O Brasil possui cerca de uma dezena de raças de cavalos sendo essas classificadas em locais ou comerciais. As raças que aqui se naturalizaram são descendentes dos animais trazidos pelos portugueses e espanhóis na época da colonização. Cerca de 500 anos após sofrer seleção natural e artificial esses cavalos adquiriram características próprias capazes de se adaptar a ambientes adversos, escassez de alimento, doenças, influência do homem e cruzamento indiscriminado com raças exóticas. Assim, surgiram raças típicas brasileiras dotadas de peculiaridades importantes para as regiões em que vivem. Com isso, o objetivo principal deste trabalho foi o de estimar a variabilidade genética em quatro raças brasileiras de cavalos (Brasileiro de Hipismo, Crioulo, Mangalarga e Pantaneiro) por meio do marcador de DNA microssatélites. Foram utilizados 10 loci de microssatélites que amplificaram para as quatro raças. Em um primeiro estudo, foi estimada a variabilidade genética em 227 animais de três fazendas da região do Pantanal. Um total de 91 alelos foi encontrado. A probabilidade de exclusão de paternidade (PE) para as três amostras conjunta ficou em torno de 99,3%. O conteúdo de informação polimófica (PIC) foi alto, considerado altamente informativo. Os valores de Fis revelaram alto índice de homozigose nas três populações. Pôde-se verificar, por meio de baixos valores de Fst, baixa estruturação para as amostras estudadas sugerindo pouca diferenciação entre as mesmas. Foram utilizados três métodos para detectar gargalo de garrafa. Os resultados sugerem que os animais das fazendas estudadas não passaram por um processo de declínio populacional recente, mas que provavelmente animais da Fazenda Nova Esperança estariam passando por um processo de estruturação. Um outro estudo de variabilidade genética incluiu, além da raça Pantaneira, outras três raças brasileiras de cavalos: Crioulo, Brasileiro de Hipismo (BH) e Mangalarga. Os mesmos 10 loci de microssatélites também foram utilizados. Todos os loci amplificaram nas quatro raças, com a exceção de AHT17 em BH e Mangalarga. A raça que apresentou maior variabilidade alélica foi a Pantaneira (n = 91) seguida pelas raças Crioula (n = 81), BH (n = 57) e Mangalarga (n = 41). O coeficiente de endogamia (Fis) apresentou valores altos para as quatro raças. Por meio da estimativa Fst pôde-se inferir que a raça Mangalarga é a mais divergente entre as raças estudadas. Através do programa Structure, foi observado que Pantaneiro, Crioulo, Brasileiro de Hipismo e Mangalarga estão estruturadas em quatro distintas raças. / Brazil has around ten horse breeds, which are classified as local or commercial horses. The breeds established here are descendant from the animals brought by the Portuguese and Spanish colonization. After 500 years of natural and artificial selection, these horses acquired their own adaptive characteristics to adverse environments, lack of food, diseases, human influence, and random breeding with exotic breeds. Thus, the main objective of this work was to estimate the genetic variability of four Brazilian horse breeds (Pantaneiro, Crioulo, Brasileiro de Hipismo and Mangalarga) by microsatellite markers. Ten microsatellite loci have been used and amplified in the 4 breeds. On a first study, the genetic variability was estimated in 227 animals from three farms around the Pantanal region. A total of 91 alleles were found. The paternity exclusion probability (PE) to all 3 samples was around 99.3%. The polymorphic information content (PIC) was high, and considered to be informative. The Fis values showed high levels of homozygosity in all three populations. It was verified, through the low values of Fst, low structure of the samples studied, suggesting slight differentiation among them. Three methods to detect the bottleneck effect have been used. These results suggest that the animals from the studied farms did not go through a recent population decrease in numbers, however animals from the Fazenda Nova Esperança may be going through a structure process. On a second study, besides the Pantaneiro, genetic variability was also estimated in others three Brazilian horse breeds: Crioulo, Brasileiro de Hipismo (BH) and Mangalarga. The same 10 microsatellite loci were used. All loci amplified in the four breeds, except for the AHT17 in the BH and Mangalarga. The breed that presented higher allelic variability was Pantaneiro, followed by the Crioulo, BH and Mangalarga breeds. The endogamy coefficient (Fis) showed high values on the four breeds. Through the Fst estimate, it was observed that the Mangalarga breed is more differentiated among the studied breeds. Through the Structure software, it was observed that Pantaneiro, Crioulo, Brasileiro de Hipismo and Mangalarga are structured in four distinct breeds.

