Cette thèse présente: 1) le développement d'une nouvelle approche pour trouver des associations directes entre des paires d'éléments liés indirectement à travers diverses caractéristiques communes, 2) l'utilisation de cette approche pour associer directement des fonctions biologiques aux domaines protéiques (ECDomainMiner et GODomainMiner) et pour découvrir des interactions domaine-domaine, et enfin 3) l'extension de cette approche pour annoter de manière complète à partir des domaines les structures et les séquences des protéines. Au total, 20 728 et 20 318 associations EC-Pfam et GO-Pfam non redondantes ont été découvertes, avec des F-mesures de plus de 0,95 par rapport à un ensemble de référence Gold Standard extrait d'une source d'associations connues (InterPro). Par rapport à environ 1500 associations déterminées manuellement dans InterPro, ECDomainMiner et GODomainMiner produisent une augmentation de 13 fois le nombre d'associations EC-Pfam et GO-Pfam disponibles. Ces associations domaine-fonction sont ensuite utilisées pour annoter des milliers de structures de protéines et des millions de séquences de protéines pour lesquelles leur composition de domaine est connue mais qui manquent actuellement d'annotations fonctionnelles. En utilisant des associations de domaines ayant acquis des annotations fonctionnelles inférées, et en tenant compte des informations de taxonomie, des milliers de règles d'annotation ont été générées automatiquement. Ensuite, ces règles ont été utilisées pour annoter des séquences de protéines dans la base de données TrEMBL / This thesis presents: 1) the development of a novel approach to find direct associations between pairs of elements linked indirectly through various common features, 2) the use of this approach to directly associate biological functions to protein domains (ECDomainMiner and GODomainMiner), and to discover domain-domain interactions, and finally 3) the extension of this approach to comprehensively annotate protein structures and sequences. ECDomainMiner and GODomainMiner are two applications to discover new associations between EC Numbers and GO terms to protein domains, respectively. They find a total of 20,728 and 20,318 non-redundant EC-Pfam and GO-Pfam associations, respectively, with F-measures of more than 0.95 with respect to a “Gold Standard” test set extracted from InterPro. Compared to around 1500 manually curated associations in InterPro, ECDomainMiner and GODomainMiner infer a 13-fold increase in the number of available EC-Pfam and GO-Pfam associations. These function-domain associations are then used to annotate thousands of protein structures and millions of protein sequences for which their domain composition is known but that currently lack experimental functional annotations. Using inferred function-domain associations and considering taxonomy information, thousands of annotation rules have automatically been generated. Then, these rules have been utilized to annotate millions of protein sequences in the TrEMBL database

Cette étude intéresse la région du Haut-Chablais/Faucigny, à l ' arrière du massif allochtone des Préalpes du Chablais . A. TROIS ENSEMBLES D'ORIGINES PALEOGEOGRAPHIQUES DIFFERENTES SONT DISTINGUES. 1°- un ensemble delphino-helvétique Issu d 'un bassin sédimentaire en position externe, à sédimentation relativement calme, cet ensemble comprend des terrains allant du Trias à l'Oligocène moyen - supérieur. Ses séries terminales, à partir de l'Urgonien , sont seules évoquées ici : elles sont remarquables en particulier par leurs séries gréseuses de l'Oligocène inférieur (grès du Val d'Illiez et de Taveyannaz) et par l 'existence d'un olistostrome sommital à matériel ultra qui a livré une nannoflore de l' Oligocène moyen. Cet ensemble comprend en fait trois unités structurales superposées - l'unité des Dents du Midi, à grès du Val d ' Illiez (prolongation de la nappe de Morcles), reposant sur l'autochtone des Aiguilles Rouges (et sur sa "Molasse rouge" oligocène) ; - l'unité de Sixt-Haut Giffre, à grès de Taveyannaz (parallèlisable avec la nappe des Diablerets, en particulier du point de vue de ses séries cénozoïques) ; - à ces deux unités vient se superposer l'"olistostrome décollé" ,représentant la partie sommitale de la série delphino- helvétique interne arrachée et entraînée par l'avancée de nappes supérieures (nappe de la Brèche ... ). 2°- la nappe de la Brèche Dotée d'une puissante série sédimentaire riche en niveaux bréchiques et détritiques, allant du Norien au Priabonien , cette nappe présente des affinités sédimentaires avec les domaines subbriançonnais et briançonnais comme avec le domaine piémontais. Son domaine paléogéographique originel est sans doute une zone charnière sur la marge européenne de la Téthys : on le qualifie généralement de "Prépiémontais". 