Resumo: O estudo da epidemiologia molecular através de diferentes técnicas vigentes revolucionou a compreensão da epidemiologia da tuberculose permitindo comparação entre linhagens de Mycobacterium tuberculosis e rastreamento da movimentação de linhagens individuais. O presente projeto teve como objetivo utilizar as técnicas de epidemiologia molecular (MIRU) para tentar compreender um pouco mais sobre o fenômeno da transmissão da tuberculose entre os pacientes portadores de tuberculose pulmonar numa pequena cidade de interior paulista , atendidos no Serviço Especial de Saúde de Araraquara (SESA - ambulatório de referencia no diagnostico e tratamento de tuberculose) na cidade de Araraquara. Do total de 163 culturas positivas recebidas, a técnica de MIRU foi realizada em 74, 2% (121/163) dos isolados provenientes de pacientes atendidos pelo SESA no período de 2002 à 2006. Foram ainda identificados 5 isolados de micobactérias ambientais (M. avium, M. gordonae, M. genevense, M.abcessus e M. xenopi) e 4 micobactérias não identificadas. Dos 121 isolados submetidos a genotipagem, seis não apresentaram todos os alelos dentre os 12 locci de MIRU. Dos 115 isolados submetidos ao dendrograma, 29 (25,2%) agruparam-se em 13 grupos clonais com similaridade de 100%, sendo 10 grupos de dois isolados cada (125 e 168; 153 e 253; 95 e 97; 91 e 99; 92 e 266; 217 e 228; 27 e 117; 260 e 257; 105 e 107; 106 e 220) e 3 contendo 3 isolados cada (150, 157 e 283; 137, 147 e 155; 224, 271 e 286). Os demais 86 isolados (74,8%) apresentaram perfil genético único. Dos 29 pacientes agrupados, apenas 10 (34,4%) eram do sexo feminino e 19 (65,6%) do sexo masculino. Com exceção de um paciente, os demais 28 (96,5%) foram tratados com o esquema I obtendo-se alta por cura em 82,8% dos casos. Apenas um caso de co-infecção HIV/TB foi verificado entre os pacientes em grupos genéticos formados... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The molecular epidemiology study using different techniques revolutionized the understanding of the epidemiology of tuberculosis allowing comparison between strains of Mycobacterium tuberculosis and tracking the movements of individual lines. This project aimed to use the techniques of molecular epidemiology (MIRU) trying to understand more about the phenomenon of transmission of tuberculosis among patients with pulmonary tuberculosis in a small city of São Paulo, attended the Special Health Service of Araraquara (SESA - clinic of reference in the diagnosis and treatment of tuberculosis) in the city of Araraquara. From total 163 positive cultures received, the MIRU technique was performed in 74,2% (121/163) of the isolates from patients attended by SESA in the period from 2002 to 2006. 5 isolates were also identified as environmental mycobacteria (M. avium, M. gordonae, M. genevense, M.abcessus and M. xenopi) and 4 unidentified mycobacteria. From the 121 isolates submitted to genotyping, six did not present all alleles among the 12 loci of MIRU. From the 115 isolates submitted to the dendrogram, 29 (25,2%) are grouped into 13 clonal groups with similarity of 100%. 10 groups with two isolates each (125 and 168, 153 and 253, 95 and 97, 91 and 99 ; 92 and 266, 217 and 228, 27 and 117, 260 and 257, 105 and 107, 106 and 220) and 3 groups containing 3 isolates each (150, 157 and 283, 137, 147 and 155, 224, 271 and 286) . The others 86 isolates (74,8%) had a single genetic profile. About the group of 29 patients, only 10 (34,4%) were female and 19 (65,6%) males. Except for one patient, the other 28 (96,5%) were treated with the schedule I having cure in 82,8% of the cases. Only one case of co-infected HIV / TB was found among patients in genetic groups formed, while 31% (9 / 29) were drinkers, except the patients with this data ignored. The 19 male patients grouped genetically, 21% (4 / 19)... (Complete abstract click electronic access below) / Orientador: Clarice Queico Fujimura Leite / Coorientador: José Rodrigo Cláudio Pandolfi / Banca: Rosilene Fressati Cardoso / Banca: Daisy Nakamura Sato / Mestre

Resumo: Os Staphylococcus aureus são os principais microrganismos causadores de infecções nosocomiais, com uma grande variedade de manifestações clínicas, a variação deste espectro de manifestações geralmente depende dos numerosos fatores de virulência que cada cepa produz, entretanto, a importância desses patógenos está inserida na combinação da virulência mediada por suas toxinas, seu caráter invasivo e seu perfil de resistência a antibióticos. O presente estudo teve por objetivos documentar a disseminação de clones endêmicos e identificar os fatores individuais relacionados à sua aquisição, e relacioná-los a prevalência de fatores de resistência e virulência em cepas de MRSA isoladas de culturas clínicas e/ou de vigilância de pacientes de um