Thèse (M.Sc.)--Université Laval, 2006. / Titre de l'écran-titre (visionné le 28 mars 2007). Bibliogr.

Thèse d'exercice : Pharmacie : Université de Nantes : 2004. / Bibliogr. f. 110-117 [66 réf.].

Thèse de doctorat : Sciences et environnements. Sédimentologie marine et paléoclimats : Bordeaux 1 : 2008. / Titre provenant de l'écran-titre.

Thèses (M.A.)--Université de Sherbrooke (Canada), 2005. / In ProQuest dissertations and theses. Titre de l'écran-titre (visionné le 17 oct. 2007). Publié aussi en version papier.

Thèse (M.A.)--Université de Sherbrooke (Canada), 2007. / Titre de l'écran-titre (visionné le 21 avril 2009). In ProQuest dissertations and theses. Publié aussi en version papier.

Th.--Pharm.--Paris 5, 1985. N°: 110.

Des marqueurs pleuraux pouvant discriminer les pleurésies bénignes et malignes sont nécessaires. Parmi les possibles biomarqueurs, les microparticules (MPs) ont été décrites dans les compartiments biologiques humains ; mais peu de données existent sur leur existence dans le liquide pleural. Etant donné que les cellules tumorales produisent un grand nombre de MPs, nous avons fait l’hypothèse de la présence de MPs tumoraux (TMPs) dans les pleurésies et de leur implication dans la carcinogénèse.Donc, pour la première fois nous avons montré de nombreuses MPs pleurales produites par des cellules normales et malignes et nous avons caractérisé leur cellule d’origine.De plus, nous avons montré des TMPs pleurales exprimant l’antigène EpCAM : ce travail donne les bases pour l’utilisation de ce prometteur biomarqueur pour classifier les pleurésies. Nous avons décrit des cas cliniques de patients avec cytologie négative, mais positifs à la présence de MPs pleurales EpCAM+ : donc, les MPs EpCAM+ peuvent être un outil complémentaire à la cytologie, pour améliorer le diagnostic des MPEs. Ce travail ouvre aussi de nouvelles perspectives pour un monitorage mini-invasif et pour une médecine personnalisée avec une cible EpCAM.Etant donné que les TMPs ont de nombreuses activités, il est possible que les MPs EpCAM+ jouent un rôle majeur dans la carcinogenèse au niveau du microenvironnement pleural.Ces résultats donnent les bases pour la détection des TMPs par cytométrie en flux comme possibles biomarqueurs non-invasif pour la classification des épanchements pleuraux. / Pleural biomarkers which could discriminate benign and malignant pleural effusion are needed.Among candidate biomarkers, microparticles (MPs), have been reported in human body fluids, but little is known about their existence in pleural fluid. Because tumor cells produce high numbers of MPs, we hypothesized the presence of tumor-derived MPs (TMP) in pleuresy and their involvement in carcinogenesis.Therefore, for the first time, we report the presence of high amounts of MPs originating from normal and malignant cells in pleural fluids, and we characterizes their cellular origin. Moreover, we showed pleural TMPs expressing the EpCAM antigen from carcinoma patients : this work establishes the basis for using this promising biomarker to distinguish benign and MPE. We showed clinical cases of cancer patients, negative at cytology, but positive for pleural EpCAM+MPs : thus, EpCAM+MPs may be considered as a complementary tool with the cytology to classify pleurisies. This work also opens new directions about mini-invasive monitoring and personalized medicine targeting EpCAM. Since TMPs also carry various features and genetic signatures implicated in malignacy, it can be assumed that EpCAM+MPs could behave as relevant players of carcinogenesis in the pleural microenvironment. Although the sensitivity and specificity of a diagnosis by TMPs should be established in larger multicenter cohorts, this study establishes the basis for the detection of TMPs by flow cytometry as potential biomarkers for the classification of pleural effusions.

