A presença de microssatélites no genoma de Echinococcus granulosus foi verificada utilizando-se oito oligonucleotídeos com repetições como sondas (GT15, CT15, AT15, CG15, CAT10, CAA10, CGG10 e CATA10). Experimentos de hibridização revelaram que as repetições GT, CAA, CATA e CT são as mais frequentes no genoma de E. granulosus. As sondas AT e GC não apresentaram sinais de hibridização. Seis lócus contendo repetições CA/GT, quatro lócus contendo repetições GA/CT e oito lócus contendo repetições AAC/GGT foram clonados e sequenciados. O lócus Egmsca1 foi analisado em 73 isolados do Brasil e da Argentina cujas linhagens haviam sido previamente caracterizadas e em 27 isolados provenientes da Etiópia cujas linhagens ainda não foram identificadas. Os isolados brasileiros da linhagem bovina e os isolados argentinos da linhagem do camelo apresentaram-se monomórficos e compartilharam o alelo (CA)7. Isolados argentinos das linhagens da ovelha e da ovelha da Tasmânia compartilharam dois alelos [(CA)8 e (CA)10] com os isolados brasileiros da linhagem da ovelha. O alelo (CA)11 foi encontrado somente em isolados brasileiros da linhagem da ovelha em uma baixa frequência. O alelo (CA)9 ocorreu apenas em um isolado da Etiópia. As populações brasileira e argentina da linhagem da ovelha foram testadas em relação ao equilíbrio de Hardy-Weinberg e somente a primeira estava de acordo com as expectativas. Protoescólices isolados de um único cisto hidático não apresentaram polimorfismo, validando a utilização de protoescólices de um mesmo cisto, agrupados como um isolado, em estudos populacionais. Um microssatélite contendo repetições de pentanucleotídeos, contido no complexo gênico do snRNA U1, também foi isolado. Este estudo descreve pela primeira vez o isolamento e caracterização de microssatélites em E. granulosus.

Embora a Transferência de embriões venha sendo empregada há mais de 30 anos e inúmeras pesquisas atuais realizadas, a variabilidade da resposta à superovulação (SOV) continua sendo o principal fator que limita o emprego mais amplo desta tecnologia, existindo a necessidade de procedimentos ou um melhor conhecimento dos fatores que interferem na resposta a SOV e desta forma possibilitar um aumento no número médio de embriões viáveis por coleta. A investigação de marcadores moleculares pode ser uma ferramenta útil para identificar precocemente algumas características reprodutivas que somente irão se expressar quando o indivíduo atingir a maturidade sexual ou ainda após o primeiro parto. Para tanto, foram investigados, através de reação em cadeia da polimerase (PCR), marcadores moleculares (repetições curtas em tandem e polimorfismos de um único nucleotídeo), localizados nos mesmos cromossomos e próximos aos genes envolvidos com o recrutamento e crescimento folicular, a saber: LHβ, FSHβ, IGF-IR e Leptina, que em estudos anteriores, mostraram estar associados a um melhor desempenho reprodutivo. Adicionalmente, foi investigado o gene do receptor do FSH. Foram estudados 60 fêmeas da raça Nelore (N) e 59 da Aberdeen Angus (AA), sendo divididas em dois grupos, conforme a sua produção de embriões viáveis, em três coletas consecutivas, de baixa produção (30 N e 29 AA), com até 6 embriões e de alta, acima de seis (30 N e 30 AA). A variação observada do número de alelos detectados nas raças Nelore e Angus foi de 2 a 8 e 1 a 10, respectivamente. As duas raças não apresentaram freqüências alélicas semelhantes em nenhum dos sistemas estudados e alguns alelos foram observados somente em uma das raças, como para a raça Angus BMS3004*129, HEL5*161, e para o Nelore BMS3004*132, *138, HEL5*149 e AFZ*111. Foram encontradas algumas associações, para a raça Nelore; no sistema BMS4325, a presença do alelo *97 não foi favorável à produção de embriões, ao contrário do alelo *105. Para o sistema IDVGA51 o alelo *175 permitiu que as doadoras carreadoras deste alelo produzissem mais embriões, enquanto que o alelo *181 foi desvantajoso. No marcador ILSTS002 a presença do alelo *135, nas doadoras, levou-as a serem incluídas na classe de baixa produção embrionária. Já para o sistema AFZ1 as vacas possuidoras do alelo *119 produziram acima de 6 embriões. Os alelos *151 e *153 do sistema HEL5 permitiram que suas carreadoras produzissem um menor e um maior número de embriões viáveis, respectivamente. Os animais homozigotos da raça A. Angus para o sistema LEPSau3A1(A/B) produziram mais embriões quando comparado aos heterozigotos. Em conclusão, é possível sugerir a utilização de alguns dos sistemas estudados para selecionar, previamente, a produção de embriões em doadoras, principalmente em raças em evolução, como a Nelore, mas esta tecnologia não seria apropriada para rebanhos seletivamente estáveis, como o A. Angus, aqui investigado. / The embryo transfer in cattle have been used for over thirty years and several studies have been undertaken in this period. The variability in the superovulatory (SOV) response of donor cows remains the major constraint for a more widespread use of this technique. The development of new procedures and/or better knowledge of the factors interfering in SOV methodologies was needed, to increase the number of viable embryos obtained per superovulated cow. The Study of molecular markers could be useful to identify early in life the cows with better responses to SOV procedures. Studies were made to accomplish this objective employing molecular markers (tandem repeated sequences and single nucleotide polymorphism) located on the same chromosomes and near to genes involved with follicular development an selection, such as: LHβ, FSHβ, IGF-IR and Leptin, which were found associated with increased reproductive traits in previous studies. Additionally, the gene of FSH receptor was investigated. Sixty Nellore (N) cows and fifty nine Aberdeen Angus (AA) cows were stratified in two groups in accordance their production of viable embryos after at least three SOV procedures. The low production group includes 30 N and 29 AA cows with a embryo recovery rate up to six embryos and the high production group with embryo recover rate higher than six. The observed variation in the total number of alleles was 2-8 in Nellore and 1-10 in Aberdeen Angus cows. Both breeds did not present similarity in the allele frequencies of the studied systems, and some alleles were restricted to only in one breed, such as BMS3004*129, HEL5*161, only found in Angus and BMS3004*132,*138, HEL5*149 e AFZ*111 in Nellore. For the Nellore breed some associations were found: on system BMS4325, when the presence of the allele *97 did not favor embryo production, contrasting with the allele *105; on system IDVGA51, the allele *175 favored embryo production, contrasting with the allele *181; on system ILSTS002, in which the presence of the allele *135 was only found in the cows in the low production group; on the system AFZ1, the presence of the allele *119 agrees with the inclusion of the cows in high production group; on system HEL5, the alleles *151 e *153 agrees with the classification of the cows respectively in the groups of low and higher number of embryo recovery. In Aberdeen Angus breed homozygous cows for system LEPSau3A1(A/B) produces more embryos than heterozygous ones. In conclusion, it is possible to suggest that employing the studied systems would to contribute to early selection of donor cows of the Nellore breed, but it should not be useful for more stable breeds such as A. Angus.

