range chickens varies in different regions and we do not know the prevalence of this infection in free-range chickens in the state of Espirito Santo. Objective. To study the prevalence of infection by T. gondii in free-range chickens from different municipalities of the E. Santo, to try the isolation of the parasite from tissues of positive chickens and to search the knowledge on the parasite and the disease it produces among people living in the rural properties from which the samples were collected. Methods. Detection of anti-T. gondii in the serum of 510 chickens from rural areas of eight municipalities of E. Santo, using indirect hemagglutination (IHA) and modified agglutination test (MAT). Bioassay was conducted in mice by intra-peritoneal injection of macerated of thigh muscle, brain and heart from 64 positive chickens. Questionnaires were used to assess environmental conditions related to the protozoan in each farm and the knowledge of people on the parasite. Results. Anti-T. gondii antibodies were detected in 40.4% (95% CI: 36.1 to 44.7) by IHA and 38.8% (95% CI: 34.6 to 43) by MAT. Among the 64 chickens submitted to bioassay, the parasite was isolated from 48 (75%, 95% CI: 85.6 to 64.4), with mortality occurring from 10 through 31days after infection, and in two chickens presented seroconversion. Conclusions. (a) A high prevalence of anti-T. gondii antibodies with high frequency of parasite isolation from positive chickens, was observed in free range chickens in E. Santo;(b) The high mortality observed in mice used in the bioassay may be in relationship with the virulence of isolated strains; (c) There was good concordance (82%) between IHA and MAT, therefore IHA may indicated as a screening test for anti-T. gondii antibodies in chickens; (d) presence of cats in promiscuity with birds and other species occurred in 73% of the properties and (e) The questionnaire revealed ignorance of the people living in the visited farms about the protozoan, the disease it produces and its transmission mechanisms

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:28:23Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010-08-04Bitstream added on 2014-06-13T18:57:30Z : No. of bitstreams: 1 alarcon_mff_me_jabo.pdf: 1406127 bytes, checksum: 842dbbaa540dbb4b860fec0374842606 (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Foram avaliados parâmetros fisiológicos e imunológicos de matrizes de corte vacinadas ou não contra o vírus da bronquite infecciosa das galinhas (VBIG), submetidas a diferentes períodos de jejum após a eclosão, seguido de alimentação até a terceira semana de vida. No Capítulo 2, encontram-se os resultados do desempenho zootécnico e o desenvolvimento de órgãos gastrintestinais. No Capítulo 3, estão descritos os resultados de parâmetros hematológicos e bioquímicos. O Capítulo 4 apresenta as cinéticas de decaimento dos anticorpos maternos e os perfis cinéticos da reposta imune humoral nos compartimentos local e sistêmico. A vacina contra a BIG influenciou parâmetros de desempenho, de morfometria intestinal, o hematócrito, parâmetros bioquímicos, percentuais de heterófilos e linfócitos e induziu a resposta imune humoral na secreção lacrimal. O jejum pós-eclosão prolongado seguido de alimentação influenciou negativamente o desempenho, o desenvolvimento das vísceras gastrintestinais, as variáveis bioquímicas, imunológicas e a maioria das variáveis hematológicas. Os dados indicam que períodos de jejum pós-eclosão superiores a 48 h devem ser evitados, pois ao afetar negativamente parâmetros hematológicos, intestinais e imunológicos, podem comprometer o crescimento das matrizes e inferir negativamente sobre sua resposta imune. No entanto, o jejum moderado pode favorecer a resposta imune vacinal / Immunological and physiological parameters were evaluated in broiler breeder vaccinated or not against infectious bronchitis virus (IBV), submitted to different periods of fasting post-hatching, followed by feed until the third week of life. In Chapter 2, are the results of zootechnical performance and development of gastrointestinal organs. The Chapter 3 describes the results of hematological and biochemical parameters of blood. Chapter 4 presents the kinetics of decay of maternal antibodies and the kinetic profiles of humoral immune response in local and systemic compartments. The IBV vaccine influenced parameters of performance, intestinal morphology, hematocrit, biochemical parameters, percentage of heterophils and lymphocytes, and induced humoral immune response in tear secretion. Prolonged fasting post-hatching, followed by feeding, negatively affected the performance, the development of gastrointestinal organs, biochemical variables, immunological and the most of hematological variables. The data indicate that periods of fasting post-hatching over 48 h should be avoided as they adversely affect the hematological, gastrointestinal and immunologic, may compromise the growth of broiler breeder and infer a negative effect on their immune response. However, moderate fasting can promote the immune response vaccine

