Orientador: Lílian Castiglioni-Ruiz / Banca: Fabiano Gazzi Taddei / Banca: Hermione Elly Melara de Campos Bicudo / Resumo: Os camarões do gênero Macrobrachium pertencem à família Palaemonidae. Habitam as proximidades do litoral e, também, ambientes de água doce. Com mais de cem espécies amplamente distribuídas pelas regiões tropicais e subtropicais do mundo, os palemonídeos possuem hábitos crípticos e noturnos. Particularmente na região noroeste do Estado de São Paulo, podemos encontrar várias espécies com importância econômica e ecológica consideráveis. Entretanto, existem poucos estudos na literatura relacionados ao conhecimento da biologia desses crustáceos. Assim, o presente trabalho objetivou analisar a variabilidade genética intra e interpopulacional, de amostras de duas espécies de camarões palemonídeos do gênero Macrobrachium (M. amazonicum e M. jelskii), coletadas em diferentes localidades, utilizando-se a análise das seqüências dos genes mitocondriais COI e rRNA 16S e, ainda, devido à problemática taxonômica existente entre essas duas espécies, também foi analisada a variabilidade genética interespecífica, utilizando-se os mesmos genes.. O cálculo dos índices de divergência genética intrapopulacionais apresentou valores baixos, refletindo uma provável estruturação genética destas populações. Apenas as populações de MjME e do CAUNESP apresentaram valores de divergência genética mais elevados, sugerindo um desequilíbrio na estruturação genética das mesmas, provavelmente causado por interferência antrópica e situação de cativeiro, respectivamente. Nas comparações interpopulacionais, envolvendo M. amazonicum, as taxas de divergência genética apresentaram uma ampla variação, também com média elevada. Os valores elevados nas comparações envolvendo a população do CAUNESP, permitiram descartar a hipótese da provável origem comum das populações de Macrobrachium, a partir de espécimes trazidos do Pará. Da mesma forma, as comparações... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The genus Macrobrachium (Bate, 1868) belongs to the Palaemonidae family. Their species are widely distributed in lakes, floodplains and rivers in tropical and subtropical regions of South America, having cryptic and nights habits. This genus presents nearly 210 known species with ecological and economic importance. Particulary in the northwestern state of São Paulo, we can find several species with considerable importance. However, there are few studies related to knowledge of the biology of these crustaceans. The aim this work was to analyze the genetic variability interpopulation, and interspecific of two Macrobrachium species (M. amazonicum and M. jelskii), using the mitochondrial gene sequence COI and 16S rRNA. Also, due to taxonomic problems between these two species we analyzed interspecific genetic variability, using the same genes. The intrapopulation rates of genetic divergence values were low, reflecting a probable genetic structure of these populations. Only populations MjME and CAUNESP showed higher divergence values, suggesting changes in their genetic structure of the same, probably caused by human interference and situation of captivity, respectively. In comparisons inferences involving M. amazonicum, rates of genetic divergence showed a wide range, also with high average. High values in comparisons involving the population of CAUNESP, allowed to reject the hypothesis of a probable common origin of populations the Macrobrachium specimens brought from State of Para. Interpopulation comparisons involving M. jelskii also showed high values of divergence, especially for the population collected from the Mendonça dam, whose genetic alteration in population structure was attributed to the frequent introduction of exotic specimens. The values of interspecific genetic divergence in the samples collected in the same geographic location were low for populations Adolfo (0.3%) ...(Complete abstract click electronic access below) / Mestre

O HHV-8 (herpesvírus 8 humano) é o agente etiológico do sarcoma de Kaposi (SK). Diferentemente dos outros herpesvírus, o HHV-8 é distribuído de modo não ubíquo ao redor do mundo. São sete os principais genótipos de HHV-8, de acordo com o padrão de variabilidade da ORF K1: A, B, C, D, E, F e Z. Estudos da variabilidade genética do HHV-8 poderão trazer melhores interpretações sobre o potencial patogênico dos genótipos de HHV-8 e das variações genotípicas funcionais. Dados sobre a variabilidade genética do HHV-8 no Brasil, em que o SK é associado ao HIV, permanecem escassos. Pelo nosso conhecimento, esse é o primeiro estudo que compara a variabilidade genética de HHV-8 em indivíduos infectados por HIV com SK e sem SK no Brasil. Objetivo. O estudo visou analisar a variabilidade genética do HHV-8 entre indivíduos infectados por HIV com SK e sem histórico de SK. Métodos. Sequências de DNA de HHV-8 foram investigadas em amostras criopreservadas de células mononucleares do sangue periférico a partir de 37 indivíduos infectados por HIV com SK (grupo 1); e de amostras de saliva de indivíduos sem SK (grupo 2), as quais foram selecionadas por meio da detecção positiva de DNA/ORF73/HHV-8 a partir de um total de 751 indivíduos. Dados demográficos e clínicos do estadio