O Brasil tem uma posição de destaque no setor de negócios avícola mundial. Esta posição é resultado de uma atividade com alto grau de desenvolvimento tecnológico, destacando-se os avanços na área da genética. Características produtivas importantes têm sido o foco dos melhoristas de galinhas. Entretanto, em termos de selecionar aves visando o aumento da resistência a doenças, pouco ou nada tem sido feito. Recentemente, a avicultura nacional voltou-se para o resgate desta característica e uma série de linhagens mais rústicas, as chamadas linhagens caipiras, têm sido desenvolvidas. Este resgate, porém tem se baseado apenas em traços fenotípicos de rusticidade, não se levando em consideração as bases da genética molecular dos mesmos. A grande maioria das doenças que atacam as galinhas é de origem vírica, sendo os genes B-F (classe I- do MHC) os principais responsáveis pelo desencadeamento da resposta imune a estes agentes. Logo, tornam-se necessárias maiores investigações nestes genes para obter-se um melhor conhecimento sobre a imunidade aos vírus, possibilitando medidas que incrementem esta imunidade. Tais investigações ainda não tinham sido realizadas em galinhas caipiras brasileiras. Das técnicas utilizadas para genotipar os genes B-F o seqüenciamento de DNA é a única que apresenta 100% de fidelidade; entretanto, é cara e trabalhosa. Assim, técnicas mais ágeis e baratas e que apresentem resultados significantes para esta finalidade são sempre pertinentes. Recentemente, um microssatélite (LEI0258) foi descrito numa localização muito próxima da região dos genes B-F, o qual tem-se mostrado uma ótima ferramenta para genotipar os haplótipos B-F; mas novamente, não havia estudos a respeito em aves caipiras. Este trabalho teve por finalidade investigar a variabilidade dos genes B-F, através da técnica de seqüenciamento do DNA, e deduzir as seqüências de aminoácidos codificadas pelos alelos destes genes encontrados em galinhas caipiras brasileiras de ovos azuis. Concomitantemente, procurou-se estudar o polimorfismo do microssatélite LEI0258 em duas populações desses animais (caipiras de ovos azuis criadas livremente e a linhagem caipira Paraíso Pedrês), assim como a relação dos alelos LEI0258 com os alelos ou haplótipos B-F na amostra de aves de ovos azuis. Os resultados e conclusões alcançados podem ser resumidos como segue: 1. Vinte e seis diferentes seqüências nucleotídicas B-F de DNA, que correspondem ao fragmento que vai do exon 2 ao 4 destes genes, foram detectadas na amostra de galinhas caipiras brasileiras de ovos azuis. Dez seqüências foram similares as já descritas para aves comerciais mas 16 foram inéditas. Este resultado demonstra uma grande variabilidade, a maioria da qual ainda não detectada, apresentada por estes genes nestas aves. Em alguns animais foram amplificados os dois genes B-F (B-FI e B-FIV) mas em outros, aparentemente, apenas um deles. Conclui-se que em algumas aves o fragmento analisado possa ser idêntico para os dois genes, e portanto a mesma seqüência para ambos esteja sendo detectada. Entretanto, é possível que alterações na seqüência alvo dos iniciadores utilizados possam impedir a amplificação de determinados alelos. 2. Foi observada a diferença de expressão apresentada pelos genes B-F na análise do cDNA de três animais que diferiram quanto ao número de seqüências de DNA amplificadas. (a) animal no. 169 (*CC1/*CC12): dos oito clones analisados, cinco foram *CC1 e três *CC12; (b) no. 125 (*CC7-1/*CC7-2/*CC13): 14 clones, 13 *CC7-1, um *CC13, nenhum *CC7-2; e (c) no. 132 (*CC3-1/*CC3-2/*CC4-1/*CC4-2): seis clones, três *CC3-1, três *CC4-1, nenhum *CC3-2 ou *CC4-2. A ausência de amplificação dos clones *CC3-2, *CC4-2 e *CC7-2 deve ter sido devida aos seus baixos níveis de expressão. O fato de que, dos 14 clones analisados do animal 125, 13 foram *CC7-1 sugere que, além da diferença de expressão entre os lócus B-F, pode haver também diferenças de expressão entre alelos B-F dentro de um mesmo lócus. 3. Trinta e nove diferentes seqüências de aminoácidos dos domínios 1 e 2 foram geradas a partir de 45 seqüências nucleotídicas (23 obtidas no presente trabalho e outras 22 retiradas da literatura). Três outras seqüências caipiras (*CC18, *CC19 e *CC20) determinadas posteriormente a esta análise, não foram incluídas na predição. Das 13 seqüências caipiras ainda inéditas utilizadas, dez condicionam diferenças na composição de aminoácidos quando comparadas com as já descritas. Estas são de particular interesse em futuras investigações de diferenças na resposta a patógenos. 4. Ao todo foram encontrados 15 alelos LEI0258, e o tamanho destes variou de 205 a 457 pb. Nove alelos mostraram-se presentes nas duas populações, e cada população apresentou três alelos específicos. Este grande polimorfismo habilita este microssatélite a ser utilizado como um bom marcador molecular para estudos futuros de variabilidade populacional, de paternidade e de endogamia, entre outros. 5. Foi observado um desequilíbrio de ligação total entre o lócus do microssatélite e os lócus B-F. Esta associação permite a tipagem parcial dos haplótipos B-F através deste microssatélite. Nos casos em que não se tem alelos deste microssatélite exclusivos para cada um dos haplótipos B-F, pode-se utilizá-los associados à técnica de PCR alelo-específico (PCR-SSP), pois a verificação da ocorrência de um alelo LEI0258 específico restringiria a determinação para dois ou três haplótipos B-F apenas, o que, de qualquer modo, é mais acessível do que o seqüenciamento. Esta associação também capacita os alelos LEI0258 a serem utilizados em programas de melhoramento genético de resistência a patógenos através da seleção assistida por marcadores, já que é mais fácil e rápido analisar uma população pelo método da PCR do que pelo do seqüenciamento. / Brazil has a distinguished position in the world of poultry business. This position is due to an activity involving a high degree of technological development, with emphasis in the advances in the area of genetics. Important production characteristics have been the focus of chicken breeders. However, in the area of disease resistance nothing, or very little, have been done. Recently the Brazilian poultry breeders turned to the investigation of this characteristic, and a series of rustic lines, the so-called “caipira” lines, had been developed. But these studies are based just in phenotypic traits, no consideration being given to their molecular genetic bases. The large majority of the diseases which attack chickens is of viral origin, the B-F (MHC class