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Caracterização de Azospirillum brasilense e Azospirillum lipoferum isoladas de Teosinte e milho e sua interação com raizes de milho

Jasmin, Janie Mendes 15 July 2018 (has links)
Orientador: Paulo Arruda / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-07-15T05:34:16Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Jasmin_JanieMendes_M.pdf: 2910162 bytes, checksum: f576fb58dfccd764de6d4a05fd175d23 (MD5) Previous issue date: 1988 / Resumo: A fixação biológica de nitrogênio em gramíneas tem merecido atenção especial nos últimos anos e muitos estudos têm sido desenvolvidos visando uma melhor compreensão dos fatores que influenciam a relação planta-bactéria. No presente trabalho foram isoladas estirpes de Azospirillum brasilense e de Azospirillum lipoferum de raizes de teosinte e de milho. Foram identificadas 23 estirpes das duas espécies bacterianas. Essas estirpes foram caracterizadas quanto a sua resistência a antibióticos e produção de ácido indol-acético (AIA). Foi observada uma grande variabilidade, para ambas as caracteristicas, entre as diferentes estirpes analisadas. Os principais componentes indólicos encontrados em sobrenadantes de culturas de Azospirillun brasilense, crescidas em presença de 0.1 mg de triptofano por ml quando avaliados por cromatografia líquida de alto desempenho (HPLC) e espectrometria de massa (MS) foram: indol-etanol (IEt), indol-metanol (IM) e icido indol-láctico (ILA). A análise dos indóis presentes em raízes de plântulas de milho, inoculadas e não inoculadas com Azospirillum, revelou como seus principais componentes indólicos o ácido indol-acético (AIA) e o ácido oxindol-acético AIA) e o ácido oxindol-acético (Ox AIA). Quando extratos de raízes de plântulas de milho, geneticamente diferentes, foram adicionados ao meio de crescimento de Azospiririllun, diferenças significativas foram observadas entre as curvas de crescimento obtidas com extratos do híbrido simples Fi 1227, da Secretaria de Agricultura do Estado de São Paulo e extratos de uma linhagem de Milho Americano. A inoculação de híbridos simples de milho, de diferentes origens genéticas com diferentes concentrações e estirpes de ª brasilense apresentou resultados de crescimento radicular significativamente contrastantes. As diferenças observadas parecem ser dependentes preponderantemente, do material vegetal usado não estando correlacionadas com a produção de AIA pelas bactérias. Quando os mesmos materiais vegetais foram crescidos na presença de triptofano e inoculados com Azospirillun, houve uma forte inibição do crescimento radicular de todas as plântulas. Resultados semelhantes foram observados quando AIA e triptofano + fenilalanina + tirosina + AIA estavam presentes no meio de crescimento das plântulas / Abstract: In recent years much attention has been given to the biological nitrogen fixation in grasses and cereal crops. Many studies have been carried out aiming at a better understanding of the plant-bacteria reIationship. The present paper deals with the isolation of Azospirillum brasilense and Azospirillum lipoferum strains from the roots of teonsinte and maize. Twenty-three strains were obtained. These strains were screened for antibiotics resistance and indol-acetic acid (IAA) production. A great variability for both characteristics was observed. Indol-ethanol (IEt), indol-methanol (IM) and indol-lactic acid (I LA) were the main indolic components detected in Azospirillum brasilense supernatants, when cells were grown with a 0,1 mg/ml tryptophan supply, by high-pressure liquid cromatagraphy and mass spectrometry analysis. Maize roots both inoculated and non-inoculated with Azospirillum presented indol-acetic acid (IAA) and oxindol-acetic acid (Ox IAA) as their main indolic components. Maize seedling root extracts with different genetic backgrounds added to Azospirillum growth media affected the bacterial growth rate. The maize hybrid Fi 1227 extracts differed significatively from the extracts o, an American Maize Inbred Line. The results of the seedling root growth rates of maize hybrids with different genetic backgrounds inoculated with distinct strains of é brasilense contrasted significatively. The differences observed are indicative that a main role is performed by the plant material used without correlation to the bacterial IAA production. The addition of tryptophan to the growth media of plants in combination with Azospirillum inoculation caused a severe inhibition of radicular growth. Similar results were observed in the presence of IAA and also tryptophan+phenylalanine+tyrosine+IAA / Mestrado / Genetica / Mestre em Ciências Biológicas
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Avaliação e analise genetica da resposta de milho ao aluminio

Garcia Junior, Oswaldo 14 July 2018 (has links)
Orientador : William Jose da Silva / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-07-14T20:11:17Z (GMT). No. of bitstreams: 1 GarciaJunior_Oswaldo_M.pdf: 2642580 bytes, checksum: a7950067a3adffa5b2b6d4cb10b07508 (MD5) Previous issue date: 1979 / Resumo: Oito linhagens de milho, quatro tolerantes e quatro sensíveis ao alumínio, previamente selecionadas em solução nutritiva, foram utilizadas para o desenvolvimento de uma técnica para o desenvolvimento de uma técnica de cultura em areia, para discriminar genótipos que conferem tolerância de milho ao alumínio. O método foi estabelecido através da análise do crescimento da radícula, de plântulas cultivadas em potes plásticos contendo areia lavada de rio, irrigados com solução de 0 (zero), 15, 30, 45, 60, 75 ppm de Al. Os valores de pH obtidos com esses tratamentos foram 5,90, 5,65, 5,42, 4,97, e 4,80, respectivamente. Sete dias após o plantio, as plântulas foram coletadas e a toxidade do alumínio. Foi avaliada pelo comprimento da radícula. Os resultados indicam que o tratamento com solução de 45 ppm de alumínio, já foi suficiente para discriminar genótipos tolerantes dos sensíveis. Contudo, e sugerida a concentração de 75 ppm de Al, visto que as reduções no comprimento da radícula das plântulas sensíveis, causadas nesse tratamento, são significativamente maiores que aquelas observadas no tratamento com 45 ppm. Essa elevação no teor de alumínio da solução teste, entretanto, não provocou qualque redução no comprimento das radículas das plântulas tolerantes ...Observação: O resumo, na íntegra, poderá ser visualizado no texto completo da tese digital / Abstract: Four alumínum ' tolerant and four aluminum ' sensitive maize inbred lines, previously selected in nutrient solution, were used as testers for the development of a sand culture technique , to screen Al ' tolerant genotypes. The method was adjusted through the study of seedling root growth in plastic pots with river sand irrigated with solution of 0 (Zero), 15, 30, 45, 60, and 75 ppm of Al. The correspondent pH values were respectively, 5,90, 5,65, 5,42, 5,05, 4,97 and 4,80. Aliminum toxicity was evaluated through its effects on radicle length, seven days after planting. Data indicated on radicle length, seven days after planting. Data indicated that the solution of 45 ppm of Al, is already sufficient to discriminate tolerant from sensitive genotypes in sand culture. It is suggested, however, that the screening be done with a 75 ppm solution of Al, since root length reductions of sensitive plants, were significantly higher than the ones found at 45 ppm. This increase in aluminium, however, did not cause any significant reduction in radicle length of tolerant plants. Sixty six inbred lines were screened using sand culture and 75 ppm solution of Al. The were screened using sand culture and 75 ppm solution of Al. The effect of Al was studied in seedling characteristics as radicle length., root dry weight, top dry weight, number of seminal roots and endosperm dry weight ...Note: The complete abstract is available with the full electronic digital thesis or dissertations / Mestrado / Mestre em Ciências Biológicas
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Efeito da seleção massal na média e na variância genética da cultivar Al 25 de milho (Zea mays L.)

Poletine, Juliana Parisotto [UNESP] 08 1900 (has links) (PDF)
Made available in DSpace on 2014-06-11T19:30:26Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2001-08Bitstream added on 2014-06-13T21:01:07Z : No. of bitstreams: 1 poletine_jp_dr_botfca.pdf: 319782 bytes, checksum: 2abd69be4be5e816fd54ad8a20010711 (MD5) / O presente trabalho objetivou analisar os efeitos de onze ciclos de seleção massal nos componentes da média e da variância na cultivar de milho AL 25, utilizando-se para tanto, 200 progênies de meios irmãos, sendo 100 provenientes do 4º ciclo de seleção massal e outras 100 provenientes do 15º ciclo. A obtenção das progênies de meios irmãos foi efetuada em 1998 e foram conduzidos oito experimentos, em condições de safrinha, nos anos de 1999 e 2000. Em cada ano foram conduzidos quatro experimentos, contendo cada um deles, 25 progênies de meios irmãos de cada ciclo de seleção massal, bem como quatro híbridos simples, como testemunhas. Utilizou-se o esquema de blocos completos casualizados com três repetições, avaliando-se as características produção de grãos e altura de inserção de espigas. Foram realizadas análises de variância individuais e conjuntas, em relação aos dois anos de realização dos experimentos, para a comparação das médias e dos componentes de variância dos ciclos 4 e 15 de seleção massal. Observou-se que houve ligeira redução na variância genética das progênies conforme foram efetuados os ciclos de seleção, para ambas as características analisadas. Ocorreu também aumento pouco expressivo nas médias de produção de grãos e altura de inserção de espigas, com os ciclos de seleção. Os experimentos conduzidos no ano 2000 apresentaram valores superiores para produção de grãos e inferiores para altura de inserção de espigas, em relação aos experimentos conduzidos em 1999. Os resultados permitiram concluir que onze ciclos de seleção massal, a partir do ciclo 4, não promoveram alterações significativas nos componentes da média e da variância na cultivar de milho AL 25. / The present research aimed to analyze the effects of eleven cycles of mass selection on the components of mean and variance in Brazilian maize cultivar AL 25, utilizing, one hundred half sib progenies from the 4th cycle of mass selection and a hundred from the 15th cycle. A set of eight experiments was conducted, under summer conditions, in two years (1999 and 2000), with half sibs progenies obtained in 1998. In each year, four experiments were conducted, containing each one of them, 25 half sibs progenies of each cycle of mass selection, utilizing four comercial simple hybrid as checks. Randomized complete blocks was used with three replications and the following characteristics were evaluated: grain yield and ear height. Individual and grouped variance analyses, for two years of experiments, were conducted to the comparation of mean and variance components of 4th and 15th cycles of mass selection. A quick reduction of the genetic variance among progeneis and inexpressive increasing of grain yield and ear height with selection cycles was observed. Higher grain yield and lower ear height was obtained in experiments conducted in 2000 when compared to those conducte in 1999. Through the results it is conclude that eleven cycles of mass selection did not promote significative alterations on the components of mean and variance in Brazilian maize cultivar AL 25.
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Efeito da seleção massal na média e na variância genética da cultivar Al 25 de milho (Zea mays L.) /

Poletine, Juliana Parisotto. January 2001 (has links)
Orientador: Mauricio Dutra Zanotto / Resumo: O presente trabalho objetivou analisar os efeitos de onze ciclos de seleção massal nos componentes da média e da variância na cultivar de milho AL 25, utilizando-se para tanto, 200 progênies de meios irmãos, sendo 100 provenientes do 4º ciclo de seleção massal e outras 100 provenientes do 15º ciclo. A obtenção das progênies de meios irmãos foi efetuada em 1998 e foram conduzidos oito experimentos, em condições de safrinha, nos anos de 1999 e 2000. Em cada ano foram conduzidos quatro experimentos, contendo cada um deles, 25 progênies de meios irmãos de cada ciclo de seleção massal, bem como quatro híbridos simples, como testemunhas. Utilizou-se o esquema de blocos completos casualizados com três repetições, avaliando-se as características produção de grãos e altura de inserção de espigas. Foram realizadas análises de variância individuais e conjuntas, em relação aos dois anos de realização dos experimentos, para a comparação das médias e dos componentes de variância dos ciclos 4 e 15 de seleção massal. Observou-se que houve ligeira redução na variância genética das progênies conforme foram efetuados os ciclos de seleção, para ambas as características analisadas. Ocorreu também aumento pouco expressivo nas médias de produção de grãos e altura de inserção de espigas, com os ciclos de seleção. Os experimentos conduzidos no ano 2000 apresentaram valores superiores para produção de grãos e inferiores para altura de inserção de espigas, em relação aos experimentos conduzidos em 1999. Os resultados permitiram concluir que onze ciclos de seleção massal, a partir do ciclo 4, não promoveram alterações significativas nos componentes da média e da variância na cultivar de milho AL 25. / Abstract: The present research aimed to analyze the effects of eleven cycles of mass selection on the components of mean and variance in Brazilian maize cultivar AL 25, utilizing, one hundred half sib progenies from the 4th cycle of mass selection and a hundred from the 15th cycle. A set of eight experiments was conducted, under summer conditions, in two years (1999 and 2000), with half sibs progenies obtained in 1998. In each year, four experiments were conducted, containing each one of them, 25 half sibs progenies of each cycle of mass selection, utilizing four comercial simple hybrid as checks. Randomized complete blocks was used with three replications and the following characteristics were evaluated: grain yield and ear height. Individual and grouped variance analyses, for two years of experiments, were conducted to the comparation of mean and variance components of 4th and 15th cycles of mass selection. A quick reduction of the genetic variance among progeneis and inexpressive increasing of grain yield and ear height with selection cycles was observed. Higher grain yield and lower ear height was obtained in experiments conducted in 2000 when compared to those conducte in 1999. Through the results it is conclude that eleven cycles of mass selection did not promote significative alterations on the components of mean and variance in Brazilian maize cultivar AL 25. / Doutor
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Seleção assistida por marcadores moleculares microssatelites em programas de retrocruzamento em milho (Zea mays L.)

Benchimol-Reis, Luciana Lasry, 1970- 02 August 2018 (has links)
Orientadores : Claudio Lopes de Souza Junior, Anete Pereira de Souza / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-02T17:59:40Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Benchimol-Reis_LucianaLasry_D.pdf: 4041893 bytes, checksum: 9b1956f584b37b0c7a0190adbb82b011 (MD5) Previous issue date: 2002 / Doutorado
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Potencial das populações Isanão-VF1 e Isanão-VD1 para seleção recorrente recíproca /

Garcia, Fabiana Queiroz. January 2009 (has links)
Orientador: João Antonio da Costa Andrade / Banca: Mário Luiz Teixeira de Moraes / Banca: Orivaldo Arf / Banca: José Branco de Miranda Filho / Banca: Pedro Mário de Araújo / Resumo: O milho é uma planta cultivada no mundo todo e de importância econômica mundial. Em função de sua importância, amplos programas de melhoramento são realizados nesta cultura. Das várias técnicas utilizadas, a seleção recorrente recíproca tem sido importante na melhoria do cruzamento entre duas populações e, consequentemente, na obtenção de melhores híbridos entre linhagens extraídas das mesmas. No entanto o sucesso da seleção recorrente recíproca depende da existência de variabilidade genética interpopulacional e heteroze. O objetivo deste trabalho foi verificar a existência de variabilidade genética nas populações de milho de porte baixo Isanão-VF1 e Isanão-VD1, em condições de espaçamento reduzido e alta densidade de plantas, visando o início de um programa de seleção recorrente recíproca. Foram estimados parâmetros genéticos para oito caracteres, avaliando-se 80 progênies de meios irmãos interpopulacionais Isanão-VF1 e 72 Isanão-VD1, semeadas na Fazenda de Ensino, Pesquisa e Extensão da Faculdade de Engenharia, Campus de Ilha Solteira (UNESP), em Selvíria/MS. Foi encontrada variabilidade genética interpopulacional, expressa através dos caracteres florescimento feminino (FF), altura de plantas (AP), altura de espigas (AE) e rendimento de grãos (RG), com herdabilidades (em nível de médias de progênies) de 68,8%, 76,9%, 75,0% e 54,78%, respectivamente. Os índices de variação (coeficiente de variação genético/coeficiente de variação experimental) foram de 0,9; 1,1; 1,0 e 0,6, respectivamente para FF, AP, AE e RG. Espera-se um ganho de 10,76%/ciclo de seleção no RG do híbrido interpopulacional, 19 qualificando as populações Isanão-VF1 e Isanão-VD1 para serem submetidas a um programa de seleção recorrente recíproca. Com uma heterose de 38,2% do híbrido interpopulacional sobre as populações... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Maize is a cultivated crop around the globe, and of worldwide economic importance. Due to its importance, wide genetic breeding programs are constantly applied upon it. Among the techniques employed, reciprocal recurrent selection has been important in improving the cross between two populations and in obtaining superior hybrids of inbred lines originated from them. However, the success of reciprocal recurrent selection is dependent of interpopulation genetic variability. The objective of this research was to verify the presence of genetic variability in brachytic populations Isanão-VF1 and Isanão-VD1 maize, cultivated in reduced row spacing and high plant density, aiming at beginning a reciprocal recurrent selection breeding program. Were Genetic parameters estimated for eight traits, evaluated in 80 interpopulation half-sib progenies of Isanão-VF1 and 72 of Isanão-VD1, at the UNESP Research Farm, located in Selvíria, state of Mato Grosso do Sul, Brazil. Interpopulational genetic variability was expressed in the traits silk emergence (FF), plant height (AP), ear height (AE) and grain yield (RG). The coefficients of heritability progeny mean basic were 68.8%, 76.9%, 75.0% and 54.8%, respectively. Estimates of the index of variation (genetic variation coefficient/experimental variation coefficient) were 0.9, 1.1, 1.0 and 0.6, for SE, PH, EH and GY, respectively. A gain of 10.76%/cycle on GY is expected on the interpopulation hybrid, indicating Isanão-VF1 and Isanão-VD1 populations as base for a reciprocal recurrent selection progr am. The heterosis of 38.2% of the interpopulation hybrid over the parental populations qualify the latter as a sources of inbred lines, to be used us hybrid crosses more adapted the condition of high plant density and reduced row spacing. / Doutor
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Modificações fisiológicas e genéticas em ciclos de seleção no cultivar BRS 4154 tolerante ao encharcamento / Physiological and genetic changes in recurrent selection of cultivar BRS 4154 tolerant to flooding

Coelho, Celso Henrique Moreira 06 December 2004 (has links)
Submitted by Reginaldo Soares de Freitas (reginaldo.freitas@ufv.br) on 2017-06-01T17:41:58Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 132780 bytes, checksum: aa2fa3f63a6e1b87bc5ed6a8d7b379d1 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-01T17:41:58Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 132780 bytes, checksum: aa2fa3f63a6e1b87bc5ed6a8d7b379d1 (MD5) Previous issue date: 2004-12-06 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / As espécies vegetais cultivadas apresentam ampla variação de comportamento, quando submetidas a condições extremas de ambiente (estresses). O melhoramento genético pode manipular essa variabilidade, visando ao desenvolvimento de variedades tolerantes a condições específicas de estresse. Para isso, é necessária a utilização de metodologia que permita uma avaliação clara dos fatores limitantes e das reações das plantas de milho a elas submetidas. Neste sentido, a Embrapa milho e sorgo (CNPMS), iniciou em 1986, um trabalho de seleção massal em um composto de milho, onde, após 15 ciclos de seleção recorrente foi realizado um experimento com objetivo de avaliar alguns desses ciclos quanto às alterações fisiológicas e os ganhos de seleção obtidos ao longo da seleção. Os materiais utilizados foram: os ciclos 1, 5, 9 e 15 da variedade de milho BRS 4154-Saracura, selecionada para condição de encharcamento intermitente do solo, BR 107 sensível ao encharcamento e o híbrido simples BRS 1010, escolhido por ser bastante cultivado no Brasil. As características fisiológicas avaliadas foram: fluorescência da clorofila, teor de clorofila, área foliar, porosidade de raiz e o teor de macro e micronutrientes. Avaliaram-se também, as características genéticas de produção: altura de planta e da inserção da espiga, número de fileiras de grãos, comprimento da espiga, índice da espiga, peso de 100 sementes, número de grãos por planta e peso de grãos. O delineamento experimental utilizado foi de blocos ao acaso com 4 repetições em esquema fatorial. Os resultados permitiram concluir que a porosidade de raiz foi o principal mecanismo de tolerância utilizado pelas plantas de milho em condições de encharcamento. A característica número de grãos por planta foi o componente de produção, no ambiente encharcado, de maior efeito isolado no peso de grãos. Desta forma, a seleção para número de grãos por planta resulta em aumento da produtividade. A seleção no ambiente encharcado proporcionou um ganho no peso de grãos do ciclo 1 para o ciclo 15. / The crop species present a wide variation of performance when cultivated under extreme conditions (stresses). Plant breeding can manipulate that variability, seeking to the development of tolerant varieties to specific conditions of stress. To accomplish that, it is necessary to use a methodology that allows a clear evaluation of the factors limiting plant development. In this regard, the Embrapa CNPMS, began in 1986, a work of mass selection in a composite variety of corn, where, after 15 cycles of selection an experiment was carried out with objective of evaluating some of those cycles with relationship to the physiological alterations and genetic progress obtained along the cycles. The used materials were: the cycles 1, 5, 9 and 15 of the corn variety BRS 4154- Saracura, selected for condition of intermittent flood of the soil, BR 107 sensitive to flooding and the single hybrid BRS 1010, chosen for being widely cultivated in Brazil. The appraised physiologic characteristics were: fluorescence of chlorophyll, chlorophyll level, leaf area, root porosity and the level of macro and micronutrients. They were also evaluated the traits associated with yield: plant height and of height of the ear of corn, number of rows in the cob, number of grains, length of the ear of corn, ear index, weight of 100 seeds, number of grains per plant and weight of grains. The used experimental design was random blocks with 4 repetitions in factorial outline. The results allowed to conclude that the root porosity was the main mechanism of tolerance to flood present in corn. The trait number of grains per plant was the yield component, in flooded environment, of larger isolated effect in the weight of grains. Therefore, the selection for number of grains per plant results in increase in yield. The selection under flooding provided gain for weight of grains from cycle 1 to cycle 15.
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Otimização de protocolo para obtenção de cromossomos metafásicos de alta qualidade citogenética em meristemas radiculares de milho (Zea mays) / Optimization of protocol for obtaining high cytogenetic metaphase chromosomes in corn root meristems (Zea mays)

Miranda, Daniel Pereira 31 March 2017 (has links)
Submitted by Reginaldo Soares de Freitas (reginaldo.freitas@ufv.br) on 2018-01-16T11:09:19Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 2302689 bytes, checksum: 07773e2aaee1b899425e53723d84faa0 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-01-16T11:09:19Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 2302689 bytes, checksum: 07773e2aaee1b899425e53723d84faa0 (MD5) Previous issue date: 2017-03-31 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / O milho (Zea mays) é considerado uma espécie modelo nos estudos citogenéticos de plantas. Contudo, existem dificuldades em se obter cromossomos metafásicos de qualidade e em quantidade. A sincronização celular com hidroxiureia (HU) seguida da utilização de agentes bloqueadores do ciclo celular sob pressão negativa de vácuo podem ser eficazes para alcançar um alto índice metafásico. Além disso, diferenciar metáfases com cromossomos bloqueados dos não bloqueados é uma prática essencial para se obter cromossomos com morfologia delimitada para a montagem do cariograma. O objetivo do presente trabalho foi desenvolver um protocolo para obtenção de alto índice metafásico apresentando cromossomos bem distendidos e de qualidade citogenética em quantidades suficientes para serem disponibilizados em aplicações que envolvam técnicas moleculares e genômicas em Zea mays. As raízes de milho foram tratadas no experimento I sem sincronização celular, que consistiu de 4 tratamentos: T1: sem APM e sem pressão negativa de vácuo; T2: sem APM com pressão negativa de vácuo (-570 mmHg); T3: com APM e com pressão negativa de vácuo e T4: com APM sem pressão negativa de vácuo. Os períodos de tempo de cada tratamento foram: 1, 2, 4, 8, 12, 16, 20, 24, 28, 32, 36 e 40 min. As raízes foram tratadas com Feulgen e em seguida realizou-se a digestão enzimática, esmagamento celular e análise de imagens do material sobre a lâmina. Os experimentos II e III consistiram de células sincronizadas com ação da HU. Após as análises das contagens de células do experimento I, os tempos de 32 minutos com APM com vácuo e 40 minutos com APM sem vácuo foram selecionados para dar continuidade conforme seus os índices mitóticos e metafásicos. Os experimentos II e III consistiram no tempo de recuperação das raízes, porém com a utilização de 1,75mM de HU. Os tempos de recuperação variaram em períodos de 30, 60, 90, 120, 150, 180, 210, 240, 270 e 300 minutos com 3 raízes retiradas a cada intervalo de tempo. Os procedimentos de fixação, visualização do DNA, digestão enzimática e esmagamento, captura e análise das imagens seguiram os mesmos passos do experimento I. As raízes absorveram APM suficiente para bloquear o ciclo celular no período de tempo máximo de 40 minutos. Após a sincronização do ciclo celular, a porcentagem média de metáfases aumentou principalmente no tratamento T1 (32 min. com APM e vácuo) do experimento II após 4 horas de recuperação com 33,15 % de metáfases. Foi possível discriminar metáfases bloqueadas das não bloqueadas, com base na morfologia dos cromossomos, constrições bem visíveis e níveis de compactação cromossômica. A pressão negativa de vácuo permitiu obter metáfases em quantidade e qualidade suficientes para serem aplicados em técnicas de bandeamento, análises genômicas e citomoleculares. / Corn (Zea mays) is considered a model species in cytogenetic studies of plants. However, there are difficulties in obtaining metaphasic chromosomes of quality and quantity. The cell synchronization with hydroxyurea (HU) followed using cell cycle blocking agents under negative vacuum pressure may be effective to achieve a high metaphase index. In addition, differentiating metaphases with blocked chromosomes from unlocked chromosomes is an essential practice for obtaining chromosomes with delimited morphology for a cariogram montage. The objective of the present work was to develop a protocol to obtain a high metaphase index presenting well distended and cytogenetic chromosomes in sufficient quantity to be available in applications that involve molecular and genomic techniques in Zea mays. The maize roots were treated without experiment I without cell synchronization, which consisted of 4 treatments: T1: without APM and without negative vacuum pressure; T2: no APM with negative vacuum pressure (-570 mmHg); T3: with APM and with vacuum negative pressure and T4: with APM without negative vacuum pressure. The time periods of each treatment were: 1, 2, 4, 8, 12, 16, 20, 24, 28, 32, 36 and 40 min. The roots were treated with Feulgen and instead enzymatic digestion, cellular crushing and image analysis of the material on a slide were performed. Experiments II and III consisted of cells synchronized with HU action. After analysis of the cell counts of experiment I, the 32 minute times with APM with vacuum and 40 minutes with APM without vacuum were selected to give continuity according to their mitotic and metaphase indices. Experiments II and III consisted in root recovery time, but with a use of 1.75 mM of HU. The recovery times varied in periods of 30, 60, 90, 120, 150, 180, 210, 240, 270 and 300 minutes with 3 roots removed at each time interval. The procedures of fixation, DNA visualization, enzymatic digestion and crushing, capture and analysis of the images were the same as the synchronization. The roots absorbed sufficient APM to block the cell cycle in the maximum time period of 40 minutes After a cell cycle synchronization, a mean percentage of metaphases increased without T1 treatment (32 min with APM and vacuum) from experiment II after 4 hours of recovery with 33.15% of metaphases. It was possible to discriminate blocked metaphases from unlocked ones, based on chromosome morphology, conspicuous constrictions and levels of chromosome compaction. Negative vacuum pressure allowed to obtain metaphases in sufficient quantity and quality to be applied in banding techniques, genomic and cytomological analyzes.
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Efficiency of genome-wide association study in open-pollinated populations / Eficiência do estudo de associação genômica ampla em populações de polinização aberta

Mundim, Gabriel Borges 12 February 2016 (has links)
Submitted by Reginaldo Soares de Freitas (reginaldo.freitas@ufv.br) on 2016-06-17T17:12:33Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1391754 bytes, checksum: 0bfcde9020bc2563657d24154d222465 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-06-17T17:12:33Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1391754 bytes, checksum: 0bfcde9020bc2563657d24154d222465 (MD5) Previous issue date: 2016-02-12 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / A maioria dos estudos de associação genômica ampla (GWAS) com espécies vegetais publicados até agora têm empregado painel de linhagens e quase nenhuma informação sobre os GWAS em populações de polinização aberta foi encontrada na literatura. Portanto, os objetivos deste trabalho foram: (i) apresentar aspectos teóricos, potencial e limitações dos GWAS em populações de polinização aberta; (ii) analisar a influência da herdabilidade do QTL e do tamanho populacional sobre os GWAS com populações de polinização aberta; e (iii) comparar a eficácia dos GWAS na detecção de QTL em populações de polinização aberta, painel de linhagens e linhagens endogâmicas recombinantes (RILs). Cinquenta amostras de populações com desequilíbrio de ligação (LD) foram simuladas, considerando os tamanhos populacionais de 400 e 200 indivíduos, e 10.000 SNPs, 10 QTL e 90 genes menores foram aleatoriamente distribuídos em 10 cromossomos, com uma densidade média de 1 SNP a cada 0,1 cM. Os valores fenotípicos simulados referem-se à três características de milho-pipoca com diferentes graus de dominância, considerando herdabilidades em sentido amplo de 0,4 e 0,8. Os cenários foram comparados com base no poder de detecção de QTL, no número de associações falso-positivas, no viés na posição estimada do QTL e na amplitude do intervalo dos SNPs significativos para o mesmo QTL. Os resultados evidenciaram que, quando o LD entre um QTL e um ou alguns marcadores é restrito a SNPs muito próximos do QTL, os GWAS em populações de polinização aberta podem ser altamente eficientes (até 80% de poder de detecção, com reduzido número de associações espúrias), dependendo principalmente do tamanho populacional e da herdabilidade da característica. Para o painel de linhagens, corrigindo para a estrutura populacional, os GWAS alcançaram o maior poder de detecção de QTL (cerca de 96%), associado com o menor número de associações espúrias e viés. Na condição de baixa herdabilidade e tamanho populacional reduzido, os GWAS são ineficazes para as populações de polinização aberta, painel de linhagens e RILs. / Most papers about genome-wide association studies (GWAS) with plant species published until now have employed inbred lines panel and almost no information on GWAS in open-pollinated populations was found in literature. Therefore, the objectives of this study were (i) to present theoretical aspects, potential and limitations of GWAS in open-pollinated populations; (ii) to analyze the influence of QTL heritability and population sample size on GWAS with open-pollinated populations; and (iii) to compare the efficacy of GWAS on QTL detection in open-pollinated populations, inbred lines panel and recombinant inbred lines (RILs). Fifty samples of populations with linkage disequilibrium (LD) were simulated, considering sample sizes of 400 and 200 individuals, and 10,000 SNPs, 10 QTL and 90 minor genes were randomly distributed in 10 chromosomes, with an average SNP density of 0.1 cM. The phenotypic values simulated refer to three popcorn traits with different degrees of dominance, considering broad sense heritabilities of 0.4 and 0.8. The scenarios were compared based on power of QTL detection, number of false-positive associations, bias in the estimated QTL position and range of the significant SNPs for the same QTL. Results evidenced that when the LD between a QTL and one or few markers is restricted to SNPs very close or within the QTL, the GWAS in open-pollinated populations can be highly efficient (up to 80% power of QTL detection with reduced number of spurious associations), depending mainly on the population sample size and trait heritability. For inbred lines panel, correcting for population structure, the GWAS achieved the highest power of QTL detection (around 96%), associated with the smallest number of spurious associations and bias. Under low heritability and reduced sample size, GWAS are ineffective for open-pollinated populations, inbred lines panel and RILs.
