O presente trabalho procura avaliar a relevância da informação sobre a segurança dos automóveis para os consumidores brasileiros estimando um modelo de demanda logit aninhado controlado pelas notas de zero a cinco estrelas obtidas nos crash tests do Latin NCAP, pesquisa até o momento única no Brasil. Os resultados indicam que a nota nos crash tests são relevantes para a utilidade média dos consumidores com os carros mais bem avaliados mostrando um nível de utilidade maior em relação aos veículos menos seguros. Resultados auxiliares apontam que não há diferença nos preços médios dos modelos avaliados pelo Latin NCAP com notas de uma a cinco estrelas sendo os modelos avaliados com zero estrelas os únicos a apresentarem preços estatisticamente diferentes e mais baratos. Outros resultados obtidos mostram que um aumento no número de automóveis testados de uma determinada montadora aumenta mais que proporcionalmente a probabilidade de um outro automóvel da mesma marca ser avaliado / The present work aims to evaluate how important is the information about car safety for consumers in brazilian market estimating a nested logit demand model using the Latin NCAP\'s grades from zero to five stars as independent variables, yet this research is unique in Brazil. The results obtained show that Latin NCAP\'s grades show some relevance for the consumer\'s mean utiliy as the higher grades exibit higher mean utility levels related to the lowest grades. Auxiliary results show that there is no statistic diference among the car\'s prices evaluated with one to five stars in the crash tests as the automobiles evaluated with zero stars appear as being the cheapest of all. Others results show that an increase in the number of tested vehicles from a given manufacturer raises more than proportionally the probability of a car from this same brand to be tested

A tuberculose (TB) é um importante problema de saúde pública, portanto, é necessário o desenvolvimento de novas ferramentas para a detecção rápida e confiável do Mycobacterium tuberculosis, prevenindo a transmissão da TB. O objetivo deste estudo foi avaliar dois testes moleculares para detecção de bactérias do Complexo Mycobacterium tuberculosis (MTBC) diretamente de amostras clínicas. Foi realizado um estudo transversal, no qual foram selecionadas 124 amostras respiratórias. As amostras foram avaliadas por dois testes moleculares “in house” para detecção do MTBC: NESTED-PCR (NPCR) e Real Time PCR (RT-PCR) ambos com primers para o IS6110. As amostras também foram avaliadas por um teste direto (pesquisa de BAAR). Os resultados foram comparados com a cultura para M.tuberculosis e também com os resultados da cultura juntamente com dados clínicos. Uma amostra comercial com quantificação de DNA conhecida foi utilizada para determinação do Limite de Detecção (LOD) dos testes moleculares. O LOD foi de 1 cópia/μL para o RT-PCR e de 25 cópias/μL para o NPCR. O BAAR apresentou baixa sensibilidade - SE - (40%) e alta especificidade - SP - (94%). Ambos os ensaios moleculares, apresentaram elevada SE e SP (RT-PCR 98% e 91%, NPCR 86% e 93%, respectivamente) em relação à cultura. Quando comparamos os resultados frente a cultura juntamente com os dados clínicos, a SE e a SP foram de 90% e 97% para a RT-PCR e de 80% e 99% para a NPCR, respectivamente. Houve um pequeno decréscimo da SE dos métodos moleculares, quando comparados com a cultura mais os dados clínicos em relação à cultura isoladamente, no entanto, a SP foi consideravelmente elevada para os três métodos avaliados. Avaliamos o custo dos insumos para os ensaios moleculares: o custo do NPCR foi de $ 17.77/teste enquanto que o custo do RT-PCR foi de $ 15.76/teste. Em relação ao tempo de execução dos testes o RT-PCR foi mais rápido (2 horas) do que o NPCR (4 horas). Este estudo confirma que técnicas de PCRs podem ser muito úteis para o diagnóstico rápido da TB respiratória, com altas taxas de SP. Ele também pode ser muito importante para a exclusão de diagnóstico, considerando o alto VPN encontrados no nosso estudo. Os resultados demonstraram que os ensaios moleculares visando IS6110 do M. tuberculosis podem ajudar a melhorar o diagnóstico da TB pulmonar, com muitos potenciais efeitos positivos para a gestão clínica e de controle da doença. / Tuberculosis (TB) remains as an important public health problem worldwide. Therefore, the rapid detection of M. tuberculosis is of primary importance to effectively reduce transmission among patients. The aims of this study were to evaluate two molecular tests