I-) genes being the main responsible for the development of the immune response to these agents. Therefore, more investigation on these genes is needed, to obtain a better knowledge of this viral immunity, thus making possible measures that would enhace such immunity. Investigations of this type had not been performed to date in Brazilian Caipira chicken. Of the techniques used to genotype the B-F genes, DNA sequencing is the only one that is 100% reliable; however, it is costly and demand much work. Easier and more cheap techniques, which would give significant results for this task, are naturally welcome. Recently a microsatellite (LEI0258) was described which is located in a region that is close to that of the B-F genes, and this microsatellite is being used with good results to genotype the B-F haplotypes; but again, no such studies had been performed in Brazilian Caipira chickens with this purpose. The objective of this work is to investigate the variability of the B-F genes through DNA sequencing, and to deduce the amino acid sequences which are coded by the alleles of these genes which are found in blue-egg Caipira Brazilian chicken. Concomitantly the polymorphism of the LEI0258 microsatellite was investigated in two populations of such animals (blue-egg Caipira chicken raised freely, and the Paraíso Pedrês Caipira line), as well as the relationship between the LEI0258 alleles with B-F alleles or haplotypes in the blue-egg Caipira sample. The results and conclusions found can be summarized as follows: 1. Twenty-six different DNA B-F nucleotide sequences were detected in the Brazilian blue-egg Caipira chickens. They correspond to a fragment located between exons 2 and 4 of these genes. Ten sequences were similar to those already described for commercial fowl, but 16 had not been described to date. This result indicates a large variability, the majority of which was undetected, for these genes in these birds. In some animals the two B-F (B-FI and B-FIV) genes had been amplified, but in others, apparently, just one. The inference is that in some birds the analyzed fragment could be the same for both genes, and that therefore the same sequence for both was being detected. However, it is possible that changes in the primers’ target sequences may prevent the amplification of certain alleles. 2. Expression differences in the B-F genes were observed in the cDNA analysis of these animals, which differed in the number of amplified DNA sequences. (a) Animal no. 169 (*CC1/*CC12): of the eight clones analyzed, five were *CC1 and three CC12; (b) no. 125 (*CC7-1/*CC7-2/*CC13): 14 clones, 13 *CC7-1, one *CC13, none *CC7-2; and (c) no. 132 (*CC3-1/*CC3-2/*CC4-1/*CC4-2): six clones, three *CC3-1, three *CC4-1, none *CC3-2 or *CC4-2. The absence of amplification of the *CC3-2, *CC4-2, and *CC7-2 clones can be due to their low expression levels. The fact that of the 14 clones recovered from animal 125 13 were *CC7-1 suggests that besides the B-F interloci expression differences, B-F intralocus differences may occur as well. 3. Thirty-nine different amino acid sequences from the 1 and 2 domains were generated from 23 nucleotide sequences obtained in the present work and 22 others reported in the literature. Three other Caipira sequences (*CC18, *CC19, and *CC20), determined after this analysis, were not included in it. Of the 13 new Caipira sequences used, ten condition amino acid differences in relation to those already described. They are, therefore, of special interest in future investigations related to responses to pathogens. 4. A total of 15 LEI0258 alleles were found, and their sizes varied from 205 to 457 bp. Nine alleles occurred in both populations while each population presented three specific alleles. This high degree of polymorphism determines that this microsatellite should be useful as a molecular marker in future studies of population variability, paternity, and inbreeding, among others. 5. A total linkage desequilibrium was found between the LEI0258 and B-F loci. This association allows partial typing of the B-F haplotypes through this microsatellite. In cases in which there is no microsatellite allele which is exclusive to a given B-F haplotype, the system can still be used associated to the allele-specific PCR (SSP-PCR) technique, since the establishment of the occurrence of a specific LEI0258 allele would restrict the determination to two or three B-F haplotypes only, simplifying the process in relation to sequencing. This association also allows the LEI0258 to be used in genetic breeding programs of pathogen-resistance based on markers assisted selection, since it would be easier and faster to analyze a population using PCR instead of sequencing methods.

A presença de microssatélites no genoma de Echinococcus granulosus foi verificada utilizando-se oito oligonucleotídeos com repetições como sondas (GT15, CT15, AT15, CG15, CAT10, CAA10, CGG10 e CATA10). Experimentos de hibridização revelaram que as repetições GT, CAA, CATA e CT são as mais frequentes no genoma de E. granulosus. As sondas AT e GC não apresentaram sinais de hibridização. Seis lócus contendo repetições CA/GT, quatro lócus contendo repetições GA/CT e oito lócus contendo repetições AAC/GGT foram clonados e sequenciados. O lócus Egmsca1 foi analisado em 73 isolados do Brasil e da Argentina cujas linhagens haviam sido previamente caracterizadas e em 27 isolados provenientes da Etiópia cujas linhagens ainda não foram identificadas. Os isolados brasileiros da linhagem bovina e os isolados argentinos da linhagem do camelo apresentaram-se monomórficos e compartilharam o alelo (CA)7. Isolados argentinos das linhagens da ovelha e da ovelha da Tasmânia compartilharam dois alelos [(CA)8 e (CA)10] com os isolados brasileiros da linhagem da ovelha. O alelo (CA)11 foi encontrado somente em isolados brasileiros da linhagem da ovelha em uma baixa frequência. O alelo (CA)9 ocorreu apenas em um isolado da Etiópia. As populações brasileira e argentina da linhagem da ovelha foram testadas em relação ao equilíbrio de Hardy-Weinberg e somente a primeira estava de acordo com as expectativas. Protoescólices isolados de um único cisto hidático não apresentaram polimorfismo, validando a utilização de protoescólices de um mesmo cisto, agrupados como um isolado, em estudos populacionais. Um microssatélite contendo repetições de pentanucleotídeos, contido no complexo gênico do snRNA U1, também foi isolado. Este estudo descreve pela primeira vez o isolamento e caracterização de microssatélites em E. granulosus.

