Neural networks with algorithm back-propagation will be presented in this work. Theoretical background of the algorithm will be explained. The problems with training neural nets will be solving there. The work discuss some techniques of image preprocessing and image extraction features, which is one of main part in classification. Some part of work discuss few experiments with neural nets with chosen image features.

This thesis summarizes the information retrieval theory, the relational model basic and focuses on the data indexing in relational database systems. The thesis focuses on multimedia data searching. It includes description of automatic multimedia data content extraction and multimedia data indexing. Practical part discusses design and solution implementation for improving query effectivity for multidimensional vector similarity which describes multimedia data. Thesis final part discusses experiments with this solution.

Fungus Gloeophyllum trabeum (Agaricomytes: Gloeophyllates) is a brown rot wood-decay fungus which produces a vast spectrum of volatile secondary metabolites. Scientific publications state, that one of the metabolites produced by G. trabeum, can be the substance (3Z,6Z,8E)-dodecatrien-1-ol. This chemical substance is also the main component of trail-following pheromone of Rhinotermitidae termite family. In this diploma thesis, I was trying to verify whether various species of G. trabeum are in fact capable of producing the substance (3Z,6Z,8E)-dodecatrien-1-ol. I was also focusing on the effects of saccharides, present in nutrient solutions, on quantitative and qualitative change in composition of volatile secondary metabolites produced by G. trabeum. The saccharides I used for my research were - maltose, fructose, sucrose, xylose, and mannose. The analysis was made by using comprehensive two-dimensional gas chromatography separation technique with time-of-flight mass spectrometric detection (GC×GC-TOFMS). During my research I discovered that one of obtained species of G. trabeum can produce substance (3Z,6Z,8E)-dodecatrien-1-ol, but only under specific conditions. It is produced when cultivating on Petri dishes on agar - cellulose growth media. The measurement was further validated by...

The diploma work was based on the evaluation of dental casts of patients with bilateral cleft lip and palate (BCLP) with a mean age of 10. Patients consist of two groups, patients without defect in speech and with speech impairment (palatolaly). Palatolalies in the literature are primarily associated with velopharyngeal insufficiency. The study tested the working hypothesis that in the failure of speech is involved a different, specific in some way, palatal shape. Dental casts were scanned using a laser scanner and analyzed by 3-D geometric morphometry and multivariate statistics: principal component analysis (PCA), linear regression analysis and finite element analysis (FESA). Using linear regression it was found that the shape of the palate is affected in younger individuals by age, and so had to be 5 patients excluded for further analysis. Patients with palatolaly have lower variability the palatal shape than patients without palatolalie, so their palates are similar to each other and have a specific shape. Palates are wider and lower than in individuals without speech disorder and they have a characteristic deepening behind the anterior part of the palate. We assume that these features in palate morphology primarily the lower arch and the substantial deepening are most likely to affect the...