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:24:00Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 2643339 bytes, checksum: df503aa4a6cc897d8f2bd07bb0f6cac4 (MD5) Previous issue date: 2014-02-21 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / New production systems for laying hens, fully automated, bring great advantage as compared with conventional production systems eggs, greater efficiency in the housing birds/m 2 . The sheds where there is this type of system can provide up to five rows of cages (alas), containing up to seven floors of overlapping cages allowing the lease of up to 120,000 birds in one aviary with approximate dimensions of 130m long by 14m wide. For these facilities, the fully mechanized system has become a trend in commercial poultry farms in Brazil posture. Minas Gerais is in leading position in the Brazilian scenario, production of chicken eggs, is the second largest egg producer in the country, yet, the state's biggest export. Effective flock of laying hens of the State in 2012 was 21.265.722 birds, about 10 % of Brazil's total herd. Due to the intensification of the production process of chicken eggs, there is a greater concentration of generation and waste coming from the birds. This fact causes major concerns with environmental issues, therefore, the rate of volatilization of ammonia formed in manure, is linked to factors such as: the pH, relative humidity and waste, ambient temperature, amount of crude protein present in ration and age of the birds. The total production of waste attributed to laying hens in Minas Gerais, is estimated at values of around 2126.6 to 2551.89 tons per day. Systems of agricultural production transform carbohydrates and vegetable proteins in milk, meat and eggs. Much of the vegetable protein ingested is excreted through urine and manure. From the compositional characteristics of the waste, combined with bacterial action and climatological variables, the mineralization of manure and nitrogen emissions in the form of ammonia to the atmosphere occurs. Two climatic factors directly affect the generation and emission of ammonia: the ambient air temperature and relative humidity. The Chapter I of this study was to characterize factors influencing ammonia emission by slurry from laying hens, as well as proposing the establishment of a maximum potential score for the emission of this gas due to laying hens, to the state of Minas Gerais. In Chapter II we sought to conduct a zoning egg producers municipalities in Minas Gerais, and construct maps with values of temperature and relative humidity of the average maximum air to the State. The results of a field study in a commercial laying farm, representative of the constructive pattern of fully mechanized vertical aviaries of Minas Gerais, where the conditions of ambient air were diagnosed in terms of concentrations of ammonia are presented in Chapter III as well as the characterization of the manure produced in mats system. / Os novos sistemas de produção para galinhas poedeiras, totalmente automatizados, trazem como grande diferencial, quando comparados com os sistemas de produção de ovos convencionais, a maior eficiência no alojamento de aves/m 2 . Os galpões onde existe este tipo de sistema podem apresentar até cinco alas de gaiolas, contendo até sete andares de gaiolas sobrepostas o que possibilita a locação de até 120.000 aves em um único aviário, com dimensões aproximadas de 130m de comprimento por 14m de largura. Por estas facilidades, o sistema totalmente mecanizado vem se tornando uma tendência nas criações de aves de postura comerciais no Brasil. Minas Gerais esta em posição de destaque no cenário brasileiro, de produção de ovos de galinha, é o segundo maior produtor de ovos no país, sendo ainda, o estado que mais exporta. O rebanho efetivo de galinhas poedeiras do Estado em 2012 era de 21.265.722 aves, cerca de 10% do rebanho total brasileiro. Devido à intensificação do processo produtivo de ovos de galinha, ocorre uma maior geração e concentração de dejetos oriundos das aves. Este fato ocasiona maiores preocupações com as questões ambientais, pois, a taxa de volatilização da amônia formada no esterco, está ligada a fatores como; o pH, teor de umidade relativa do ar e dos dejetos, temperatura ambiente, quantidade de proteína bruta presente na ração e idade das aves. A produção total de dejetos atribuídos às galinhas poedeiras, em Minas Gerais, é estimada em valores da ordem de 2.126,6 a 2.551,89 toneladas por dia. Os sistemas de produção agropecuários transformam carboidratos e proteínas de origem vegetal, em leite, carne e ovos. Boa parte da proteína vegetal ingerida é excretada através da urina e dejetos. A partir das características de composição dos dejetos, combinada às ações bacterianas e variáveis climatológicas, ocorre a mineralização do esterco e a emissão de nitrogênio, na forma de amônia, para a atmosfera. Dois fatores climáticos interferem diretamente na geração e emissão de amônia: a temperatura do ar ambiente e a umidade relativa do ar. O Capitulo I deste trabalho teve como objetivo caracterizar fatores que influenciam a emissão de amônia pelos dejetos de galinhas poedeiras, bem como, propor a criação de um escore para o potencial máximo de emissão deste gás devido à criação de galinhas poedeiras, para o estado de Minas Gerais. No Capitulo II buscou-se realizar um zoneamento dos municípios produtores de ovos, em Minas Gerais, e, confeccionar mapas com valores de temperatura e umidade relativa do ar máxima médias, para o Estado. No Capitulo III são apresentados os resultados de um estudo de campo, em uma granja de postura comercial, representativa do padrão construtivo de aviários verticais totalmente mecanizados do estado de Minas Gerais, onde foram diagnosticadas as condições do ambiente aéreo, em termos de concentrações de amônia, bem como a caracterização do esterco produzido em sistema de esteiras.

