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Processamento de amostras fecais e desenvolvimento da tecnica de analises de imagens por computador, para o diagnostico das enteroparasitoses / Processing of samples feces and development of the technique of analyses of images for computer, for the diagnosis of the enteroparasitoses

Gomes, Jancarlo Ferreira, 1960- 29 August 2008 (has links)
Orientador: Alexandre Xavier Falcão / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-11T18:50:47Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Gomes_JancarloFerreira_D.pdf: 2024129 bytes, checksum: eeb77aec9d0bc9546a0141b794a17319 (MD5) Previous issue date: 2008 / Resumo: No presente trabalho, averiguamos sobre processamentos de amostra fecal, desenvolvimento e avaliação de um sistema de computador para análise de imagem parasitária. Observamos que a etapa de processamento de fezes consistiu a etapa crítica, mas, essencial para o fornecimento de estruturas parasitárias limpas, com reduzida quantidade de microimpurezas fecais, ao sistema de análise por computador. Algumas técnicas parasitológicas convencionais, utilizando ou não kits comerciais, foram estudadas, e a de TF-Test (Three Fecal Test) apresentou menor teor de microimpurezas no final de processamento fecal. Todavia, este teor de microimpurezas era ainda muito grande, sendo ainda inadequado para análise computacional. Modificações foram introduzidas à técnica de TF-Test, com coloração dos componentes do sedimento fecal, utilizando um corante desenvolvido à base de Lugol, e seguido por degradação alcalina de microimpurezas, com uma solução clarificadora, previamente padronizada. Assim, a técnica de TF-Test Modificada contribuiu para o fornecimento de parasitos com poucas microimpurezas. O desenho do protótipo do sistema computacional para a análise de imagens incorporou: a técnica de TFTest Modificada; um microscópio óptico adaptado a uma bomba sucção peristáltica para conduzir uma alíquota de suspensão fecal processada à uma lâmina ou câmara tubular, onde estruturas parasitárias ou não apareciam em imagem; uma câmera digital; um monitor de vídeo para regulagem e captura de imagens; e um computador. Um banco de imagens foi construído, após coletas de amostras fecais foram efetuadas previamente em 4 regiões diferentes (Campinas, Botucatu, Avaré e Piraju) do estado de São Paulo, onde as enteroparasitoses são prevalentes. Os procedimentos de biossegurança e controle de qualidade contribuíram para que a perda da amostra fecal fosse pequena, não ultrapassando de 8%. Foi obtido um total de 16 espécies parasitárias, constituídos de helmintos e protozoários, e estes proveram uma coleção de 1.126 imagens ao computador. Ademais, o banco de imagens foi formado por informações adquiridas de 5.626 componentes parasitários e não parasitários, assim como, de dados sobre suas características de forma, textura e cor. A análise computacional baseou-se em um sistema de pipeline de técnicas de processamento de imagens, incluindo o uso de uma técnica denominada de Image-Foresting Transform (IFT). O pipeline consistiu em técnicas de segmentação de imagens para separar estruturas parasitárias e impurezas do fundo das imagens; em técnicas de extração para codificar características da forma, da cor e da textura dos parasitos; e em técnicas de reconhecimento e delineamento de imagens, visando distinguir parasitos de microimpurezas, de acordo com suas características próprias. A técnica de análise de imagens por computador (CIA) foi avaliada em comparação com a técnica de TF-Test Modificada de microscopia óptica, demonstrando alta sensibilidade de 95,3%, especificidade de 96,4%, e eficiência de 96,2 %. O conceito de concordância observada entre as duas técnicas estudadas foi de Quase Perfeito, em virtude do índice kapa (k) ter sido elevado, de 0,88. Esta técnica demonstrou ser altamente reprodutível, quando se ensaiaram em 10 diferentes ocasiões. Os achados deste trabalho apresentam perspectivas para industrialização do protótipo aqui desenvolvido, causando impacto na área de Saúde Pública, pois, no exame de fezes para população, há uma forte demanda de um sistema de automatização para detecção de enteroparasitos / Abstract: In the present study, we investigated on fecal sample processings, development and evaluation of a computer system for parasite image analysis. We observed that the fecal processing step was critical, but, essential for providing clean parasite structures, with reduced amount of fecal microdebris, to the system of computer analysis. Several conventional parasitologic techniques, using or not commercial kit, were studied, and TF-Test (Three Fecal Test) showed lower rate of microdebris at the end of fecal processing. However, this microdebris rate was still great, being unsuitable for computer analysis. The TF-Test technique was modified by staining the fecal sediment components, with a Lugol-based stain, followed by an alkaline degradation of fecal microdebris, using a clarifyer solution. So, the modified TF-Test technique became capable to supply parasite structure