Embora a Transferência de embriões venha sendo empregada há mais de 30 anos e inúmeras pesquisas atuais realizadas, a variabilidade da resposta à superovulação (SOV) continua sendo o principal fator que limita o emprego mais amplo desta tecnologia, existindo a necessidade de procedimentos ou um melhor conhecimento dos fatores que interferem na resposta a SOV e desta forma possibilitar um aumento no número médio de embriões viáveis por coleta. A investigação de marcadores moleculares pode ser uma ferramenta útil para identificar precocemente algumas características reprodutivas que somente irão se expressar quando o indivíduo atingir a maturidade sexual ou ainda após o primeiro parto. Para tanto, foram investigados, através de reação em cadeia da polimerase (PCR), marcadores moleculares (repetições curtas em tandem e polimorfismos de um único nucleotídeo), localizados nos mesmos cromossomos e próximos aos genes envolvidos com o recrutamento e crescimento folicular, a saber: LHβ, FSHβ, IGF-IR e Leptina, que em estudos anteriores, mostraram estar associados a um melhor desempenho reprodutivo. Adicionalmente, foi investigado o gene do receptor do FSH. Foram estudados 60 fêmeas da raça Nelore (N) e 59 da Aberdeen Angus (AA), sendo divididas em dois grupos, conforme a sua produção de embriões viáveis, em três coletas consecutivas, de baixa produção (30 N e 29 AA), com até 6 embriões e de alta, acima de seis (30 N e 30 AA). A variação observada do número de alelos detectados nas raças Nelore e Angus foi de 2 a 8 e 1 a 10, respectivamente. As duas raças não apresentaram freqüências alélicas semelhantes em nenhum dos sistemas estudados e alguns alelos foram observados somente em uma das raças, como para a raça Angus BMS3004*129, HEL5*161, e para o Nelore BMS3004*132, *138, HEL5*149 e AFZ*111. Foram encontradas algumas associações, para a raça Nelore; no sistema BMS4325, a presença do alelo *97 não foi favorável à produção de embriões, ao contrário do alelo *105. Para o sistema IDVGA51 o alelo *175 permitiu que as doadoras carreadoras deste alelo produzissem mais embriões, enquanto que o alelo *181 foi desvantajoso. No marcador ILSTS002 a presença do alelo *135, nas doadoras, levou-as a serem incluídas na classe de baixa produção embrionária. Já para o sistema AFZ1 as vacas possuidoras do alelo *119 produziram acima de 6 embriões. Os alelos *151 e *153 do sistema HEL5 permitiram que suas carreadoras produzissem um menor e um maior número de embriões viáveis, respectivamente. Os animais homozigotos da raça A. Angus para o sistema LEPSau3A1(A/B) produziram mais embriões quando comparado aos heterozigotos. Em conclusão, é possível sugerir a utilização de alguns dos sistemas estudados para selecionar, previamente, a produção de embriões em doadoras, principalmente em raças em evolução, como a Nelore, mas esta tecnologia não seria apropriada para rebanhos seletivamente estáveis, como o A. Angus, aqui investigado. / The embryo transfer in cattle have been used for over thirty years and several studies have been undertaken in this period. The variability in the superovulatory (SOV) response of donor cows remains the major constraint for a more widespread use of this technique. The development of new procedures and/or better knowledge of the factors interfering in SOV methodologies was needed, to increase the number of viable embryos obtained per superovulated cow. The Study of molecular markers could be useful to identify early in life the cows with better responses to SOV procedures. Studies were made to accomplish this objective employing molecular markers (tandem repeated sequences and single nucleotide polymorphism) located on the same chromosomes and near to genes involved with follicular development an selection, such as: LHβ, FSHβ, IGF-IR and Leptin, which were found associated with increased reproductive traits in previous studies. Additionally, the gene of FSH receptor was investigated. Sixty Nellore (N) cows and fifty nine Aberdeen Angus (AA) cows were stratified in two groups in accordance their production of viable embryos after at least three SOV procedures. The low production group includes 30 N and 29 AA cows with a embryo recovery rate up to six embryos and the high production group with embryo recover rate higher than six. The observed variation in the total number of alleles was 2-8 in Nellore and 1-10 in Aberdeen Angus cows. Both breeds did not present similarity in the allele frequencies of the studied systems, and some alleles were restricted to only in one breed, such as BMS3004*129, HEL5*161, only found in Angus and BMS3004*132,*138, HEL5*149 e AFZ*111 in Nellore. For the Nellore breed some associations were found: on system BMS4325, when the presence of the allele *97 did not favor embryo production, contrasting with the allele *105; on system IDVGA51, the allele *175 favored embryo production, contrasting with the allele *181; on system ILSTS002, in which the presence of the allele *135 was only found in the cows in the low production group; on the system AFZ1, the presence of the allele *119 agrees with the inclusion of the cows in high production group; on system HEL5, the alleles *151 e *153 agrees with the classification of the cows respectively in the groups of low and higher number of embryo recovery. In Aberdeen Angus breed homozygous cows for system LEPSau3A1(A/B) produces more embryos than heterozygous ones. In conclusion, it is possible to suggest that employing the studied systems would to contribute to early selection of donor cows of the Nellore breed, but it should not be useful for more stable breeds such as A. Angus.

O Brasil tem uma posição de destaque no setor de negócios avícola mundial. Esta posição é resultado de uma atividade com alto grau de desenvolvimento tecnológico, destacando-se os avanços na área da genética. Características produtivas importantes têm sido o foco dos melhoristas de galinhas. Entretanto, em termos de selecionar aves visando o aumento da resistência a doenças, pouco ou nada tem sido feito. Recentemente, a avicultura nacional voltou-se para o resgate desta característica e uma série de linhagens mais rústicas, as chamadas linhagens caipiras, têm sido desenvolvidas. Este resgate, porém tem se baseado apenas em traços fenotípicos de rusticidade, não se levando em consideração as bases da genética molecular dos mesmos. A grande maioria das doenças que atacam as galinhas é de origem vírica, sendo os genes B-F (classe I- do MHC) os principais responsáveis pelo desencadeamento da resposta imune a estes agentes. Logo, tornam-se necessárias maiores investigações nestes genes para obter-se um melhor conhecimento sobre a imunidade aos vírus, possibilitando medidas que incrementem esta imunidade. Tais investigações ainda não tinham sido realizadas em galinhas caipiras brasileiras. Das técnicas utilizadas para genotipar os genes B-F o seqüenciamento de DNA é a única que apresenta 100% de fidelidade; entretanto, é cara e trabalhosa. Assim, técnicas mais ágeis e baratas e que apresentem resultados significantes para esta finalidade são sempre pertinentes. Recentemente, um microssatélite (LEI0258) foi descrito numa localização muito próxima da região dos genes B-F, o qual tem-se mostrado uma ótima ferramenta para genotipar os haplótipos B-F; mas novamente, não havia estudos a respeito em aves caipiras. Este trabalho teve por finalidade investigar a variabilidade dos genes B-F, através da técnica de seqüenciamento do DNA, e deduzir as seqüências de aminoácidos codificadas pelos alelos destes genes encontrados em galinhas caipiras brasileiras de ovos azuis. Concomitantemente, procurou-se estudar o polimorfismo do microssatélite LEI0258 em duas populações desses animais (caipiras de ovos azuis criadas livremente e a linhagem caipira Paraíso Pedrês), assim como a relação dos alelos LEI0258 com os alelos ou haplótipos B-F na amostra de aves de ovos azuis. Os resultados e conclusões alcançados podem ser resumidos como segue: 1. Vinte e seis diferentes seqüências nucleotídicas B-F de DNA, que correspondem ao fragmento que vai do exon 2 ao 4 destes genes, foram detectadas na amostra de galinhas caipiras brasileiras de ovos azuis. Dez seqüências foram similares as já descritas para aves comerciais mas 16 foram inéditas. Este resultado demonstra uma grande variabilidade, a maioria da qual ainda não detectada, apresentada por estes genes nestas aves. Em alguns animais foram amplificados os dois genes B-F (B-FI e B-FIV) mas em outros, aparentemente, apenas um deles. Conclui-se que em algumas aves o fragmento analisado possa ser idêntico para os dois genes, e portanto a mesma seqüência para ambos esteja sendo detectada. Entretanto, é possível que alterações na seqüência alvo dos iniciadores utilizados possam impedir a amplificação de determinados alelos. 