3°- la nappe des Gets Cette dernière unité, considérée comme la plus élevée des Préalpes, appartient à l'ensemble des "Préalpes supérieures". Elle n'a pas de série sédimentaire à proprement parler : c 'est un olistostrome comprenant des lambeaux de séries très internes (liguro- piémontaises : nappes de la Simme et des Dranses... , ligures de type "Apennin septentrional", lombarde ... ) ainsi que des débris de série ophiolitique (gabbros, pillow-lavas, brèches diabasiques hématitiques... ) et de roches cristallines acides (granite ... ). La matrice de cet olistostrome n'a pu être datée avec certitude: tout au plus peut - on remarquer qu'elle doit être post-campanienne (une nannoflore campanienne y a été trouvée) . La structuration de cet olistostrome peut être placée : - soit au cours du Crétacé supérieur: il s'agit alors d'une structuration in situ, dans le domaine liguro-piémontais ; - soit plus tardivement: un âge priabonien étant avancé. Il s'agit alors de la formation d'un olistostrome accompagnant la marche des nappes internes. B. DU POINT DE VUE STRUCTURAL, La reglon a été affectée par plusieurs phases tectoniques se superposant dans Le temps : 1°- au Priabonien-Ologocène inférieur, une phase à mécanisme gravitaire est responsable de la mise en place de la nappe des Gêts sur l'unité de la Brèche encore en position prépiémontaise . 2°- A l'Oligocène supérieur, une phase tangentielle majeure au cours de laquelle s'est structuré le domaine delphino- helvétique et mis en place l'essentiel des Préalpes. En fait, deux mécanismes se succèdent durant cette phase : - le premier s 'effectue de manière souple, par voie humide, l 'avancée des nappes s'accompagnant de la formation d'un olistostrome Oligocène moyen à supérieur ; - le second s' effectue à sec, l'avancée final des unités charriées du Chablais se faisant par cisaillements plats sur coussins de cargneules. 3° -Au Mio-Pliocène, une phase tardive de "wrench-faulting" lors de laquelle des accidents décrochants à composante globale sénestre hachent la région. Ceux- ci se relaient par l'intermédiaire de petits chevauchements qui débitent le massif en écailles . 4° -Au Plio-Quaternaire, une phase finale de bombements transverses à large rayon de courbure détermine de larges synclinaux (tel la cuvette des Gêts) et anticlinaux de nappes largement entaillés par l'érosion (cluse des Gêts) et anticlinaux de nappes largement entaillés par l'érosion (cluse du Rhône valaisan).

“Between the Spheres: Male Characters and the Performance of Femininity in Four Victorian Novels, 1849-1886” définit le célibataire domestique, analyse les effets de l’érosion des frontières entre les domaines public et privé et retrace l’évolution du discours public au sujet de la masculinité dans quatre œuvres: Shirley écrit par Charlotte Brontë, Lady Audley’s Secret de Mary Elizabeth Braddon, Daniel Deronda par George Eliot, et The Strange Case of Dr. Jekyll and Mr. Hyde de Robert Louis Stevenson. En identifiant le célibataire domestique comme personnage récurrent à la dernière moitié du dixneuvième siècle, cette dissertation démontre comment ce personnage arrive à représenter l’incertitude face aux questions de sexualité, non seulement dans des rôles féminins mais aussi dans les positions de l’homme dans la société et la remise en question du concept de la masculinité. Tout comme il y eu de femmes à l’affût de la liberté au-delà du domaine privé, des hommes aussi cherchèrent leur liberté au sein du domaine domestique par des performances féminines. Le célibataire domestique rapporte sur le concept New Woman de cette période par sa tendance de promouvoir de nouvelles définitions de la masculinité victorienne et les limites entre sexes. Le célibataire domestique passe du domaine public, plutôt masculin, vers le domaine privé, plutôt féminin en participitant dans le discours féminin, tel que les sujets de le domesticité, la chastité, la moralité, le mariage, et l’amour. En s’inspirant de l’analyse des domaines public et privé par Jürgen Habermas, cette dissertation revoit les rôles de ces domaines et leur élasticité dans les quatre œuvres en question ainsi que le sort des célibataires domestiques. L’assignation de sexe à ces domaines mena à la recherche de nouveaux formes de masculinité, produisant une définition de mâle liée au statut de la femme dans le domaine privé. Le célibataire domestique se déplace facilement entre ces domaines sans souffrir d’accusations de tendances effeminées ou d’aliénation sociale, à