with little fecal microdebris. The prototype design of the computer system for the image analysis incorporated: the modified TF-Test technique; a optical microscope coupled to a peristaltic suction pump for leading an aliquot of processed fecal suspension to the tubular slide or chamber, where the parasite structures or microdebris appeared in tridimensional images; a digital camera; a video monitor to calibrate and capture images; and a computer. An image database was formed, after collecting fecal samples from prevalent regions (Campinas, Botucatu, Avaré and Piraju) of the State of São Paulo for enteroparasitosis. The total fecal sample loss was low, being less than 8%, since biosecurity and laboratory quality control protocols were frequently checked. A total of 16 parasite species were identified, consisting of helminths and protozoans, which provided a collection of 1.126 parasite images to the computer. Moreover, the image database was formed by information acquired from 5.626 parasite and nonparasite components, in addition to data on their shape characteristics, texture and color. The computational analysis was based on a pipeline of image processing techniques, including the use of a technique known as Image-Foresting Transform (IFT). The pipeline consisted of: a technique for image segmentation, in order to separate parasites and microdebris from background image; a technique for feature extraction to encode shape, color and texture characteristics of parasites; and techniques for pattern recognition and delineation, permitting to distinguish parasites from microdebris, according to their own features. The technique of computer image analysis (CIA) was evaluated in comparison with the optical microscope technique, named modified TF-Test, demonstrating a high sensitivity of 95,3%, specificity of 96,4% and efficiency of 96.2%. The agreement between two techniques was ranked as Almost Perfect, since the kappa (k) index has been high as much as 0.88. This technique proved to be reproducible, in a study, in which the assay was repeated 10 times, in different occasions. Our findings present good perspectives for the industrial production of the here developed prototype, causing impact on the Public Health area, since, in the fecal examination of the population, there is a strong demand for an automated system of enteroparasite detections / Doutorado / Doutor em Parasitologia
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Reprodução e danos causados por Pratylenchus brachyurus (Nemata: Pratylenchidae) em cultivares de algodoeiro / not available

Alexandre Moura Cintra Goulart 05 November 1997 (has links)
Em ensaios de casa-de-vegetação, primeiramente foi avaliada a reprodução de Pratylenchus brachyurus em oito cultivares de algodoeiro, que foram: IAPAR 71-Paraná 3; IAC 20; CS 50; CNPA 717; IAC 87; CNPA-Precoce 2; IAC 21 e IAC 22.Posteriormente foram selecionadas duas cultivares para estudar a patogenicidade do nematóide, inoculando-se diferentes níveis de população inicial; 0 (testemunha); 333; 1000; 3000; 9000 e 27000 nematóides/planta. As avaliações foram com base nos números de nematóides extraídos do sistema radicular e do solo e nos fatores de reprodução. Nos estudos de patogenicidade foram coletados também os seguintes dados de crescimento das plantas; altura de planta, massa fresca de sistema radicular e massa seca de parte aérea. Entre as oito cultivares em que se avaliou a reprodução, foi possível identificar IAPAR 71-Paraná 3 e IAC 20 como as melhores hospedeiras do nematóide, nas quais a população final do nematóide foi significativamente maior que em IAC 22. Para os estudos de patogenicidade foram selecionadas as cultivares IAC 20 e IAC 22, que, entre as mais utilizadas comercialmente, permitiram a maior e a menor reprodução do nematóide, respectivamente. Ambas as cultivares tiveram o crescimento prejudicado pelo nematóide e as reduções de crescimento das plantas inoculadas em relação à testemunha foram mais acentuadas nos níveis mais altos de inóculo. A regressão linear foi significativa para massa fresca de sistema radicular da cultivar IAC 20 e para massa seca de parte aérea, de ambas as cultivares / not available
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Bactérias endofíticas envolvidas no controle de Meloidogyne incógnita em café / not available

Ana Claudia da Silva 20 December 2004 (has links)
No interior das plantas, existem bactérias e fungos que vivem em colonização assintomática, sendo denominados microrganismos endofíticos. Esses microrganismos podem ser utilizados no controle de fitonematóides. No presente trabalho, isolaram-se, pelo método de fragmentos do tecido vegetal, 161 bactérias endofíticas do sistema radicular de cafeeiros em três regiões do estado de São Paulo. Após análise morfológica das colônias isoladas, foram selecionadas 54 bactérias para serem avaliadas quanto ao potencial de controle biológico de fitonematóides, por meio de testes in vitro em que se verificou seu efeito sobre a mortalidade de juvenis de Meloidogyne incógnita. Dos isolados testados, vinte e três (TR1Ig, TR5IIId, TR9IIIc, TRlIId, TR3IIb, TR1IIe, TRlId, TR5Ia2, TR5Id, TR4IIa, TR7IIb, TR8IIc, TR8IIId, TR3a, TR7IIIa, TR7IIIb, TR8IIIb, TR8IIIa, TR9IE, TR9IIIE, TR9IIIb3, TRIOlb, TR9IIc) provocaram maior porcentagem de morte dos nematóides, quando comparado com a testemunha sem bactéria. Portanto, os isolados de bactérias endofíticas testados demonstraram potencial para controle biológico do nematóide. / not available