2. Foi observada a diferença de expressão apresentada pelos genes B-F na análise do cDNA de três animais que diferiram quanto ao número de seqüências de DNA amplificadas. (a) animal no. 169 (*CC1/*CC12): dos oito clones analisados, cinco foram *CC1 e três *CC12; (b) no. 125 (*CC7-1/*CC7-2/*CC13): 14 clones, 13 *CC7-1, um *CC13, nenhum *CC7-2; e (c) no. 132 (*CC3-1/*CC3-2/*CC4-1/*CC4-2): seis clones, três *CC3-1, três *CC4-1, nenhum *CC3-2 ou *CC4-2. A ausência de amplificação dos clones *CC3-2, *CC4-2 e *CC7-2 deve ter sido devida aos seus baixos níveis de expressão. O fato de que, dos 14 clones analisados do animal 125, 13 foram *CC7-1 sugere que, além da diferença de expressão entre os lócus B-F, pode haver também diferenças de expressão entre alelos B-F dentro de um mesmo lócus. 3. Trinta e nove diferentes seqüências de aminoácidos dos domínios 1 e 2 foram geradas a partir de 45 seqüências nucleotídicas (23 obtidas no presente trabalho e outras 22 retiradas da literatura). Três outras seqüências caipiras (*CC18, *CC19 e *CC20) determinadas posteriormente a esta análise, não foram incluídas na predição. Das 13 seqüências caipiras ainda inéditas utilizadas, dez condicionam diferenças na composição de aminoácidos quando comparadas com as já descritas. Estas são de particular interesse em futuras investigações de diferenças na resposta a patógenos. 4. Ao todo foram encontrados 15 alelos LEI0258, e o tamanho destes variou de 205 a 457 pb. Nove alelos mostraram-se presentes nas duas populações, e cada população apresentou três alelos específicos. Este grande polimorfismo habilita este microssatélite a ser utilizado como um bom marcador molecular para estudos futuros de variabilidade populacional, de paternidade e de endogamia, entre outros. 5. Foi observado um desequilíbrio de ligação total entre o lócus do microssatélite e os lócus B-F. Esta associação permite a tipagem parcial dos haplótipos B-F através deste microssatélite. Nos casos em que não se tem alelos deste microssatélite exclusivos para cada um dos haplótipos B-F, pode-se utilizá-los associados à técnica de PCR alelo-específico (PCR-SSP), pois a verificação da ocorrência de um alelo LEI0258 específico restringiria a determinação para dois ou três haplótipos B-F apenas, o que, de qualquer modo, é mais acessível do que o seqüenciamento. Esta associação também capacita os alelos LEI0258 a serem utilizados em programas de melhoramento genético de resistência a patógenos através da seleção assistida por marcadores, já que é mais fácil e rápido analisar uma população pelo método da PCR do que pelo do seqüenciamento. / Brazil has a distinguished position in the world of poultry business. This position is due to an activity involving a high degree of technological development, with emphasis in the advances in the area of genetics. Important production characteristics have been the focus of chicken breeders. However, in the area of disease resistance nothing, or very little, have been done. Recently the Brazilian poultry breeders turned to the investigation of this characteristic, and a series of rustic lines, the so-called “caipira” lines, had been developed. But these studies are based just in phenotypic traits, no consideration being given to their molecular genetic bases. The large majority of the diseases which attack chickens is of viral origin, the B-F (MHC class I-) genes being the main responsible for the development of the immune response to these agents. Therefore, more investigation on these genes is needed, to obtain a better knowledge of this viral immunity, thus making possible measures that would enhace such immunity. Investigations of this type had not been performed to date in Brazilian Caipira chicken. Of the techniques used to genotype the B-F genes, DNA sequencing is the only one that is 100% reliable; however, it is costly and demand much work. Easier and more cheap techniques, which would give significant results for this task, are naturally welcome. Recently a microsatellite (LEI0258) was described which is located in a region that is close to that of the B-F genes, and this microsatellite is being used with good results to genotype the B-F haplotypes; but again, no such studies had been performed in Brazilian Caipira chickens with this purpose. The objective of this work is to investigate the variability of the B-F genes through DNA sequencing, and to deduce the amino acid sequences which are coded by the alleles of these genes which are found in blue-egg Caipira Brazilian chicken. Concomitantly the polymorphism of the LEI0258 microsatellite was investigated in two populations of such animals (blue-egg Caipira chicken raised freely, and the Paraíso Pedrês Caipira line), as well as the relationship between the LEI0258 alleles with B-F alleles or haplotypes in the blue-egg Caipira sample. The results and conclusions found can be summarized as follows: 1. Twenty-six different DNA B-F nucleotide sequences were detected in the Brazilian blue-egg Caipira chickens. They correspond to a fragment located between exons 2 and 4 of these genes. Ten sequences were similar to those already described for commercial fowl, but 16 had not been described to date. This result indicates a large variability, the majority of which was undetected, for these genes in these birds. In some animals the two B-F (B-FI and B-FIV) genes had been amplified, but in others, apparently, just one. The inference is that in some birds the analyzed fragment could be the same for both genes, and that therefore the same sequence for both was being detected. However, it is possible that changes in the primers’ target sequences may prevent the amplification of certain alleles. 2. Expression differences in the B-F genes were observed in the cDNA analysis of these animals, which differed in the number of amplified DNA sequences. (a) Animal no. 169 (*CC1/*CC12): of the eight clones analyzed, five were *CC1 and three CC12; (b) no. 125 (*CC7-1/*CC7-2/*CC13): 14 clones, 13 *CC7-1, one *CC13, none *CC7-2; and (c) no. 132 (*CC3-1/*CC3-2/*CC4-1/*CC4-2): six clones, three *CC3-1, three *CC4-1, none *CC3-2 or *CC4-2. The absence of amplification of the *CC3-2, *CC4-2, and *CC7-2 clones can be due to their low expression levels. The fact that of the 14 clones recovered from animal 125 13 were *CC7-1 suggests that besides the B-F interloci expression differences, B-F intralocus differences may occur as well. 3. Thirty-nine different amino acid sequences from the 1 and 2 domains were generated from 23 nucleotide sequences obtained in the present work and 22 others reported in the literature. Three other Caipira sequences (*CC18, *CC19, and *CC20), determined after this analysis, were not included in it. Of the 13 new Caipira sequences used, ten condition amino acid differences in relation to those already described. They are, therefore, of special interest in future investigations related to responses to pathogens. 4. A total of 15 LEI0258 alleles were found, and their sizes varied from 205 to 457 bp. Nine alleles occurred in both populations while each population presented three specific alleles. This high degree of polymorphism determines that this microsatellite should be useful as a molecular marker in future studies of population variability, paternity, and inbreeding, among others. 5. A total linkage desequilibrium was found between the LEI0258 and B-F loci. This association allows partial typing of the B-F haplotypes through this microsatellite. In cases in which there is no microsatellite allele which is exclusive to a given B-F haplotype, the system can still be used associated to the allele-specific PCR (SSP-PCR) technique, since the establishment of the occurrence of a specific LEI0258 allele would restrict the determination to two or three B-F haplotypes only, simplifying the process in relation to sequencing. This association also allows the LEI0258 to be used in genetic breeding programs of pathogen-resistance based on markers assisted selection, since it would be easier and faster to analyze a population using PCR instead of sequencing methods.

