Introdução: A hepatite C é um grande problema de saúde pública e sua prevalência global está estimada em torno de 3%. O risco de transmissão do VHC via fluído seminal é muito discutida tanto na área de reprodução assistida como em estudos sobre o fator de risco da hepatite C ser ou não uma DST. Foram investigados e analisados 23 pacientes sabidamente infectados pelo VHC. Objetivos: 1.Estabelecer uma técnica para detectar a ausência ou presença do vírus da Hepatite C no sêmen de pacientes infectados; 2.Comparar técnicas de manuseio das amostras de sêmen, procurando diminuir a quantidade de inibidores presentes nas amostras; 3.Comparar técnicas de PCR e detecção do vírus da Hepatite C nas amostras de sêmen, procurando aumentar a sensibilidade dos testes. Métodos: Na primeira fase do estudo foram recrutados 20 pacientes (13 preencheram os critérios de inclusão). Amostras de sêmen e soro foram coletadas. As amostras de sêmen foram processadas com o auxílio do Percoll 90% e 45%. Foi analisada a presença do HCVRNA em soro pelo método Amplicor Roche, teste qualitativo. Se positivas, as amostras de sangue foram genotipadas e as amostras de sêmen foram extraídas, pelo mesmo método, e a PCR executada. Na segunda fase do estudo 23 pacientes foram selecionados, sendo alguns reconvocados da primeira fase (20 preencheram os critérios de inclusão). Amostras de sêmen e soro foram coletadas. As amostras de sêmen foram processadas através de diluições seriadas. Foi analisada a presença do HCV-RNA em soro e sêmen pelo método Amplicor Roche, teste qualitativo e por PCR em Tempo-real. Os dados epidemiológicos e os genótipos foram analisados, assim como os resultados da detecção do soro. Sêmen e frações realizadas pelas 2 (duas) técnicas de processamento estabelecidas foram comparados e analisados. Resultados: Dos 23 pacientes selecionados, a média de idade foi de 40,7 anos, com mediana de 45 anos. O tempo médio de descoberta da infecção pelo VHC foi de 7,15 anos. Dez pacientes (37,1%) não possuíam epidemiologia aparente, oito pacientes (29,6%) adquiriram a infecção pelo VHC através da utilização de drogas injetáveis e/ou inalatórias; seis (22,2%) por transfusão sanguínea; dois (7,4%) apresentaram histórico de transfusão sanguínea e uso de drogas e um (3,7%) relatou ser profissional da saúde. O genótipo 3a foi encontrado em 40,7% dos pacientes, seguido pelo 1a com 26%, 1b com 14,8%, 2b em 11,1% e 1a/1b em 7,4%. Das amostras processadas pelo Percoll, 86,5% apresentaram resultados inibidos, enquanto que nas amostras processadas pela diluição seriada e amplificadas através do PCR convencional, apenas 25,62% das amostras apresentou inibição, 65% não foram detectadas e 9,38% das amostras apresentou positividade. Nas amostras processadas pela diluição seriada na PCR em Tempo-real, 95% das amostras não foram detectadas e somente 5% apresentou positividade. Conclusão: Na tentativa de driblar os inibidores presentes nas amostras de sêmen, o procedimento de diluições seriadas mostrou maior eficácia quando comparado com o processamento através do gradiente descontínuo de concentração. Contudo, a grande quantidade de não detectados mostrou que a carga viral pode ter sido diluída, gerando a necessidade da utilização de técnicas mais sensíveis. Não foi observada diferença significativa entre os resultados da PCR convencional e Tempo-real. Porém o aumento na quantidade dos resultados negativos pode ser conseqüência da ausência de um controle interno nas reações da PCR em Tempo-real. / Introduction: Hepatitis C vírus is a huge problem for public health, and its global prevalence is estimated around 3%. Its transmission by seminal fluid is still in discussion in several fields, such as assisted reproduction and in studies about risk factors, whether the hepatitis C virus is an STD (sexually transmitted disease) or not. Twenty-three patients were investigated. Objectives: 1.Establish a technique to detect the presence or absence of the HCV in semen from chronically infected patients; 2.Compare semen samples handling techniques, in order to decrease the amount of inhibitors on the samples; 3.Compare different PCR and detection techniques for the HCV in semen samples, in order to increase the sensibility of the test. Methods: On the first phase 20 patients were selected (13 filled the inclusion criterion). Semen and serum samples were collected. The semen samples were processed with the help of Percoll® 90% and 45%. The presence of the RNA-HCV were analyzed in serum with Amplicor Roche method, qualitative test. When positive, the serum samples were genotyped and the semen samples were extracted, by the same method, and the PCR was done. On the second phase 23 patients were selected, some of them were old patients from the first phase (20 filled the inclusion criterion). Semen and serum samples were collected. The semen samples were processed through a dilution series. The presence of HCV-RNA was analised by Amplicor Roche, qualitative test and by PCR in Real-time. The epidemiological data and genotypes were analised. Resultados: From the 23 patients selected the mean age was 40,7 years, mean 45 years. The mean time of Discovery was 7,15 years. Ten patients (37,1%) didn´t present any apparent epidemiology, eight patients (29,6%) contracted HCV through injection and inhalatory drug use; six patients (22,2%) through blood transfusion; two patients (7,4%) had history of drug use and blood transfusion and one patient (3,7%) who was a health professional. Genotype 3a was found in 40,7% of the patients, followed by 1a with 26% of the patients, 1b with 14,8%, 2b with 11,1% e 1a/1b in 7,4% of the patients. The samples processed with Percoll, 86,5% presented inhibited results. Whereas on the samples that were processed with dilution series and amplified on the conventional PCR only 25,62% presented inhibited results, 65% were undetected and 9,38% were positive. On the samples processed with dilution series on the Real-time PCR 95% were undetected and only 5% were positive. Conclusion: On the attempt of decreasing the amount of inhibitors found on the semen samples, the procedure of dilution series showed us more efficient results when compared to the Percoll procedure. However, the great amount of undetected showed that the viral load might have being diluted, leading us to the necessity of a more sensitive technique. There was no significant difference between the results of the conventional PCR and the Real-time. These increase on the undetected results may be a consequence of the absence of a internal control on the PCR reactions.