Made available in DSpace on 2016-12-08T16:24:09Z (GMT). No. of bitstreams: 1 PGCA11MA074.pdf: 600385 bytes, checksum: a494ebf1016e78409c7b3c6a97f69783 (MD5) Previous issue date: 2011-08-12 / The Brazilian caipira chickens egg blue are the result of random mating between different chicken breeds found in Brazil with chickens Araucania, giving rise to Brazilian caipira chicken with characteristic blue eggs. It stands out for its hardiness, disease resistance. And d adverse weather conditions and diet. The disease resistance is related to genetic variability of immune system genes. The immune response of chickens to pathogens is triggered from the presentation of antigens of the effect or cells of the immune system. This action is made by antigen-present cells (B cells, macrophages and a small percentage of T cells) animals that have surface molecules (glycoprotein) in wich these antigens are complexes. These glycoproteins presenting antigens, molecules called Major Histocompatibility Comples (MHC or B complex) can be class I or II. The class II, which present exogenous antigens, are composed of two polypeptide chains, an α chain and a ß chain. The chain is monomorphic α chain and ß is very polymorphic and is considered responsible for encoding different MHC class II molecules inn chickens. This study aimed to investigate the genetic variability of two gene loci of the MHC class II, B-LßI and B-LßII in caipiras chickens Brazilian blue eggs by obtaining sequences of these two genes and thus detect B-Lß existing alleles for these genes in these birds. This work was initially developed with DNA samples from 100 caipiras chickens blue eggs that were amplified from the region of interest and analyzed. From this analysis, the animals were grouped according to the sequence of exon2. Then, 16 animals were (with at least one representative from each group) for the reaction of DNA amplification, cloning and sequencing. The sample were submitted to the initiators of the genes B-LßII. Of these 16 birds were obtained 15 different sequences that were aligned to the standard sequence the B-LB12major (AJ248676) for BLßII and B-LB12c (AJ248578) to B-LßI, being eleven sequences B-LßII and B-LßI four sequences. Of these eleven sequences of the gene B-LßII seven were already described in the literature and four sequences of the gene B-LßII seven were already described in the literature and four sequences are new is not described, the other four sequences of the gene B-LßI three had already been described in the literature and a new . The 15 nucleotide sequences were transformed into sequences of amino acids. In the amino acid sequences of the gene was observed that B-LßI remains much more conserved than gene B-LßII. Thus this paper presents the genetic variability at both the DNA and polypeptide chain, genes B-LßII caipira chickens in Brazil s blue eggs / As galinhas caipiras brasileiras de ovos azuis são o resultado de cruzamentos aleatórios entre diversas raças de galinhas encontradas no Brasil com galinhas Araucanas, dando origem a uma galinha caipira brasileira com característica de ovos azuis. Destaca-se pela sua rusticidade, resistência a doenças e as condições adversas de clima e alimentação. A resistência a doenças esta relacionada à variabilidade genética dos genes do sistema imune. A resposta imune das galinhas a patógenos é desencadeada a partir da apresentação de antígenos as células efetoras do sistema imune. Esta ação é feita pelas células apresentadoras de antígenos (células B, macrófagos e uma pequena porcentagem de células T) dos animais que possuem moléculas de superfície (glicoproteínas) na qual são complexados estes antígenos. Estas glicoproteínas apresentadoras de antígenos, chamadas de moléculas do Complexo Maior de Histocompatibilidade (MHC ou Complexo B), podem ser de classe I ou de classe II. As de classe II, que apresentam antígenos exógenos, são formadas por duas cadeias polipeptídicas, uma cadeia α e uma cadeia β. A cadeia α é monomorfica e a cadeia β é bem polimórfica, e é considerada a responsável por codificar diferentes moléculas MHC classe II em galinhas. Este estudo teve como objetivo investigar a variabilidade genética em dois loci gênicos do MHC de classe II, B-LI e B-LII, em galinhas caipiras brasileiras de ovos azuis através da obtenção das sequências destes dois genes B-L e assim detectar os alelos existentes para estes genes nestas aves. Este trabalho foi desenvolvido inicialmente com amostras de DNA de 100 galinhas caipiras de ovos azuis que foram amplificadas para a região de interesse e analisadas. A partir desta análise, os animais foram agrupados de acordo com a sequência do exon 2. Depois, 16 animais foram selecionados (com pelo menos um representante de cada grupo) para a reação de amplificação do DNA, clonagem e sequenciamento. As amostras foram submetidas aos iniciadores dos genes B-LβI e B-LβII. Destas 16 aves obteve-se 15 diferentes sequências que foram alinhadas a sequência padrão B-LB12major (AJ248576) para o B-LβII e B-LB12c (AJ248578) para o B-LβI, sendo onze sequências B-LβII e quatro sequências B-LβI. Destas onze sequências do gene B-LβII sete já estavam descritas na literatura e quatro são sequências novas ainda não descritas, das outras quatro sequências do gene B-LβI três já haviam sido descritas na literatura e uma nova . As 15 sequências nucleotídicas encontradas foram deduzidas em sequências de aminoácidos. Nas sequências de aminoácidos foi observado que o gene B-LβI se mantém bem mais conservado do que o gene B-LβII. Assim, este trabalho apresenta a variabilidade genética dos genes B-LβI e BLβII tanto em nível de DNA quanto de cadeia polipeptídica, em galinhas caipiras brasileiras de ovos azuis