Les derniers évènements planétaires et plus particulièrement l'avènement sans précédent du nouveau coronavirus augmente la demande pour des appareils de test à proximité du patient. Ceux-ci fonctionnent avec une batterie et peuvent identifier rapidement des biomarqueurs cibles. Pareils systèmes permettent aux utilisateurs, disposant de connaissances limitées en la matière, de réagir rapidement, par exemple dans la détection d'un cas positif de COVID-19. La mise en œuvre de l'élaboration d'un tel instrument est un projet multidisciplinaire impliquant notamment la conception de circuits intégrés, la programmation, la conception optique et la biologie, demandant tous une maîtrise pointue des détails. De plus, l'établissement des spécifications et des exigences pour mesurer avec précision les interactions lumière-échantillon s'additionnent au besoin d'expérience dans la conception et la fabrication de tels systèmes microélectriques personnalisés et nécessitent en elles-mêmes, une connaissance approfondie de la physique et des mathématiques. Ce projet vise donc à concevoir et à mettre en œuvre un appareil sans fil pour détecter rapidement des biomarqueurs impliqués dans des maladies infectieuses telles que le COVID-19 ou des types de cancers en milieu ambulatoire. Cette détection se fait grâce à des méthodes basées sur la fluorescence. La spectrophotométrie de fluorescence permet aux médecins d'identifier la présence de matériel génétique viral ou bactérien tel que l'ADN ou l'ARN et de les caractériser. Les appareils de paillasse sont énormes et gourmand énergétiquement tandis que les spectrophotomètres à fluorescence miniatuarisés disponibles dans le commerce sont confrontés à de nombreux défis. Ces appareils miniaturisés ont été découverts en tirant parti des diodes électroluminescentes (DEL) à semi-conducteurs peu coûteuses et de la technologie des circuits intégrés. Ces avantages aident les scientifiques à réduire les erreurs possibles, la consommation d'énergie et le coût du produit final utilisé par la population. Cependant, comme leurs homologues de paillasse, ces appareils POC doivent quantifier les concentrations en micro-volume d'analytes sur une large gamme de longueurs d'onde suivant le cadre d'une économie en ressources. Le microsystème envisagé bénéficie d'une approche de haute précision pour fabriquer une puce microélectronique CMOS. Ce procédé se fait de concert avec un boîtier personnalisé imprimé en 3D pour réaliser le spectrophotomètre à la fluorescence nécessaire à la détection quantitative d'analytes en microvolume. En ce qui a trait à la conception de circuits, une nouvelle technique de mise à auto-zeroing est appliquée à l'amplificateur central, celui-ci étant linéarisé avec des techniques de recyclage et de polarisation adaptative. Cet amplificateur central est entièrement différentiel et est utilisé dans un amplificateur à verrouillage pour récupérer le signal d'intérêt éclipsé par le bruit. De plus, l'augmentation de la sensibilité de l'appareil permet des mesures quantitatives avec des concentrations en micro-volume d'analytes ayant moins d'erreurs de prédiction de concentration. Cet avantage cumulé à une faible consommation d'énergie, un faible coût, de petites dimensions et un poids léger font de notre appareil une solution POC prometteuse dans le domaine de la spectrophotométrie de fluorescence. La validation de ce projet s'est fait en concevant, fabriquant et testant un prototype discret et sans fil. Son article de référence a été publié dans IEEE LSC 2018. Quant à la caractérisation et l'interprétation du prototype d'expériences in vitro à l'aide d'une interface MATLAB personnalisée, cet article a été publié dans IEEE Sensors journal (2021). Les circuits intégrés et les photodétecteurs ont été fabriqués ont été conçus et fabriqués par Cadence en 2019. Relativement aux solutions de circuit proposées, elles ont été fabriquées avec la technologie CMOS 180 nm et publiées lors de la conférence IEEE MWSCAS 2020. Tout comme cette dernière contribution, les expériences in vitro avec le dispositif proposé incluant la puce personnalisée et le boîtier imprimé en 3D ont été réalisés et les résultats électriques et optiques ont été soumis au IEEE Journal of Solid-State Circuits (JSSC 2022). / The most recent and unprecedented experience of the novel coronavirus increases the demand for battery-operated near-patient testing devices that can rapidly identify the target biomarkers. Such systems enable end-users with limited resources to quickly get feedback on various medical tests, such as detecting positive COVID-19 cases. Implementing such a device is a multidisciplinary project dealing with multiple areas of expertise, including integrated circuit design, programming, optical design, and biology, each of which needs a firm grasp of details. Alongside the need for experience in designing and manufacturing custom microelectronic systems, establishing the specifications and requirements to precisely measure the light-sample interactions requires an in-depth knowledge of physics and mathematics. This project aims to design and implement a wireless point-of-care (POC) device to rapidly detect biomarkers involved in infectious diseases such as COVID-19 or different types of cancers in an ambulatory setting using fluorescence-based methods. Fluorescence spectrophotometry allows physicians to identify and characterize viral or bacterial genetic materials such as DNAs or RNAs. The benchtop devices that are currently available are bulky and power-hungry, whereas the commercially available miniaturized fluorescence spectrophotometers are facing many challenges. Many of these difficulties have been resolved in literature thanks to inexpensive semiconductor light-emitting diodes (LEDs) and integrated circuits technology. Such advantages aid scientists in decreasing the size, power consumption, and cost of the final product for end-users. However, like the benchtop counterparts, such POC devices must quantify micro-volume concentrations of analytes across a wide wave length range under an economy of resources. The envisioned microsystem benefits from a high-precision approach to fabricating a CMOS microelectronic chip combined with a custom 3D-printed housing. This implementation results in a fluorescence spectrophotometer for qualitative and quantitative detection of micro-volume analytes. In terms of circuit design, a novel switched-biasing ping-pong auto-zeroed technique is applied to the core amplifier, linearized with recycling and adaptive biasing techniques. The fully differential core amplifier is utilized within a lock-in amplifier to retrieve the signal of interest overshadowed by noise. Increasing the device's sensitivity allows quantitative measurements down to micro-volume concentrations of analytes with less concentration prediction error. Such an advantage, along with low-power consumption, low cost, low weight, and small dimensions, make our device a promising POC solution in the fluorescence spectrophotometry area. The approach of this project was validated by designing, fabricating, and testing a discrete and wireless prototype. Its conference paper was published in IEEE LSC 2018, and the prototype characterization and interpretation of in vitro experiments using a custom MATLAB interface were published in IEEE Sensors Journal (2021). The integrated circuits and photodetectors were designed and fabricated by the Cadence circuit design toolbox (2019). The proposed circuit solutions were fabricated with 180-nm CMOS technology and published at IEEE MWSCAS 2020 conference. As the last contribution, the in vitro experiments with the proposed device, including the custom chip and 3D-printed housing, were performed, and the electrical and optical results were submitted to the IEEE Journal of Solid-State Circuits (JSSC 2022).