e evolução do SK, assim como parâmetros laboratoriais foram caracterizados. As análises moleculares e reconstruções filogenéticas foram baseadas nas ORFs K1 e K12 do HHV-8. Resultados. Foram obtidas sequências de DNA dos loci K1 e/ou K12 de 75 indivíduos, 34 indivíduos do grupo 1 e 41 do grupo 2. O sistema de primers empregado foi capaz de detectar os genótipos A, B, C, F e amplo perfil de subgenótipos de K1/HHV-8. Os dados não mostraram associação de genótipos de HHV-8 com a presença de SK ou estadio de SK. Todavia, o subgenótipo B1 predominou naqueles em que não houve registro de piora de SK (p=0,04). Os subgenótipos B1 e C3 foram igualmente predominantes em ambos os grupos. As frequências do genótipos A foram de 24% e 12,2% e dos genótipos B e C foram de 34,1 e 35,3%, nos grupos 1 e 2, respectivamente. O genótipo F foi descrito pela primeira no Brasil, um caso de cada grupo. Um amplo perfil de subgenótipos de C no grupo 2 sem SK foi encontrado (C1, C2, C3, C5 e C7). Subgenótipos K1 C5 e C7, exclusivos do grupo 2 (7%), foram confirmados como recombinantes. Não houve variabilidade genotípica de HHV-8 em amostras biológicas diferentes do mesmo indivíduo em oito casos estudados. Sítios polimórficos (6/59) em regiões codificadoras de miRNA do locus K12 foram observados, sendo 70% presentes exclusivamente em sequências de HHV-8 do grupo com SK e protótipos de SK. Conclusão. Embora não houvesse associação entre genótipos de HHV-8 e presença ou estadio de SK, o subgenótipo B1 foi significativamente relacionado ao melhor prognóstico de SK. Alguns recombinantes foram observados no locus K1 de HHV-8 em indivíduos do grupo 2 sem SK. A presença de SNPs em regiões codificadoras de miR12-12 e miR12-10 predominou em sequências de HHV-8 de indivíduos com SK, grupo 1, e protótipos de SK epidêmico, endêmico e clássico. A escoha de primers foi importante para garantir a amplificação de todos os genótipos e amplo perfil de subgenotipos de HHV-8. / HHV-8 (Human Herpes Virus 8) is the etiological agent of Kaposi\'s sarcoma (KS). Unlike other herpesviruses, the distribution of HHV-8 is not so ubiquitous around the world. There are seven major HHV-8 genotypes, according to the variability pattern of the ORF K1: A, B, C, D, E, F and Z. Studies on the genetic variability of HHV-8 may help to better understand the pathogenic potential of HHV-8 genotypes and their functional genotypic variations. Data on the genetic variability of HHV-8 in Brazil, where KS is associated with HIV infected people, remain scarce. To our knowledge, this is the first study comparing the genetic variability of HHV-8 among HIV-infected individuals with KS and without KS in Brazil. Objective. The study aimed to analyze the genetic variability of HHV-8 among HIV-infected individuals with and without KS. Casuistry and Methods. HHV-8 DNA sequences were obtained from samples of cryopreserved peripheral blood mononuclear cells from 37 individuals infected with HIV-KS (group 1); and saliva from individuals without KS (group 2) who were selected by means of detection of positive DNA/ORF73/HHV-8 from a total of 751 individuals. Demographic and clinical data (stage and progression of KS), as well as laboratory parameters were characterized. Molecular analysis and phylogenetic reconstructions were based on sequences of the ORFs K1 and/or K12 of HHV-8. Results. K1 and/or K12 DNA sequences of HHV-8 were obtained from 75 subjects, 34 from group 1 and 41 from group 2. The primer system used was able to detect the genotypes A, B, C, F and a wide profile of HHV- 8 K1 subgenotypes. Data showed no association of genotypes with the occurrence of KS or with visceral KS either. However, subgenotype B1 predominated in individuals who did not report any progression of KS (p=0.04). Subgenotypes B1 and C3 were equally prevalent in both groups. Genotype A frequencies were 24 % and 12.2% and genotypes B and C were 34.1 and 35.3 % in groups 1 and 2, respectively. We also described here for the first time the genotype F of HHV-8 in Brazil. A wide profile of subgenotypes C (C1, C2, C3, C5 and C7) in the group without KS was found. HHV-8 K1 DNA sequences of group 2 (7%) belonging to subgenotypes C5 and C7 were confirmed as recombinants. Our findings did not show virus variability in the same patient in samples collected at different times or from different biological material in the eight cases studied here. There was no statistical difference regarding the presence/absence of a given SNP from locus K12 between groups with and without KS. However, there were a total of 6/59 polymorphic sites in coding regions of miRNA, 70% of which present only in the HHV-8 DNA sequence of group with KS and KS prototypes. Conclusion. Although there was no association between HHV-8 genotypes and the presence of KS and KS clinical stage, subgenotype B1 was significantly related to the absence of progression of KS. Some recombinants in K1/HHV-8 locus were observed in the group without KS. The presence of SNPs in coding regions of miR12-12 and miR12- 10 predominated in sequences of HHV- 8 of SK cases (group 1) and of epidemic, endemic and classic KS prototypes. The choice of primers was essential to ensure amplification of all HHV- 8 genotypes and wide profile de subgenotypes.