Estima-se que 3% da população mundial esteja infectada pelo vírus da hepatite C (HCV). O HCV tem como alvo o tecido hepático e a maioria dos pacientes infectados desenvolvem infecção crônica. Nos últimos anos, estudos in vitro têm demonstrado interações entre o miRNA-122 (miR-122) da célula hospedeira e dois sítios localizados na região 5\' UTR do genoma do vírus da hepatite C (HCV), os quais são essenciais ao processo de replicação viral. O miR-122 é altamente expresso no fígado, onde atua na regulação do metabolismo de lipídios juntamente com outro miRNA, o miRNA-33a (miR-33a), porém, o mecanismo envolvido nesta regulação ainda é pouco conhecido. Sabe-se que a infecção pelo HCV altera a expressão de genes envolvidos na biossíntese e transporte de lipídios, resultando na estimulação do metabolismo de lipídios e criando um ambiente favorável para sua replicação. Neste contexto os objetivos deste trabalho foram avaliar a expressão de miR-33a e miR-122 em indivíduos cronicamente infectados pelo HCV-1 e HCV-3 em amostras obtidas antes do início da terapia. Os miRNAs foram isolados a partir de amostras de sangue periférico e de tecido hepático. A quantificação da expressão relativa de ambos miRNAs foi pela técnica de PCR em tempo real. Os níveis de miR-33a no sangue periférico foram mais elevados do que no tecido hepático em indivíduos infectados pelo HCV-1(p < 0,0001) e HCV-3 (p=0,0025). Observou-se uma correlação inversa entre os níveis de miR-33a no sangue periférico e tecido hepático dos indivíduos infectados pelo HCV-1 (r=-0,281, p=0,039) e correlação positiva para os indivíduos infectados pelo HCV-3 (r=0,9286, p < 0,0001). Correlação inversa entre os níveis hepáticos de miR-33a com o nível sérico de insulina (r=-0,371, p =0,005) nos indivíduos infectados pelo HCV-1 e correlação positiva entre os níveis no sangue periférico com os níveis séricos de GGT (r=0,553, p=0,049) foram observadas. Em relação ao miR-122, de maneira geral o nível hepático foi mais elevado do que o sérico (p < 0,0001). Entretanto, o nível hepático de miR-122 em indivíduos infectados pelo HCV-3 foi maior quando comparado aos infectados pelo HCV-1 (6,22 vezes, p < 0,001). Uma correlação inversa entre os níveis séricos de ApoA-II e os níveis de expressão de miR-122 no sangue (r=-0,330; p=0,014) e tecido hepático (r=-0,311; p=0,020) foi observada nos pacientes infectados pelo HCV-1. Os pacientes infectados pelo HCV- 3 mostraram correlação positiva entre os níveis hepáticos de miR-122 e os níveis de HDL (r=0,412, p=0,036) e insulina (r=0,478, p=0,044). O miR-33a e o miR-122 atuam regulando genes que controlam o metabolismo dos lipídios no fígado. Até o presente momento, não existem relatos que associem a expressão do miR-33a e do miR-122 com o perfil lipídico na infecção pelo HCV. Além disso, o acúmulo de lipídio (esteatose) intensamente descrito na infecção pelo HCV-3 pode sugerir interação diferenciada desse genótipo com os mecanismos envolvidos na regulação do metabolismo lipídico, envolvendo o miR-33a e miR-122 / The prevalence of infection by hepatitis C virus (HCV) is about 3% of the world population. HCV targets the liver tissue and the majority of infected patients develop chronic infection. In recent years, in vitro studies have demonstrated interactions between miRNA-122 (miR-122) the host cell to two places located in the 5\' untranslated region of the HCV genome which are essential for virus replication process. miR-122 is highly expressed in the liver, which has been implicated as a fatty acid metabolism regulator. Another mine has also been described as a key regulator of lipid metabolism, miRNA-33a (miR-33a), however, the mechanisms involved in this regulation are still little known. It is known that HCV infection changes the expression of genes involved in the biosynthesis and transport of lipids, resulting in stimulation of the lipid metabolism and creating a favorable environment for replication of the virus. To our knowledge, there are no reports linking the expression of miR-33a with lipid profile in HCV infection. In this context the objectives of this study were to evaluate the expression of miR-33a and miR-122 in chronically infected individuals with HCV-1 and HCV-3 in samples obtained prior to initiation of therapy. MiRNAs were isolated from peripheral blood samples and liver tissue. The quantification of relative expression of both miRNAs was by PCR in real time. MiR-33a levels in peripheral blood were higher than in liver tissue in patients infected with HCV-1 (p < 0.0001) and HCV-3 (p=0.0025). Levels in the peripheral blood of miR-33a were lower in patients infected with HCV-3 (p=0.0169). There was an inverse correlation between hepatic levels of miR-33a with serum insulin levels (p=0.005) in individuals infected with HCV-1 and a positive correlation between the levels in the peripheral blood serum levels of GGT (p=0.049). Hepatic levels of miR-122 were higher than the levels in the peripheral blood of individuals infected by HCV-1 and HCV-3 (p < 0.0001). Hepatic miR-122 levels were higher in patients infected with HCV-3 than those infected with HCV-1 (6.22 times, p < 0.001). There was a positive correlation between miR-122 levels in the blood and liver tissue of patients infected with HCV-1 (r=0.302, p=0.026). An inverse correlation between serum ApoA-II was observed in these patients the levels of expression of miR-122 in blood (r=-0.330; p =0.014) and liver tissue (r=-0.311; p=0.020). Patients infected with HCV-3 showed a positive correlation between hepatic miR-122 levels to HDL levels (r=0.412, p=0.036) and insulin levels (r=0.478, p=0.044). The miR-33a and miR-122 act by regulating genes that control lipid metabolism in the liver. The different interactions with lipid metabolism exerted by HCV-3 may explain why his relationship with the miR-33a and miR-122 was different when compared with HCV-1