Ctenomys flamarioni, comumente chamado tuco-tuco-das-dunas, é um roedor subterrâneo que habita a primeira linha de dunas costeiras do Estado do Rio Grande do Sul. Devido à pouca informação sobre este roedor e ao fato de ser uma espécie endêmica e ameaçada de extinção (principalmente pela redução e modificações antrópicas a que é submetido o ecossistema costeiro) o principal esforço desta tese foi centralizado na caracterização genética da variabilidade (e em como esta se encontra distribuída) em populações ao longo de toda a área de distribuição da espécie. Para isto foram utilizados dois tipos de marcadores moleculares, loci nucleares (nove loci de microssatélites) e seqüências de DNA mitocondrial (389 pares de bases da região controladora e 665 pares de bases do citocromo-b).Para três das dez populações amostradas foram incorporadas análises demográficas tanto a partir de dados de campo quanto a partir de dados genéticos através da utilização de loci de microssatélites. Para estas populações foram observadas diferenças significativas na proporção de machos e fêmeas (1:2, para os indivíduos adultos) e nas medidas utilizadas como estimativa de dimorfismo sexual (machos com maior peso e comprimento do corpo). Estas evidências sugerem um padrão de poliginia para C. flamarioni. As análises de estrutura genética indicaram forte diferenciação entre as populações, mas não a nível intrapopulacional. As estimativas de dispersão a partir dos dados genéticos utilizando índices de assignement (FST, FIS, mAIc, vAIc) e teste de AMOVA, mostraram diferenças não significativas entre machos e fêmeas, sugerindo dispersão de ambos os sexos. Todavia, a partir de estimativas de FST entre as populações mais próximas, foi inferida uma maior mobilidade dos machos. Quando a dispersão foi comparada entre aspopulações, esta foi significativamente maior para fêmeas, na população que habita a área mais preservada, e com menor densidade de indivíduos, em relação às outras duas. Para o total de populações, ambos os marcadores mostraram baixa variabilidade genética intrapopulacional, embora esta fosse mais crítica para o mtDNA. Para o conjunto de seqüências da região controladora mitocondrial (n = 89) analisadas foram obtidos sete haplótipos, enquanto que para as do citocromo-b (n = 45), cinco. Para os loci de microssatélites foi observado um número baixo de alelos por loci (entre três e oito). A variabilidade genética obtida foi divergente entre as nove populações estudadas, com valores de diversidade alélica que variaram de 1,1 a 3,6 e valores de heterozigosidade média de 0,21 a 0,70.As populações do sul da distribuição apresentaram os menores valores de variabilidade: a maioria dos loci nucleares em estado monomórfico e baixo número de haplotipos para os loci mitocondriais. O baixo polimorfismo obtido para os microssatélites não tem permitido o uso de testes estatísticos para detectar gargalos de garrafa. Todavia, para três das seis populações analisadas foi verificada a existência de reduções recentes do tamanho populacional. Os níveis de diferenciação genética entre populações foram maiores para os loci de microssatélites que para os de mtDNA, sugerindo assim baixo fluxo gênico atual e maior conectividade histórica entre as populações. Através dos testes de AMOVA, para os dois tipos de marcadores genéticos utilizados, foi observada correlação positiva entre a estruturação da variabilidade e a presença de duas das três possíveis barreiras geográficas ao fluxo gênico testadas. Os testes de Mantel evidenciaram um padrão de isolamento pela distância quando todas as populações foram consideradas na análise, mas não a nível regional.As árvores filogenéticas obtidas a partir dos diferentes métodos empregados evidenciaram relações pouco profundas entre os haplótipos, também sugeridas através das análises de Network. Estas últimas indicaram os haplótipos do norte da distribuição como os ancestrais, a partir dos quais teriam se originado os demais. A partir das diferentes abordagens utilizadas para testar a expansão demográfica (mismatch distribution, teste de Tajima, Fu, e modelo de crescimento exponencial), foi evidenciado sinal positivo, embora fraco, de expansão. O baixo poder dos testes empregados pode estar evidenciando, para a espécie, um padrão mais complexo de ocupação de sua atual área de distribuição, no qual flutuações do tamanho populacional, tanto históricas como contemporâneas, teriam um papel fundamental na redução da variabilidade genética. A partir de métodos semi e não-paramétricos foi estimado o tempo de divergência das principais linhagens filogenéticas de C. flamarioni (aproximadamente 90.000 anos) assim como uma taxa de mutação para o citocromo-b (μ = 0,019⁄ sítio ⁄ milhão de anos). Baseado nesta taxa de mutação, o tempo de ocorrência da principal expansão demográfica foi estimado em 60.000 anos. A partir dos resultados obtidos para os marcadores moleculares utilizados, e com o aporte de informação dos polimorfismos cariotípicos e protéicos reportados para a espécie, foi proposto: (1) duas Unidades Evolutivamente Significativas (ESUs) para C. flamarioni, a primeira formada pelas populações das regiões I, II e III, e a segunda incluindo as populações pertencentes à região IV; e (2) que cada uma das populações estudadas se constitua em uma unidade de manejo independente. / The tuco-tuco-das-dunas, Ctenomys flamarioni, is a subterranean rodent that inhabits the first line of the coastal dunes in State of Rio Grande do Sul. Due to the lack of information about this endemic rodent, and the threatened situation of the species (mainly as result of the anthropogenic changes over native coastal ecosystem), the effort of this thesis was focalized on the genetic variability characterization, and its distribution, over the total range of the species. With this aim two kinds of molecular markers were used: nine nuclear microsatellites loci and mitochondrial DNA sequences (389 base pairs of the control region and 665 base pairs of the cytochrome-b). In three of the ten populations sampled demographical analyses were done both from field and genetical data. For adult individuals significant differences were observed toward a female-biased sex-ratio (1 male:2 female) and sexual dimorphism (males heavier and larger than females). These evidences support a hypothesis of polygyny in C. flamarioni.Analysis of genetic structure revealed strong differentiation