O pinhão-manso (Jatropha curcas) é uma espécie arbórea de ampla distribuição geográfica e com qualidades que a tornam importante do ponto de vista natural, ecológico e principalmente sócio-econômico, pois seus frutos são uma valiosa fonte de óleo vegetal com potencial para produção de biodiesel, proporcionando vantagens ambientais, econômicas e sociais. Este trabalho teve como objetivo avaliar a diversidade genética no germoplasma de pinhão-manso e para isto foram utilizados marcadores moleculares microssatélites e ISSR. A partir de uma biblioteca enriquecida com locos microssatélites foram desenvolvidos 18 pares de primers para a espécie, sendo estes utilizados, juntamente com 30 pares de primers SSR desenvolvidos no CBMEG, visando à caracterização e estudo da estrutura genética populacional. Os acessos dos bancos de germoplasma do CPQBA (Centro Pluridisciplinar de Pesquisas Químicas, Biológicas e Agrícolas) da UNICAMP e da UFS (Universidade Federal de Sergipe) foram avaliados. O germoplasma pertencente ao CPQBA está organizado em 12 populações e o da UFS representado por 17 acessos únicos. Não foi observado polimorfismo entre as populações inviabilizando o estudo populacional. A caracterização dos grupos formados pelos acessos dos bancos de germoplasma foi realizada utilizando 14 marcadores ISSR, revelando que 86,64% da variação genética encontram-se dentro dos grupos e 13,36% entre eles. O número médio total de alelos (na) foi de 1,99 alelos por loco e o número efetivo de alelos (ne) foi de 1,42 alelos por loco. A diversidade genética de Nei (1973) indicou uma baixa diversidade genética dentro dos grupos (0,26), assim como o Índice de Shannon (I) para os acessos (0,41), considerado um baixo valor de diversidade genética. A análise bayesiana alocou todos os acessos avaliados em quatro grupos, todos os acessos apresentaram Q > 0,8. Os grupos formados não apresentaram nenhuma relação com a origem dos acessos. O índice médio de similaridade de Jaccard indicou que existem 30% de similaridade entre os grupos e a amplitude de similaridade variou de 0,23 a 0,94. O dendrograma formou os mesmos quatro grupos de acessos que o formado pela análise bayesiana, tornando ainda mais consistente os resultados obtidos na presente análise. O estudo revela a necessidade e importância de reunir o maior número possível de acessos de diferentes regiões e países para formar o banco de germoplasma da espécie viabilizando a conservação e programas de melhoramento da espécie, haja vista seu promissor potencial para produção de bicombustível. / Physic nut (Jatropha curcas) is a geographically widespread perennial plant species. It is ecologically important in natural communities and economically due to the oil extracted from its fruits that exhibit high potential for biodiesel production, thus, providing environmental, economical and social advantages. The current work aimed to evaluate the genetic diversity in physic nut germplasm using microsatellites and ISSR molecular markers. From a microsatelliteenriched library, 18 primer pairs were developed for the species and were used along with 30 SSR primer pairs developed at CBMEG to characterize and study the population genetic structure. Acessions from the germplasm banks at CPQBA (Centro Pluridisciplinar de Pesquisas Químicas, Biológicas e Agrícolas) from UNICAMP and from UFS (Universidade Federal de Sergipe) were evaluated. The germplasm from CPQBA is organized in 12 populations whereas the accessions from UFS represent 17 soloist accessions. The polymorphism observed between the populations does not impair population genetic studies. The clusters of accessions from the germplasm Banks were characterized using 14 ISSR markers, revealing 86.64% of the genetic diversity are found within the clusters whereas between them, it corresponds to 13.36%. The total average number of alleles per locus (na) corresponded to 1.99 and the effective number of alleles (ne) was of 1.42 alleles per locus. The genetic diversity, investigated as in Nei (1973), indicated a low genetic diversity within the groups (0.26). Shannon index (I) for the accessions evidenced a low value of genetic diversity (0.41). Bayesian analyses of all investigated accessions in four groups demonstrated that all the accessions exhibit Q > 0.8. The clustering patterns did not indicated origin relationships among the accessions. Jaccard average index indicated 30% of similarity between the groups and the amplitude of similarity ranged from 0.23 to 0.94. The dendrogram analysis grouped the four clusters generated by the Bayesian analysis, confirming the consistency of the results. The current study reveals the necessity and importance of gathering as many germplasm accession as possible for the species in order to allow the establishment of conservation and breeding program strategies, considering the potential of the species for biofuel production.