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Reação de genótipos de milho à mancha ocular e caracterização do agente causal

Camochena, Rubia Cristiani 06 February 2009 (has links)
A investigação da mancha ocular do milho foi baseada no seu agente causal e na elaboração de uma escala diagramática da doença que auxiliou na avaliação da sensibilidade dos genótipos de milho, correlacionada com a resposta de defesas bioquímicas da planta. Na primeira etapa do trabalho, 35 isolados de Kabatiella zeae, de diferentes materiais genéticos de milho, foram avaliados quanto à coloração e aspecto das colônias e mensuração dos esporos do fungo em BSA. Os meios de cultura utilizados foram BSA (batata, sacarose e ágar), MA (malte e ágar), AvA (aveia e ágar) e FA (fubá de milho e ágar). Discos de 5 mm de diâmetro, foram colocadas no centro das placas contendo os respectivos meios de cultura. As placas foram incubadas a 24° C com fotoperíodo de 12 horas , por 10 dias. As características das colônias e mensuração dos conídios foram avaliadas em BSA, e o crescimento radial, nos quatro meios. Houve diferença entre todos os isolados em relação aos meios de cultura. Observou-se que a dimensão dos esporos variou de 3- 4 x 27-33 μm, de largura e comprimento, respectivamente, e que 80% dos isolados apresentaram coloração clara (rosa) e aspecto coreáceo e enrugado, e o maior crescimento micelial foi observado no meio BSA. A escala diagramática foi desenvolvida coletando-se 110 folhas doentes, aleatoriamente no campo, eliminando-se 20 cm da extremidade, sendo utilizados os 20 cm seguintes. Foi mensurada a área foliar e área das lesões para determinação dos limites de severidade mínima e máxima da doença, e os níveis intermediários calculados matematicamente. Os níveis de severidade observados em campo seguiram incrementos logarítmicos, representando: 0,9; 2,0; 4,0; 9,0; 18,0; 32,0 e 51,0% da área foliar lesionada. A validação da escala consistiu-se em duas etapas: na primeira, 10 avaliadores, com experiência na avaliação de doenças em plantas, avaliaram 30 folhas com diferentes níveis de severidade, com e sem o uso da escala diagramática. Na segunda etapa, outros 10 avaliadores, sem experiência, fizeram as mesmas avaliações, com e sem uso da escala diagramática. Por meio de regressão linear, foram confrontados valores de severidade reais e estimados, sendo analisadas a acurácia e a precisão dos avaliadores. Constatou-se melhora na acurácia e na precisão das estimativas visuais efetuadas com o auxílio da escala diagramática. A reação de genótipos de milho à mancha ocular foi avaliada no município de Pato Branco-PR na safra 2006/2007, com 33 híbridos e na safra 2007/2008, com 10 híbridos em duas épocas de semeadura e no município de Palma Sola-SC, na safra 2007/2008 com 8 híbridos. Os híbridos AG 9020 e SPRINT apresentaram maior suscetibilidade à doença, em relação à AS 1565 e DKB 234, repetindo este comportamento nos dois locais e épocas de cultivo. A enzima peroxidase foi observada em maior concentração nas folhas dos híbridos de milho com menor severidade de mancha ocular. / This investigation on corn eyespot was based on its causal agent and on the preparation of a diagrammatic scale that helped evaluate the reaction of corn genotypes, in correlation with the response obtained from the plant’s biochemical defenses. In the first step of the study, 35 Kabatiella zeae isolates from different corn genetic materials had their colonies evaluated for color and aspect, and their spores measured in PSA medium. The following culture media were used: PSA (potato, sucrose, agar), MA (malt and agar), OA (oat and agar) and CA (corn flour and agar). Disks (5 mm in diameter) were placed in the center of Petri dishes containing the respective culture media. The dishes were incubated at 24°C and a 12-hour photoperiod for 10 days. Colony traits and conidia measurements were evaluated in PSA, while radial growth was evaluated in the four media. There were differences between all isolates with regard to the culture media. Spore size varied from 3-4 × 27-33 μm in width and length, respectively, and 80% of the isolates had a light color (pink) and a coriaceous and wrinkled aspect; the highest mycelial growth was observed in the PSA medium. A diagrammatic scale was developed by randomly collecting 110 diseased leaves in the field, discarding 20 cm from the leaf tip, and using the next 20 cm. Measurements were made for leaf area and the area containing lesions in order to determine minimum and maximum severity limits of the disease; intermediate levels were calculated mathematically. The severity levels observed in the field followed logarithmic increases, representing: 0.9; 2.0; 4.0; 9.0; 18.0; 32.0; and 51.0% of leaf area with lesions. Scale validation consisted of two steps: in the first, 10 evaluators experienced in plant disease evaluations assessed 30 leaves with different severity levels, both using and not using the diagrammatic scale. In the second step, another 10 naive (without experience) evaluators performed the same evaluations, both using and not using the diagrammatic scale. Actual and estimated severity values were compared by linear regression, and evaluator accuracy and precision were analyzed. Better accuracy and precision were obtained for visual estimates made with the diagrammatic scale. The reaction of corn genotypes to eyespot was evaluated in the city of Pato Branco-PR during the 2006/2007 growing season using 33 hybrids, and during the 2007/2008 growing season using 10 hybrids at two distinct sowing seasons, and in the city of Palma Sola-SC during the 2007/2008 growing season with 8 hybrids. Hybrids AG 9020 and SPRINT were the most susceptible to the disease in relation to AS 1565 and DKB 234; this behavior was observed in both years and planting seasons. The peroxidase enzyme was observed at higher concentrations in leaves of corn hybrids with the lowest eyespot severity.

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