O câncer cervical é considerado um grande problema de saúde pública e um dos maiores causadores de mortes relacionadas a tumores em mulheres. O principal objetivo desta tese foi aumentar a eficácia antitumoral terapêutica da proteína gDE7 por meio da associação de adjuvantes vacinais em formulações testadas em condições experimentais com a linhagem celular tumoral TC-1. A proteína gDE7 foi produzida a partir de uma linhagem de E. coli e associada a diferentes adjuvantes. A proteína gDE7 coadministrada ao poly(I:C) conferiu proteção antitumoral completa aos camundongos previamente desafiados e induziu ativação de linfócitos T CD8+ E7-específicos polifuncionais, citotóxicos e de fenótipo de memória efetora/efetor. Foi demonstrado que a proteína gDE7 ativa de forma específica a subpopulação de células dendríticas especializada na apresentação cruzada de antígenos para linfócitos T CD8+, tanto em camundongos como em seres humanos. Esses resultados abrem perspectivas para o emprego da proteína gD como plataforma vacinal para o controle de tumores induzidos pelo HPV-16. / Cervical cancer is considered a major public health problem and one of the leading causes of cancer death in women. The main goal of this thesis was the improvement of a therapeutic antitumor vaccine based on gDE7 protein in formulations admixed with adjuvants under experimental conditions with the tumor cell line TC-1. The gDE7 protein was expressed and purified from E. coli, and then tested in combination with different vaccine adjuvants. The gDE7 protein admixed with poly(I:C) conferred complete therapeutic antitumor protection to mice previously challenged with TC-1 cells and induced polyfunctional, cytotoxic E7-specific CD8+ T cells with effector/effector memory phenotype. It was also demonstrated that the gDE7 protein activated a specialized dendritic cell subset involved in specific antigen cross-presentation to CD8+ T cells, both in mice and humans. These results open perspectives for the use of the gD protein use as a vaccine platform for the control of HPV-16-induced tumors.

Papilomavírus humanos (HPVs) são vírus de DNA que infectam células epiteliais, podendo ser responsáveis pelo aparecimento de lesões benignas e malignas. Dentre os mais de 120 tipos identificados, o HPV -16 constitui o principal agente etiológico do câncer cervical, que é uma das maiores causas de morte por câncer em mulheres no mundo. Sendo assim, infecções associadas ao HPV devem ser prevenidas por vacinas indutoras de resposta imune vírus-específicas. A proteína L1 do capsídio viral é capaz de arranjar-se em partículas morfologicamente e antigenicamente semelhantes ao vírus, denominadas \"virus-like particles\" (VLPs), que induzem altos títulos de anticorpos neutralizantes. Neste trabalho, foram clonados os genes L1 selvagem e otimizado de HPV -16 em vetores de expressão de leveduras metilotróficas como Hansenula polymorpha e Pichia pastoris. Foi observada uma expressão consistente da proteína recombinante apenas em P. pastoris, com o gene L1 otimizado. Foram realizadas diversas tentativas de purificação da proteína heteróloga, empregando técnicas de cromatografia e ultracentrifugação em gradiente descontínuo de sacarose. A correta montagem das VLPs foi confirmada por microscopia eletrônica. Problemas de agregação, heterogeneidade e adsorção a superfícies apresentados pela proteína L1 foram resolvidos após utilização de surfactante não-iônico e de um procedimento de desmontagem e remontagem das partículas, gerando preparações mais homogêneas. Ensaios de hemaglutinação e inibição da hemaglutinação comprovaram a apresentação de epítopos conformacionais na superfície das VLPs. Este trabalho demonstrou pela primeira vez a expressão da proteína L1 de HPV -16 em P. pastoris, visando ao desenvolvimento de uma vacina profilática de baixo custo para o sistema público de saúde. / Human papillomaviruses (HPVs) are DNA viruses that infect epithelial cells and can cause both benign and malignant lesions. From over 120 types catalogued so far, HPV-16 is the main etiologic agent of cervical cancer, which is the one of the most common causes of cancer deaths among women worldwide. Thus, HPV -associated infections might be prevented by vaccine inducing virus-specific immune responses. The L1 major capsid protein can self assemble into virus-like particles (VLPs), which are morphologically and antigenically indistinguishable from native viruses and induce high titers of neutralizing antibodies. In this work, we have cloned wild-type and codon-optimized L1 genes from HPV-16 in expression vectors of the methylotrophic yeasts Hansenula polymorpha and Pichia pastoris. Consistent L1 expression was only observed in P. pastoris transformed with the construction containing the codon-optimized gene. Many attempts to purify the heterologous protein were made, including chromatography and ultracentrifugation in sucrose density gradients. The correct assembly of VLPs was confirmed by electron microscopy. Some problems presented by recombinant L1 like aggregation, surface adsorption and heterogeneity were solved by using non-ionic surfactants and a procedure of disassembly and reassembly of the particles. Hemagglutination and hemagglutination inhibition assays corroborated the display of surface conformational epitopes by VLPs. This work showed for the first time the expression of the HPV-16 L1 protein in P. pastoris, aiming the development of a prophylactic vaccine free of charge for the public health system in Brazil.