l’encontre des conséquences qu’ont souffert les personnages femelles pour leur comportement inhabituel. Chaque chapitre de cette dissertation considère les changements dans le discours de la sexualité afin de suivre la migration du célibataire domestique du domaine féminin au milieu du dixneuvième siècle jusqu’un nouveau domaine à la fin de siècle qui estompe la distinction rigide crue être en place tout au long de la période victorienne. / “Between the Spheres: Male Characters and the Performance of Femininity in Four Victorian Novels, 1849-1886” defines the domesticated bachelor, examines the effects of the blurring of the boundaries between the public and private spheres, and traces the evolution of the public discourse on masculinity in Charlotte Brontë’s Shirley, Mary Elizabeth Braddon’s Lady Audley’s Secret, George Eliot’s Daniel Deronda, and Robert Louis Stevenson’s The Strange Case of Dr. Jekyll and Mr. Hyde. By identifying the domestic man as a recurrent figure in the second half of the nineteenth century, this dissertation proves how he comes to represent the uncertainty surrounding issues of gender, not only concerning women’s roles, but also men’s positions in society and the re-defining of masculinity. Just as there were women seeking freedom by moving beyond the domestic sphere, there were men seeking a similar liberty by moving from the public into the private sphere by performing femininity. This bachelor is equally significant to the New Woman of this period based on his tendency to open up for discussion new definitions of Victorian masculinity and gender boundaries. The domesticated man moves from the “masculinized” public sphere into the “feminized” private sphere, by engaging in feminine discourse including issues of domesticity, chastity, morality, marriage, and love. Drawing upon Jürgen Habermas’s analysis of public and private spheres, this dissertation re-examines the roles of the spheres, their fluidity in the four works under consideration, and the fate of the domesticated male characters. The gendering of the spheres resulted in the search for new forms of masculinity; this new definition of maleness was extremely dependent on the status of women in the private sphere. The bachelor moves between the spheres without necessarily suffering consequences such as effeminacy and social estrangement, as opposed to “masculine” female characters that did suffer from social stigma resulting from their uncharacteristic behavior. Each chapter considers changes in the discourse of sexuality to account for a re-positioning of the domesticated man from a feminine sphere of activity into a new sphere which, by the end of the century, blurs the rigid distinction thought to be in place throughout the Victorian period.

Parmi les approches de génie logiciel, l'Ingénierie Dirigée par les Modèles (IDM) vise à fournir un cadre qui permet de s'attaquer à la complexité croissante du développement des logiciels dans un paradigme unificateur : elle conçoit l'intégralité du cycle de vie du logiciel comme un processus de production, de raffinement itératif et d'intégration de modèles.<br />Les travaux de cette thèse se placent dans cette mouvance. Nous nous intéressons particulièrement à la problématique de la gestion de la complexité et de la diversité de domaines métier impliqués dans les applications de grande taille, et nous proposons de l'approcher sous une optique IDM.<br />Un domaine est un champ d'expertise, potentiellement partagé par de multiples applications. La connaissance et le savoir-faire développé au sein de ce domaine deviennent des atouts majeurs. Cette expertise peut être formalisée, et surtout réutilisé, sous la forme d'un langage de modélisation dédié, un Domain Specific Language (DSL).<br />Nous proposons une démarche basée sur la description d'un système par divers modèles exprimés dans des langages de modélisation dédiés différents. La composition de modèles permet de modéliser des applications complexes couvrant plusieurs domaines simultanément.<br />L'originalité de notre démarche est que, d'une part, chaque DSL est spécifié par un méta-modèle suffisamment précis pour pouvoir construire, de façon semi-automatique, une machine virtuelle spécialisée du domaine ; c'est cette machine virtuelle qui permet l'exécution des modèles associés. D'autre part, il est possible de composer ces méta-modèles pour définir de nouveaux domaines plus complexes. La composition de méta-modèles permet d'améliorer la modularité, d'obtenir de taux de réutilisation plus importants, et surtout d'obtenir des fonctionnalités plus vastes et sophistiquées que celles des domaines composés.