Este trabalho teve como objetivo comparar diferenças entre as progênies de touros representativos raça Nelore e de três grupos genéticos, Nelore, Angus x Nelore e Brahman x Nelore, quanto ao desempenho pós desmame e quanto às características de carcaça medidas in vivo por ultra-som. Foram selecionados 14 touros representativos da raça Nelore, dois da raça Aberdeen Angus e um touro Brahman. Estes touros foram acasalados com 400 vacas Nelore, que deram origem a uma progênie de 158 machos e 148 fêmeas. Os animais foram criados e recriados a pasto até os 19 meses de idade e, então, terminados em confinamento recebendo dieta com 14,2% de PB e 71,2% de NDT, numa relação volumoso:concentrado de 23:77. Durante a fase de recria foram realizadas três pesagens e uma medida de carcaça por ultra-sonografia, aos 483 dias de idade em média. A fase de terminação em confinamento compreendeu cinco pesagens, realizadas aproximadamente a cada 28 dias, e três medidas de carcaça por ultra-sonografia, sendo que os animais apresentavam as seguintes idades médias em cada avaliação: 570, 598 e 677 dias, respectivamente. As medidas tomadas foram: área de olho de lombo (AOL, no músculo Longissimus dorsi) e espessura de gordura subcutânea entre a 12ª e 13ª costela (EG) e na garupa (P8, sobre o músculo Biceps femoris). Os animais permaneceram confinados até atingirem aproximadamente 5 mm de espessura de gordura subcutânea medida entre as 12ª e 13ª costelas no músculo Longissimus dorsi, no caso, por 127 dias, entre os meses de julho e novembro de 2004. Os animais foram abatidos com 24 a 26 meses de idade. Após o abate, foram coletados medidas de peso da carcaça quente (PCQ) e rendimento de carcaça. O grupo genético com melhor desempenho pós-desmama foi o grupo Angus x Nelore, seguido de Brahman x Nelore e por fim os animais Nelore puros, sendo que os machos foram superiores às fêmeas. Entretanto, durante o período de terminação em confinamento, as fêmeas apresentaram ganho de peso semelhante aos machos castrados, porém tiveram taxas de ganho de músculo e gordura superiores, em conseqüência da sua maior taxa de maturação. Foram verificados maiores ganhos em AOL nos Angus x Nelore, mostrando a aptidão para produção de carne da raça taurina. As diferenças em ganhos de gordura foram pequenas, provavelmente devido à qualidade da dieta que não permitiu que todo o potencial genético para terminação fosse expressado. Quando o estudo se baseou somente na raça Nelore, foram verificadas diferenças nas características de crescimento pós-desmama e durante a terminação em confinamento, entre as progênies dos touros da raça Nelore, indicativas da existência da variabilidade genética, o que permitiria esperar uma resposta à seleção de animais para as mesmas. Entretanto não houve efeito de touro para velocidade de acabamento e crescimento muscular entre as progênies estudadas. / This work aimed to evaluate differences among sires selected to represent the Nellore breed and among three breed groups (Nellore, Angus x Nellore, Brahman x Nellore) as to their progenies’ post-weaning performance and carcass traits, measured by real time ultrasound. A total of 14, two and one sires of the Nellore, Angus and Brahman breeds, respectively, were mated to 400 Nellore cows, producing a progeny of 158 steers and 148 heifers. The animals were raised on pasture until 19 months of age, then finished in feedlot on a diet containing 14.2% crude protein and 71.2% TDN, with a roughage:concentrate ratio of 23:77. During the growing phase on pasture, the animals were weighed three times and scanned at 483 days of age for Longissimus muscle area (LMA), back fat thickness over the 12th - 13th ribs (backfat) and rump fat (P8 fat). During the finishing phase in feedlot, between July and November 2004, cattle were weighed every 28 days and scanned for LMA, backfat and P8 fat at 570, 598 and 677 days of age. The backfat thickness end-point (5 mm) was reached after 127 days on feed, Animals were slaughtered at 24 to 26 months of age. At slaughter, hot carcass weight and dressing percentage were measured. There were effects of breed group on performance during the growing phase. Angus-sired calves had better performance than Brahman-sire and Nellore-sired calves and Brahman x Nellore calves were superior to straight bred Nellore. Males had better performance than females. However, during the finishing phase, there was no sex effect on weight gain and females had greater muscle and fat gain rate than males, perhaps due to their greater maturity rate. Angus x Nellore animals had greater LMA, showing the meat producing ability of Bos taurus breeds. Breed differences as to backfat gains were slight. This was likely due to diet quality which didn’t allow the animals’ genetic potential to be fully expressed. Within the Nellore breed, post-weaning growth traits were different among the sires, indicating existence of genetic variability. Nevertheless, there were no effects of sire on backfat gain and muscle growth among the progenies studied.