Embora a Transferência de embriões venha sendo empregada há mais de 30 anos e inúmeras pesquisas atuais realizadas, a variabilidade da resposta à superovulação (SOV) continua sendo o principal fator que limita o emprego mais amplo desta tecnologia, existindo a necessidade de procedimentos ou um melhor conhecimento dos fatores que interferem na resposta a SOV e desta forma possibilitar um aumento no número médio de embriões viáveis por coleta. A investigação de marcadores moleculares pode ser uma ferramenta útil para identificar precocemente algumas características reprodutivas que somente irão se expressar quando o indivíduo atingir a maturidade sexual ou ainda após o primeiro parto. Para tanto, foram investigados, através de reação em cadeia da polimerase (PCR), marcadores moleculares (repetições curtas em tandem e polimorfismos de um único nucleotídeo), localizados nos mesmos cromossomos e próximos aos genes envolvidos com o recrutamento e crescimento folicular, a saber: LHβ, FSHβ, IGF-IR e Leptina, que em estudos anteriores, mostraram estar associados a um melhor desempenho reprodutivo. Adicionalmente, foi investigado o gene do receptor do FSH. Foram estudados 60 fêmeas da raça Nelore (N) e 59 da Aberdeen Angus (AA), sendo divididas em dois grupos, conforme a sua produção de embriões viáveis, em três coletas consecutivas, de baixa produção (30 N e 29 AA), com até 6 embriões e de alta, acima de seis (30 N e 30 AA). A variação observada do número de alelos detectados nas raças Nelore e Angus foi de 2 a 8 e 1 a 10, respectivamente. As duas raças não apresentaram freqüências alélicas semelhantes em nenhum dos sistemas estudados e alguns alelos foram observados somente em uma das raças, como para a raça Angus BMS3004*129, HEL5*161, e para o Nelore BMS3004*132, *138, HEL5*149 e AFZ*111. Foram encontradas algumas associações, para a raça Nelore; no sistema BMS4325, a presença do alelo *97 não foi favorável à produção de embriões, ao contrário do alelo *105. Para o sistema IDVGA51 o alelo *175 permitiu que as doadoras carreadoras deste alelo produzissem mais embriões, enquanto que o alelo *181 foi desvantajoso. No marcador ILSTS002 a presença do alelo *135, nas doadoras, levou-as a serem incluídas na classe de baixa produção embrionária. Já para o sistema AFZ1 as vacas possuidoras do alelo *119 produziram acima de 6 embriões. Os alelos *151 e *153 do sistema HEL5 permitiram que suas carreadoras produzissem um menor e um maior número de embriões viáveis, respectivamente. Os animais homozigotos da raça A. Angus para o sistema LEPSau3A1(A/B) produziram mais embriões quando comparado aos heterozigotos. Em conclusão, é possível sugerir a utilização de alguns dos sistemas estudados para selecionar, previamente, a produção de embriões em doadoras, principalmente em raças em evolução, como a Nelore, mas esta tecnologia não seria apropriada para rebanhos seletivamente estáveis, como o A. Angus, aqui investigado. / The embryo transfer in cattle have been used for over thirty years and several studies have been undertaken in this period. The variability in the superovulatory (SOV) response of donor cows remains the major constraint for a more widespread use of this technique. The development of new procedures and/or better knowledge of the factors interfering in SOV methodologies was needed, to increase the number of viable embryos obtained per superovulated cow. The Study of molecular markers could be useful to identify early in life the cows with better responses to SOV procedures. Studies were made to accomplish this objective employing molecular markers (tandem repeated sequences and single nucleotide polymorphism) located on the same chromosomes and near to genes involved with follicular development an selection, such as: LHβ, FSHβ, IGF-IR and Leptin, which were found associated with increased reproductive traits in previous studies. Additionally, the gene of FSH receptor was investigated. Sixty Nellore (N) cows and fifty nine Aberdeen Angus (AA) cows were stratified in two groups in accordance their production of viable embryos after at least three SOV procedures. The low production group includes 30 N and 29 AA cows with a embryo recovery rate up to six embryos and the high production group with embryo recover rate higher than six. The observed variation in the total number of alleles was 2-8 in Nellore and 1-10 in Aberdeen Angus cows. Both breeds did not present similarity in the allele frequencies of the studied systems, and some alleles were restricted to only in one breed, such as BMS3004*129, HEL5*161, only found in Angus and BMS3004*132,*138, HEL5*149 e AFZ*111 in Nellore. For the Nellore breed some associations were found: on system BMS4325, when the presence of the allele *97 did not favor embryo production, contrasting with the allele *105; on system IDVGA51, the allele *175 favored embryo production, contrasting with the allele *181; on system ILSTS002, in which the presence of the allele *135 was only found in the cows in the low production group; on the system AFZ1, the presence of the allele *119 agrees with the inclusion of the cows in high production group; on system HEL5, the alleles *151 e *153 agrees with the classification of the cows respectively in the groups of low and higher number of embryo recovery. In Aberdeen Angus breed homozygous cows for system LEPSau3A1(A/B) produces more embryos than heterozygous ones. In conclusion, it is possible to suggest that employing the studied systems would to contribute to early selection of donor cows of the Nellore breed, but it should not be useful for more stable breeds such as A. Angus.

O Brasil tem uma posição de destaque no setor de negócios avícola mundial. Esta posição é resultado de uma atividade com alto grau de desenvolvimento tecnológico, destacando-se os avanços na área da genética. Características produtivas importantes têm sido o foco dos melhoristas de galinhas. Entretanto, em termos de selecionar aves visando o aumento da resistência a doenças, pouco ou nada tem sido feito. Recentemente, a avicultura nacional voltou-se para o resgate desta característica e uma série de linhagens mais rústicas, as chamadas linhagens caipiras, têm sido desenvolvidas. Este resgate, porém tem se baseado apenas em traços fenotípicos de rusticidade, não se levando em consideração as bases da genética molecular dos mesmos. A grande maioria das doenças que atacam as galinhas é de origem vírica, sendo os genes B-F (classe I- do MHC) os principais responsáveis pelo desencadeamento da resposta imune a estes agentes. Logo, tornam-se necessárias maiores investigações nestes genes para obter-se um melhor conhecimento sobre a imunidade aos vírus, possibilitando medidas que incrementem esta imunidade. Tais investigações ainda não tinham sido realizadas em galinhas caipiras brasileiras. Das técnicas utilizadas para genotipar os genes B-F o seqüenciamento de DNA é a única que apresenta 100% de fidelidade; entretanto, é cara e trabalhosa. Assim, técnicas mais ágeis e baratas e que apresentem resultados significantes para esta finalidade são sempre pertinentes. Recentemente, um microssatélite (LEI0258) foi descrito numa localização muito próxima da região dos genes B-F, o qual tem-se mostrado uma ótima ferramenta para genotipar os haplótipos B-F; mas novamente, não havia estudos a respeito em aves caipiras. Este trabalho teve por finalidade investigar a variabilidade dos genes B-F, através da técnica de seqüenciamento do DNA, e deduzir as seqüências de aminoácidos codificadas pelos alelos destes genes encontrados em galinhas caipiras brasileiras de ovos azuis. Concomitantemente, procurou-se estudar o polimorfismo do microssatélite LEI0258 em duas populações desses animais (caipiras de ovos azuis criadas livremente e a linhagem caipira Paraíso Pedrês), assim como a relação dos alelos LEI0258 com os alelos ou haplótipos B-F na amostra de aves de ovos azuis. Os resultados e conclusões alcançados podem ser resumidos como segue: 1. Vinte e seis diferentes seqüências nucleotídicas B-F de DNA, que correspondem ao fragmento que vai do exon 2 ao 4 destes genes, foram detectadas na amostra de galinhas caipiras brasileiras de ovos azuis. Dez seqüências foram similares as já descritas para aves comerciais mas 16 foram inéditas. Este resultado demonstra uma grande variabilidade, a maioria da qual ainda não detectada, apresentada por estes genes nestas aves. Em alguns animais foram amplificados os dois genes B-F (B-FI e B-FIV) mas em outros, aparentemente, apenas um deles. Conclui-se que em algumas aves o fragmento analisado possa ser idêntico para os dois genes, e portanto a mesma seqüência para ambos esteja sendo detectada. Entretanto, é possível que alterações na seqüência alvo dos iniciadores utilizados possam impedir a amplificação de determinados alelos. 