Made available in DSpace on 2016-12-08T16:24:11Z (GMT). No. of bitstreams: 1 PGCA11MA083.pdf: 3400558 bytes, checksum: fedbf896e2daef8109b07884eb122a44 (MD5) Previous issue date: 2011-03-03 / Brazilian Caipira chicken are hardy birds that, it is believed, show high genetic diversity. However, there is almost no scientific studies that prove the alleged high genetic variability of the Caipira chicken. Studies that investigate this issue are very important, because the scientific evidence of this polymorphism makes the maintenance and conservation of these animals essential. The gene polymorphism is fundamental to the perpetuation of the species, besides being a source of alleles for genetic improvement programs for livestock. The commercial birds, for example, have lost much of their genetic variability because they have been through strict selection processes. Even though these animals are highly productive, some features related to production still deserve the attention of breeders, such as disease resistance. Some brazilian (blue-egg Caipira) chicken. This coloration of the egg shell is characteristic of a South American breed of chickens that participated in the formation of the native caipira chicken. This study used fifteen microsatellite loci to assess the genetic variability of brazilian (blue egg caipira) chicken. The animals were from the city of Two Lajeados - RS. By PCR, the amplicons obtained using a primer labeled with fluorophores were genotyped in an automatic sequencer and the results analyzed using the statistical program ARLEQUIN. It was detected a total of 168 alleles with an average of 11.2 alleles per locus, 288 genotypes, HE = 0.76 and HO = 0.49. These results confirmed the suspicion of high genetic variability in brazilian (blue egg Caipira) chicken / Galinhas caipiras brasileiras são aves rústicas, que, acredita-se, apresentam elevada diversidade genética. Entretanto, quase não há trabalhos científicos que comprovem a suposta alta variabilidade genética das aves caipiras. Trabalhos que investiguem esta questão são muito importantes, pois a comprovação científica deste polimorfismo transforma a manutenção e conservação destes animais imprescindível. O polimorfismo gênico é fundamental para a perpetuação da espécie, além de ser fonte de alelos para programas de melhoramento genético de animais de produção. As aves comerciais, por exemplo, perderam muito de sua variabilidade gênica por terem passado por rigorosos processos de seleção. Mesmo que estes animais sejam altamente produtivos, algumas características relacionadas à produção ainda merecem atenção dos melhoristas, como é o caso da resistência a doenças. Algumas galinhas caipiras brasileiras colocam ovos azuis. Esta coloração da casca do ovo é característica de uma raça sul-americana de galinhas que participou da formação das aves caipiras nacionais. Este trabalho utilizou quinze loci de microssatélites para avaliar a variabilidade genética de galinhas caipiras brasileiras de ovos azuis. Os animais foram provenientes do município de Dois Lajeados RS. Através da técnica da PCR, os amplicons obtidos com a utilização de iniciadores marcados com fluoróforos foram genotipados em seqüenciador automático e os resultados obtidos analisados através do programa estatístico ARLEQUIN. Foi detectado um total de 168 alelos, com média de 11,2 alelos por locus, 288 genótipos, HE=0,76 e HO=0,49. Estes resultados comprovaram a suspeita de alta variabilidade genética presente em galinhas caipiras brasileiras de ovos azuis

Made available in DSpace on 2016-12-08T16:24:22Z (GMT). No. of bitstreams: 1 PGCA15MA178.pdf: 1072214 bytes, checksum: 2feb2bb4cea985aa369f44b04592defd (MD5) Previous issue date: 2015-08-14 / Chicken anemia virus (CAV) is an important virus that belongs to Circoviridae family, Gyrovirus genre, known to lead to significant losses in poultry, the viruses can cause immunosuppression and disease especially in young birds. CAV was the only virus of this family known to infect chickens by 2011, after the discovery of a new virus, the Avian Gyrovirus type 2 (AGV2). According to the literature, AGV2 is closely related to CAV, as well as being widely distributed in chickens in Brazil and other countries, but its pathogenic potential is unknown and studies on molecular epidemiology are still scarce. The present study aimed to detect CAV (Nested-PCR), and AGV2 (PCR) on DNA extracted from samples of thymus tissue of broiler chickens housed on two states of southern Brazil. In addition, perform phylogenetic analysis of AGV2 positive samples. Results showed that of 180 birds tested, 105 (58.33%) were