Os Influenzavirus podem ser classificados de acordo com suas glicoproteínas externas hemaglutinina (HA) e neuraminidase (NA), ambas apresentando alta variabilidade genética e antigênica. No presente estudo foi realizada análise molecular do gene HA, do vírus influenza A (IA) em amostras colhidas de crianças e lactentes com sintomatologia respiratória atendidas no Hospital Universitário da Universidade de São Paulo (USP), durante os anos de 1995 a 2006. Um total de 3.009 amostras foram analisadas por duplex RT-PCR e 4,38% (n=132) foram positivas, sendo 12,1% (n=16) Influenza B e 87,9% (n=116) IA, das quais 9% (n=9) eram H1N1, 91% (n=91) eram H3N2 e 13,8% (n=16) não foram subtipadas. A região HA1 do gene HA de 39 amostras foi sequenciada e as sequências comparadas com as cepas vacinais e circulantes dos respectivos anos. A região de ligação ao receptor foi conservada em todas as amostras e foram verificadas alterações de aminoácidos principalmente nos sítios antigênicos e arredores. No geral, as cepas vacinais foram compatíveis com as circulantes em São Paulo. / The Influenzavirus can be classified according to their external glycoproteins hemagglutinin (HA) and neuraminidase (NA), both showing high genetic and antigenic variability. In the present study was carried out molecular analysis of the HA gene of influenza A (IA) in samples harvested from children and infants, with respiratory symptoms attended at University Hospital, University of Sao Paulo (USP), during the years 1995 to 2006. A total of 3,009 samples were analyzed by duplex RT-PCR and 4.38% (n = 132) were positive, being 12.1% (n = 16) Influenza B and 87.9% (n = 116) IA, where which 9% (n = 9) were H1N1 and 91% (n = 91) were H3N2 and 13.8% (n = 16) did not subtyped. The HA1 region of HA gene of 39 samples were sequenced and the sequences compared with vaccine strains and circulating strains in those years. The receptor-binding region was conserved in all samples and aminoacid changes were observed mainly in the antigenic sites and surroundings. Overall, the vaccine strains were consistent with those circulating in Sao Paulo.

No abstract available. / Thesis (M.Sc.)-University of KwaZulu-Natal, Pietermaritzburg, 2011.

Os vírus Influenza A infectam um largo espectro de hospedeiros e causam epidemias anuais. São vírus com alta variabilidade genética e RNA segmentado, que podem sofrer rearranjos entre os genes de diferentes vírus. Em 2006, foram analisadas 521 amostras de crianças menores de 5 anos atendidas no HU-USP e 25 foram positivas para Influenza A, sendo H3N2 o mais prevalente (68%). Cinco genes de 18 amostras foram seqüenciados e obtivemos 13 sequencias de HA, 12 da NP, 12 de NA, 14 da M e 10 da NS. Verificou-se a presença de várias mutações, especialmente na HA e NA, que favoreceram a substituição da cepa vacinal naquele ano. Todas as amostras H3N2 apresentaram sítios de resistências aos inibidores da M2. Diferentes linhagens circularam no mesmo ano, tanto de H1 como de H3, favorecendo rearranjos entre elas. Foram verificados, também rearranjos envolvendo os genes da HA e NP, indicando o complexo mecanismo de evolução desses vírus e enfatizando a necessidade de monitoramento da circulação e caracterização de seus genes. / Influenza A virus infects a wide range of hosts and cause annual outbreaks. RNA segmented virus has high genetic variability and may have rearrangements between the genes of different viruses. In 2006, 521 samples of children younger than 5 years were analyzed and 25 tested positive for Influenza A virus, of which the subtype H3N2 is the most prevalent (68%). Five genes of 18 samples were sequenced and 13 sequences of HA, 12 of NP, 14 of M and 10 of NS obtained were. The presence of this several mutations, especially in the HA and NA genes probably helped the replacement of the vaccine strain in that year. All H3N2 subtype samples showed points of resistance to M2 inhibitors. The phylogenetic analysis revealed the circulation of different lineages in the same year, for both H1 and H3, and the presence of two rearrangements involving the HA and NP genes. These results indicate the influence of rearrangements in the evolution of the virus and emphasize the need for monitoring of circulation and characterization of genes.