Introdução e Objetivos: Hipovitaminose D, definida como nível sérico de 25(OH)D insuficiente é considerada pandêmica em muitas populações ao redor do mundo e está associada a comorbidades em hepatite C, infecção por HIV e coinfecção HIV/HCV. Os objetivos deste estudo são: 1) comparar a prevalência de deficiência de vitamina D (DVD) caracterizada por nível sérico de 25(OH)D < 20 ng/mL, entre pacientes monoinfectados pelo HCV, monoinfectados pelo HIV, coinfectados HIV/HCV e participantes do grupocontrole; 2) identificar fatores de risco específicos associados com DVD na população estudada. Pacientes e Métodos: Foram coletados dados clínicos e demográficos, 25(OH)D sérica, testes de função hepática e perfil metabólico durante os meses de inverno de 129 pacientes HCV monoinfectados, 118 pacientes HIV monoinfectados e 53 pacientes coinfectados HIV/HCV tratados em centros de referência na cidade de São Paulo, bem como, em 122 indivíduos saudáveis de um grupo-controle formado de pessoas não infectadas por HIV, HCV ou HBV, sem uso de suplementos de vitamina D. Resultados: A prevalência de deficiência de vitamina D ajustada por sexo, idade ( = 50), cor de pele (branco vs não branco), índice de massa corporal ( = 25), colesterol total (= 200), fração HDL colesterol ( = 40 em homens = 50 em mulheres), triglicérides (= 150), glicemia ( = 110), uso de efavirenz (sim vs não), uso de tenofovir (sim vs não) e índice HOMA-IR, foi menor no grupo HCV do que no controle e no grupo HIV (p < 0.001). Em todos os grupos, a razão de chance de DVD aumenta 1.21 [IC95%(1.01; 1.44) p=0.026] para cada ponto de aumento do índice HOMA. Efavirenz também esteve associado com maior razão de chance de DVD [3.49(IC95% 1.14-10.67) p=0.028]. Análise por regressão logística simples foi aplicada para avaliar fatores de risco associados a DVD dentro de cada grupo. Nesta análise, resultaram com associação significativa o sexo masculino, com uma menor razão de chance para DVD [RC 0,42(IC95% 0,18 - 0,96) p = 0,04] no grupo-controle e no grupo HCV [RC 0,42(IC95% 0,2 - 0,88) p = 0,02]; ainda no grupo HCV houve associação significativa entre DVD e HOMA-IR elevado [RC 5,59(IC 95% 1,37 - 22,8) p = 0,02]; e, no grupo HIV, os indivíduos que apresentaram nadir histórico de CD4 maior que 200 células/mm3 tiveram menos chance de DVD [RC 0,41 (IC95% 0,18 - 0,95) p = 0,04]. Conclusão: Uma alta prevalência de DVD foi observada em toda a população estudada, incluindo o grupo-controle, sugerindo que a apresentação de infecção por HIV e/ou HCV por si só não aumenta as chances de DVD. Por outro lado, o incremento do índice HOMA e o uso de efavirenz se destacaram como fatores de risco nesta população. Estes achados ressaltam a importância da associação da deficiência de vitamina D com outras duas condições; a resistência à insulina e o uso de terapia antirretroviral para o HIV, os quais, isoladamente ou em combinação, podem aumentar a incidência de comorbidades como o diabetes do tipo 2 / Background and Aims: Hypovitaminosis D, defined as insufficient serum level of 25(OH)D, is considered pandemic in many populations worldwide and is associated with co-morbidities in hepatitis C, HIV and HIV/HCV co-infection. The aim of this study is to 1) compare the prevalence of 25-hydroxyvitamin D deficiency (VDD), defined as serum levels of 25(OH)D < 20 ng/mL, among HCV mono-infected, HIV mono-infected, HIV/HCV co-infected patients and control participants and 2) identify specific risk factors associated with VDD in each group. Patients and Methods: We collected demographic and clinical data, serum 25-hydroxyvitamin D, liver function parameters and metabolic profiles on 129 HCV mono-infected, 118 HIV mono-infected and 53 HIV/HCV co-infected patients treated at reference centers in São Paulo (Brazil) as well as on 122 volunteer controls, not infected by HIV, HCV, HBV or taking vitamin D supplements. Results: VDD prevalence adjusted for sex, age ( = 50), skin color (white vs not white), body mass index ( = 25), total cholesterol (= 200), HDL cholesterol ( = 40 in men and = 50 in women), triglycerides ( = 150), glycemia ( = 110), use of Efavirenz - EFV (yes vs no), use of Tenofovir -TDV (yes vs no) and HOMA-IR was lower in HCV group than control and HIV groups (p < 0.001). In all groups, adjusted odds of VDD increases by 1.21 [CI95% (1.01-1.44)] for each unit increase of HOMA-IR. Antirretroviral therapy regimens containing efavirenz were also associated to higher odds of VDD 3.49 [CI95% (1.14-10.67) p=0.028]. Logistic regression was applied to analyze risk factors associated to VDD within each group. In this analysis male sex resulted significantly associated to lower chance of VDD [OR 0,42(CI95% 0,18 - 0,96) p = 0,04] in control group and in HCV group [RC 0,42(CI95% 0,2 - 0,88) p = 0,02]; still in HCV group, elevated HOMA-IR was significantly associated to VDD [OR 5,59(CI 95% 1,37 - 22,8) p = 0,02]; and in HIV group, individuals presenting CD4 nadir higher than 200 cells/mm3 had less chance of VDD [OR 0,41 (IC95% 0,18 - 0,95) p = 0,04]. Conclusion: High prevalence of VDD was observed across all studied population, including control group, suggesting that being infected with HIV and/or HCV per se does not increase the chance of VDD. Otherwise, VDD was positively associated with HOMA-IR increase for controls and infected patients. It is also associated to use of Efavirenz in HIV/HCV patients. This finding highlights the relevance of vitamin D deficiency association with two other conditions; insulin resistance and antiretroviral therapy, which isolated or in combination, may contribute to the incidence of comorbidities, as Type 2 diabetes mellitus