As alterações que a ação antrópica vem causando nos ambientes costeiros tem provocado impactos sobre as espécies a eles associadas. Larus dominicanus é uma espécie de ave marinha amplamente distribuída ao longo do Hemisfério Sul. Por possuir um hábito alimentar generalista, os resíduos da ação antrópica tem beneficiado a espécie, que, assim como outras gaivotas, vem apresentando um crescimento demográfico acelerado. O presente estudo, através do uso de marcadores de microssatélites, mostra que, apesar disso, a espécie possui uma baixa variabilidade genética, com fraca estruturação populacional, que provavelmente são o reflexo da origem recente da espécie e de uma diferenciação recente entre as populações. Múltiplas forças atuam para determinar a estruturação populacional, sendo elas o isolamento por distância, as barreiras físicas e a filopatria. Os sinais de gargalo populacional encontrados em algumas das colônias levantam a possibilidade de efeitos fundadores por colonização recente nas colônias mais ao norte da costa brasileira e redução populacional nas colônias da Argentina e da Antártica como conseqüência da última glaciação. Estes dados chamam a atenção para a necessidade de considerar as informações genéticas para a implantação de planos de manejo. Uma vez que a diferenciação entre as populações é recente, a variabilidade dentro de cada uma delas deve ser mantida. O controle populacional da espécie através de métodos diretos deve ser também acompanhado por planos de manejo ambiental, visando reduzir ou eliminar as condições que propiciam o crescimento desequilibrado dos gaivotões. / The changes in the coast that has been caused by human action has led to impacts on species associated with this environment. Larus dominicanus is a seabird species widely distributed throughout the Southern Hemisphere. The generalist feeding habits allow this species take advantage from human action, leading to population growth, which is also observed in other species of gulls. This study, through the use of microsatellite markers, shows that, despite of the population growth, Larus dominicanus has a low genetic variability, with low population structure, which probably reflects the recent origin of species and a recent differentiation among populations. Multiple forces act to determine the population structure, among them the isolation by distance, physical barriers and philopatry. Some colonies presents a bottleneck sign, raising the hypothesis of recent founder effects in the colonies to the north of Brazil and population reduction of colonies of Argentine and Antarctic as consequence of the last glaciation. These data show the need to consider genetic information for the implementation of management plans. The variability within populations must be maintained, since the differentiation between them is recent. Furthermore, the species population control by direct methods must also be accompanied by environmental management plans, to reduce or eliminate the conditions that favor the unbalanced growth of the gulls

O vírus da mancha das orquídeas ("Orchid fleck virus" - OFV), transmitido pelo ácaro Brevipalpus californicus, causa manchas cloróticas e necróticas em orquídeas de vários gêneros e foi relatado em diversos países. O diagnóstico de "orchid fleck", doença causada pelo OFV, tem sido feito através da análise dos sintomas, sorologia, observação de cortes ultrafinos de tecido infectado em microscópio eletrônico de transmissão ou RT-PCR. No entanto, apesar de testes moleculares serem freqüentemente mais eficientes e específicos que outros métodos, os "primers" disponíveis na literatura nem sempre detectam o vírus em baixas concentrações no tecido vegetal, ou amplificam regiões da planta sadia. Com base nas seqüências nucleotídicas da capa protéica viral depositadas no GenBank foram desenhados novos "primers", que amplificam um fragmento de 326 pb. Esses "primers" foram utilizados para a detecção do OFV por RT-PCR e para a marcação com digoxigenina de sondas para hibridização. A variabilidade de um fragmento do gene da capa protéica deste vírus foi estudada por polimorfismo conformacional de fita simples ("Single strand conformational polymorphism" - SSCP) e seqüenciamento de nucleotídeos. Quarenta e oito amostras de 18 gêneros de orquídeas foram coletadas no Brasil, Costa Rica e Austrália. As análises dos padrões de SSCP resultaram em seis haplótipos diferentes e em agrupamentos baseados na origem geográfica das amostras. Amostras representando cada um desses padrões foram seqüenciadas e comparadas com aquelas disponíveis no GenBank. A análise de SSCP provou ser eficiente para fornecer informações preliminares sobre a variabilidade do OFV. No entanto, apenas através do seqüenciamento de nucleotídeos das amostras foi possível determinar a real variabilidade das mesmas. / Orchid fleck virus (OFV), transmitted by the mite Brevipalpus californicus, causes chlorotic and necrotic ringspots in many orchid genera and was reported in several countries. The diagnosis of the Orchid fleck disease has been performed by symptomatology, transmission electon microscopy, serology or RT-PCR. Even though the molecular tests are usually more efficient and specific than other methods, the available primers did not always detect the OFV in low concentrations or sometimes amplified healthy plant samples. Based on the nucleotide sequences of the coat protein gene (cp) available in the GenBank, new primers were designed. These primers amplified a 326 pb specific OFV fragment and were used for RT-PCR and as hybridization probes. The variability of a fragment of the cp of this virus was investigated by "single strad conformational polymorphism (SSCP)" and nucleotide sequencing. Forty eight samples of 18 genera of orchids were collected from Brazil, Costa Rica and Australia. The SSCP analysis resulted in six different haplotypes and demonstrated a clustering in samples based on geographical origin. Samples representing the different SSCP patterns were sequenced and compared with those available in the GenBank. The SSCP analysis proved to be efficient to provide preliminary information about OFV variability. However, only through nucleotide sequencing it was possible to determine the actual variability amongst the samples.