O Epstein-Barr vírus (EBV) é a única espécie humana pertencente ao gênero Lymphocryptovirus. A transmissão ocorre através da saliva contaminada e geralmente ainda na infância. Nosso estudo analisou 165 amostras clínicas de pacientes, portadores de HIV, em tratamento com antiretrovirais, atendidos no Sistema Hospitalar do Sistema Penitenciário do Estado de São Paulo. Nosso enfoque foi pesquisar o EBV nas células mononucleares do sangue periférico, através das técnicas de PCR, Nested-PCR e seqüenciamento de nucleotídeos. Os resultados obtidos, indicaram que 11,51% (19) das amostras analisadas, apresentaram-se positivas para o EBV. Essas 19 amostras, foram seqüenciadas com primers específicos para a região da EBNA-1 (Epstein Barr Nuclear Antigen 1). As amostras foram alinhadas com o auxílio do DNASTAR. Ao alinharmos as amostras, encontramos uma troca de base (de G para A) em 7 amostras e essa troca não alterou a conformação da proteína EBNA-1. Na análise filogenética de nossas sequências com as depositadas no GenBank, foi possível observar dois grupos, que representam tipo 1 e o tipo 2 do EBV. 100% das amostras estudadas por nós foram identificadas como pertencentes ao grupo que caracteriza o tipo 2. Sendo assim, as 7 amostras que apresentaram a troca sugerem a origem um novo subtipo. / The Epstein-Barr Virus (EBV) is the only species to the genus Lymphocriptovirus that infects humans. One of the possible route for its transmission thought by contamined saliva and usually occurs in the childhood. This study analysed 165 clinical samples from HIV infected patients, treated by HARRT, attended in the Hospitalar System in the Penitentiary System from Sao Paulo State. The aim of this study was to search EBV in peripheral blood mononuclear cells by PCR, Nested-PCR and sequencing analysis. The results showed 11,51% of the analysed samples, positive for EBV. This samples, was sequenced with specifics primers from the EBNA-1 (Epstein Barr Nuclear Antigen 1) region. The samples were aligned by DNASTAR program. The aligned sequences showed the base conversion G to A in seven samples. This conversion caused no alteration in the EBNA-1 protein conformation. In the phylogenetic analysis the studied sequences with the sequences from GenBank was possible to observe two groups represented with type 1 and type 2 from EBV. 100% the samples studied was identified with the group characterized by the type 2 to EBV. So the seven samples showed the conversion, suggesting the origin of the one new subtype.

A rubéola é uma doença infecciosa aguda, normalmente com um curso clínico suave. Porém quando adquirida nas primeiras 12 semanas de gestação, pode causar severos defeitos de nascimento, conhecida como Síndrome da Rubéola Congênita (SRC). A caracterização genética do vírus da rubéola é feita analisando a seqüência da região hipervariável do gene da glicoproteína E1. Este estudo, apresenta a primeira caracterização molecular de do vírus da rubéola isolados no estado de São Paulo, Brasil. As amostras (sangue, urina, swab de orofaringe, explante de fígado, produto de aborto e fluido cerebrospinal) foram coletados entre 1997 e 2004 de pacientes com sintomas clínicos de rubéola. O gene E1 vírus da rubéola foi amplificado pela reação em cadeia da polimerase em cadeia diretamente de espécimes clínicos e isolados, e os fragmentos de DNA obtidos foram seqüenciados. As seqüências foram alinhadas para a analise filogenética, com seqüências representativas dos diferentes genótipos do vírus da rubéola. Vinte e nove isolados foram obtidos, incluindo isolados relacionados com insuficiência hepática aguda, encefalite e infecções congênitas. A análise filogenética mostrou que 19 dos 29 virus da rubéola isolados pertencem ao genótipo 1a, e 10 pertencem ao genótipo 1G. Este trabalho demonstrou dois genótipos do vírus da rubéola circularam simultaneamente entre os anos de 1997-2004. / Rubella is an acute infectious disease with normally a mild clinical course. However, infections during pregnancy, especially before week 12 of gestation (WG), can cause severe birth defects known as congenital rubella syndrome (CRS). Genetic characterization of wild-type rubella virus is based on sequence analysis of a hypervariable region of the glycoprotein E1 gene. This study presents the first molecular characterization of isolates from São Paulo, Brazil. Samples (blood, urine, oropharyngeal swab, explanted liver, product of conception and cerebrospinal fluid) were collected between 1997 and 2004 from patients with clinical symptoms of rubella. The rubella virus E1 gene coding region was amplified by reverse transcriptase polymerase chain reaction directly from clinical specimens and isolates, and the resulting DNA fragments were sequenced. Sequences were assigned to genotypes by phylogenetic analysis with rubella virus reference sequences. Twenty-nine isolates were obtained, including isolates from acute liver failure, encephalitis and congenital infections. Phylogenetic analysis showed that 19 out of 29 isolated in the São Paulo strains of rubella virus belonged to genotype 1a, and 10 strains to genotype 1G. This work demonstrated two genotypes of RV circulated simultaneously between years 1997 and 2004 in the state of São Paulo. The information reported in this paper may be useful for contributes to understand better the molecular epidemiology of RV in São Paulo, Brazil.

