L’objectif de la fouille de données consiste à extraire des connaissances à partir de grandes masses de données. Les connaissances extraites peuvent prendre différentes formes. Dans ce travail, nous allons chercher à extraire des connaissances uniquement sous la forme de règles d’association positives et de règles d’association négatives. Une règle d’association négative est une règle dans laquelle la présence ainsi que l’absence d’une variable peuvent être utilisées. En considérant l’absence des variables dans l’étude, nous allons élargir la sémantique des connaissances et extraire des informations non détectables par les méthodes d’extraction de règles d’association positives. Cela va par exemple permettre aux médecins de trouver des caractéristiques qui empêchent une maladie de se déclarer, en plus de chercher des caractéristiques déclenchant une maladie. Cependant, l’ajout de la négation va entraîner différents défis. En effet, comme l’absence d’une variable est en général plus importante que la présence de ces mêmes variables, les coûts de calculs vont augmenter exponentiellement et le risque d’extraire un nombre prohibitif de règles, qui sont pour la plupart redondantes et inintéressantes, va également augmenter. Afin de remédier à ces problèmes, notre proposition, dérivée de l’algorithme de référence A priori, ne va pas se baser sur les motifs fréquents comme le font les autres méthodes. Nous définissons donc un nouveau type de motifs : les motifs raisonnablement fréquents qui vont permettre d’améliorer la qualité des règles. Nous nous appuyons également sur la mesure M G pour connaître les types de règles à extraire mais également pour supprimer des règles inintéressantes. Nous utilisons également des méta-règles nous permettant d’inférer l’intérêt d’une règle négative à partir d’une règle positive. Par ailleurs, notre algorithme va extraire un nouveau type de règles négatives qui nous semble intéressant : les règles dont la prémisse et la conclusion sont des conjonctions de motifs négatifs. Notre étude se termine par une comparaison quantitative et qualitative aux autres algorithmes d’extraction de règles d’association positives et négatives sur différentes bases de données de la littérature. Notre logiciel ARA (Association Rules Analyzer ) facilite l’analyse qualitative des algorithmes en permettant de comparer intuitivement les algorithmes et d’appliquer en post-traitement différentes mesures de qualité. Finalement, notre proposition améliore l’extraction au niveau du nombre et de la qualité des règles extraites mais également au niveau du parcours de recherche des règles. / The purpose of data mining is to extract knowledge from large amount of data. The extracted knowledge can take different forms. In this work, we will seek to extract knowledge only in the form of positive association rules and negative association rules. A negative association rule is a rule in which the presence and the absence of a variable can be used. When considering the absence of variables in the study, we will expand the semantics of knowledge and extract undetectable information by the positive association rules mining methods. This will, for example allow doctors to find characteristics that prevent disease instead of searching characteristics that cause a disease. Nevertheless, adding the negation will cause various challenges. Indeed, as the absence of a variable is usually more important than the presence of these same variables, the computational costs will increase exponentially and the risk to extract a prohibitive number of rules, which are mostly redundant and uninteresting, will also increase. In order to address these problems, our proposal, based on the famous Apriori algorithm, does not rely on frequent itemsets as other methods do. We define a new type of itemsets : the reasonably frequent itemsets which will improve the quality of the rules. We also rely on the M G measure to know which forms of rules should be mined but also to remove uninteresting rules. We also use meta-rules to allow us to infer the interest of a negative rule from a positive one. Moreover, our algorithm will extract a new type of negative rules that seems interesting : the rules for which the antecedent and the consequent are conjunctions of negative itemsets. Our study ends with a quantitative and qualitative comparison with other positive and negative association rules mining algorithms on various databases of the literature. Our software ARA (Association Rules Analyzer ) facilitates the qualitative analysis of the algorithms by allowing to compare intuitively the algorithms and to apply in post-process treatments various quality measures. Finally, our proposal improves the extraction in the number and the quality of the extracted rules but also in the rules search path.

