Espécies de Brucella são causadoras da brucelose, uma das doenças zoonóticas mais difundidas em todo o mundo, que é causa aborto em animais domésticos e infecção potencialmente debilitante em humanos. Apesar da identificação de diferentes espécies dentro do gênero, baseada na diferença de hospedeiro e patogenicidade, o gênero tem sido descrito como geneticamente homogêneo. Técnicas moleculares têm sido empregadas com o intuito de diferenciar e tipificar estes microrganismos, sendo que a abordagem mais promissora visa a identificação de polimorfismos entre as espécies e biovares. O objetivo do trabalho foi analisar o perfil genético de diferentes cepas de B. abortus obtidos a partir da técnica de SE-AFLP a fim de determinar a sequência dos fragmentos obtidos e genes que poderiam estar presentes nos fragmentos selecionados e compará-las com bancos de genes e de proteínas de procariotos. Foram selecionados 19 fragmentos, que foram purificados, sequenciados e, as sequências obtidas, submetidas a diversas ferramentas de bioinformática visando sua caracterização e identificação. Nenhum dos fragmentos de nucleotídeos apresentou similaridade entre si e/ou com outra sequência já conhecida de outros microrganismos, inclusive com sequências conhecidas do gênero Brucella. Das 114 proteínas hipotéticas geradas pela tradução destas sequências genômicas 57% (65 sequências) apresentaram baixo grau de similaridade com proteínas descritas e disponíveis em BLASTp (proteínas não-redundantes e SwissProt), variando entre 29 e 43. Do total de proteínas similares 85% foram atribuídas e proteínas funcionais e 14% a proteínas hipotéticas. Essas novas sequências deverão ser utilizadas em outros trabalhos visando verificar sua abrangência e especificidade dentro das espécies e biovares de Brucella. / Brucella species are the cause of brucellosis, one of the most widespread zoonotic diseases around the world, which is cause abortion in domestic animals and potentially debilitating infection in humans. Despite the identification of different species within the genus, based on the difference of host and pathogenicity, the genre has been described as genetically homogeneous. Molecular techniques have been employed in order to differentiate and classify these organisms, and the most promising approach aims to identify polymorphisms between species and biovars. The objective of this study was to analyze the genetic profile of different strains of B. abortus obtained by the technique of SE-AFLP to determine the sequence of the fragments obtained and genes that may be present in the selected fragments and compare them to databases of genes and proteins in prokaryotes. We selected 19 fragments that were purified, sequenced and the sequences obtained, subject to several bioinformatics tools aiming at its characterization and identification. None of the fragments showed nucleotide similarity between themselves and / or other sequence already known from other organisms, including known sequences of the genus Brucella. Of the 114 hypothetical proteins generated by translation of genomic sequences 57% (65 sequences) showed low level of similarity to proteins described and available in blastp (protein non-redundant and SwissProt), ranging between 29 and 43. Of the proteins similar 85% were attributed to functional proteins and 14% to hypothetical proteins. These new sequences should be used in other studies to verify its completeness and specificity within the species and biovars of Brucella.

Submitted by Nuzia Santos (nuzia@cpqrr.fiocruz.br) on 2012-08-22T14:05:33Z No. of bitstreams: 1 Tese_Kelly Alves Bicalho.pdf: 6753401 bytes, checksum: b6563a50303d196054fe69f7c38308d6 (MD5) / Made available in DSpace on 2012-08-22T14:05:33Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Tese_Kelly Alves Bicalho.pdf: 6753401 bytes, checksum: b6563a50303d196054fe69f7c38308d6 (MD5) / Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisas René Rachou Fundação de Amparo à Pesquisa de Minas Gerais. Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / As condições sanitárias de 17 biotérios de instituições públicas de ensino e/ou pesquisa, produção de produtos farmacêuticos e controle de qualidade de imunobiológicos de diferentes regiões geográficas do Brasil e a ocorrência de parvovírus e de parasitos de roedores em colônias de camundongos e ratos foram avaliadas. Dados sobre barreiras sanitárias para evitar a transmissão de doenças e de programa de monitoramento de saúde animal foram obtidos através da aplicação de um questionário. Métodos sorológicos (IFI e IHA) e PCR foram utilizados para diagnóstico de parvovírus em 563 camundongos e 167 ratos. Métodos parasitológicos foram utilizados para o diagnóstico de ácaros, piolhos, helmintos e protozoários em 611 camundongos e 183 ratos. A maioria dos biotérios avaliados não possui instalações e barreiras sanitárias de proteção apropriadas para evitar a transmissão de infecções e infestações por patógenos. Maior positividade de infecção por parvovírus foi detectada pela técnica de PCR. Nas 563 amostras de camundongos a ocorrência de parvovírus por métodos sorológicos foi de 18,3% (MVM - 6,2%; MPV - 12,3%) e a positividade variou de 0,0% a 22,5% nas diferentes regiões geográficas; por PCR foi de: 49,2% (MVM - 12,3%; MPV - 43,5%) e a positividade variou de 16,7% a 100%. Ns 167 amostras de rato a ocorrência de parvovírus por métodos sorológicos foi de: 40,7% (H-1 - 1,8%; KRV - 3,0%; RPV-1/RMV-1 - 35,9%) e amostras positivas foram