Les biens publics mobiliers s’entendent comme l’ensemble des biens mobiliers placés dans une relation juridique patrimoniale avec les personnes publiques. Certes, ils se caractérisent par leur mobilité (comme les biens privés mobiliers), c’est-à-dire une aptitude à la circulation, physique et juridique, vectrice de souplesse et de fragilité, favorable à la dissociation de leurs utilités ; mais la question ici centrale est celle de savoir si la propriété publique est toujours un instrument pertinent pour appréhender cette mobilité. Il s’avère que la propriété publique, lorsqu’elle est sollicitée, exerce potentiellement une force d’attraction efficace sur tous les biens publics mobiliers ; elle permet ainsi de freiner leur circulation. En revanche, une fois le bien capté, la propriété publique ne suffit plus à maîtriser l’intégrité des biens publics mobiliers. Elle n’endigue pas leur délitement et leur évaporation naturels. Elle est même concurrencée par d’autres rapports de droit qui, par des dissociations des utilités des biens, par la déliaison entre propriété et utilisation, conduisent à interroger sa pertinence. / Movable public property shall be understood as the set of personal property placed in a patrimonial legal relationship with public entities. These goods are characterized by their mobility (such as movable private property), that is to say an ability to circulate, physically and legally, a flexibility and fragility medium, favouring the dissociation of their utilities. But the central question remains whether public ownership is still a relevant instrument for understanding this mobility. It turns out that public ownership, when called upon, potentially exerts an effective force of attraction on all movable public property; thus it allows slowing down their circulation. However, once the good’s ownership has been claimed, public property law is not sufficient to monitor the integrity of movable public property. It doesn’t stem their natural crumbling and evaporation. It is even challenged by other legal relationships which, by dissociation of goods’ utilities, and by unbinding ownership and use, lead to question its relevance.

Le domaine privé des personnes publiques, ensemble de biens publics classiquementappréhendé par opposition au domaine public, subit actuellement une profonde mutation. Lamodification des critères de définition du domaine privé engendre l’insertion de nouveauxéléments dans cette catégorie juridique, et invite à redéfinir son rôle au sein de laclassification des propriétés publiques. Le domaine privé ne peut plus être perçu comme unpatrimoine que l’administration exploiterait « à titre privé ». Il remplit indéniablement unefonction d’intérêt général, en fournissant des revenus à ses propriétaires, ou en leur offrant dessupports pour mener leurs missions. Le développement des hypothèses d’utilisation des biensdu domaine privé à des fins non financières conduit à formuler une proposition dehiérarchisation des utilités publiques qu’ils sont susceptibles de procurer. Elle permet deconcilier la recherche d’un profit avec les autres objectifs de l’action publique. Cette qualitése reflète dans la définition du régime de la domanialité privée, qui accorde une placesignificative à l’objectif de préservation de la valeur économique d’un patrimoine public, ets’ouvre, en parallèle, à une logique de protection des fonctions d’utilité publique remarquabledont ses biens sont les supports. La mutation de la domanialité privée dessine les contoursd’un nouveau régime juridique, apte à concilier les impératifs de protection avec la recherchede valorisation économique des patrimoines publics, ce dont la domanialité publique estincapable. On peut alors envisager de l’étendre à l’ensemble des biens publics, comme unesolution à la crise que traverse la domanialité publique. / The private domain of public entities, which is the ensemble of public possessions inopposition to the public domain, is facing a deep mutation. Criterias of definition of private domain are changing, which leads to the insertion of new elements in this legal field and to a redifining of its role in public properties classification. The private domain can not be perceived anymore as an heritage that the administration uses in a private capacity. It undeniably has a role for the general interest by granting incomes to its owners or by giving them supports to achieve their assignements. The growing number of hypothesis where assets of the private field are used to non-financial aims lead us to suggest a scale of public interests these usages can lead to. This scale is aimed to reconcile a profit-driven approach with public action other objectives. This is shown by the definition of the system of private domain, which gives much importance to the fonction of preserving the economic value of a public asset while opening up to a logic of protection of its public interests fonctions which are supported by its assets. The mutation of the definition of the private domain draws a new legal system by joining the search for an economic exploitation of public assets with its protection imperatives where the definition of the public domain fails. We can consider to extend this new legal system to the field of public domain to try to counter the crisis it isfacing.