O conhecimento sobre hantavirus patogênicos no Brasil até o momento indica que roedores silvestres são os reservatórios naturais. Estes roedores podem eliminar grandes quantidades do vírus através das fezes, urina e saliva (Khaiboullina et al., 2005). A infecção humana pode ocorrer por contato com roedores ou inalação dos aerossóis que contêm o vírus. A síndrome cardiopulmonar por hantavirus (HCPS) tem sido relatada em humanos em muitas regiões do Brasil. Tendo em vista a quantidade de casos de doenças emergentes e re-emergentes nas últimas décadas elegemos algumas regiões para um estudo detalhado sobre a distribuição desses reservatórios virais e consequentemente a caracterização da variante circulante. Com objetivo de adquirir um diagnóstico rápido e sensível, desenvolvemos primers específicos que pela técnica de Real- time RT- PCR é capaz de detectar o genoma viral em apenas uma hora em amostras de pulmões, rins e urina de roedores. Ao todo, nosso trabalho analisou 153 amostras sendo: 126 de roedores silvestres e domésticos, (de cinco diferentes regiões do Estado de São Paulo onde: 10 amostras colhidas no município de Jacupiranga, 61 oriundas de Teodoro Sampaio, 7 de Salesópolis, 48 provenientes de Biritiba Mirim, 16 de Nazaré Paulista) e mais 27 soros de pacientes de diferentes localidades de Minas Gerais. Neste estudo foi possível detectar dez amostras positivas em Biritiba Mirim, quatro em Nazaré Paulista e em vinte e dois soros de pacientes com hantavirose. O monitoramento contínuo através de testes moleculares em animais silvestres é imprescindível para um melhor entendimento da circulação dos hantavirus nessas regiões. Acreditamos que este teste possa auxiliar na vigilância e também no diagnóstico dos hantavirus no Brasil. / Current knowledge of the pathogenic hantavirus indicates that wild rodents are its primary natural reservoir. These rodents can eliminate large amounts of the virus through feces, urine and saliva. Human infection can occur through contact with rodents or inhalation of aerosols containing of the virus. Hantavirus cardiopulmonary syndrome (HCPS) has been reported in humans in many regions of Brazil. In view the number of cases of emerging diseases and re- emerging in recent decades, some regions to were select a detailed study on the distribution of these viral reservoirs, and consequently viral characterization. We developed specific primers to detect the presence of viral genomes using Real- time RT- PCR (Reverse- Transcriptase Polymerase Chain Raction). Altogether, our study analyzed 153 samples: 126 of wild rodents and domestic, of five different regions of São Paulo. 10 samples collected in Jacupiranga municipality, 61 in Teodoro Sampaio, 7 Salesópolis, 48 samples in Biritiba Mirim, 16 of Nazaré Paulista and 27 samples of the serum from patients from different sites of Minas Gerais State. Their samples were tested for hantavirus using the described SYBR Green-based real-time RT-PCR protocol and the specific primers. The presence of hantavirus RNA was detected in 10 rodents from Biritiba Mirim, 4 in Nazaré Paulista and 22 in serum of patients with hantaviruse. The surveillance by molecular tests in wild animals is essential to understood of hantavirus circulation in these regions. This SYBR Green real-time RTPCR method for detection of hantavirus may be useful for surveying hantaviruses in Brazil.