Submitted by Ricardo Cedraz Duque Moliterno (ricardo.moliterno@uefs.br) on 2017-12-18T21:43:02Z No. of bitstreams: 1 Tese_KamilaSobral.pdf: 1457947 bytes, checksum: 7c9ac5d23b1be9a47d34674e0490c6bf (MD5) / Made available in DSpace on 2017-12-18T21:43:02Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Tese_KamilaSobral.pdf: 1457947 bytes, checksum: 7c9ac5d23b1be9a47d34674e0490c6bf (MD5) Previous issue date: 2017-02-21 / The genetic variability of the species Cocos nucifera L. that existing in Brazil is conserved in the International Coconut Germplasm Bank for Latin America and Caribe (ICG-LAC), which is located in the counties of Neopolis and Itaporanga d?Ajuda in the state of Sergipe, Brazil. Since from the establishment of the ICG-LAC some studies were carried out. However, this germplasm needs to be studied in depth comprising the morphoagronomical characterization, chemical and molecular evaluation in order to allow to estimate the genetic variability of the accessions. Thus, the aim of this work was to characterize morphologically coconut accessions (dwarfs and talls). The trials were carried out with eight tall coconut accessions in one cycle of production using 34 quantitative descriptors and with six dwarf coconut accessions in three cycles of production using 19 descriptors of fruits and 11 leave descriptors. The data obtained were subjected to univariate and multivariate analyses using the software GENES and Selegem. Among the accessions of tall coconuts the most dissimilar ones considering the morphoagronomical characters were Gigante-de-Rotuma and Gigante-do-Oeste Africano and they can be indicated as parents for coconut breeding programs. It was also found a great genetic variability among the coconut dwarf accessions of the ICG-LAC Bank, and this divergence was found to be consistent in the individual and joint analyses, including an analysis of maximum likelihood restricted (REML) taking into account a sample of morphological descriptors. The 14 coconut accessions (eight tall and six dwarfs) were used to perform a chemical evaluation of oil and their components in a cycle of crop production in two different field trials. It was found that some dwarf coconut accessions presented values of oil content similar to coconut tall accessions. Therefore, the best accessions can be exploited for coconut water as well as for production of oil and they can be selected as potential superior parents to be used in coconut breeding program. / A variabilidade gen?tica da esp?cie Cocos nucifera, L. existente no Brasil est? conservada no Banco Internacional de Germoplasma de Coco para Am?rica Latina e Caribe (ICG-LAC), localizado em Ne?polis e Itaporanga d?Ajuda em Sergipe, Brasil. Desde a implementa??o do ICG-LAC alguns estudos t?m sido realizados. No entanto, esse germoplasma precisa ser estudado em profundidade desde a caracteriza??o morfoagron?mica, qu?mica e molecular para se estimar a diversidade gen?tica dos acessos. Assim, o objetivo do trabalho foi caracterizar e avaliar morfoagronomicamente e quimicamente acessos de coqueiro-an?o e gigantes. Os experimentos foram conduzidos com oito acessos de coqueiros-gigantes em um ciclo de cultura e usando 34 descritores quantitativos e com seis acessos de coqueiros-an?es em tr?s ciclos da cultura utilizando-se 19 descritores de frutos e 11 descritores de folha. Os dados obtidos foram submetidos a an?lises univariadas e multivariadas usando o programa GENES e Selegem. Entre os acessos de coqueiros-gigantes avaliados os mais dissimilares pelas caracter?sticas agron?micas foram o Gigante-de-Rotuma e Gigante-do-Oeste-Africano, e estes podem ser indicados como genitores para programas de melhoramento. Foi encontrada tamb?m encontrada variabilidade gen?tica entre os acessos de coqueiro-an?o do banco ICG-LAC, diverg?ncia essa que se mostrou consistente nas an?lises individuais e conjuntas, incluindo uma an?lise de m?xima verossimilhan?a restrita (REML) usando uma amostra descritores morfol?gicos. Os 14 acessos de coqueiros (oito de gigantes e seis de an?es) foram analisados quanto ao teor de ?leo e seus componentes em um ciclo de cultura em dois experimentos separados. Constatou-se que alguns acessos de coqueiros-an?es apresentaram teor de ?leo pr?ximos dos valores obtidos pelos coqueiros-gigantes. Assim, os melhores acessos podem ser explorados tanto para ?gua de coco como para a produ??o de ?leo e s?o parentais potenciais para uso em programas de melhoramento do coqueiro.

Adenovirus humanos são responsáveis por infecção respiratória aguda (IRA) em crianças e adultos, sendo os das espécies B e C mais frequêntes. Com o objetivo de estudar a variabilidade genética de HAdVs, 3087 amostras de aspirado de nasofaringe foram colhidas de crianças, em São Paulo, de 1995 à 2006. A PCR direcionada ao gene VA-RNA detectou 677 adenovírus (22%). O sequenciamento dos genes hexon, fibra e região E3 foram utilizados para determinar os sorotipos e estudar sua variabilidade genética. Dos 677 adenovírus, 69% são da espécie B, 23% da C e 0,7% da E. Variabilidades genéticas foram observadas em todas as regiões estudadas, por meio de mutações, evidenciadas por substituições, recombinações e deleções. Os genes que apresentaram maior variabilidade foram VA-RNA e E3 ORF7.7. Genomas virais de DNA, como dos adenovírus, podem se manter estáveis em condições diversas, contudo, a pressão sofrida por esses genomas, através da resposta imunológica do hospedeiro, fazem com que seu mecanismos evolutivos entrem em operação e variabilidades genéticas sejam observadas. / Human adenoviruses (HAdV) cause acute respiratory disease (ARD) in children and adults, being the adenovirus from species B and C the most frequently detected. With the aim of study the genetic variability of HAdV, 3087 nasopharyngeal aspirate were collected from children in São Paulo, from 1995 to 2006. PCR assay directed to adenovirus VA-RNA gene detected 677 HAdV (22%). Sequencing of the hexon and fiber genes and the E3 region were done to determine the serotypes and study genetic variability. Among the 677 adenoviruses detected 69 % were classified as species B, 23% as species C and 0,7 % as species E. Genetic variability was observed in all studied region, specially at the 7.7Orf of the E3 region and the VA-RNA gene. Genetic modifications were observed as recombination, substitutions and deletions. It is known that viral DNA genomes, as adenovirus, remain genetically stable under a variety of conditions, however, the pressure of the host on these viruses make that their evolutionary mechanisms come to operation and genetic variability are observed.