La localisation subcellulaire de l’ARN permet un déploiement prompt et spatialement restreint autant des activités protéiques que des ARN noncodant. Le trafic d’ARN est dirigé par des éléments de séquences (sous-séquences primaires, structures secondaires), aussi appelés motifs de régulation, présents en cis à même la molécule d’ARN. Ces motifs sont reconnus par des protéines de liaisons aux ARN qui médient l’acheminement des transcrits vers des sites précis dans la cellule. Des études récentes, chez l’embryon de Drosophile, indiquent que la majorité des ARN ont une localisation subcellulaire asymétrique, suggérant l’existence d’un « code de localisation » complexe. Cependant, ceci peut représenter un exemple exceptionnel et la question demeurait, jusqu’ici, si une prévalence comparable de localisation d’ARN est observable chez des cellules standards développées en culture. De plus, des informations facilement disponibles à propos des caractéristiques de distribution topologique d’instances de motifs à travers des transcriptomes complets étaient jusqu’à présent manquantes. Afin d’avoir un aperçu de l’étendue et des propriétés impliquées dans la localisation des ARN, nous avons soumis des cellules de Drosophile (D17) et de l’humain (HepG2) à un fractionnement biochimique afin d’isoler les fractions nucléaire, cytosolique, membranaire et insoluble. Nous avons ensuite séquencé en profondeur l’ARN extrait et analysé par spectrométrie de masse les protéines extraites de ces fractions. Nous avons nommé cette méthode CeFra-Seq. Par des analyses bio-informatiques, j’ai ensuite cartographié l’enrichissement de divers biotypes d’ARN (p. ex. ARN messager, ARN long non codant, ARN circulaire) et protéines au sein des fractions subcellulaires. Ceci a révélé que la distribution d’un large éventail d’espèces d’ARN codants et non codants est asymétrique. Une analyse des gènes orthologues entre mouche et humain a aussi démontré de fortes similitudes, suggérant que le processus de localisation est évolutivement conservé. De plus, j’ai observé des attributs (p. ex. la taille des transcrits) distincts parmi les populations d’ARN messagers spécifiques à une fraction. Finalement, j’ai observé des corrélations et anti-corrélations spécifiques entre certains groupes d’ARN messagers et leurs protéines. Pour permettre l’étude de la topologie de motifs et de leurs conservations, j’ai créé oRNAment, une base de données d’instances présumée de sites de liaison de protéines chez des ARN codants et non codants. À partir de données de motifs de liaison protéique par RNAcompete et par RNA Bind-n-Seq, j’ai développé un algorithme permettant l’identification rapide d’instances potentielles de ces motifs dans un transcriptome complet. J’ai pu ainsi cataloguer les instances de 453 motifs provenant de 223 protéines liant l’ARN pour 525 718 transcrits chez cinq espèces. Les résultats obtenus ont été validés en les comparant à des données publiques de eCLIP. J’ai, par la suite, utilisé oRNAment pour analyser en détail les aspects topologiques des instances présumées de ces motifs et leurs conservations évolutives relatives. Ceci a permis de démontrer que la plupart des motifs sont distribués de façon similaire entre espèces. De plus, j’ai discerné des points communs entre les sous-groupes de protéines liant des biotypes distincts ou des régions d’ARN spécifiques. La présence de tels patrons, similaires ou non, entre espèces est susceptible de refléter l’importance de leurs fonctions. D’ailleurs, l’analyse plus détaillée du positionnement d’un motif entre régions transcriptomiques comparables chez les vertébrés suggère une conservation synténique de ceux-ci, à divers degrés, pour tous les biotypes d’ARN. La topologie régionale de certaines instances de motifs répétées apparaît aussi comme évolutivement conservée et peut être importante afin de permettre une liaison adéquate de la protéine. Finalement, les résultats compilés avec oRNAment ont permis de postuler sur un nouveau rôle potentiel pour l’ARN long non codant HELLPAR comme éponge de protéines liant l’ARN. La caractérisation systématique d’ARN localisés et de motifs de régulation en cis présentée