Estima-se que a prevalência global da população mundial com hepatite C é de 3%. Pouco se sabe sobre a resposta ao tratamento com respeito à resistência viral. Algumas mutações no fragmento de 109 aminoácidos da NS5B são associadas com resistência ao interferon (IFN) e ribavirina (RBV). Estudos moleculares e clínicos identificaram fatores associados com o hospedeiro e vírus relacionados associada com a resposta ao tratamento, tal como o gene que codifica a IL-28B. Este estudo foi dividido em duas fases, cujos objetivos foram caracterizar a frequência de mutações que conferem resistência ao HCV e avaliar a relevância das mutações em pacientes Respondedores (R) ou Não Respondedores (NR) ao tratamento e caracterizar geneticamente as populações sobre polimorfismos genéticos nos SNPs da IL-28B em relação ao prognóstico da resposta ao tratamento. As amostras dos pacientes foram submetidas a testes de genotipagem e carga viral. As sequências geradas foram comparadas no BLAST e no banco de dados Los Alamos HCV. Realizamos o alinhamento das sequências homólogas e as mutações identificadas. Com base no genótipo e carga viral determinamos a classificação dos pacientes de acordo com a resposta à terapia. O DNA genômico foi isolado a partir de sangue periférico para a realização da tipagem de SNPs de IL-28B. A metodologia utilizada foi de PCR em tempo real utilizando sondas TaqMan SNP específico. A análise dos dados foi realizada utilizando GraphPad Prism com qui-quadrado, risco relativo (RR), Odds Ratio (OR) e intervalo de confiança de 95%, com um nível de significância de P <0,05. Foi encontrado na primeira fase deste estudo uma taxa significativa mutações associadas ao tratamento nas amostras estudadas. A prevalência de mutações associadas à resistência ao IFN e RBV bem como a novos medicamentos antivirais localizados no fragmento de 109 aminoácidos da NS5B foi examinado em 69 indivíduos infectados naïve no Rio de Janeiro, Brasil. Na segunda fase, as mutações foram clinicamente relevantes. Desde então, procuramos observar as diferenças entre melhor ou pior prognóstico de acordo com a imunogenética que mostrou diferenciação entre os grupos R e NR ao tratamento em relação ao prognóstico da resposta terapêutica. Quando as diferenças entre as sequências da NS5B e a resposta ao tratamento foram consideradas verificou-se que associada a mutação R254K, estava a C316N que poderia conduzir a uma não resposta à terapia no genótipo 1b. Os nossos dados também suportaram forte associação de IL-28B rs12979860, com elevada probabilidade de resposta à terapia de IFN + RBV. Nossos dados evidenciam a presença de pacientes virgens de tratamento que abrigam mutações de resistência previamente descritas na literatura. A análise dos fatores preditores de resposta virológica mostrou que a predição de boa resposta ou não ao tratamento e ainda da progressão da doença é dependente de uma importante interação entre a genética viral e a do hospedeiro. Fato este importante para que no momento de avaliação de diagnóstico e conduta terapêutica, o médico possa tomar medidas apropriadas para o tratamento de cada paciente individualmente independentemente do genótipo do HCV em questão. / It is estimated that the overall prevalence of the average world population with hepatitis C is 3%. Little is known about the treatment response with respect to viral resistance. Some mutations in the 109-aminoacid fragment of NS5B are associated to Interferon (IFN) and Ribavirin (RBV) resistance. Molecular and clinical studies have identified factors associated with the host and related viruses associated with response to treatment, as the gene encoding IL-28B. This study was divided into two phases whose objectives were to characterize the frequency of mutations conferring resistance to HCV viral evaluating the relevance of these in Responders (R) or Non-Responders (NR) patients to treatment and to characterize genetically the populations regarding genetic polymorphisms SNPs IL-28B in relation to prognosis of response to treatment for HCV. Patient samples were subjected to tests for genotyping and viral load. The sequences generated were compared in the BLAST and the Los Alamos database HCV. We conducted the alignment of homologous sequences and mutations identified. Based on virological parameters genotype and viral load determined the classification of patients according to response to therapy. Genomic DNA was isolated from peripheral blood for carrying out the typing of SNPs of IL-28B. The methodology used was real-time PCR using TaqMan probes specific SNPs. Data analysis was performed using GraphPad Prism with chi-square, relative risk (RR), Odds Ratio (OR) and confidence interval of 95% with a significance level of P <0.05. To study these biological parameters we associated the responsive patients, non-responders, the viral load, genotype, and IL-28B polymorphism to treatment outcome. We found in the first phase of this study a significant rate of treatment-associated mutations in the samples studied. The prevalence of mutations associated to resistance to interferon and ribavirin (IFN/RBV) as well new antiviral drugs located in the 109 aminoacid fragment of NS5B was examined in 69 Hepatitis C Virus drug naïve (HCV)-infected individuals in Rio de Janeiro, Brazil. In the second phase, the mutations revealed clinically relevant from the gene in question. Since then, we seek to observe the differences between better or worse prognosis according to immunogenetic showed that differentiation between the immunogenetics of the groups R and NR to treatment in relation to prognosis of therapeutic response. When the differences between the NS5B sequences at baseline and the treatment response were considered we found that R254K associated with C316N mutations could lead to a non-response to IFN-RBV therapy in genotype 1b. Our data also strong support the association of rs12979860 IL-28B polymorphism with high probability of response to IFN + RBV therapy. Our data highlight the presence of HCV genotypes from drug naïve patients harboring resistance mutations previously described in literature. The analysis of predictors virologic response demonstrated that the prediction of better or worse therapy response and further the disease progression is dependent of a significant interaction between viral and host genetics. This fact is important for diagnosis evaluation and clinical therapeutic, the medico can take appropriate measures to treat each individual patient irrespective of the genotype of HCV in question.

