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Uso de marcadores moleculares em camarões palaemonídeos : aplicações em Palaemon argentinus e MacrobachiumSouza, Gisele Oliveira de January 2016 (has links)
A subfamília Palaemoninae é um táxon bastante diverso, com alta variabilidade nas formas e estruturas de seus representantes. A grande diversidade de habitats e diferentes estratégias reprodutivas e comportamentais que esses crustáceos apresentam se reflete na sua elevada diversidade morfológica. O uso de ferramentas moleculares pode auxiliar em questões sobre a taxonomia, descendência e relações de parentesco para algumas espécies desse gênero, contribuindo pra a melhor compreensão de suas histórias evolutivas. Para a espécie Palaemon argentinus o uso de marcadores mitocondriais possibilitou a análise da homogeneidade genética da espécie, condizente com a hipótese de ocupação recente em ambientes dulcícolas. Complementarmente, foi demonstrada uma forte correspondência entre a estrutura populacional de P. argentinus e os eventos glaciais que moldaram a região de abrangência da espécie. Além disso, foram desenhados “primers” específicos para regiões microssatélites de P. argentinus que poderão ser utilizados em estudos futuros a respeito dos eventos que moldaram a história evolutiva recente desses camarões. A aplicação de ferramentas moleculares também resulta em importantes contribuições para o conhecimento sobre a evolução de Macrobrachium potiuna, para a qual foi verificado que a variação genética intraespecífica pode ser resultante de estruturação geográfica devido ao isolamento pela distância e às especializações de habitat, corroborando para a existência de espécies crípticas dentro de um grande “pool” de variação genética nesse grupo com taxonomia confusa.
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Longa dependência em sequências de DNA : análise de flutuações destendenciadas, teorias das distribuições estáveis e de waveletsLinhares, Raquel Romes January 2011 (has links)
O método da análise de flutuações destendenciadas (Detrended Fluctuation Analysis - DFA), proposto por Peng et al. (1994), é um exemplo de metodologia recente, sendo utilizada em um crescente número de aplicações, para identificar longa dependência em séries temporais. Como não existe uma regra específica para a escolha dos números de regressores no método de DFA, apresentamos aqui uma escolha ótima assintótica. Para um ruído Gaussiano fracionário, provamos que o estimador bHDFA tem distribuição Gaussiana exata e assintótica. O parâmetro mais importante para ser estimado em dados com caudas pesadas é a sua taxa de decaimento α que determina a probabilidade de ocorrência dos valores extremos da distribuição subjacente. Propomos, neste trabalho, um novo estimador para o parâmetro α, baseado na função característica empírica e no procedimento de encolhimento de wavelets. Estamos interessados em analisar a longa dependência em sequência de DNA utilizando a metodologia de mudança de regimes, proposta por Liu (2000). Nesta metodologia, se a duração dos regimes de uma série temporal tem uma distribuição de caudas pesadas com parâmetro α ∈ (1, 2), então a série temporal apresenta a característica de longa dependência. Além disso, aplicando-se qualquer transformação linear que preserva a propriedade de variância finita na série temporal, igualmente preservará a propriedade de longa dependência. Por fim, estudamos as distribuições de distâncias das regiões codantes e não codantes em sequências de DNA. Concluímos que todas as técnicas apresentadas neste trabalho, para analisar longa dependência em série temporais, envolvendo conceitos de análise de flutuações destendenciadas, distribuições com caudas pesadas e encolhimento de wavelets, mostram a existência de longa dependência em todas sequências de DNA aqui estudadas. / The method of detrended fluctuation analysis (DFA), proposed by Peng et al. (1994), is useful in revealing the extent of long-range dependence in time series. Since there is not a specific rule for the choice of the numbers of regressors in DFA method, we present here an asymptotic optimal choice. For a fractional Gaussian noise, we prove the exact and the asymptotic Gaussian distributions for the bHDFA estimator. The most important parameter to estimate in a heavy-tailed data is the tail rate of decay α which determines the probability of occurrence of extreme values of the underlying distribution. Here we propose a novel estimator for α based on the empirical characteristic function and on the principal of wavelet shrinkage. Here we are interested in analyzing the long-range dependence in several DNA sequences, under the heavy-tail regime switching mechanism, proposed by Liu (2000). In this mechanism, if the duration of the regimes of a given time series has a heavy tail distribution with index parameter α ∈ (1, 2), then there is long-range dependence in this time series, and any functional transformation of the original time series preserving the property of finite variance, also preserves the property of long-range dependence. We also study the length distribution of coding and noncoding regions in DNA sequences. We conclude that all techniques presented in this paper to analyze longrange dependence in time series, involving concepts of detrended fluctuation analysis, heavy tail distributions and wavelet shrinkage, show the existence of long-range dependence in all DNA sequences studied here.