dectadas somente na região SE; por PCR foi de: 73,7% (H-1 - 0%; KRV - 6,0%; RMV-1 - 37,7%; RPV-1 - 54,5%) e a positividade vairou de 25,0% a 100,0%. MPV e RPV-1 foram os vírus mais freqüentes e detectados em todas as regiões avaliadas. Biotérios com menor número de barreiras sanitárias (Categoria C) apresentaram maior ocorrência de parvovírus. Análises de concordância demonstraram não haver concordância ou concordância fraca (K=0,036 a 0,514) entre os métodos sorológicos e a PCR para detecção de infecção por parvovírus. Na região SE, parvovírus foram detectados por PCR em biotérios dos Estados de São Paulo, Rio de Janeiro e Minas Gerais. Em nove instituições públicas do Estado de Minas Gerais foi observada elevada ocorrência de infecção por parvovírus (35% a 100%), sendo detectadas co-infecções por MVM e MPV em seis biotérios (75%) e por RPV e RMV em cinco biotérios (71,4%). Alta ocorrência de parasitas foi observada nos biotérios avaliados, sendo Shypacia spp., Spironucleus muris, Tritrichomonas muris, Trichomonas minuta e Entamoeba muris os mais frequentes nas colônias de camundongos e ratos. / The sanitary conditions of 17 animal facilities in public education / research, pharmaceutical production and quality control of immunobiological from different geographic regions of Brazil and the occurrence of of rodent parvoviruses and parasites in mouse and rat colonies were evaluated. Data on sanitary barriers to prevent transmission of diseases and health monitoring program were obtained through the application of a standardized questionnaire. Serological methods (IFA and IHA) and PCR were used for diagnosis of parvoviruses in 563 mice and 167 rats. Parasitological methods were used for diagnosis of mites, lice, helminthes and protozoa in 611 mice and 183 rats. Most of the animal facilities evaluated do not present appropriate protective barriers to prevent transmission of infections and infestations by pathogens. Greater number of positive rodent parvoviruses infection was detected by PCR. Of the 563 mice samples tested, the occurrence of parvoviruses using serology was 18.3% (MVM - 6.2%; MPV - 12.3%) and the positivity ranged from 0.0 to 22.5% in different geographic regions; by PCR was: 49.2% (MVM - 12.3%; MPV - 43.5%) and positivity ranged from 16.7 to 100.0%. Of the 167 rat samples tested, the occurrence of rat parvoviruses by serological methods was: 40.7% (H-1 - 1.8%; KRV - 3.0%; RPV-1/RMV-1 - 35.9%) and positive samples were detected only in the Southeast region (51.5%); by PCR was: 73.7% (H-1 - 0%; KRV - 6.0%; RMV-1 - 37.7%; RPV-1 - 54.5%) and positivity ranged from 25.0 to 100.0%. MPV and RPV-1 viruses were detected more frequently and in all regions evaluated. Animal facilities with fewer sanitary barriers (Category C) had increased occurrence of parvoviruses. Analysis of agreement showed no correlation or weak correlation (K = 0.036 to 0.514) between PCR and serological methods for detection of rodent parvoviruses infection. In the SE region, parvoviruses were detected by PCR in animal facilities in the State of São Paulo, Rio de Janeiro and Minas Gerais. In nine public institutions of the State of Minas Gerais was observed high occurrence of parvoviruses infection (35% to 100%) being detected co-infections with MVM and MPV in six animal facilities (75 %) and with RPV and RMV in five animal facilities (71.4%). High occurrence of parasites was observed in the animal facilities evaluated, and Shypacia spp. Spironucleus muris, Tritrichomonas muris, Trichomonas minuta and Entamoeba muris were the most frequent in the mouse and rat colonies.

Made available in DSpace on 2014-08-11T12:37:22Z (GMT). No. of bitstreams: 4 license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) danielly_sequeira_ipec_mest_2012.pdf: 2424681 bytes, checksum: ed24d6708879c54afddd527d203840cd (MD5) danielly_sequeira_ipec_mest_2012.pdf.txt: 173996 bytes, checksum: ecd8de971059c558c0dce338c325180f (MD5) danielly_sequeira_ipec_mest_2012.pdf.jpg: 1397 bytes, checksum: c17355da56b89d0e6c266d9afe07e708 (MD5) Previous issue date: 2014-05-06 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Nacional de Infectologia Evandro Chagas. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Paecilomyces lilacinus é um fungo filamentoso, hialino, assexuado e agente causal da hialohifomicose. Esse fungo é considerado um patógeno emergente e oportunista capaz de infectar crianças, adultos imunossuprimidos, como também imunocompetentes. O presente trabalho objetivou estudar a resposta à infecção, in vivo, de camundongos C57BL/6, imunocompetentes e imunossuprimidos, frente a P. lilacinus. Dois isolados de origem humana do fungo foram avaliados quanto à virulência, tendo como critérios, sinais clínicos, sobrevivência, índice esplênico, lesões histológicas nos animais e reisolamento de células fúngicas viáveis do baço. Além disso, o perfil imunológico dos animais foi feito através da quantificação de células T CD4+ e CD8+ esplênicas, seus perfis de marcadores de ativação e memória em linfócitos T (CD25, CD69 e CD62L), e da avaliação de anticorpos no plasma contra epítopos de P. lilacinus Os resultados demonstraram que ambos os isolados fúngicos apresentaram características morfológicas compatíveis com a espécie e foram capazes de infectar os animais do grupo dos imunocompetentes e provocar a doença, com manifestações clínicas, no modelo imunossuprimido. Um dos isolados, proveniente de lesão cutânea, foi considerado mais virulento, pelos critérios avaliados, que