to detect M. tuberculosis complex (MTBC) directly from clinical samples. The study included 124 respiratory samples which were evaluated by two in house molecular assays for MTBC detection: Nested PCR (NPCR) and Real Time PCR (RT-PCR). The respiratory samples were also evaluated by the direct test (AFB assay). The results were compared with the results of culture and also compared with the culture results plus clinical data of patients. We used a commercial DNA sample with known quantification to establish the Limit of Detection (LOD). The LOD was 1 copy/μL for RT-PCR and 25 copies/μL for NPCR. The AFB assay presented low sensitivity – SE - (40%) and a high specificity - SP – (94%). Both molecular assays, RT-PCR and NPCR presented high SE and SP (RT-PCR 98% and 91%, NPCR 86% and 93%, respectively) compared to culture. When the results of the molecular tests were compared to the culture plus clinical data the SE and SP were 90,20% and 97,26% for RT-PCR and 80,39% and 98,63% for the NPCR, respectively. It was possible to observe a slight decrease of SE of the molecular methods in comparison to culture plus clinical data in relation to culture; however, the SP was increased, since many cases of TB could not be confirmed by culture. Furthermore we evaluated the cost of molecular assays: the NPCR cost was $17.77/test while the RT-PCR cost was $15.76/test. The RT-PCR test was faster (2 hours) than the NPCR (4 hours) to be performed. Our study confirms that PCRs may be useful for rapid diagnosis of respiratory TB, with high SP rates. It may also be very important to exclude such diagnosis, considering the high NPV found in our study. In summary, PCRs targeting IS6110 of MTB improve the accuracy of the diagnosis of pulmonary TB, with many potential positive effects for clinical management and control of the disease.

Made available in DSpace on 2014-06-12T15:04:52Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo4510_1.pdf: 1312401 bytes, checksum: 103b70bf03d8851fef2766e8bd0290f9 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2004 / Paracoccidioides brasiliensis é um fungo dimórfico e agente etiológico da paracoccidioidomicose, uma micose sistêmica de evolução aguda ou crônica que se não diagnosticada e tratada a tempo pode ser fatal. Um método molecular para caracterização e detecção de P. brasiliensis foi desenvolvido a partir da clonagem e do sequenciamento de um fragmento de DNA de ~750 pb, obtido por RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA), presente em isolados virulentos e ausente em isolados avirulentos deste fungo. Uma região interna do fragmento de DNA seqüenciado foi usada para desenhar primers que posteriormente foram utilizados em uma reação de hemi-nested PCR em tubo único. A reação de PCR específica foi capaz de amplificar DNA de três isolados de P. brasiliensis reconhecidamente virulentos e três isolados recentemente obtidos de pacientes com paracoccidioidomicose. A especificidade desta PCR foi confirmada pela ausência de produtos amplificados com DNA genômico de isolados de Histoplasma capsulatum, Blastomyces dermatitidis, Coccidioides immitis, Sporothrix schenckii, Cryptococcus neoformans, Candida albicans, Aspergillus fumigatus, Mycobacterium tuberculosis, Leishmania braziliensis, Trypanosoma cruzi, Schistosoma mansoni, DNA genômico humano (leucócitos) e de isolados de P. brasiliensis reconhecidamente avirulentas. A amplificação de cDNA de um isolado virulento sugere tratar-se de um gene expresso. A detecção específica de isolados virulentos de P. brasiliensis sugere ser este um candidato a marcador de virulência para este fungo. O potencial diagnóstico da PCR específica foi verificado com DNA extraído de aspirado de linfonodo de um paciente com paracoccidioidomicose

Made available in DSpace on 2014-07-29T15:29:04Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DISSERTACAO - HUGO DELLEON-1.pdf: 1681733 bytes, checksum: ec21194046431954674916776c620d9e (MD5) Previous issue date: 2009-05-27 / Although water is of vital importance for living beings, due to antropic action it becomes a way of dissemination of several microorganisms, which reach aquatic environments through the faeces of man and other animals and can cause several illnesses, especially for immunocompromised individuals. During routine environmental monitoring, coliform bacteria are normally used as a microbiological parameter of water quality, which does not evidence its contamination by viruses. Several researchers have proposed the detection of adenovirus (AdVs) by PCR as a molecular index to monitor other enteric viruses. AdVs are among the most persistent and ubiquitous enteric viruses present in water and associated with a variety of clinical manifestations. This study aimed to evaluate the quality of water collected from lakes and rivers in Goiânia as to the occurrence of AdVs. Water samples were collected monthly, from December 2007 to November 2008, at five different points in Goiânia (lakes of Bosque dos Buritis and Vaca Brava park, João Leite and Meia Ponte rivers downstream and upstream the municipal sewage treatment plant). The analyses were carried out at the Laboratório de Diagnóstico Genético e Molecular and Laboratório de Genética Molecular e Citogenética, Universidade Federal de Goiás. All the samples were filtered in a positively-charged nylon membrane followed by molecular detection using PCR and semi-nested PCR. Also, we performed physical-chemical and bacteriological tests to correlate these results with the occurrence of AdVs. Simultaneously, the Núcleo de Pesquisas em Agentes Emergentes e Re-emergentes carried out a meta-analysis to evaluate three methods of concentration of AdVs coupled to molecular detection in samples of untreated water. Since 29 out of the 54 water samples collected were positive for AdVs (39.2%), our results suggest the use of the methodology proposed in the present study for the detection of these pathogens in water. We observed statistically significant difference between nitrites, phosphates, fixed residues, total residues and the occurrence of AdVs, whereas no correlation was observed between fecal coliforms and AdVs. Furthermore, the occurrence of AdVs in the state of Goiás shows a seasonal trend. Based on the 33 studies selected for the meta-analysis, it was possible to get to the following interpretations: the most effective method to detect AdVs in samples from rivers or lakes was ultracentrifugation combined with nested-PCR; it is advisable to use a combination of microfiltration membrane and ultrafugation with the subsequent diagnosis using qPCR to detect AdVs in samples of treated and untreated sewage. This has been the first study carried out for the detection and monitoring of AdVs in water bodies in the Midwestern Region of Brazil and the present results may be useful to propose the eco-epidemiological profile of AdVs or even the routes of some neglected diseases, which points out the need to define a virus indicator / Embora a água seja de vital importância para os seres vivos, em decorrência da ação antrópica torna-se meio de disseminação de inúmeros microrganismos, que chegam aos ambientes aquáticos por meio das fezes do homem e de outros animais, podendo desencadear diversas doenças, sobretudo em indivíduos imunocomprometidos. Em rotina de monitoramento ambiental, normalmente são utilizadas bactérias do grupo dos coliformes fecais como parâmetro microbiológico de qualidade das águas, o que não evidencia sua contaminação por vírus. Alguns pesquisadores têm proposto a detecção de adenovírus (AdVs) por PCR como indexação no monitoramento de outros vírus entéricos. AdVs estão entre os mais persistentes e ubíquos vírus entéricos presentes em águas e associados com uma variedade de manifestações clínicas. Objetivou-se avaliar a qualidade da água de rios e lagos da cidade de Goiânia em relação à ocorrência de AdVs. Amostras de água foram coletadas mensalmente, entre dezembro de 2007 e novembro de 2008, em cinco diferentes pontos de Goiânia (lagos do Bosque dos Buritis e parque Vaca Brava e rios João Leite e Meia Ponte a jusante e montante da estação de tratamento de esgoto municipal). As análises laboratoriais foram realizadas pelo Laboratório de Diagnóstico Genético e Molecular e Laboratório de Genética Molecular e Citogenética, Universidade Federal de Goiás. Inicialmente, as amostras foram filtradas em membrana de nylon carregada positivamente e, em seguida, submetidas a detecção molecular por PCR e semi-nested PCR. Também foram realizados testes físico-químicos e bacteriológicos para correlacionar estes resultados com a ocorrência de AdVs. Concomitantemente, o Núcleo de Pesquisas em Agentes Emergentes e Re-emergentes conduziu uma metanálise avaliativa de três metodologias de concentração de AdVs acopladas à detecção molecular em amostras de águas não tratadas. Das 54 amostras coletas, 29 foram positivas para AdVs (39,2%), sugerindo o uso da metodologia proposta neste estudo para detectar estes patógenos em água. Foi observada diferença estatisticamente significativa entre nitritos, fosfatos, resíduos fixos, resíduos totais e a ocorrência de AdVs, mas não foi observada correlação entre coliformes fecais e AdVs. Além disso, a ocorrência de AdVs no estado de Goiás exibiu tendência à sazonalidade. Na metanálise, a partir dos 33 artigos selecionados foi possível fazer as seguintes interpretações: para detectar AdVs em amostras de rios ou lagos, o método mais eficiente foi a ultracentrifugação em combinação com nested-PCR; para a detecção de AdVs em amostras de esgoto tratado e não tratado é aconselhável utilizar uma combinação de microfiltração em membrana e ultrafiltração com subsequente diagnóstico por qPCR. Este foi o primeiro estudo a detectar e monitorar AdVs em cursos de água na Região Centro-Oeste do Brasil e os presentes resultados podem ser úteis para propor o perfil eco-epidemiológico dos AdVs ou até mesmo das rotas de algumas doenças que são negligenciadas, o que demonstra a necessidade de definir um indicador viral

Várias zoonoses virais acometem equídeos causando quadros neurológicos, entre as quais a raiva e as encefalites equinas do Leste (EEE) e Oeste (WEE). O diagnóstico clínico geralmente não é conclusivo, o que torna imprescindível o diagnóstico laboratorial. Dados do Laboratório de Diagnóstico de Raiva do Instituto Pasteur de São Paulo, entre os anos 2000 e 2010, mostram que aproximadamente 75% das amostras enviadas foram negativas para raiva, ressaltando a relevância da realização de um diagnóstico diferencial para as encefalites equinas causadas por alfavírus. Os objetivos do estudo foram testar a adequação do uso de multiplex hemi-nested RT-PCR para o diagnóstico de raiva, EEE e WEE em amostras de sistema nervoso central de equídeos e realizar uma análise de custo das reações de cada técnica. Foram utilizados os primers 21G, 304 e 504 dirigidos ao gene N do vírus da raiva, e os primers cM3W, M2W, nEEE e nWEE dirigidos ao gene NSP1 dos vírus da EEE e WEE. Procedeu-se a um estudo preliminar dos primers e de seu uso em uma hemi-nested RT-PCR, avaliando a temperatura ótima de anelamento, a sensibilidade e especificidade analíticas e a reprodutibilidade da técnica em amostras de campo positivas para raiva e para EEE. A partir do protocolo estabelecido na reação de hemi-nested RT-PCR, realizaram-se variações de concentração de reagentes no protocolo para a reação de multiplex hemi-nested RT-PCR. Após o estabelecimento do protocolo para esta reação, os mesmos testes para verificação da sensibilidade e especificidade analíticas e da reprodutibilidade foram realizados, comparando-se os resultados com os obtidos pela hemi-nested RT-PCR. No teste de limiar de detecção, a sensibilidade analítica foi semelhante para as duas técnicas, obtendo-se 10&#45;1,7 para os três vírus padrão CVS, EEEV e WEEV. No teste de limiar de detecção utilizando uma amostra com os três vírus verificou-se uma alta especificidade dos primers, sendo que na reação de multiplex hemi-nested RT-PCR foi possível detectar simultaneamente os três vírus padrão. Não houve diferença nas proporções de amostras detectadas como positivas para raiva obtidas pelas duas técnicas, analisando-se pelo teste exato de Fisher (P=1,0000). No entando, para amostras de campo positivas para EEE, a proporção de amostras detectadas como positivas pela hemi-nested RT-PCR foi maior do que a proporção obtida pela multiplex hemi-nested RT-PCR (P<0,0001). Apesar de não ter sido possível o uso de amostras de campo positivas para WEE nesse estudo, os resultados sugerem que seria possível a detecção pela multiplex hemi-nested RT-PCR. Estes dados sugerem que a técnica de multiplex hemi-nested RT-PCR poderia ser aplicada para detecção de raiva e WEE, mas com limitações para a detecção de EEE. Pela análise de custo dos reagentes, o valor de uma reação de multiplex hemi-nested RT-PCR é semelhante ao de uma hemi-nested RT-PCR, podendo representar uma economia de pelo menos 49,17%. / Several viral zoonoses affect the equids causing neurological diseases, including rabies and Eastern and Western equine encephalitides (EEE and WEE). Clinical diagnosis is often not conclusive, in a way that laboratory diagnosis is essential. Data from the Laboratory of Rabies Diagnosis at the Pasteur Institute of São Paulo, between 2000 and 2010, demonstrate that approximately 75% of submitted equid samples were negative for rabies, emphasizing the importance of achieving a differential diagnosis for equine encephalitis caused by alphaviruses. The aims of this study were to test the suitability