Submitted by FERNANDA DE OLIVEIRA BARBOSA null (feobarbosa@hotmail.com) on 2016-04-11T19:18:08Z No. of bitstreams: 1 DIssertação_Fernanda_de_Oliveira_Barbosa.pdf: 3283611 bytes, checksum: 0f6c2b0766490591a0e2a8457d08fef4 (MD5) / Approved for entry into archive by Juliano Benedito Ferreira (julianoferreira@reitoria.unesp.br) on 2016-04-13T12:50:17Z (GMT) No. of bitstreams: 1 barbosa_fo_me_jabo.pdf: 3283611 bytes, checksum: 0f6c2b0766490591a0e2a8457d08fef4 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-04-13T12:50:17Z (GMT). No. of bitstreams: 1 barbosa_fo_me_jabo.pdf: 3283611 bytes, checksum: 0f6c2b0766490591a0e2a8457d08fef4 (MD5) Previous issue date: 2016-02-29 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Salmonella Enteritidis (SE) causa o paratifo aviário em aves e frequentemente está relacionada aos surtos de infecção alimentar em seres humanos. A contribuição do flagelo versus motilidade na interação patógenohospedeiro requer estudos mais aprofundados. Para melhor entendimento da contribuição individual desses fatores de virulência em aves, pintinhos de um dia de vida foram desafiados oralmente com estirpe selvagem de SE, uma mutante não-móvel mas flagelada (SE ΔmotB) e outra mutante aflagelada (SE ΔfliC). Excreção fecal e colonização de fígado, baço e conteúdo cecal pelas estirpes de SE foram avaliadas. Além disso, também foi realizada a avaliação das alterações macroscópicas e microscópicas. Nos estágios iniciais da infecção, ambos mutantes mostraram menor capacidade de colonizar o ceco, além de menor recuperação no baço por SE ΔfliC comparando a estirpe selvagem SE. Após 7 dpi não havia diferenças na contagem das três estirpes em conteúdo cecal, fígado e baço. Análises histopatológicas demonstraram que estirpes flageladas (SE ΔmotB e SE) induziram reatividade linfóide em inglúvio, ceco, íleo e fígado. No entanto, nos estágios iniciais da infecção a estirpe SE ΔfliC não estimulou a reatividade linfóide em lâmina própria de ceco e íleo mas induziu discretos focos necróticos em fígado. Portanto, neste estudo a presença de estrutura flagelar e motilidade parece exercer um papel nos estágios iniciais da colonização intestinal e infecção sistêmica por SE nas aves. / Salmonella Enteritidis (SE) causes fowl paratyphoid in poultry often related to outbreaks of food-borne diseases in humans. The contribution of flagella and motility in host pathogen interaction require further investigation. To better understand the individual contribution of these virulence factors in poultry, one day old chickens were challenged orally with wildtype strain of SE, a nonmotile but fully flagellated (SE ΔmotB) and aflagellated mutant (SE ΔfliC). Faecal excretion and colonization of liver, spleen and cecal contents by the SE strains were assessed. Additionally, the assessment of gross and microscopic alterations was also performed. At the early stages of infection both mutants showed lower capacity to colonize the ceca, besides the lower recovering in spleen of SE ΔfliC comparing to the wild type of SE. After 7 dpi there were no differences among the counts of the three strains in ceca, liver and spleen. Histopathological analyses demonstrated that flagellated strains (wild type SE and SE ΔmotB) induced lymphoid reactivity in crop, ceca, ileum and liver. On the other hand, in the early stages of infection, SE ΔfliC strain did not stimulate lymphoid reactivity in lamina propria of ceca and ileum but induced discrete necrotic foci in liver. Thus in the present study the flagellar structure and motility seemed to play a role at the early stages of the intestinal colonization and systemic infection by SE in the chicken. / FAPESP: 2014/02014-1

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:08Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2011-02-09Bitstream added on 2014-06-13T19:54:05Z : No. of bitstreams: 1 fadel_al_me_jabo.pdf: 837131 bytes, checksum: 825bfeac5264a418f61216e798a3e84c (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / A clorose variegada dos citros causada pela bactéria Xylella fastidosa é uma das doenças bacterianas de maior importância para a citricultura brasileira. Artificialmente o agente causal da CVC pode ser transmitido por enxertia de borbulhas contaminadas, encostia de mudas infectadas e pela própria solução bacteriana através de perfurações do ramo. Já a transmissão natural ocorre por enxertia de raízes entre plantas contaminadas e por cigarrinhas das famílias Cicadellidae e Cercopidae, hoje a forma mais frequente de disseminação da X. fastidiosa . Seu manejo esta baseado em três medidas: uso de mudas sadias, poda e eliminação de plantas sintomáticas, e controle químico do vetor, que muitas vezes podem não ser eficientes. Não há descrito na literatura informações suficientes sobre cultivares de laranja doce (Citrus sinensis L. Osbeck.) tolerantes ou promissoras que possam ser utilizadas em estudos relacionados à resistência varietal, porém, estudos prévios tem apontado certa tolerância da cultivar Navelina ISA 315 à CVC. Com bases nestas informações buscou-se neste estudo quantificar o nível de tolerância da Navelina ISA 315 a CVC através da observação visual de sintomas típicos em nível de campo e casa de vegetação, presença e quantificação da X. fastidiosa via PCR e PCR quantitativo em tempo real (RT-qPCR). Os resultados obtidos confirmaram as informações preliminares de que a cultivar Navelina ISA 315 apresenta tolerância a CVC, seja pela quase ausência de sintomas e pela baixa população do patógeno observado nesta cultivar. Portanto, até o momento, a cultivar Navelina ISA 315 parece ser uma cultivar de laranja doce com tolerância satisfatória a clorose variegada dos citros / Citrus variegated chlorosis (CVC) caused by the bacterium Xylella fastidiosa, is a bacterial disease of great importance to the Brazilian citrus industry. Causal agents for CVC can be artificially transmitted through contaminated bud grafting, approach grafting with infected nursery trees, and by injecting a bacterial solution into perforations on the branch. Natural transmission of the disease occurs with grafts from roots between infected plants and by leafhoppers of the families, Cicadellidae and Cercopidae, today the most common form of X. fastidiosa dissemination. CVC management is based on three measures: the use of healthy nursery trees, pruning and removing symptomatic plants, and chemical control of the vector, which can often be inefficient. There is little information about tolerant, or likewise promising, varieties of sweet orange (Citrus sinensis L. Osbeck) that could be used in studies related to host resistance. However, previous studies have indicated some tolerance to CVC in the Navelina ISA 315 cultivar. Based on such information, this study has sought to quantify the tolerance level that Navelina ISA 315 has to CVC through visual observation of typical symptoms in the field, in conjunction with the presence and quantification of X. fastidiosa by PCR and quantitative real time PCR (RT-qPCR). The results confirmed preliminary information that Navelina ISA 315 is tolerant to CVC, based on its near absence of symptoms and the low population of pathogen observed in this cultivar

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:34:59Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010-04-26Bitstream added on 2014-06-13T19:44:45Z : No. of bitstreams: 1 rosa_dd_dr_botfca.pdf: 3769642 bytes, checksum: 6f5fb83fe76a081fea96b890323e30f2 (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Dentro do setor de horticultura, as plantas da família Brassicaceae são de grande expressão, tanto em volume, como em valor agregado na comercialização, por isso, destaca-se o cultivo intensivo de brassicas, como as variedades de Brassica oleraceae L. (Couve, repolho, Couve-flor, Brócolos, Couve de Bruxelas), Brassica napus L. e Brassica oleraceae L. var. pekinensis L. (Couve chinesa), sendo a base de sustentação econômica dos pequenos e médios produtores de hortaliças. Como outras culturas de plantio intensivo, as brassicas também enfrentam inúmeros problemas com doenças, dentre estes está a “hérnia das crucíferas”, doença de enorme risco potencial ao produtor, visto seu difícil ou inexistente controle e por condenar a área, impedindo futuros cultivos de brassicas. O agente causal da “hérnia das crucíferas” (Plasmodiophora brassicae Woronin) é um endoparasita obrigatório, pertencente ao reino Protozoa, habitante do solo, sendo um dos fitopatógenos de solo menos estudados no mundo, mas sabe-se que este apresenta raças patogênicas, ou patotipos, sendo que algumas dessas já são conhecidas, principalmente os que ocorrem na Europa e no Japão sabem-se, também, que estas raças “quebram”, com certa freqüência, a pouca resistência que os melhoristas conseguem incorporar nas variedades comerciais, fazendo com que quase não haja variedade resistente disponível no mercado, principalmente ao mercado brasileiro onde, possivelmente, haja raças ainda não relatadas. O objetivo deste estudo visou conhecer a variabilidade genética e patogênica de isolados de P. brassicae oriundos das principais regiões produtoras de Brassicas do estado de São Paulo, utilizando para isso: a) testes em variedade diferenciais, nacionais e importadas, com isolados monospóricos e não monospóricos para determinação das raças; b) estudo da agressividade dos isolados frente... / Within the horticulture sector, the plants of the Brassicaceae family are widespread in both volume and value-added marketing, so we highlight the intensive cultivation of brassicas, such as varieties of Brassica oleracea L. (Kale, cabbage, cauliflower, broccoli, Brussels sprouts), Brassica napus L. and Brassica oleracea L. var. pekinensis L. (Chinese cabbage), and the basis of economic support for small and medium producers of vegetables. Like other intensive planting crops, the brassicas are also facing many problems with diseases, among these is the club root, disease of great potential risk to the producer, because its difficult or no control and order the area, preventing future crops brassicas. The agent causal of the club root (Plasmodiophora brassicae Woronin) is an obligatory endoparasites belonging to the kingdom Protozoa, inhabitant of soil, being one of the pathogens in soil less studied in the world, but it is known that this presents pathogenic races, or pathotypes, and some of these are already known, especially those taking place in Europe and Japan knows it, too, that these races break with some frequency, the little resistance that breeders can incorporate into commercial varieties, making that almost no resistant variety available in the market, especially the Brazilian market where perhaps there is not race related. This study aimed to investigate the genetic variability and pathogenic isolates of P. brassicae come from the main producing regions Brassicas state of Sao Paulo, using for this: a) testing range differential, domestic and imported, with no single spores and spore for the determination of races, b) study of the aggressiveness of the isolates in the face of cultivars available in the market, c) study of genetic variability within and between populations, using markers RAPD and Microsatellite d) genetic characterization through sequencing of genetic regions... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:35:00Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2007-12-18Bitstream added on 2014-06-13T21:06:58Z : No. of bitstreams: 1 cruz_jcs_dr_botfca.pdf: 308912 bytes, checksum: 39a12254aaeafdcfc7adbf88eea87463 (MD5) / A doença conhecida por hérnia das crucíferas é causada pelo patógeno Plasmodiophora brassicae Woronin, sendo uma das mais importantes e de difícil controle em brássicas. Em virtude da dificuldade de preservação das estruturas de resistência de P. brassicae em condições laboratoriais, por se tratar de um parasita obrigatório, foi desenvolvido um ensaio visando a obtenção de uma técnica eficiente e prática de preservação. Para isto, raízes de diferentes brássicas naturalmente infectadas por P. brassicae, contendo hérnias, foram coletadas de uma mesma propriedade (município de Pardinho - SP), em diferentes períodos, e imediatamente congeladas em freezer a -20°C±2°C. Os tratamentos foram: T1: hérnias congeladas por 389 dias, (rúcula); T2: hérnias congeladas por 242 dias (brócolis); T3: hérnias congeladas por 21 dias (couve-chinesa) e T4: testemunha (sem inóculo). Os testes de patogenicidade, após os diferentes períodos de armazenamento, foram realizados em condições controladas de casa de vegetação (25±2°C), onde em cada planta, de uma variedade suscetível de couve-chinesa (Pak choi), foi inoculado 2mL da suspensão de esporos, dos diferentes tratamentos, na concentração de 107 esporos.mL–1. Cada tratamento contou com seis repetições distribuídas ao acaso. Passadas cinco semanas, após a inoculação, as raízes foram lavadas e avaliadas. Houve diferença estatística significativa entre os materiais avaliados quanto aos diferentes períodos de armazenamento em “freezer”. Os materiais congelados entre 21 a 242 dias preservaram suas características infectivas, sendo este método uma boa opção para a preservação das estruturas de repouso nesse período. Foram realizados testes de patogenicidade e análises moleculares de populações de P. brassicae,... / Disease known as clubroot of crucifers is caused by the pathogen Plasmodiophora brassicae Woronin, and is one of the most important and difficult control crucifer diseases in brassicas. Because of the difficulty in preserving the resistance structures of P. brassicae under laboratory conditions, given that it is an obligate parasite, an assay was carried out to develop a practical and effective technique that would allow further studies to be conducted. On this proposal, roots of different brassica species naturally infected by P. brassicae showing clubroot symptoms were collected in the some grower (Pardinho, SP-city, Brazil) during different seasons, and were immediately frozen at approximately 20°C±2°C. The treatments were: T1: clubroots frozen for 389 days (arugula); T2: clubroots frozen for 242 days (broccoli); T3: clubroots frozen for 21 days (Chinese cabbage), and T4: control (no inoculum). The pathogenicity tests after different storage periods were conducted under controlled greenhouse conditions (25±2°C); each plant of a susceptible variety of Chinese cabbage was inoculated with 2mL of a spore suspension of the various treatments at a concentration of 107spores.mL-1. Each treatment consisted of six replicates distributed at random. The roots were washed and evaluated five weeks after inoculation. There were statistical differences between the materials evaluated with respect to different storage periods in the freezer. Materials kept frozen between 21 and 242 days retained their infective traits. Therefore, this method is a good option to preserve resting spores during this period. In addition, pathogenicity tests and molecular analyses were conducted with P. brassicae populations obtained from infected roots of several production regions of Brazil, on some...(Complete abstract click electronic access below)

Foram coletadas amostras de água de piscinas térmicas e não térmicas na cidade de Porto Alegre, RS, Brasil entre os meses de maio de 2006 e março de 2007, com o objetivo de determinar a presença do gênero Acanthamoeba, bem como realizar a caracterização fenotípica e genotípica dos isolados. Amebas foram isoladas em cultivo monoxênico com Escherichia coli. A identificação dos isolados foi baseada na morfologia dos cistos e trofozoítos e na amplificação por PCR com oligonucleotídeos gênero-específico. O potencial patogênico foi avaliado usando testes de osmotolerância e termotolerância. Das 65 amostras analisadas, 13 (20%) foram positivas para amebas de vida livre e identificados morfologicamente como pertencentes ao gênero Acanthamoeba. Destas, 9 possuíam características compatíveis com o grupo morfológico II e 4 com o grupo III. Todos os isolados identificados morfologicamente quando submetidos à Reação de PCR, confirmaram pertencer ao gênero Acanthamoeba e 38% (5/13) dos isolados foram considerados potencialmente patogênicos a partir dos testes de osmotolerância e termotolerância. Neste estudo, o método molecular de RAPD ("Random Amplified Polymorphic-DNA") foi utilizado para investigar a relação genética entre os 13 isolados de piscinas e dois isolados de referência da ATCC. De 10 oligonucleotídeos decaméricos testados, quatro foram selecionados por gerarem produtos de amplificação passíveis de análise. A similaridade entre os isolados foi calculada utilizando-se o coeficiente de Jaccard e o dendrograma construído pelo método da média das distâncias entre grupos ("Average Linkage"). Quatro grupos distintos (G1-G4) de isolados foram formados de acordo com a similaridade genética entre eles. Sugeriu-se que os isolados do G1 por agruparem-se aos isolados de referência de A. castellanii (ATCC 30010 e 50492) possam pertencer a esta espécie. Os dados fenotípicos, tais como, morfologia e testes de tolerância foram relacionados aos dados genotípicos de RAPD e permitiram a caracterização dos isolados. Os resultados deste primeiro estudo de isolamento e caracterização de Acanthamoeba de água de piscinas na cidade de Porto Alegre-RS, Brasil confirmam a presença de isolados potencialmente patogênicos que podem representar um risco à saúde humana. / Water samples were collected from both heated and unheated swimming pools in the city of Porto Alegre, RS, Brazil between May 2006 and March 2007, to determine the presence of