A produção de grãos e seus componentes em milho são caracteres controlados por muitos genes, possuindo elevado efeito da interação genótipos x ambientes. Até recentemente, esses caracteres foram estudados utilizando-se modelos estatístico-genéticos baseados no somatório dos efeitos dos locos segregantes nas populações. Com o advento dos marcadores moleculares, desenvolveram-se novos modelos estatístico-genéticos, e mapas genéticos saturados foram construídos possibilitando o mapeamento dos locos (QTLs) que controlam tais caracteres. Assim, o número, posições no genoma e efeitos genéticos de QTLs individuais foram estimados. A maioria dos estudos reportados sobre mapeamento de QTLs em milho utiliza germoplasma temperado, e poucos estudos relatam ocorrência de QTLs possuindo interação com ambientes. Os objetivos deste trabalho foram o mapeamento de QTLs para produção de grãos e seus componentes, avaliando-se o efeito da interação QTLs x ambientes (QTL x E) e evidências de pleiotropia ou ligação gênica entre caracteres, em uma população de milho tropical. Foram utilizadas 256 progênies F2:3 avaliadas em diversos ambientes, sendo o mapa genético construído com 139 marcadores microssatélites (SSRs) e o mapeamento de QTLs e o teste da interação QTLs x ambientes realizados empregando-se o mapeamento por intervalo composto expandido para múltiplos ambientes (mCIM). Os caracteres utilizados foram produção de grãos (PG) e prolificidade (Prol), avaliados em nove ambientes, e peso de 500 grãos (P500), comprimento (CE) e diâmetro de espiga (DE), diâmetro de sabugo (DS), profundidade de grão (Prof), número de fileiras (NFil) e de grãos por fileira (NGFil), avaliados em sete ambientes. Foram mapeados 24, 19, 17, 18, 17, 14, 16, 14 e 15 QTLs para PG, Prol, P500, CE, DE, DS, Prof, NFil e NGFil, respectivamente. Os QTLs distribuíram-se irregularmente nos cromossomos, não ocorrendo regiões de concentração de QTLs para nenhum caráter. O grau médio de dominância foi de dominância parcial para PG e P500, dominância completa para Prol, DE e NGFil e sobredominância para CE, DS, Prof e NFil, enquanto os graus de dominância dos QTLs individuais variaram de aditividade a sobredominância. Na maior parte dos QTLs mapeados para todos os caracteres foi constatada interação QTLs x ambientes, que ocorreu para todos os QTLs mapeados para PG. A proporção da variância genética explicada pelos QTLs foi de 53,83% para PG, variando de 28,55% para DS a 69,42% para DE. Os QTLs explicaram apenas parte da variância genética dos caracteres devido à ocorrência de regiões genômicas isentas de marcadores e também ao método mCIM, que admite apenas um QTL por intervalo. Os números de QTLs mapeados para todos os caracteres foram os maiores dentre os relatados na literatura tanto em germoplasma temperado quanto tropical, com poucas exceções. Foram constatadas 44 regiões genômicas contendo QTLs para diferentes caracteres, representando evidência de ligação gênica ou efeito pleiotrópico em seu controle genético. O reduzido número de QTLs estáveis entre os ambientes para todos os caracteres implica desafio adicional para a seleção assistida por marcadores em áreas de clima tropical, a menos que programas de melhoramento sejam direcionados para regiões específicas. / Grain yield and its components in maize are controlled by many loci and present high interaction with environments. Until recently inheritance studies of these traits used statisticalgenetic models based on the net effects of the segregating loci in the populations. With the advent of molecular markers and new statistical-genetic models, well-satured genetic maps could be developed allowing the mapping of the loci (QTLs) that control these traits. Thus, the number of loci, their genomic position, and the genetic effects of individual QTLs could be estimated. The majority of reported QTL mapping studies in maize is from temperate germplasm, and few of them reported the number of QTL that interacted with environments. The objectives of this research were to map QTLs for grain yield and its components, to evaluate QTL by environment interaction (QTL x E) and the evidence of linked QTLs or pleiotropic effects of some QTLs in a tropical maize population. Two-hundred and fifty-six F2:3 progenies evaluated in several environments, a genetic map with 139 microsatellite markers (SSRs), and the multipleenvironment composite interval mapping analysis (mCIM) were used to map QTL, and to test QTL x E interaction. The traits analyzed were grain yield (GY) and prolificacy (Prol) evaluated in nine environments, and 500 kernels weight (W500), ear length (EL), ear diameter (ED), cob diameter (CD), kernel depth (KD), row number per ear (RN) and kernels per row number (KRN) evaluated in seven environments. Twenty-four, 19, 17, 18, 17, 14, 16, 14, and 15 QTLs were mapped for GY, Prol, W500, EL, ED, CD, KD, RN and KRN, respectively. These QTLs were not evenly distributed along the chromosomes, although there were not genomic regions with high concentration of QTLs for all traits. The average levels of dominance were partial dominance for GY and W500, complete dominance for Prol, ED and KRN, and overdominance for EL, CD, KD and RN, although for all traits the levels of dominance of the individual QTLs ranged from additive to overdominance. Most of the QTLs for all traits interacted significantly with environments; for grain yield all QTLs interacted with environments. The proportion of the genetic variance explained by all QTLs was 53.83% for GY, and for its components they ranged from 28.55% for CD to 69.42% for ED. The mapped QTLs accounted for only part of the genetic variance because there are some chromosome regions with few markers and because the mCIM method allows mapping just one QTL per interval. The number of QTLs mapped for all traits evaluated was higher than those reported for temperate and for tropical germplasm, with few exceptions. Forty-four genomic regions had QTLs mapped for different traits evidencing the presence of linked QTLs or pleiotropic effects of some QTLs affecting different traits. The low number of stable QTLs across environments for all traits imposes additional challenges for marker-assisted selection in tropical areas, unless the breeding programs could be directed towards specific target areas.