of using multiplex hemi-nested RT-PCR for the diagnosis of rabies, EEE and WEE in equids central nervous system samples and to perform a cost analysis of the reactions of each technique. We used the primers 21G, 304 and 504 directed to the N gene of rabies virus, and the primers cM3W, M2W, nEEE and nWEE directed the NSP1 gene of WEE and EEE viruses. A preliminary study of the primers was carried out, as well as their use in a hemi-nested RT-PCR, evaluating the optimal annealing temperature, the analytical sensitivity and specificity and the reproducibility of the technique in positive field samples for rabies and EEE. From the protocol established for the hemi-nested RT-PCR, variations in reagents concentrations for the multiplex hemi-nested RT-PCR protocol were perfomed. After establishing the protocol for this reaction, the same tests to verify the analytical sensitivity and specificity and reproducibility were performed and the results compared to those obtained by hemi-nested RT-PCR. In the detection threshold test, the analytical sensitivity was similar for both techniques, resulting in 10&#45;1.7 for the three virus standard CVS, and EEEV WEEV. In the detection threshold test using a sample with the three viruses, a high specificity of the primers was verified and the multiplex hemi-nested RT-PCR was able to detect the three viruses simultaneously. There was no difference in the proportions of samples detected as positive for rabies obtained by both techniques, according to the Fisher exact test (P = 1.0000). However, for EEE positive field samples, the proportion of samples detected as positive by the hemi-nested RT-PCR was higher than the proportion obtained by multiplex hemi-nested RT-PCR (P <0.0001). Although it was not possible to use WEE positive field samples in this study, the results suggest that its detection would be possible by multiplex hemi-nested RT-PCR. Thus, data suggest that the multiplex hemi-nested RT-PCR technique could be applied to detect rabies and WEE, but with limitations for the EEE detection. For the analysis of reagent costs, the cost of one multiplex hemi-nested RT-PCR is similar to one hemi-nested RT-PCR, and may represent a saving of 49,17% at least.

Made available in DSpace on 2014-08-20T13:32:57Z (GMT). No. of bitstreams: 1 dissertacao_marcelo_gotze.pdf: 556489 bytes, checksum: cb0ceeb57d3c58da117f1a655a510d0d (MD5) Previous issue date: 2010-03-18 / Bovine babesiosis caused by Babesia bovis and Babesia bigemina, is the most important disease transmitted by Rhipicephalus (Boophilus) microplus in tropical and subtropical areas in South America. Definitive diagnosis can be made by detecting infected erythrocytes in blood smears. However, the parasitemia in peripheral blood is often too low for this method to be used for diagnostic purposes. For this reason, several serological tests, including complement fixation, indirect hemagglutination and indirect immunofluorescence (IIF) have been used to detect antibodies in infected cattle. Although these tests allow the detection of persistently infected animals, they have limitations in specificity and/or sensitivity. The IIF has been the most sensitive, but cross-reactivity between species, subjective interpretation, and low production has limited its usefulness. The enzyme linked immunosorbent assay (ELISA) have found wide application in the diagnosis of infectious diseases. The cELISA format (competitive) can provide an additional level of specificity, because the antibody is directed to a single epitope, specific for the organism to be detected. For these reasons, this study aimed to evaluate the sensitivity and specificity of cELISA compared to IIF and nested PCR (nPCR) for diagnosis babesiosis caused by B. bovis. Therefore, blood samples were collected from cattle in Brazil and Argentina, and processed for the diagnosis of B. bovis. The nPCR was used as the gold standard to validate the cELISA and the IIF as a comparative test. The cELISA for the diagnosis of B. bovis presented is easily processed with high levels of sensitivity and specificity. It is easily performed in a high number of samples, making it useful in cases of outbreaks of bovine babesiosis. / A babesiose bovina, causada por Babesia bovis e Babesia bigemina, é a doença mais importante transmitida por carrapatos Rhipicephalus (Boophilus) microplus em áreas tropicais e subtropicais da América do Sul. O diagnóstico definitivo pode ser feito através da detecção de eritrócitos infectados em esfregaços sanguineos, porém a parasitemia em sangue periférico é frequentemente muito baixa para que esse método seja utilizado de forma confiável para fins de diagnóstico. Por esse motivo, vários testes sorológicos, incluindo a fixação de complemento, hemaglutinação indireta e imunofluorescência indireta (IIF) têm sido usados para detectar anticorpos em bovinos infectados. Embora estes testes permitam a detecção de animais persistentemente infectados, eles têm limitações na especificidade e/ou sensibilidade. O IIF tem sido o mais sensível, mas a reatividade cruzada entre as espécies, interpretação subjetiva, e baixa produção tem limitado a sua utilidade. Os ELISA têm encontrado ampla aplicação no diagnóstico de doenças infecciosas. O formato cELISA (competitivo) pode fornecer um nível adicional de especificidade, pois o anticorpo é dirigido para um epitopo único específico para o organismo a ser detectado. Por estas razões, este estudo teve como objetivo avaliar a sensibilidade e especificidade do cELISA comparado com IIF e nested PCR (nPCR) para diagnóstico de babesiose causada por B. bovis. Para tanto, amostras de sangue bovino foram coletadas no Brasil e na Argentina e processadas para o diagnóstico de B. bovis. Utilizou-se o nPCR como teste padrão para a validação do cELISA, e a IIF como teste comparativo. O cELISA para diagnóstico de B. bovis apresentou-se de fácil processamento, com altos níveis sensibilidade e especificidade, além da rapidez no processamento de amostras em larga escala, sendo de grande utilidade para casos de surtos de babesiose bovina

This thesis is focused on practical application of two methods used in non-life insurance, Nested Monte Carlo and Least squares Monte Carlo. Best estimate and 99.5% quantile was calculated using both methods and results was compared. Both methods are similar in estimates and therefore can be used for computation of capital requirement. Least squares Monte Carlo seem more favourable, because it significantly reduces computation time.

Human papillomaviruses (HPV) are double-stranded, DNA, epitheliotropic viruses that infect skin and mucosal membranes. Over 200 types of HPV have been identified and classified into alpha (α), beta (β), gamma (γ), mu (µ), and nu (ν) genera. HPV in the genus α mainly infect mucosal membranes, cause the majority of the ano-genital cancers, and are widely studied. However, epidemiology of HPV in the other genera, which mainly infect skin, is poorly understood. Few studies have reported the seroprevalence of cutaneous HPV among healthy individuals, and to date, no study has prospectively examined the association between cutaneous HPV seropositivity and development of external genital lesions (EGLs) in men. The objectives of this study were to estimate the seroprevalence of cutaneous HPV types and investigate factors associated with the seropositivity, and evaluate the association between seropositivity to cutaneous HPV types and the risk of development of EGLs. Several studies have reported the seroprevalence of mucosal HPV types (6, 11, 16 and 18) in the 4-valent HPV vaccine among men. However, few studies have reported the seroprevalence of the five additional HPV types (31, 33, 45, 52 and 58) in the recently approved 9-valent HPV (9vHPV) vaccine specifically among men across a broad age range. Baseline data on seroprevalence prior to vaccine introduction and dissemination are needed to establish the effectiveness of vaccines over time. Also, this study estimated the seroprevalence of 9vHPV vaccine types and investigated factors associated with the seropositivity among men residing in Brazil, Mexico, and the United States (U.S.). To estimate the seroprevalence of cutaneous HPV types and 9vHPV vaccine types, 600 men were randomly selected from the HPV Infection in Men (HIM) Study. To examine the association between seropositivity to cutaneous HPV types and development of EGLs, a case-control study of 163 incident EGL cases and 352 EGL-free controls nested in the HIM cohort was conducted. Cases were ascertained through visual inspection at each of up to 10 biannual clinical visits, confirmed through biopsy, and categorized into condyloma, suggestive of condyloma, penile intraepithelial neoplasia (PeIN) and other EGLs. Archived serum specimens were tested for antibodies against 14 cutaneous HPV types, β types (5, 8, 12, 14, 17, 22, 23, 24, 38 and 47), α type 27, γ type 4, µ type1 and ν type 41, and 9vHP types (6, 11, 16, 18, 31, 33, 45, 52 and 58) using a glutathione S-transferase (GST) L1-based multiplex