Ce manuscrit propose de nouvelles méthodes d’estimation robustes pour les fonctions matricielles d’autocovariance et d’autocorrélation de séries chronologiques multivariées stationnaires pouvant présenter des valeurs aberrantes aléatoires additives. Ces fonctions jouent un rôle important dans l’identification et l’estimation des paramètres de modèles de séries chronologiques multivariées stationnaires. Nous proposons tout d'abord de nouveaux estimateurs des fonctions matricielles d’autocovariance et d’autocorrélation construits en utilisant une approche spectrale à l'aide du périodogramme matriciel. Comme dans le cas des estimateurs classiques des fonctions d’autocovariance et d’autocorrélation matricielles, ces estimateurs sont affectés par des observations aberrantes. Ainsi, toute procédure d'identification ou d'estimation les utilisant est directement affectée, ce qui entraîne des conclusions erronées. Pour atténuer ce problème, nous proposons l’utilisation de techniques statistiques robustes pour créer des estimateurs résistants aux observations aléatoires aberrantes. Dans un premier temps, nous proposons de nouveaux estimateurs des fonctions d’autocorvariance et d’autocorrélation de séries chronologiques univariées. Les domaines temporel et fréquentiel sont liés par la relation existant entre la fonction d’autocovariance et la densité spectrale. Le périodogramme étant sensible aux données aberrantes, nous obtenons un estimateur robuste en le remplaçant parle $M$-périodogramme. Les propriétés asymptotiques des estimateurs sont établies. Leurs performances sont étudiées au moyen de simulations numériques pour différentes tailles d’échantillons et différents scénarios de contamination. Les résultats empiriques indiquent que les méthodes proposées fournissent des valeurs proches de celles obtenues par la fonction d'autocorrélation classique quand les données ne sont pas contaminées et resistent à différents cénarios de contamination. Ainsi, les estimateurs proposés dans cette thèse sont des méthodes alternatives utilisables pour des séries chronologiques présentant ou non des valeurs aberrantes. Les estimateurs obtenus pour des séries chronologiques univariées sont ensuite étendus au cas de séries multivariées. Cette extension est simplifiée par le fait que le calcul du périodogramme croisé ne fait intervenir que les coefficients de Fourier de chaque composante de la série. Le $M$-périodogramme matriciel apparaît alors comme une alternative robuste au périodogramme matriciel pour construire des estimateurs robustes des fonctions matricielles d’autocovariance et d’autocorrélation. Les propriétés asymptotiques sont étudiées et des expériences numériques sont réalisées. Comme exemple d'application avec des données réelles, nous utilisons les fonctions proposées pour ajuster un modèle autoregressif par la méthode de Yule-Walker à des données de pollution collectées dans la région de Vitória au Brésil.Enfin, l'estimation robuste du nombre de facteurs dans les modèles factoriels de grande dimension est considérée afin de réduire la dimensionnalité. En présence de valeurs aberrantes, les critères d’information proposés par Bai & Ng (2002) tendent à surestimer le nombre de facteurs. Pour atténuer ce problème, nous proposons de remplacer la matrice de covariance standard par la matrice de covariance robuste proposée dans ce manuscrit. Nos simulations montrent qu'en l'absence de contamination, les méthodes standards et robustes sont équivalentes. En présence d'observations aberrantes, le nombre de facteurs estimés augmente avec les méthodes non robustes alors qu'il reste le même en utilisant les méthodes robustes. À titre d'application avec des données réelles, nous étudions des concentrations de polluant PM$_{10}$ mesurées dans la région de l'Île-de-France en France. / This manuscript proposes new robust estimation methods for the autocovariance and autocorrelation matrices functions of stationary multivariates time series that may have random additives outliers. These functions play an important role in the identification and estimation of time series model parameters. We first propose new estimators of the autocovariance and of autocorrelation matrices functions constructed using a spectral approach considering the periodogram matrix periodogram which is the natural estimator of the spectral density matrix. As in the case of the classic autocovariance and autocorrelation matrices functions estimators, these estimators are affected by aberrant observations. Thus, any identification or estimation procedure using them is directly affected, which leads to erroneous conclusions. To mitigate this problem, we propose the use of robust statistical techniques to create estimators resistant to aberrant random observations.As a first step, we propose new estimators of autocovariance and autocorrelation functions of univariate time series. The time and frequency domains are linked by the relationship