A macadâmia (Macadamia integrifolia Maiden & Betche) é uma nogueira arbórea originária das florestas tropicais australianas. Sua distribuição natural ocorre por quase toda a costa leste da Austrália. No Brasil, foi introduzida em 1931, mas sua expansão aconteceu a partir da década de 70. As variedades comerciais são originadas de duas espécies, Macadamia integrifolia e M. tetraphylla, e seus híbridos. As informações sobre pedigree são geralmente incompletas e a identificação das variedades algumas vezes não é clara. O uso de técnicas moleculares auxilia em diversas fases dos programas de melhoramento, inclusive na caracterização do material genético e seleção de parentais envolvidos nos cruzamentos. A partir do uso de técnicas moleculares (microssatélites e diversity array technology), as 28 variedades que compõe o germoplasma brasileiro foram genotipadas com a finalidade de investigar a estrutura e a divergência genética entre estas. Foram utilizados 29 primers flanqueadores de locos microssatélites e 462 marcas de diversity array technology. A análise pelo programa Structure apresentou a formação de duas subpopulações: uma com a maioria das variedades desenvolvidas no Havaí/USA e Brasil, e outra composta pelas variedades desenvolvidas na Austrália e três variedades brasileiras. A análise da diversidade genética detectou valores medianos de heterozigosidade para o conjunto de variedades ( = 0,46 e = 0,43), com indicação de um pequeno excesso de homozigoto em relação ao esperado sob Equilíbrio de Hardy-Weinberg. A estimativa do índice de fixação (F = 0,067) para o conjunto de subpopulações apresentou grande variação, porém na média, foi baixo e não diferente de zero. Os resultados também mostram que a maior parte da diversidade genética do germoplasma está dentro de subpopulações ( q = 0,041). O índice de fixação devido ao sistema reprodutivo também variou entre os locos analisados, mas na média foi igualmente baixo e não diferente de zero ( f = 0,027). Os valores das Distâncias de Jaccard variaram entre 0,00 e 0,787 enquanto que as Distâncias de Roger Modificada variaram entre 0,227 e 0,671. O dendrograma UPGMA formado pelas Distâncias de Jaccard formou três grupos enquanto que pelas Distâncias de Roger Modificada formou dois grupos, sendo possível distinguir somente o grupo externo formado pelas duas espécies de grevílea. A falta de divergência entre alguns pares de variedades foi inesperada, assim como o não agrupamento entre variedades identificadas com o mesmo nome ou que apresentam histórico de parentesco. Da mesma forma, as duas subpopulações discriminadas pelo programa Structure não formaram agrupamento específico em ambos os dendrogramas. Os resultados das análises dos Componentes Principais foram coerentes aos obtidos nos dendrogramas formando os mesmos agrupamentos. / Macadamia (Macadamia integrifolia Maiden and Betche) is a nut crop tree widespread across eastern Australia. Although has been introduced in Brazil in 1931, just in the past 20 years its cultivated area has expanded more significantly. Commercial varieties are originated from Macadamia integrifolia and M. tetraphylla, as well as its hybrids. The information on pedigree is generally incomplete and the identification of varieties is sometimes not so clear. Molecular techniques could provide genetic information useful for breeding programs, such as, the kinship (relatedness) between individuals. Molecular techniques (microsatellites and diversity array technology) was used to genotype all 28 varieties that composes Brazils germoplasma with the purpose to investigate the structure and the genetic divergence between these varieties. Twenty nine microsatellites locus and 462 markers of diversity array was used. Analysis using the Structure software showed evidence of two subpopulations: one with the majority of the varieties developed in the Hawaii/USA and Brazil, and another with varieties developed in Australia and three in Brazil. The analysis of genetic diversity detected medium values of heterozigosis ( = 0.46 and = 0.43), with indication of a small excess of homozygotes in relation the expected value under Hardy- Weinberg equilibrium. The estimate of inbreeding coefficient showed great variation (from - 0.522 to 0.558), however in the average (F = 0.067) it was low and statistically not different from zero. The results also showed that most of the genetic diversity is within subpopulations ( q = 0.041). The inbreeding due to the reproductive system varied between analyzed loci, but on average it was low and statistically not different from zero ( f = 0.027). Values of Jaccard distances ranged from 0 to 0.787, whereas the modified Rogers distances ranged from 0.227 to 0.671. UPGMA Cluster analysis from Jaccard distances formed three groups, whereas modified Rogers distances of formed two groups. In the latter, it is possible to distinguish only the external group formed by the two species from Grevilea spp. For some varieties that we expected to be clustered together were unexpected assigned to different clusters. On the other hand, for some varieties that we expected to be placed in different clusters were unexpected clustered together. Unexpected, the two subpopulations discriminated in the analysis (Structure) did not form specific groups when using both Jaccard and modified Rogers distances. The results of Principal Coordinate Analysis were coherent with the UPGMA analyses.