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Estudo da bioenergética mitocondrial de cardiomiócitos de camundongos obesos / Study of mitochondrial bioenergetics of cardiomyocytes of obese miceAmélia Faustino Bernardo 01 June 2011 (has links)
Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / A obesidade é uma doença crônica, resultante do excesso de gordura no organismo. O aumento da obesidade no mundo, tem se revelado como um dos fenômenos clínicos e epidemiológicos da atualidade. Estudos populacionais e em modelos animais demonstram que a origem da epidemia da obesidade está relacionada a fatores genéticos, modificações de hábitos nutricionais, redução da atividade física, e alterações nutricionais durante a lactação, desempenhando um papel relevante no desenvolvimento da obesidade, DM2 e cardiomiopatias. As mitocôndrias são os coordenadores centrais do metabolismo energético, assim, alterações funcionais e estruturais dessa organela têm sido associadas à desordens metabólicas. Elas exercem um papel na sobrevivência e função dos cardiomiócitos devido à alta demanda energética do miocárdio. Desta forma, disfunções mitocondriais estão relacionadas com disfunções no miocárdio e conseqüente progressão de cardiomiopatias. Neste estudo, avaliamos a bioenergética e a ultraestrutura de cardiomiócitos de camundongos obesos e controle hiperalimentados durante a lactação. O consumo de oxigênio das fibras cardíacas foi avaliado por respirometria de alta-resolução, utilizando um oxígrafo-2K-Oroboros. A ultraestrutura dos cardiomiócitos foi analisada por microscopia eletrônica de transmissão e o conteúdo das proteínas Carnitina palmitoil transferase 1 (CPT1), Proteína desacopladora 2 (UCP2) , Transportador de glicose 1 e 4 (GLUT1) e (GLUT4), Proteína Kinase ativada por AMP (AMPK) e Proteína kinase ativada por AMP fosforilada p(AMPK) por Western blotting (WB). Além disso, o peso dos animais, a gordura retroperitoneal, epididimal e a glicemia em jejum foram determinadas. Nossos resultados confirmaram que os animais do grupo hiperalimentados (GH), aos 90 dias de vida, apresentaram aumento da massa corporal, de gordura epididimária e retroperitoneal comparado ao grupo controle (GC). As taxas respiratórias foram semelhantes nos dois grupos quando foram utilizados os substratos dos complexos I e II. Entretanto, quando o ácido graxo palmitoil-L-carnitina foi utilizado, a taxa respiratória máxima do GH foi significativamente menor. A análise ultraestrutural dos cardiomiócitos do GH demonstrou intenso dano na matriz mitocondrial e maior presença de gotículas de lipídios, caracterizando deposição ectópica. Os resultados do WB mostraram aumento significativo do conteúdo de CPT1 e UCP2 no GH comparado ao GC. Não foram encontradas diferenças significativas no conteúdo de GLUT1 entre os grupos, entretanto, observamos maior conteúdo do GLUT4 no GH. Além disso, encontramos maior conteúdo de AMPK no GH, ao passo que o conteúdo de pAMPK foi semelhante entre os grupos. Entretanto, a razão pAMPK/AMPK é significativamente menor no GH. Esses resultados sugerem que a hiperalimentação durante a lactação leva a obesidade na vida adulta com alterações na bioenergética e ultraestrutura dos cardiomiócitos. / Obesity is a chronic disease resulting from the excess of fat in the body. The increase of obesity in the world has been on the clinical and epidemiological phenomenon of the present. Population studies and animal models, show that the origin of the "obesity epidemic", is related to genetic factors and habits acquired during early and adult life, such as changes in dietary habits and reduction in physical activity. In this context, nutritional changes during the period of lactation play an important role in the development of obesity, type 2 Diabetes Mellitus and cardiovascular diseases. Mitochondria are the central coordinators of energy metabolism, playing a role in the survival and function of the cardiomyocytes due to high energy demand of the