positive for CAV and 39 (21.67%) positive for AGV2. On the positive material for AGV2 were selected eleven amplicons for sequencing and phylogenetic analysis, where it became clear that there were no differences among the samples. The sequences obtained were compared with samples from other countries, many of these detected in humans (HGyV). It was not possible in the present work, observe correlation between geographical distribution and genetic variability among most samples AGV2 now studied / O vírus da anemia das galinhas (CAV) é um importante vírus pertencente a família Circoviridae, gênero Girovirus, conhecido por levar a perdas significativas na avicultura, este vírus pode causar imunossupressão e doença principalmente em aves jovens. O CAV era o único vírus desta família conhecido por infectar galinhas até 2011, após a descoberta de um novo vírus, o Girovírus Aviário tipo 2 (AGV2). Segundo consta na literatura, o AGV2 está estreitamente relacionado ao CAV, além de estar amplamente distribuído em frangos no Brasil e em outros países, mas seu potencial patogênico ainda é desconhecido e trabalhos sobre sua epidemiologia molecular ainda são bastante escassos. Assim, o presente trabalho teve por objetivo realizar a detecção de CAV (Nested-PCR), e AGV2 (PCR) em amostras de DNA extraídas de tecido do timo, de aves alojadas em plantéis de frango de corte de dois estados da região Sul do Brasil. Além disso, realizar a análise filogenética de amostras positivas para AGV2. Os resultados apontaram que das 180 aves testadas 105 (58,33%)foram positivas para CAV e 39 (21,67%) positivas para AGV2. Do material positivo para AGV2 foram selecionados onze amplicons para sequenciamento e análise filogenética, onde foi possível evidenciar que não houve diferenças entre o material analisado. As sequências obtidas foram comparadas com amostras provenientes de outros países, muitas destas detectadas em humanos (HGyV), não tendo sido possível, no presente trabalho, observar correlação entre distribuição geográfica e variabilidade genética entre a maioria das amostras de AGV2 ora estudadas

Submitted by CAREN PAVANI null (caren_pavani@hotmail.com) on 2017-08-29T17:29:24Z No. of bitstreams: 1 Dissertacao-POS-Caren-DEFINITIVO-V-2-HJM-AGO-23-17.pdf: 1281724 bytes, checksum: 16544949d05b1aee20711a16abcbfdac (MD5) / Rejected by Luiz Galeffi (luizgaleffi@gmail.com), reason: Solicitamos que realize uma nova submissão seguindo as orientações abaixo: A lombada de seu trabalho só é necessária na versão impressa, para encadernação. Por favor, exclua a lombada da versão digital. Corrija estas informações e realize uma nova submissão contendo o arquivo correto. Agradecemos a compreensão. on 2017-08-29T18:44:21Z (GMT) / Submitted by CAREN PAVANI null (caren_pavani@hotmail.com) on 2017-08-29T18:51:55Z No. of bitstreams: 1 Dissertacao-POS-Caren-DEFINITIVO-V-2-HJM-AGO-23-17.pdf: 1278516 bytes, checksum: 04ce7b2fc7a143ce39b6187b81ee676f (MD5) / Approved for entry into archive by Luiz Galeffi (luizgaleffi@gmail.com) on 2017-08-29T18:59:47Z (GMT) No. of bitstreams: 1 pavani_c_me_jabo.pdf: 1278516 bytes, checksum: 04ce7b2fc7a143ce39b6187b81ee676f (MD5) / Made available in DSpace on 2017-08-29T18:59:47Z (GMT). No. of bitstreams: 1 pavani_c_me_jabo.pdf: 1278516 bytes, checksum: 04ce7b2fc7a143ce39b6187b81ee676f (MD5) Previous issue date: 2017-08-02 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Em plantéis avícolas, é frequente a ocorrência de doenças infecciosas respiratórias e dentre estas, destaca-se a Bronquite Infecciosa (BI), uma doença aguda e altamente contagiosa de aves. A BI é causada pelo vírus da bronquite infecciosa (VBI), cujo processo infeccioso geralmente provoca perdas econômicas significativas para as criações avícolas. A extensa variação genética, especialmente nas regiões hipervariáveis (HVRs) do gene S1, é uma das principais características da evolução do VBI, e resulta no surgimento de diversas variantes, que requerem um diagnóstico molecular que inclua a detecção dessas novas estirpes, como o genótipo brasileiro (BR-VBI), pois a detecção e identificação do agente etiológico são essenciais para o controle dessa enfermidade. Para tanto, é necessário que os métodos de diagnóstico empregados sejam sensíveis, específicos e de baixo custo. Foi então desenvolvida e avaliada neste estudo uma técnica de Nested-RT-PCR (BR-Nested-RT-PCR) utilizando um conjunto de oligonucleotídeos iniciadores desenvolvido dentro da região HVR3 do gene S1 de estirpes variantes brasileiras do VBI para a detecção e identificação de linhagens do genótipo brasileiro do VBI presentes em amostras biológicas de aves e comparada com a Nested-RT-PCR universal, utilizando oligonucleotídeos iniciadores universais para a mesma região do gene S1. Os resultados demonstraram que a técnica BR-Nested-RT-PCR apresentou uma elevada sensibilidade na detecção de estirpes do genótipo BR-I do VBI e não gerou produtos amplificados a partir de amostras de vírus heterólogos testados (vírus da doença de Newcastle, metapneumovírus aviário, reovírus e vírus da doença de gumboro), nem de estirpes do VBI classificadas em outros genótipos.). Ademais, quando foram comparadas