Tato doktorská práce je zaměřena na vývoj algoritmu ke zpracování dat naměřených zařízením pro spektrometrii laserem indukovaného plazmatu (angl. LIBS). Zařízení LIBS s tímto algoritmem by mělo být následně schopno provést třídění vzorků a kvantitativní analýzu analytu in-situ a v reálném čase. Celá experimentální část této práce byla provedena ve Spolkovém institutu pro materiálový výzku a testování (něm. BAM) v Berlíně, SRN, kde byl sestaven elementární LIBS systém. Souběžně s experimentílní prací byl vytvořen přehled literárních zdrojů s cílem podat ucelený pohled na problematiku chemometrických metod používaných k analýze LIBS měření. Použití chemometrických metod pro analýzu dat získaných pomocí LIBS měření je obecně doporučováno především tehdy, jsou-li analyzovány vzorky s komplexní matricí. Vývoj algoritmu byl zaměřen na kvantitativní analýzu a třídění vyvřelých hornin na základě měření pomocí LIBS aparatury. Sada vzorků naměřených použitím metody LIBS sestávala z certifikovaných referenčních materiálů a vzorků hornin shromážděných přímo na nalezištích mědi v Íránu. Vzorky z Íránu byly následně na místě roztříděny zkušeným geologem a množství mědi v daných vzorcích bylo změřeno na Univerzitě v Clausthalu, SRN. Výsledné kalibrační křivky byly silně nelineární, přestože byly sestaveny i z měření referenčních vzorků. Kalibrační křivku bylo možné rozložit na několik dílčích tak, že závislost intenzity měděné čáry na množství mědi se nacházela v jiném trendu pro jednotlivé druhy hornin. Rozdělení kalibrační křivky je zpravidla přisuzováno tzv. matričnímu jevu, který silně ovlivňuje měření metodou LIBS. Jinými slovy, pokud určujeme množství analytu ve vzorcích s různou matricí, je výsledná kalibrační křivka sestavená pouze z jedné proměnné (intenzity zvolené spektrální čáry analytu) nepřesná. Navíc, normalizace takto vytvořených kalibračních křivek k intenzitě spektrální čáry matrčního prvku nevedla k výraznému zlepšení linearity. Je obecně nemožné vybrat spektrální čáru jednoho matričního prvku pokud jsou analyzovány prvky s komplexním složením matric. Chemometrické metody, jmenovitě regrese hlavních komponent (angl. PCR) a regrese metodou nejmenších čtverců (angl. PLSR), byly použity v multivariační kvantitatvní analýze, tj. za použití více proměnných/spektrálních čar analytu a matričních prvků. Je potřeba brát v potaz, že PCR a PLSR mohou vyvážit matriční jev pouze do určité míry. Dále byly vzorky úspěšně roztříděny pomocí analýzy hlavních komponent (angl. PCA) a Kohonenových map na základě složení matričních prvků (v anglické literatuře se objevuje termín ‚spectral fingerprint‘) Na základě teorie a experimentálních měření byl navržen algoritmus pro spolehlivé třídění a kvantifikaci neznámých vzorků. Tato studie by měla přispět ke zpracování dat naměřených in-situ přístrojem pro dálkovou LIBS analýzu. Tento přístroj je v současnosti vyvíjen v Brně na Vysokém učení technickém. Toto zařízení bude nenahraditelné při kvantifikaci a klasifikaci vzorků pouze tehdy, pokud bude použito zároveň s chemometrickými metodami a knihovnami dat. Pro tyto účely byla již naměřena a testována část knihoven dat v zaměření na aplikaci metody LIBS do těžebního průmyslu.

This document is trying to introduce the reader with issues of identifying the face connected with miscellaneous scanning technologies and enviroments. Inside this document there are mentioned some possibilities of creation unique print of a face so that there would be denied unwanted effects of enviroment and the identification of persons would be possible.

