La manera en que América fue poblada por los primeros grupos humanos es explicada a partirde diferentes modelos de poblamiento, que compiten en la actualidad, y que recurren aevidencias lingüísticas, arqueológicas, moleculares y osteológicas. De la misma manera, las relaciones entre las poblaciones que ocuparon la Patagonia son importantes para comprender elpoblamiento americano. Antes de acometer un estudio de variación craneofacial destinado adilucidar aspectos genético poblacionales de una región, es menester comprender los mecanismos de expresión de las variables utilizadas como marcadores. El análisis de la integración morfológica, y el estudio de regiones localizadas en el cráneo humano que responden a requerimientos funcionales o de desarrollo embrionario particulares, son necesariospara comprender si la variabilidad intra e intergrupal responde al efecto de factores ambientales o genéticos. Los objetivos de esta tesis fueron evaluar la integración morfológica a nivel craneofacial en humanos modernos, detectar estructuras localizadas en el cráneo cuyamorfología puede explicarse potencialmente a través de la adaptación al clima frío, y aplicarmodelos genético poblacionales que permitan reconstruir la historia y la estructura de laspoblaciones extinguidas de Patagonia y América. La muestra utilizada corresponde cráneoshumanos provenientes del Holoceno tardío de Patagonia y América, sobre los cuales seestudiaron variables de Howells, Componentes Funcionales, y rasgos epigenéticos. El estudiode Integración Morfológica fue realizado utilizando la base de datos de W.W. Howells, quecomprende información acerca de 47 variables en 28 poblaciones humanas modernas de todo elplaneta. Los resultados obtenidos indican que los patrones de covariación fenotípica en humanos modernos son altamente estables, y esta estabilidad se explica parsimoniosamente apartir de un mecanismo de integración morfológica condicionado por la función y la continuidad espacio-temporal del desarrollo embrionario de los rasgos. Por otro lado, el estudio de la morfología nasal en grupos de diferentes latitudes evidenció que existe un patrónespecífico que caracteriza a los grupos de alta latitud. Esta influencia ambiental no esextrapolable a otra regiones del cráneo, lo que explicaría que el cráneo humano canaliza lasrespuestas adaptativas en términos de regiones localizadas, asociadas a una función específica.Esta respuesta adaptativa no se ve reflejada en el patrón morfológico global del cráneo, que entérminos generales y desde el punto de vista multivariante, representaría una señal genética más cercana a la variación neutral que los complejos funcionales puntuales. Cuando este criterio es aplicado a modelos genético-poblacionales orientados a estudiar el poblamiento de Patagonia, se concluye que el escenario de ocupación está determinado por algunos fenómenosmicroevolutivos particulares: aislamiento y flujo génico relativamente mayor en los grupos quehabitaron la Tierra del Fuego, flujo génico limitado por aislamiento por distancia en la regioncentral, y un fuerte impacto de la inmigración de poblaciones del centro de Chile en los gruposseptentrionales. Para el caso de América, se confirma que el modelo más parsimonioso paraexplicar su poblamiento temprano implica la existencia de dos poblaciones morfológicamentediferenciadas: una población Paleoamericana, caracterizada por una morfología ancestral enHomo sapiens, originada en el pleistoceno tardío del sudeste asiático, y una poblaciónproveniente del noreste asiático, morfológicamente derivada con respecto a la primera. Los grupos modernos de amerindios tendrían su origen principalmente en esta segunda población, aunque los resultados obtenidos indican que la morfología paleoamericana sobrevivió hasta épocas recientes en áreas geográficamente aisladas como la península de Baja California. El análisis de los grupos fueguinos y patagónicos sugiere que su morfología es el resultado de un posible mestizaje entre ambas poblaciones ancestrales.