as técnicas BR-Nested-RT-PCR com a técnica universal de Nested-RT-PCR foram obtidas boa concordância (k = 0,67), sensibilidade relativa de 85,4% e especificidade relativa de 81,6% para a detecção direta e identificação de estirpes do genótipo BR em amostras de campo. Em conclusão, a técnica de BR-Nested-RT-PCR desenvolvida no presente estudo, oferece uma opção de menor custo e menor complexidade do que a técnica de RT-PCR em tempo real para detectar e diferenciar estirpes do genótipo BR-I do VBI, sem comprometer a especificidade ou a sensibilidade, tendo, assim, o potencial de viabilizar a adoção de meios mais efetivos para o diagnóstico direto de estirpes do genótipo BR-I do VBI em amostras colhidas de aves mantidas em criações comerciais. / Infectious bronchitis (IB) is an acute and highly contagious disease of birds. IB is caused by infectious bronchitis virus (IBV), which usually results in significant economic losses for poultry farms. The extensive genetic variation, especially in the hypervariable regions (HVRs) of the S1 gene, is one of the main characteristics of the evolution of IBV, and results in the appearance of several variants that require a molecular diagnosis which includes the detection of these new strains, such as Brazilian I genotype (BR-I), since the detection and identification of the causative agent are essential for the control of the disease. Therefore, the diagnostic methods used must be sensitive, specific and inexpensive. A Nested-RT-PCR (BR-Nested-RT-PCR) technique was developed and evaluated in this study using a set of primers designed for the HVR3 region of the S1 gene for the detection and identification of Brazilian genotype strains of IBV present in biological samples from birds and compared with universal Nested-RT-PCR using universal primers for the same region of the S1 gene. The results demonstrated that the BR-Nested-RT-PCR technique had a high sensitivity to detect IBV strains from BR-I genotype and did not generate amplified products from heterologous virus samples tested (Newcastle disease virus, avian metapneumovirus, Reovirus and Gumboro disease virus), neither from IBV strains of other genotypes. In addition, the comparison between BR-Nested-RT-PCR techniques with the universal Nested-RT-PCR technique revealed good agreement (k = 0.67), relative sensitivity of 85.4% and relative specificity of 81.6 % for the direct detection and identification of BR-I genotype strains in field samples. In conclusion, the BR-Nested-RT-PCR technique developed in the present study offers a lower cost and less complex option than the real-time RT-PCR technique to detect and differentiate strains of the BR-I genotype of IBV without compromising specificity or sensitivity, and has the potential to provide a more effective mean for the direct diagnosis of BR-I IBV strains in samples collected from birds reared in commercial flocks. / CNPq: 132790/2015-7

A bronquite infecciosa das galinhas (BIG) é uma doença altamente contagiosa causada por múltiplos genotipos/sorotipos do vírus da bronquite infecciosa das galinhas (IBV), um coronavirus do grupo 3. Embora classicamente associado ao trato respiratório, alguns tipos de IBV têm sido descritos com tropismo pelos rins e pelos tratos reprodutivos e entéricos, o IBV pode ser detectado em diversos tipos de tecidos, e também pode acometer aves de todas as idades. Este estudo tem como objetivo verificar a freqüência do IBV em amostras de diversos órgãos e conteúdo entérico de avós, matrizes, poedeiras comerciais e frangos de corte, genotipar as amostras detectadas e estudar a diversidade molecular entre as amostras brasileiras de IBV. Um total de 844 pools de diversos órgãos e conteúdos entéricos provenientes de 200 lotes de avós, matrizes, poedeiras comerciais e frangos de corte, das regiões Sul, Sudeste, Centro-oeste e Nordeste do Brasil, colhidas durante o período de 2007 a 2009 foram testadas para a presença de IBV com um RT-PCR dirigido à região não traduzida 3′(3′UTR). As aves amostradas apresentaram sinais clínicos compatíveis com a BIG. Todas as amostras de IBV detectadas foram tipificadas utilizando uma RT-PCR dirigida ao gene de espícula do vírus. Dezenove amostras tipificadas como variante foram submetidas ao seqüenciamento parcial da região codificadora da subunidade S1 e à análise genealógica. Considerando os pools de órgãos e de conteúdo entérico, 45,50% foram positivos para a presença de IBV, dos quais, 84,63% pertencem ao genotipo Variante e 9,89% ao sorotipo/genotipo Massachusetts. Considerando os lotes, 73,50% foram positivos para IBV, sendo 77,55% variantes e 6,12% Massachusetts. A análise genealógica revelou quatro linhagens virais, todas agrupadas em um exclusivo grupamento de genotipo brasileiro. Estes resultados demonstram que o IBV está disseminado em todas as regiões avícolas brasileiras, com um predomínio massivo de genotipos não Massachusetts e uma elevada diversidade molecular, que deve ser levada em consideração para desenvolver medidas preventivas contra o IBV. / Infectious bronchitis (IB) is a highly contagious disease of poultry caused by multiple geno/serotypes of avian infectious bronchitis virus (IBV), a group 3 coronavirus. Though classically associated to the respiratory tract, IBV strains also have been described which harbor tropism for the kidneys and the reproductive and enteric tracts, and might be detected in multiple tissues and can also affect birds of all ages. This survey aimed to assess the frequency of in multiple organs and enteric content samples from grandparents, breeders, layers and broilers, to genotype the IBV strains detected and to study the molecular diversity amongst Brazilian IBV strains. A total of 844 pools of multiple organs and enteric contents from 200 flocks of grandparents, breeders, layers and broilers from the Southern, Southeastern, Central-Western and Northeastern Brazilian regions collected between 2007 and 2009 was screened for the presence of IBV with an RT-PCR target to the 3 untranslated region (UTR). The sampled birds presented symptoms compatible with IB. All IBV strains detected were then typed using an RT-PCR target to the spike gene of the virus. Nineteen strains type as variants were submitted to partial sequencing of the S1 coding region and genealogic analysis. Regarding the organs and enteric content pools, 45.50% were positive for the presence of IBV, from which 84.63% were variant and 9.89% Massachusetts. Taking into account the flocks, 73.50% were positive for IBV, being 77.55% variants and 6.12% Massachusetts. Genealogic analysis revealed four viral lineages, all grouped in an exclusive Brazilian genotype cluster. This results shown that IBV is widespread in all Brazilian poultry regions, with a massive predominance of non-Massachusetts genotypes and a high molecular diversity, which must be taken into account in order to develop preventive measures against IB.

Os peitos de galinhas matrizes pesadas de corte, poedeiras comerciais brancas e frangos foram desossados manualmente, com o objetivo de avaliar e comparar as propriedades tecnológicas – capacidade de retenção de água e de emulsificação – bem como pH e composição centesimal, além de elaborar e avaliar sensorialmente um produto reestruturado empanado, tipo nugget. Os resultados das análises indicaram que não houve diferença significativa entre as carnes analisadas, nem entre produtos processados, implicando utilização regular desse tipo de matéria-prima na indústria de alimentos. O restante das carcaças das galinhas foi utilizado para extração de carne mecanicamente separada (CMS) para avaliação da estabilidade microbiológica. As CMSs foram submetidas a dois tratamentos: I) com 150ppm de nitrito, embaladas em saco de polietileno; e II) com 150ppm de nitrito e 500ppm de eritorbato, embaladas em saco de polietileno. Como controle, as amostras de CMS foram apenas acondicionadas em sacos de polietileno. Todas as embalagens foram estocadas e congeladas a –18ºC por 99 dias. Os resultados da análise de caracterização microbiológica indicaram que tanto as amostras de CMS de galinha matriz quanto de galinha poedeira atenderam os padrões de contagem requeridos pela legislação Brasileira. A avaliação da estabilidade microbiológica das CMSs no primeiro e no último dia para mesófilos, Escherichia coli, Staphylococcus aureus, Clostridium perfringens e Pseudomonas, bem como as análises quinzenais de microrganismos psicrotróficos, indicaram que não houve uma redução significativa nas contagens, independentemente do tratamento aplicado. Não foi detectada Salmonella em nenhuma das amostras analisadas. Tais resultados apontaram o tempo de estocagem como o principal fator na redução da carga bacteriana. / The breasts of heavy fowls, white commercial egg-layers and chickens were manually deboned in order to evaluate and compare technological properties—water hold and emulsifying capacity—and pH and centesimal composition, as well as to prepare and assess a restructured coated product. The results of the analyses indicated that there was not a significant difference between the meats analyzed, nor among the processed products, implying the regular use of such meat in the food industry. The remaining parts of the hens’ carcasses were mechanically deboned for the evaluation of microbiological stability. The mechanically deboned meat (MDM) was submitted to two treatments: I) 150ppm of nitrite, packed in polyethylene bags; II) 150ppm of nitrite and 500ppm of erythorbate, packed in polyethylene bags. The control meats were just packed in polyethylene bags. All samples were frozen-stored at –18ºC for 99 days. The results of microbiological characterization indicated that both samples from heavy fowls and egg-layers were in accordance with the Brazilian legislation. MDM microbiological stability evaluation on the first and last days for fecal coliforms, mesophiles, Staphylococcus aureus, Clostridium perfringens and Pseudomonas, as well as the analyses carried out every fifteen days for psychrotrophics bacteria indicated that there was not a significant reduction in the presence of the above, irrespective of the treatment applied. Salmonella was not detected in any of the samples. Such results indicated that freezing storage period was the main factor responsible for the reduction of the bacterial count in MDM.