Les derniers évènements planétaires et plus particulièrement l'avènement sans précédent du nouveau coronavirus augmente la demande pour des appareils de test à proximité du patient. Ceux-ci fonctionnent avec une batterie et peuvent identifier rapidement des biomarqueurs cibles. Pareils systèmes permettent aux utilisateurs, disposant de connaissances limitées en la matière, de réagir rapidement, par exemple dans la détection d'un cas positif de COVID-19. La mise en œuvre de l'élaboration d'un tel instrument est un projet multidisciplinaire impliquant notamment la conception de circuits intégrés, la programmation, la conception optique et la biologie, demandant tous une maîtrise pointue des détails. De plus, l'établissement des spécifications et des exigences pour mesurer avec précision les interactions lumière-échantillon s'additionnent au besoin d'expérience dans la conception et la fabrication de tels systèmes microélectriques personnalisés et nécessitent en elles-mêmes, une connaissance approfondie de la physique et des mathématiques. Ce projet vise donc à concevoir et à mettre en œuvre un appareil sans fil pour détecter rapidement des biomarqueurs impliqués dans des maladies infectieuses telles que le COVID-19 ou des types de cancers en milieu ambulatoire. Cette détection se fait grâce à des méthodes basées sur la fluorescence. La spectrophotométrie de fluorescence permet aux médecins d'identifier la présence de matériel génétique viral ou bactérien tel que l'ADN ou l'ARN et de les caractériser. Les appareils de paillasse sont énormes et gourmand énergétiquement tandis que les spectrophotomètres à fluorescence miniatuarisés disponibles dans le commerce sont confrontés à de nombreux défis. Ces appareils miniaturisés ont été découverts en tirant parti des diodes électroluminescentes (DEL) à semi-conducteurs peu coûteuses et de la technologie des circuits intégrés. Ces avantages aident les scientifiques à réduire les erreurs possibles, la consommation d'énergie et le coût du produit final utilisé par la population. Cependant, comme leurs homologues de paillasse, ces appareils POC doivent quantifier les concentrations en micro-volume d'analytes sur une large gamme de longueurs d'onde suivant le cadre d'une économie en ressources. Le microsystème envisagé bénéficie d'une approche de haute précision pour fabriquer une puce microélectronique CMOS. Ce procédé se fait de concert avec un boîtier personnalisé imprimé en 3D pour réaliser le spectrophotomètre à la fluorescence nécessaire à la détection quantitative d'analytes en microvolume. En ce qui a trait à la conception de circuits, une nouvelle technique de mise à auto-zeroing est appliquée à l'amplificateur central, celui-ci étant linéarisé avec des techniques de recyclage et de polarisation adaptative. Cet amplificateur central est entièrement différentiel et est utilisé dans un amplificateur à verrouillage pour récupérer le signal d'intérêt éclipsé par le bruit. De plus, l'augmentation de la sensibilité de l'appareil permet des mesures quantitatives avec des concentrations en micro-volume d'analytes ayant moins d'erreurs de prédiction de concentration. Cet avantage cumulé à une faible consommation d'énergie, un faible coût, de petites dimensions et un poids léger font de notre appareil une solution POC prometteuse dans le domaine de la spectrophotométrie de fluorescence. La validation de ce projet s'est fait en concevant, fabriquant et testant un prototype discret et sans fil. Son article de référence a été publié dans IEEE LSC 2018. Quant à la caractérisation et l'interprétation du prototype d'expériences in vitro à l'aide d'une interface MATLAB personnalisée, cet article a été publié dans IEEE Sensors journal (2021). Les circuits intégrés et les photodétecteurs ont été fabriqués ont été conçus et fabriqués par Cadence en 2019. Relativement aux solutions de circuit proposées, elles ont été fabriquées avec la technologie