2. Foi observada a diferença de expressão apresentada pelos genes B-F na análise do cDNA de três animais que diferiram quanto ao número de seqüências de DNA amplificadas. (a) animal no. 169 (*CC1/*CC12): dos oito clones analisados, cinco foram *CC1 e três *CC12; (b) no. 125 (*CC7-1/*CC7-2/*CC13): 14 clones, 13 *CC7-1, um *CC13, nenhum *CC7-2; e (c) no. 132 (*CC3-1/*CC3-2/*CC4-1/*CC4-2): seis clones, três *CC3-1, três *CC4-1, nenhum *CC3-2 ou *CC4-2. A ausência de amplificação dos clones *CC3-2, *CC4-2 e *CC7-2 deve ter sido devida aos seus baixos níveis de expressão. O fato de que, dos 14 clones analisados do animal 125, 13 foram *CC7-1 sugere que, além da diferença de expressão entre os lócus B-F, pode haver também diferenças de expressão entre alelos B-F dentro de um mesmo lócus. 3. Trinta e nove diferentes seqüências de aminoácidos dos domínios 1 e 2 foram geradas a partir de 45 seqüências nucleotídicas (23 obtidas no presente trabalho e outras 22 retiradas da literatura). Três outras seqüências caipiras (*CC18, *CC19 e *CC20) determinadas posteriormente a esta análise, não foram incluídas na predição. Das 13 seqüências caipiras ainda inéditas utilizadas, dez condicionam diferenças na composição de aminoácidos quando comparadas com as já descritas. Estas são de particular interesse em futuras investigações de diferenças na resposta a patógenos. 4. Ao todo foram encontrados 15 alelos LEI0258, e o tamanho destes variou de 205 a 457 pb. Nove alelos mostraram-se presentes nas duas populações, e cada população apresentou três alelos específicos. Este grande polimorfismo habilita este microssatélite a ser utilizado como um bom marcador molecular para estudos futuros de variabilidade populacional, de paternidade e de endogamia, entre outros. 5. Foi observado um desequilíbrio de ligação total entre o lócus do microssatélite e os lócus B-F. Esta associação permite a tipagem parcial dos haplótipos B-F através deste microssatélite. Nos casos em que não se tem alelos deste microssatélite exclusivos para cada um dos haplótipos B-F, pode-se utilizá-los associados à técnica de PCR alelo-específico (PCR-SSP), pois a verificação da ocorrência de um alelo LEI0258 específico restringiria a determinação para dois ou três haplótipos B-F apenas, o que, de qualquer modo, é mais acessível do que o seqüenciamento. Esta associação também capacita os alelos LEI0258 a serem utilizados em programas de melhoramento genético de resistência a patógenos através da seleção assistida por marcadores, já que é mais fácil e rápido analisar uma população pelo método da PCR do que pelo do seqüenciamento. / Brazil has a distinguished position in the world of poultry business. This position is due to an activity involving a high degree of technological development, with emphasis in the advances in the area of genetics. Important production characteristics have been the focus of chicken breeders. However, in the area of disease resistance nothing, or very little, have been done. Recently the Brazilian poultry breeders turned to the investigation of this characteristic, and a series of rustic lines, the so-called “caipira” lines, had been developed. But these studies are based just in phenotypic traits, no consideration being given to their molecular genetic bases. The large majority of the diseases which attack chickens is of viral origin, the B-F (MHC class I-) genes being the main responsible for the development of the immune response to these agents. Therefore, more investigation on these genes is needed, to obtain a better knowledge of this viral immunity, thus making possible measures that would enhace such immunity. Investigations of this type had not been performed to date in Brazilian Caipira chicken. Of the techniques used to genotype the B-F genes, DNA sequencing is the only one that is 100% reliable; however, it is costly and demand much work. Easier and more cheap techniques, which would give significant results for this task, are naturally welcome. Recently a microsatellite (LEI0258) was described which is located in a region that is close to that of the B-F genes, and this microsatellite is being used with good results to genotype the B-F haplotypes; but again, no such studies had been performed in Brazilian Caipira chickens with this purpose. The objective of this work is to investigate the variability of the B-F genes through DNA sequencing, and to deduce the amino acid sequences which are coded by the alleles of these genes which are found in blue-egg Caipira Brazilian chicken. Concomitantly the polymorphism of the LEI0258 microsatellite was investigated in two populations of such animals (blue-egg Caipira chicken raised freely, and the Paraíso Pedrês Caipira line), as well as the relationship between the LEI0258 alleles with B-F alleles or haplotypes in the blue-egg Caipira sample. The results and conclusions found can be summarized as follows: 1. Twenty-six different DNA B-F nucleotide sequences were detected in the Brazilian blue-egg Caipira chickens. They correspond to a fragment located between exons 2 and 4 of these genes. Ten sequences were similar to those already described for commercial fowl, but 16 had not been described to date. This result indicates a large variability, the majority of which was undetected, for these genes in these birds. In some animals the two B-F (B-FI and B-FIV) genes had been amplified, but in others, apparently, just one. The inference is that in some birds the analyzed fragment could be the same for both genes, and that therefore the same sequence for both was being detected. However, it is possible that changes in the primers’ target sequences may prevent the amplification of certain alleles. 2. Expression differences in the B-F genes were observed in the cDNA analysis of these animals, which differed in the number of amplified DNA sequences. (a) Animal no. 169 (*CC1/*CC12): of the eight clones analyzed, five were *CC1 and three CC12; (b) no. 125 (*CC7-1/*CC7-2/*CC13): 14 clones, 13 *CC7-1, one *CC13, none *CC7-2; and (c) no. 132 (*CC3-1/*CC3-2/*CC4-1/*CC4-2): six clones, three *CC3-1, three *CC4-1, none *CC3-2 or *CC4-2. The absence of amplification of the *CC3-2, *CC4-2, and *CC7-2 clones can be due to their low expression levels. The fact that of the 14 clones recovered from animal 125 13 were *CC7-1 suggests that besides the B-F interloci expression differences, B-F intralocus differences may occur as well. 3. Thirty-nine different amino acid sequences from the 1 and 2 domains were generated from 23 nucleotide sequences obtained in the present work and 22 others reported in the literature. Three other Caipira sequences (*CC18, *CC19, and *CC20), determined after this analysis, were not included in it. Of the 13 new Caipira sequences used, ten condition amino acid differences in relation to those already described. They are, therefore, of special interest in future investigations related to responses to pathogens. 4. A total of 15 LEI0258 alleles were found, and their sizes varied from 205 to 457 bp. Nine alleles occurred in both populations while each population presented three specific alleles. This high degree of polymorphism determines that this microsatellite should be useful as a molecular marker in future studies of population variability, paternity, and inbreeding, among others. 5. A total linkage desequilibrium was found between the LEI0258 and B-F loci. This association allows partial typing of the B-F haplotypes through this microsatellite. In cases in which there is no microsatellite allele which is exclusive to a given B-F haplotype, the system can still be used associated to the allele-specific PCR (SSP-PCR) technique, since the establishment of the occurrence of a specific LEI0258 allele would restrict the determination to two or three B-F haplotypes only, simplifying the process in relation to sequencing. This association also allows the LEI0258 to be used in genetic breeding programs of pathogen-resistance based on markers assisted selection, since it would be easier and faster to analyze a population using PCR instead of sequencing methods.