serology assay. Socio-demographic and sexual behavior data were collected through a questionnaire. Binomial proportions were used to estimate seroprevalence, and logistic regression was used to examine factors associated with seropositivity. Overall, seroprevalence of ≥1 cutaneous HPV types was 65.4%, 1≥ β-HPV types was 39.0%, α-HPV 27 was 8.9%, γ-HPV 4 was 30.9%, µ-HPV 1 was 28.6%, and ν-HPV 41was 9.4%. Higher educational attainment was significantly associated with seropositivity to ≥1 cutaneous HPV types (adjusted odds ratio [AOR] 1.75 for ≥16 years of education vs. ≤12 years of education, 95% confidence interval [CI] 1.08-2.83), and seropositivity of ≥1 β-HPV types was significantly associated with increasing age (AOR 1.72 for men aged 31-44 years vs. men aged 18-30 years, 95% CI: 1.12–2.63,). Country of residence, circumcision status, and lifetime number of male anal sex partners were other factors significantly associated with various type-specific cutaneous HPV seropositivity. No statistically significant association was observed between grouped or individual cutaneous HPV seropositivity and the risk of development of EGLs across all pathological diagnoses. The seroprevalence of grouped and individual cutaneous HPV types was similar across different EGL categories and controls, with the most frequent types being ɤ-HPV 4, µ-HPV 1, and β-HPV 8. The seroprevalence of ≥1 9vHPV vaccine types was 28.3%, ≥1 high-risk types was 14.0%, five additional high-risk types was 11.2%, and low-risk types (6/11) was 17.4%. Compared to men with no male anal sex partners, men with ≥2 partners were two times more likely to be seropositive for grouped 9vHPV vaccine types, ≥1 high-risk types and ≥1 low-risk types, in addition to individual HPV types 6, 16, 33, and 58, with AORs ranging from 2.19 to 7.36. Older age, current smoking, and being single were other factors significantly positively associated with different grouped and type-specific seropositivity. In conclusion, our data show that exposure to cutaneous HPV was common in men although different risk factors were independently associated with grouped and type-specific cutaneous HPV seropositivity. It appears that exposure to cutaneous HPV is not likely to increase the risk of EGLs among men. Similarly, exposure to 9vHPV vaccine types was also common in men and seropositivity to 9vHPV vaccine types was positively associated with older age and lifetime number male anal sex partners.

Orientador: Sandra Cecilia Botelho Costa / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciencias Medicas / Made available in DSpace on 2018-08-07T12:19:53Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Roesler_BrunaMaria_M.pdf: 3428404 bytes, checksum: ee37171bd6740210c88477c4839317fb (MD5) Previous issue date: 2006 / Resumo: O Helicobacter pylori é uma bactéria gram-negativa que está estritamente relacionada com o desenvolvimento de doenças gástricas, inclusive malignas, sendo classificada como carcinógeno do grupo I pela Agência Internacional para Pesquisa do Câncer. Apesar de grande parte da população mundial estar contaminada pela bactéria, a maioria dos indivíduos permanece assintomática. Muitas abordagens são sugeridas para diferenciar os isolados de H. pylori e diversas técnicas de biologia molecular têm sido aplicadas para caracterizar as amostras clínicas de diferentes pacientes. A análise de restrição (RFLP) usada em conjunto com a PCR tem sido amplamente utilizada para a tipagem de isolados clínicos, utilizando vários genes do genoma do H. pylori como alvos para esse método. Padrões de eletroforese da nested PCR e da PCR para as regiões dos genes urease C e urease B do H. pylori foram obtidos com enzimas de restrição e comparados entre pacientes com úlcera péptica e gastrite crônica. Os produtos da nested PCR para urease C foram digeridos com a enzima Mbo I e os produtos da PCR para urease B com a enzima Hae III, sendo os fragmentos obtidos analisados por eletroforese em gel de agarose. Foram encontrados 7 padrões de genotipagem para urease B e 17 padrões para urease C. O grupo prevalente para gastrite crônica obtido com essa última genotipagem foi o denominado grupo ureC MboI G, com fragmentos de 110, 120, 250 e 310 pares de bases, ocorrendo em 13 pacientes (15,7% dos casos). Em relação aos casos de úlcera péptica, o grupo de genotipagem mais prevalente foi o denominado ureC MboI E, com 110, 180 e 500 pares de bases, ocorrendo em 11 pacientes (24,4% do total de casos). O grupo prevalente obtido com a genotipagem para urease