Thesis (M.S.)--Oregon State University, 2006. / Printout. Includes bibliographical references (leaves 85-90). Also available on the World Wide Web.

Thesis (M. Sc.)--University of Canterbury, 2008. / Typescript (photocopy). Includes bibliographical references. Also available via the World Wide Web.

The Drakensberg rock-jumper (Chaetops aurantius) is a high-altitude passerine endemic to South Africa and Lesotho, living along a highly disrupted portion of the southern Great Escarpment from the Drakensberg highlands in the north-east to the Sneeuberg in the west, above an altitude of 1500 m. Along with the Cape rock-jumper (C. frenatus), this genus provides one of the stronger faunal links between the floristic biomes known as the Drakensberg Alpine Centre (DAC) and the Cape Floristic Region (CFR). Despite this, there is a significant lack of information regarding the species. The great majority of information is based on incidental observation, and no dedicated study has been undertaken. I conducted a series of field excursions between January 2011 and November 2012 in order to explore the rock-jumper’s feeding ecology, diet, habitat usage and genetic diversity. By trapping the birds, I was able to mark them individually with unique colour ring-combinations, and pluck a tail feather for genetic analyses. Observational data reveal that birds living close to their lower altitude threshold (c. 1500 m) are strongly habitat specific, living in boulder fields dominated by grassy vegetation. However, in areas at higher elevations (c. 2000 – 2500 m) this restriction seemed to fall away, possibly as a result of farming practices in those areas – higher grazing pressure results in shorter grass and less foraging effort for the birds. They live in groups ranging from pairs to small family groups of up to twelve individuals and maintain year round territories. Territory defence takes the form of calling and displaying from a prominent rock or boulder and becomes particularly noticeable just prior to, and during, the breeding period. No colour ringed individuals were ever spotted in boulder fields outside from where they had been initially ringed. This, coupled with the behaviour of territory maintenance, suggests a strongly sedentary lifestyle. Genetic inferences are constrained by a small sample size (only 25 birds were caught), but results indicate that some genetic isolation is occurring – a single haplotype was exhibited in birds from across the southern Escarpment, while seven private haplotypes show that any genetic mixing is likely to be historical rather than current. Historical gene flow would most probably have occurred during the last glacial maximum (18 000 years before present), when the cooler, drier conditions which are currently restricted to high peaks would have been much more extensive, thereby decreasing the distance required for effective dispersal. This is in agreement with the observation results, concluding that although there has been movement of birds across the southern Escarpment in the past, it does not appear to be occurring currently. However, this does leave plenty of scope for further work, particularly in the genetic diversity of the species, and in expanding the ecological observations to include the breeding biology.

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O comércio ilegal de fauna é hoje uma das principais ameaças aos animais silvestres brasileiros, junto com a perda e degradação de habitats. O grupo pelo qual existe maior demanda é o das aves, principalmente as canoras. Paralelamente, o número de apreensões de aves provenientes do comércio ilegal tem crescido a cada ano. Apesar de um grande número de indivíduos não sobreviver, dos que sobrevivem, muitos são recuperados e estão, em teoria, aptos a voltarem à vida livre. Contudo, esforços de repatriação devem ser vistos com extrema cautela, já que grandes prejuízos podem ser trazidos para as populações naturais se inseridos nelas indivíduos de grupos genéticos diferentes. Com isso, tornam-se extremamente necessários estudos demográficos e de estrutura genética de espécies com grande demanda no comércio ilegal. Além de auxiliar tomadas de decisões sobre possíveis esforços de repatriação, estes estudos contribuirão com o maior conhecimento das espécies. Este projeto teve como objetivo o estudo da genética de populações de quatro espécies de passeriformes sabidamente de grande interesse para o comércio ilegal, procurando abranger a maior área possível de suas distribuições: o azulão (Cyanoloxia brissonii), o trinca-ferro (Saltator similis), o galo-da-campina (Paroaria dominicana) e o pixoxó (Sporophila frontalis). Foram realizadas 19 viagens a campo, coletadas 522 amostras (entre amostras de apreensão e de populações naturais) e outras foram obtidas por colaboração com diversas instituições. Foram construídas quatro bibliotecas genômicas com o intuito de desenvolver oligonucleotídeos iniciadores (primers) de marcadores microssatélites espécie-específicos, que foram posteriormente testados para as outras três espécies. Partido de mais de 700 clones sequenciados, foram descritos oito locos informativos para P. dominicana, nove para S. similis, sete para C. brissonii e quatro para S. frontalis. Por conta de dificuldade de obtenção de amostragens representativas, as análises populacionais foram realizadas com P. dominicana e S. similis. As análises de estrutura genética populacional (com 74 amostras) indicaram estruturação populacional sutil, porém significativa (p<0.01) para P. dominicana, com a descrição de três clusters: (1) nordeste, que englobou as localidades de coleta Paraíba, Trindade e Petrolina, e apresentou heterozigose observada (Ho) média de 0.736 e heterozigose esperada (He) média de 0.753; (2) sudoeste, composto pelas localidades Parnaguá, Beira Rio e Vitória da Conquista, com Ho 0.624 e He 0.731; e (3) leste, composto por Canudos e Feira de Santana, Ho 0.750 e He 0.768. A presença de estrutura genética nos marcadores nucleares e ausência no DNA mitocondrial (observada em estudos anteriores) podem indicar que existe filopatria dos machos e dispersão diferencial em P. dominicana. O teste kg não identificou sinal de expansão populacional, portanto, a hipótese de expansão populacional recente da espécie com base na expansão da Caatinga datada de quinze mil anos não foi corroborada. Foram encontrados sinais significativos de gargalo populacional recente com dois testes diferentes (Bottleneck e M-ratio) condizentes com a ocupação e degradação da Caatinga e a super-exploração da espécie nos últimos 200 anos. Além disso, os resultados permitiram o surgimento de uma nova hipótese, interessante para ser tratada em trabalhos futuros: um possível corredor de fluxo gênico entre os clusters nordeste e sudoeste, ao longo do Rio São Francisco. Por fim, foram também realizados testes de atribuição com 49 amostras de indivíduos da espécie provenientes de apreensões de fauna comercializada ilegalmente em São Paulo e todas foram atribuídas com probabilidade que variou de a 0.554 e 0.713 ao cluster nordeste. Essa tendência é relevante, e deverá ser levada em conta tanto para esforços de prevenção do tráfico da espécie, quanto o desenvolvimento de planos de repatriacão dos indivíduos apreendidos. Contudo, vale mencionar que, mesmo sempre sendo de suma importância que indivíduos apreendidos e reabilitados sejam soltos o mais próximo possível de sua real população de origem, dificilmente a mistura entre indivíduos de clusters diferentes levaria a uma depressão por exocruzamento. Não foi encontrada estrutura genética populacional significativa para S. similis (66 amostras) nem com a análise de diferenciação com populações definidas a priori, e nem através de duas análises de partição de amostras (análise discriminante de componentes principais e a realizada pelo Structure, baseada em algoritmo Bayesiano). Logo, não foi possível refutar a hipótese nula de pan-mixia. A espécie apresentou heterozigose média observada 0.643 enquanto que a esperada foi de 0.757. Os altos níveis de Hardy-Weinberg detectados sugerem que o cenário observado possa ser devido a efeitos demográficos. Os testes kg não identificaram sinal de expansão populacional recente. Entretanto, dois testes de gargalo populacional (Bottleneck e M-ratio) indicaram sinais de redução populacional recente, condizentes com a maior ocupação e degradação da Mata Atlântica e do Cerrado nos últimos 200 anos. A variação nos dialetos do canto observada para a espécie provavelmente está ligada à propagação do som nos diferentes ambientes e não a um isolamento genético entre populações. A ausência de estrutura genética permite afirmar que a probabilidade de ocorrência de depressão por exocruzamento causada por fluxo gênico entre indivíduos de origens diferentes é praticamente nula para S. similis / Wildlife trafficking is a major threat to Brazilian biodiversity, with millions of specimens withdrawn from nature every year to supply the consumer markets. In Brazil, the pet trade generates a major demand for birds. After seizure from the illegal trade, rehabilitation and release is one way of mitigating the negative impacts on wild bird populations, but those releases could create more problems for the natural populations. Knowledge of the species\' genetic structure is crucial to help avoid the possibility of outbreeding depression and to guide responsible releases. This project´s main goal was the study of the genetic structure of four passerine species, among the most trafficked birds in Brazil: ultramarine grosbeak (Cyanoloxia brissonii), green-winged saltator (Saltator similes), red-cowled cardinal (Paroaria dominicana) and buffy-fronted seedeater (Sporophila frontalis). We obtained 522 tissue/blood samples (from individuals with known orginin as well as those seized from the ilegal trade) both in field work trips and through collaboration with various institutions. We built four species-specific genomic libraries, all of which were cross-tested in the other three sepcies. From over 700 sequenced clones, we developed eight informative microsatellite loci for P. dominicana, nine for S. similes, seven for C. brissonii and four for S. frontalis. Genetic structure analyzes were performed only for P. dominicana and S. similis due to the difficulty of obtaining representative samples for the other two species. Data was analyzed both with and without a priori definition of populations using discriminant analysis of principal components, Bayesian clustering algorithms, and fixation indices. Genetic structure of P. dominicana was inferred using 71 samples with known origin and subtle but significant (p<0.01) genetic structure was found, with the description of three clusters: (1) northeast, which encompass the sampling localities of Paraíba, Trindade e Petrolina, with mean observed heterozigosity (Ho) of 0.736 and mean expected heterozigosity (He) of 0.753; (2) southwest, which encompass the localites Parnaguá, Beira Rio e Vitória da Conquista, with Ho 0.624 and He 0.731; and (3) east, which encompass Canudos and Feira de Santana, with Ho 0.750 and He 0.768. Occurrence of outbreeding depression for this species is unlikely due to high gene flow among clusters. The presence of genetic structure for nuclear markers not detected for mtDNA (previous studies) indicates male philopatry and different dispersion patterns between male and females. No population expansion signal was detected using kg tests, which precludes us from corroborating a previously proposed hypothesis of population expansion congruent with the Caating expansion 15 thousand years ago. Two tests (Bottleneck e M-ratio) indicated the occurrence of recent population bottlenecks for P. dominicana, which can be explained by the intense occupation, habitat degradation and over-exploitation of the Caatinga in the last 200 years. We also propose a new hypothesis, to be tested in future studies: the existence of a dispersion route along the Sao Francisco river, promoting gene flow between northeast and southwest clusters. Furthermore, we performed assignment tests in 49 samples from specimens seized from the illegal trade in Sao Paulo. All of them were assigned to the same \"northeast\" cluster with probability 0.554-0.713, showing a clear trend and a relevant result which corroborates police intelligence information. For S. similis, no significant genetic structure was detected (using 66 samples), so we could not refut the pan-mixia null hypothesis. Although this species\' range is a large, and now fragmented area, the possibility of outbreeding depression resulting from mixing populations is higly unlikely, which does not preclude consideration of other characteristics prior to release into the wild. The observed heterozigosity was 0.643 while the expected was 0.757. High levels of deviations from Hardy-Weinberg equilibrium may be due to population fluctuations. No population expansion signal was detected (kg test), but two tests (Bottleneck e M-ratio) indicate the occurrence of recent population bottlenecks, which could be related to the intense occupation, habitat degradation and over-exploitation of the Cerrado and Atlantic Forest in the last 200 years. Variation in song dialects observed in this species is probably related to characteristics of sound propagation in different environments, rather than to genetic isolation. Knowledge of genetic structure is one of the most important steps towards intelligent management of rehabilitated seized animals

Nesta Tese foram descritos padrões de diversificação de pássaros que ocorrem na Amazônia e na Mata Atlântica, os quais permitiram fazer inferências sobre os processos que podem ter influenciado a evolução das biotas residentes nestes biomas. Nós produzimos sequências de genes mitocondriais e nucleares para fazer inferências sobre a biogeografia histórica destes biomas. A Tese foi dividida em seis capítulos. Nos capítulos 1 a 4 os táxons Basileuterus leucoblepharus, Myrmotherula gularis e o complexo Synallaxis ruficapilla foram estudados para se entender a diversificação da Mata Atlântica. Estes estudos revelaram que os ciclos glaciais do fim do Pleistoceno tiveram importante papel na diversificação destes táxons. Ainda, atividades tectônicas ocorridas durante o Quaternário possivelmente contribuíram para a diversificação do complexo S. ruficapilla. No capítulo 5 o complexo Thamnomanes caesius/T. schistogynus foi analisado visando inferir a história evolutiva da Amazônia. Os resultados deste estudo mostraram que tanto a origem recente dos rios amazônicos (do Plioceno ao Pleistoceno) quanto os ciclos glaciais possivelmente foram responsáveis pela diversificação deste grupo. No capítulo 6 o grupo Suboscines foi estudado para compreender a dinâmica das conexões históricas entre as florestas Amazônica e Atlântica. Os resultados mostraram que os contatos históricos entre estes dois biomas correspondem a duas conexões espaço-temporais distintas: uma mais antiga durante o Mioceno através da porção sul da diagonal seca da América do sul, e uma mais