among populations, but no significant structure at the intrapopulation level. Non-significant values were obtained for the tested indexes, from assignment tests (FST, FIS, mAIc, vAIc) as well as from AMOVA, showing no evidence of sex-biased dispersal over populations. Nevertheless, for the nearest populations, non significant pairwise FST for males suggested a slightly male-biased dispersal pattern. In regard to inter-population differences, significant differences were clearer in the dispersal patterns among females with more dispersal for the population at the most preserved habitat than the two others. For all populations both microsatellites and mtDNA datasets showed low withinpopulation genetic variation but, it was more critical for mtDNA. For the mitochondrialcontrol-region set of sequences (n = 89) a total of seven haplotypes were obtained, and for the cytochrome-b dataset (n = 45) five haplotypes. The nine microsatellite loci surveyed were polymorphic with variable number of alleles by locus, ranging from three to seven. The same was observed with the genetic variability: the population mean diversity for varied between 1.1 to 3.6 alleles, and the mean observed heterozygosity across all loci ranged from 0.21 to 0.70. The three populations from the southern region of the range showed the lowest values of diversity: most of nuclear loci in monomorphic state and low number of haplotypes for the mtDNA datasets. The low number of polymorphic loci in these populations precluded the use of statistical test for bottleneck detection. However, for three of the six populations examined, a genetic signature of recent population size reduction was observed. Levels of genetic differentiation among populations were higher for microsatellites than mitochondrial loci, suggesting lower gene flow at the present than in the past. For both kinds of markers, the AMOVA analyses showed a substantial relationship between the genetic variation partitioning and two of the three hypothesized historical barriers to gene flow. Positive correlation between the genetic and geographic distances (isolation-by-distance pattern) was found when the total sampled range was considered but not at regional level. Phylogenetic tree analyses showed a shallow relationship between haplotypes, also suggested by the network approach. The northern haplotypes were suggested as the most ancient. Weak evidences of recent population expansion were obtained from the mismatch distribution, Tajima and Fu’s tests and using an exponential grow model. The lack ofpower of the applied tests may indicate by a complex pattern of the species occupation in its distribution range, in which historical and current reductions in population size possibly had a primary role in the reduction of genetic variability. Further analyses from nonparametric and semiparametric methods estimated a divergence time of haplotypic lineages of 90,000 years ago, in the Late Pleistocene, and a rate of cytochrome-b evolution μ = 1.9% per million years. Using this rate and assuming a stepwise scenario, the major increase in effective population size was estimated as occurring 60,000 years ago. Despite the lack of phylogeographic information to define Evolutionarily Significant Units (ESUs), based on the patterns of variation and divergence from the two kinds of markers and the previous allozyme and karyotype studies we propose, (1) two ESU,the first including north (I) and central (II and III) regions, and the second including all populations at the south of the distribution (IV); and (2) that each of the populations sampled should constitute an independent management unit.

As seqüências microssatélites ou Short Tandem Repeats (STR) são caracterizadas por alta taxa de mutação e heterozigosidade, herança codominante e ampla distribuição nos genomas. Somada a estas características, a fácil detecção dos polimorfismos (técnicas automatizadas de PCR e eletroforese capilar), justificam a ampla utilização destes marcadores em áreas como: forense, testes de ascendência, antropologia, genética da conservação e principalmente em estudos evolutivos em humanos. O Gran Chaco, no período da conquista espanhola, foi um refúgio de povos caçadores-coletores remanescentes, mas ainda em período anterior, seus habitantes sofreram influências culturais de povos das regiões sub-andina, amazônica e dos pampas, tornando esta região um importante ponto de estudo cultural e genético. Este trabalho tem como objetivo o estudo da diversidade em 15 STRs em 128 indivíduos de três tribos ameríndias do Gran Chaco (Wichí e Toba, das províncias argentinas de Chaco e Formosa, e Pilagá, de Formosa) pertencentes a duas das principais famílias lingüísticas da região, Mataco e Guaykurú. A amplificação dos 15 microssatélites (D2S1338, D3S1358, D5S818, D7S820, D8S1179, D13S317, D16S539, D18S51, D19S433, D21S11, CSF1PO, TH01, TPOX, VWA, FGA), todos compostos por motivos tetranucleotídicos, foi realizada com o uso do kit AmpFlSTR IdentifilerTM de acordo com as especificações do fabricante. Após a amplificação dos fragmentos, foi realizada eletroforese capilar e softwares específicos de análises foram usados para medir o tamanho dos fragmentos e identificação dos alelos. Todas as popualções estão em equilíbrio de Hardy-Weinberg para os 15 STRs, e o número médio de alelos por loco assim como a heterozigosidade média estão dentro do intervalo encontrado em outras populações nativo-americanas. Os resultados das análises das diferenças nas distribuições genotípicas das populações, análises de estruturação populacional e das relações genéticas através da distância DA indicam que: (1) As relações genéticas entre as populações estudadas correspondem à afiliação lingüística e localização geográfica. (2) Os Wichí da província de Chaco são geneticamente distintos das outras populações, mas ainda preservam similaridade genética com os Wichí de Formosa. (3) As populações Toba do Chaco e de Formosa, apesar de separadas por cerca de 230 km, são indistinguíveis geneticamente. (4) Os Toba da província de Formosa são similares aos Pilagá, que pertencem ao mesmo grupo lingüístico, o Guaykurú, e aos Wichí de Formosa, que pertencem a outro grupo lingüístico (Mataco). Esta similaridade poderia ser conseqüência de aspectos sócio-demográficos desta etnia. Análises de variância molecular e valores GST’ foram determinados em três grupos populacionais geograficamente