Orientador: Paula Rahal / Banca: Hamilton Cabral / Banca: Nelson José Freitas da Silveira / Banca: Maria Tercília Vilela de Azeredo Oliveira / Banca: José Osmar Gaspar / Resumo: A proteína NS3 apresenta dois domínios e é bifuncional. Apresenta três funções enzimáticas que são; 1) atividade de protease; 2) NTPase e 3) helicase. A função protease relaciona-se a tradução da proteína precursora e as funções NTPase e helicase tem grande participação na replicação do material genético viral. Trata-se de uma molécula essencial para o processamento da poliproteína precursora e também para a replicação viral e portanto, um dos principais alvos para o desenvolvimento de drogas antivirais. No domínio Protease foram evidenciadas substituições na tríade catalítica e na região de ligação ao íon zinco nos pacientes avaliados. Estas substituições, quando somadas podem explicar a resposta ao tratamento. Também foram visualizadas alterações na porção Helicase da NS3. As substituições ocorreram nos sítios de ligação ao ATP e ao RNA. Outros resíduos da Helicase relevantes para o desenvolvimento de inibidores, como R2133 e F258 e F264 não apresentaram substituições, evidenciando tratarem-se de aminoácidos conservados nessa região. Os resultados obtidos nesse trabalho fornecem informações sobre o perfil genético do vírus HCV do genótipo 3 especificamente da região codificadora da proteína NS3, permitindo o conhecimento do genoma viral e a identificação de regiões para ligação de possíveis inibidores. Este projeto certifica que a modelagem é uma ferramenta útil para a biologia estrutural e funcional, e que os modelos obtidos aqui contribuem para o desenho de novas drogas anti-virais específicas para o genótipo 3 do vírus HCV / Abstract: The NS3 protein has two domains and is bifuntional. It presents three functions: 1) protease activity, 2) NTPase and 3) helicase. The protease function is related to the translation of the poliprotein precursor and functions NTPase and helicase has great participation in the replication of the viral genetic material. So. The NS3 is considered the major target for the development of antiviral drugs. In the Protease portion substitutions were evidenced in catalytic triad and the zinc ion binding sites, in the patients evaluated. These substitutions, when added up can explain the response to treatment. Also were observed changes in Helicase portion of NS3. The substitutions took place on ATP and RNA binding sites. Other residues of Helicase relevant to the development of inhibitors, as R2133 and F258 and F264, showed no substitutions, highlighting the great conservation of amino acids in this region. The results obtained in this work provide information on the genetic profile of the HCV virus genotype 3, specifically the region of NS3 protein, allowing the knowledge of the viral genome and the identification of regions for possible connection of inhibitors. This project certifies that the modeling is a useful tool for structural biology and functional, and that the models obtained here contribute to the design of new anti-viral drugs specific to the genotype 3 of HCV virus / Doutor

Made available in DSpace on 2014-07-29T15:26:24Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Tese Carmen.pdf: 1118244 bytes, checksum: 4d66a35abfcfbb9e9d2f1d1dc4fb4c02 (MD5) Previous issue date: 2009-04-02 / Hepatitis C virus (HCV) infection is an important problem of public health. Drug users (DU) constitute a group of frequent exposure to HCV and little is known about this infection in DU in Brazil. This study aimed to investigate the seroepidemiological and molecular profile of HCV infection among drug users in Central Brazil. A total of 691 DU, being 102 injection drug users (IDU) and 589 noninjecting drug users (NIDU), were interviewed and blood samples collected in 26 treatment drug centers in Campo Grande-MS and Goiânia-GO. Blood samples (sera) were tested for antibodies to HCV (anti-HCV). Anti-HCV-positive samples were submitted to HCV RNA detection by polymerase chain reaction (PCR) with primers complementary to the 5 NC and NS5B regions of viral genome and genotyped by LiPA and direct nucleotide sequencing followed by phylogenetic analysis, respectively. The anti-HCV prevalence was 6.9% (95% CI: 5.2-9.2). The study population reported a low known regarding HCV transmission ways, such as parenteral (20.8-30.5%), sexual (31,7%) and vertical (20%) of HCV. Multivariate analysis of risk factors revealed that age > 40 years, route (injecting) and duration of drug use and blood transfusion were associated with HCV infection. HCV RNA was detected in 85.4% of the anti-HCV-positive samples. Thirty-three samples were of genotype 1 by the LiPA, subtypes 1a (63.4%) and 1b (17.1%), and eight samples (19.5%) were of genotype 3, subtype 3a. The phylogenetic analysis of the NS5B region showed that 17 (68%), 5 (20%) and 3 (12%) samples were of subtypes 1a, 3a and 1b, respectively. This study shows a high HCV infection prevalence and the predominance of subtype 1a among drug users in Central Brazil. Also, the injecting drug use was the risk factor most strongly associated with this infection. In addition, the study population reported a low known regarding HCV transmission ways. Thus, preventive measures are needed to control this infection in illicit drug users / A infecção pelo vírus da hepatite C (HCV) é um importante problema de saúde pública. Os usuários de drogas (UD) constituem um grupo com freqüente exposição ao HCV e, pouco se conhece sobre essa infecção em UD no Brasil. Este estudo teve como objetivo investigar o perfil soroepidemiológico e molecular da infecção pelo HCV em usuários de drogas ilícitas no Brasil Central. Um total de 691 UD, sendo 102 injetáveis (UDI) e 589 não injetáveis (UDNI), foi entrevistado e amostras sanguíneas coletadas em 26 centros de tratamento de uso de drogas situados em Campo Grande-MS e Goiânia-GO. As amostras sanguíneas (soros) foram testadas para a detecção de anticorpos para o HCV (anti-HCV). As amostras anti-HCV positivas foram submetidas à detecção do RNA-HCV pela reação em cadeia da polimerase (PCR) com iniciadores complementares às regiões 5 NC e NS5B do genoma viral e, genotipadas pelo LiPA e por seqüenciamento direto, seguido de análise filogenética, respectivamente. A prevalência para anti-HCV foi 6,9% (IC 95%: 5,2-9,2). A população estudada apresentou conhecimento limitado sobre as formas de transmissão parenteral (20,8-30,5%), sexual (31,7%) e vertical (20%) do HCV. A análise multivariada de fatores de risco revelou que idade > 40 anos, via (injetável) e tempo de uso de drogas e transfusão de sangue foram associados à infecção pelo HCV. O RNA viral foi detectado em 85,4% das amostras anti-HCV positivas. Trinta e três amostras foram do genótipo 1 pelo LiPA, subtipos 1a (63,4%) e 1b (17,1%), e oito (19,5%) do genótipo 3, subtipo 3a. A análise filogenética da região NS5B mostrou que 17 (68%), 5 (20%) e 3 (12%) amostras foram dos subtipos 1a, 3a e 1b, respectivamente. Este estudo mostra uma prevalência elevada da infecção e do subtipo 1a do HCV em usuários de drogas no Brasil Central, bem como o uso injetável de drogas como principal fator de risco para essa infecção. Além disso, evidenciou conhecimento limitado da população estudada sobre as formas de transmissão do HCV. Assim, medidas preventivas são necessárias para o controle dessa infecção em usuários de drogas ilícitas