En sjukdom kan många gånger härledas till en kaskadereaktion mellan proteiner, co-faktorer och substrat. Denna kaskadreaktion blir många gånger målet för att behandla sjukdomen med läkemedel. För att designa nya läkemedelsmoleyler används vanligen datorbaserade verktyg. Denna design av läkemedelsmolekyler drar stor nytta av att målproteinet är känt och då framförallt dess tredimensionella (3D) struktur. Är 3D-strukturen känd kan man utföra så kallad struktur- och datorbaserad molekyldesign, 3D-geometrin (f.f.a. för inbindningsplatsen) blir en vägledning för designen av en ny molekyl. Många faktorer avgör interaktionen mellan en molekyl och bindningsplatsen, till exempel fysikalisk-kemiska egenskaper hos molekylen och bindningsplatsen, flexibiliteten i molekylen och målproteinet, och det omgivande lösningsmedlet. För att strukturbaserad molekyldesign ska fungera väl måste två viktiga steg utföras: i) 3D anpassning av molekyler till bindningsplatsen i ett målprotein (s.k. dockning) och ii) prediktion av molekylers affinitet för bindningsplatsen. Huvudsyftena med arbetet i denna avhandling var som följer: i) skapa modeler för att prediktera affiniteten mellan en molekyl och bindningsplatsen i ett målprotein; ii) förfina molekyl-protein-geometrin som skapas vid 3D-anpassning mellan en molekyl och bindningsplatsen i ett målprotein (s.k. dockning); iii) karaktärisera proteiner och framför allt deras sekundärstruktur; iv) bedöma effekten av olika matematiska beskrivningar av lösningsmedlet för förfining av 3D molekyl-protein-geometrin skapad vid dockning och prediktion av molekylers affinitet för proteiners bindningsfickor. Ett övergripande syfte var att använda kemometriska metoder för modellering och dataanalys på de ovan nämnda punkterna. För att sammanfatta så presenterar denna avhandling metoder och resultat som är användbara för strukturbaserad molekyldesign. De rapporterade resultaten visar att det är möjligt att skapa kemometriska modeler för prediktion av molekylers affinitet för bindningsplatsen i ett protein och att dessa presterade lika bra som andra vanliga metoder. Dessutom kunde kemometriska modeller skapas för att beskriva effekten av hur inställningarna för olika parametrar i dockningsprogram påverkade den 3D molekyl-protein-geometrin som dockingsprogram skapade. Vidare kunde kemometriska modeller andvändas för att öka förståelsen för deskriptorer som beskrev sekundärstrukturen i proteiner. Förfining av molekyl-protein-geometrin skapad genom dockning gav liknande och ickesignifikanta resultat oberoende av vilken matematisk modell för lösningsmedlet som användes, förutom för ett fåtal (sex av 30) fall. Däremot visade det sig att användandet av en förfinad geometri var värdefullt för prediktion av molekylers affinitet för bindningsplatsen i ett protein. Förbättringen av prediktion av affintitet var markant då en Poisson-Boltzmann beskrivning av lösningsmedlet användes; jämfört med prediktionerna gjorda med ett dockningsprogram förbättrades korrelationen mellan beräknad affintiet och uppmätt affinitet med 0,7 (R2). / A disease is often associated with a cascade reaction pathway involving proteins, co-factors and substrates. Hence to treat the disease, elements of this pathway are often targeted using a therapeutic agent, a drug. Designing new drug molecules for use as therapeutic agents involves the application of methods collectively known as computer-aided molecular design, CAMD. When the three dimensional (3D) geometry of a macromolecular target (usually a protein) is known, structure-based CAMD is undertaken and structural information of the target guides the design of new molecules and their interactions with the binding sites in targeted proteins. Many factors influence the interactions between the designed molecules and the binding sites of the target proteins, such as the physico-chemical properties of the molecule and the binding site, the flexibility of the protein and the ligand, and the surrounding solvent. In order for structure-based CAMD to be successful, two important aspects must be considered that take the abovementioned factors into account. These are; i) 3D fitting of molecules to the binding site of the target protein (like fitting pieces of a jigsaw puzzle), and ii) predicting the affinity of molecules to the protein binding site. The main objectives of the work underlying this thesis were: to create models for predicting the affinity between a molecule and a protein binding site; to refine the geometry of the molecule-protein complex derived by or in 3D fitting (also known as docking); to characterize the proteins and their secondary structure; and to evaluate the effects of different generalized-Born (GB) and Poisson-Boltzmann (PB) implicit solvent models on the refinement of the molecule-protein complex geometry created in the docking and the prediction of the molecule-to-protein binding site affinity. A further objective was to apply chemometric methodologies for modeling and data analysis to all of the above. To summarize, this thesis presents methodologies and results applicable to structure-based CAMD. Results show that predictive chemometric models for molecule-to-protein binding site affinity could be created that yield comparable results to similar, commonly used methods. In addition, chemometric models could be created to model the effects of software settings on the molecule-protein complex geometry using software for molecule-to-binding site docking. Furthermore, the use of chemometric models provided a more profound understanding of protein secondary structure descriptors. Refining the geometry of molecule-protein complexes created through molecule-to-binding site docking gave similar results for all investigated implicit solvent models, but the geometry was significantly improved in only a few examined cases (six of 30). However, using the geometry-refined molecule-protein complexes was highly valuable for the prediction of molecule-to-binding site affinity. Indeed, using the PB solvent model it yielded improvements of 0.7 in correlation coefficients (R2) for binding affinity parameters of a set of Factor Xa protein drug molecules, relative to those obtained using the fitting software.

Discontinous regulation, PLC control system, Programmable controller, Temperature control using Peltier´s module.