O câncer cervical é considerado um grande problema de saúde pública e um dos maiores causadores de mortes relacionadas a tumores em mulheres. O principal objetivo desta tese foi aumentar a eficácia antitumoral terapêutica da proteína gDE7 por meio da associação de adjuvantes vacinais em formulações testadas em condições experimentais com a linhagem celular tumoral TC-1. A proteína gDE7 foi produzida a partir de uma linhagem de E. coli e associada a diferentes adjuvantes. A proteína gDE7 coadministrada ao poly(I:C) conferiu proteção antitumoral completa aos camundongos previamente desafiados e induziu ativação de linfócitos T CD8+ E7-específicos polifuncionais, citotóxicos e de fenótipo de memória efetora/efetor. Foi demonstrado que a proteína gDE7 ativa de forma específica a subpopulação de células dendríticas especializada na apresentação cruzada de antígenos para linfócitos T CD8+, tanto em camundongos como em seres humanos. Esses resultados abrem perspectivas para o emprego da proteína gD como plataforma vacinal para o controle de tumores induzidos pelo HPV-16. / Cervical cancer is considered a major public health problem and one of the leading causes of cancer death in women. The main goal of this thesis was the improvement of a therapeutic antitumor vaccine based on gDE7 protein in formulations admixed with adjuvants under experimental conditions with the tumor cell line TC-1. The gDE7 protein was expressed and purified from E. coli, and then tested in combination with different vaccine adjuvants. The gDE7 protein admixed with poly(I:C) conferred complete therapeutic antitumor protection to mice previously challenged with TC-1 cells and induced polyfunctional, cytotoxic E7-specific CD8+ T cells with effector/effector memory phenotype. It was also demonstrated that the gDE7 protein activated a specialized dendritic cell subset involved in specific antigen cross-presentation to CD8+ T cells, both in mice and humans. These results open perspectives for the use of the gD protein use as a vaccine platform for the control of HPV-16-induced tumors.

Measuring HPV exposure relies on detection of HPV type-specific antibodies, but methods are not standardized. Additionally, there is little information on the best sample type for HPV antibody detection. This study validated pseudovirion neutralization (PVN) assay for HPV antibody detection and compared it to IgG ELISA. Both assays were applied to paired serum and cervical mucus samples. Additionally, PVN assay was utilized to evaluate the feasibility of oral mucosal transudate (OMT) samples to monitor the HPV immune response. Serum was more likely to be positive on PVN assay than on IgG ELISA (p= 0.025). Both assays correlated with HPV-16 DNA status. HPV-18 PVN assay results correlated with HPV-18 DNA status. Few cervical mucus samples had detectable antibodies; no correlation with HPV DNA status was seen. OMT results were unsatisfactory. PVN assay was more sensitive than IgG ELISA; serum was a more reliable indicator of HPV-16/18 antibody status than cervical mucus.

O câncer de colo de útero, mundialmente, é um dos mais prevalentes dentre as mulheres. O adenocarcinoma cervical é uma neoplasia cuja origem está nas células da mucosa endocervical. Sua patogênese não está ainda bem compreendida, podendo-se encontrar o vírus HPV como um elemento associado a estas lesões. A prevalência do HPV em adenocarcinomas cervicais apresenta ampla variação. O HPV tipo 16 e, especialmente, o HPV tipo 18, são os tipos mais freqüentemente associados a este tumor. A proteína p16INK4, uma proteína relacionada ao ciclo celular, é superexpressa em muitos tumores humanos, incluindo o carcinoma de células escamosas e o adenocarcinoma cervical. Há evidências que correlacionam esta proteína com infecção por HPV. O objetivo de nosso estudo foi o de identificar o DNA-HPV tipos 16 e 18 e verificar a correlação deste achado com a expressão da proteína p16INK4 em uma série de casos de adenocarcinoma cervical. A identificação do DNA-HPV foi realizada por meio do Nested-PCR e a expressão da proteína p16INK4 foi realizada pela técnica de imunohistoquímica. O DNA-HPV tipo 16 foi o mais freqüente em nossa série (51,4%), seguido pelo DNA-HPV 18 (28,6%). Co-infecção (HPV 16 e HPV 18) foram encontrados em 5,7% dos casos. Uma forte expressão da proteína p16INK4 foi encontrada em associação com positividade para DNA-HPV tipos 16 e 18. / Submitted by Marcelo Teixeira (mvteixeira@ucs.br) on 2014-05-22T17:29:12Z No. of bitstreams: 1 Dissertacao Carla Flores Braga.pdf: 962952 bytes, checksum: 3b57ca78ed986451d192ce7b2e10d1b7 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-05-22T17:29:12Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertacao Carla Flores Braga.pdf: 962952 bytes, checksum: 3b57ca78ed986451d192ce7b2e10d1b7 (MD5) / Cervical cancer is one of the most prevalent cancer in women around the world. Cervical adenocarcinoma arises in endocervical mucosal cells and, although HPV is identified in some cases, the pathogenic mechanisms involved in their development are still not understood completely. HPV prevalence in cervical adenocarcinoma varies around the world. HPV 16 and specially HPV 18, are the most frequent types associated with this tumor. The p16INK4, a cell cicle related protein, is superexpressed in many human tumors, including cervical squamous carcinomas. There are findings that correlate this protein with HPV infection. The aim of our study was to identify HPV-DNA and verify the correlation of this findings with the expression of p16INK4 in a series of cervical adenocarcinomas. DNA-HPV analysis was performed by Nested-PCR to HPV 16 and HPV 18 and p16INK4 expression was verified by immunohistochemistry. HPV 16 was the most frequent type in our series (51,4%) followed by HPV 18 (28,6%). Coinfection (HPV16 and HPV 18) was found in 5,7%. A very strong expression of p16INK4 was found in association with HPV-DNA positivity.

O câncer de colo de útero, mundialmente, é um dos mais prevalentes dentre as mulheres. O adenocarcinoma cervical é uma neoplasia cuja origem está nas células da mucosa endocervical. Sua patogênese não está ainda bem compreendida, podendo-se encontrar o vírus HPV como um elemento associado a estas lesões. A prevalência do HPV em adenocarcinomas cervicais apresenta ampla variação. O HPV tipo 16 e, especialmente, o HPV tipo 18, são os tipos mais freqüentemente associados a este tumor. A proteína p16INK4, uma proteína relacionada ao ciclo celular, é superexpressa em muitos tumores humanos, incluindo o carcinoma de células escamosas e o adenocarcinoma cervical. Há evidências que correlacionam esta proteína com infecção por HPV. O objetivo de nosso estudo foi o de identificar o DNA-HPV tipos 16 e 18 e verificar a correlação deste achado com a expressão da proteína p16INK4 em uma série de casos de adenocarcinoma cervical. A identificação do DNA-HPV foi realizada por meio do Nested-PCR e a expressão da proteína p16INK4 foi realizada pela técnica de imunohistoquímica. O DNA-HPV tipo 16 foi o mais freqüente em nossa série (51,4%), seguido pelo DNA-HPV 18 (28,6%). Co-infecção (HPV 16 e HPV 18) foram encontrados em 5,7% dos casos. Uma forte expressão da proteína p16INK4 foi encontrada em associação com positividade para DNA-HPV tipos 16 e 18. / Cervical cancer is one of the most prevalent cancer in women around the world. Cervical adenocarcinoma arises in endocervical mucosal cells and, although HPV is identified in some cases, the pathogenic mechanisms involved in their development are still not understood completely. HPV prevalence in cervical adenocarcinoma varies around the world. HPV 16 and specially HPV 18, are the most frequent types associated with this tumor. The p16INK4, a cell cicle related protein, is superexpressed in many human tumors, including cervical squamous carcinomas. There are findings that correlate this protein with HPV infection. The aim of our study was to identify HPV-DNA and verify the correlation of this findings with the expression of p16INK4 in a series of cervical adenocarcinomas. DNA-HPV analysis was performed by Nested-PCR to HPV 16 and HPV 18 and p16INK4 expression was verified by immunohistochemistry. HPV 16 was the most frequent type in our series (51,4%) followed by HPV 18 (28,6%). Coinfection (HPV16 and HPV 18) was found in 5,7%. A very strong expression of p16INK4 was found in association with HPV-DNA positivity.

O carcinoma do colo uterino é um dos tumores mais freqüentes entre as mulheres e o principal fator de risco para o desenvolvimento desta neoplasia é a infecção persistente por tipos de papilomavírus humano (HPV) de alto risco oncogênico. Dentre estes, o HPV-16 é o mais comumente encontrado em lesões de alto grau e carcinoma. HPV cujas seqüências nucleotídicas diferem em até 2% são classificados como variantes de um mesmo tipo, e algumas destas variações genômicas levam a mudanças de aminoácidos em proteínas virais, em regiões potencialmente antigênicas. Além de variações antigênicas, o polimorfismo das moléculas HLA de classe II, responsáveis pela apresentação de antígenos às células T, também pode influenciar a resposta imune. Alguns estudos já descreveram associações entre alelos HLA e risco de câncer do colo do útero e infecção pelo HPV. Este projeto visa avaliar se existem diferenças na distribuição de alelos HLA entre pacientes com carcinoma do colo uterino portadoras de diferentes variantes de HPV-16 e mulheres sem câncer. Foram utilizados 112 casos de carcinoma do colo do útero positivos para presença de DNA de HPV-16 e 257 controles. Em todas as amostras do estudo foram realizadas as tipagens dos genes HLA-DRB1 e DQB1. A caracterização dos genes E6 e L1 de variantes de HPV-16 foi realizada nos 112 casos através de PCR-SSO e permitiu a identificação de infecções por uma única variante de HPV-16 em 89 amostras. Dentre elas foram encontradas variantes européias, asiático-americanas e africanas. A magnitude da associação entre os grupos HLA e as variantes de HPV-16 foi estimada através do cálculo de Odds Ratio e respectivo intervalo de confiança de 95%. Uma associação negativa entre DQB1*05 e câncer do colo do útero portadores de HPV-16 foi descrita anteriormente nesta amostra. Nosso estudo mostrou que esta associação pode ser atribuída as portadoras de variantes não-européias. A associação positiva de DRB1*15 mostrou ser maior entre portadoras de variantes européias que nãoeuropéias. Apesar do pequeno número de casos portadores de variantes africanas, foram encontradas associações positivas com DRB1*0701 e DQB1*0201. O polimorfismo da posição 350 do gene E6, descrito anteriormente como associado a risco de persistência de HPV, também foi avaliado: entre portadores de 350T, que codifica o aminoácido leucina, encontrou-se um efeito protetor dos alelos DRB1*04 e DQB1*0302. Uma maior freqüência de DRB1*15 foi observada entre portadores de variantes 350T quando comparada à freqüência nos controles. Nossos resultados sugerem que a associação entre alelos HLA de classe II e risco de câncer do colo do útero é influenciada pela distribuição de variantes de HPV-16 numa população determinada. / Cervical cancer is one of the most frequent tumor among women and the major risk factor for the development of this neoplasia is persistent infection with high risk oncogenic types of human papillomavirus (HPV). Among these, HPV-16 is the commonest type found in high grade lesions and carcinoma. HPV with less than 2% of divergence in nucleotide sequence are classified as variants of a given type, and these genomic variations can lead to changes in potentially antigenic regions. Besides these antigenic variations, polymorphism of HLA class li molecules, responsible for antigen presentation to T cells, can also influence the immune response. Several studies showed associations between HLA class II polymorphism and risk of cervical cancer and HPV infection. The aim of this study is to investigate if there are differences in the HLA class II alleles distribution between women with invasive cervical cancer (ICC) that harbor different HPV-16 variant and women without cancer. We analyzed 112 HPV-16 positive cases of cervical carcinoma and 257 controls. AII the samples had their HLA-DRB1 and DQB1 genes previously typed. HPV-16 variants in 112 ICC samples were characterized for E6 and L1 genes by PCR-SSO and allowed the identification of infections by single variants in 89 samples. European, Asian-American and African variants were found. The magnitude of association between HLA markers and HPV-16 variants was measured by Odds Ratios (OR) and respective 95% confidence intervals (CI). A negative association between DQB1*05 and HPV-16 positive ICC was previously described in this sample. Our study showed that it may be attributed to non-European variants carriers. The positive association of DRB1*15 was higher for women harboring European than non-European variants. In spite of the small number of women carrying African variants, positive association was found with DRB1*0701-DQB1*0201. The E6 gene polymorphism at residue 350, previously described as associated with risk of HPV persistence, was also investigated: among ICC carrying 350T, that code for leucine, we found a protective effect of DRB1*04-DQB1 *0302 haplotype. A higher frequency of DRB1*15 was found among carriers of 350T variants as compared to controls. Our results suggest that the association between HLA class II polymorphism and risk of invasive cervical cancer is influenced by the distribution of HPV-16 variants in a given population.