Introdução: A hepatite C é um grande problema de saúde pública e sua prevalência global está estimada em torno de 3%. O risco de transmissão do VHC via fluído seminal é muito discutida tanto na área de reprodução assistida como em estudos sobre o fator de risco da hepatite C ser ou não uma DST. Foram investigados e analisados 23 pacientes sabidamente infectados pelo VHC. Objetivos: 1.Estabelecer uma técnica para detectar a ausência ou presença do vírus da Hepatite C no sêmen de pacientes infectados; 2.Comparar técnicas de manuseio das amostras de sêmen, procurando diminuir a quantidade de inibidores presentes nas amostras; 3.Comparar técnicas de PCR e detecção do vírus da Hepatite C nas amostras de sêmen, procurando aumentar a sensibilidade dos testes. Métodos: Na primeira fase do estudo foram recrutados 20 pacientes (13 preencheram os critérios de inclusão). Amostras de sêmen e soro foram coletadas. As amostras de sêmen foram processadas com o auxílio do Percoll 90% e 45%. Foi analisada a presença do HCVRNA em soro pelo método Amplicor Roche, teste qualitativo. Se positivas, as amostras de sangue foram genotipadas e as amostras de sêmen foram extraídas, pelo mesmo método, e a PCR executada. Na segunda fase do estudo 23 pacientes foram selecionados, sendo alguns reconvocados da primeira fase (20 preencheram os critérios de inclusão). Amostras de sêmen e soro foram coletadas. As amostras de sêmen foram processadas através de diluições seriadas. Foi analisada a presença do HCV-RNA em soro e sêmen pelo método Amplicor Roche, teste qualitativo e por PCR em Tempo-real. Os dados epidemiológicos e os genótipos foram analisados, assim como os resultados da detecção do soro. Sêmen e frações realizadas pelas 2 (duas) técnicas de processamento estabelecidas foram comparados e analisados. Resultados: Dos 23 pacientes selecionados, a média de idade foi de 40,7 anos, com mediana de 45 anos. O tempo médio de descoberta da infecção pelo VHC foi de 7,15 anos. Dez pacientes (37,1%) não possuíam epidemiologia aparente, oito pacientes (29,6%) adquiriram a infecção pelo VHC através da utilização de drogas injetáveis e/ou inalatórias; seis (22,2%) por transfusão sanguínea; dois (7,4%) apresentaram histórico de transfusão sanguínea e uso de drogas e um (3,7%) relatou ser profissional da saúde. O genótipo 3a foi encontrado em 40,7% dos pacientes, seguido pelo 1a com 26%, 1b com 14,8%, 2b em 11,1% e 1a/1b em 7,4%. Das amostras processadas pelo Percoll, 86,5% apresentaram resultados inibidos, enquanto que nas amostras processadas pela diluição seriada e amplificadas através do PCR convencional, apenas 25,62% das amostras apresentou inibição, 65% não foram detectadas e 9,38% das amostras apresentou positividade. Nas amostras processadas pela diluição seriada na PCR em Tempo-real, 95% das amostras não foram detectadas e somente 5% apresentou positividade. Conclusão: Na tentativa de driblar os inibidores presentes nas amostras de sêmen, o procedimento de diluições seriadas mostrou maior eficácia quando comparado com o processamento através do gradiente descontínuo de concentração. Contudo, a grande quantidade de não detectados mostrou que a carga viral pode ter sido diluída, gerando a necessidade da utilização de técnicas mais sensíveis. Não foi observada diferença significativa entre os resultados da PCR convencional e Tempo-real. Porém o aumento na quantidade dos resultados negativos pode ser conseqüência da ausência de um controle interno nas reações da PCR em Tempo-real. / Introduction: Hepatitis C vírus is a huge problem for public health, and its global prevalence is estimated around 3%. Its transmission by seminal fluid is still in discussion in several fields, such as assisted reproduction and in studies about risk factors, whether the hepatitis C virus is an STD (sexually transmitted disease) or not. Twenty-three patients were investigated. Objectives: 1.Establish a technique to detect the presence or absence of the HCV in semen from chronically infected patients; 2.Compare semen samples handling techniques, in order to decrease the amount of inhibitors on the samples; 3.Compare different PCR and detection techniques for the HCV in semen samples, in order to increase the sensibility of the test. Methods: On the first phase 20 patients were selected (13 filled the inclusion criterion). Semen and serum samples were collected. The semen samples were processed with the help of Percoll® 90% and 45%. The presence of the RNA-HCV were analyzed in serum with Amplicor Roche method, qualitative test. When positive, the serum samples were genotyped and the semen samples were extracted, by the same method, and the PCR was done. On the second phase 23 patients were selected, some of them were old patients from the first phase (20 filled the inclusion criterion). Semen and serum samples were collected. The semen samples were processed through a dilution series. The presence of HCV-RNA was analised by Amplicor Roche, qualitative test and by PCR in Real-time. The epidemiological data and genotypes were analised. Resultados: From the 23 patients selected the mean age was 40,7 years, mean 45 years. The mean time of Discovery was 7,15 years. Ten patients (37,1%) didn´t present any apparent epidemiology, eight patients (29,6%) contracted HCV through injection and inhalatory drug use; six patients (22,2%) through blood transfusion; two patients (7,4%) had history of drug use and blood transfusion and one patient (3,7%) who was a health professional. Genotype 3a was found in 40,7% of the patients, followed by 1a with 26% of the patients, 1b with 14,8%, 2b with 11,1% e 1a/1b in 7,4% of the patients. The samples processed with Percoll, 86,5% presented inhibited results. Whereas on the samples that were processed with dilution series and amplified on the conventional PCR only 25,62% presented inhibited results, 65% were undetected and 9,38% were positive. On the samples processed with dilution series on the Real-time PCR 95% were undetected and only 5% were positive. Conclusion: On the attempt of decreasing the amount of inhibitors found on the semen samples, the procedure of dilution series showed us more efficient results when compared to the Percoll procedure. However, the great amount of undetected showed that the viral load might have being diluted, leading us to the necessity of a more sensitive technique. There was no significant difference between the results of the conventional PCR and the Real-time. These increase on the undetected results may be a consequence of the absence of a internal control on the PCR reactions.