CMOS 180 nm et publiées lors de la conférence IEEE MWSCAS 2020. Tout comme cette dernière contribution, les expériences in vitro avec le dispositif proposé incluant la puce personnalisée et le boîtier imprimé en 3D ont été réalisés et les résultats électriques et optiques ont été soumis au IEEE Journal of Solid-State Circuits (JSSC 2022). / The most recent and unprecedented experience of the novel coronavirus increases the demand for battery-operated near-patient testing devices that can rapidly identify the target biomarkers. Such systems enable end-users with limited resources to quickly get feedback on various medical tests, such as detecting positive COVID-19 cases. Implementing such a device is a multidisciplinary project dealing with multiple areas of expertise, including integrated circuit design, programming, optical design, and biology, each of which needs a firm grasp of details. Alongside the need for experience in designing and manufacturing custom microelectronic systems, establishing the specifications and requirements to precisely measure the light-sample interactions requires an in-depth knowledge of physics and mathematics. This project aims to design and implement a wireless point-of-care (POC) device to rapidly detect biomarkers involved in infectious diseases such as COVID-19 or different types of cancers in an ambulatory setting using fluorescence-based methods. Fluorescence spectrophotometry allows physicians to identify and characterize viral or bacterial genetic materials such as DNAs or RNAs. The benchtop devices that are currently available are bulky and power-hungry, whereas the commercially available miniaturized fluorescence spectrophotometers are facing many challenges. Many of these difficulties have been resolved in literature thanks to inexpensive semiconductor light-emitting diodes (LEDs) and integrated circuits technology. Such advantages aid scientists in decreasing the size, power consumption, and cost of the final product for end-users. However, like the benchtop counterparts, such POC devices must quantify micro-volume concentrations of analytes across a wide wave length range under an economy of resources. The envisioned microsystem benefits from a high-precision approach to fabricating a CMOS microelectronic chip combined with a custom 3D-printed housing. This implementation results in a fluorescence spectrophotometer for qualitative and quantitative detection of micro-volume analytes. In terms of circuit design, a novel switched-biasing ping-pong auto-zeroed technique is applied to the core amplifier, linearized with recycling and adaptive biasing techniques. The fully differential core amplifier is utilized within a lock-in amplifier to retrieve the signal of interest overshadowed by noise. Increasing the device's sensitivity allows quantitative measurements down to micro-volume concentrations of analytes with less concentration prediction error. Such an advantage, along with low-power consumption, low cost, low weight, and small dimensions, make our device a promising POC solution in the fluorescence spectrophotometry area. The approach of this project was validated by designing, fabricating, and testing a discrete and wireless prototype. Its conference paper was published in IEEE LSC 2018, and the prototype characterization and interpretation of in vitro experiments using a custom MATLAB interface were published in IEEE Sensors Journal (2021). The integrated circuits and photodetectors were designed and fabricated by the Cadence circuit design toolbox (2019). The proposed circuit solutions were fabricated with 180-nm CMOS technology and published at IEEE MWSCAS 2020 conference. As the last contribution, the in vitro experiments with the proposed device, including the custom chip and 3D-printed housing, were performed, and the electrical and optical results were submitted to the IEEE Journal of Solid-State Circuits (JSSC 2022).