Made available in DSpace on 2016-08-10T10:39:25Z (GMT). No. of bitstreams: 1 LARISSA FERNANDES DE CARVALHO.pdf: 2794684 bytes, checksum: a117224e860c989d8636ee7805cfc679 (MD5) Previous issue date: 2010-05-31 / Cancer has been a major public health problem both in developed and developing countries . Each year, cancer is responsible for more than six million deaths, imposing a population burden that claims about 12% of all causes of that worldwide. Under a genetic perspective, there are two major classes of gene that hold an important role on cancer development: the proto-oncogenes and the tumor suppress genes. Mutations in these genes are the underlying cause of uncontrolled cell proliferation. Under the spectrum of male urological tumors, penile carcinoma is the one that most resembles cervical carcinoma in women. Epidemiological studies have frequently implicated HPV genome as a potential initiator factor for carcinomas of different anatomical sites. HPV role in cancer induction is well documented for cervical carcinomas and a significant association has been found in up to 99,7% of all cases worldwide. The occurrence of HPV in both male and female genital areas has increased the scientific interest around the potential association of HPV genome and penile carcinomas. The HPV genome is mode of one copy of the double-stranded circular DNA molecule, organized in three distinct regions: a Long Control Region (LCR), an Early (E) and a Late (L) protein coding regions. Following viral insertion in a cell genome, the viral LCR becomes the target of an intracellular regulatory mechanism. When infected cells lose this control mechanism, tumor progression towards malignancy and increased viral gene expression occur. Penile cancer is a rare disease, however by far the most common type is the squamous cell carcinoma which is found in about 95% of the penile malignancies. As any other Sexually Transmitted Disease, men are the major link in the chain of infection of HPV. The Polimerase Chain Reactions is the most sensitive procedure to detect and genotype HPV DNA in human biological samples. The current study is a meta-analysis which comprised the result of several studies that using PCR detected and genotyped HPV genome in association with penile cancers. Herein we report on the results of 39 research articles published from 1989 to 2009. We found the published data had large heterogeneity, tending to significance when combined within the 95% confidence interval. The DermonSaimonian-Laird analysis indicated significance between HPV infection and penile cancer development. / O HPV atua como uma importante causa de câncer cervical, em cerca de 99,7% dos casos em todo mundo. Como ocorre em toda infecção de transmissão sexual, o homem é o principal elo na cadeia epidemiológica do HPV e tem sido bastante discutido a associação deste vírus aos carcinomas penianos. O câncer de pênis é uma doença rara, sendo o carcinoma de células escamosas responsável por 95% dos casos. Assim, a infecção por HPV em homens, promove modificações bioquímicas e moleculares, alterando significativamente a população de células, através da interação do genoma viral com o genoma da célula hospedeira ou de proteínas virais com proteínas celulares necessárias ao controle do ciclo celular, como as proteínas supressoras de tumor pRb e p53, podendo desencadear a progressão para o processo maligno. Dentre as técnicas moleculares para detecção de DNA do HPV, a PCR é a mais sensível, pois é capaz de identificar o tipo do HPV. Neste contexto, o presente estudo teve como objetivo, investigar a associação entre o HPV e os pacientes com câncer de pênis através de uma meta-análise. Um procedimento destinado a examinar, de modo simultâneo, os resultados de várias investigações sobre um mesmo tópico, de forma a gerar conclusões com maior segurança e confiabilidade. De um total de quarenta e quatro (44) artigos encontrados, foram incluídos na meta-análise, trinta e nove (39) artigos e duas (2) dissertações entre os anos de 1989 a 2009 que estabeleciam a co-relação e utilizavam as mesmas técnicas e