O Vírus da influenza, apesar de todas as epidemias e pandemias referirem-se a infecções em seres humanos, não está restrita a espécie humana e é capaz de causar debilidade ou mortalidade em várias outras espécies, incluindo cavalos, suínos, mamíferos marinhos e aves, entre outros. Estudos ecológicos das viroses de influenza conduziram a hipótese que todas as que acometem mamíferos derivam de reservatórios destes vírus em aves. Mesmo com programas de monitoramento contínuo de aves silvestres em alguns países do mundo que possuem casos originados pelos vírus aviário H5N1, pouco foi feito na Antártica e por isso, o presente trabalho foi realizado nas estações de verão antártico de 2006, 2007 e 2008 em duas localidades no território Antártico, a Península Keller, localizada na Ilha Rei George e na ilha Elefante 61°08S, 55°07W, a primeira onde está situada a Estação Antártica Comandante Ferraz-EACF e a segunda onde está localizada uma base de apoio a estudos avançados. Para este estudo foi realizada a coleta de 283 amostras de quatro diferentes espécies de pinguins: Pygoscelis adeliae; P. papua; P. antarctica; Aptenodytes patagonicus. Para o diagnóstico das amostras colhidas, foi aplicada a detecção direta dos produtos amplificados pelo método de RT-PCR em gel de agarose confirmados pelo método de Real-Time PCR (Applied Biosystems) e pelo RT-PCR-GeneScan no laboratório de Virologia Clínica e Molecular, do Departamento de Microbiologia, da Universidade de São Paulo. Os resultados obtidos em nosso estudo foram 8 amostras positivas em pinguins para o vírus Influenza A. As amostras positivas por RT-PCR foram encaminhadas para o laboratório de Influenza do Department of Infectious Diseases, St. Jude Children\'s Research Hospital, Memphis, TN, USA, para isolamento em ovos embrionados, não havendo crescimento de vírus da influenza A. Quatro destas amostras positivas puderam ser sequenciadas e comparadas com sequências de Influenza A depositadas no Genbank apresentando uma identidade de 96,8 % a 100 % entre elas e o controle tendo este último uma identidade de 100% com as do banco de dados, confirmando a presença do vírus nestas aves. / Epidemics and pandemics of influenza usually refer to infections in human beings. The influenza virus is not, however, restricted to humans and can cause infirmity and death in other species including horses, swine, marine mammals, birds, and others. Ecological studies of viral infections have led to the hypothesis that the influenza viruses that attack mammals have their origin in the accumulation of these viruses in birds (avian flu). In some countries with influenza cases caused by the avian H5N1 virus, there was monitoring of wild birds but little had been done in Antarctica. The present work was therefore carried out during the Antarctic summer seasons of 2006, 2007, and 2008 in two Antarctic locations: The Commander Ferraz Antarctic Station, on the Keller Peninsula of King George Island, and at the Base of Advanced Studies located on Elephant Island (61°08S, 55°07W). Two hundred eighty-three (283) samples from four different penguin species Pygoscelis adeliae, Pygoscelis papua, Pygoscelis antarctica; and Aptenodytes patagonicus were collected for this study. Diagnoses of the samples were performed not only by application of direct detection and amplification according to the RT-PCR method in agar-gel, but also by Real-Time PCR (Applied Biosystems), and by RT-PCR gene scan at the Laboratory of Clinical and Molecular Virology of the Department of Microbiology of the University of Sao Paulo. Eight of the penguin samples tested positive for the Influenza-A virus. The positive samples, as determined by RT-PCR, were sent to the Influenza Laboratory of the Department of Infectious Diseases of the St. Jude Research Hospital in Memphis, Tennessee, USA, to be isolated in egg embryos where no further growth of the Influenza-A virus took place. Four of these positive samples could be sequenced and compared with those of Influenza-A on deposit at the Gene Bank and ranged from 96.85 to 100% when compared with the control samples (100% positive), thus confirming the presence of the virus in the tested birds.