determinados: Gran Chaco, Amazônia e Savana/Floresta sub-tropical. Os valores estimados indicam que o Gran Chaco pode ser considerado geneticamente homogêneo, se os índios Ayoreo do Paraguai não são considerados. No entanto, não é possível afirmar que esta homogeneidade prevalece nas populações do Gran Chaco como um todo, já que esta é uma região bastante extensa que foi habitada por diferentes culturas que mudaram ao longo do tempo. Um maior número de populações, de línguas e locais diferentes do Chaco, devem ser avaliadas. / The microsatellite sequences or Short Tandem Repeats (STR) are characterized by high mutation rate and heterozygosity, codominant inheritance and ample distribution in the genomes. Added to these features, the easy detection of polymorphism (automated techniques of PCR and capillary electrophoresis), justify the wide use of these markers in areas such as: forensics, ascendance tests, anthropology, conservation genetics and mainly on human evolution studies. During the period of the Spanish conquest, the Gran Chaco was the refuge of several remaining hunter-gatherer groups, which had suffered cultural influence of people from the sub-Andean, Amazon and pampas’ regions in previous periods, making this zone an important spot for cultural and genetic studies. The objective of this investigation is the study of the diversity in 15 STR loci in 128 individuals from three Amerindian tribes of the Gran Chaco (Wichí and Toba, from the Argentinean provinces of Chaco and Formosa, and Pilagá, from Formosa). These tribes belong to two of the main linguistic families of the region: Mataco and Guaykurú. The amplification of the 15 STRs (D2S1338, D3S1358, D5S818, D7S820, D8S1179, D13S317, D16S539, D18S51, D19S433, D21S11, CSF1PO, TH01, TPOX, VWA, FGA), all of them composed by tetranucleotide motives, was made with the AmpFlSTR IdentifilerTM kit according to the specifications of the manufacturer. After the amplification, the fragments were submitted to capillary electrophoresis and specific softwares were used to measure the size of the fragments and to identify the alleles. All populations are in Hardy-Weinberg equilibrium for all of the 15 STR loci. The mean number of alleles per locus and the mean heterozygosity are within the interval found for other Native American populations. The results of the analyses of the differences on the genotypic distributions of the populations, analysis of population structure and DA genetic distance indicate that: (1) The genetic relations between the studied populations correspond to the linguistic affiliation and geographic location. (2) The Wichí from the Chaco province are genetically distinct from the other populations, but still preserve genetic similarity with the Wichí from Formosa. (3) The Toba populations from Chaco and Formosa, despite being separated by about 230km (142.6 miles), are genetically indistinguishable. (4) The Toba from Formosa province are similar to the Pilagá, that belong to the same linguistic group, the Guaykurú, and to the Wichí from Formosa, which belong to another linguistic group (Mataco). This similarity could be consequence of the socio demographic aspects of this ethnic group. Analyses of molecular variance were performed and GST’ values were determined in three geographic groups of populations: Gran Chaco, Amazon, and Savannah and Subtropical forest. The results indicated that the Gran Chaco region is genetically homogeneous, if the Ayoreo from the Paraguayan Chaco are not considered. However, it is not possible to affirm that genetic homogeneity in the Chaco’s populations is a general trait. This region is geographically extensive and culturally diverse, and the number of populations evaluated until now is small.

O avanço na distribuição geográfica de mosquitos vetores é seguido pela emergência de vírus e doenças em novas áreas para as quais não há disponibilidade de vacinas efetivas e drogas terapêuticas específicas são insuficientes. Métodos de controle de mosquitos tradicionais perderam efetividade, devido principalmente a grande capacidade reprodutiva e flexibilidade genômica dos mosquitos. Controle químico cada vez mais tornase restrito, acarretando na urgente necessidade de novas formas de controle. A liberação de machos carregando um gene letal dominante (RIDL) oferece novas abordagens aplicáveis ao controle de mosquitos e ainda assim ecológicas e espécie específica. Mosquitos Culex quinquefasciatus foram transformados com sucesso apenas uma vez, apesar do esforço de diversos laboratórios em obter uma linhagem transgênica estável. Foi desenvolvido um método de expressão transiente em mosquitos Culex, que insere plasmídeos contendo genes efetores na hemolinfa e tecidos subjacentes do mosquito. Foi observada a expressão da proteína fluorescente DsRed2, em mosquitos Culex quinquefasciatus adultos mediada por plasmídeos. Esta expressão pode ser considerada um importante passo na transformação de mosquitos Culex, além de potencial uso em estratégias de controle genético e interações gênicas. Para que novas formas de controle sejam realmente efetivas é vital que se conheça a estrutura genética da população alvo. Marcadores moleculares têm sido extensivamente utilizados em estudos filogenéticos e taxonômicos de diversas espécies de insetos. Microssatélites são de grande utilidade para observar estruturas populacionais, tanto em âmbito geográfico, quanto na escala evolucionária. Foi possível observar a formação de clusters e de padrões genéticos distintos entre as populações analisadas, criando um panorama genético dos mosquitos Culex quinquefasciatus coletados no Brasil / The increase in the geographic distribution of vectors is accompanied by the emergence of viruses and diseases in new areas. There are insufficient specific therapeutic drugs available and there are no reliable vaccines to malaria or dengue. Most mosquito control measures have failed to achieve their goals, mostly because of the mosquitos great reproductive capacity and genomic flexibility. Chemical control is increasingly restricted therefore other strategies for mosquito control are desperately needed. Releasing of Insects Carrying a Dominant Lethal Gene (RIDL) offers a new approach that can be applied to mosquitoes yet environmentally friendly and species-specific. Culex quinquefasciatus mosquitoes have been successfully genetically modified only once, despite the efforts of several laboratories to transform and establish a stable strain. We have adapted a transient gene expression method, in Culex, that delivers plasmid DNA directly to the mosquito hemolymph and additional tissues. We were able to express DsRed2 fluorescent protein in adult Culex quinquefasciatus mosquitoes by injecting plasmids directly into their thorax. The expression of DsRed2 in adult Culex quinquefasciatus mosquitoes is an important stepping stone to genetic transformation and the potential use of new control strategies and genetic interactions. If new methods of control are to become really effective it is vital to know the genetic structure of the target population. Molecular markers have been widely used in phylogenetic and taxonomic studies of various groups of insects. Microsatellites are very useful for observing the population structure both geographically and evolutionarily. It has been possible to observe the formation of clusters and distinct genetic patterns among the analyzed populations creating a panorama of Culex quinquefasciatus mosquitoes populations present in Brazil

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Made available in DSpace on 2014-07-29T16:21:16Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertacao Jacqueline (final).pdf: 503234 bytes, checksum: cbbe7d056e9c71e1218bf7062ca9a262 (MD5) Previous issue date: 2011-02-25 / Tibouchina papyrus is a Melastomataceae endemic to the Cerrado. It has a disjunct distribution, restricted to campos rupestres . Therefore, it can be considered a model species, helping guide Cerrado endemic plant studies. Thus, this study aimed to characterize genetic variability in microsatellite regions of T. papyrus genome and use spatial statistical analysis methods to assess genetic diversity and structure in disjunct populations. Individuals were georeferenced and leaf samples were taken from the localities of Serra dos Pirineus (216), Serra Dourada (66) and Serra de Natividade (192). In order to obtain the genotypes, we used ten microsatellite loci that were developed for T. papyrus. The locus showed a mean of 3,4 alleles and a large number of private alleles was detected (19 in total) at the populations studied. Values (f) significant were observed for two populations, indicating that populations not are following the proportions expected by Hardy-Weinberg. The global  value is significant and equal to 0.712, showing a high differentiation among the three populations studied. Thus, the three populations of T. papyrus can be treated as three different ESUs. Spatial genetic structure was weak for two populations, with low levels of SP. The low SGS corroborates the hypothesis that wind-dispersed species present no SGS due to long distance gene flow because of seed dispersal. This is plausible for T. papyrus, which is a wind-dispersed species. Despite the low intra-population SGS found in two populations, based on the relationship between kinship and distance, significant positive values were observed for the some distance class, indicating higher values for the relationship between these individuals. The intercept of the correlogram for each population may indicate the minimum distance where it is more likely that sampled individuals are less similar, which is an information applicable for the management of T. papyrus populations. Based on genetic data, it was evident that the three T. papyrus populations must be preserved, because each one contains a number of unique genetic variability that is not shared between them. Thus, theoretically it is possible to maintain the evolutionary potential of this species and to avoid local extinction in only three regions where it occurs. / Tibouchina papyrus é uma Melastomataceae endêmica do Cerrado que possui distribuição disjunta e restrita aos campos rupestres, com essas características peculiares ela pode ser considerada modelo de espécie, auxiliando em estudos de outras plantas do Cerrado que exibem o mesmo conjunto de características. Neste sentido, o objetivo desse trabalho foi caracterizar a variabilidade genética existente em regiões microssatélites do genoma de T. papyrus e utilizar metodologias de análise estatística espacial para avaliar a diversidade e a estrutura genética nas três subpopulações disjuntas da espécie. Foram amostradas folhas e georreferenciados indivíduos nas Serras dos Pirineus (216) Serra Dourada (66) e Serra de Natividade (192). Para a obtenção dos genótipos foram utilizados dez locos microssatélites desenvolvidos para a espécie. Os dez locos produziram uma média de 3,4 alelos e foi detectado um grande número de alelos privados (19 no total) nas três subpopulações avaliadas. Foi observados valores de (f) significativos em duas subpopulações, indicando que estas subpopulações não estão seguindo as proporções esperadas para o equilíbrio de Hardy-Weinberg. O valor global de θ foi significativo e igual a 0,712, apresentando uma altíssima divergência genética entre as subpopulações. Sendo assim, as três subpopulações de T. papyrus podem ser tratadas como três diferentes ESUs. A estrutura genética espacial intrapopulacional apresentou-se fraca em duas subpopulações, com baixos níveis de SP. A existência de autocorrelação espacial pouco intensa corrobora com a hipótese de que espécies com dispersão pelo vento não exiba esta estrutura, em função do fluxo gênico causado pela dispersão de sementes em longas distâncias. Isso é plausível para T. papyrus, que apresenta dispersão por anemocoria. Apesar da fraca EGE intrapopulacional encontrada em duas subpopulações, baseado nos correlogramas de parentesco, foram observados valores positivos e significativos nas primeiras classes de distância, indicando um maior grau de parentesco entre esses indivíduos. O intercepto do correlograma para cada uma das subpopulações pode indicar o distanciamento mínimo onde é mais provável amostrar indivíduos menos semelhantes, que é uma informação relevante para o manejo das subpopulações da espécie T. papyrus. Com base nos dados genéticos obtidos ficou evidente que as três subpopulações da espécie T. papyrus devem ser conservadas, pois cada uma contém uma quantidade de variabilidade genética única que não é compartilhada entre elas. Sendo assim, teoricamente torna-se possível a manutenção do potencial evolutivo da espécie e evita a extinção local nas três únicas regiões de ocorrência natural da espécie.

Anadenanthera é um gênero botânico pertencente à família Mimosaceae e endêmico da América Latina e Caribe. Compreende duas espécies arbóreas tropicais: Anadenanthera colubrina (Vell.) Brenan. (angico, angico vermelho, angico branco, curupay) e Anadenanthera peregrina (L.) Speg. (angico, angico preto, angico de casca, angico do cerrado, yopo ou cohoba). As duas espécies são de ocorrência frequente na paisagem da região de Ribeirão Preto, apresentando-se em aglomerados quase monoespecíficos popularmente conhecidos como angicais. Visando contribuir para futuras medidas conservacionistas, o objetivo deste trabalho foi investigar a diversidade genética, o sistema de reprodução, a estrutura genética espacial e o fluxo gênico contemporâneo de A. colubrina e A. peregrina em angicais da Região de Ribeirão Preto SP usando como ferramenta de análise um conjunto de marcadores moleculares microssatélites (SSR). Para isso, foram construídas duas bibliotecas enriquecidas para microssatélites usando a espécie A. colubrina que resultaram em 20 marcadores SSR testados para a espécie e subsequentemente transferidos para A. peregrina. Desses 20 marcadores, 14 foram polimórficos em cada uma das espécies. Através dessa ferramenta molecular, foi possível realizar os estudos de diversidade genética, endogamia e distribuição genética espacial em A. colubrina e A. peregrina na região de Ribeirão Preto, que acusaram de uma maneira geral, muitas semelhanças entre as duas espécies, bem como entre os angicais de uma mesma espécie. A diferença mais marcante encontrada entre elas foi com relação a estrutura genética espacial, pois todos os angicais de A. colubrina apresentaram forte estruturação, enquanto que os de A. peregrina demonstraram ter uma dispersão aleatória dos indivíduos. O sistema reprodutivo e o fluxo de pólen nas duas espécies foi acessado usando sete marcadores moleculares microssatélites. Para essas análises foram genotipados indivíduos juvenis e adultos (totalizando 352 de A. colubrina e 355 de A. peregrina) presentes nos angicais Acol/PB, Aper/SP255 e Aper/Faz. Através das análises constatou-se que ambas as espécies tem sistema de acasalamento misto, embora A. colubrina tenha apresentado uma proporção maior de autofecundação (tm Acol = 0,619; tm Aper= 0,905). Também foram encontrados elevados índices de cruzamento entre parentes (tm-ts Acol = 0,159; tm-ts Aper = 0,216) e parentesco (coancestria), o que resultou num baixo tamanho efetivo populacional para ambas as espécies. As estimativas das taxas de cruzamentos multilocos individuais apresentaram grande variação nas duas espécies, mostrando a flexibilidade do sistema reprodutivo no gênero Anadenanthera. O número efetivo de doadores de pólen foi muito baixo para um mesmo fruto (1,10 em A. colubrina e 1,24 em A. peregrina) e mais alto entre frutos de uma mesma árvore (2,61 em A. colubrina e 3,35 em A. peregrina), usando a estimativa indireta de correlação de paternidade. Análises de paternidade revelaram distâncias de dispersão de pólen em duas escalas para ambas as espécies. Dessa forma, ocorreram muitos cruzamentos locais, entre árvores próximas no mesmo angical, mas também foram encontradas grandes distâncias de dispersão de pólen. A média da distância de dispersão em A. colubrina foi de 299,88 m e de 214,369 m em A. peregrina. Alto fluxo de pólen oriundo de árvores externas aos angicais de ambas as espécies foi detectado, indicando que os grupos não são isolados reprodutivamente. Por outro lado, o fluxo gênico crítico foi também muito elevado nas estimativas, provavelmente devido ao baixo poder de exclusão que os locos apresentaram dentro dos angicias de ambas as espécies. / Anadenanthera is a genus of Mimosaceae that is endemic to Latin America and the West Indies and comprises two tropical tree species: Anadenanthera colubrina (Vell.) Brenan. (popularly known as angico, angico vermelho, angico branco or curupay) and Anadenanthera peregrina (L.) Speg. (angico, angico preto, angico de casca, angico do cerrado, yopo or cohoba). Both species are commonly found in the Ribeirão Preto region, usually as nearly monospecific agglomerates known as angicais. To aid future conservationist measures, this work investigated the genetic diversity, gene flow, spatial genetic structure and contemporary mating system of A. colubrina and A. peregrina in the angicais of Ribeirão Preto Region SP by analyzing a sample of simple sequence repeat markers (SSR). Two microsatellites libraries were created from A. colubrina, providing 20 SSR markers that were tested for that species and later applied to A. peregrina. Fourteen out of the 20 markers were polymorphic between the species, allowing an examination of the genetic diversity, endogamy and spatial genetic structure in A. colubrina and A. peregrina in the Ribeirão Preto region, which revealed several similarities between the two species, as well as among the angicais of a single species. The most remarkable difference between the species was related to the spatial genetic structure, as all angicais of A. colubrina presented strong structuration, whereas those of A. peregrina exhibited an aleatory dispersion of individuals. The mating system and pollen flow in both species were analyzed through seven SSR. Adults and juveniles from the angicais Acol/PB, Aper/SP255 and Aper/Faz were genotyped for those analyses (352 specimens of A. colubrina and 355 of A. peregrina), revealing that both species undergo a mixed mating system, although A. colubrina presented a higher percentage of self-mating (tm Acol = 0.619; tm Aper= 0.905). High indices of mating among relatives (tm-ts Acol = 0.159; tm-ts Aper = 0.216) and coancestry were also found, resulting in a low effective population size for both species. A wide range in the estimate of the mutilocus breeding rate was found for both species, reflecting the plasticity of the mating system in the genus Anadenanthera. The effective number of pollen donors was very low for a single fruit (1.10 in A. colubrina and 1.24 in A. peregrina) and higher between fruits from the same tree (2.61 in A. colubrina and 3.35 in A. peregrina), using an indirect estimate of the paternity correlation. Paternity analyses revealed the distance of pollen dispersion on two different scales: many local outcrossings (between close trees from the same angical) in addition to long-distance pollen dispersion. The average dispersion distance was 299.88 m in A. colubrina and 214.369 m in A. peregrina. A high pollen flux from trees outside the angicais of both species was observed, indicating a lack of reproductive isolation. However, the gene flow was also very high, likely due to the low power of exclusion presented by loci from both species inside the angicais.

Informações sobre o uso do espaço são importantes para o entendimento de processos ecológicos que envolvem uma espécie e a determinação de seu estado de conservação. Tais informações são escassas para o gênero Mazama, o mais diverso entre os cervídeos neotropicais, sendo que desenvolver metodologias para obtenção de dados ecológicos do gênero torna-se fundamental para qualquer ação de manejo envolvendo o grupo. O estudo do DNA fecal surge como uma ferramenta importante para viabilizar a coleta sistemática de informações sobre o gênero. Assim, o presente trabalho visou a estimar a área de vida e a seleção de hábitat do veado-catingueiro, comparando duas metodologias, com intuito de avaliar a aplicação do DNA fecal como alternativa para se estudar a espécie. O trabalho contou com 6 animais que tiveram suas localizações obtidas a cada 13 horas por colares GPS, no período de um ano. Nesse mesmo período e na mesma área, foram coletadas mensalmente amostras fecais, gerando um total de 830 amostras, cujo DNA foi extraído para identificação genética. A espécie das amostras foi determinada com o uso de um marcador mitocondrial (cit-b), e a identificação individual, com um painel de 11 microssatélites. Os valores de área de vida pelo método do MPC 95% variaram de 33 ha a 97 ha, e pelo método Kernel com 95% das localizações, variaram de 17 ha a 77 ha. Observou-se que as áreas de vida são alocadas nos diferentes habitats da região conforme o disponível (p = 0,072), porém são utilizadas internamente de forma selecionada (p=0,001). Neste nível, a espécie apresentou preferência pelos hábitats de cerrado e campo cerrado e evitou o campo (p < 0,005). Foram identificadas 670 amostras de veado-catingueiro e 15 genótipos únicos. A análise espacial das fezes também sugeriu uso desproporcional dos hábitats em relação à sua disponibilidade, sendo que a comparação direta entre os dois métodos revelou iguais distribuições no nível de espécie (p=0,178). As amostras individualizadas sugeriram um padrão de alta sobreposição de área de uso por diferentes indivíduos, mas avanços são necessários para melhor elucidar a questão. Perante os resultados observados, entende-se que há muito em se avançar na análise molecular das fezes que, realizada em larga escala, pode fornecer respostas importantes anteriormente inviáveis para espécies florestais. / Space use information is a key element to understand the ecological processes regarding a species and its conservation status. Such information is scarce for the genus Mazama, the most diverse group among Neotropical deer. The development of methods to obtain ecological data is fundamental to management actions concerning the group. The study of fecal DNA emerges as an important tool to enable systematic information collection about Mazama genus. Therefore, the present study aimed to estimate the home range and habitat selection of brown brocket deer comparing two methodologies in order to assess the application of fecal DNA as an alternative to study this species. Six animals were monitored with GPS collars and their location data was collected every 13 hours within one year time. Fecal samples were collected monthly in the same period and in the same area, generating a total of 830 samples whose DNA was extracted for genetic identification. The species identification was determined by a mitochondrial marker (cit-b) and individuals were identified applying a panel of 11 microsatellites. Home range was 33-97 h by MPC 95% and 17-77 h by Kernel 95%. Home rages are allocated in different habitats as available in the region (p = 0.072), but its use is internally selected (p = 0.001). At this level, the species showed preference for \"cerrado\" and \"campo cerrado\" habitats and avoidance to open field areas (p < 0.005). Genetics analysis identified 670 brown brocket deer samples and 15 unique genotypes. Feces spatial analysis suggested disproportionate use of habitats in relation to their availability in the field and the direct comparison between the two methods revealed equal distributions at the species level (p = 0.178). The genotyped samples suggested an overlapping home range pattern for different individuals, but advances are needed to further elucidate the issue. There is need for improvements in feces molecular analysis and, if held on large scale, it can provide important and previously unviable answers for forest species.

Este trabalho tem como objetivo a determinação da freqüência alélica de 12 microssatélites do cromossomo Y na população de Araraquara e da Grande São Paulo, tendo em vista a necessidade de ampliação dos dados referentes a estes marcadores devido a sua crescente aplicação em diferentes áreas, entre elas a forense na qual a utilização destes microssatélites torna-se muitas vezes a única ferramenta disponível para resolução de casos. Para isto foram tipados 200 indivíduos, que não apresentavam relação de parentesco, divididos em quatro grupos de acordo com autoclassificação de cor (branco, preto, pardo ou oriental). Foram coletadas destes indivíduos amostras de sangue ou saliva a partir das quais foi feita extração do DNA utilizando diferentes protocolos de acordo com o tipo de amostra, seguida da amplificação dos 12 locos do cromossomo Y através do PowerPlex® Y System (Promega) de acordo com instruções do fabricante. Os produtos da amplificação foram submetidos a eletroforese em gel de poliacrilamida desnaturante a 6%, no seqüenciador ABI377 (Applied Biosystems) para obtenção dos perfis de cada loco. Os quais foram analisados com a utilização do software GeneScan ver. 2.1 (Applied Biosystems). Foi realizado o cálculo das freqüências alélicas e diversidade gênica de cada loco, assim como da diversidade haplotípica e capacidade de discriminação para cada grupo e para a amostra total. A comparação entre os resultados obtidos demonstrou que a variação dentro de cada grupo é maior que a variação entre os grupos. Os resultados obtidos foram enviados ao banco de dados mundial do cromossomo Y (Y-STR Haplotype Reference Database). / The aim of this study is to determine the allelic frequency of 12 microsatellites of the Y chromosome in Grande São Paulo and Araraquara population, in face of the amplification necessity of these markers data due to the increasing application of these markers on different fields, including the forensic on which the use of them is sometimes the only way to solve crime cases. For this purpose it was typed 200 unrelated individuals divided according to self report in four groups based on color skin (white, black, mulatto or yellow). Blood or buccal swab samples were collected and submitted to DNA extraction with different protocols according to the kind of sample. Subsequent amplification of 12 Y-STR was proceeded using the PowerPlex® Y System (Promega) following the manufacture’s protocol. The amplification products were submitted to electrophoresis in 6% polyacrilamid gel on ABI377 sequencer (Applied Biosystems) to obtain the profile of each locus. The results were analyzed with GeneScan ver. 2.1 software (Applied Biosystems). The allelic frequency and gene diversity of each locus as well as the haplotypic diversity and discrimination capacity was calculated for each group and for total sample. The comparison among the results showed that the variation inside the groups is higher than between groups. The haplotypes observed on this sample were sent to Y-STR Haplotype Reference Database.

Submitted by (edna.saturno@ufrpe.br) on 2017-02-16T14:30:22Z No. of bitstreams: 1 Marilia Espindola de Souza.pdf: 397654 bytes, checksum: b4105af9769e13d8c7922e93537b6014 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-02-16T14:30:22Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Marilia Espindola de Souza.pdf: 397654 bytes, checksum: b4105af9769e13d8c7922e93537b6014 (MD5) Previous issue date: 2007-06-04 / Tilapia native to Africa, are cultured worldwide. In the past 50 years, populations of Tilapia rendalli have been introduced in Brazil, afterwards Oreochromis niloticus and O. hornorum populations, originated from Ivory Coast, were also imported. In the last ten years, an O. niloticus strain named “Chitralada”, developed in Thailand, completely spread all over the country. One of the populations of O. niloticus named Nilotica that remained from the first imports is being cultured at the Aquaculture Station of Paulo Afonso, representing an unique genetic model. The objective of this study was to investigate the genetic variability and differentiation of two tilapia populations of O. niloticus and O. niloticus “Chitralada” reared in Paulo Afonso Station in order to verify the genetic potentiality of using niloticus population in the construction of a highly inbred strain for further QTL approach or in exploring hybrid vigor. Forty four individuals of each population were genotyped for three microsatellite markers and a total of 22 alleles were found. The mean heterozygosity detected was 0,471 for “Chitralada” population and 0 for the O. niloticus population. The coefficient of genetic differentiation (FST) was 0,627 and the mean inbreeding coefficient(FIS) was 0,309 for Chitralada population and was 1 for O. niloticus population. The absence of heterozygosity in the population of O. niloticus suggests that this population can be used in the development of a highly homozygous strain as well as in obtaining heterosis in crosses with “Chitralada” population. / As tilápias, originárias do continente africano, são cultivadas em todo o mundo. As populações cultivadas no Brasil são derivadas de importações da Tilapia rendalli ,realizadas nos últimos 50 anos, posteriormente da Oreochromis niloticus e da O.hornorum, vinda da Costa do Marfim. Nos últimos 10 anos, a linhagem da O. niloticus chamada de “chitralada”, oriunda da Tailândia, disseminou-se amplamente no país. Uma das raras populações de O. niloticus, remanescente das primeiras importações, é ainda cultivada na Estação de Piscicultura de Paulo Afonso – EPPA, representando um modelo único de isolamento genético. O presente trabalho objetivou avaliar a variabilidade e diferenciação genética de duas populações de tilápia, Oreochromis niloticus e Oreochromis niloticus “chitralada”, ambas cultivadas na Estação de Piscicultura de Paulo Afonso – EPPA, a fim de verificar a potencialidade genética para sua utilização emabordagens voltadas a análise de QTLs, bem como para a exploração de vigor híbrido. Foram genotipados 44 indivíduos de cada população para três marcadores de microssatélite e um total de 22 alelos foram encontrados. A heterozigosidade media observada foi de 0,471 para a população de chitralada, e de 0 para a população denilótica. O coeficiente de diferenciação genética (FST) obtido foi de 0,627, e o valor médio do coeficiente de endocruzamento (FIS) encontrado foi de 0,309 para a população de chitralada, e de 1 para a população de nilótica. A inexistência de heterozigotos na população de O. niloticus sugere que esta população pode ser utilizada na construção de uma linhagem altamente homozigota, como também pode ser explorada para heterose com cruzamentos com a linhagem chitralada.