A fosforilação de proteínas é o tipo de modificação pós-traducional mais recorrente nas vias de sinalização, desempenhando papel central numa vasta gama de eventos celulares. Um completo entendimento das circunstâncias que coordenam o evento de fosforilação permanece como um desafio para a ciência, a despeito do crescente número de abordagens e estudos realizados no assunto. Um mecanismo largamente descrito e aceito como essencial para coordenar a fosforilação de proteínas é a existência de sequências de aminoácidos que facilitam a fosforilação, conhecidos como consensos de fosforilação. Nesse modelo, cada proteína quinase reconhece sítios de fosforilação se os mesmos estiverem inseridos em uma sequência específica de resíduos na estrutura primária do substrato. Porém, com o crescente volume de dados sobre fosforilação, é possível notar a existência de sítios que são validados experimentalmente como fosforilados por uma determinada proteína quinase, que não apresentam o consenso de fosforilação. Neste trabalho, foi testada e comprovada a hipótese de que estes sítios de fosforilação sem consenso sequencial apresentam resíduos localizados em regiões da estrutura terciária adjacentes ao sítio de fosforilação, cuja as características estereoquímicas mimetizam um peptídeo substrato contendo o consenso de fosforilação. Para essa avaliação, utilizando substratos da PKA, foi constatado que mais de 90% dos sítios de fosforilação que não apresentam o consenso na estrutura primária, apresentam essa disposição na estrutura terciária. Resíduos distantes na estrutura primária se apresentam próximos espacialmente na estrutura tridimensional, em uma conformação semelhante a de um sítio com o consenso de fosforilação. Com isso nós propomos a existência de sítios conformacionais de fosforilação. Para confirmar que esses sítios conformacionais poderiam ser cruciais no reconhecimento do substrato, foram construídos modelos da interação da proteína quinase com os substratos, visando demonstrar a viabilidade da interação dos resíduos formadores do consenso conformacional com a proteína quinase de maneira análoga a de um substrato com o consenso de fosforilação. Para a comprovação experimental do fenômeno, foi utilizado o modelo de fosforilação da -Tubulina, no qual foi constatada uma fosforilação no resíduo T253 que depende da atuação dos resíduos K163 e K164 para a interação com a proteína quinase, confirmando a coerência do modelo proposto. Diante da novidade da proposta, dos estudos computacionais feitos e da validação conseguida, torna-se clara a relevância de se estudar a estrutura tridimensional dos substratos de fosforilação, não só como uma forma de aprofundar os conhecimentos gerais na área de fosforilação, mas também como uma alternativa com potencial de ser explorada no desenvolvimento de novas tecnologias / Protein phosphorylation is the most frequent type of post-translational modification in signaling pathway, developing a key role in a wide range of cell events. The full understanding of the circumstances that coordinate the phosphorylation event remains a challenge for science, despite the growing number of approaches and studies on the subject. A broadly described and accepted mechanism as essential for the coordination of protein phosphorylation is the existence of amino acids sequences that contribute to phosphorylation occurrence, known as phosphorylation consensus. In this model, each protein kinase is able to recognize phosphorylation sites inserted in a specific sequence on the primary structure. However, as the data about phosphorylation sites increases, it is possible to notice that there are sites that are validated experimentally as phosphorylated by a particular protein kinase, which do not have the consensus phosphorylation. In this work, it was tested and proved that phosphorylation sites without the sequence consensus presents anchors residues, that are close to the phosphorylation site on the tertiary structure, creating a structural conformation that mimics the stereochemical features of a substrate peptide containing the phosphorylation consensus. For this evaluation, using substrates of PKA, it was found that more than 90% of phosphorylation sites that have no consensus on the primary structure, presented this kind of disposition on the tertiary structure. Distant residues in the primary structure are spatially close on the three-dimensional structure, in a conformation similar to a phosphorylation site containing the consensus. Thus we proposed the existence of conformational phosphorylation sites. To confirm that these conformational sites could be crucial in substrate recognition, it was built kinase-substrate models, aiming to demonstrate the feasibility of residues forming the conformational consensus on the substrate to interact with the kinase analogously to a substrate with consensus phosphorylation. For experimental verification of this phenomenon, we used the phosphorylation model of -Tubulin, in which we observed a phosphorylation at residue T253 that depends of residues K163 and K164 to interact with the protein kinase, confirming the consistency of proposed model. Faced with the novelty of the proposal, the computational data and the experimental validation, it becomes clear the importance of studying the three dimensional structure of phosphorylation sites, not only as a way of achieving deeper knowledge on phosphorylation field, but also as a potential prospect to be explored on the development of new technologies