Acanthamoeba in the water of swimming pools as well as perform the phenotypic and genotypic characterization of the isolates. Amoebae were isolated in monoxenic culture with Escherichia coli. The identification of the isolates was based on the trophozoites and cysts morphology and on the amplification through PCR with genus-specific oligonucleotides. The potential pathogenic was assessed by osmotolerance and temperature tolerance assays. From the 65 samples analyzed, 13 (20%) were positive for free-living amoebae, and the isolates morphologically identified as belonging to the genus Acanthamoeba. Out of these, 9 presented characteristics compatible with morphological group II, and 4 with group III. All the morphologically identified isolates, when submitted to PCR, were confirmed as belonging to the genus Acanthamoeba, and 38% (5/13) of the isolates were considered potentially pathogenic according to osmotolerance and temperature tolerance assays. In this study, the molecular RAPD method (Random Amplified Polymorphic-DNA) was used to investigate the genetic relationship among 13 isolates from swimming pools and two strains from the ATCC reference. From the ten decameric oligonucleotides tested, four were selected for generating products of amplification possible to be analyzed. The similarity between isolates was calculated using the Jaccard coefficient and the dendrogram constructed by using the method of the average distances between groups ("Average Linkage"). Four distinct groups (G1-G4) of isolates were separated according to genetic similarity between them. It was suggested that the isolates from G1 once group up with the reference isolates of A. castellanii may belong to this species. The phenotypic data such as morphology and tolerance tests were related to RAPD genotypic data and led to the characterization of isolates. The results of this study about isolation and characterization of Acanthamoeba in swimming pools water at Porto Alegre, RS, Brazil confirm the presence of potentially pathogenic isolates which can present risks to human health.

Orientador: Luiz Carlos Forti / Banca: Carlos Frederico Wilcken / Banca: Ana Paula Protti de Andrade Crusciol / Banca: Aldenise Alves Moreira / Banca: Sandra Verza da Silva / Resumo: As formigas cortadeiras são consideradas pragas importantes para diversas plantas cultivadas, o que exige constante controle. No entanto, a mortalidade natural de colônias iniciais de Atta spp é alta, alcançando até 100%, no primeiro ano de fundação. Dentre vários fatores os micro-organismos patógenos são apontados como um dos responsáveis por tal mortalidade. Assim, o presente estudo teve como objetivo: (1) estudar a morfogênese dos ninhos iniciais em função do tempo de fundação essas espécies; (2) avaliar a taxa de mortalidade de rainhas de Atta bisphaerica e Atta sexdens rubropilosa, durante os primeiros meses de fundação; (3) isolamento e caracterização dos fungos entomopatogênicos de ocorrência natural em rainhas; (4) realizar bioensaios para avaliar a patogenicidade desses isolados em operárias de Atta sexdens rubropilosa e (5) formulação e aplicação de iscas à base de isolados de fungos entomopatogênicos, em colônias de Atta sexdens rubropilosa, visando possibilidades de aplicação prática. Para tal, foram coletadas rainhas recém-fecundadas ou provenientes de escavações dos ninhos incipientes marcados no período da revoada. As escavações ocorreram aos 20, 45, 90, 135, 180 e 225 dias de idade do ninho em 2007, e aos 20, 45 e 90 dias em 2008, e aos 60 dias em 2009. Foram obtidos os seguintes resultados: (1) as dimensões da câmara-recém fundada aumentam com o tempo de fundação; (2) altas taxas de mortalidade para A. bisphaerica e A. sexdens rubropilosa; (3) rainhas de Atta spp. podem ser parasitadas por diversos fungos, dentre eles Beauveria bassiana, Isaria lilacinus, Isaria fumosorosea e Aspergillus flavus; (4) todos os isolados são patogênicos e os mais virulentos BBOT11, BBOT12 de B. bassiana e IBOT33 de I. lilacinus; e (5) iscas formuladas com fungos são atrativas, carregadas e incorporadas por operárias de A. sexdens rubropilosa, contudo não causam / Abstract: The leaf-cutting ants are pests for several important crop plants, which requires constant control. However, the natural mortality of Atta spp colonies is high, reaching 100% in the first year of foundation. Among many factors the pathogenic microorganisms are noted as one of those responsible for such mortality. Thus, this study aimed to: (1) study the morphogenesis of early nests depending on the time of foundation of these species; (2) assess the death rate of the queens of Atta bisphaerica and Atta sexdens rubropilosa during the first months of the foundation, through excavations in newly founded nests; (3) isolation and characterization of entomopathogenic fungi found in queens; (4) perform bioassays to assess the pathogenicity of these isolates in Atta sexdens rubropilosa and (5) formulation and application of baits based on entomopathogenic fungi isolated in colonies of Atta sexdens rubropilosa, seeking opportunities for practical application. To this end, we collected newly fertilized queens or from excavations of incipient nests marked during the time of nuptial flight. The excavations were performed at 20, 45, 90, 135, 180 and 225 days of nest age in 2007, and at 20, 45 and 90 days in 2008. The results were: (1) the dimensions of the incipient chamber increases with time of the foundation; (2) high rates of mortality for Atta bisphaerica and Atta sexdens rubropilosa; (3) queens of Atta spp. can be parasitized by several fungi, including Beauveria bassiana, Isaria lilacinus, Isaria fumosorosea and Aspergillus flavus; (4) all strains are pathogenic and the most virulent BBOT11, BBOT12 of B. bassiana and IBOT33 of I. lilacinus; and (5) baits made with fungi are attractive, loaded and incorporated by workers of A. sexdens rubropilosa, yet not cause mortality of the colony / Doutor