o isolado proveniente de lesão subcutânea na região da tíbia. A avaliação imunológica mostrou diferenças na cinética de expressão de moléculas de ativação pelos linfócitos CD4+ e CD8+ dos animais inoculados com os dois isolados, sendo mais recente para o isolado da região tibial, e tardia para o isolado de pele Foi possível também verificar que esse padrão se mantinha nos animais imunossuprimidos, mas com um grau de ativação aparentemente mais elevado do que nas células obtidas dos animais imunocompetentes. Com relação a avaliação da produção de anticorpos específicos contra o fungo, nossos dados sugerem que a imunossupressão não exerceu influência na resposta humoral, visto que ambos os grupos de animais, imunocompetentes e imunossuprimidos, inoculados com o fungo foram capazes de produzir anticorpos IgG específicos anti-P. lilacinus / Paecilomyces lilacinus is a filamentous, hyaline, asexual fungus and causal agent of hyalohyphomycosis. This fungus is considered an emergent and opportunist ic pathogen , to be able to infect child ren and adults i mmunosuppressed, as well as immunocompetent ones . This study investigated the response to infection, in vivo , of the immunocompetent and i mmunosuppressed C57BL/6 mice inoculated with P. lilacinus . Two strains fro m human lesions were evaluated regarding virulence using the following criteria: clinical signs, survival, splenic index, histopathological lesions and the number of viable fungal cells recovered from spleen. Besides, the immunological profile of the mice was done by quantification of CD4+ and CD8+ on splenocytes and their profiles of activation markers on T lymphocytes (CD25 and CD69), as well as memory markers (CD62L), and evaluation of antibodies in plasma against P. lilacinus epitopes . The results demon strated that both strains showed morphological features compatible with the species and were able to infect the immunocompetent group of animals and cause disease, with clinical manifestations, in the immuno supressed model. One of the strains from skin les ions was considered to be more virulent than the strain from subcutaneous lesion of the tibia area . The immunological evaluation showed differences in the activation molecules expression in CD4+ and CD8+ T cells obtained from animals infected with each fu ngal strain. Activation happened earl ier in cells from the tibia strain infected animals, when compared to those obtained from animals infected with the skin isolated strain. We were also able to observe the same pattern of expression in cells obtained f rom Immunosuppressed infected animals, although the degree of activation seem to be much higher than those observed in the immunocompetent mice. It was also possible to suggest that the immunosuppression did not interfere in the humoral immune response, s ince both groups of the animals, immunocompetent and immunosuppressed, inoculated with the fungus were able to produce specific IgG anti - P. lilacinus antibodies .

Submitted by Nuzia Santos (nuzia@cpqrr.fiocruz.br) on 2015-04-10T14:17:29Z No. of bitstreams: 1 Tese_MiriamNogueiraBarbosa.pdf: 4081639 bytes, checksum: 6948e224189055ff20882287acf132c7 (MD5) / Approved for entry into archive by Nuzia Santos (nuzia@cpqrr.fiocruz.br) on 2015-04-10T14:18:11Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Tese_MiriamNogueiraBarbosa.pdf: 4081639 bytes, checksum: 6948e224189055ff20882287acf132c7 (MD5) / Approved for entry into archive by Nuzia Santos (nuzia@cpqrr.fiocruz.br) on 2015-04-10T14:18:51Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Tese_MiriamNogueiraBarbosa.pdf: 4081639 bytes, checksum: 6948e224189055ff20882287acf132c7 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-04-10T14:18:51Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Tese_MiriamNogueiraBarbosa.pdf: 4081639 bytes, checksum: 6948e224189055ff20882287acf132c7 (MD5) Previous issue date: 2014 / Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisa René Rachou. Belo Horizonte, MG, Brasil / O estudo, desenvolvido no período de 2010 a 2012, visou implantar e avaliar uma estratégia de organização de serviços de saúde para prevenção e controle da leishmaniose visceral (LV) no Município de Ribeirão das Neves - MG. A estratégia teve como eixo norteador a integração dos serviços de assistência, controle de zoonoses e epidemiologia, por meio da criação de uma equipe de coordenação (EC) e teve o técnico de enfermagem (TE) como um elo importante do trabalho. A EC participou do processo de implantação e avaliação da estratégia, que consistiu em: análise de contexto organizacional; reorganização da assistência aos casos da doença com definição de portas de entrada e divulgação de fluxogramas; reorganização da vigilância com definição de fluxos, análise e divulgação de dados; formação por meio de oficina de um TE por serviço de saúde para atuar como referência da prevenção e controle da doença; intervenção na comunidade por meio de quatro visitas domiciliares realizadas por agentes de saúde, que constaram em aplicação de questionário sobre a LV aos responsáveis pelos domicílios, inspeção sanitária e diálogo a respeito da doença com o morador. A análise dos questionários e dos dados da inspeção sanitária foi realizada entre a primeira e última visita. Foi realizado estudo qualitativo para contribuir na compreensão da influência dos fatores de contexto na implantação da estratégia. Avaliou-se o grau de implantação da estratégia nas dimensões de estrutura e processo. Os dados foram