hospital de ensino. No presente trabalho 1078 amostras de Staphylococcus aureus provenientes de pacientes internados no Hospital Estadual Bauru foram identificadas e testadas fenotipicamente frente a oxacilina (1 g), cefoxitina (30 g), vancomicina (30 g), eritromicina (15 g) e gentamicina (10 g) sendo que dessas, 810 (75.1%) apresentaram perfil fenotípico para Staphylococcus aureus Resistentes a Meticilina - MRSA. A avaliação genotípica do perfil de resistência foi realizada através da amplificação do gene mecA pela técnica de PCR onde foi observado que das 443 amostras testadas foi detectado o gene mecA em 336 amostras (75.8%), e que dessas, 305 amostras (90.8%) apresentaram perfil SCCmec Tipo III ou Tipo IIIA, 6 amostras (1.8%) Tipo II e 25 amostras (7.4%) Tipo IV. A avaliação do perfil genotípico de virulência mostrou a seguinte distribuição, 15.6% (n=69) genes da Leucocidina de Panton Valentine (lukPV), 14% (n=62) gene da Síndrome do Choque Tóxico (tst), 31.8% (n=141) gene da Enterotoxina A (sea), 19.8% (n=88) gene da Enterotoxina B (seb), 38.1% (n=169) gene da... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Staphylococcus aureus are the most common microorganisms causing nosocomial infections, with a wide variety of clinical manifestations, the variation of the spectrum of manifestations generally depends upon the numerous virulence factors that each strain produces, however, the importance of these pathogens is included in the combination of virulence mediated by their toxins, its invasive nature and profile of antibiotic resistance. This study aimed to document the spread of endemic clones and identify the individual factors related to its acquisition, and relate them to the prevalence of resistance and virulence factors in strains of MRSA isolated from clinical cultures and / or surveillance patients a teaching hospital. In this study 1078 samples of Staphylococcus aureus from hospitalized patients in Bauru State Hospital were identified phenotypically and tested against oxacillin (1  g), cefoxitin (30  g), vancomycin (30  g), erythromycin (15  g) and gentamicin (10  g) and that these, 810 (75.8%) showed phenotypic profile for Methicillin Resistant Staphylococcus aureus - MRSA. The evaluation of genotypic resistance profiles was performed by amplification of the mecA gene by PCR where it was observed that of 443 samples tested was detected mecA gene in 336 samples (75.8%), and that these, 305 samples (90.8%) profile were SCCmec type III or type IIIA, six samples (1.8%) type II and 25 samples (7.4%) type IV. The evaluation of virulence genotype was distributed as follows, 15.6% (n = 69) genes of Panton Valentine Leukocidin (lukPV), 14% (n = 62) gene for toxic shock syndrome (tst), 31.8% (n = 141) gene of enterotoxin A (sea), 19.8% (n = 88) gene of enterotoxin B (seb), 38.1% (n = 169) gene of enterotoxin C (sec-1), 100% (n = 443) Delta Hemolysin gene (hld), 99.5% (n = 441) Alpha Hemolysin gene (hla), 0.9% (n = 4) Exfoliative toxin A (eta), 3.6% (n = 16) Exfoliative... (Complete abstract click electronic access below) / Orientador: Maria de Lourdes Ribeiro de Souza da Cunha / Coorientador: Carlos Magno Castelo Branco Fortaleza / Banca: Antonio Carlos Pignatari / Banca: Maria Clara Padoveze Fonseca Barbosa / Banca: Ana Marisa Fusco Almeida / Doutor

Orientador: Oswaldo Durival Rossi Júnior / Banca: Naiá Carla Marchi de Rezende Lago / Banca: José Paes de Almeida Nogueira Pinto / Banca: Luiz Augusto do Amaral / Banca: Angela Cleusa de Fátima Banzatto de Carvalho / Resumo: O gênero Aeromonas compreende espécies consideradas importantes patógenos para os seres humanos sendo as gastrenterites as infecções mais comumente atribuídas a estas bactérias. Tendo em vista sua importância como patógeno de origem alimentar, a ocorrência de Aeromonas sp. foi estudada em carcaças bovinas e ambiente do abatedouro em uma indústria do estado de São Paulo. Foram colhidas 285 amostras de 19 locais. Foi realizada a contagem direta por semeadura em meio seletivo, pesquisa e caracterização de espécies após enriquecimento seletivo, teste de susceptibilidade a antimicrobianos e caracterização molecular dos isolados pelas técnicas de REP e ERIC-PCR. A contagem direta permitiu a quantificação destas bactérias em apenas 12 amostras, variando de 0,5 a 9,2 x 100 UFC/cm2, sendo cinco delas de ambiente, com populações que variaram de 1,0 x 100 a 3,0 x 100 UFC/placa. Entretanto, após o enriquecimento seletivo, aeromonas foram isoladas de 38 amostras. A caracterização bioquímica das espécies permitiu verificar a ocorrência de A. caviae, A. schubertii, A. trota e A. sobria. Os testes com antimicrobianos revelaram resistência de todas as cepas a ampicilina e cefalotina, e para os demais antimicrobianos esta foi variável. A resistência da totalidade dos cultivos a