Submitted by Caroline Falcao (caroline.rfalcao@ufpe.br) on 2017-04-06T19:32:32Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) 2012-Dissertação-KlaudiaTenório_dissert.pdf: 4615109 bytes, checksum: fd3f355eef0c71a4e121182d43b7657b (MD5) / Made available in DSpace on 2017-04-06T19:32:32Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) 2012-Dissertação-KlaudiaTenório_dissert.pdf: 4615109 bytes, checksum: fd3f355eef0c71a4e121182d43b7657b (MD5) Previous issue date: 2012 / O camarão de água doce Macrobrachium carcinus (LINAEUS, 1758) pode ser encontrado em regiões tropicais e subtropicais. No Brasil, está distribuído desde o Pará até Rio Grande do Sul, em rios que deságuam no oceano Atlântico. Esta espécie tem sofrido com a sobrepesca, a poluição ambiental, a destruição dos ambientes naturais, barramento dos rios e riachos, os quais impedem o acesso ao mar impossibilitando o desenvolvimento dos estágios larvais do animal, além da introdução de espécies exóticas, como o M. rosenbergii. Por essas razões, o Ministério do Meio Ambiente (MMA) inseriu o M. carcinus na lista oficial das espécies ameaçadas de extinção em vários estados do Nordeste. Visando fornecer informações para as iniciativas de repovoamento, este estudo teve como objetivo avaliar a diversidade e estrutura genética, bem como aspectos da ecologia desta espécie em quatro estados do Nordeste (Ceará, Pernambuco, Sergipe/Alagoas e Bahia), utilizando seis marcadores de microssatélites, dados biométricos e análises de conteúdo estomacal. Um total de 143 animais foi coletado, sendo de 32 a 40 animais para cada um dos rios avaliados. Após as análises, o número de alelos variou de dois a 18 alelos, com heterozigosidades médias esperadas e observadas de 0,6256 e 0,5985 respectivamente. Três dos seis loci estão em desequilíbrio de Hardy-Weinberg e apresentam alelos nulos em todas as populações. O valor total de FST foi de 0, indicando ausência de estruturação genética. Os estudos biológicos mostram que o pico reprodutivo mais provável para esta espécie ocorra em fevereiro. A análise estomacal revelou predominância de itens de origem vegetal. Estes resultados sugerem que um único programa de repovoamento poderia fornecer pós-larvas a todos os rios da região Nordeste, diminuindo os custos de operação e garantido que rios distantes de laboratórios de multiplicação também sejam beneficiados. / The Macrobrachium carcinus (LINAEUS, 1758) can be found in tropical and subtropical regions. In Brazil, it is distributed from Pará to the Rio Grande do Sul, in rivers that empty into the Atlantic Ocean. This specie has suffered with overfishing, pollution, destruction of natural environments, rivers and streams dams that block the access to the sea, what inhibits the development of larval stages of the animal, and the introduction of exotic species such as M. rosenbergii. Because these reasons, the Brazilian Ministry of Environment (MMA) has inserted the M. carcinus in the official list of endangered species in several Northeastern states like Piauí, Cear, Pernambuco, Alagoas, Sergipe and Bahia. In order to provide information to restocking initiatives, the aim of this study was to assess the genetic diversity and structure, as well as aspects of ecology of this species in four regions of the Brazilian Northeast (Ceará, Pernambuco, Sergipe/Alagoas and Bahia), by the use of six microsatellite markers, biometric data and stomach content analysis. A total of 143 animals was collected, with 32-40 animals for each of the rivers evaluated. After the analyses, the number of alleles ranged from two to 18 alleles, with expected average heterozygosities from 0,6256 and observed average heterozygosities from 0,5985. Three of the six loci are in Hardy-Weinberg disequilibrium and present null alleles in all populations. The total value of FST was 0, what indicates no genetic structuration. Biological studies show that reproductive peak for this species most likely to occur in February. The stomach analysis revealed predominance of plant items.These results suggest that a single restocking program could provide post-larvae to all rivers of Brazilian Northeast, which reduce operating costs and ensure the benefit of the rivers that are distant from multiplication laboratories also.

Made available in DSpace on 2014-06-12T18:03:18Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo3696_1.pdf: 651388 bytes, checksum: 142f3b2132eee234fbd7d5a6590a0ccc (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2008 / Bancos de dados de seqüências expressas representam uma fonte potencialmente valorosa para o desenvolvimento de marcadores moleculares. Neste trabalho, estudos foram realizados para o desenvolvimento de marcadores para aplicação no melhoramento de feijão-caupi, feijão-comum e soja. Foram analisadas 10.880 ESTs de feijão-comum e 116.965 ESTs de soja. Um total de 331 e 4553 SSRs foram identificados nas seqüências de feijão-comum e soja, respectivamente. Trinucleotídeos (45,62 %) foram as mais abundantes em feijãocomum, enquanto que os dinucletídeos (49,67 %), em soja. A densidade média variou de um SSR a cada 22 Kb (feijão-comum) a um SSR a cada 14,68 Kb (soja). Repetições diméricas AG/GA / TC/CT e triméricas AAG/AGA/GAA / TTC/TCT/CTT foram as mais abundantes em ambas espécies. Um total de 153 e 1928 pares de primers EST-SSRs foram propostos para feijão-comum e para soja, respectivamente. Desses, sinteizaram-se 20 para soja, dos quais apenas nove amplificaram (sendo quatro de tamanho esperado e, desses, dois polimórficos) e dois foram transferíveis. Para feijão-comum sintetizaram-se 22, dos quais 15 amplificaram, sendo que 11 apresentaram tamanho esperado e 10 desses foram polimórficos (PIC médio de 0,50); 11 dos funcionais foram transferidos para feijão-caupi, sendo oito de tamanho esperado e cinco desses, polimórficos (PIC médio de 0,36). Análises detalhadas dos amplicons seqüenciados determinaram que as extensões dos motivos de SSRs foram variáveis e que as regiões flanqueadoras dessas repetições foram geralmente bem conservadas, confirmando o sucesso da transferibilidade entre feijão-comum e feijão-caupi