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Biodiversidade dos metazoários parasitos das espécies dominantes de peixes Siluriformes do rio Batalha, médio rio Tietê, São Paulo, Brasil

Pelegrini, Larissa Sbeghen January 2018 (has links)
Orientador: Vanessa Doro Abdallah / Resumo: No presente estudo é apresentada uma análise da diversidade de parasitos presentes em peixes da ordem Siluriformes, coletados durante os anos de 2014 a 2016 no rio Batalha, pertencente à bacia hidrográfica do Tietê-Batalha (BH-TB), localizada na Região Centro-Oeste do Estado de São Paulo. Os parasitos de organismos aquáticos, particularmente os de peixes, são subestimados quanto à sua importância no impacto das populações hospedeiras. Tem-se observado um aumento nas pesquisas com esta temática, com estudos mais aprofundados envolvendo a dinâmica populacional destes organismos ao longo do tempo-espaço em hospedeiros em seu ambiente natural, ampliando assim o conhecimento sobre as estratégias de adaptação nas relações parasito-hospedeiro-ambiente. Em regiões impactadas, como é o caso da maioria dos corpos d’água do Estado de São Paulo, e dependendo do tipo de alteração ambiental em seus arredores, toda a cadeia trófica dos organismos aquáticos será influenciada por tais mudanças, e os parasitos responderão mais rapidamente do que os seus hospedeiros a estas alterações. A diversidade de organismos aquáticos no rio Batalha ainda é pouco conhecida com estudos restritos na região, e os peixes da ordem Siluriformes se destacam tanto em riqueza de espécies quanto em abundância, cuja importância se dá nas práticas desportivas, na alimentação local e, principalmente, com finalidade ornamental. São organismos amplamente diversificados e complexos, distribuídos em vários tipos de ambient... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The present study analyzes the parasites diversity present in fish species of the order Siluriformes, collected during the years 2014 to 2016 in the Batalha River, Tietê-Batalha river basin (BH-TB), in the Central-West Region of the State of São Paulo. Parasites of aquatic organisms, particularly those parasitizing fish, are underestimated as to their importance in the impact of host populations. The studies on this theme has grown over time, with more in-depth studies involving the population dynamics of these organisms over time-space in hosts in their natural environment, thus increasing knowledge on adaptation strategies in parasite-host-environment relationship. In degraded regions, as is the case with most water bodies in the State of São Paulo, and depending on the type of environmental change in their surroundings, the entire trophic chain of aquatic organisms will be influenced by such changes, and the parasites will respond more than your hosts to these changes. The diversity of aquatic organisms in the Batalha River is still little known with restricted studies in the region, and the Siluriformes species stand out both in species richness and in abundance, whose importance is given in sports, local feeding and ornamental purpose. They are widely diversified and complex organisms, distributed in several types of environment, with preference for cloudy water, between rocks and vegetation of the bottom of the rivers, with predominantly nocturnal habits, mainly in trop... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor
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Frequência e diversidade de enteroparasitos veiculados por hortaliças comercializadas na cidade de Belém-PA e sua relação com a sazonalidade climática

BORGES, Samuel da Luz January 2010 (has links)
Submitted by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br) on 2013-05-20T22:23:10Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_FrequenciaDiversidadeEnteroparasitos.pdf: 3267006 bytes, checksum: e213cf0fbc13466144d44ca18df1d57b (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Rosa Silva(arosa@ufpa.br) on 2013-05-22T14:50:53Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_FrequenciaDiversidadeEnteroparasitos.pdf: 3267006 bytes, checksum: e213cf0fbc13466144d44ca18df1d57b (MD5) / Made available in DSpace on 2013-05-22T14:50:53Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_FrequenciaDiversidadeEnteroparasitos.pdf: 3267006 bytes, checksum: e213cf0fbc13466144d44ca18df1d57b (MD5) Previous issue date: 2010 / Os enteroparasitas constituem-se em importante problema de saúde para a população humana no mundo inteiro. O consumo de hortaliças é uma das grandes vias de transmissão desses patógenos. Este trabalho buscou determinar a frequência e a diversidade de enteroparasitos veiculados por