coletados a partir da aplicação de questionários a médicos, enfermeiros, agentes de saúde e TE; grupos focais; análise de banco de dados, entre outros. Observou-se que o sistema de saúde apresentava ausência de fluxos, de protocolos, de apoio diagnóstico e equipes de saúde incompletas. Foi observado baixo conhecimento da população sobre a doença e falta de sistematização de atividades de prevenção na rotina de trabalho dos agentes de saúde. No período de estudo, houve aumento significativo de notificações de casos de LV e redução do intervalo entre a notificação do caso e início do tratamento. Na intervenção na comunidade, observou-se aumento significativo do percentual de acerto dos moradores nos questionários e melhoria da condição sanitária. O grau de implantação da estratégia mostrou-se adequado em relação à estrutura física, atuação da EC, planejamento, formação dos TEs e intervenção na comunidade, mas foi considerado crítico em relação a recursos humanos, cujos efeitos repercutem diretamente na qualidade da atenção à saúde. / The study, conducted during the period of 2010-2012, aimed to implement and evaluate a strategy of health services organizations for prevention and control of visceral leishmaniasis (VL) in Ribeirão das Neves - MG. The strategy had as a guideline the integration of care services, zoonosis control and Epidemiology through the creation of a coordination team (CT) and had the practical nurse (PN) as an important work link. The CT took part in the implementation process and evaluation of the strategy which consisted of: analyzing the organizational context; reorganization of assistance to cases of disease with gateways definition and divulgation of flow diagrams; reorganization of the surveillance with flow definition, analysis and divulgation of data; training through a PN by health service to act as a reference of prevention and control of disease; community intervention through four home visits by health workers, which were included a questionnaire about the VL to the heads of householders, sanitary inspection and dialogue about the disease with the resident. The analysis of the questionnaires and the health inspection data was carried out between the first and last visit. Qualitative study was conducted to contribute to the understanding the influence of context factors in the implantation. It was evaluated the degree of strategy implementation in the dimensions of structure and process with data collected from questionnaires to doctors, nurses, health workers and PN; focus groups, analysis of the database, among others. It was observed low knowledge of the population about the disease and lack of systematic prevention activities in the routine work of health workers. During the study period there was a significant increase of reported cases of VL and gap reduction between the case notification and treatment. In the community intervention there was a significant increase in the percentage of correct answers in the questionnaires of residents and improvement of sanitary condition. The degree of implementation of the strategy proved to be adequate in relation to the physical structure, CT actuation, planning, training of PNs and intervention in the community, but was considered critical in relation to human resources which the effects affects directly in the quality of health care.

Submitted by Nuzia Santos (nuzia@cpqrr.fiocruz.br) on 2015-04-16T17:01:19Z No. of bitstreams: 1 Tese_ClaudiaMaríaRíosVelásquez.pdf: 10298436 bytes, checksum: a818292b9ed3715f2201a29b38afb273 (MD5) / Approved for entry into archive by Nuzia Santos (nuzia@cpqrr.fiocruz.br) on 2015-04-16T17:01:33Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Tese_ClaudiaMaríaRíosVelásquez.pdf: 10298436 bytes, checksum: a818292b9ed3715f2201a29b38afb273 (MD5) / Approved for entry into archive by Nuzia Santos (nuzia@cpqrr.fiocruz.br) on 2015-04-16T17:01:41Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Tese_ClaudiaMaríaRíosVelásquez.pdf: 10298436 bytes, checksum: a818292b9ed3715f2201a29b38afb273 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-04-16T17:01:41Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Tese_ClaudiaMaríaRíosVelásquez.pdf: 10298436 bytes, checksum: a818292b9ed3715f2201a29b38afb273 (MD5) Previous issue date: 2014 / Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisa René Rachou. Belo Horizonte, MG, Brasil / A malária é um problema de saúde pública. O Brasil é o país sul-americano que mais casos aporta todo ano, a maioria deles ocorridos na região Amazônica. Até o presente não há nenhuma vacina eficaz contra a malária. O controle dessa doença baseia-se principalmente no combate vetorial. Um dos desafios atuais é encontrar novas moléculas úteis para bloquear a transmissão da malária no vetor, sendo necessário para isso conhecer a biologia da interação entre os parasitos e seus hospedeiros. A maioria dos grupos de pesquisa utiliza como modelos de laboratórios combinações não naturais de Anopheles – Plasmodium. Neste trabalho foi avaliada a suscetibilidade ao P. vivax em espécies Amazônicas de Anopheles, fêmeas de Anopheles darlingi, An. albitarsis s.l., An. nuneztovari s.l. e An. triannulatus s.l. e An. aquasalis foram infectadas com P. vivax utilizando um sistema de infecção experimental por membrana artificial. Todas as espécies de Anopheles estudadas foram suscetíveis à infecção por P. vivax, porém a taxa de infecção e o numero de oocistos variaram significativamente entre elas. An. aquasalis (Spearman