determinados princípios indica que os antimicrobianos devem ser utilizados criteriosamente com a finalidade de evitar o surgimento precoce de cepas de Aeromonas sp. resistentes. As técnicas moleculares não possibilitaram a identificação precisa da origem das bactérias na indústria, mas possibilitaram identificar os manipuladores como disseminadores das mesmas. Ainda, a maior prevalência de A. caviae deve ser considerada relevante, pois trata-se de uma das espécies causadoras de gastrenterite em humanos. / Abstract: The genus Aeromonas comprises important human pathogens and the gastroenteritis are the most common infections attributed to these microorganisms. Considering their importance as foodborne pathogens, the occurrence of Aeromonas sp. was studied on bovine carcasses and environment in an industry in São Paulo State. From 19 location were collected 285 samples. It was done the direct count by seeding on selective medium and biochemical characterization of the species after selective enrichment, antimicrobial susceptibility test and molecular characterization of the isolates by REP and ERICPCR. The direct count permitted bacteria quantification only in 12 samples ranging from 0.5 to 9.2 x 100 CFU/cm2 and five of then were from environment, ranging from 1,0 x 100 a 3,0 x 100 CFU/plate. However after selective enrichment, aeromonas were isolated from 38 samples. Biochemical characterization permitted to verify the occurrence of 59 samples of A. caviae, one of A. schubertii, one of A. trota and one of A. sobria. Antimicrobial test revealed all isolates were resistant to ampicillin and cephalotin, while the results for the other antimicrobials were variable. Resistance of all isolates to some principles indicates that antimicrobials must be used critically to avoid early development of resistant Aeromonas sp. Molecular techniques did not identify precisely the origin of the contamination into the industry, but identified handlers as agent of spreading the bacteria. Also, the greatest prevalence of A. caviae must be considered relevant because it is one of the human gastrenteritis causative species. / Doutor

Orientador: Clarice Queico Fujimura Leite / Banca: Paulo Inácio da Costa / Banca: Rosilene Fressatti Cardoso / Banca: Daisy Nakamura Sato / Banca: Eliana Aparecida Varanda / Resumo: O estudo da epidemiologia molecular através de diferentes técnicas vigentes como Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP), Spacer Oligonucleotide Typing (Spoligotyping) e Mycobacterial Interspersed Repetitive Units (MIRU) revolucionou a compreensão da epidemiologia da tuberculose. Foram analisados isolados clínico de pacientes portadores de tuberculose pulmonar no município de Araraquara, entre os anos 2000 e 2006, através de genotipagem por RFLP e Spoligotyping (n=122). A técnica de RFLP permitiu a identificação de um índice de 26,4% de casos de tuberculose proveniente de infecção recente na cidade de Araraquara, no período de 2000 a 2006. Verificou-se relação epidemiológica em cerca de 68% dos casos envolvendo grupos genéticos identificados pelo RFLP. Destaca-se as transmissões intradomiciliares e a moradia em condomínios residenciais do CDHU. A técnica de RFLP permitiu a distinção de dois grandes grupos genéticos, A e B, dentre os isolados de Araraquara. Cerca de 73% dos spoligotipos obtidos foram identificados no Banco Internacional de Spoligotyping SpolDB4, sendo as famílias LAM, T e H as mais predominantes e cerca de 27% dos spoligotipos encontrados apresentaram perfis não descritos no SpolDB4. A associação do RFLP, Spoligotyping e MIRU não foi uma boa ferramenta para a análise genética dos isolados clínicos visando esclarecimentos epidemiológicos. Embora a genotipagem através do RFLP permita uma melhor discriminação entre os isolados bem como uma excelente associação entre amostras relacionadas epidemiologicamente, a técnica de Spoligotyping associada ao MIRU permite uma boa discriminação entre os isolados clínicos, da mesma forma que propicia uma satisfatória correlação entre casos ligados epidemiologicamente / Abstract: Molecular epidemiology study using different current methods such as Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP), Spacer Oligonucleotide Typing (Spoligotyping) and Mycobacterial Interspersed Repetitive Units (MIRU) modified tuberculosis epidemiology comprehension. Clinical isolates from pulmonary tuberculosis patients from Araraquara, between 2000 and 2006, were genotyped through RFLP and Spoligotyping (n=122). RFLP provided the identification of a 26.4% level of tuberculosis cases caused by recent infection in the period. Epidemiologic association were verified in 68% of the cases in clusters identified by RFLP. Intradomiciliary transmissions and living in residential condominiums from CDHU were important