hortaliças comercializadas, na região metropolitana de Belém-PA, e sua relação com a sazonalidade climática da região. Foram usadas 252 amostras de três espécies de hortaliças, sendo 84 de alface (Lactuca sativa- variedade crespa), 84 de agrião (Nasturtium officinale) e 84 de coentro (Coriandrum sativum) adquiridas em feiras, hortas e em um supermercado, no período de dezembro de 2008 a novembro de 2009. Cada amostra foi lavada com 500 ml de PBS, permitindo a sedimentação espontânea e posterior centrifugação dos 30 ml finais do sedimento. O sedimento final foi analisado à microscopia óptica comum. Os níveis de contaminação das três espécies de hortaliças foram obtidos pelas médias mensais de estruturas enteroparasitárias identificadas em cada uma delas, e pelo número total de parasitos identificados, nas amostras de cada feira, horta e supermercado. Aos resultados obtidos, na análise microscópica das amostras, foi aplicado o Teste do Quiquadrado e o Teste Exato de Fisher, para determinar a existência ou não de diferenças estatisticamente significativas entre esses resultados. Foi usado o nível de significância ≤ 0,05. A análise microscópica revelou uma contaminação de 100% das amostras obtidas nas feiras, nas hortas e no supermercado incluídos na pesquisa, não havendo diferença estatística na frequência total de parasitos entre elas. O Strongyloides stercoralis foi o parasito mais prevalente, seguido pelo complexo Entamoeba histolytica/dispar e pelos ancilostomídeos, tanto nas amostras das hortas, quanto nas amostras das feiras e do supermercado. O agrião e a alface apresentaram maior índice de contaminação parasitária que o coentro. Foi caracterizada a influência sazonal sobre a intensidade de parasitos nas hortaliças pesquisadas, pois houve diferença estatística entre os resultados obtidos com uma prevalência maior de parasitos nas amostras de verão, em relação as amostras de inverno. Não houve diferença estatisticamente significativa entre as médias mensais de contaminação das hortaliças comercializadas nas feiras, nas hortas e no supermercado, indicando que, as condições de higiene sob as quais são comercializadas as hortaliças, apesar de importantes para manter suas características organolépticas, tem menor influência sobre os níveis de contaminação parasitária, que parece estar mais associada ao local e condições de cultivo desses vegetais. Esses dados permitem um bom grau de comparação para futuros trabalhos. / The intestinal parasites are an important healthy problem to human population worldwide. The consumption of vegetables is one of the major routes of transmission of this pathogens. This study aimed to determine the frequency and diversity of intestinal parasites transmitted by vegetables sold in the metropolitan region of Belém-PA and its relation to the seasonal climate of the region. It was used 252 samples of three species of vegetables, of which 84 were of lettuce (Lactuca sativacurly variety), 84 were watercress (Nasturtium officinale) and 84 were coriander (Coriandrum sativum) purchased in open markets, gardens and in a supermarket, from November of 2008 to December of 2009. Each samples was washed with 500ml of PBS, permitting the spontaneous sedimentation and centrifuging 30 ml of the final sediment. The final sediment was analyzed in an optical microscope. The levels of contamination of the three species of vegetables were obtained by the monthly average of intestinal parasite structures identified in each vegetable and by the total number of parasites identified in the samples of each open market, garden and supermarket. In the results obtained in the microscopic analysis of samples were applied the Chi-square and Fisher's Exact Test to determine the existence or not of significant differences between these results. It was used the significance level α ≤ 0.05. This microscopic analysis showed a contamination of 100% of the samples at open markets, gardens and supermarket included in the study, there isn’t statistical difference in overall frequency of parasites among them. Strongyloides stercoralis was the most prevalent parasite, followed by complex Entamoeba histolytic / dispar and the hookworms, both in samples from the gardens, as in samples of the open markets and the supermarket. The cress and lettuce had higher rates of parasitic contamination that coriander. It had been characterized seasonal influence on the intensity of parasites in vegetables investigated because there was statistical difference between the results obtained with a higher prevalence of parasites in samples of summer, for the samples of winter. There wasn’t also statistically significant difference between the monthly averages of contamination of vegetables sold in open markets, gardens and supermarket, indicating that the hygienic conditions under which the vegetables are sold, although important to keep their flavors, have less influence on levels of parasitic contamination, which seems to be associated with the place and growing conditions these plants. These datas permit a good level of comparison to future studies.
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Aspectos microbiológicos e epidemiológicos da doença diarréica aguda no município de Juruti, Pará

SOUSA, Eveline Bezerra 20 December 2010 (has links)
Submitted by Cleide Dantas (cleidedantas@ufpa.br) on 2014-02-07T15:07:55Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_AspectosMicrobiologicosEpidemiologicos.PDF: 851018 bytes, checksum: f713aeec800e37b90f99491580013653 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-02-07T15:07:55Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_AspectosMicrobiologicosEpidemiologicos.PDF: 851018 bytes, checksum: f713aeec800e37b90f99491580013653 (MD5) Previous issue date: 2010 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / O presente estudo descreveu os aspectos epidemiológicos e etiológicos da diarréia aguda no município de Juruti, Pará, Brasil. Foram avaliadas 261 amostras de fezes (170 diarréicas e 91 controles) de pacientes atendidos em Unidades de Saúde Pública, no período de fevereiro a julho de 2009. Para o isolamento de bactérias enteropatogênicas, utilizou-se meios seletivos indicadores e de enriquecimento. A caracterização bioquímica foi realizada utilizando os Sistemas API-20E e a sorologia, através de antisoros polivalentes e monovalentes. Para a detecção das categorias de E. coli diarreiogênicas foram executados dois ensaios de PCR multiplex. A pesquisa de Campylobacter jejuni e Campylobacter coli e Rotavírus foi executada através da técnica de ELISA, nas amostras de fezes. No exame parasitológico foram utilizados os métodos diretos (salina/Lugol) e sedimentação espontânea. Das 154 amostras positivas (118 diarréicas e 36 controles), 75,4% eram de infecções únicas e 24,6% de infecções mistas. A maioria dos casos incluiu crianças menores de 10 anos de idade (55,9%), sem diferença significante entre os sexos feminino e masculino. Os enteropatógenos mais frequentes no grupo diarréico foram E. histolytica/E. dispar (26%), Shigella spp (15,7%), G. lamblia (13,3%) e E. coli diarreiogênicas (12,8%), com Shigella spp associada à diarréia aguda (p = 0,0028). Quanto às categorias patogênicas de E. coli, a ETEC (7,2%) foi o tipo mais frequente nos casos de diarréia aguda, seguido de EAEC (5,9%). Os agentes menos frequentes nos casos diarréicos foram representados por C. jejuni/C. coli (4,7%), Rotavírus (2,8%), Salmonella Panama, A. hydrophila e A. sóbria (0,5%). Os resultados encontrados fornecem subsídios importantes para a vigilância epidemiológica e ambiental da doença diarréica aguda, no município de Juruti. / The presente study described the epidemiological and etiological aspects of acute diarrhea in Juruti, Pará, Brazil. A total of 261 fecal samples were investigated (diarrheagenic, n = 170 and control, n = 91), from patients attended in Public Health Units in the period from February to July 2009. Samples were investigated for bacterial, Rotavírus and parasitic enteropathogens using microscopic examination, immunological tests (ELISA) and bacterial culture techniques. Two multiplex PCR were designed for the detection of all categories of diarrheagenic Escherichia coli. A total of 154 samples were positive (diarrheagenic, n = 118 and control, n = 36), in which 75,4% were represented for mono infections and 24,6% for mixed infections. Most of cases included children less than 10 years of age (55,9%), which no significant difference were found between female and male. The most common enteropathogens in diarrhoeal samples were E. histolytica/E. dispar (26%), Shigella spp (15,7%), Giardia lamblia (13,3%) and diarrheagenic E. coli (12,8%), from which Shigella spp (p = 0,0028) were shown to be associated to the cases of acute diarrhea. The most frequent categories of E. coli in diarrhoeal cases were ETEC (7,2%) and EAEC (5,9%). The less frequent enteropathogens, in diarrhoeal samples were Campylobacter jejuni/coli (4,7%), Rotavírus (2,8%), Salmonella Panama, A. hydrophila and A. sóbria (0,5%). These results are useful for environmental and epidemiological surveillance of acute diarrhea disease in Juruti.
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Caracterização morfológica e molecular de espécies do gênero Synthesium (Digenea Brachycladiidae) em odontocetos (Cetacea) /

Ebert, Mariana Bertholdi January 2017 (has links)
Orientador: Reinaldo José Silva / Resumo: Trematódeos do gênero Synthesium infectam o intestino de diversas famílias de odontocetos em todo o mundo. No entanto, a identificação e o status taxonômico de Synthesium ainda são confusos e, principalmente, baseados em análises morfológicas. As informações genéticas ainda são excassas. O presente estudo teve como objetivo investigar a diversidade de parasitos intestinais do gênero Synthesium colhidos de diferentes odontocetos, através de comparações morfológicas e moleculares. Foram estudados parasitos de golfinhos encontrados mortos em praias ou acidentalmente capturados em redes de pesca de diferentes regiões. Durante a necropsia, o intestino delgado foi removido e armazenado a -20°C. Posteriormente, os intestinos foram abertos, lavados em água corrente sobre peneira de 150 μm e o conteúdo examinado sob estereomicroscópio. Os trematódeos encontrados foram fixados e preservados em etanol 70% para análises morfológicas e moleculares. Os trematódeos foram preparados em lâminas temporárias e as análises morfométricas diagnósticas foram feitas em um sistema computadorizado para análise de imagens. O DNA genômico dos trematódeos foi extraído e amplificado utilizando-se primers com alvo no DNA ribossomal (menor subunidade do DNA ribossomal - gene SSU - e região intergênica - ITS1) e DNA mitocondrial (nicotinamida dinucleotídeo dehidrogenase subunidade 3 - gene ND3 - e citocromo c oxidase subunidade I - gene COI). Os resultados morfológicos e moleculares apontam a existência de p... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Mestre
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Estudos para o desenvolvimento de metodologia da produção in vivo do fungo Neozygites floridana Weiser e Muma para controle do ácaro Tetrancychus urticae Koch / Studies for the methodology development of in vivo production of the fungus Neozygites floridana Weiser and Muma to control the mite Tetranychus urticae Koch

Castro, Thiago Rodrigues de 09 September 2011 (has links)
Uma das principais espécies de ácaro praga é o ácaro rajado, Tetranychus urticae. Um dos inimigos naturais mais importantes deste ácaro é o patógeno Neozygites floridana. Para viabilizar o uso deste patógeno através de liberações inoculativas, ainda são necessárias informações básicas para subsidiar o desenvolvimento de uma metodologia de produção em escala e para liberações do fungo em campo. Para tanto, foi determinado em laboratório, a exigência de umidade e temperatura para a esporulação do fungo, colocando-se ácaros mumificados em folhas de feijão-de-porco. A 80 e 85% de umidade, em nenhuma das temperaturas (13, 17, 21 e 25°C) ocorreu esporulação. O fungo esporulou pouco a 90% UR em todas as temperaturas. As melhores condições para formação de capiloconídios foram a 95% e 100% UR a 21°C e 25°C. Ácaros mumificados foram colocados para esporular em feijão-de-porco em telados em diferentes épocas do ano e a temperatura e umidade monitorada. Notou-se que acima de 13°C o fungo conseguiu produzir um número considerável de conídios primários (>130) mesmo a 90% UR. Entretanto, nesta UR somente a 25°C a produção de capiloconídios foi significativa (>389). Determinou-se o efeito da exposição de duas intensidades luminosas (2.960 Lux e 15.392 Lux), três fotoperíodos (24h de luz, 12:12h(L:E) e 24h de escuro) e duas temperaturas (18°C e 23°C), na produção de conídios primários e de capiloconídios de isolados da Noruega e do Brasil. Ácaros mumificados foram expostos aos diferentes tratamentos em BOD. Não foram encontradas diferenças entre os dois isolados nas duas temperaturas testadas. Os resultados para o fotoperíodo de 12:12h(L:E) foram similares aos encontrados para 24h de escuro. A inibição da luz na formação de capiloconídios foi maior no isolado Norueguês. Baixa intensidade de luz por 24h teve efeito moderado na esporulação dos dois isolados, mas inibiu fortemente a formação de capiloconídios no isolado Norueguês. Foram realizados estudos para avaliar o efeito de agrotóxicos utilizados na produção de morango no Brasil e na Noruega sobre a esporulação e produção de capiloconídios de N. floridana em laboratório. Os resultados revelaram que Tebuconazol, Fenpropatrina na concentração recomendada e Abamectina na metade da concentração recomendada, foram os menos agressivos a N. floridana. Foram também realizadas tentativas de produção em escala deste fungo. Através de inoculações experimentais em telado foi possível induzir epizootias em populações de T. urticae em plantas de feijão de porco em vasos nos telados. Liberações de quatro ácaros mumificados por vaso foi a forma mais prática de inoculação. Maiores quantidades de ácaros mumificados foram produzidos quando as condições climáticas foram caracterizadas por alta UR e 20°C, sendo que durante o inverno a produção não foi eficiente. O uso de lâmpadas e ventiladores durante o período noturno ao final da epizootia, foi eficiente em inibir a esporulação e garantir a qualidade dos ácaros mumificados para o armazenamento. Embora tenha sido possível produzir um grande número de ácaros mumificados, vários estudos ainda são necessários para desenvolver uma metodologia de produção em escala para que seja economicamente viável a sua utilização em campo. / One of the main pest mite species is the Twospotted Spider Mite, Tetranychus urticae. The most important natural enemy of this mite is the pathogen Neozygites floridana. To enabling the use of this pathogen through inoculative releases, basic information is still needed to support the large scale methodology development for fungus production and release in the field. It was determined in the laboratory, the humidity and temperature requirements for fungus sporulation, by placing mummified mites on Jack-bean leaves. There was no sporulation at any of the temperatures tested (13, 17, 21 and 25°C) at 80% and 85% RH. The fungus had low sporulation at 90% RH at all temperatures. The best conditions for the capilloconidia development were 95% and 100%RH at 21°C and 25°C. Mummified mites were placed to sporulate in Jack-bean plants inside screenhouses at different times of year and temperature and humidity were monitored. It was noted that above 13°C the fungus can produce a considerable number of primary conidia (> 130) even at 90%RH. However, only at 90%RH and 25°C the capilloconidia production is significant (> 389). It was determined the effect of exposure of two light intensities (2.960 Lux and 15.392 Lux), three photoperiods (24h of light, 12:12h(L:D) and 24h of darkness) and two temperatures (18°C and 23°C), on the production of primary conidia and capilloconidia of N. floridana isolates from Norway and Brazil. Fungus-killed cadavers by each of the isolates were exposed to different treatments in BOD. No differences were found between the two isolates in the two temperatures tested. The results for the 12:12h(L:D) were similar to those found for 24h of darkness. Light inhibition of capilloconidia formation was greater on Norwegian isolate. Low light intensity for 24h had a mild effect on sporulation of the two isolates, but strongly inhibited the formation of capilloconidia of the Norwegian isolate. Studies were carried out to evaluate the effect of pesticides used in production of strawberries in both countries on sporulation and capilloconidia production of N. floridana in the laboratory. The results showed that Tebuconazole and Fenpropatrin in the recommended concentration and Abamectin in half of the recommended concentration were the less aggressive to N. floridana. Attempts to scale production of this fungus were also made. Through experimental inoculations it was possible to induce epizootics of the fungus in T. urticae populations on Jack-beans, planted in pots in screenhouses. The most convenient way for inoculation of the fungus was to release four mummified mites per pot. Larger quantities of mummified mites by N. floridana were produced when climatic conditions were characterized by high RH and 20°C, during the winter production was inefficient. The use of light and fans at night during the end of the epizootic phase, was effective in inhibiting the sporulation of the fungus and ensure the quality of mummified mites for storage. Although it was possible to produce a large number of mummified mites, several studies are still needed to develop an economically viable methodology for large scale production for field use.
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Uso da PCR para monitoramento das espécies de Biomphalaria e da taxa de infecção pelo Schistosoma mansoni em molusco na região do Sul de Minas Gerais

GOMES, Amanda Ribas 30 January 2015 (has links)
A esquistossomose é uma doença parasitária, crônica, debilitante e em alguns casos fatal, que afeta principalmente indivíduos em áreas rurais, sendo endêmica em países tropicais e subtropicais. Por volta de 779 milhões de pessoas residem em áreas endêmicas e estão expostas ao risco de infecção. Metade dos pacientes infectados é sintomático e menos de 20 milhões apresenta manifestações severas da doença. Possui como principais transmissores os caramujos pertencentes à família Planorbidae, que, compreende o gênero Biomphalaria, que abriga três espécies transmissoras de S. mansoni no Brasil: Biomphalaria glabrata, Biomphalaria tenagophila e Biomphalaria straminea. A identificação morfológica dos moluscos de água doce de importância médica é muito complexa pela grande variação intra-específica das características morfológicas, utilizadas para a identificação clássica. Para ultrapassar este problema, tem sido proposta a utilização de técnicas de biologia molecular como ferramentas adicionais para a identificação destes moluscos. Neste contexto, a PCR tem sido bem sucedida como método específico, sensível e de rápida detecção de patógenos em uma variedade de matrizes, tais como água, solo e alimentos. Portanto, o trabalho visou utilizar a biologia molecular através da PCR para auxiliar a identificação de moluscos transmissores da esquistossomose situados nas cidades do sul de Minas Gerais e pesquisa do parasita no caramujo. Estas cidades são consideradas áreas de risco devido à presença do hospedeiro intermediário e de portadores da doença vindos de outras regiões do estado ou do país. Através da técnica de PCR foi possível evidenciar a presença dos caramujos da espécie Biomphalaria tenagophila guaibenses na cidade de Arceburgo, dos quais dois deles apresentavam-se infectados, e Biomphalaria peregrina na cidade de Fama. A presença da infecção provavelmente deve-se a migração de indivíduos portadores da doença de áreas endêmicas para região estudada devido à oportunidade de emprego em plantações de cana-de-açúcar e café. O surgimento de novos vetores infectados leva a necessidade de um aumento no controle e vigilância da esquistossomose na região. / Schistosomiasis is a parasitic disease, chronic, debilitating and lethal in some cases. It is endemic in tropical and subtropical countries and affects individuals in rural areas. Around 779 million people live in endemic areas and are at risk of infection. Fifty percent of infected patients are symptomatic and less than 20 million have severe manifestations of the disease. Its main vectors snails belong to Planorbidae family, which includes genus Biomphalaria and comprises three species of Schistosoma mansoni vectors in Brazil: Biomphalaria glabrata, Biomphalaria tenagophila and B. straminea. Morphological identification of freshwater molluscs with medical importance is very complicated due the large intra-specific variations in morphological characteristics used in classical identification. In order to solve this problem, molecular biology techniques were used as additional tools for the identification of these molluscs. PCR has been successfully used as a specific, sensitive and rapid detection of pathogens in water, soil and food. Therefore, this study aimed to use PCR to confirm the identity and search for parasites in vectors of schistosomiasis in the cities of south Minas Gerais. These cities are considered risk areas due to the presence of both intermediate hosts and carriers of the disease coming from other regions of the state or country. PCR was able to demonstrate the presence of Biomphalaria tenagophila guaibenses snails in the city of Arceburgo, which presented two infected samples, and non-infected samples Biomphalaria peregrina snails in the city of Fama. The presence of infection probably occurs due to the migration of individuals, who come to work in sugarcane and coffee plantations, from endemic areas to the study area,. The occurrence of new infected vectors increases the necessity for control and surveillance of schistosomiasis in the region. / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES
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Reação de linhagens de feijão guandu [Cajanus cajan (l.) millspaugh] frente a Meloidogyne javanica, Pratylenchus zeae E Rotylenchulus reniformis (Nematoda: Tylenchoidea) / Host status of Brazilian pigeonpea lines [Cajanus cajan (L.) Millspaugh] to Meloidogyne javanica, Rotylenchulus reniformis and Pratylenchus zeae (Nematoda: Tylenchoidea)

Araujo Filho, Jeronimo Vieira de 30 January 2009 (has links)
O feijão guandu (Cajanus cajan) é um adubo verde que tem sido utilizado, com freqüência, em esquemas de rotação e sucessão de culturas no Brasil. Entretanto, as reações (resistência/ suscetibilidade) dos genótipos nacionais frente aos principais fitonematóides foram pouco estudadas até o momento. Objetivou-se, assim, caracterizar as reações de linhagens nacionais em relação a Meloidogyne javanica, Pratylenchus zeae e Rotylenchulus reniformis, sob condições de casa de vegetação. A definição da reação baseou-se em dados de fator de reprodução dos nematóides e nos números de nematóides por grama de raízes. Desenvolveram-se cinco experimentos no total, sendo três iniciais para a avaliação de 40 linhagens em relação a M. javanica (Pi = 1000 exemplares/recipiente com três plantas), nos quais pode ser verificada ampla variedade de reações, desde alta resistência a alta suscetibilidade, mas com prevalência de linhagens suscetíveis. Num quarto experimento, as 10 linhagens avaliadas frente a R. reniformis (Pi = 1500) foram consideradas suscetíveis, inclusive com valores de FR bem superiores aos determinados para o padrão de suscetibilidade. No quinto experimento, as 11 linhagens avaliadas frente a P. zeae (Pi = 400) foram consideradas resistentes. As recomendações de cultivo do feijão guandu em áreas de reforma de cana-de-açúcar e de produção de algodão sob plantio direto são brevemente discutidas. / Pigeonpea (Cajanus cajan) is a green manure often used in crop rotation in Brazil. Despite this, the host status of pigeonpea lines to major phytonematodes remains unknown. Thereby, this work dealt with the assessment of the host status of Brazilian lines to Meloidogyne javanica, Rotylenchulus reniformis and Pratylenchus zeae under greenhouse conditions. The reaction (resistant/susceptible) for each tested interaction was defined with basis on the data of nematode reproduction factor and nematode number per gram of roots. Three out five experiments were related to M. javanica (Pi=1000 nematodes/plot with three plants), including evaluation of 40 lines; the host reaction showed large variation, ranging from high resistance to high susceptibility, but susceptible lines prevailed. In a fourth experiment, all lines that were assessed (n=10) in relation to R. reniformis (Pi=1500 nematodes/plot) were rated as susceptible, with mean RF values much higher than the one determined for the susceptible control. In the fifth experiment, all lines that were assessed (n=11) in relation to P. zeae (400 nematodes/plot) were rated as resistant. Practical implications of crop rotation of pigeonpea with sugarcane or cotton in nematode-infested fields are briefly discussed.

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