recente durante o Plioceno e o Pleistoceno através da Caatinga e Cerrado no Nordeste do Brasil. Os dados desta Tese permitiram testar o papel de algumas hipóteses concorrentes na diversificação da Amazônia e da Mata Atlântica. A hipótese dos rios parece ter contribuído para a diversificação da Amazônia. A hipótese dos refúgios florestais possivelmente teve um papel crucial da diversificação da biota da Mata Atlântica. A hipótese dos refúgios também não pode ser rejeitada como um das forças que deu origem à biota da Amazônia que observamos atualmente. Eventos tectônicos e mudanças climáticas contribuíram para conexões históricas entre a Amazônia e Mata Atlântica / This PhD Dissertation describes patterns of diversification of species of passerines that occur in the Amazon and the Atlantic Forest and that allowed making inferences on the processes that may have influenced the evolution of the organisms that live in these forests. We generated sequences of mitochondrial and nuclear genes to study the historical biogeography of these biomes. This work includes six chapters. In chapters 1 to 4 we analyzed Basileuterus leucoblepharus, Myrmotherula gularis, and the Synallaxis ruficapilla complex in order to depict the diversification within the Atlantic Forest. These studies revealed that late Pleistocene glacial cycles played an important role on the diversification of these taxa. Furthermore, tectonic activities in the Quaternary may have contributed for the diversification of the S. ruficapilla complex. In chapter 5 we analyzed the Thamnomanes caesius/T. schistogynus complex in order to infer about the diversification in the Amazon. The results of this study showed that both the recent origin of Amazonian rivers (Pliocene to Pleistocene) as glacial cycles could be responsible for the diversification of these organisms. In chapter 6 we analyzed the New World suboscines in order to depict the historical connection dynamics between the Amazon and the Atlantic Forest. Our results pointed to two distinct spatiotemporal pathways connecting these forests in the past: (1) older connections during the Miocene through southern South America dry diagonal; (2) younger connections during the Pliocene to Pleistocene through Cerrado and Caatinga in northeastern Brazil. The results of this PhD Dissertation allowed us to test the role of concurrent hypotheses of diversification in the Amazon and the Atlantic Forest. The riverine hypothesis seems to have contributed to the evolution of the Amazonian biota. The refuge hypothesis seems to be the main force of diversification of organisms from the Atlantic Forest. Moreover, we could not reject the refuge hypothesis as a force of diversification of organisms that occur in the Amazon forest. Tectonic events and climate changes played important roles in the historical connection between the Amazon and the Atlantic Forest

Thesis (Ph. D.)--University of Wisconsin--Madison, 2002. / Includes bibliographical references. Also available on the Internet.

Thesis (Ph. D.)--University of Wisconsin--Madison, 2002. / eContent provider-neutral record in process. Description based on print version record. Includes bibliographical references.

Memoria para optar al Título Profesional de Médico Veterinario. / Existe evidencia de que las plantaciones de pino de Chile central albergan poblaciones de fauna silvestre. Esto implica que durante la cosecha de las plantaciones, muchos individuos deban relocalizarse, presentándose altas densidades de algunas especies en los parches remanentes de bosque nativo, aumentando la probabilidad de transmisión de enfermedades. Se describe una asociación positiva entre el tamaño poblacional del hospedero y la prevalencia y abundancia de parásitos de transmisión directa. En este estudio usando a Elaenia albiceps como modelo, se probó la hipótesis de que la densidad poblacional de las aves presentes en parches de bosque nativo se correlaciona positivamente con su carga ectoparasitaria. Además se caracterizó la fauna ectoparasitaria de aves Passeriformes; fío-fío (E. albiceps), jilguero (Sporagra barbata), zorzal (Turdus falcklandii) y rayadito (Aphrastura spinicauda). El estudio se llevó a cabo en siete fragmentos de bosque nativo insertos en matriz forestal en la región del Maule y del Bío-Bío, durante noviembre y febrero en 2012-2013 y 2013-2014. En cada sitio se estimó la abundancia de aves a través de puntos de conteos y se caracterizó el hábitat. Las aves se capturaron mediante redes nieblas y se anillaron. El muestreo de ectoparásitos se realizó inspeccionando cada ave durante cinco minutos. En el laboratorio se procesaron las muestras y se identificaron los individuos hasta el menor nivel taxonómico posible. Luego se procedió a cuantificar cada morfotipo y se calculó la prevalencia, abundancia media e intensidad media. Para responder la hipótesis se realizó una correlación de Pearson entre las variables de carga ectoparasitaria de ácaros plumícolas y piojos; y la densidad poblacional de fío-fío. Luego usando un modelo