dans cette thèse démontre comment l’intégration d’information à l’échelle transcriptomique permet d’évaluer la prévalence de l’asymétrie, les caractéristiques distinctes et la conservation évolutive de collections d’ARN. / The subcellular localization of RNA allows a rapid and spatially restricted deployment of protein and noncoding RNA activities. The trafficking of RNA is directed by sequence elements (primary subsequences, secondary structures), also called regulatory motifs, present in cis within the RNA molecule. These motifs are recognized by RNA-binding proteins that mediate the transport of transcripts to specific sites in the cell. Recent studies in the Drosophila embryo indicate that the majority of RNAs display an asymmetric subcellular localization, suggesting the existence of a complex "localization code". However, this may represent an exceptional example and the question remained, until now, whether a comparable prevalence of RNA localization is observable in standard cells grown in culture. In addition, readily available information about the topological distribution of pattern instances across full transcriptomes has been hitherto lacking. In order to have a broad overview of the extent and properties involved in RNA localization, we subjected Drosophila (D17) and human (HepG2) cells to biochemical fractionation to isolate the nuclear, cytosolic, membrane and insoluble fractions. We then performed deep sequencing on the extracted RNA and analyzed through mass spectrometry the proteins extracted from these fractions. We named this method CeFra-Seq. Through bioinformatics analyses, I then profiled the enrichment of various RNA biotypes (e.g. messenger RNA, long noncoding RNA, circular RNA) and proteins within the subcellular fractions. This revealed the high prevalence of asymmetric distribution of both coding and noncoding RNA species. An analysis of orthologous genes between fly and human has also shown strong similarities, suggesting that the localization process is evolutionarily conserved. In addition, I have observed distinct attributes (e.g. transcript size) among fraction-specific messenger RNA populations. Finally, I observed specific correlations and anti-correlations between defined groups of messenger RNAs and the proteins they encode. To study motifs topology and their conservation, I created oRNAment, a database of putative RNA-binding protein binding sites instances in coding and noncoding RNAs. Using data from protein binding motifs assessed by RNAcompete and by RNA Bind-n-Seq experiments, I have developed an algorithm allowing their rapid identification in a complete transcriptome. I was able to catalog the instances of 453 motifs from 223 RNA-binding proteins for 525,718 transcripts in five species. The results obtained were validated by comparing them with public data from eCLIP. I then used oRNAment to further analyze the topological aspects of these motifs’ instances and their relative evolutionary conservation. This showed that most motifs are distributed in a similar fashion between species. In addition, I have detected commonalities between the subgroups of proteins linking preferentially distinct biotypes or specific RNA regions. The presence or absence of such pattern between species is likely a reflection of the importance of their functions. Moreover, a more precise analysis of the position of a motif among comparable transcriptomic regions in vertebrates suggests a syntenic conservation, to varying degrees, in all RNA biotypes. The regional topology of certain motifs as repeated instances also appears to be evolutionarily conserved and may be important in order to allow adequate binding of the protein. Finally, the results compiled with oRNAment allowed to postulate on a potential new role for the long noncoding RNA HELLPAR as an RNA-binding protein sponge. The systematic characterization of RNA localization and cis regulatory motifs presented in this thesis demonstrates how the integration of information at a transcriptomic scale enables the assessment of the prevalence of asymmetry, the distinct characteristics and the evolutionary conservation of RNA clusters.