rho = 0.255, n = 386, p < 0.01) e An. darlingi (rho = 0.518; n = 54, p < 0.01) mostraram uma correlação positiva entre o número de gametócitos e o número de oocistos formados. Também foi avaliada a via JAK/STAT de resposta imune em A. aquasalis, durante a fase tardia da infecção, e em A. darlingi, no início da infecção. A expressão dos genes STAT, PIAS e NOS foi avaliada por q-PCR. Em An. aquasalis a expressão dos genes estudados foi induzida a partir de 8 dPI (PIAS e NOS) e 12 dPI (STAT), e começou a diminuir aos 14dPI, provavelmente indicando a indução transitória desses genes na fase tardia da infecção. Em An. darlingi não foi observada a ativação dessa via imune durante a fase inicial da infecção com P. vivax. Estudos futuros devem ser realizados para saber de que forma os genes regulados pela via JAK/STAT podem modular o desenvolvimento do P. vivax em An. aquasalis, e outras vias de sinalização devem ser estudadas na resposta de An. darlingi à infecção pelo Plasmodium. / Malaria is a public health concern. Brasil is the Latin American country with the higher number of cases registered, the most in the Amazon Region. Actually, there is not an effective vaccine against malaria and the disease control is based on vector control. New challenges include finding new molecules to block malaria transmission, making necessary to know the mechanisms involved in the Plasmodium – Anopheles interactions. The most studies have used laboratory parasite – vector pairs which does not resemble natural parasite – hst interactions. The goals of this work were 1) to compare the susceptibility of five Amazonian Anopheles mosquito species to Plasmodium vivax, and 2) to evaluate JAK/STAT immune pathway during the late-phase of A. aquasalis infection and the early phase of A. darlingi. To evaluate the P. vivax mosquito susceptibility we fed by membrane feeding assays field populations of Anopheles darlingi, An. albitarsis s.l., An. nuneztovari s.l. and An. triannulatus adult females and, An. aquasalis from colony. All the Anopheles species were susceptible to P. vivax infection, although the infection rate and oocyst numbers were significantly different among them. There was a positive correlation between the density of gametocytes and the infection rate in An. aquasalis (Spearman rho = 0.255, n = 386, p < 0.01) and An. darling (rho = 0.518; n = 54, p < 0.01). Anopheles aquasalis had high infection intensity, showing that the An. aquasalis - P. vivax pair is a feasible laboratory model. To evaluate the expression of STAT, PIAS and NOS in An. aquasalis and An. darlingi was used qPCR method. In An. aquasalis the studied genes were induzed since 8 dPI (STAT) and 12 dPI (both PIAS and NOS), and was diminishing at 14dPI, probably indicating that JAK/STAT activation in later phases of P. vivax infection is transient. In An. darlingi the genes STAT, PIAS and NOS were no expressed during the early phase of the infection with P. vivax. The role of JAK/STAT pathway, in later stages of P. vivax infection of An. darling, remains to be investigated.

Made available in DSpace on 2015-06-01T19:28:10Z (GMT). No. of bitstreams: 2 520.pdf: 2031351 bytes, checksum: 2899314c9f4b140c9fd13eebe3fea1e6 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2011 / Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisas Aggeu Magalhães. Recife, PE, Brasil / Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisas Aggeu Magalhães. Recife, PE, Brasil / Diante da alta frequência com que Aeromonas spp foram isoladas de fezes de pacientes durante um surto de diarréia em São Bento do Una, PE, e tendo em vista que seu papel na etiologia de infecções intestinais ainda não tenha sido comprovado, o potencial patogênicodessas bactérias foi avaliado através da pesquisa de possíveis genes de virulência, da sua capacidade de aderir em células animais e de formar biofilme. Também foi pesquisada a região intergênica espaçadora (ISR) 16S-23S na tentativa de encontrar um perfil clonal entre essas bactérias, além do gene 16S. Diante da dificuldade na identificação laboratorial do gênero Aeromonas, foi desenvolvida e padronizada uma duplex-PCR. Dentre os 106 isolados clínicos e 19 ambientais, os genes lip, exu, gcat e flaA/B foram encontrados respectivamente em 84,9 por cento e 100 por cento, 85,8 por cento e 94,7 por cento, 100 por cento e 100 por cento e 84 por cento e 89,5 por cento das amostras. O gene aerA foi encontrado em menor frequência tanto nos isolados clínicos como nos ambientais (47,2 por cento/36,8 por cento). As cepas de Aeromonas testadas apresentaram aderência difusa em células HEp-2 mas não foram capazes de formar biofilme em placa. A ISR 16S-23S dessas bactérias revelou nove perfis diferentes, enquanto a análise do gene 16S mostrou o mesmo perfil para os diferentes ribotipos encontrados. A duplex-PCR foi reprodutível e específica para o gênero Aeromonas e após sua validação poderá ser utilizada como diagnóstico complementar dessas bactérias. Embora tenham apresentado um alto potencial patogênico, as cepas de Aeromonas isoladas durante o surto de diarréia ocorrido em São Bento do Una, não provêm de um mesmo clone e, portanto, não podem ser responsabilizadas como a causa do surto, sugerindo que essas bactérias eram parte da microbiota intestinal transitória dos indivíduos infectados. Por outro lado, e tendo em vista a preocupação que a comunidade científica tem demonstrado a respeito de Aeromonas, considerada patógeno emergente, são necessários outros estudos para tentar definir o papel desses microrganismos em processos diarréicos

Submitted by Nuzia Santos (nuzia@cpqrr.fiocruz.br) on 2015-06-18T17:05:33Z No. of bitstreams: 1 Dissertacao_BCM_JorgeGomesGoulartFerreira.pdf: 1660507 bytes, checksum: f8f7845b0fe11483b4ccf916a903b743 (MD5) / Approved for entry into archive by Nuzia Santos (nuzia@cpqrr.fiocruz.br) on 2015-06-18T17:05:48Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertacao_BCM_JorgeGomesGoulartFerreira.pdf: 1660507 bytes, checksum: f8f7845b0fe11483b4ccf916a903b743 (MD5) / Approved for entry into archive by Nuzia Santos (nuzia@cpqrr.fiocruz.br) on 2015-06-18T17:05:57Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertacao_BCM_JorgeGomesGoulartFerreira.pdf: 1660507 bytes, checksum: f8f7845b0fe11483b4ccf916a903b743 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-06-18T17:05:57Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertacao_BCM_JorgeGomesGoulartFerreira.pdf: 1660507 bytes, checksum: f8f7845b0fe11483b4ccf916a903b743 (MD5) Previous issue date: 2015 / Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisa René Rachou / A família Bunyaviridae consiste em uma das maiores e mais diversificadas famílias de vírus de RNA, contendo cerca de 350 vírus sorologicamente distintos. O Apeu virus (APEUV) é um vírus da família Bunyaviridae que se destaca por seu grande potencial emergente. Isolado pela primeira no Brasil, este vírus pode causar uma doença que apresenta sintomas semelhantes aos da gripe, como febre alta, dor de cabeça e mialgia, associadas geralmente a náuseas, vômitos, fraqueza e fotofobia. Entretanto, apesar de seu potencial patogênico, pouco se sabe sobre a sua interação com o sistema imunológico humano. Com o objetivo de estudar alguns aspectos da resposta imune, principalmente a reposta inata desencadeada pela infecção do APEUV, a expressão de 19 genes (TLR3, TLR7, TLR8, TLR9, MyD88, IRF3, IRF5, IRF7, IRF9, IRAK4, TRAF3, TRAF6, TICAM1, JUN, ROBO-3(RIG-1), IFIH1(MDA-5), IFNα, IFNβ, IFNy) foi analisada. Para tal, foram feitos ensaios de qPCR baseados na metodologia TaqMan®, utilizando cDNA obtido a partir de RNA total extraído de células mononucleares do sangue periférico (PBMC) e de células A549 (linhagem derivada de carcinoma pulmonar humano), infectadas ou não com APEUV por períodos de 4 ou 8 horas. Como controles, foram utilizadas células infectadas com o vírus da estomatite vesicular (VSV) como controle positivo de uma infecção por vírus de RNA fita simples, e células tratadas com o mock das amostras de vírus como controle negativo. Os dados obtidos foram analisados em software específico. Nossos resultados indicam que PBMC infectadas com APEUV por 4 horas (m.o.i.=1 e m.o.i.=3) induzem um aumento na expressão de TLR9 e IFNβ. Quando quantificada a expressão de genes em células A549 infectadas com APEUV (m.o.i.=1 por 4 horas) comparadas com o mock, verificou-se um aumento da expressão dos genes TLR9, IRF3 e IRF7 e no período de 8 horas, também comparando com o mock, verificou-se aumento de forma significativa na expressão de TLR 9, além de um aumento na expressão de TLR3, TLR7, TRAF3 , IRF7 e IFNβ. Verificamos ainda que, após escolher um gene housekeeping através de método estatístico, células A549 infectadas com APEUV em uma m.o.i.=1, tende a aumentar a expressão dos genes IFNβ eTICAM-I, fundamentais na indução de um estado celular antiviral. Estudos posteriores são necessários para a determinação dos mecanismos envolvidos na resposta imune inata humana contra o Apeu virus / The Bunyaviridae family consists of the largest and most diverse families of RNA viruses, containing about 350 serologically distinct viruses. The Apeu virus (APEUV) is a member of the Bunyaviridae family that stands out for its large emerging potential. First isolated in Brazil, this virus can cause a flu-like disease with symptoms such as fever, headache and myalgia, usually associated with nausea, vomiting, weakness and photophobia. However, despite their pathogenic potential, little is known about their interaction with the human immune system. In order to study some aspects of the immune response, especially the innate response triggered by APEUV infection, the expression of 19 genes (TLR3, TLR7, TLR8, TLR9, MyD88, IRF3, IRF5, IRF7, IRF9, IRAK4, TRAF3, TRAF6, TICAM1, JUN, robot-3 (RIG-1) IFIH1 (MDA-5), IFNα, IFNβ, IFNy) was analyzed. For that, qPCR assays were performed based on the TaqMan method using cDNA obtained from mRNA extracted from peripheral blood mononuclear cells (PBMC) and A549 cells (cell line derived from human lung carcinoma) infected or not by APEUV for 4 or 8 hours. Cells infected with vesicular stomatitis virus (VSV) were used as a positive control of infection with single stranded RNA viruses; also mock infected cells were used as controls. The data were analyzed using specific software. Our results suggested that APEUV infection on PBMC induce an increase of TLR9 and IFNβ expression on both situations with m.o.i=1 or m.o.i=3. On the A549 cell line, APEUV infection increased the expression of TLR9, TLR3, TLR7, TRAF3, IRF7 and IFNβ using m.o.i=1 and 4h infection condition, compared to mock control. After using a statistical methodology to choose a housekeeping gene, we verified that APEUV infection with m.o.i=1, increase the expression of IFNβ and IRF9 in A549 cells. A cell antiviral state is induced by the presence of IFNβ and IRF9. Further studies are needed to determine the mechanisms involved in human innate immune response against APEUV.