lineal generalizado (GLM) se evaluó que variables predecían la abundancia de ácaros y piojos. Se capturó un total de 134 individuos de fío-fío, 44 de jilguero, 39 de zorzal y 57 de rayadito. En el fío-fío se identificaron Anisophyllodes elaeniae, Trouessartia elaeniae, Proctophyllodes musicus, tritoninfas de Analges sp., de Calcealges sp., y posiblemente de Berladectes neotropicus. Se registró solo una especie de piojo; Tyranniphilopterus delicatulus. Los jilgueros presentaron los ácaros Strelkoviacarus critesi, Proctophyllodes spini, y los piojos Philopterus roehreri y Tyranniphilopterus delicatulus. En los zorzales se identificaron dos especies de ácaros; Proctophyllodes musicus y Tyrannidectes falcklandicus y dos especies de piojos; Brueelia magellanica y Philopterus sp. No se logró identificar dos morfotipos de ácaros. Los rayaditos no presentaron infestación por piojos. En cuanto a los ácaros se identificaron cuatro géneros: Analges sp., Trouessartia sp., Metapterodectes sp., Platyacarus sp. La principal conclusión de este trabajo es que a pesar de que se esperaba una asociación positiva entre la densidad poblacional y las variables de carga ectoparasitaria, la relación encontrada fue inversa y con un alto nivel de significancia estadística. Las covariables morfológicas y ambientales significativas del modelo no entregan mayor explicación sobre esta tendencia encontrada. La relación parásito-hospedero es compleja y hay muchos factores que influyen en ésta, por lo que es necesario profundizar en cuanto a los factores propios del hospedero y del parásito que afectan dicha relación, así como las variables ambientales. / There is evidence that pine plantations in central Chile are habitat for populations of several wildlife species. This implies that during clear-cutting process, many individuals may be forced to relocate, generating overcrowding of some species in the remaining native forest fragments. This could increase the likelihood of disease transmission. A positive association between size of host population and parasite prevalence and abundance of direct transmitted parasites is described. Using white-crested elaenia (Elaenia albiceps) as model, the hypothesis, that the population density of birds in remnants of native forest is positively correlated with the ectoparasitic load, was tested. Moreover, the ectoparasitic fauna of white-crested elaenia, black-chinned siskin (Sporagra barbata), austral thrush (Turdus falcklandii) and thorn-tailed rayadito (Aphrastura spinicauda) was characterized. The study was conducted in seven fragments of native forest remnants rounded by pine plantation in the region of Maule and Bío-Bío, during November and February in 2012-2013 and 2013-2014. At each site habitat was characterized and bird population density was estimated through point counts. Birds were captured using mist nets and banded. Ectoparasites sampling was performed inspecting each bird for five minutes. In the laboratory, samples were processed and individuals were classified to the lowest possible taxonomical level. Then, each morphotype was quantified and prevalence, mean abundance and mean intensity was calculated. To test the hypothesis, Pearson correlations were performed between mites and lice load variables; and the population density of white-crested elaenia. Using a generalized linear model (GLM), variables which could predict the abundance of mites and lice, were evaluated. A total of 134 individuals of white-crested elaenia, 44 black-chinned siskin, 39 austral thrush and 57 thorn-tailed rayadito, were captured. The white-crested elaenia presented Anisophyllodes elaeniae, Trouessartia elaeniae, Proctophyllodes musicus, tritonymphs of Analges sp., Calcealges sp., and possibly Berladectes neotropicus. Only one species of lice was recorded: Tyranniphilopterus delicatulus. Mites of flack-chinned siskin were identified as Strelkoviacarus critesi, Proctophyllodes spini, and lice as Philopterus roehreri and Tyranniphilopterus delicatulus. Thrushes presented two species of mites: Proctophyllodes musicus and Tyrannidectes falcklandicus and two species of lice; Brueelia magellanica and Philopterus sp. Two morphotypes of mites could not be identified. The thorn-tailed rayaditos showed no lice infestation. Four genera of feather mites were identified: Analges sp., Trouessartia sp., Metapterodectes sp., Platyacarus sp. The main conclusion of this work is that, althougha positive association between population density and ectoparasitic load variables was expected, the inverse relationship was found with a high level of statistical significance. However, the morphological and environmental covariates that were used in model do not provide further explanation to this trend. Host-parasite relationships are complex with many factors that influence it. Therefore, it is necessary to further study different specific factors of the host and parasite affecting this relationship, as well as environmental variables. / Financiamiento: Proyecto Fondecyt N°1120314.