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:27:59Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-06-28Bitstream added on 2014-06-13T19:57:09Z : No. of bitstreams: 1 fernando_fs_me_jabo.pdf: 950487 bytes, checksum: d2d43750639241a82b3ddb07a03ff528 (MD5) / Nesse estudo, um isolado de campo do vírus da bronquite infecciosa (VBI) no Brasil (IBVPR-12), previamente classificado como um genótipo variante, foi caracterizado de forma comparativa com a estirpe M41 do VBI, sendo levantadas as características de patogenicidade em diferentes órgãos como a traqueia, o pulmão, os rins, as gônadas e as tonsilas cecais (patotipo) e a imunidade cruzada com relação à estirpe vacinal H120 do VBI (protectotipo), incluindo as respostas imunes humorais sistêmicas e locais induzidas. Para tanto, foram utilizados grupos experimentais de galinhas “specific pathogen free” (SPF) previamente vacinadas ou não com a estirpe H120 do VBI e depois desafiados com essa variante viral, ou com a estirpe M41. Para essas duas estirpes virais foram avaliadas a capacidade de replicação e as lesões produzidas em diferentes órgãos, a atividade inibidora do movimento ciliar no epitélio traqueal e as respostas imunes humorais desenvolvidas no soro sanguíneo e na secreção lacrimal dessas aves. Foram observadas diferenças marcantes na patogenicidade e no tropismo tecidual desses vírus, sendo que a estirpe M41 apresentou replicação mais intensa e lesões mais pronunciadas no trato respiratório, especialmente na traqueia, enquanto que a estirpe variante foi encontrada de forma mais distribuída em vários dos órgãos analisados, tendo-se replicado e provocado menos lesões na traqueia, mas alcançando maior replicação e tendo causado lesões mais severas nos rins e nos testículos. Nas regiões teciduais mais afetadas por lesões, a presença do VBI foi detectada por marcação específica com anticorpos policlonais contra a nucleoproteína do VBI pela técnica de imuno-histoquímica. As aves vacinadas com a estirpe H120 do VBI, revelaram proteção parcial contra a estirpe variante em órgãos como traqueia e... / In this study a Brazilian field isolate of infectious bronchitis virus (IBV), previously classified as variant genotype, was characterized comparatively with the M41 strain of IBV, by evaluating the pathogenicity in different organs (trachea, lung, kidney, gonads and caecal tonsil) and the cross-immunity with H120 vaccine strain, including the systemic and local humoral immune responses. Experimental groups of specific pathogen free (SPF) chickens were vaccinated or not with H120 strain of IBV and challenged with this variant isolate. The viral replication and histopathology in different tissues and organs, the ability to inhibit ciliar movement of tracheal epithelial cells, and local and systemic humoral immune responses were evaluated in these chickens. The pathogenicity and tissue tropism of these IBV strains showed marked differences, and while the M41 strain damaged more the respiratory tract, specially the trachea, the variant isolated has a wide tissue distribution, showing less replication and lesions in the trachea, but affecting more severely the kidney and the testicles. In the most affected tissue regions, the presence of IBV was detected by immunohistochemistry technique, using an anti-nucleoprotein polyclonal antibodies. The H120 vaccine induced against this variant isolate a partial protection with regard to the infection of trachea and kidney and no cross-protection to the infection of testicles. In conclusion, a new pathotype and a new protectotype of a variant genotype of a Brazilian IBV isolate were characterized in this study with regard to Massachusetts genotype and serotype strains of IBV, indicating the importance for... (Complete abstract click electronic access below)

Submitted by PATRICK DA SILVA null (patrick_dasilva@ymail.com) on 2016-09-01T14:44:37Z No. of bitstreams: 1 Dissertação Patrick da Silva.pdf: 3098856 bytes, checksum: 3fb93fb0061cbc5d3f1d4f4066945e07 (MD5) / Approved for entry into archive by Juliano Benedito Ferreira (julianoferreira@reitoria.unesp.br) on 2016-09-01T18:20:53Z (GMT) No. of bitstreams: 1 silva_p_me_arafcf.pdf: 3098856 bytes, checksum: 3fb93fb0061cbc5d3f1d4f4066945e07 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-09-01T18:20:53Z (GMT). No. of bitstreams: 1 silva_p_me_arafcf.pdf: 3098856 bytes, checksum: 3fb93fb0061cbc5d3f1d4f4066945e07 (MD5) Previous issue date: 2016-07-19 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Sinalização química em bactérias patogênicas é um mecanismo empregado para interagir com o hospedeiro e sua respectiva microbiota. Através desta interação ocorre a regulação dos mecanismos de virulência. Estudando o mecanismo de sinalização química do sistema de 2-componentes QseBC em Salmonella enterica serovar Typhimurium foi aberta uma nova perspectiva para desvendar os mecanismos de patogenicidade. Dentre estes, uma nova proteína VisP (Virulence and stress-related Periplasmic protein) foi reportada. Seu papel inicial na interação com a enzima LpxO em S. Typhimurium foi anteriormente demonstrada. O antígeno-O da camada de LPS fornece proteção contra as defesas do hospedeiro e, particularmente, o comprimento de sua cadeia exerce um papel essencial. A montagem do antígeno-O possui o sistema Wzz, o qual determina o comprimento final de sua cadeia polissacarídica, e também apresenta uma distribuição tri-modal. Forma cadeias curtas (S-OAg), longas (L-OAg) e muito longas (VL-OAg) de antígeno-O. As proteínas WzzST e WzzfepE regulam, respectivamente, a síntese das cadeias L-OAg e VL-OAg. Neste estudo, os genes wzzST, wzzfepE, visP e lpxO foram mutados, via mutagênese λ Red, obtendo simples e duplos mutantes. Dados preliminares evidenciaram que há um aumento nas cadeias