Pasteurella multocida, apesar de ser uma bactéria que compõe a microbiota respiratória, sob algumas circunstâncias pode manifestar-se como um agente patogênico primário ou secundário, causando doença em aves e outros animais. Como agente primário, P. multocida leva a grandes perdas econômicas, causando cólera em aves, rinite atrófica em suínos e septicemia hemorrágica em bovinos e bubalinos. P. multocida é uma espécie heterogênea, e a patogenicidade dos isolados pode ser amplamente variável. A suscetibilidade do hospedeiro à essas cepas varia consideravelmente entre espécies. Inoculações experimentais de P. multocida em camundongos e aves são comumente usadas para avaliar a patogenicidade de diferentes cepas, mas os resultados são geralmente subjetivos e pouco mensuráveis. O objetivo deste trabalho foi estabelecer uma nova metodologia para classificar a patogenicidade de cepas de P. multocida, através da formulação de um índice padrão. Para determinar esse índice, foram usadas 97 amostras de P. multocida, isoladas de cólera em aves e rinite em suínos. Cem microlitros (105 UFC) de uma cultura bacteriana contendo 106 UFC/mL, de cada isolado de P. multocida foram inoculados, por via intraperitoneal, em 10 pintos de um dia. Além da mortalidade causada pela inoculação, o tempo de morte e as lesões macroscópicas foram avaliados. Diferenças significativas foram observadas entre isolados de aves e suínos em relação aos índices de patogenicidade. O número de lesões e a porcentagem de bactérias recuperadas dos animais inoculados também variaram de acordo com a origem do isolado. A partir dos indices observados, os isolados foram distribuídos em três classes de patogenicidade: alta, média e baixa. O índice de patogenicidade desenvolvido neste trabalho permite a mensuração e classificação da patogenicidade de isolados de P. multocida e pode ser uma alternativa aos modelos subjetivos de triagem de patogenicidade usados até o momento. / Pasteurella multocida, despite being a bacteria that makes up the respiratory microbiota, under some circumstances can manifest as primary or secondary pathogenic agent, causing disease in birds and other animals. As primary agent, P. multocida leads to large economic losses, causing fowl cholera in birds, atrophic rinitis in swine and haemorragic septicemia in cattle and buffalos. P. multocida is a heterogeneous specie, and the pathogenicity of the samples can be widely variable. Host susceptibility to these strains varies considerably between species. Experimental inoculations of P. multocida in mice and birds are commonly used to evaluate the pathogenicity of the different strains, but the results are generally subjective and difficult to evaluate them. The aim of this work was to establish a new methodology to classify the pathogenicity of a specific strain, through the formulation of a standard score. To determine this score, we used 97 samples of P. multocida, from fowl cholera in birds and rhinitis in swine. One-hundred microliters (105 CFU) of bacterial culture containing 106 CFU/mL of each P. multocida isolate were inoculated, by intraperitoneal route, in 10 one-day-old chicks. Besides mortality caused by the inoculation, time of death and gross lesions were also evaluated. Significant differences were observed between avian and swine isolates in relation to pathogenicity scores. The number of lesions and the percentage of bacteria recovered from the inoculated animals also varied according to the origin of the isolate. From the observed scores, the isolates were distributed into three pathogenicity classes: high, medium and low. The pathogenicity score developed here allows the measurement and classification of the pathogenicity of P. multocida isolates and can be an alternative to subjective current models of pathogenicity screening used so far.

Orientador: Fernando Antônio de Ávila / Banca: Caroline Peters Pigatto De Nardi / Banca: Patrícia Amoroso de Andrade / Banca: Hélio José Montassier / Banca: José Moacir Marin / Resumo: As condições de criação de galinhas de fundo de quintal (GFQ) apresentam alto risco sanitário, já que medidas de biossegurança nem sempre são implementadas nessas criações. Dentre as doenças infecciosas de grande destaque na avicultura está a colibacilose, cujo agente envolvido é Escherichia coli patogênica aviária (APEC). Essa enfermidade está ligada à maneira e ao ambiente em que as aves são criadas, sendo que alguns isolados de APEC podem causar infecções nas próprias aves e em humanos. O mecanismo de virulência das amostras de APEC tem sido continuamente estudado e acredita-se ser multifatorial. O objetivo do trabalho foi detectar e caracterizar isolados potencialmente APEC em criações de GFQ. Para isto foram coletadas amostras cloacais e orofaríngeas de 250 GFQ, provenientes de sete pequenas propriedades da região de Ribeirão Preto - SP. Das 500 amostras, foram obtidos 69 isolados de E. coli positivos para pelo menos 5 genes característicos de APEC. Estes foram submetidas à PCR para a detecção de mais 11 genes de virulência, apresentando alta prevalência dos mesmos. A inoculação in vivo em pintainhos de um dia revelou que 49 destes isolados são de alta e/ou intermediária patogenicidade. Os isolados também foram submetidos ao teste de suscetibilidade a 17 antimicrobianos, e apresentaram resistência a pelo menos um antimicrobiano e a maioria (79,7%) apresentou perfil de multirresistência. Além disso, foi realizada análise filogenética e foi observado que 53,6% dos isolado... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The conditions of backyard chickens creation (BC) present a high sanitary risk, since biosafety measures are not always implemented in these systems. Among the most important infectious disease in poultry is colibacillosis, and avian pathogenic Escherichia coli (APEC) is the causative agent. This disease is related to the way and environment in which these birds are created, and some APEC isolates can cause infection in birds and humans. The virulence mechanism of APEC samples has been continuously studied and probably is multifactorial. The objective of this work was to detect and characterize potentially APEC isolates in BC creations. For that, it were collected cloacal and oropharyngeal samples of 250 BC, from seven small properties from Ribeirão Preto - SP. Of the 500 samples, 69 positive E. coli isolates were obtained for at least 5 characteristic genes of APEC. These isolates were submitted to PCR for detection of 11 more virulence genes, resulting in a high prevalence of them. The test of inoculation in one day-old chicks revealed that 49 of these isolates had high and/or intermediate pathogenicity. All isolates were also submitted to the susceptibility testing on 17 antimicrobials, and showed resistance to at least one antimicrobial agent, but the most of them (79.7%) had a multiresistance profile. In addition, phylogenetic analysis was performed and 53.6% of the isolates belonged to B2 group, which has already been described as the group harboring isolates that cause extraintestinal infections. In pulsified gel electrophoresis analysis (PFGE), it was detected a high heterogeneity of pulse types among the APEC isolates and only one sample was non-typable for XbaI enzyme. Furthermore, 15 serogroups were identified among the isolates, and O8 was the most frequent (23.2%). The results obtained in this study demonstrated that BC are (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