Nesta Tese foram descritos padrões de diversificação de pássaros que ocorrem na Amazônia e na Mata Atlântica, os quais permitiram fazer inferências sobre os processos que podem ter influenciado a evolução das biotas residentes nestes biomas. Nós produzimos sequências de genes mitocondriais e nucleares para fazer inferências sobre a biogeografia histórica destes biomas. A Tese foi dividida em seis capítulos. Nos capítulos 1 a 4 os táxons Basileuterus leucoblepharus, Myrmotherula gularis e o complexo Synallaxis ruficapilla foram estudados para se entender a diversificação da Mata Atlântica. Estes estudos revelaram que os ciclos glaciais do fim do Pleistoceno tiveram importante papel na diversificação destes táxons. Ainda, atividades tectônicas ocorridas durante o Quaternário possivelmente contribuíram para a diversificação do complexo S. ruficapilla. No capítulo 5 o complexo Thamnomanes caesius/T. schistogynus foi analisado visando inferir a história evolutiva da Amazônia. Os resultados deste estudo mostraram que tanto a origem recente dos rios amazônicos (do Plioceno ao Pleistoceno) quanto os ciclos glaciais possivelmente foram responsáveis pela diversificação deste grupo. No capítulo 6 o grupo Suboscines foi estudado para compreender a dinâmica das conexões históricas entre as florestas Amazônica e Atlântica. Os resultados mostraram que os contatos históricos entre estes dois biomas correspondem a duas conexões espaço-temporais distintas: uma mais antiga durante o Mioceno através da porção sul da diagonal seca da América do sul, e uma mais recente durante o Plioceno e o Pleistoceno através da Caatinga e Cerrado no Nordeste do Brasil. Os dados desta Tese permitiram testar o papel de algumas hipóteses concorrentes na diversificação da Amazônia e da Mata Atlântica. A hipótese dos rios parece ter contribuído para a diversificação da Amazônia. A hipótese dos refúgios florestais possivelmente teve um papel crucial da diversificação da biota da Mata Atlântica. A hipótese dos refúgios também não pode ser rejeitada como um das forças que deu origem à biota da Amazônia que observamos atualmente. Eventos tectônicos e mudanças climáticas contribuíram para conexões históricas entre a Amazônia e Mata Atlântica / This PhD Dissertation describes patterns of diversification of species of passerines that occur in the Amazon and the Atlantic Forest and that allowed making inferences on the processes that may have influenced the evolution of the organisms that live in these forests. We generated sequences of mitochondrial and nuclear genes to study the historical biogeography of these biomes. This work includes six chapters. In chapters 1 to 4 we analyzed Basileuterus leucoblepharus, Myrmotherula gularis, and the Synallaxis ruficapilla complex in order to depict the diversification within the Atlantic Forest. These studies revealed that late Pleistocene glacial cycles played an important role on the diversification of these taxa. Furthermore, tectonic activities in the Quaternary may have contributed for the diversification of the S. ruficapilla complex. In chapter 5 we analyzed the Thamnomanes caesius/T. schistogynus complex in order to infer about the diversification in the Amazon. The results of this study showed that both the recent origin of Amazonian rivers (Pliocene to Pleistocene) as glacial cycles could be responsible for the diversification of these organisms. In chapter 6 we analyzed the New World suboscines in order to depict the historical connection dynamics between the Amazon and the Atlantic Forest. Our results pointed to two distinct spatiotemporal pathways connecting these forests in the past: (1) older connections during the Miocene through southern South America dry diagonal; (2) younger connections during the Pliocene to Pleistocene through Cerrado and Caatinga in northeastern Brazil. The results of this PhD Dissertation allowed us to test the role of concurrent hypotheses of diversification in the Amazon and the Atlantic Forest. The riverine hypothesis seems to have contributed to the evolution of the Amazonian biota. The refuge hypothesis seems to be the main force of diversification of organisms from the Atlantic Forest. Moreover, we could not reject the refuge hypothesis as a force of diversification of organisms that occur in the Amazon forest. Tectonic events and climate changes played important roles in the historical connection between the Amazon and the Atlantic Forest