VL-OAg e L-OAg no mutante ΔvisP, e reciprocamente há diminuição de L-OAg em ΔlpxO. Foram feitos ensaios para avaliar a motilidade, invasão em células epiteliais e sobrevivência intracelular em macrófagos com as amostras obtidas pelos ensaios de mutagênese. Foi evidenciado uma redução de 1,2 e 1,0 ordem de magnitude nos processos de invasão e sobrevivência intracelular, respectivamente, no mutante ΔvisP em relação à amostra selvagem, conforme já descrito, e também uma redução de 70,61% na motilidade comparada com à amostra selvagem. Observou-se que a deleção dos genes wzzfepE e lpxO no mutante ΔvisP faz com que a bactéria retorne ao fenótipo da amostra selvagem nos processos de motilidade, invasão em células epiteliais e sobrevivência intracelular em macrófagos. Este efeito de complementação fenotípica não ocorre no mutante duplo ΔwzzST, apresentando os mesmos níveis do mutante simples ΔvisP, apesar deste possuir um aumento na expressão de genes envolvidos na motilidade e invasão celular comparado com o mutante ΔvisP. Aparentemente, há a atenuação destes processos patogênicos em bactérias com um alto nível de VL-OAg, levando-nos a hipotetizar que este tipo de cadeia de antígeno-O possui relevância na patogênese de S. Typhimurium. WzzfepE e LpxO apresentaram uma evidente participação nos processos de motilidade, invasão celular e sobrevivência intracelular via VisP, e possivelmente o antígeno-O de comprimento muito longo (VL-Oag) apresenta um papel de inibição nestes processos, além disso, evidenciou-se que VisP desempenha uma função relevante na montagem das cadeias de antígeno-O e na patogênese de S. Typhimurium. / Chemical signaling is a mechanism employed by several bacterial species to interact within surrounding microbiota and their host. Upon this interaction the pathogenic bacteria regulate their virulence traits. The two-component system QseBC was described on chemical signaling in Salmonella enterica serovar Typhimurium, and a novel branch of pathogenic cascade regulation was revealed. Among these mechanisms a novel protein was described, VisP (Virulence and stress related Periplasmic protein). VisP interacts with LpxO enzyme on the periplasm. The O-antigen of the LPS layer provides protection against host defenses, and particularly its chain’s length plays an essential role. The O-antigen assembly has the Wzz system, which determines the O-antigen final chain length, and also presents a tri-modal distribution. It forms short (S-OAg), long (L-OAg) and very-long (VL-OAg) O-antigen chains. The WzzST and WzzfepE proteins respectively regulate the L-OAg and VL-OAg synthesis. In this study, wzzST, wzzfepE, visP and lpxO genes were mutated via λ Red mutagenesis, obtaining single and double-mutants. Our preliminary data have shown that VisP increases VL-OAg and L-OAg, conversely LpxO diminishes L-OAg chain length. The motility, epithelial cell invasion and macrophage intracellular survival and replication were assessed with the mutants obtained. The ΔvisP presented 1,2 and 1,0 order of magnitude reduction in cell invasion and intracellular macrophage replication, respectively, comparing with WT S. Typhimurium, as described, and 70,61% less motility rate than WT. Mutating wzzfepE or lpxO genes in ΔvisP recovers the motility, epithelial cell invasion and macrophage intracellular survival and replication WT phenotypes. Nonetheless, this effect does not occur with wzzST gene deletion in ΔvisP, as this double-mutant presents the same phenotypes of ΔvisP single-mutant, although this deletion raises expression rates of motility and cell invasion related genes significantly. Apparently, these pathogenic processes are attenuated within samples with VL-Oag high levels, taking us to hypothesize that there is a correlation between this O-antigen chain length and S. Typhimurium pathogenesis. WzzfepE and LpxO presented an important role on motility, epithelial cells invasion and macrophage intracellular survival through VisP, and probably the VL-OAg inhibits these processes. Furthermore, VisP plays a relevant function on O-antigen chain assembly and pathogenesis of S. Typhimurium. / CNPq: 134434/2014-5

Submitted by JULIANA TEODORA DE ASSIS REGES null (juliana.teodora@bol.com.br) on 2016-10-21T00:48:25Z No. of bitstreams: 1 Reges-Tese-DR.pdf: 2852424 bytes, checksum: e86c4e7420b8cf40a8dcc1e723431082 (MD5) / Approved for entry into archive by Juliano Benedito Ferreira (julianoferreira@reitoria.unesp.br) on 2016-10-27T16:48:41Z (GMT) No. of bitstreams: 1 reges_jta_dr_jabo.pdf: 2852424 bytes, checksum: e86c4e7420b8cf40a8dcc1e723431082 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-10-27T16:48:41Z (GMT). No. of bitstreams: 1 reges_jta_dr_jabo.pdf: 2852424 bytes, checksum: e86c4e7420b8cf40a8dcc1e723431082 (MD5) Previous issue date: 2016-08-23 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Na primeira parte de nosso estudo descrevemos a associação de Pyricularia pennisetigena e P. zingibericola a gramíneas invasoras de áreas de trigo no centro-sul do Brasil. Desconhece-se, entretanto, qual o potencial de P. pennisetigena e P. zingibericola como patógenos de poáceas de interesse econômico para a agricultura brasileira. Dessa forma, objetivamos caracterizar o espectro de patogenicidade de P. pennisetigena e P. zingibericola a braquiária, cevada e trigo e compará-lo com P. grisea e com a espécie até recentemente descrita como P. oryzae patotipo Triticum, de ocorrência generalizada no agroecossistema brasileiro. Foram testados 20 isolados de Pyricularia spp. obtidos de amostras de folhas infectadas de plantas invasoras de campos de trigo. A classificação dos isolados em espécies distintas de Pyricularia foi efetuada usando-se filogenia molecular baseada nas sequencias parciais dos genes actina e calmodulina. Pyricularia pennisetigena e P. zingibericola inoculadas em folhas, foram patogênicas a braquiária, cevada e trigo, com diferenças na agressividade entre as espécies. Pyricularia zingibericola foi a espécie mais agressiva a braquiária e cevada, enquanto P. pennisetigena foi a espécie mais agressiva em plantas jovens de trigo. Por outro lado, P. grisea isolada de Digitaria sanguinalis ou de Urochloa spp. não infectou trigo. A análise filogenética das regiões ACT e CAL concatenadas reproduziu as relações filogenéticas e a magnitude das diferenças descritas entre Pyricularia zingibericola, P. pennisetigena, P. oryzae patotipo Triticum e P. grisea. Urochloa spp. provavelmente representam fonte permanente de inóculo inicial dos patógenos da brusone do trigo entre as épocas de cultivo. Na segunda parte desta pesquisa, foi estudado a estrutura genética de populações do patógeno da brusone do trigo, o fungo Ascomiceto Pyricularia graminis-tritici sp. nov., no centro-sul do Brasil. Os objetivos foram responder às seguintes perguntas: As populações geograficamente distintas de P. graminis-tritici do trigo eram geneticamente subdivididas? Como se distribuía a diversidade gênica e genotípica entre as populações regionais de P. graminis-tritici, cerca de 30 anos após as primeiras epidemias de brusone no Brasil? Qual o sistema reprodutivo predominante de P. graminis-tritici no país? Conclui-se que não houve subdivisão na maioria das populações geográficas contemporâneas de P. graminis-tritici do trigo, indicando mecanismo eficiente de fluxo gênico. A magnitude e a extensão do fluxo gênico entre populações geográficas de P. graminis-tritici do trigo, o sistema reprodutivo predominantemente sexual, aliados a alta diversidade genética do fungo, indicam um patógeno com alto potencial evolutivo no agroecossistema brasileiro. Outras espécies de poáceas hospedeiras com ampla distribuição geográfica no Brasil, como por exemplo, o capim-braquiária (Urochloa brizantha), podem ter importante papel no ciclo de vida e na biologia reprodutiva, na sobrevivência e na dispersão do inóculo de P. graministritici a curta e longa distâncias, mantendo as populações geográficas do patógeno conectadas. Os padrões de fluxo gênico e genotípico entre populações hospedeiro-distintas do patógeno reforçam a hipótese de que a brusone do trigo pode ter tido origem de novo a partir de populações endêmicas de P. graminis-tritici que infectam outras espécies de poáceas (nativas ou invasoras de áreas de trigo) no país. / In the first part of our study we described the association of Pyricularia pennisetigena and P. zingibericola with invasive grasses from wheat cropping areas in South-Central Brazil. However, the potential of P. pennisetigena and P. zingibericola as pathogens to poaceous plants of economic interest for Brazilian agriculture is still unknown. Therefore, this study aimed to characterize the pathogenicity spectrum of P. pennisetigena and P. zingibericola to signal grass, barley and wheat and compare with P. grisea and with the species until recently described as P. oryzae pathotype Triticum, of widespread occurrence in the Brazilian agroecosystem. Twenty isolates of Pyricularia spp. obtained from samples of infected leaves of weed species in wheat fields were tested. Classification of isolates into different species of Pyricularia was performed using molecular phylogeny based on the partial actin and calmodulin gene sequences. Pyricularia pennisetigena and P. zingibericola inoculated on leaves were pathogenic to signal grass, barley and wheat, with differences in aggressiveness between species. Pyricularia zingibericola was the most aggressive species to signal grass and barley, while P. pennisetigena was the most aggressive species to young plants of wheat. On the other hand, P. grisea isolated from Digitaria sanguinalis or Urochloa spp. did not infect wheat. Phylogenetic analysis of the concatenated regions ACT and CAL reproduced the phylogenetic relationships and the magnitude of the differences reported between Pyricularia zingibericola, P. pennisetigena, P. oryzae pathotype Triticum and P. grisea. Urochloa spp. probably represents a permanent source of initial inoculum of the wheat blast pathogens between growing seasons. In the second part of this research, we studied the genetic structure of populations of the wheat blast pathogen, the Ascomycete fungus Pyricularia graminis - tritici sp. nov., in the South-Central Brazil. The objectives were to answer the following questions: The geographically distinct populations of P. graminis-triticiwheat were genetically subdivided? How gene and genotypic diversity were distributed among regional populations of P. graminis-tritici about 30 years after the first outbreaks of wheat blast in Brazil? What is the predominant reproductive system of P. graminis-tritici in the country? We concluded that there was no subdivision among most of the contemporary geographical populations of Pyricularia graminis- tritici from wheat fields, indicating an efficient mechanism of gene flow. The magnitude and extent of gene flow among geographical populations of P. graminis-tritici, the predominantly sexual reproductive system, coupled with high genetic diversity of the fungus, indicated a pathogen with high evolutionary potential in the Brazilian agro-ecosystem. Other species of poaceous hosts with wide geographic distribution in Brazil, for example, signal grass (Urochloa brizantha) can play an important role in the life cycle and reproductive biology, survival and spread of inoculum of P. graminis- tritici at short and long distances, keeping the geographical populations of the pathogen connected. The patterns of gene and genotypic flow between host-distinct populations of the pathogen reinforce the hypothesis that the wheat blast may had a de novo origin from endemic populations of P. graminis-tritici infecting other poaceous species (native or invasive WRwheat areas) in the country.

Submitted by LARISSA NOGUEIRA DE SOUZA null (larissaiftm@gmail.com) on 2017-05-24T19:31:43Z No. of bitstreams: 1 Dissertacao_Larissa_Nogueira_de_Souza.pdf: 3902345 bytes, checksum: fc3833c63f2f779042077b0ab45fb745 (MD5) / Approved for entry into archive by Luiz Galeffi (luizgaleffi@gmail.com) on 2017-05-24T20:56:09Z (GMT) No. of bitstreams: 1 souza_ln_me_jabo.pdf: 3902345 bytes, checksum: fc3833c63f2f779042077b0ab45fb745 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-05-24T20:56:09Z (GMT). No. of bitstreams: 1 souza_ln_me_jabo.pdf: 3902345 bytes, checksum: fc3833c63f2f779042077b0ab45fb745 (MD5) Previous issue date: 2017-02-24 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / O clima tropical brasileiro propicia o desenvolvimento de inúmeras doenças fúngicas nas culturas produzidas, incluindo as fruteiras tropicais. O Brasil é um grande produtor de frutas, incluindo goiaba e manga, que são inclusive exportadas para outros países. Além das doenças conhecidas que incidem sobre essas culturas, sintomas atípicos têm sido observados em condições de campo, sem relação específica com patógenos já identificados. Assim, este trabalho teve por objetivo isolar fungos de tecidos lesionados de frutos, folhas e ramos de goiabeiras, assim como de folhas de mangueiras para estabelecer suas relações parasitárias e identificá-los molecularmente. Foram obtidos 25 isolados de goiabeiras de três municípios e dois isolados de mangueiras de um município do Estado de São Paulo. Os isolados tiveram sua região ITS rDNA (Internal Transcribed Spacer) e a região parcial do gene TEF1 (translation elongation factor 1-alpha) sequenciadas, o que proporcionou a identificação acurada dos isolados, em gênero. Os isolados de goiabeiras foram identificados como Neopestalotiopsis spp., sendo esse o primeiro relato em goiabeiras, e os isolados de mangueiras foram agrupados juntamente com as espécies Pseudopestalotiopsis theae e Pestalotiopsis trachicarpicola, sendo este também o primeiro relato dessas espécies em mangueiras. Os isolados de goiabeiras e de mangueiras foram inoculados em folhas destacadas de goiabeira ‘Paluma’, em condições de laboratório, com ferimento e sem ferimento. Em adição, os isolados oriundos de mangueiras foram inoculados em folhas destacadas de mangueiras ‘Tommy Atkins’. Os isolados causaram sintomas característicos daqueles dos quais provieram, sendo com maior severidade quando em folhas previamente feridas. No entanto, os isolados de Neopestalotiopsis spp. também foram capazes de ocasionar sintomas em folhas intactas. Concluiu-se que novos gêneros de fungos estão associados a lesões em mangueiras e goiabeiras no Brasil, os quais apresentam falta de especificidade de tecidos e hospedeiros, representando novo risco à sanidade das plantas. / The Brazilian tropical climate promotes the development of numerous fungal diseases in the crops produced in the country, including tropical fruit crops. Brazil is a major producer of fruits, including guava and mango, which are even exported to other countries. Besides the known diseases that affect these crops, atypical symptoms have been observed under field conditions, with no specific relation to pathogens already identified. Thus, this work aimed to isolate fungi from such lesions of fruits, leaves and branches of guava plants, as well as from leaves of mango plants to identify them molecularly and prove their symptomatic association with such crops. We obtained 25 isolates from guava plants located in three municipalities and two isolates from mango plants located in one municipality of São Paulo state. These isolates were submitted to sequencing of ITS rDNA region (Internal Transcribed Spacer) and the partial TEF1 gene (translation elongation factor 1-alpha), which provided the accurate identification of the isolates in genus. The isolates from guava plants were identified as Neopestalotiopsis spp. It is the first report of this genus in guava. Moreover, the isolates from mango plants were grouped with the species Pseudopestalotiopsis theae and Pestalotiopsis trachicarpicola. It is also the first report of these species in mango trees. Guava and mango isolates were inoculated on 'Paluma' guava leaves under laboratory conditions, with injury and without injury. In addition, the isolates from mango plants were inoculated on detached leaves of 'Tommy Atkins' mango. The isolates were able to cause symptoms similar to those from which they came in greater severity in wounded leaves. However, the isolates of Neopestalotiopsis spp. were also capable of causing symptoms on intact leaves. Thus, it was concluded that new genotypes of fungi are associated with lesions in mango and guava plants in Brazil, which present lack of tissue and host specificity, representing a new risk to the orchards sanity.