Comme beaucoup d’autres romans historiques postmodernes, Une histoire du monde en 10 chapitres et ½ de Julian Barnes et Cartographie des nuages de David Mitchell misent en fiction une vision personnelle sur l’histoire et examinent la relation entre les narrations historiques et les fictions. Outre ces projets metahistoriques et metafictionnels, les deux romans proposent un récit historique original de la vie humaine sur la terre. Les narrations de Barnes et de Mitchell s’étendent sur des milliers d’années et sont caractérisées, à tour de role, par la continuité et par la discontinuité. Celle-ci est déterminées par une série de catastrophes, soit naturelles soit liées aux activités humaines, qui donnent aux diverses histoires constituant les romans une puissante note dystopique. Barnes et Mitchell ont une raison très pratique pour choisir le mode dystopique: un monde en crise, surtout un monde proche de sa fin ou de son commencement, est un phénomène qui peut être analysé plus facilement en même temps comme fragment de l’histoire et comme version à échelle réduite de l’ensemble de l’histoire. Une histopie est donc une fiction qui utilise de différents moments de crise, fictifs ou mis en fiction, en tant qu’épisodes d’une histoire fragmentaire du monde. / Like many other postmodernist historical novels, Julian Barnes’s A History of the World in 10 ½ Chapters and David Mitchell’s Cloud Atlas fictionalize a personal view of history and examine the relation between historical and fictional narratives. Apart from these metahistorical and metafictional projects, the two novels put forward an original historical account of human life on earth. Barnes’s and Mitchell’s narratives span millennia and are marked by the interplay of continuity and discontinuity. The latter is shaped by a series of natural and man-made catastrophes, which account for the dystopian character of the various stories that make up the two novels. Barnes and Mitchell have a very practical reason for choosing the dystopian mode: a world in crisis, and especially a world near its end or near its beginning, is a phenomenon that can be more readily analyzed as both a fragment of history and a small-scale version of history as a whole. A histopia is a piece of fiction that uses various moments of crisis, fictional or fictionalized, as episodes of a fragmentary history of the world.

Cette thèse s'intéresse au rapport au temps dont témoignent les fictions biographiques parues au Québec et en France entre 1980 et 2000, et mettant en scène des figures d'écrivains ayant été actifs entre 1880 et 1900. L'analyse repose en grande partie sur la notion de régime d'historicité et vise à montrer dans quelle mesure les textes de fiction composant le corpus peuvent être interprétés comme des symptômes du présentisme. Décrit par l'historien François Hartog, ce rapport au temps désigne une articulation des catégories de présent, de passé et de futur, caractéristique des sociétés occidentales à partir des dernières décennies du XXe siècle. L'analyse montre que plusieurs notions fondamentales du présentisme se retrouvent d'une manière ou d'une autre dans les textes du corpus. Le patrimoine, l'identité et l'archive sont ainsi utilisés par les auteurs pour représenter le passé et pour dresser le portrait des auteurs du XIXe siècle. Ces notions sont néanmoins modulées par les enjeux propres à la littérature qui traversent les œuvres. Des questions d'ordre esthétique et narratif, de même que les contraintes de la mise en récit et la relation à l'histoire littéraire jouent en effet un rôle important dans le rapport au temps qui se dégage des textes. De même des facteurs nationaux entrent en ligne de compte, ce qui montre que le présentisme se manifeste différemment selon les sociétés. Ces éléments confèrent aux œuvres un statut particulier par rapport aux autres représentations du passé produites à la même époque. Contrairement aux textes sérieux consacrés aux mêmes écrivains, comme les biographies, les récits du corpus semblent se déployer dans une perspective mémorielle, entremêlant les faits avérés avec des éléments imaginaires et légendaires. Cette perspective sur le passé permet aux auteurs de réfléchir à des enjeux contemporains, concernant la littérature et l'identité nationale, ou, à un autre niveau, leur propre pratique de la littérature.

Les œuvres romanesques et poétiques de Réjean Ducharme et de Gaston Miron témoignent d'un investissement et d'un rapport particuliers à la langue commune et à la langue d'écriture. Ces auteurs marquants de la littérature québécoise, qui ont tous deux publié au cours de la décennie 1960-1970, utilisent un ensemble de procédés (que nous nommerons stratégies langagières) en vue de s'approprier la langue, de la rendre conforme à leurs visées et à leur sensibilité. Ce mémoire vise à repérer, analyser et comparer les stratégies langagières mises en oeuvre par Ducharme et Miron. Pour chaque auteur, nous nous attacherons à l'étude d'une oeuvre, soit L'avalée des avalés pour Ducharme et L'homme rapaillé pour Miron. Dans notre travail, qui empruntera à la sociocritique et à la poétique, nous nous intéresserons particulièrement à la façon dont "le texte parle la langue" (Lise Gauvin).