Objectifs : Les objectifs principaux de cette thèse sont les suivants : 1) analyse de l’évolution du profil épidémiologique des patients coinfectés VIH-VHC initiant le traitement de l’hépatite C; 2) l’évaluation de l’impact des comportements de santé et des styles de vie sur l’évolution clinique de la maladie Résultats : J’ai pu mettre en évidence que le profil des patients coinfectés VIH-VHC initiant un traitement de l’hépatite C a changé en France avec l’évolution des traitements.Mes travaux ont permis de montrer que, chez les patients coinfectés VIH-VHC, une consommation élevée de café (3 tasses par jour et plus) diminue le risque de fibrose hépatique avancée. Cet effet bénéfique du café est également observé chez les patients coinfectés VIH-VHC avec une consommation élevée d’alcool. De plus, mes travaux ont mis en évidence une relation dose-dépendante entre la fréquence de consommation de cacao et la réduction du risque de fibrose hépatique avancée chez les patients coinfectés VIH-VHC. Par ailleurs, mes analyses n’ont pas mis en évidence un effet significatif de la consommation de café sur le risque de fibrose hépatique avancée chez les femmes coinfectées VIH-VHC. Enfin l’un des résultats marquant de la relation entre VHC et risque d’obésité qui est connue est que la guérison augmente davantage ce risque sur le long terme. Conclusion : Des interventions pour modifier certains styles de vie et comportements ont le potentiel de diminuer le risque de survenue ou d’aggravation de comorbidités, en particulier après la guérison VHC, un événement désormais atteignable pour tous les patients coinfectés. / Objectives: The main objectives of this thesis are: 1) analysis of the evolution of the epidemiological profile of co-infected HIV-HCV patients initiating the treatment of hepatitis C; 2) assessment of the impact of health behaviors and lifestyles on the clinical course of the diseaseResults: I was able to highlight that the profile of co-infected HIV-HCV patients initiating treatment for hepatitis C has changed in France with the evolution of treatments.My work has shown that, in HIV-HCV coinfected patients, high coffee consumption (3 cups per day or more) decreases the risk of advanced liver fibrosis. This beneficial effect of coffee is also observed in co-infected HIV-HCV patients with high alcohol consumption. In addition, my work has shown a dose-dependent relationship between the frequency of cocoa consumption and the reduced risk of advanced liver fibrosis in coinfected HIV-HCV patients. Furthermore, my analyzes did not reveal a significant effect of coffee consumption on the risk of advanced liver fibrosis in coinfected HIV-HCV women. Finally, one of the striking results of the relationship between HCV and known risk of obesity is that healing increases this risk in the long term.Conclusion: Interventions to modify certain lifestyles and behaviors have the potential to reduce the risk of developing or worsening comorbidities, particularly after HCV healing, an event now achievable for all co-infected patients.

Submitted by Ana Maria Fiscina Sampaio (fiscina@bahia.fiocruz.br) on 2013-10-18T17:18:19Z No. of bitstreams: 1 Tamiris Tatiane Dias Analise de quasespecies...2013.pdf: 8521760 bytes, checksum: 4e4fc2d3b2f4ee514d97744b378b3fe0 (MD5) / Made available in DSpace on 2013-10-18T17:18:19Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Tamiris Tatiane Dias Analise de quasespecies...2013.pdf: 8521760 bytes, checksum: 4e4fc2d3b2f4ee514d97744b378b3fe0 (MD5) Previous issue date: 2013 / Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisas Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brasil / A transmissão materno-infantil (TMI) é a causa mais comum de infecção pelo vírus da hepatite C (HCV) entre as crianças. Objetivo: Esse estudo teve como objetivo avaliar fatores virais implicados na TMI do HCV. Materiais e métodos: Quatro gestantes e um par mãe-recém-nascido (RN), todos infectados pelo HCV, foram incluídos neste estudo. Sequências das regiões 5’UTR, E1, HVR1, E2 e NS5B foram obtidas através de sequenciamento direto do produto do PCR e clonagem. A diversidade quasiespécie foi analisada utilizando-se diferentes parâmetros (taxa de clonotipos, frequência de mutações, Pn e entropia de Shannon normalizada), comparando (1) grupos TMI+ e TMI-, e (2) par mãe-RN. Um framework foi usado para avaliar a associação entre a frequência dos nucleotídeos e a TMI. Resultados: Dois casos de TMI foram identificados, mas apenas a amostra de um RN estava disponível. As cargas virais de todos os sujeitos estavam acima do limite de quantificação. Ambos os casos de TMI pertenciam ao genótipo 1a apenas este subtipo foi analisado subsequentemente. O sequenciamento direto dos produtos de PCR não representou, de maneira confiável, a complexidade quasiespécie e não foi utilizado. Não houve clonotipos coincidentes entre os grupos TMI+ e TMI-, exceto pela região 5’UTR. Em nível de aminoácido, mãe e RN compartilharam apenas do clonotipo predominante. Todos os clonotipos minoritários foram exclusivos. Foi observada maior diversidade quasiespécie nas regiões E2 e NS5B. A HVR1 apresentou a menor diversidade dentro da região codificante. A diversidade quasiespécie do grupo TMI+ foi sempre maior do que aquela vista no grupo TMI-; no entanto, não houve significância estatística. Trinta e cinco mutações na região codificante foram associadas significativamente com a TMI. Dados do par mãe-RN sugerem que a transmissão intrauterina ocorreu em um momento inicial da gestação e que o vírus provavelmente atravessou o tecido placentário, levando a um gargalo de garrafa. Conclusões: A diversidade quasiespécie não foi associada à TMI, mas a presença de mutações ao longo da região codificante sugere que o genoma completo contribui para a capacidade de transmissão intrauterina. São necessários estudos adicionais para determinar se essas variantes podem ser úteis para predizer a TMI. / Introduction: Mother-to-child-transmission (MTCT) is the most common cause of hepatitis C virus (HCV) infection in children. Objective: This study aimed to evaluate viral factors implicated in HCV MTCT. Methods: Four HCV-infected pregnant women and one HCV-infected mother-newborn pair were included in this study. Sequences were obtained from the regions 5’UTR, E1, HVR1, E2 and NS5B by direct PCR product sequencing and cloning. Quasispecies diversity was analyzed by different parameters (clonotype ratio, mutation frequency, Pn and normalized Shannon entropy), comparing (1) MTCT+ vs. MTCT- groups, and (2) mother-newborn pair. A framework was used to establish association between nucleotide frequency and MTCT. Results: Two cases of MTCT were identified, but a sample from only one newborn was available. Viral loads from all subjects were above the quantification limit. Both cases of MTCT belonged to genotype 1a and only this subtype was further analyzed. Direct sequencing from PCR products did not reliably represent the quasispecies complexity and was not used. There were no coincident clonotypes between MTCT+ and MTCT- groups, except for 5’UTR. At the amino acid level, mother and newborn shared only the master clonotype. All minor clonotypes were exclusive. Higher quasispecies diversity was observed within E2 and NS5B regions. HVR1 presented the lowest diversity within the coding region. Quasispecies diversity from the MTCT+ group was always greater than seen in the MTCT- group; however, no statistically significance was observed. Thirty-five mutations in the coding regions were significantly associated with MTCT. Data from the mother-newborn pair suggest that the intrauterine transmission occurred in an earlier time point of the pregnancy and that the virus probably crossed the placental tissue leading to a bottleneck. Conclusions: Quasispecies diversity was not associated with MTCT but the presence of mutations along the coding region suggests that the whole genome contributes to the ability of intrauterine transmission. Further studies are required to establish if these variants could be useful to predict MTCT.