O objetivo do presente trabalho é descrever o perfil epidemiológico e molecular dos vírus Parainfluenza em crianças menores de 5 ano de idade, com infecção das vias respiratórias. Por tanto, aspirados de nasofaringe de 742 crianças foram examinadas para os Vírus Parainfluenza Humano(HPIV1, HPIV2 e HPIV3), hRSV, hMPV e IA e IB pela técnica de RT-PCR, durante o ano de 2007. Ao todo foram identificados 52(7%) Parainfluenza vírus, sendo 9(17,3%) HPIV1, 8(15,4%) HPIV2 e 35(67,3%) HPIV3. Destas, 12 (23%) foram casos de coinfecções, sendo 3 (25%) de HPIV3 com VRS, 3 (25%) com MPV e 3 (25%) com HPIV1 e 1(8,33%) com HPIV2; além de 1(8,33%) do HPIV1 com hVSR; e 1(8,33%) de HPIV2 com o hMPV. Com relação ao setor de atendimento, dos 52 pacientes com HPIV, 8(5%) dos casos foram atendidos no PA; 38(8,4%) na ENF; 6(18,2%) na UTI. Obtivemos, no estudo, 21(5,3%) crianças do sexo masculino com infecção por HPIV e 31(9%) de sexo feminino. Quanto a idade, as crianças entre 1 a 23 meses foram as mais frequentemente infectadas. Com relação ao diagnóstico clínico tivemos 19(36,5%) casos com bronquiolites, 13(25%) casos com pneumonia, 7(13,4%) com broncopneumonia, 2(3,9%) de casos de dispnéia e 2(3,9%) de IVAS, além de 9(17,3%) sem informação da sintomatologia. A sazonalidade do HPIV foi marcada pela circulação do HPIV3 durante o ano inteiro, com maior incidência em outubro(primavera). O HPIV 1 e 2 se alternaram durante o ano, onde o HPIV1 circulou no primeiro semestre com maior incidência no mês de abril e maio e o HPIV2 circulou no segundo semestre com maior incidência em outubro, coincidindo com o HPIV3. O Estudo filogenético dos HPIV1 demonstrou 9 mutações nucleotídicas, sendo que 4 são características das amostras brasileiras. Entretanto, quando feito a transdução para aminoácido, apenas uma mutação foi não silenciosa, onde observamos a mudança de glicina, nas amostras do Genbank, para argenina, nas amostras brasileiras, deixando-as em um clado único na topologia da árvore obtida. O HPIV3 apresentou 4 subgrupos distintos durante o ano e suas mutações tanto nucleotídicas quanto de aminoácidos foram todas silenciosas. Em conclusão o vírus parainfluenza representaram a 3ª maior causa de infecção das vias respiratórias inferiores, precedido pelo vírus respiratório Sincicial e o Metapneumovirus. / The goal of the present work was to characterize the epidemiologic and molecular profile of the parainfluenza virus in children with less than 5 years of age and presenting respiratory tract infection. Human Parainfluenza (HPIV1, HPIV2, HPIV3), and hRSV, hMPV e IA e IB were evaluated in nasopharyngeal aspirate from 742 children by RT-PCR during the year of 2007. Human parainfluenza was identified in 52(7%) of the samples, which include 9(17,3%) HPIV1, 8(15,4%) HPIV2 and 35(67,3%) HPIV3 17,3% (n=9). Among the 52 cases with parainfluenza, 12 (23%) presented coinfection with other viruses: 3 (25%) coinfection with HPIV3 and VRS, 3 (25%) MPV , 3 (25%) HPIV1 , 1(8,33%) HPIV2 . In addition, it was observed 1(8,33%) of cases with HPIV1 and hVSR; and 1(8,33%) of cases with HPIV2 and hMPV. With respect to the clinical care of the 52 patients with HPIV, 8(5%) were treated at the ER? ; 38(8,4%) at the ENF and 6(18,2%) at the ICU. With respect to gender, a total of 21(5,3%) of the participants with HPIV infections were male and 31(9%) were female. The prevalent age range of participants with infections was 1-23 months of age. The following clinical parameters were observed: bronchiolitis 19(36,5%), pneumonia 13(25%), bronchopneumonia 7(13,4%), dyspnea 2(3,9%) and IVAS 2(3,9%). No clinical information was available for 9(17,3%) cases. HPIV3 infections were detected all year long with an incidence peak in October (Spring). HPIV1 and 2 infections were intercalated during the year. HPIV1 was detected during the first semester with peaks of incidence in April and May whereas HPIV2 was detected during the second semester with peaks of incidence in October, coexisting with HPIV3. HPIV1phylogenetic studies revealed 9 genetic mutations. 4 out of the 9 mutations are exclusively found in the brazilian population. However, only one of these 9 mutations is non-silent and causes a glycine to argenine substitution. When compared to other brazilian sequences in the GenBank, this observation revealed um clado único na topologia da árvore obtida. HPIV3 genotyping included 4 distinct groups detected all year long. All mutations observed in HPIV3 were silent. In conclusion, the parainfluenza virus represent the 3rd major cause of infection of the lower respiratory tract, following the sincicial respiratory virus and the Metapneumovirus.