between the autocovariance function and the spectral density. As the periodogram is sensitive to aberrant data, we get a robust estimator by replacing it with the $M$-periodogram. The $M$-periodogram is obtained by replacing the Fourier coefficients related to periodogram calculated by the standard least squares regression with the ones calculated by the $M$-robust regression. The asymptotic properties of estimators are established. Their performances are studied by means of numerical simulations for different sample sizes and different scenarios of contamination. The empirical results indicate that the proposed methods provide close values of those obtained by the classical autocorrelation function when the data is not contaminated and it is resistant to different contamination scenarios. Thus, the estimators proposed in this thesis are alternative methods that can be used for time series with or without outliers.The estimators obtained for univariate time series are then extended to the case of multivariate series. This extension is simplified by the fact that the calculation of the cross-periodogram only involves the Fourier coefficients of each component from the univariate series. Thus, the $M$-periodogram matrix is a robust periodogram matrix alternative to build robust estimators of the autocovariance and autocorrelation matrices functions. The asymptotic properties are studied and numerical experiments are performed. As an example of an application with real data, we use the proposed functions to adjust an autoregressive model by the Yule-Walker method to Pollution data collected in the Vitória region Brazil.Finally, the robust estimation of the number of factors in large factorial models is considered in order to reduce the dimensionality. It is well known that the values random additive outliers affect the covariance and correlation matrices and the techniques that depend on the calculation of their eigenvalues and eigenvectors, such as the analysis principal components and the factor analysis, are affected. Thus, in the presence of outliers, the information criteria proposed by Bai & Ng (2002) tend to overestimate the number of factors. To alleviate this problem, we propose to replace the standard covariance matrix with the robust covariance matrix proposed in this manuscript. Our Monte Carlo simulations show that, in the absence of contamination, the standard and robust methods are equivalent. In the presence of outliers, the number of estimated factors increases with the non-robust methods while it remains the same using robust methods. As an application with real data, we study pollutant concentrations PM$_{10}$ measured in the Île-de-France region of France. / Este manuscrito é centrado em propor novos métodos de estimaçao das funçoes de autocovariancia e autocorrelaçao matriciais de séries temporais multivariadas com e sem presença de observaçoes discrepantes aleatorias. As funçoes de autocovariancia e autocorrelaçao matriciais desempenham um papel importante na analise e na estimaçao dos parametros de modelos de série temporal multivariadas. Primeiramente, nos propomos novos estimadores dessas funçoes matriciais construıdas, considerando a abordagem do dominio da frequencia por meio do periodograma matricial, um estimador natural da matriz de densidade espectral. Como no caso dos estimadores tradicionais das funçoes de autocovariancia e autocorrelaçao matriciais, os nossos estimadores tambem sao afetados pelas observaçoes discrepantes. Assim, qualquer analise subsequente que os utilize é diretamente afetada causando conclusoes equivocadas. Para mitigar esse problema, nos propomos a utilizaçao de técnicas de estatistica robusta para a criaçao de estimadores resistentes as observaçoes discrepantes aleatorias. Inicialmente, nos propomos novos estimadores das funçoes de autocovariancia e autocorrelaçao de séries temporais univariadas considerando a conexao entre o dominio do tempo e da frequencia por meio da relaçao entre a funçao de autocovariancia e a densidade espectral, do qual o periodograma tradicional é o estimador natural. Esse estimador é sensivel as observaçoes discrepantes. Assim, a robustez é atingida considerando a utilizaçao do Mperiodograma. O M-periodograma é obtido substituindo a regressao por minimos quadrados com a M-regressao no calculo das estimativas dos coeficientes de Fourier relacionados ao periodograma. As propriedades assintoticas dos estimadores sao estabelecidas. Para diferentes tamanhos de amostras e cenarios de contaminaçao, a performance dos estimadores é investigada. Os resultados empiricos indicam que os métodos propostos provem resultados acurados. Isto é, os métodos propostos obtêm valores proximos aos da funçao de autocorrelaçao tradicional no contexto de nao contaminaçao dos dados. Quando ha contaminaçao, os M-estimadores permanecem inalterados. Deste modo, as funçoes de M-autocovariancia e de M-autocorrelaçao propostas nesta tese sao alternativas vi aveis para séries temporais com e sem observaçoes discrepantes. A boa performance dos estimadores para o cenario de séries temporais univariadas motivou a extensao para o contexto de séries temporais multivariadas. Essa extensao é direta, haja vista que somente os coeficientes de Fourier relativos à cada uma das séries univariadas sao necessarios para o calculo do periodograma cruzado. Novamente, a relaçao de dualidade entre o dominio da frequência e do tempo é explorada por meio da conexao entre a funçao matricial de autocovariancia e a matriz de densidade espectral de séries temporais multivariadas. É neste sentido que, o presente artigo propoe a matriz M-periodograma como um substituto robusto à matriz periodograma tradicional na criaçao de estimadores das funçoes matriciais de autocovariancia e autocorrelaçao. As propriedades assintoticas sao estudas e experimentos numéricos sao realizados. Como exemplo de aplicaçao à dados reais, nos aplicamos as funçoes propostas no artigo na estimaçao dos parâmetros do modelo de série temporal multivariada pelo método de Yule-Walker para a modelagem dos dados MP10 da regiao de Vitoria/Brasil. Finalmente, a estimaçao robusta dos numeros de fatores em modelos fatoriais aproximados de alta dimensao é considerada com o objetivo de reduzir a dimensionalidade. Ésabido que dados discrepantes afetam as matrizes de covariancia e correlaçao. Em adiçao, técnicas que dependem do calculo dos autovalores e autovetores dessas matrizes, como a analise de componentes principais e a analise fatorial, sao completamente afetadas. Assim, na presença de observaçoes discrepantes, o critério de informaçao proposto por Bai & Ng (2002) tende a superestimar o numero de fatores. [...]

La tomographie optique diffuse (DOT) se caractérise par l’utilisation de la lumière dans un régime de propagation diffusif pour sonder les tissus biologiques. L’utilisation de marqueurs fluorescents permet de cibler des processus biologiques précis (tomographie optique diffuse en fluorescence - FDOT) et d’améliorer le contraste dans les images obtenues. Les applications typiques de la DOT/FDOT sont la mammographie laser, l’imagerie cérébrale de nouveau-nés et les investigations non-invasives sur petits animaux, notamment pour l’imagerie moléculaire. Le présent projet fait partie du programme de recherche TomOptUS dirigé par le professeur Yves Bérubé-Lauzière. Un scanner optique pour petits animaux y est en cours de développement. Ce scanner possède la particularité de fonctionner avec une prise de mesures sans contact dans le domaine temporel. La première partie du projet a pour point de départ l’algorithme développé en FDOT par Vincent Robichaud qui permet la localisation spatiale d’une seule inclusion fluorescente ponctuelle immergée dans un milieu diffusant homogène ayant une géométrie cylindrique. Une nouvelle approche de localisation pour une pluralité d’inclusions discrètes est ici introduite. Cette dernière exploite l’information contenue dans le temps de vol des premiers photons provenant d’une émission de fluorescence. Chaque mesure permet de définir un lieu géométrique où une inclusion peut se trouver : ces lieux prennent la forme d’ovales en 2D ou d’ovoïdes en 3D. À partir de ces lieux, une carte de probabilité de présence des inclusions est construite : les maxima de la carte correspondent à la position des inclusions. Cette approche géométrique est soutenue par des simulations Monte Carlo en fluorescence dans des milieux reproduisant les propriétés optiques des tissus biologiques. Plusieurs expériences sont ensuite effectuées sur une mire optique homogène répliquant les propriétés optiques des tissus dans lequel des inclusions remplies de vert d’indocyanine (ICG) sont placées. L’approche permet la localisation avec une erreur positionnelle de l’ordre du millimètre. Les résultats démontrent que l’approche est précise, rapide et efficace pour localisation des inclusions fluorescentes dans un milieu hautement diffusant mimant les tissus biologiques. Des simulations Monte Carlo sur un modèle réaliste de souris montrent la faisabilité de la technique pour l’imagerie sur petits animaux. Le second volet de la thèse s’intéresse aux mesures intrinsèques par le développement d’une approche de reconstruction d’une carte des vitesses de propagation des ondes lumineuses diffuses dans un milieu diffusant hétérogène. De telles vitesses constituent un nouveau contraste pour de l’imagerie DOT. La méthode utilise une configuration en faisceaux lumineux analogue aux méthodes utilisées en tomographie par rayons X. Ici, toutefois, les temps d’arrivée des premiers photons sont utilisés plutôt que l’amplitude du signal. Des résultats sont présentés en 2D pour différentes configurations d’inclusions démontrant la validité de l’approche. Des simulations Monte Carlo sont utilisées pour simuler la propagation intrinsèque dans des milieux hétérogènes et pour venir appuyer la démarche.

Un environnement d'apprentissage hypermédia se caractérise par un haut niveau de contrôle de l'apprenant sur son épisode d'apprentissage: Or, ce haut niveau de contrôle ne bénéficie pas à tous les apprenants selon certaines différences interindividuelles Les objectifs de cette étude sont donc de déterminer le(s) facteur(s) influençant l'utilisation des fonctions de contrôle dans un environnement d'apprentissage hypermédia, et de comprendre comment il(s) influence(nt) à la fois l'utilisation de l'environnement d'apprentissage et les performances d'apprentissage. Les premières expériences permettent de souligner l'importance du niveau de connaissances préalables des apprenants dans le domaine. En effet, en situation d'apprentissage hypermédia, les apprenants n'ayant pas ou peu de connaissances préalables dans le domaine adoptent des stratégies de consultation non appropriées (Etude 1). Or, lorsque le contrôle du séquençage est limité, il est observé que ces mêmes apprenants mettent en place des comportements de navigation plus pertinents, obtiennent de meilleures performances d'apprentissage (Etude 2) et éprouvent moins de difficultés à évaluer leur niveau de connaissances réel en fin de consultation (Etude 3). L'utilisation d'une méthode d'enregistrement des mouvements oculaires couplée à un protocole verbal différé met en évidence une activité métacognitive plus importante de ces apprenants (Etude 4). Ainsi, les apprenants en situation de contrôle libre ou limité de l'épisode d'apprentissage se différencient-ils concernant la charge cognitive liée à l'utilisation de l'environnement hypermédia en lui-même et la pertinence des traitements cognitifs réalisés sur le contenu informationnel (Etude 5). La cohérence de cet ensemble d'études étant établie (Etude 6), les résultats sont discutés en termes de retombées pour la conception d'environnements hypermédias pour l'apprentissage

Les neurotoxines botuliques (BoNTs), toxines les plus efficaces connues, sont responsables du botulisme. Elles inhibent la libération d'acétylcholine aux jonctions neuromusculaires causant des paralysies flasques. Lors de l'intoxication, la BoNT se lie à ses récepteurs à la surface des neurones, puis est internalisée par endocytose. L'interaction de son domaine de translocation avec la membrane à l'intérieur de compartiments cellulaires acides permet le passage du domaine catalytique dans le cytosol. Le domaine de translocation de BoNT/A (Tm) a été exprimé à partir d'un gène de synthèse. L'insertion de Tm dans la membrane et son activité sont dépendantes du pH et apparaissent dès pH 5,5. Aucun changement de structure n'est détecté par spectroscopie. Cependant, la formation d'une structure quaternaire n'est pas exclue. L'activité de Tm est aussi sensible à la courbure de la membrane, ce qui pourrait permettre une régulation supplémentaire de sa fonction.<br /><br />L'apomyoglobine appartient à la famille des protéines à repliement de type globine, comme certaines toxines bactériennes. Son interaction avec la membrane présente de fortes homologies avec celle du domaine de translocation de la toxine diphtérique. Ce processus à deux étapes (liaison puis insertion) est dépendant du pH et requiert le passage par un état partiellement replié. Pour chaque étape, les régions impliquées ont été localisées par des expériences d'échanges Hydrogène/Deuterium analysées par spectrométrie de masse. La liaison à la bicouche se fait par une hélice amphiphile, puis une hélice hydrophobe intervient pour l'insertion. Cette dernière n'est accessible qu'après formation de l'état partiellement replié.