On June 5, 1981, the CDC (Centers for Disease Control) first published a report of what would be known later as Acquired Immune Deficiency Syndrome (AIDS). More than 30 years after, universally fatal disease was carried to the level of chronic disease, but despite numerous advances, HIV patients have shown increased risk of non-AIDSdefining events and incomplete immune restoration, despite effective virological control, these include morphological, metabolic and atherosclerotic changes. In this context, co-infection with hepatitis C virus (HCV) has attracted interest due to the cumulative and synergistic mitochondrial insults caused by coinfection and enhanced by the use of antiretrovirals. The aim of this study was to determine the prevalence of dyslipidemia and metabolic syndrome in patients infected with the HIV and HCV vírus, with mono or coinfection with each virus. It is a cross-sectional study which included 127 patients, aged 21 to 72 years, 59 with HIV, 36 coinfected and 32 with HCV, males accounted for 48% (62) and 52% female (67). There was a predominance of men among coinfected patients (64% - 23 men and 13 women) and women in the HIV group (66% - 22 men and 37 women). The mean age was 40.6 years (38.5 years HIV, 39.6 coinfected and 45.9 HCV). The white race occurred in 60% of the sample predominantly in all groups. There was no difference between groups in median time to diagnosis of HIV and HCV. To HIV group there were 27% metabolic syndrome by IDF criteria and 26% by HOMA2-IR índex (1,4 cut-off), 63% larger waist by IDF criteria and 26% abdominal obesity. To HIV/HCV coinfection group there were 30% metabolic syndrome by IDF, but 54% by HOMA2-IR index, 42% larger waist, but 52% abdominal obesity. To HCV group there were 25% metabolic syndrome by IDF and 38% by HOMA2-IR index, 67% larger waist and 47% abdominal obesity. The presence of hepatitis C coinfection is responsible for alarming levels of insulin resistance, associated with a more favorable lipid profile that could act as a confounder in the clinical diagnosis of metabolic syndrome. / Em 5 de junho de 1981, o CDC (Centers for Disease Control) publicou o primeiro relato do que mais tarde seria conhecido como Síndrome da Imunodeficiência Adquirida (AIDS). Passados mais de 30 anos, a doença universalmente fatal foi conduzida ao patamar de doença crônica, mas apesar dos inúmeros avanços, os portadores de HIV vêm apresentando risco aumentado de eventos não definidores de AIDS e restauração imune incompleta, a despeito do controle virológico eficaz, estas incluem alterações morfológicas, alterações metabólicas e ateroscleróticas. Neste contexto, a coinfecção com o vírus da Hepatite C (HCV) tem despertado bastante interesse devido aos insultos mitocondriais cumulativos e sinérgicos causados pela coinfecção e potencializado pelo uso de antirretrovirais. O objetivo deste estudo foi determinar a prevalência de dislipidemia e síndrome metabólica em pacientes com infecção pelos vírus do HIV e HCV, em mono ou coinfecção por cada um dos vírus. Trata-se de um estudo transversal onde foram incluídos 127 pacientes, com idades entre 21 e 72 anos, 59 com HIV, 36 coinfectados e 32 com HCV, o sexo masculino representou 48% (62) e o feminino 52% (67). Houve predomínio de homens entre os pacientes coinfectados (64% - 23 homens e 13 mulheres) e mulheres no grupo HIV (66% - 22 homens e 37 mulheres). A média de idade foi 40,6 anos (HIV 38,5, coinfectados 39,6 e HCV 45,9 anos). A raça branca ocorreu em 60% da amostra com predomínio em todos os grupos. Não houve diferença entre os grupos no tempo médio de diagnóstico do HIV e HCV. Para o grupo com HIV houve 27% de síndrome metabólica pelos critérios do IDF e 26% pelo HOMA2-IR (ponto de corte 1,4), 63% de alteração de cintura pelos critérios do IDF, com 26% de obesidade abdominal. Para o grupo de coinfecção HIV/HCV houve 30% de síndrome metabólica pelo IDF, mas 54% pelo HOMA2-IR, com 42% de alteração de cintura, mas 52% de obesidade abdominal. Para o grupo HCV houve 25% de síndrome metabólica pelo IDF, mas 38% pelo HOMA2-IR, com 67% de alteração da cintura e 47% de obesidade abdominal. Foi possível demonstrar que a presença de coinfecção por hepatite C é responsável pela presença de níveis alarmantes de resistência insulínica, associada a um perfil lipídico mais favorável que poderá agir como confundidor no diagnóstico clínico da síndrome metabólica.