primers para detecção e genotipagem do HPV. Na presente meta-análise, observou-se que os artigos analisados apresentaram heterogeneidade quando avaliados os tipos de HPV 16 e 18, em conjunto. O HPV do tipo 18 isolado não apresentou significância, enquanto o HPV 16 demonstrou estar significativamente relacionado ao carcinoma espinocelular de pênis. Pelo teste de DerSimonian-Laird os resultados dos estudos combinados demonstram que os mesmos são significativos e heterogêneos em relação a IC 95%. Assim, pode-se concluir que a associação entre câncer de pênis e HPV se confirma por meta-análise, demonstrando assim a importância da força estatística da meta-análise diante dos estudos isolados na tentativa de desenvolvimento de novas estratégias de prevenção do HPV.

Le gène L1 encode pour la protéine majeure de la capside des papillomavirus humains (VPH). L’information relative au polymorphisme de L1 pour les types autres que VPH- 16 est jusqu’ici limitée. Cet ouvrage explore le polymorphisme de L1 en comparant les séquences des types phylogénétiquement apparentés VPH-31, -33, -35 à VPH-16. Des spécimens génitaux recueillis de 732 femmes VIH-séropositives et 323 VIHséronégatives ont été criblés à le recherche d’ADN de VPH par PCR consensus au niveau du gène L1. Les échantillons positifs pour VPH-16 (n=74), -31 (n=74), -33 (n=37) et -35 (n=58) étaient analysés par PCR-séquençage pour la totalité du gène L1. Le nombre de nucléotides substitués pour L1 variait de 19 pour VPH-33 à 52 pour VPH-31. Le rapport du nombre de variantes sur le nombre d’isolats testés était plus élevé pour VPH-31 (56.4%, p=0.05) et VPH-35 (60.3%, p=0.04) comparativement à VPH-16 (40.5%), alors que ce ratio était inférieur pour VPH-33 mais sans différence statistiquement significative (24.3%, p=0.14). La distance entre les variantes était plus grande à l’intérieur des cinq boucles présumément exposées à la surface de la protéine L1 que dans la séquence à l’extérieur (p<0.01) Des variations synonymes étaient observées chez 1.7% (95% CI 1.1- 2.3) des nucléotides intra-boucles et 2.4% (95% CI 1.2-3.7) de ceux extra-boucles. Les variations non-synonymes étaient rencontrées pour 1.8% (95% CI 1.1-2.5) des nucléotides intra-boucles et 0.2% (95% CI 0-0.4) pour les nucléotides extra-boucles. Les ratios dN/dS étaient inférieurs à 1.0 pour les régions extra-boucles et encore davantage pour les régions intra-boucles. Ces résultats suggèrent que les séquences des régions hypervariables de L1 ont été sélectionnées positivement. / The L1 gene encodes for the major capsid protein of human papillomaviruses (HPV). There is limited information on the polymorphism of L1 for types related to HPV-16. This report explores the polymorphism of L1 in phylogenetically-related types 31, 33, and 35 compared to HPV-16. Genital specimens collected from 732 HIV-seropositive and 323 HIV-seronegative women were screened for HPV DNA with consensus L1 PCR. Cervical samples positive for HPV-16 (n=74), -31 (n=78), -33 (n=37), and -35 (n=58) were further characterized by PCR-sequencing of the complete L1 gene. The number of nucleotide substitutions within L1 ranged from 19 for HPV-33 to 52 for HPV-31. The ratio of the number of variants/number of isolates tested was higher for HPV31 (56.4%, p=0.05) and HPV-35 (60.3%, p=0.04) compared to HPV-16 (40.5%), while this ratio was lower for HPV-33 (24.3%), although not significantly (p=0.14). The maximal distance between HPV variants was greater in the five putative surface-exposed loops of L1 than in sequences outside the loops (p<0.01). Synonymous variations were encountered in 1.7% (95% CI 1.1-2.3) of nucleotides inside the L1 loops and 2.4% (95% CI 1.2-3.7) of nucleotides outside the L1 loops. Non-synonymous variations were encountered in 1.8% (95% CI 1.1-2.5) of nucleotides within the L1 loops and 0.2% (95% CI 0-0.4) of nucleotides outside the loops. dN/dS ratios were below 1.0 in extra-loop and intra-loop regions, but they were lower in extra-loop regions. These results suggest that sequences within and outside the hypervariable loops of L1 were under selective constraint.