myocardium. Functional and structural alterations of this organelle have been associated with metabolic disorders as well to myocardium dysfunction, and consequent progression of cardiomyopathies. In this study, we evaluated the bioenergetics and the ultrastructure of cardiomyocytes from obese (OG) and control (CG) mice overfed during lactation. The oxygen consumption of cardiac fibers was assessed by high resolution respirometry, using a 2K-oxigraph-Oroboros. The ultrastructure of the cardiomyocytes was analyzed by transmission electron microscopy, and the content of proteins carnitine palmitoyltransferase 1 (CPT1), uncoupling protein 2 (UCP2), glucose transporter 1 and 4, (GLUT1) and (GLUT4), activated Protein kinase by AMP (AMPK) and AMP-activated protein kinase phosphorylated (pAMPK) was assessed by Western Blotting (WB). In addition, animal body mass, retroperitoneal and epididymal fat, and fasting blood glucose were determined. Our results confirmed that animals in group OG, at 90 days of life, showed an increase in body mass and mediastinun and retroperitoneal fat when compared with CG. Respiratory rates were similar in both groups when we used complexes I and II substrates. However, when palmitoil-L-carnitine fatty acid was used, the maximum respiratory rate of OG was significantly lower than CG. The ultrastructural analysis of the cardiomyocytes of OG showed intense damage in mitochondrial matrix and greater presence of lipid droplets, characterizing ectopic deposition. WB analyses showed a significant increase of CPT1 and UCP2 contents in OG compared to CG. There were no significant differences in GLUT1 content between groups; however, we observed a greater content of GLUT4 in OG. In addition, we found a higher content of AMPK in OG, while the content of pAMPK was similar between groups. However, the pAMPK/AMPK ratio was significantly lower in OG. These results suggest that overfeeding during lactation leads to obesity in adult life with changes in bioenergetics and ultrastructure of cardiomyocytes.
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Filogeografia dos cromossomos Y e das linhagens mitocondriais de origem africana em populações negras brasileirasHunemeier, Tábita January 2006 (has links)
Há algum tempo dados genéticos vêm sendo utilizados para inferências quanto à natureza do tráfico de escravos ocorrido no período colonial no Atlântico Sul e sobre a origem dos africanos que chegaram ao Brasil. A utilização de marcadores de linhagem mais específicos, como é o caso do DNA mitocondrial (mtDNA) e da região não-recombinante do cromossomo Y (NRY) pode se constituir em poderoso instrumento para o esclarecimento dessas questões. Este trabalho utilizou esses enfoques através do seqüenciamento da HVS-I do mtDNA (highly variable segment I) e de testes em 30 SNPs (single nucleotide polymorphisms) localizados na região não-recombinante do cromossomo Y, em uma amostra de 133 indivíduos classificados como derivados de africanos (preto e pardo) do estado do Rio Grande do Sul (Porto Alegre e região metropolitana), bem como 144 homens classificados do mesmo modo no estado do Rio de Janeiro (Rio de Janeiro e região metropolitana). Os dados do mtDNA indicaram que 89,5% e 78% das matrilinhagens encontradas, respectivamente, no Rio de Janeiro e em Porto Alegre eram de origem africana. Destas, 69% e 82% eram de origem da África Centro-oeste (região típica de povos que falam línguas Bantus), enquanto que a fração complementar teria uma origem no Oeste africano (não-Bantu). Estes resultados estão de acordo com os registros históricos. Os marcadores do cromossomo Y revelaram que 56% (Rio de Janeiro) e 36% (Porto Alegre) destes cromossomos tinham uma origem africana. No entanto, diferentemente do que aconteceu com o mtDNA, as análises não permitiram discriminar os locais de origem dentro do continente africano. Parece, portanto, haver maior estruturação nos dados obtidos com o mtDNA do que com o cromossomo Y, sugerindo uma maior taxa de migração dos homens do que das mulheres dentro do grande tronco lingüístico Niger-Congo. Porto Alegre e Rio de Janeiro quando comparadas em relação ao mtDNA, não apresentam diferenciação significativa, embora pudessem ser observadas algumas diferenças, em destaque a maior presença de linhagens mitocondriais de origem ameríndia em Porto Alegre (16,4%) do que no Rio de Janeiro (8,5%). Já a diferença entre Porto Alegre e o Rio de Janeiro foi significativa quanto aos dados do cromossomo Y. Especialmente notável, é a presença de cromossomos de origem indígena em Porto Alegre: haplogrupos Q* e Q3*, nas freqüências de 3,5% e 1,7%, respectivamente. Analisando somente os indivíduos tipados tanto para o mtDNA quanto para os marcadores do Y, nota-se que ~ 50% deles nas duas amostras apresentam linhagens mitocondriais e do cromossomo Y de origem africana, enquanto de forma complementar, o número de indivíduos com matrilinhagens africanas e cromossomos Y europeus e/ou asiáticos ou ameríndios foi de ~ 41% e ~ 35% para o Rio de Janeiro e Porto Alegre, respectivamente. As amostras estudadas, portanto, caracterizam-se como sendo amplamente mescladas, apenas metade dos genomas considerados sendo de origem completamente africana. / Genetic data have been used for some time now for inferences about the nature of the slave trade that occurred in South Atlantic in the Colonial Period, as well as about the origins of the Africans who arrived in Brazil. The use of lineage-specific markers, like mitochondrial DNA (mtDNA) and those of the non-recombining region of the Y chromosome (NRY), can constitute a powerful tool for elucidation of these questions. This work utilized this approach through sequencing of the mtDNA HVS-I (highly variable segment I), as well by testing 30 SNPs (single nucleotide polymorphisms) located in chromosome Y’s nonrecombining region in a sample of 133 individuals classified as African-derived (black or mulatto) from the state of Rio Grande do Sul (Porto Alegre and metropolitan region), as well as 144 men classified in the same manner in the state of Rio de Janeiro (Rio de Janeiro and metropolitan region). The mtDNA data indicated that 89.5% and 78% of the matrilineages found in Rio de Janeiro and Porto Alegre were of African origin. Of these, respectively, 69% and 82% were of Central-West African origin (region typically of people who speak Bantu languages), while the complementary fraction would have the West African origin (non-Bantu). These results are in accordance with the historical records. The Y chromosome markers revealed that 56% (Rio de Janeiro) and 36% (Porto Alegre) of these chromosomes should have an African origin. But differently of what occurred with the mtDNA results, the analyses did not allow a discrimination of the places of their origin within the African continent. It seems, therefore, that a higher structuration occurs in the mtDNA data as compared to the Y chromosome results, suggesting a higher male in relation to female migration rates within the large Niger-Congo linguistic family. Porto Alegre and Rio de Janeiro do not present significant mtDNA frequency differences, although the Amerindian mtDNA presence is higher in Porto Alegre (16.4%) than Rio de Janeiro (8.5%). On the other hand, Porto Alegre and Rio de Janeiro do show significant differences in the Y chromosome data. Especially notable is the presence of Amerindian chromosomes in Porto Alegre: frequencies of, respectively, 3.5% and 1.7% for haplogroups Q* and Q3*. Considering just the individuals simultaneously typed for mtDNA and the Y chromosome, it is verified that ~50% of then show mtDNA and Y chromosome lineages of African origin, while the number of individuals with African mtDNA but European and/or Asiatic or Amerindian lineages was ~41% for Rio de Janeiro and ~35% for Porto Alegre. The samples studied, therefore, can be characterized as amply admixed, only half of the genomes considered being completely of African origin.
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Estudo filogeográfico de Cnemidophorus vacariensis FELTRIM & LEMA, 2000 baseado no DNA mitocondrial e diferenciação morfológica de suas populações (SQUAMATA: SAURIA: TEIIDAE)Zanotelli, Juliana Conte January 2010 (has links)
O padrão filogeográfico do lagarto teídeo Cnemidophorus vacariensis, endêmico dos Campos de Cima da Serra do sul do Brasil, foi estudado com a análise de dois segmentos de DNA mitocondrial (12S e 16S) e caracteres morfológicos. Através de métodos de máxima parcimônia, máxima verossimilhança e bayesianos, ambos marcadores moleculares demonstraram, concordantemente, a presença de diferenciação genética entre os clados do Rio Grande do Sul (RS), Santa Catarina (SC) e Paraná (PR). A existência de fluxo gênico foi registrada entre as linhagens do RS e SC, enquanto a população do PR está isolada das demais por, no mínimo, 300 quilômetros. Morfologicamente, a população proveniente do PR exibiu uma tendência de discriminação em três caracteres, enquanto os clados do RS e SC não apresentaram diferenças. Foi possível correlacionar, em parte, os resultados das análises molecular e morfológica, indicando concordância entre as duas abordagens. Os haplótipos exclusivos encontrados sugerem que as populações de C. vacariensis vivenciaram uma história evolutiva de isolamento, o que provavelmente ocorreu no Pleistoceno, quando pulsos de retração e expansão dos biomas abertos se alternavam, exibindo uma dinâmica que pode ter fragmentado por diversas vezes as regiões campestres que este lagarto habitava. Os principais distúrbios que os Campos de Cima da Serra enfrentam atualmente são as queimadas, a pecuária e a silvicultura de espécies exóticas, ameaças que tornam urgentes a definição de estratégias de conservação da região e sua biota. Os lagartinhos-pintados (Cnemidophorus vacariensis) ocorrem em afloramentos rochosos pouco extensos e se deslocam pouco, de modo que Unidades de Conservação de pequeno tamanho poderiam ser efetivas para a sua conservação. Porém, é importante considerar que cada linhagem evolutiva possui um potencial genético distinto das demais e todas devem ser conservadas.
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Dinâmica e estrutura genética populacional de abelhas Euglossini (Hymenoptera: Apidae) visitantes florais de Thevetia peruviana em áreas urbanas.López-Uribe, Margarita Maria 16 August 2006 (has links)
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Previous issue date: 2006-08-16 / Financiadora de Estudos e Projetos / não consta
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O padrão de dispersão é sexo-assimétrico nos Euglossíneos (Hymenoptera: Apidae: Euglossini)? Um estudo de caso: Euglossa cordata.Cerântola, Natália de Campos Muradas 01 July 2009 (has links)
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Previous issue date: 2009-07-01 / Universidade Federal de Minas Gerais / The Tribe Euglossini consists of relatively large bees, with metallic skin and bright color. Their extremely long tong enables them to use nectar resources that are inaccessible to other bees. Equipped with high capacity of dispersal, they are able to survive in disturbed environments, and compose even 25% of bees diversity in some forests. As important pollinators of many Angiosperms, especially Orchidaceae, they are fundamental to maintaining the stability of plant communities. Some species of the tribe are abundant in cities, in particular, Euglossa cordata. The genetic variability of five urban populations of this species was estimated by López-Uribe (2006) in adults caught while they were collecting nectar in flowers of Thevetia peruviana. The lack of structure found from nuclear loci (allozymes) and significant population structure for the 16S mitochondrial region are evidences that males and females showed different patterns of dispersion, where females are philopatrics while males are dispersers. To corroborate this hypothesis, this study aimed to determine the genetic structure of populations of E. cordata collected in flowers of T. peruviana in cities along a north/south transect of the State of São Paulo using mitochondrial and nuclear genetic data. The genetic differentiation found in the examined 12 populations was significant for the data sequence of mitochondrial cytb region (Fst=0.15; P<0.05), unlike observed for nine microsatellite loci (Fst=0.008; P>0.05). Allozymes loci were analyzed with the primary purpose of checking the individuals species; most polymorphisms showed that the populations are homogeneous, similar to the microsatellite data. Thus, our data from nuclear genes strongly suggest that there is no evidence of population structure in E. cordata, whereas mitochondrial data suggest structured population and that geographical proximity influence the events of colonization. Our results indicate that dispersal and colonization in E. cordata are characteristic attributes of males and females, respectively. / A tribo Euglossini é constituída por abelhas relativamente grandes, que possuem tegumento metálico, de coloração brilhante. Sua língua é extremamente longa, o que possibilita utilizar recursos de néctar inacessíveis a outras abelhas. Dotadas de alta capacidade de dispersão, são capazes de sobreviver em ambientes perturbados, além de constituírem até 25% da diversidade de abelhas em algumas matas. São importantes polinizadores de diversas Angiospermas, especialmente de Orchidaceae, sendo fundamentais para a manutenção da estabilidade das comunidades vegetais onde se encontram. Algumas espécies da tribo são abundantes nas cidades, em particular, Euglossa cordata. A variabilidade genética de cinco populações urbanas desta espécie foi estimada por López-Uribe (2006) em adultos coletados em flores de Thevetia peruviana durante a coleta de néctar. A ausência de estruturação verificada a partir de locos nucleares alozímicos e a significativa estruturação populacional para a região 16S mitocondrial indicavam que machos e fêmeas apresentavam padrão de dispersão distinto, em que as fêmeas eram filopátricas, enquanto os machos eram os dispersores. Para corroborar esta hipótese, este trabalho teve como objetivo determinar por meio de marcadores genéticos mitocondriais e nucleares a estrutura genética de populações de E. cordata coletadas em flores de T. peruviana em cidades ao longo de um transecto norte/sul do Estado de São Paulo. A diferenciação genética encontrada para 12 populações analisadas foi significativa para os dados de seqüência da região mitocondrial cytb (Fst=0,15; P<0,05), ao contrário do observado para nove locos microssatélites (Fst=0,008; P>0,05). Locos alozímicos também foram analisados, com o intuito principal de verificar a espécie dos indivíduos; a maioria dos polimorfismos demonstraram que as populações são homogêneas, semelhantemente aos dados de microssatélites. Assim, nossos dados de genes nucleares indicam fortemente que não há indícios de estruturação populacional em E. cordata, enquanto que os dados mitocondriais parecem indicar estruturação populacional e que a proximidade geográfica influencia os eventos de colonização. Neste sentido, os dados indicam que dispersão e colonização em E. cordata são atributos característicos de machos e fêmeas, respectivamente.
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Genética da conservação de Podocnemis sextuberculata (Testudines, Pelomedusidae, Cornalia 1849) utilizando a região ND1 do DNA mitocondrial.Silva, Themis de Jesus da 07 October 2002 (has links)
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Previous issue date: 2002-10-07 / Os quelônios em geral são importantes na economia de populações tradicionais da região amazônica por serem muito apreciados na culinária local, e pela utilização de seus subprodutos como ovos e
gordura, na fabricação de cosméticos e adornos, sendo seu comércio uma alternativa financeira para esta região. No Brasil o gênero Podocnemis está representado por quatro espécies, entre elas a espécie Podocnemis sextuberculata conhecida vulgarmente como iaçá, pitiú, e cambéua. Pode ser encontrada nos rios Solimões, Amazonas, e Branco.
Este trabalho teve como objetivos principais caracterizar a variabilidade e a estrutura genética de três populações de iaçá, coletadas na Reserva
Federal de Abufari (AM), Reserva de Desenvolvimento Sustentável Mamirauá (AM), e na Comunidade de Terra Santa (PA). Foi utilizado
como marcador genético nesse estudo uma seqüência parcial do gene mitocondrial ND1 com um total de 415 pares de bases. A análise constituiu-se de 64 indivíduos, sendo 29 de Abufari, 11 de Mamirauá e 24 de Terra Santa. Observou-se, um total de dez haplótipos, seis na população de Abufari, três na população de Mamirauá e quatro na
população de Terra Santa. Houve a predominância de um haplótipo comum, haplótipos raros e vários singletons . A taxa média de sítios
polimórficos foi 0,058. A taxa de sítios polimórficos por população foi: 0,019 em Abufari, 0,022 em Mamirauá e 0.019 em Terra Santa. Estes
dados sugerem que as três populações possuem o mesmo grau de variabilidade genética. Não existe diferenciação genética entre as três populações analisadas (FST = 0,023 p< 0.05) e o fluxo gênico é alto (Nm=20,65). Os resultados são compatíveis com os estudos ecológicos sobre esta espécie. Os iaçás possuem grande capacidade migratória e a
pressão de caça parece ainda não ter afetado sua estrutura populacional. O monitoramento genético dessas populações naturais na região Amazônica torna-se, portanto de grande relevância como suporte para projetos de manejo e conservação específicos para cada espécie de quelônios.
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Relações genéticas entre plantéis de reprodutores do camarão marinho Litopenaeus vannamei, através do seqüenciamento dos genes RNAr 16S e COI do DNAmt.Francisco, Ana Karina de 22 August 2003 (has links)
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Previous issue date: 2003-08-22 / Financiadora de Estudos e Projetos / The evaluation of genetic relationships among broodstocks is a useful tool for culture management programs. In the present work, the relationships amongst four broodstocks of the marine shrimp Litopenaeus vannamei were established based on sequencing of 16S rRNA and COI regions from mtDNA. Farfantepenaeus subtilis was used as outgoup in mtDNA analysis. No divergence was found when sequences of the 16S rRNA gene were compared, likely due to the conservativeness of such region. Otherwise, at the dendrogram obtained from COI gene sequencing, clustering between Aqua-044 and Aqua-045 broodstocks and between Aqua-046 and Aqua-051 broodstocks was observed. The formation of these groupings may be related to the origin of the broodstocks as well as to the effects of genetic drift suffered by the founder populations. The results obtained in the present work may constitute a very useful tool for the delineation of more appropriate management programs for the analyzed broodstocks. / O estudo das relações genéticas entre estoques constitui-se em uma ferramenta de grande utilidade em programas de cultivo. No presente trabalho foram estabelecidas as relações entre cinco plantéis de reprodutores do camarão marinho Litopenaeus vannamei, com base no seqüenciamento das regiões RNAr 16S e COI do DNAmt. A espécie Farfantepenaeus subtilis foi utilizada como grupo externo. Não foram encontradas divergências genéticas entre as seqüências do gene 16S RNAr, possivelmente, devido ao fato de se tratar de uma região conservada. Já no dendrograma obtido a partir do seqüenciamento do gene COI pôde-se observar a formação de dois agrupamentos, um deles envolvendo os plantéis Aqua-044 e Aqua-045, e o outro, os plantéis Aqua-046 e Aqua-051. A formação desses agrupamentos pode estar relacionada à origem dos plantéis, bem como aos efeitos de deriva genética sofridos pelas populações fundadoras. Os resultados obtidos no presente trabalho podem constituir-se numa ferramenta de grande utilidade para o delineamento de programas de manejo mais adequados para os plantéis estudados.
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Relações filogenéticas das famílias Coreidae e Pentatomidae (Heteroptera: Pentatomomorpha) baseadas nas sequências de genes mitocondriais (Cyt b, COI e 16S), nucleares (28S e 18S) e informações morfológicasGomes, Mariana Oliveira [UNESP] 29 November 2013 (has links) (PDF)
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000795557.pdf: 2924422 bytes, checksum: 64932ca8dc0d733d090315dadbe0a39e (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Os Heteroptera possuem grande número de espécies descritas, aproximadamente, 40.000, além de habitat diversificado e hábitos alimentares bem variáveis, pois, podem viver como parasitas de aves ou mamíferos, se alimentarem de estruturas de plantas, micélios de alguns fungos ou outros artrópodes. Apesar destes insetos possuírem importância econômica seus estudos ainda são poucos explorados, principalmente, com relação aos lobos tetsiculares e suas relações filogenéticas. Assim, o presente estudo teve por objetivo inferir e entender as relações filogenéticas de espécies de Heteroptera pertencentes às famílias Coreidae e Pentatomidae, a partir dos fragmentos dos genes mitocondriais (COI, Cyt b e 16S) e nucleares (28S e 18S) e de dados moleculares associados com dados morfológicos e citogenéticos. A partir das análises foi possível identificar algumas relações entre as famílias, tribos e gêneros, demonstrando a eficiência dos genes e metodologias escolhidas. As famílias formam dois clados e esses formam grupo irmão, na maioria das análises. Analisando a família Coreidae observamos na maioria das análises, que formam agrupamentos monofiléticos. Quanto à família Pentatomidae, em todas as análises confirmaram sua monofilia. Observamos o agrupamento constante de espécies da mesma tribo e também agrupamentos congenéricos, com altos valores de bootstrap. Porém, agrupamentos entre espécies de mesma família, porém de tribos diferentes ainda merecem ser melhor estudados e explorados. Foi observado que com a inserção de dados morfológicos e citogenéticos houve uma melhor resolução dos resultados, principalmente, entre as tribos Pentatomini, Chlorocorini e Carpocorini (Pentatomidae). Com a análise evolutiva foi observado que algumas espécies agrupadas possuem características morfológicas mais semelhantes com espécies de outras tribos do que com seu grupo. Com esta análise foi possível identificar as ... / The Heteroptera have large number of described species, about 40,000, and diverse habitat and alimentary habits variables and therefore can live as parasites of birds and mammals, feeding on plant structures, mycelia of fungi or other arthropods. Despite these insects possess economic importance their studies are still few explored mainly in relation to testicular lobes and their phylogenetic relationships. Thus, this study aimed to understand and infer the phylogenetic relationships of species of Heteroptera belonging to the families Coreidae and Pentatomidae, from the fragments of mitochondrial genes (COI, Cyt b and 16S) and nuclear (28S and 18S) and molecular data associated morphological data and cytogenetic data. From the analysis it was possible to identify some relationships between families, tribes and genera, demonstrating the efficiency of genes and methodologies chosen. Families form two clades and these form brother group, most analyzes. Analyzing family Coreidae observed in most analyzes that form monophyletic groups. As the family Pentatomidae in all analyzes confirmed its monophyly. Observed clustering constant species of the same tribe and also congeneric groups with high bootstrap values. However, groupings among species of the same family, but different tribes still deserve to be better studied and explored. It was observed that with the inclusion of morphological and cytogenetic there was a better resolution of the results, especially among the tribes Pentatomini, Chlorocorini and Carpocorini (Pentatomidae). With the evolutionary analysis it was observed that some species grouped morphological characteristics more similar to species of other tribes than with your group. With this analysis it is possible to identify the relationships between families, tribes and genera and some similarities between species of different tribes grouped, however, there is need for a greater number of species and characters involved, because ...
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