B foi o denominado ureB I, com um fragmento único de 750 pares de bases. Esse grupo foi o prevalente tanto para os casos de úlcera péptica (27), com 60,0%, quanto para os de gastrite crônica (53), com 63,9%. Não foram observadas diferenças significativas entre os padrões encontrados para ambas as doenças. A nested PCR para detecção prévia do DNA do H. pylori também foi realizada, obtendo-se 100% de concordância. Os métodos de tipagem dos produtos obtidos por nested PCR e PCR proporcionam um esquema funcional e de grande reprodutibilidade para estudos epidemiológicos e de caracterização de cepas / Abstract: Helicobacter pylori is a gram-negative bacterium that has been implicated as a major human gastric pathogen responsible for gastritis and peptic ulcer disease. It has been classified as a group I carcinogen by the International Agency for Research on Cancer and is regarded as a primary factor for gastric cancer. A significant proportion of the world population is infected with H. pylori, even though most infections are asymptomatic. To isolate H. pylori, many approaches have been presented and several molecular techniques have been applied to separate clinical isolates from different patients. PCR-RFLP analysis has been widely developed for the typing of clinical isolates, with several genes within H. pylori having been targeted by this method. Eletroforesis patterns of nested PCR and PCR to urease C and urease B gene regions of H. pylori were obtained by restriction fragment length polymorphism and compared among patients with peptic ulcer and chronic gastritis. Nested PCR products for urease C were digested with MboI enzyme and PCR products for urease B with Hae III enzyme, and the obtained fragments were analyzed by eletroforesis in agarosis gel. We have encountered 7 genotyping patterns for urease B and 17 patterns for urease C. The prevalent group for chronic gastritis which was obtained with this last genotyping was named ureC MboI G group, with fragments of 110, 120, 250 and 310 base pairs, occurring in 13 patients (15,7% of the cases). Regarding the peptic ulcer cases, the most prevalent genotyping group was named ureC MboI E group, with 110, 180 and 500 base pairs, occurring in 11 patients (24,4% of the cases). The prevalent group obtained with the genotyping for urease B was named ureB I, with only one fragment of 750 base pairs. This group was the prevalent one both in peptic ulcer cases (27) with 60,0%, and in chronic gastritis case (53), with 63,9%. We haven¿t found meaningful differences among the encountered patterns for both diseases. Nested PCR for previous detection of H. pylori DNA has also been performed, and we have obtained 100% of concordance. The typing methods of the products obtained by nested PCR and PCR show a functional scheme and of great reproduction for epidemiologic studies and of H. pylori strains characterization / Mestrado / Mestre em Farmacologia

The transportation sector is considered one of the major contributors to greenhouse gas (GHG) emissions in metropolitan areas, and any efforts to reduce these emissions requires strategic management of multiple transportation modes. This paper presents a method to identify opportunities to reduce GHG emissions by expanding commuter bus services and incentives to shift commuters from private cars to transit. The approach uses a nested multinomial logit model for mode choice in a region that includes driving alone, carpooling, walking, cycling, and using four possible transit modes (ferry, commuter rail, rapid transit and bus) by walk access or driving access. A model of existing conditions was calibrated with data from the Boston metropolitan area. Using an emission factor model based on average speeds from the California Air Resources Board (CARB), the net effect of new commuter bus service on GHG emissions from transportation was estimated. Potential GHG reductions are weighed against the capital and operating costs of new transit services to quantify the cost-effectiveness of a new commuter bus service for isolated origin-destination pairs. This modeling framework is used to optimize fares and bus frequency in order to identify the corridors with the most cost-effective potential for GHG reduction. Results are presented for the Boston region, demonstrating the feasibility of implementation and the potential magnitude of benefits for cost-effectively reducing GHG emissions associated with transportation. The method is general and can be applied in other cities around the world.