Submitted by Sandra Pereira (srpereira@ufrrj.br) on 2017-03-21T13:39:54Z No. of bitstreams: 1 2015 - Arthur Valbon Rodrigues.pdf: 2339821 bytes, checksum: 867f44f511f5a52dfdcf023619e589a9 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-03-21T13:39:54Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2015 - Arthur Valbon Rodrigues.pdf: 2339821 bytes, checksum: 867f44f511f5a52dfdcf023619e589a9 (MD5) Previous issue date: 2015-08-04 / Coordena??o de Aperfei?oamento de Pessoal de N?vel Superior - CAPES / In this work six asymmetric thyourea, derived from benzylamine and phenethylamine, were synthesized by reaction of p-substituted phenyl isothiocyanates in the presence of benzylamine and phenethylamine in toluene as solvent by irradiation in ultrasonic bath, featuring the first report in the literature of the adoption of this method for such molecules. The compounds were obtained in high purity, requiring only one recrystallization from hexane/dichloromethane. Yields were very satisfactory, ranging from 89 to 98%. The compounds were characterized by spectroscopic techniques such as 1H, 13C Nuclear Magnetic Resonance and IR. The synthesized compounds were evaluated by electrochemical potentiodynamic polarization techniques, Electrochemical Impedance Spectroscopy and Linear Polarization Resistance as inhibitors to the corrosion AISI 1020 carbon steel in 1M HCl media. Molecular modeling was used for better visualization of the thiourea structures and to correlate theoretical parameters such as the energy of the symmetrical frontier orbital, Mulliken charge on the sulfur atom and dipole moment with the experimental results for corrosion efficiency. In general, all compounds showed corrosion inhibition efficiency with characteristics of mixed inhibitors with anodic trend, however compounds with nitro substituent showed less efficiency, a fact that may be related to their electrons withdrawing potential, which consequently decreases the electron density at the possible center of chemical adsorption, the sulfur atom. However, compounds which showed no substituent and those that contain electron donating group (OCH3) stood out as inhibitors, highlighting N- (p-methoxyphenyl) -N'-phenetylthiourea, which showed 95% efficiency corrosion inhibition, from Electrochemical Impedance spectroscopy. Thus, the asymmetric thiourea benzyl and phenethyl-substituted, especially methoxy-substituted phenyl, can be considered as promising corrosion inhibitors for carbon steel in acid. / Nesse trabalho de disserta??o foram sintetizadas seis tioureias assim?tricas, derivadas da benzilamina e fenetilamina. A obten??o ocorreu atrav?s da rea??o dos isotiocianatos de fenila p-substituidos na presen?a da benzilamina e fenetilamina em tolueno como solvente atrav?s de irradia??o em banho de ultrassom, sendo o primeiro relato na literatura dessa metodologia para tais mol?culas. Os compostos foram obtidos em alto grau de pureza, sendo necess?ria apenas uma recristaliza??o em hexano/diclorometano. Os rendimentos foram muitos satisfat?rios, variando de 89 ? 98%. Os compostos foram caracterizados por t?cnicas espectrosc?picas como Resson?ncia Magn?tica Nuclear 1H,13C e Infravermelho. Os compostos sintetizados foram avaliados atrav?s das t?cnicas eletroqu?micas de Polariza??o Potenciodin?mica, Espectroscopia de Imped?ncia Eletroqu?mica e Resist?ncia a Polariza??o Linear quanto ? a??o como inibidores de corros?o frente a a?o carbono AISI 1020 em HCl 1 mol.L-1. A Modelagem Molecular foi utilizada para melhor visualiza??o das estruturas das tioureias e correlacionar os par?metros te?ricos como a energia dos orbitais de fronteiras sim?tricos, carga de Mulliken no ?tomo de enxofre e momento dipolar com os resultados experimentais da efici?ncia anticorrosiva. De forma geral, todos apresentaram efici?ncia de inibi??o ? corros?o com caracter?sticas de inibidores mistos com tend?ncia an?dica, por?m os compostos com substituinte nitro apresentaram menor efici?ncia, fato esse que pode estar relacionado ao seu poder retirador de el?trons, que consequentemente, diminui a densidade eletr?nica no poss?vel centro de adsor??o qu?mica, o enxofre. Por?m, os compostos que n?o apresentaram substituintes e os que cont?m grupo doador de el?trons (OCH3) se destacaram como inibidores, dando destaque a N-(p-metoxi-fenil)-N?-fenetiltioureia, que apresentou efici?ncia de 95% de inibi??o da corros?o, pela t?cnica de Espectroscopia de Imped?ncia Eletroqu?mica. Assim, as tioureias assim?tricas benzil e fenetil-substitu?das, especialmente met?xi-fenil substitu?das, podem ser consideradas como promissores agentes inibidores da corros?o para o a?o-carbono em meio ?cido.

Submitted by Jorge Silva (jorgelmsilva@ufrrj.br) on 2018-08-29T19:26:49Z No. of bitstreams: 1 2017 - Cristiane Frauches dos Santos.pdf: 7660831 bytes, checksum: d9f6418f111957d4be1789ee9411cc8f (MD5) / Made available in DSpace on 2018-08-29T19:26:49Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2017 - Cristiane Frauches dos Santos.pdf: 7660831 bytes, checksum: d9f6418f111957d4be1789ee9411cc8f (MD5) Previous issue date: 2017-09-25 / CAPES / CNPq / FAPERJ / Petrobr?s / Corrosion is one of the serious problems faced in industrial processes, generating enormous financial losses. Several techniques are used to prevent or remedy corrosion in the different materials it affects. Among them, the use of organic or inorganic inhibitors has been widely used. Thus, in this thesis were synthesized 34 heterocyclic compounds, 18 chlorides of 1,3,4-thiadiazolium-2-phenylamines, (11 unpublished), and the other 16 compounds belonging to the class of mesoionic 1,3,4-triazolium -2-thiolate, (15 unpublished), with the objective of evaluating its efficiency as inhibitors of corrosion in acidic corrosion. Derivatives of the class 1,3,4-thiadiazolium-2-phenylamines were obtained with satisfactory purity and yields in the range of 42-96% and, in the class of 1,3,4-triazolium-2-thiolates in 20 -97%. All compounds were characterized by IR, 1H and 13C NMR spectroscopies. The theoretical study was conducted using the SPARTAN-PRO program in the semi-empirical method with the Hamiltonian AM1, to determine its structural and electronic properties of 1,3,4-thiadiazolium-2-phenylamines that could contribute to the efficiency of inhibition of corrosion. The compounds of 1,3,4-thiadiazolium-2-phenylamine class were tested against corrosion of AISI 1020 carbon steel in 0.5 mol L-1HCl and in 0.5 mol L-1 H2SO4. For this evaluation, the electrochemical techniques of Potenciodynamic Polarization (PP), Resistance to Linear Polarization (RPL) and Electrochemical Impedance Spectroscopy (EIS) were used. The results showed significant percentages of corrosion inhibition in both acidic solutions, reaching the rate of up to 95% efficiency for the compound 4-phenyl-5-(3'-methoxy-phenyl)-1,3,4-thiadiazolium-2-phenylamine chloride in the concentration of 3.5x10-4 mol L-1 for the HCl solution, and 99% efficiency for the 2'-chloro and 2'-fluorosubstituted compounds in the concentration of3.5x10-4 mol L-1 for the H2SO4 solution. In addition to the electrochemical techniques, the gravimetric technique was used, which presented 99% of anticorrosive efficiency for the 2'-trifluoromethyl-substituted 1,3,4-thiadiazolium-2-phenylamine derivative, showed the best inhibitory effect in HCl solution. However, the 2'-trifluoromethyl-substituted 1,3,4-triazolium-2-thiol derivative showed less corrosion efficiency than its corresponding isomer. The methodologies used to evaluate the corrosion activity (PP, RPL and EIE), including the theoretical evaluation by molecular modeling, indicated the mesoionic chloridrates as efficient mixed corrosion inhibitors. / S?ntese e avalia??o da atividade anticorrosiva de cloretos de 1,3,4-tiadiaz?lio-2-fenilaminas e 1,3,4-triaz?lio-2-tiolatos em meio ?cido. 2017. 251p Tese (Doutorado em Qu?mica, Ci?ncia exatas, s?ntese org?nica). Departamento de qu?mica, Universidade Federal Rural do Rio de Janeiro, Serop?dica, RJ, 2017. A corros?o ? um dos s?rios problemas enfrentados nos processos industriais, gerando enormes preju?zos financeiros. Diversas t?cnicas s?o utilizadas para evitar ou remediar a corros?o nos diferentes materiais que ela afeta. Dentre elas o uso de agentes inibidores org?nicos ou inorg?nicos tem sido muito utilizado. Assim, neste trabalho de tese foram sintetizados 34 compostos heteroc?clicos, sendo 18 cloretos de 1,3,4-tiadiaz?lio-2-fenilaminas (11 in?ditos) e os outros 16 compostos pertencentes ? classe dos mesoi?nicos 1,3,4-triaz?lio-2-tiolato (15 in?ditos), com o objetivo de avaliar sua efici?ncia como inibidores de corros?o em meio ?cido. Os derivados sintetizados da classe 1,3,4-tiadiaz?lio-2-fenilaminas foram obtidos com grau de pureza e rendimentos satisfat?rios na faixa de 42-96% e, da classe dos 1,3,4-triaz?lio-2-tiolatos em 20-97%. Todos os compostos foram caracterizados por espectroscopia de IV, RMN de 1H e13C. Foi realizado o estudo de modelagem molecular, utilizando o programa SPARTAN-PRO com o m?todo semi-emp?rico, hamiltoniano AM1, para determina??o das propriedades estruturais e eletr?nicas dos 1,3,4-tiadiaz?lio-2-fenilaminas que pudessem contribuir para a efici?ncia de inibi??o da corros?o. Os cloridratos mesoi?nicos da classe 1,3,4-tiadiaz?lio-2-fenilaminas foram testados frente ? corros?o de a?o carbono AISI 1020 em solu??o de HCl 0,5 mol L-1 e em H2SO4 0,5 mol L-1. Para tal avalia??o foram utilizadas as t?cnicas eletroqu?micas de Polariza??o potenciodin?mica (PP), Resist?ncia ? polariza??o linear (RPL) e Espectroscopia de imped?ncia eletroqu?mica (EIE). Os resultados mostraram percentuais significativos de inibi??o da corros?o em ambas solu??es ?cidas, alcan?ando o ?ndice de at? 95% de efici?ncia para o composto cloreto de 4-fenil-5-(3?-met?xi-fenil)-1,3,4-tiadiaz?lio-2-fenilamina na concentra??o de 3,5x10-4 mol L-1 para a solu??o de HCl e, 99% de efici?ncia para os compostos 2?-cloro e 2?-fluor-substitu?dos na concentra??o de 3,5x10-4 mol L-1 para a solu??o de H2SO4. Al?m das t?cnicas eletroqu?micas, foi utilizada a t?cnica gravim?trica que apresentou 99% de efici?ncia anticorrosiva para o derivado 2?-trifluormetil-substitu?do da classe 1,3,4-tiadiaz?lio-2-fenilamina que mostrou o melhor efeito inibidor em solu??o HCl. No entanto, o derivado 2?-trifluormetil-substitu?do da classe 1,3,4-triaz?lio-2-tiol apresentou menor efici?ncia anticorrosiva do que seu is?mero correspondente. As metodologias utilizadas para avalia??o da atividade anticorrosiva (PP, RPL e EIE), incluindo a avalia??o te?rica por modelagem molecular, indicaram os cloridratos mesoi?nicos como eficientes inibidores de corros?o mistos.

Os Fatores de Crescimento de Fibroblastos (\"Fibroblast Growth Factors\"; FGFs) participam de fenômenos biológicos de grande importância, tais como migração, divisão e diferenciação celulares. O presente trabalho teve como objetivo central a busca de compostos biologicamente ativos através de um desenho racional de peptídeos derivados do FGF-1 e do seu receptor (FGFR-1 ). A partir da análise dos dados disponíveis na literatura, aliada a técnicas de modelagem molecular, foram desenhados, sintetizados e testados dois grupos de peptídeos. O primeiro conjunto (R1 - R3) é constituído por peptídeos lineares derivados do FGFR-1. Os ensaios de atividade mitogênica dos FGFs 1 e 2 em presença dos peptídeos mostram que R1 e R2 foram capazes de inibir a ação mitogênica do FGF-1. Este efeito é seletivo, já que a atividade do FGF-2 não é afetada. A atividade inibitória é dose-dependente para ambos os peptídeos. Os resultados mostram ainda que o efeito é sequência-dependente, já que o peptídeo R3, correspondente à porção e-terminal de R2, é inativo. Por outro lado, o segmento N-terminal de R2 (representado por R1) é suficiente para desencadear o mesmo nível de inibição apresentado pelo peptídeo R2 inteiro. Os peptídeos sintéticos semi-cíclicos F1 - F3, correspondentes a um importante sítio de ligação no FGF-1, foram avaliados quanto à sua capacidade de estimular a síntese de DNA em fibroblastos em cultura. Os dados obtidos mostram que, na faixa de concentração testada (0,1 a 200 µM), o peptídeo F1 é inativo. O peptídeo F2 apresentou atividade mitogênica (ED50 = 60 -70 µM), estimulando a incorporação de timidina tritiada em até 66 % do valor máximo induzido por 10% de soro fetal bovino. Na mesma faixa de concentração, o peptídeo F3 apresentou atividade em níveis inferiores (ED50 > 100 µM) aos apresentados pelo peptídeo F2. Estes resultados indicam que os peptídeos F2 e F3 poderiam mimetizar a superfície correspondente a um sítio de ligação do FGF-1 ao receptor. Além disso, o fato de F2 ser mais ativo que F3 indica que, além dos resíduos hidrofóbicos Y e L (presentes em ambos), o resíduo R presente em F2 exerce um importante papel para a atividade mitogênica do peptídeo. Como já proposto por nós em trabalhos anteriores, os dados apresentados indicam que é possível obter compostos com atividade mitogênica através do desenho racional de estruturas peptídicas derivadas dos FGFs. A análise do conjunto de peptídeos estudados até o momento revela a existência de características químicas comuns a todos aqueles que se mostraram mitogênicos, ou seja, a presença de um núcleo hidrofóbico flanqueado por resíduos polares carregados. / The Fibroblast Growth Factors (FGFs) are involved in very important biological processes like cell migration, division and differentiation. The aim of this work was the search of biologically active compounds through a rational design of peptides derived from FGF-1 and its receptor (FGFR-1). On the basis on several data available in the literature and with the aid of molecular modeling techniques, we designed, synthesized and tested two sets of peptides. The first group (R1-R3) is composed by linear peptides derived from FGFR-1. The mitogenic activity assays of FGF-1 and FGF-2 in the presence of these peptides reveal that R1 and R2 were able to inhibit the mitogenic response elicited by FGF-1. This effect is dose-dependent and selective, since the FGF-2 activity was not affected. Also, the inhibitory activity is sequence-dependent since peptide R3, corresponding to the e-terminal stretch of R2, was inactive. On the other hand, the N-terminal segment of peptide R2, represented by R1, is sufficient to elicit about the same response observed for the longer peptide R2. The semi-cyclic synthetic peptides F1 - F3, corresponding to an important FGF-1 binding site, were tested for their ability to stimulate DNA synthesis on fibroblast cultures. The results show that F1 is inactive in the range tested (0.1 to 200 µM). Peptide F2 was able to elicit a mitogenic activity (ED50 = 60 - 70 µM), stimulating the incorporation of [methyl-3H] thymidine to a level corresponding to 66 % of the maximum response induced by 10 % fetal calf serum. In the same range, peptide F3 was less active (ED50 > 100 µM). These results suggest that peptides F2 and F3 could mimic a surface corresponding to a receptor binding site of FGF-1. Also, the better performance of F2 could be explained by the presence of the residue R (besides Y and L) that could be important to elicit a mitogenic response. These results, together with those presented in former papers, indicate that it is possible to obtain compounds with mitogenic activity through the rational design of peptides derived from the FGFs. The analysis of the assembly of peptides studied allow us to define a chemical pattern shared by all the mitogenic compounds obtained until now, namely the presence of a hydrophobic core flanked by polar charged residues.

Submitted by Maike Costa (maiksebas@gmail.com) on 2017-09-13T11:59:49Z No. of bitstreams: 1 arquivototal.pdf: 7758959 bytes, checksum: db745d41b196978192ebc789e25f442b (MD5) / Made available in DSpace on 2017-09-13T11:59:49Z (GMT). No. of bitstreams: 1 arquivototal.pdf: 7758959 bytes, checksum: db745d41b196978192ebc789e25f442b (MD5) Previous issue date: 2016-02-26 / The use of plants for medicinal purposes is one of the oldest forms of medical practice of mankind, emphasizing the alkaloids because they present rich structural and pharmacological properties extensive variety. The drug design is aided by computer based strategies based on linkers or target. When developing new compounds, the structure-based techniques, such as docking, can be applied to study of certain receptor and its corresponding ligand, evaluating bindingprotein interactions. Whereas in the ligand-based methods, a database of known ligands is used, looking for ways to evaluate parameters (molecular descriptors) that can assist in the development of compounds with higher power. This study aimed to perform in silico studies to investigate drug-target interactions with alkaloids derived from natural products and their analogues with relevant pharmacological activity. Different molecular descriptors and methodologies were used in the studies developed. In chapter 2, the interaction of alkaloid bisindolic caulerpine (CLP) was evaluated with the enzyme involved in Alzheimer's disease (AD) monoamine oxidase B (MAO-B), and a database with 109 analogs. It was possible to observe a chemical parameter of inhibition of PLC analogues where the replacement of the radicals must be asymmetric with different polarity. The studies based on the linker and the structure associated with the classification drug-like chemical skeleton suggest that the PLC has potential use in the treatment of AD. In chapter 3, 8 alkaloids isolated Cissampelos sympodialis and 101 derivatives, had their inhibitory potential against enzyme (BACE, GSK-3β and MAO-A) involved in degenerative diseases assessed by in silico methods. consensual analysis showed affinity alkaloids bisbenzilisoquinolinics by BACE, incluindos the roraimine natural alkaloids and simpodialine-β-N-oxide, supporting interest in investigating this skeleton as an antagonist of this enzyme. In Chapter 4 we evaluated the multi-target potential of 148 aphorphinics alkaloids Annonaceae against Leishmania donovani. Six were selected enzymes of this neglected disease for theoretical study, which was associated with experimental four alkaloids available data and integrating the bank, which had pIC50 value inferior to 5.26. The xyloguyelline alkaloid was named as a potential multi-agent target, demonstrating activity against 5 of 6 enzymes evaluated, likely to activity of over 60%. fragment descriptors were used to create model-based binder in a parallel approach with molecular docking to predict the cytotoxic and against topoisomerase II activity azaphenantrene alkaloids in chapter 5. The cytotoxic activity of this skeleton alkaloids are well described in the literature, molecules having activity against several tumor cell lines. The IMB 6 analog and 23 IMB showed interesting activity and selectivity, with MolDock energy similar to liriodenine composed characterized by potent anti-tumor action, but with high toxicity. Important structural information is provided by spectroscopy nuclear magnetic resonance (NMR), and Chapter 6 aimed to discuss the importance of this technique for generating molecular descriptors. Studies that applied successfully in drug design NMR descriptors assisted by computer are described and several QSAR and QSPR having as support data chemical shifts. / A utilização de plantas com fins medicinais é uma das mais antigas formas de prática medicinal da humanidade, enfatizando os alcaloides, por apresentarem rica variedade estrutural e extensa propriedade farmacológica. O desenho de drogas auxiliado pelo computador é fundamentado em estratégias baseadas nos ligantes ou no alvo. No desenvolvimento de novos compostos, técnicas baseadas na estrutura, como o docking, podem ser aplicadas no estudo de um determinado receptor e seu respectivo ligante, avaliando as interações ligante-proteína. Ao passo que nos métodos baseados no ligante, um banco de ligantes conhecidos é utilizado, buscando modos de avaliar parâmetros (descritores moleculares) que possam auxiliar no desenvolvimento de compostos com maior potência. Este estudo teve como objetivo realizar estudos in silico para investigar interações fármaco-alvo com alcaloides oriundos de produtos naturais, e respectivos análogos, com relevante atividade farmacológica. Diferentes descritores moleculares e metodologias foram utilizadas nos estudos desenvolvidos. No capítulo 2, foi avaliado a interação do alcaloide bisindolico caulerpina (CLP) com a enzima envolvida na doença de Alzheimer (DA) monoamina oxidase B (MAO-B), além de um banco com 109 análogos. Foi possível observar um parâmetro químico de inibição dos análogos da CLP, onde a substituição dos radicais deve ser assimétrica com polaridade distinta. Os estudos dos baseados no ligante e na estrutura, associado à classificação drug-like, sugerem que o esqueleto químico da CLP tem potencial uso no tratamento da DA. No capítulo 3, 8 alcaloides isolados de Cissampelos sympodialis e 101 derivados, tiveram seu potencial inibitório contra enzimas (BACE, GSK-3β e MAO-A) envolvidas em doenças degenerativas avaliado por metodologias in silico. Análise consensual demonstrou afinidade de alcaloides bisbenzilisoquinolínicos pela BACE, incluindos os alcaloides naturais roraimina e simpodialina- β-N-oxide, suportando interesse em investigar este esqueleto como antagonista desta enzima. No capítulo 4 foi avaliado o potencial multi-target de 148 alcaloides aporfinicos de Annonaceae contra Leishmania donovani. Foram utilizadas seis enzimas desta doença negligenciada para o estudo teórico, que foi associado com dados experimentais de quatro alcaloides disponíveis e que integram o banco, que apresentaram valor pIC50 inferior a 5.26. O alcaloide xyloguyellina foi apontado como potencial agente multitarget, demonstrando atividade contra 5 das 6 enzimas avaliadas, com probabilidade de atividade superior a 60%. Descritores de fragmento foram utilizados para criar modelo baseado no ligante em uma abordagem paralela com docking molecular, para predizer a atividade citotóxica e contra topoisomerase II de azafenantreno alcaloides, no capítulo 5. A atividade citotóxica deste esqueleto de alcaloides está bem descrita na literatura, com diversas moléculas apresentando atividade contra linhagens de células tumorais. Os análogos IMB 6 e IMB 23 apresentaram interessante atividade e com seletividade, apresentando energia MolDock similar à liriodenina, composto caracterizado por potente ação antitumoral, porém com elevada toxicidade. Importantes informações estruturais são fornecidas pela espectroscopia de ressonância magnética nuclear (RMN), sendo o capítulo 6 destinado a discorrer sobre a importância desta técnica para geração de descritores moleculares. Estudos que aplicaram com sucesso descritores RMN em design de drogas assistida pelo computador encontram-se descritos, além de diversos estudos de QSAR e QSPR tendo como amparo dados de deslocamentos químicos.

Submitted by ÍCARO PUTINHON CARUSO null (ykrocaruso@hotmail.com) on 2016-09-19T16:20:38Z No. of bitstreams: 1 tese_doutorado_icaro_vf.pdf: 17027642 bytes, checksum: 71d2f869670d044aace5f2ab6326b657 (MD5) / Approved for entry into archive by Felipe Augusto Arakaki (arakaki@reitoria.unesp.br) on 2016-09-22T14:26:36Z (GMT) No. of bitstreams: 1 caruso_ip_dr_sjrp.pdf: 17027642 bytes, checksum: 71d2f869670d044aace5f2ab6326b657 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-09-22T14:26:36Z (GMT). No. of bitstreams: 1 caruso_ip_dr_sjrp.pdf: 17027642 bytes, checksum: 71d2f869670d044aace5f2ab6326b657 (MD5) Previous issue date: 2016-08-26 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Os flavonóides fazem parte de uma ampla classe de compostos polifenólicos os quais ocorrem naturalmente nas plantas e podem ser encontrados nas sementes, caules, folhas, flores e/ou frutos. Estudos recentes indicam que esses compostos polifenólicos podem apresentar uma variedade significativa de atividades biológicas benéficas para a saúde humana, como por exemplo: antioxidante, anti-inflamatória, antibacteriana, antiviral e anticancerígena. A Albumina do Soro Humano (HSA) é a principal proteína extracelular presente no plasma sanguíneo. A função central dessa proteína é transportar e distribuir ligantes endógenos e exógenos para diferentes alvos moleculares no corpo humano. Por tais aspectos, torna-se importante o desenvolvimento de estudos que caracterizam a interação dos flavonóides com a proteína transportadora HSA. Este trabalho investiga a interação dos flavonóides Isovitexina (ISO) e 2-Fenilcromona (2PHE) com a HSA, utilizando técnicas experimentais de espectroscopia de fluorescência, absorbância UV-Vis, dicroísmo circular (CD) e infravermelho com transformada de Fourier (FT-IR); juntamente com ferramentas computacionais de cálculo {\it{ab initio}}, dinâmica molecular e modelagem molecular. A integração dessas abordagens experimentais e computacionais possibilita caracterizar a formação dos complexos HSA-flavonóides, determinando aspectos físico-químicos como: constantes de afinidade, parâmetros termodinâmicos, número de sítios de ligação, perfil de cooperatividade e resíduos de aminoácidos responsáveis pelas interações proteína-flavonóides (hidrofóbicas e eletrostáticas). / Flavonoids belong to a large class of polyphenolic compounds which occur naturally in plants and can be found seeds, stems, leaves, flowers and/or fruits. Recent studies indicate that these polyphenolic compounds can present a significant variety of beneficial biological activities on human health, such as: antioxidant, anti-inflammatory, antibacterial, antiviral, and anticancer. Human Serum Ambumin (HSA) is the main extracellular protein presents in blood plasma. The core function of this protein is to carry and distribute endogenous and exogenous ligands to different molecular targets in the human body. For these aspects, it is important to develop studies that characterize the interaction of the flavonoids with the carrier protein HSA. This work investigates the interaction of the flavonoids Isovitexin (ISO) and 2-Phenylchromone (2PHE) with the HSA, using experimental techniques of fluorescence, UV-Vis absorbance, circular dichroism (CD), and Fourier transform infrared (FT-IR) spectroscopy; along with computational tools of ab initio calculation, molecular dynamics, and molecular modeling. The integration of these experimental and computational approaches allows to characterize the formation of the HSA-flavonoids complexes, determining physicochemical aspects, sucha as: affinity constants, thermodynamic parameters, number of binding sites, cooperativity profile and aminoacid residues responsable for the protein-flavonoids interactions (hydrophobic and electrostatic).

Made available in DSpace on 2014-12-17T14:10:24Z (GMT). No. of bitstreams: 1 JonasINO_DISSERT.pdf: 890224 bytes, checksum: a68b1b3f5f169bb87b98314d116a12b3 (MD5) Previous issue date: 2012-03-02 / Coordena??o de Aperfei?oamento de Pessoal de N?vel Superior / In this dissertation, the theoretical principles governing the molecular modeling were applied for electronic characterization of oligopeptide α3 and its variants (5Q, 7Q)-α3, as well as in the quantum description of the interaction of the aminoglycoside hygromycin B and the 30S subunit of bacterial ribosome. In the first study, the linear and neutral dipeptides which make up the mentioned oligopeptides were modeled and then optimized for a structure of lower potential energy and appropriate dihedral angles. In this case, three subsequent geometric optimization processes, based on classical Newtonian theory, the semi-empirical and density functional theory (DFT), explore the energy landscape of each dipeptide during the search of ideal minimum energy structures. Finally, great conformers were described about its electrostatic potential, ionization energy (amino acids), and frontier molecular orbitals and hopping term. From the hopping terms described in this study, it was possible in subsequent studies to characterize the charge transport propertie of these peptides models. It envisioned a new biosensor technology capable of diagnosing amyloid diseases, related to an accumulation of misshapen proteins, based on the conductivity displayed by proteins of the patient. In a second step of this dissertation, a study carried out by quantum molecular modeling of the interaction energy of an antibiotic ribosomal aminoglicos?dico on your receiver. It is known that the hygromycin B (hygB) is an aminoglycoside antibiotic that affects ribosomal translocation by direct interaction with the small subunit of the bacterial ribosome (30S), specifically with nucleotides in helix 44 of the 16S ribosomal RNA (16S rRNA). Due to strong electrostatic character of this connection, it was proposed an energetic investigation of the binding mechanism of this complex using different values of dielectric constants (ε = 0, 4, 10, 20 and 40), which have been widely used to study the electrostatic properties of biomolecules. For this, increasing radii centered on the hygB centroid were measured from the 30S-hygB crystal structure (1HNZ.pdb), and only the individual interaction energy of each enclosed nucleotide was determined for quantum calculations using molecular fractionation with conjugate caps (MFCC) strategy. It was noticed that the dielectric constants underestimated the energies of individual interactions, allowing the convergence state is achieved quickly. But only for ε = 40, the total binding energy of drug-receptor interaction is stabilized at r = 18A, which provided an appropriate binding pocket because it encompassed the main residues that interact more strongly with the hygB - C1403, C1404, G1405, A1493, G1494, U1495, U1498 and C1496. Thus, the dielectric constant ≈ 40 is ideal for the treatment of systems with many electrical charges. By comparing the individual binding energies of 16S rRNA nucleotides with the experimental tests that determine the minimum inhibitory concentration (MIC) of hygB, it is believed that those residues with high binding values generated bacterial resistance to the drug when mutated. With the same reasoning, since those with low interaction energy do not influence effectively the affinity of the hygB in its binding site, there is no loss of effectiveness if they were replaced. / Nessa disserta??o, os princ?pios te?ricos que regem a Modelagem Molecular foram aplicados na caracteriza??o eletr?nica do oligopept?deo α3 e seus variantes (5Q,7Q)-α3, como tamb?m na descri??o qu?ntica da intera??o do aminoglicos?deo higromicina B e a subunidade 30S do ribossomo bacteriano. No primeiro estudo, os dipept?deos lineares e neutros constituintes das biomol?culas mencionados foram modelados e posteriormente otimizados at? uma estrutura de menor energia potencial e ?ngulos diedros adequados. No caso, tr?s processos de otimiza??o geom?trica, baseados subsequentemente na teoria cl?ssica newtoniana, na semi-emp?rica e na teoria do funcional da densidade (DFT), varreram a paisagem de energia de cada dipept?deos na busca de uma estrutura de energia m?nima ideal. Por fim, os conf?rmeros ?timos foram descritos quanto ao potencial eletrost?tico, energia de ioniza??o (amino?cidos), orbitais de fronteira HOMO/HOMO-1 e termo de hopping. A partir dos termos de hopping descritos nesse trabalho, foi poss?vel, em estudos subsequentes, caracterizar as propriedades de transporte de cargas destes modelos pept?dicos. Vislumbra-se uma nova tecnologia de biosensores capaz de diagnosticar doen?as amiloides, relacionadas ao ac?mulo de pept?deos disformes, a partir do perfil de condutividade el?trica apresentado pelas prote?nas do paciente. Em um segundo momento dessa disserta??o, realiza-se um estudo qu?ntico por modelagem molecular da energia de intera??o de um antibi?tico aminoglicos?dico em seu receptor riboss?mico. Sabe-se que a higromicina B (higB) ? um antibi?tico aminoglicos?deo que afeta a transloca??o ribossomal pela intera??o direta com a subunidade menor do ribossomo bacteriano (30S), especificamente com nucleot?deos da h?lice 44 do RNA riboss?mico 16S (rRNA 16S). Devido ao forte car?ter eletrost?tico desta conex?o, foi proposta a investiga??o energ?tica do mecanismo de liga??o da higB no 30S usando diferentes valores de constantes diel?tricas (ε=0, 4, 10, 20 e 40), as quais s?o amplamente utilizadas no estudo das propriedades eletrost?ticas de biomol?culas. Para isso, foram medidos raios crescentes centralizados no centr?ide da higB tendo por base a estrutura cristalina higB-30S (1HNZ.pdb), e apenas a energia de intera??o individual de cada nucleot?deo englobado foi calculada quanticamente utilizando a estrat?gia de fracionamento molecular com capuzes conjugados (MFCC). Percebeu-se que as constantes diel?tricas subestimam as energias de intera??o individuais, permitindo que o estado de converg?ncia energ?tica seja alcan?ado rapidamente. Por?m apenas para ε=40, a energia de intera??o total droga-receptor se estabilizou em r=18?, o que se constituiu como um adequado s?tio de liga??o, pois englobou os res?duos do 16S que interagem mais fortemente com a higB - C1403, C1404, G1405, A1493, G1494, U1495, C1496 e U1498. Assim, a constante diel?trica ≈40 ? ideal para o tratamento de sistemas com muitas cargas. Confrontando as energias de liga??o individuais dos nucleot?deos 16SrRNA com ensaios experimentais para determina??o da concentra??o inibit?ria m?nima (MIC) da higB, acredita-se que esses res?duos com elevados valores de intera??o gerariam resist?ncia bacteriana ? droga quando mutados. Com o mesmo racioc?nio, visto que aqueles com baixa energia n?o influenciariam de forma eficaz a afinidade da higB em seu s?tio de liga??o, n?o ocorreria perda de efic?cia caso fossem substitu?dos.

Made available in DSpace on 2014-12-17T14:10:28Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DiegoSD_DISSERT.pdf: 4467915 bytes, checksum: 1bb0defec90e5ed329ebefbf24ac108a (MD5) Previous issue date: 2013-02-28 / Coordena??o de Aperfei?oamento de Pessoal de N?vel Superior / Currently, computational methods have been increasingly used to aid in the characterization of molecular biological systems, especially when they relevant to human health. Ibuprofen is a nonsteroidal antiinflammatory or broadband use in the clinic. Once in the bloodstream, most of ibuprofen is linked to human serum albumin, the major protein of blood plasma, decreasing its bioavailability and requiring larger doses to produce its antiinflamatory action. This study aimes to characterize, through the interaction energy, how is the binding of ibuprofen to albumin and to establish what are the main amino acids and molecular interactions involved in the process. For this purpouse, it was conducted an in silico study, by using quantum mechanical calculations based on Density Functional Theory (DFT), with Generalized Gradient approximation (GGA) to describe the effects of exchange and correlation. The interaction energy of each amino acid belonging to the binding site to the ligand was calculated the using the method of molecular fragmentation with conjugated caps (MFCC). Besides energy, we calculated the distances, types of molecular interactions and atomic groups involved. The theoretical models used were satisfactory and show a more accurate description when the dielectric constant ε = 40 was used. The findings corroborate the literature in which the Sudlow site I (I-FA3) is the primary binding site and the site I-FA6 as secondary site. However, it differs in identifying the most important amino acids, which by interaction energy, in order of decreasing energy, are: Arg410, Lys414, Ser 489, Leu453 and Tyr411 to the I-Site FA3 and Leu481, Ser480, Lys351, Val482 and Arg209 to the site I-FA6. The quantification of interaction energy and description of the most important amino acids opens new avenues for studies aiming at manipulating the structure of ibuprofen, in order to decrease its interaction with albumin, and consequently increase its distribution / Na atualidade, os m?todos computacionais v?m sendo cada vez mais utilizados para auxiliar a biologia molecular na caracteriza??o de sistemas biol?gicos, principalmente quando esses possuem relev?ncia para a sa?de humana. O ibuprofeno ? um antiinflamat?rio n?o-esteroidal de larga utiliza??o na cl?nica. Uma vez na corrente sangu?nea, boa parte do ibuprofeno fica ligada a albumina de soro humano, a principal prote?na do plasma sangu?neo, diminuindo a sua biodisponibilidade e necessitando de maiores doses para a produ??o de seu efeito antiinflamat?rio. Este estudo teve por objetivo caracterizar, atrav?s da energia de intera??o, como ocorre a liga??o do ibuprofeno ? albumina e estabelecer quais os principais amino?cidos e intera??es moleculares envolvidas no processo. Para tal desenvolveu-se um estudo in silico, com utiliza??o de c?lculos de mec?nica qu?ntica, baseada na Teoria do Funcional da Densidade (DFT), com aproxima??es do Gradiente Generalizado (GGA) para descri??o dos efeitos de correla??o e troca. A energia de intera??o de cada amino?cido do s?tio de liga??o, com o ligante foi calculada com base no m?todo de fragmenta??o molecular com capas conjugadas (MFCC). Al?m da energia, foram calculadas as dist?ncias, tipos de intera??es moleculares e grupos at?micos envolvidos. Os modelos te?ricos utilizados foram satisfat?rios e demonstraram uma descri??o mais precisa com a utiliza??o da constante diel?trica ε=40. Os achados corroboram com a literatura colocando o s?tio Sudlow I (I-FA3) como o principal s?tio de liga??o e o s?tio I-FA6 como s?tio secund?rio. Contudo, difere quanto ? identifica??o dos amino?cidos mais importantes, que por meio da energia de intera??o, em ordem decrescente de energia, s?o: Arg410, Lys414, Ser 489, Leu453 e Tyr411 para o S?tio I-FA3 e Leu481, Ser480, Lys351, Val482 e Arg209 para o s?tio I-FA6. A quantifica??o da energia de intera??o e a descri??o dos amino?cidos mais importantes abre caminhos para novos estudos que visem a manipula??o da estrutura do ibuprofeno, no sentido de diminuir a intera??o desse com a albumina, e consequentemente aumentar a sua distribui??o

Submitted by Automa??o e Estat?stica (sst@bczm.ufrn.br) on 2016-02-03T22:09:09Z No. of bitstreams: 1 JonasIvanNobreOliveira_TESE.pdf: 11177037 bytes, checksum: 2b572f71c5a1ab5e1c3a798571af4fed (MD5) / Approved for entry into archive by Arlan Eloi Leite Silva (eloihistoriador@yahoo.com.br) on 2016-02-04T20:35:03Z (GMT) No. of bitstreams: 1 JonasIvanNobreOliveira_TESE.pdf: 11177037 bytes, checksum: 2b572f71c5a1ab5e1c3a798571af4fed (MD5) / Made available in DSpace on 2016-02-04T20:35:03Z (GMT). No. of bitstreams: 1 JonasIvanNobreOliveira_TESE.pdf: 11177037 bytes, checksum: 2b572f71c5a1ab5e1c3a798571af4fed (MD5) Previous issue date: 2015-02-26 / Esta tese trata de duas pesquisas no campo da modelagem molecular, com diferentes naturezas conceituais, por?m, baseadas em semelhantes princ?pios te?ricos da f?sica qu?ntica e da qu?mica computacional. No primeiro estudo, com o intuito de esclarecer os aspectos estruturais e energ?ticos da estabilidade da tripla-h?lice do col?geno humano, foram quantificadas as energias de intera??o entre os res?duos de amino?cidos que comp?em o pept?deo homotrim?rico T3-785, por interm?dio de c?lculos de Mec?nica Qu?ntica na luz da Teoria do Funcional da Densidade (DFT) e do m?todo de Fracionamento Molecular com Capuzes Conjugados (MFCC). Assim, as for?as de atra??o e repuls?o de cada um dos 90 res?duos que comp?em o sistema foram assinadas e as regi?es com alta/baixa estabilidade identificadas e comparativamente analisadas. Os dados obtidos aprofundaram as discuss?es sobre a estabilidade conformacional do col?geno. Na segunda pesquisa, propriedades de transporte eletr?nico de dois modelos biol?gicos foram exploradas. Nesse sentido, 27 miRNAs associados ao autismo e pept?deos formados pelas sequ?ncias (Thr-Ala)n e (Ala-Lys)n tiveram suas curvas de corrente-voltagem (I x V) calculadas. Os c?lculos computacionais foram parcialmente executados pelo m?todo qu?ntico DFT e, fundamentalmente, dentro de um modelo tight-binding, em conjunto com a t?cnica de matriz de transfer?ncia. No caso dos miRNAs, os resultados sugerem que um tipo de biosensor pode ser desenvolvido para distinguir diferentes tipos de autismo. J? os pept?deos analisados, demonstraram-se como bons candidatos para a constru??o de um diodo molecular. Ambos os resultados podem fundamentar e estimular pesquisas experimentais com essas biomol?culas no campo da nanoeletr?nica.

Submitted by Automa??o e Estat?stica (sst@bczm.ufrn.br) on 2017-03-09T22:56:49Z No. of bitstreams: 1 KyviaBezerraMota_TESE.pdf: 5202658 bytes, checksum: 44dd9aeba607843c325d09b4d48f945d (MD5) / Approved for entry into archive by Arlan Eloi Leite Silva (eloihistoriador@yahoo.com.br) on 2017-03-13T23:39:17Z (GMT) No. of bitstreams: 1 KyviaBezerraMota_TESE.pdf: 5202658 bytes, checksum: 44dd9aeba607843c325d09b4d48f945d (MD5) / Made available in DSpace on 2017-03-13T23:39:17Z (GMT). No. of bitstreams: 1 KyviaBezerraMota_TESE.pdf: 5202658 bytes, checksum: 44dd9aeba607843c325d09b4d48f945d (MD5) Previous issue date: 2016-10-07 / Essa tese trata de duas pesquisas com diferentes naturezas conceituais no campo da modelagem molecular, por?m baseadas em semelhantes princ?pios te?ricos da f?sica qu?ntica e da qu?mica computacional. No primeiro estudo, as estabilidades dos sistemas ER?-OHT (Receptor ? de Estr?geno-Hidroxitamoxifeno), ER?-RAL (Receptor ? de Estr?geno-Raloxifeno) e Integrina ?v?3-Cilengitide foram determinadas em termos energ?ticos a partir da t?cnica de fracionamento molecular com capuzes conjugados (MFCC) e no escopo da teoria do funcional da densidade (DFT) seguindo o esquema GGA-PBE-Grimme para calcular a intera??o energias dos sistemas estudados. No primeiro estudo, foi poss?vel predizer a relev?ncia individual dos amino?cidos Glu, Asp, Arg, Lys no sistema com o Tamoxifeno e Glu, Asp e Lys com o Raloxifeno. Para isso ser poss?vel, as for?as de atra??o e repuls?o dos res?duos que comp?em os sistemas foram calculadas. Cada um desses res?duos apresentou uma energia de intera??o que variou dependendo da natureza qu?mica da sua cadeia lateral, do ambiente de microsolvata??o que o envolve e dos contatos intermoleculares que estabelece. O estudo pioneiro da estabilidade conformacional em termos energ?ticos de uma regi?o livre de amino?cidos incitar? pesquisas centradas no desenvolvimento e s?ntese de novos antagonistas utilizados no tratamento de diversas patologias comuns na popula??o geral. No segundo estudo, foram determinadas as propriedades energ?ticas do sistema Integrina ?V?3-Cilengitide, cuja estrutura cristalogr?fica apresenta c?tions Mn+2. Observou-se a import?ncias dos amino?cidos Ser, Asp, Leu, Arg, Lys, Ala e Pro na intera?ao da integrina com o fragmento RGD (R: arginina; G: glicina; D: ?cido asp?rtico) do cilengitide. A import?ncia da integrina com o fragmento RGD no mecanismo de ades?o de diversas c?lulas envolvidas nas doen?as cancer?genas e tamb?m na implanta??o embrion?ria permitir? o desenvolvimento de novas terapias impactantes na sobrevida de pacientes portadores de diversas neoplasias e na reprodu??o humana. / This thesis deals with two researches with different conceptual nature in the field of molecular modeling based on similar theoretical principles of quantum physics and computational chemistry. In the first study the stabilities of ER?-OHT (Receptor ? Estrogen co-crystalyzed with Hydroxytamoxifen), ER?-RAL (?-Estrogen Receptor co-crystalyzed with Raloxifene) and integrin ?v?3 co-crystalyzed with cilengitide systems were determined in terms of energy from the Molecular Fractionation Technique Caps Conjugates (MFCC), and the scope of the Density Functional Theory (DFT) following GGA-PBE-Grimme scheme for calculating the interaction energy of the systems studied. In the first study, it was possible to predict the relevance of individual amino acids Glu, Asp, Arg, Lys in the system with Tamoxifen and Glu, Asp and Lys in Raloxifene system. For this to be possible, the attraction and repulsion forces of the residues that comprise the systems were calculated. Each of these residues had an energy of interaction that varied depending on the chemical nature of the side chain, the microsolvation environment that surrounds and intermolecular contacts establishing. The pioneer study of conformational stability in terms of energy of free amino acid region will encourage research focusing on the development and synthesis of new antagonists used in the treatment of several common diseases in the general population. In the second study, we determined the energetic properties of Integrin ?V?3-cilengitide system, whose crystallographic structure has Mn+2 cations. It was noted the importance of amino acids Ser, Asp, Leu, Arg, Lys, Ala and Pro in integrin interaction with the RGD fragment (R: arginine; G: glycine; D: aspartic acid) of cilengitide. The importance of integrin with the RGD fragment in the adhesion mechanism of various cells involved in cancers and in embryo implantation allows the development of new therapies impacting on survival of patients with various forms of neoplasms and in human reproduction.