Tableau d'honneur de la Faculté des études supérieures et postdoctorales, 2017-2018 / Le présent mémoire interroge l'articulation du narrateur-enfant et de l'esthétique réaliste magique dans deux romans québécois de la Révolution tranquille : L'Océantume de Réjean Ducharme et L'Amélanchier de Jacques Ferron. Il consiste en trois chapitres étroitement liés menant ultimement à une réflexion d'ordre sociocritique. L'objectif principal est de déceler, par l'étude du narrateur-enfant associé au réalisme magique, la critique sociale contenue dans les romans de Ducharme et de Ferron. Pour ce faire, nous proposons d'abord un survol historique des origines du réalisme magique. Nous examinons sa capacité en tant qu'outil de réflexion critique et présentons ses caractéristiques formelles dans le but d'y lier les romans de Ducharme et de Ferron. Puis, nous étudions la possibilité pour un narrateur-enfant d'établir et de maintenir cet univers réaliste magique. Pour mener cette analyse, nous recourons principalement à la narratologie de façon à bien saisir le fonctionnement et les différentes manifestations de la voix narrative réaliste magique. Nous rapprochons le potentiel critique du narrateur-enfant à celui du réalisme magique. Par l'entremise de ce rapprochement, nous pouvons enfin tirer des conclusions sur la façon dont les romans perçoivent le Québec de leur époque, promis au progrès de la modernité.

La femme occupe une place centrale dans la poésie amoureuse augustéenne ; les trois grands élégiaques — Tibulle, Properce et Ovide — ainsi que leur prédécesseur Catulle ressentent un amour si grand pour la puella qu’il devient le moteur de la création littéraire et, du coup, la jeune femme en incarne la muse. Ainsi, la beauté du corps de la puella, mais aussi celle de son esprit, compose la matière élégiaque et définit dans un même temps la femme idéale selon les poètes de l’amour. Du fait de son statut de poète de l’amour, Ovide reprend le canon élégiaque de la puella lorsqu’il compose son recueil didactique l’Art d’aimer. Ce mémoire étudie dans un premier temps la femme des élégies latines, ses caractéristiques physiques, intellectuelles et émotionnelles de même que sa capacité à s’engager dans le type d’union préconisé par les poètes amoureux. Ces éléments seront repris dans le cadre de l’analyse des personnages féminins des digressions narratives de l’Art d’aimer afin de montrer comment Ovide construit ses héroïnes mythologiques selon un exemplum positif ou négatif de la puella élégiaque.

Au vingt-et-unième siècle, il ne suffit plus de présenter la publicité sur les écrans. L'image ne capte plus notre attention. Fini les acteurs et la mise en scène. On exige de l'authenticité. Au vingt-et-unième siècle, il faut introduire la publicité dans la vie réelle, l'incarner. La partie créative de ce mémoire, qui est intitulée Beige sur rose, raconte l'histoire de Nelly et Simone, deux femmes qui travaillent pour la même agence de publicité. Elles partagent un style de vie semblable, quoiqu'elles soient diamétralement opposées sur le plan affectif. La première cherche désespérément l'amour, souffre d'alcoolisme et est hantée par l'idée du suicide, tandis que la seconde est légère et insouciante, sans attache. Ce roman cherche à débusquer ce qui se cache derrière les apparences, à mettre en lumière ce qui se passe dans la solitude, une fois toutes les caméras éteintes. La partie réflexive de ce mémoire s'intéresse à l'immanence et à la transcendance du sujet incarné féminin à travers les œuvres de Nelly Arcan et Audrée Wilhelmy. L'objectif est de mettre en lumière l'étrange paradoxe dans lequel se trouve coincé le corps de la femme, à mi-chemin entre l'aliénation et la libération, et comment, encore aujourd'hui, les femmes se trouvent souvent prises au piège dans des circuits de représentations contradictoires et conflictuelles.