Les marqueurs illocutoires (MI) sont des unités lexicales indépendantes syntaxiquement qui réalisent des actes illocutoires expressifs, directifs ou assertifs. Ces mots-phrases, comme wow, coudon, franchement! et mon dieu!, nous apparaissent comme une des clés de l'expression de la subjectivité à l'oral en contexte de conversation. L'analyse automatique de ces unités, leur identification et la détermination de leur sens par un système informatique, soulève des problèmes particuliers liés à leur polysémie, à leur comportement syntaxique et à leur relative faible fréquence dans les corpus actuellement disponibles. Dans cette thèse, nous cherchons à résoudre ces problèmes à l'aide du Corpus de français parlé au Québec (CFPQ) comme source de données, des librairies en Python du Natural Language Toolkit (NLTK) et de scikit-learn comme outils informatiques et des travaux réalisés dans les cadres de la Métalangue sémantique naturelle (MSN) et de la théorie Sens-Texte (TST) comme outils théoriques. Suite à un état de la question au sujet des MI et du traitement automatique des marqueurs discursifs en général, nous présentons les résultats d'une expérience au sujet de l'identification automatique des MI ambigus présents dans le CFPQ. L'identification de certains MI est triviale parce que ceux-ci se présentent sous des formes qui ne sont pas ambiguës (chut et coudon, par exemple). L'identification des MI qui sont homonymes avec d'autres classes grammaticales (comme regarde et sérieux) est plus difficile. Nous voyons qu'il est possible de repérer ceux-ci à l'aide de méthodes automatiques qui obtiennent des f-mesures variant entre 75% et 100% selon les unités, avec une moyenne de 93,98% pour la meilleure méthode. Un étiqueteur à n-grammes et un classifieur de type SVM (support vector machine) sont les principaux outils informatiques utilisés par ces méthodes. L'étiqueteur à n-grammes est entraîné sur un ensemble d'étiquettes spécifiquement conçu pour favoriser l'identification des MI. Le classifieur SVM base principalement son entraînement et son analyse sur l'observation des textes et des résultats de l'étiqueteur à n-grammes. Nous proposons ensuite un système de description sémantique modulaire des MI qui nous permet de décrire leurs signifiés par la combinaison de 17 paraphrases simples en langue naturelle. Nous terminons notre étude par la présentation d'un exemple d'analyse de texte à l'aide du système d'identification et d'interprétation des MI développé au cours de la thèse.