L’histoire naturelle de l’infection anale par le virus du papillome de type 16 (VPH-16) est mal définie pour les hommes ayant des relations sexuelles avec d’autres hommes (HARSAHs) VIH-séropositifs. Le but de cette étude était d’évaluer l’association entre la charge épisomale et intégrée du VPH-16 et la progression de la néoplasie intraépithéliale anale (AIN). Les charges épisomales et intégrées du VPH-16 furent mesurées par PCR quantitatif en temps réel sur 665 spécimens anaux obtenus de 135 hommes VPH-16-positifs participant à l’étude prospective HIPVIRG (Human Immunodeficiency and Papilloma VIrus Research Group). Le grade de l’AIN fut déterminé sur des biopsies obtenues lors des anuscopies à haute résolution périodiques. L’intégration du VPH-16 fut confirmée par DIPS-PCR pour démontrer la présence de jonctions virales-cellulaires. La charge épisomale du VPH-16 [ratio de cote (OR) 1.5, intervalle de confiance (IC) à 95%=1.1–2.1], le nombre de types de VPH [OR 1.4 (IC 95%=1.1–1.8)] et le tabagisme actuel [OR 4.8 (IC 95%=1.3–18.6)], mais non la charge intégrée, furent associés aux lésions de haut-grade (AIN-2,3) après ajustement pour l’âge et le décompte des lymphocytes CD4. La charge épisomale du VPH-16 était le seul facteur prédictif de progression de l’AIN de bas-grade (AIN-1) vers l’AIN-2,3 [OR 8.0 (IC 95%=1.2–55.4)]. Les spécimens avec une charge épisomale du VPH-16 élevée étaient moins susceptibles de contenir de l’intégration [OR 0.5 (IC 95%=0.3–0.8)]. L’intégration du VPH-16 fut détectée en absence d’AIN, dans l’AIN-1 et dans l’AIN-2,3. L’analyse des jonctions virales-cellulaires ne permit pas d’identifier un site d’intégration spécifique. / The natural history of human papillomavirus type 16 (HPV-16) anal infection is undefined among HIV-seropositive men having sex with men (MSM). The aim of this study was to assess the association between HPV-16 episomal and integrated viral loads and the progression of anal intraepithelial neoplasia (AIN). HPV-16 episomal and integrated loads were measured on 665 specimens from 135 HPV-16-positive men participating in the prospective HIPVIRG (Human Immunodeficiency and Papilloma VIrus Research Group) study. AIN grade was evaluated on biopsies obtained during periodical high-resolution anoscopies. HPV-16 integration was confirmed by DIPS-PCR to demonstrate the presence of viral-cellular junctions. HPV-16 episomal loads [odds ratio (OR) 1.5, 95% confidence interval (CI)=1.1–2.1], burden of HPV infection [OR 1.4 (95% CI=1.1–1.8)] and current smoking [4.8 (95% CI=1.3–18.6)], but not integrated loads, were associated with high-grade lesions (AIN-2,3) after age and CD4 counts adjustment. A high HPV-16 episomal load was the only predictive factor of progression from low-grade AIN to high-grade AIN [OR 8.0 (95% CI=1.2–55.4)]. Specimens with higher HPV-16 episomal loads were less likely to contain integration [OR 0.5 (95% CI=0.3–0.8)]. HPV-16 integration was detected in the absence of AIN, in AIN-1 and in AIN-2,3. The analysis of the viral-cellular junctions did not allow identifying a specific site of integration.