Estudar a arquitetura genética de uma dada característica quantitativa significa descrever os fatores genéticos e ambientais que a afetam, bem como o valor dos efeitos genéticos de cada loco e suas interações. O presente trabalho teve por objetivo geral estudar a arquitetura genética de características quantitativas associadas ao desempenho e ao rendimento de carcaça de uma população experimental oriunda do cruzamento entre uma linhagem de postura (CC) e uma de corte (TT) genotipada para marcadores microssatélites que foram associados ao peso vivo aos 42 dias na população recíproca TCTC nos cromossomos 1, 3 e 4. Para tanto, foram propostos três objetivos específicos: 1) caracterizar genotipicamente as duas populações referências (TCTC e CTCT); 2) construir mapas de ligação para a população CTCT; 3) mapear QTLs associados ao desempenho e ao rendimento de carcaça na população CTCT, utilizando o Mapeamento por Intervalo Composto (CIM). Os resultados evidenciaram que as duas linhagens parentais (CC e TT) possibilitaram a criação de gerações recíprocas F1 com elevados valores do conteúdo de informação polimórfica e heterozigosidade observada, resultado do satisfatório número de alelos verificado. Isto implica que as populações recíprocas F2, derivadas de ambas as gerações F1, são apropriadas para mapear QTLs associados ao desempenho e ao rendimento de carcaça. Adicionalmente, os mapas de ligação da população CTCT são similares ao de sua população recíproca TCTC e ao Mapa Consenso da galinha doméstica. A estimação de intervalos de confiança para as distâncias entre locos permitiu melhor entendimento das diferenças obtidas tanto no tamanho dos cromossomos quanto na ordem dos locos. Finalmente, foram observadas vantagens com o uso do CIM nas estimativas de número de QTLs mapeados e em suas posições. As regiões onde os QTLs foram mapeados neste estudo corroboram algumas daquelas da população recíproca TCTC, mas por outro lado sugerem que outras regiões do genoma dos cromossomos 1, 3 e 4 podem controlar tais características. Foram definidas duas regiões ainda não descritas na literatura no cromossomo 4: uma associada ao ganho de peso (MCW0240- LEI0063) e outra ao consumo de ração (LEI0085-MCW0174) 35-41 dias. Os resultados deste estudo podem ser explorados através do mapeamento fino, buscas in silico por genes candidatos por posição e validação em populações comerciais, a fim de implementar a seleção assistida por marcadores em programas de melhoramento genético avícolas. / Understanding the genetic architecture means to describe the genetic and environment factors that affect a quantitative trait, together with the estimation of individual genetic effects and its interactions. The aim of this work was to understand the genetic architecture of quantitative traits associated with performance and carcass yield of a chicken reference population created from crosses between a layer line (CC) and a broiler line (TT) genotyped for microsatellite markers that were associated with body weight at 42 days in its reciprocal cross on chromosomes 1, 3 and 4. Three specific topics were presented: 1) to characterize genotypically two reference populations (TCTC and CTCT); 2) to construct linkage maps in the CTCT population and 3) to map QTL associated with performance and carcass yield in CTCT population, using Composite Interval Mapping (CIM). The results showed that the two parental lines (CC and TT) created reciprocal F1 generations with suitable polymorphic information content values and observed heterozygosity, as result of the satisfactory number of alleles. This implies that the reciprocal F2 populations, derived from both F1 generations, are appropriated to map QTL associated with performance and carcass yield. The linkage maps from CTCT population were similar to its reciprocal population and to the Chicken Consensus Linkage Map. Estimating confidence intervals for distances between loci allowed the elucidation of the causes for differences both on chromosome sizes and on order loci. Finally, there were advantages in using CIM, mainly on QTL number and location. The regions where QTLs were mapped in this study not only corroborated some results from TCTC reciprocal population, but also suggested that other genome regions on chromosomes 1, 3 and 4 may control such traits. On chromosome 4 two regions were defined that were not previously described in the literature: one associated with weight gain (MCW0240-LEI0063) and another one with feed intake (LEI0085-MCW0174) at 35- 41 days. The results of this study can be explored through fine mapping, searches in silico for candidate genes and by validation in commercial populations, in order to implement marker assisted selection in poultry breeding programs.