O patógeno Escherichia coli pertence ao grupo de cepas que podem causar infecções extraintestinais, designadas como (ExPEC). Existem cepas de E. coli ExPEC, tais como: a E. coli causadora de meningite neonatal (NMEC), a E. coli uropatogênica (UPEC) e a E. coli patogênica para aves (APEC). Na avicultura, esta bactéria é responsável por vários processos patológicos, atuando tanto como agente primário como secundário, sendo responsável por significativas perdas econômicas que ocorrem na produção avícola. Vários trabalhos têm demonstrado que muitos isolados ExPEC de humanos e animais compartilham genes de virulência em comum, sugerindo que ocorra uma troca genética entre essas cepas, e o risco para a saúde humana de tais bactérias ainda é indefinido. Além disto, existe outra preocupação em relação ao fato de estudos sugerirem que a E. coli pode facilmente adquirir resistência a antimicrobianos utilizados por humanos e animais. As aves domésticas são reconhecidas como importante fonte de disseminação de resistência antimicrobiana às amostras de E. coli. O objetivo do presente estudo foi realizar a caracterização de amostras de Escherichia coli patogênica aviária (APEC) e Escherichia coli uropatogênica (UPEC) através da classificação em grupos filogenéticos e da avaliação da resistência antimicrobiana. Neste trabalho foram utilizados os dados disponíveis referentes a 237 cepas de E. coli isoladas de camas de aviários, lesões de celulite e quadros respiratórios de frangos de corte e 211 amostras de E. coli uropatogênica (UPEC) isoladas de pacientes com infecção urinária. Para verificar se existia diferença significativa entre a resistência antimicrobiana a (ampicilina, gentamicina, norfloxacina, amicacina e cefuroxima) e a origem das amostras, e destes mesmos antimicrobianos em relação aos grupos filogenéticos. As amostras APEC diferiram na resistência antimicrobiana das amostras UPEC para ampicilina, gentamicina, norfloxacina e cefuroxima. O mesmo não foi observado para a amicacina. Nas condições do presente trabalho, estes resultados contrariam, parcialmente, os estudos que sugerem que a resistência antimicrobiana é originária das amostras de origem avícola, já que três dos cinco fármacos testados apresentaram maior resistência nas amostras UPEC que nas APEC. Quando analisada a relação entre os grupos filogenéticos observou-se que o perfil de resistência antimicrobiana foi semelhante em todos os grupos, somente para norfloxacina e ampicilina houve diferença, porém a resistência estava bem distribuída entre os quatro grupos, comprovando que a patogenicidade não se relaciona com a resistência antimicrobiana. Este fato já havia sido caracterizado em trabalho anterior da mesma autora. Estes resultados ressaltam a necessidade de realizar monitorizações rotineiras e constantes visando conhecer as flutuações da patogenicidade e da resistência antimicrobiana, separadamente. / The pathogen Escherichia coli, belongs to the group of strains that can cause extraintestinal infections, designated as (ExPEC). There are strains of extraintestinal E. coli ExPEC as: a E. coli that causes neonatal meningitis (NMEC), a uropathogenic E. coli (UPEC) and a avian pathogenic E. coli (APEC). In poultry, this bacterium is responsible for several pathological processes, acting as primary agent and secondary as well, and it is also responsible for significant economic losses that occur in poultry production. Several articles show that many ExPEC isolates from humans and animals share common virulence genes, suggesting a genetic exchange between these strains, and the risk to human health of more bacteria is still undefined. In addition, there is another concern about studies which suggest that E. coli can readily acquire antimicrobial resistance when used by animals and humans. Poultry is recognized as an important source of dissemination of antimicrobial resistance in E. coli samples. The objective of the present study was to characterize samples of avian pathogenic Escherichia coli (APEC) and uropathogenic Escherichia coli (UPEC) using phylogenetic groups and antimicrobial resistance. In this study, we used data available on 237 strains of E. coli isolated from avian litter, cellulitis lesions and respiratory lesions of broilers and 211 uropathogenic E. coli (UPEC) samples isolated from patients with urinary tract infection. To verify if there was a significant difference between the antimicrobial resistance (ampicillin, gentamicin, norfloxacin, amicacin, cefuroxime) and the origin of the samples, and of these same antimicrobials and phylogenetic groups. The APEC samples differed in antimicrobial resistance of the UPEC for ampicillin, gentamicin, norfloxacin and cefuroxime. The same was not observed for amikacin. Under the conditions of the present study, these results partially contradict the studies which suggest that antimicrobial resistance originates from samples of poultry origin, three of the five drugs tested, presented higher resistance in the UPEC samples than in the APEC. When analyzing the relationship between the phylogenetic groups, it was observed that the antimicrobial resistance profile was similar in all groups, only for norfloxacin and ampicillin there was a difference, but the resistance was well distributed among the four groups, proving that the pathogenicity was not related with antimicrobial resistance. This fact had already been characterized in previous paper by the same author. These results highlight the need to perform routine and constant monitoring in order to know the fluctuations in pathogenicity and antimicrobial resistance, separately.