Ce projet analyse le mémoire hybride Mean de Myriam Gurba et la nouvelle « The Husband Stitch » de Carmen Maria Machado en se concentrant sur différentes itérations de monstruosité féminine dans des récits portant sur la culture du viol. Je démontre comment les corps féminins codés comme monstrueux deviennent le site d'un contre-discours qui perturbe et élargi les conceptions sociales qui sont faites de la violence sexuelle. Les écrits de Nathalie Wilson et Sara Ahmed informent la théorisation des monstres et de leurs rôles prescrits, tandis que les idées de corporéalité, embodiment, et abjection illuminent les possibilités représentatives du corps féminin et insistent sur ses capacités comme agent de changements culturels. Le premier chapitre examine la notion de corporéalité à travers différentes descriptions des traitements du corps féminin monstrueux. Les concepts d'embodiment et d'abjection signalent l'impact de la culture du viol sur le corps, considèrent tous les espaces comme potentiellement dangereux, et illustrent les similarités entre l'acte physique de viol et certaines techniques narratives. Le deuxième chapitre analyse la multiplicité de façons de régulariser le corps féminin monstrueux et de le subjuguer à des fins patriarcales. Par la juxtaposition délibérée de plusieurs moments clés à l'inclusion de cautionary tales subversifs, la nouvelle élabore une épistémologie radicalement politisée. Dans ce chapitre, l'abjection est perçue comme une technique expérimentale qui dérange la conception que le lecteur se fait de sa propre corporéalité et subjectivité. / This thesis analyzes Myriam Gurba's hybrid memoir Mean and Carmen Maria Machado's short story "The Husband Stitch" through a focus on different iterations of female monstrosity in narratives about rape culture. I demonstrate how female bodies coded as monstrous become the site of a counter-discourse that disrupts and enlarges the social conceptions of sexual violence. The writings of Nathalie Wilson and Sara Ahmed inform the theorization of monsters and their prescribed roles, while the ideas of corporeality, embodiment, and abjection engage the representative possibilities of the female body and insist on its possibilities as agent of cultural change. The first chapter examines the notion of corporeality through different descriptions of the treatment of the monstrous female body. The concepts of embodiment and abjection signal the impact of rape culture on the body, consider all spaces as potentially dangerous, and illustrate the similarities between the physical act of rape and certain narrative techniques. The second chapter analyzes the multiple ways of regularizing the monstrous female body and of subjugating it for patriarchal purposes. Through the deliberate juxtaposition of several key moments with the inclusion of subversive cautionary tales, the short story elaborates a radically politicized epistemology. In this chapter, abjection is understood as an experimental technique that disturbs the reader's conception of their own corporeality and subjectivity.

Ball and Chain est un roman qui porte sur le désenchantement, sur notre aptitude à l’amour et au bonheur en ce début de siècle où ces états affectifs semblent de plus en plus complexes à atteindre et à gérer. Il présente des personnages qui baignent dans leur solitude, leurs secrets, qui sont hermétiques les uns aux autres. Ball and Chain questionne également les fondements de ce qui reste du modèle familial québécois et de l’identité. Il traite en fait de désidentité, c’est-à-dire qu’il y a un refus complet des personnages de s’accorder une identité propre. Ce roman allie donc sexe, alcool, drogue, désillusion et amour malsain. Liberté et conséquences est quant à lui un essai qui traite des problématiques issues de la libéralisation des moeurs dans la littérature contemporaine écrite par des femmes, car ce sont elles les principales touchées par cette révolution qui sévit depuis le milieu du XXe siècle. Baise-moi de Virginie Despentes ainsi que Folle de Nelly Arcan seront au centre de cette réflexion qui porte sur plusieurs aspects de la féminité, sur la difficulté d’être une femme dans une société essentiellement patriarcale.