O objetivo do presente trabalho é descrever o perfil epidemiológico e molecular dos vírus Parainfluenza em crianças menores de 5 ano de idade, com infecção das vias respiratórias. Por tanto, aspirados de nasofaringe de 742 crianças foram examinadas para os Vírus Parainfluenza Humano(HPIV1, HPIV2 e HPIV3), hRSV, hMPV e IA e IB pela técnica de RT-PCR, durante o ano de 2007. Ao todo foram identificados 52(7%) Parainfluenza vírus, sendo 9(17,3%) HPIV1, 8(15,4%) HPIV2 e 35(67,3%) HPIV3. Destas, 12 (23%) foram casos de coinfecções, sendo 3 (25%) de HPIV3 com VRS, 3 (25%) com MPV e 3 (25%) com HPIV1 e 1(8,33%) com HPIV2; além de 1(8,33%) do HPIV1 com hVSR; e 1(8,33%) de HPIV2 com o hMPV. Com relação ao setor de atendimento, dos 52 pacientes com HPIV, 8(5%) dos casos foram atendidos no PA; 38(8,4%) na ENF; 6(18,2%) na UTI. Obtivemos, no estudo, 21(5,3%) crianças do sexo masculino com infecção por HPIV e 31(9%) de sexo feminino. Quanto a idade, as crianças entre 1 a 23 meses foram as mais frequentemente infectadas. Com relação ao diagnóstico clínico tivemos 19(36,5%) casos com bronquiolites, 13(25%) casos com pneumonia, 7(13,4%) com broncopneumonia, 2(3,9%) de casos de dispnéia e 2(3,9%) de IVAS, além de 9(17,3%) sem informação da sintomatologia. A sazonalidade do HPIV foi marcada pela circulação do HPIV3 durante o ano inteiro, com maior incidência em outubro(primavera). O HPIV 1 e 2 se alternaram durante o ano, onde o HPIV1 circulou no primeiro semestre com maior incidência no mês de abril e maio e o HPIV2 circulou no segundo semestre com maior incidência em outubro, coincidindo com o HPIV3. O Estudo filogenético dos HPIV1 demonstrou 9 mutações nucleotídicas, sendo que 4 são características das amostras brasileiras. Entretanto, quando feito a transdução para aminoácido, apenas uma mutação foi não silenciosa, onde observamos a mudança de glicina, nas amostras do Genbank, para argenina, nas amostras brasileiras, deixando-as em um clado único na topologia da árvore obtida. O HPIV3 apresentou 4 subgrupos distintos durante o ano e suas mutações tanto nucleotídicas quanto de aminoácidos foram todas silenciosas. Em conclusão o vírus parainfluenza representaram a 3ª maior causa de infecção das vias respiratórias inferiores, precedido pelo vírus respiratório Sincicial e o Metapneumovirus. / The goal of the present work was to characterize the epidemiologic and molecular profile of the parainfluenza virus in children with less than 5 years of age and presenting respiratory tract infection. Human Parainfluenza (HPIV1, HPIV2, HPIV3), and hRSV, hMPV e IA e IB were evaluated in nasopharyngeal aspirate from 742 children by RT-PCR during the year of 2007. Human parainfluenza was identified in 52(7%) of the samples, which include 9(17,3%) HPIV1, 8(15,4%) HPIV2 and 35(67,3%) HPIV3 17,3% (n=9). Among the 52 cases with parainfluenza, 12 (23%) presented coinfection with other viruses: 3 (25%) coinfection with HPIV3 and VRS, 3 (25%) MPV , 3 (25%) HPIV1 , 1(8,33%) HPIV2 . In addition, it was observed 1(8,33%) of cases with HPIV1 and hVSR; and 1(8,33%) of cases with HPIV2 and hMPV. With respect to the clinical care of the 52 patients with HPIV, 8(5%) were treated at the ER? ; 38(8,4%) at the ENF and 6(18,2%) at the ICU. With respect to gender, a total of 21(5,3%) of the participants with HPIV infections were male and 31(9%) were female. The prevalent age range of participants with infections was 1-23 months of age. The following clinical parameters were observed: bronchiolitis 19(36,5%), pneumonia 13(25%), bronchopneumonia 7(13,4%), dyspnea 2(3,9%) and IVAS 2(3,9%). No clinical information was available for 9(17,3%) cases. HPIV3 infections were detected all year long with an incidence peak in October (Spring). HPIV1 and 2 infections were intercalated during the year. HPIV1 was detected during the first semester with peaks of incidence in April and May whereas HPIV2 was detected during the second semester with peaks of incidence in October, coexisting with HPIV3. HPIV1phylogenetic studies revealed 9 genetic mutations. 4 out of the 9 mutations are exclusively found in the brazilian population. However, only one of these 9 mutations is non-silent and causes a glycine to argenine substitution. When compared to other brazilian sequences in the GenBank, this observation revealed um clado único na topologia da árvore obtida. HPIV3 genotyping included 4 distinct groups detected all year long. All mutations observed in HPIV3 were silent. In conclusion, the parainfluenza virus represent the 3rd major cause of infection of the lower respiratory tract, following the sincicial respiratory virus and the Metapneumovirus.

A rubéola é uma doença infecciosa aguda, normalmente com um curso clínico suave. Porém quando adquirida nas primeiras 12 semanas de gestação, pode causar severos defeitos de nascimento, conhecida como Síndrome da Rubéola Congênita (SRC). A caracterização genética do vírus da rubéola é feita analisando a seqüência da região hipervariável do gene da glicoproteína E1. Este estudo, apresenta a primeira caracterização molecular de do vírus da rubéola isolados no estado de São Paulo, Brasil. As amostras (sangue, urina, swab de orofaringe, explante de fígado, produto de aborto e fluido cerebrospinal) foram coletados entre 1997 e 2004 de pacientes com sintomas clínicos de rubéola. O gene E1 vírus da rubéola foi amplificado pela reação em cadeia da polimerase em cadeia diretamente de espécimes clínicos e isolados, e os fragmentos de DNA obtidos foram seqüenciados. As seqüências foram alinhadas para a analise filogenética, com seqüências representativas dos diferentes genótipos do vírus da rubéola. Vinte e nove isolados foram obtidos, incluindo isolados relacionados com insuficiência hepática aguda, encefalite e infecções congênitas. A análise filogenética mostrou que 19 dos 29 virus da rubéola isolados pertencem ao genótipo 1a, e 10 pertencem ao genótipo 1G. Este trabalho demonstrou dois genótipos do vírus da rubéola circularam simultaneamente entre os anos de 1997-2004. / Rubella is an acute infectious disease with normally a mild clinical course. However, infections during pregnancy, especially before week 12 of gestation (WG), can cause severe birth defects known as congenital rubella syndrome (CRS). Genetic characterization of wild-type rubella virus is based on sequence analysis of a hypervariable region of the glycoprotein E1 gene. This study presents the first molecular characterization of isolates from São Paulo, Brazil. Samples (blood, urine, oropharyngeal swab, explanted liver, product of conception and cerebrospinal fluid) were collected between 1997 and 2004 from patients with clinical symptoms of rubella. The rubella virus E1 gene coding region was amplified by reverse transcriptase polymerase chain reaction directly from clinical specimens and isolates, and the resulting DNA fragments were sequenced. Sequences were assigned to genotypes by phylogenetic analysis with rubella virus reference sequences. Twenty-nine isolates were obtained, including isolates from acute liver failure, encephalitis and congenital infections. Phylogenetic analysis showed that 19 out of 29 isolated in the São Paulo strains of rubella virus belonged to genotype 1a, and 10 strains to genotype 1G. This work demonstrated two genotypes of RV circulated simultaneously between years 1997 and 2004 in the state of São Paulo. The information reported in this paper may be useful for contributes to understand better the molecular epidemiology of RV in São Paulo, Brazil.