factors. RFLP fingerprint provides the distinction of two big genetic groups, A and B, among Araraquara isolates. About 73% of spoligotypes were described in the International Spoligotyping Database SpolDB4 and LAM, T and H families were the most frequent, in the other hand, 27% of spoligotypes had unique profifes not described in SploDB4. RFLP, Spoligotyping and MIRU association was not a good tool to genotype clinical isolates in order to provide epidemiological understandings. Although RFLP fingerprinting allows a better discrimination as well as an excellent association among epidemiological related isolates, Spoligotyping associated with MIRU provides a good discrimination among clinical isolates as well as provides a satisfactory correlation among cases epidemiological connected / Doutor

Orientador: Clarice Queico Fujimura Leite / Banca: Rosilene Fressatti Cardoso / Banca: Henrique Ferreira / Resumo: O estudo da epidemiologia molecular através de diferentes técnicas vigentes revolucionou a compreensão da epidemiologia da tuberculose. A técnica Spoligotyping tem sido extensamente aplicada no estudo da epidemiologia molecular da tuberculose, para abordar estrutura populacional do M. tuberculosis, atentando para identificar principais linhagens e distribuições geográficas. Por outro lado, técnicas moleculares para diferenciar cepas de M. tuberculosis, tais como RFLP e MIRU possibilitam agrupar isolados clínicos de M. tuberculosis provenientes de pacientes que apresentam ligações epidemiológicas, identificando cadeias de transmissão e discriminando os isolados a nível clonal. A presente dissertação objetivou utilizar as técnicas de Spoligotyping e MIRU, para compreender um pouco mais sobre a tuberculose de uma metrópole, avaliando isolados provenientes do Ambulatório do Instituto Clemente Ferreira (referência no tratamento de tuberculose) na cidade de São Paulo. Os isolados clínicos de pacientes atendidos no período de agosto de 2006 a julho de 2008 foram reidentificados pela técnica molecular de PCR, e as cepas identificadas como de M. tuberculosis foram submetidas à genotipagem pelas técnicas de Spoligotyping e MIRU. Foi confirmada a identificação de M. tuberculosis em 93 isolados clínicos pela técnica de PCR-IS6110. No Spoligotyping, do total de 93 isolados, 21 amostras (22,6%) revelaram spoligotipos ainda não descritos na base de dado mundial (SpolDB4, SITVIT e Spotclust) e 51 (54,8%) estavam envolvidos em 12 cluster, 7 diferentes famílias e 36 spoligotipos. A família mais freqüente foi a LAM (26 isolados), seguida de T (24 isolados) e Haarlem (11 isolados), que juntos representaram 65,4% de todos os isolados. Essas 3 famílias representam os genótipos mais freqüentemente encontrados na África, América Central, América do Sul e Europa. Seis SITs... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The molecular epidemiology study using different techniques has improved the epidemiology of tuberculosis understanding. The Spoligotyping technique has been widely applied in the study of molecular epidemiology of tuberculosis, to address population structure of M. tuberculosis, focusing on the identification of the main lines and geographic distributions. Furthermore, molecular techniques used to differentiate strains of M. tuberculosis, such as RFLP and MIRU can be used for clustering clinical isolates of M. tuberculosis from patients with epidemiological links, identifying chains of transmission and discriminating isolates at the clonal level. In this work the techniques of Spoligotyping and MIRU were used to understand a little more about tuberculosis in a metropolis, assessing isolates from the Ambulatory Clemente Ferreira Institute (reference in the treatment of tuberculosis) in São Paulo. Clinical isolates from patients treated between August 2006 and July 2008 were re-identified by the molecular technique of PCR, were strains identified as M. tuberculosis were evaluated through genotyping the use of Spoligotyping and MIRU techniques. By PCR-IS6110 the identification of M. tuberculosis was confirmed in 93 clinical isolates. The total of 93 isolates, 21 samples (22.6%) in Spoligotyping showed spoligotypes have not yet been described in the world's data base (SpolDB4, SITVIT and Spotclust) and 51 (54.8%) were involved in 12 clusters, seven different families and 36 spoligotypes. The most frequent family was the LAM (26 isolates), followed by T (25 isolates) and Haarlem (11 isolates), which together accounted 65,4% of all isolates. These three families represent the most frequently genotypes found in Africa, Central America, South America and Europe. Six SITs accommodated 51.4% (37/72) of all isolates identified in SpolDB4 (SIT53, SIT50, SIT42, SIT60, SIT17 and SIT1). By technique... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre