Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Química, Programa de Pós-Graduação em Química, 2012. / Submitted by Alaíde Gonçalves dos Santos (alaide@unb.br) on 2012-05-22T14:19:17Z No. of bitstreams: 1 2012_ AlexAntoniodeOliveira.pdf: 2099790 bytes, checksum: 04fa8deaf0ee58665be9bcae03d0e824 (MD5) / Approved for entry into archive by Marília Freitas(marilia@bce.unb.br) on 2012-05-24T13:36:32Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2012_ AlexAntoniodeOliveira.pdf: 2099790 bytes, checksum: 04fa8deaf0ee58665be9bcae03d0e824 (MD5) / Made available in DSpace on 2012-05-24T13:36:32Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2012_ AlexAntoniodeOliveira.pdf: 2099790 bytes, checksum: 04fa8deaf0ee58665be9bcae03d0e824 (MD5) / O desenvolvimento de resistência de organismos patogênicos (vírus, fungos, bactérias e protozoários) aos fármacos atuais tem estimulado a busca e o desenvolvimento constante por novos fármacos. Uma estratégia possível de elaboração desses compostos tem sido o procedimento de hibridização molecular que busca reunir em um mesmo composto, através de formação de ligações moleculares, diferentes grupos farmacofóricos, com a perspectiva de potencializar suas atividades. No presente trabalho, a hibridização molecular surge como estratégia de agregar em um mesmo composto três importantes núcleos farmacofóricos: quinônico, triazólico e chalcônico. Estes núcleos em separado apresentam atividades biológicas no controle de bactérias, fungos, vírus e protozoários. A literatura não apresenta até o momento relato dos três núcleos em um mesmo composto, podendo-se encontrar dois destes núcleos unidos. O procedimento experimental se pautou em agregar gradativamente cada núcleo, iniciando a síntese com o núcleo naftoquinônico, em seguida o triazólico, permitindo a geração de compostos com estes dois núcleos farmacofóricos em três etapas. A inclusão do terceiro núcleo, chalcônico, inicialmente proposta, ainda não foi alcançada pelas rotas sintéticas investigadas. ______________________________________________________________________________________ ABSTRACT / The development of resistance of pathogenic organisms (viruses, fungi, bacteria and protozoa) to current drugs has stimulated the search and constant development of new drugs. A possible strategy for preparation of these compounds has been the molecular hybridization protocol that seeks to gather in the same compound, by formation of molecular bonds, different pharmacophoric groups, with the aim of enhancing their activities. In this study, the molecular hybridization appears as a strategy to aggregate in the same compound three important nuclei pharmacophoric: quinone, triazole and chalcone. These cores have separate biological activities in the control of bacteria, fungi, viruses and protozoa. There are no reports in the literature of these three cores within the same compound. One can find two of them together. The experimental procedure is guided to gradually adding each core by starting the synthesis with the naphthoquinone core then the triazole, allowing the generation of compounds with the two pharmacophoric cores in three steps. The inclusion of the third core, chalcona, initially proposed, has not yet been reached by the synthetic rontes investigated

A mucopolissacaridose tipo I (MPS I) é uma doença genética autossômica recessiva, causada pela deficiência da enzima lisossomal α-L-iduronidase (IDUA), envolvida na degradação de dermatan e heparan sulfato. O acúmulo desses substratos nas células provoca inúmeras e variadas manifestações clínicas, acarretando diferentes formas da doença, as quais estão divididas de acordo com a sua gravidade: forma atenuada (Síndrome de Scheie – MPS I S), forma intermediária (Síndrome de Hurler-Scheie – MPS I SH) e forma grave (Síndrome de Hurler – MPS I H). O diagnóstico molecular precoce e preciso pode ser feito pela análise de DNA. Entretanto, como essa abordagem despende bastante tempo e recursos, procurou-se estabelecer uma estratégia mais eficiente de diagnóstico molecular. Inicialmente foi feita a comparação entre a metodologia tradicional e a análise por RNA através de levantamentos comparativos de tempo e custos de ambas as metodologias. A seguir, foi realizada a padronização e a validação dessa técnica. A padronização foi realizada em plasmídeo contendo cDNA de IDUA e a sua validação foi feita utilizando-se sangue e/ou fibroblastos de pacientes com diagnóstico molecular já estabelecido pela metodologia tradicional. Finalmente, foi sugerida uma nova abordagem otimizada de análise de DNA através da análise das freqüências de mutações descritas na literatura. O estudo do RNA pareceu, num primeiro momento, bastante vantajoso, sendo realizado em menos tempo e com custo reduzido para a genotipagem completa do gene. Para pesquisa das mutações comuns, a análise por RNA teve um custo mais alto, porém uma redução de 60% no tempo de processamento. Passou-se para a padronização da técnica, que foi realizada com sucesso. Entretanto, na etapa de validação observou-se que em pacientes com mutações sem sentido ou que alteram o sítio de splice, não são corretamente diagnosticados através dessa metodologia. Apenas as mutações com sentido trocado aparecem claramente, porém ainda assim pacientes heterozigotos compostos para essas mutações e uma mutação sem sentido são incorretamente diagnosticados como homozigotos, devido à falha de amplificação do alelo com mutação sem sentido. Como a abordagem proposta inicialmente não foi satisfatória, procurou-se uma estratégia otimizada de análise de DNA através do seqüenciamento direto de éxons com maior freqüência de mutações. Essa nova abordagem utilizando DNA ainda necessita ser validada em uma amostra de pacientes para que se possa conhecer o seu real impacto no tempo e custo do diagnóstico molecular de pacientes com MPS I. / Mucopolisaccharidosis type I (MPS I) is an autosomal recessive genetic disorder caused by the deficiency of the lysosomal enzyme α-L-iduronidase (IDUA), responsible for the degradation of dermatan and heparan sulfate. The storage of these undegraded or partially degraded substrates causes the various clinical manifestations of the disease that can be classified into three main forms: Scheie Syndrome (MPS I S), the attenuated form; Hurler- Scheie Syndrome (MPS I HS), the intermediate form; and Hurler Syndrome (MPS I H), the severe form. Early and precise molecular diagnosis can be performed by DNA analysis. However, as this methodology is time and resource-consuming, more efficient approaches are needed. Initially, a comparison between the traditional DNA analysis and RNA-based analysis was performed for each step of both techniques. Then, the RNA-based technique was set up using a plasmid with IDUA cDNA and validated on patients with molecular diagnosis already performed by DNA analysis. Finally, an optimized strategy for DNA-based analysis based on the mutation frequencies was proposed. In comparison with DNA-based analysis, RNA studies seem more advantageous, as it is less expensive and faster for whole gene sequencing. For the screening of common mutations it is more expensive but 60% less time-consuming. This technique was successfully set-up. However, at the validation step it was noticed that nonsense and splice site mutations are not correctly diagnosed by this methodology. Missense mutations can be clearly identified even though compound heterozygotes with nonsense mutations are wrongly diagnosed as homozygotes due to amplification failure of the nonsense carrying allele. As this approach was considered unsuitable for the analysis of MPS I patients, a new optimized strategy based on direct sequencing of selected exons was suggested. This approach still needs to be validated in a sample of patients so that its real impact on molecular diagnosis of MPS I can be established.

Introdução:Mucopolissacaridose tipo II é uma doença lisossômica causada pela deficiência da enzima idounato-2-sulfatase. A incidência de MPS II é muito baixa, geralmente menos de 1 caso para cada 1.000.000 recém-nascidos. Até o presente momento, cerca de 340 mutações foram identificadas no gene da idorunatosulfatase. Objetivo: O presente trabalho teve como objetivo principal identificar as alterações moleculares presentes em 149 pacientes brasileiros e sul americanos com diagnóstico bioquímico de MPS II. Métodos: Após a realização do protocolo inicial proposto e que incluía o sequenciamento completo do gene IDS, alguns pacientes não apresentaram alterações e foram incluídos num protocolo adicional para casos “especais”. Resultados: Uma deleção de 178pb foi encontrada na região promotora do gene, em 2 pacientes que não apresentaram alterações em região codificante, bem como outros 2 pacientes apresentaram um polimorfismo na mesma região, que nunca havia sido relatado em pacientes com MPS II. A detecção de uma deleção em 3 pacientes através da técnica de PCR convencional,exon por exon, nos mostrou que a deleção se estendia da região proximal do gene IDS até a região dos genes FRAXA e FRAXE, contudo análises adicionais, através de SNP-array, confirmaram a deleção restrita a estas regiões em 2 pacientes e identificaram a deleção total retrita ao gene IDS em outro. Após a análise de 105 pacientes com MPS II, 30 novas mutações foram encontradas o que demonstra uma grande heterogeneidade genica. Conclusão: Tais análises são importantes para elucidar o defeito básico e assim poder identificar portadoras nas famílias, o que tem uma importância fundamental para o aconselhamento genético, diagnóstico pré-natal e prevenção de novos casos. Adicionalmente, a informação sobre o defeito genéticomolecular é muito importante para a predição do fenótipo e consequentemente para a definição da melhor estratégia de tratamento. / Background: Mucopolysaccharidosis type II is a lysosomal disease caused by deficiency of the enzyme idounate-2-sulfatase. The incidence of MPS II is very low, usually less than 1 case per 1 million newborns. To date, about 340 mutations have been identified in the IDS gene. Objective: This study aimed to identify the molecular alterations present in 149 Brazilian and South American patients with biochemical diagnosis of MPS II. Methods: After molecular analysis using the initial protocol proposed, wich included complete sequencing of the IDS gene, someof the patients showed no DNA alterations of the gene coding region and were included an additional protocol for “special” cases. Results: A deletion of 178pb was found in the promoter region of the gene in two patients. An other 2 patients had a polymorphism in the same region, which had never been reported in patients with MPS II. A deletion was observed in 3 patients by conventional PCR, exon by exon, which extended from the proximal IDS gene until the fagile sites FRAXA and FRAXE. Additional analyzes using SNP-array confirmed the deletion of those regions in two patients and have identified the full deletion restricted to IDS in another. After analysis of 105 patients with MPS II, 30 new mutations were found which shows a broad genomic heterogeneity. Conclusion: Such analyzes are important to elucidate the basic defect and thus enable to identify carriers in families, which is of fundamental importance for genetic counseling, prenatal diagnosis and prevention of new cases. In addition, information about the molecular genetic defect is very important for the prediction of phenotype and thus for defining the best tstrategy for treatment.

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Medicina, Programa de Pós–Graduação em Patologia Molecular, 2012. / Submitted by Alaíde Gonçalves dos Santos (alaide@unb.br) on 2013-03-11T15:16:39Z No. of bitstreams: 1 2012_DacienedeArrudaGrossklaus.pdf: 2226412 bytes, checksum: a2beca3dd626165f4620dcfff4567b83 (MD5) / Approved for entry into archive by Guimaraes Jacqueline(jacqueline.guimaraes@bce.unb.br) on 2013-03-18T13:36:23Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2012_DacienedeArrudaGrossklaus.pdf: 2226412 bytes, checksum: a2beca3dd626165f4620dcfff4567b83 (MD5) / Made available in DSpace on 2013-03-18T13:36:23Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2012_DacienedeArrudaGrossklaus.pdf: 2226412 bytes, checksum: a2beca3dd626165f4620dcfff4567b83 (MD5) / O fungo dimórfico Paracoccidioides é o agente etiológico da paracoccidioidomicose, uma doença adquirida pela inalação de conídios ou fragmentos de micélio que transitam para a fase patogênica, leveduriforme, nos pulmões do hospedeiro. Após a infecção, a sobrevivência do fungo depende da evasão do sistema imune e adaptação ao ambiente hostil do hospedeiro. Macrófagos alveolares são a primeira linha de defesa contra Paracoccidioides e para conter a infecção essas células produzem várias substâncias nocivas como o peróxido de hidrogênio (H2O2) que desencadeia o estresse oxidativo. Para investigar os efeitos que H2O2 causa no proteoma de Paracoccidiodes, foi utilizada a técnica de eletroforese em gel bidimensional (2-DE) para analisar as proteínas diferencialmente expressas durante a resposta inicial (2 h) e tardia (6 h) ao H2O2. A análise 2-DE revelou um total de 179 proteínas/spots diferencialmente expressos (116 spots com expressão aumentada e 63 com expressão diminuída). As proteínas/spots diferencialmente expressas foram submetidas à identificação por meio da espectrometria de massas e submissão da massa monoisotópica dos peptídeos ao banco de dados do NCBI. Todos os spots/proteínas foram identificados com sucesso e agrupados de acordo com a categoria funcional - FunCat2. Resgate, defesa e virulência celular, metabolismo e energia foram as categorias com as maiores freqüências de proteínas/isoformas. Várias enzimas antioxidantes, como catalase, superóxido dismutase, peroxidases e tioredoxinas foram identificadas, bem como outras oxidoredutases que estão provavelmente envolvidas na resposta contra o estresse oxidativo. O perfil metabólico foi caracterizado, verificando-se ativação da via das pentoses fosfato, uma importante fonte geradora de NADPH celular. No intuito de confirmar os dados proteômicos, ensaios confirmatórios de atividade enzimática, citometria de fluxo e análises dos níveis transcricionais e de NADPH foram realizados e se mostraram concordantes com os dados obtidos na análise proteômica. Os resultados sugerem que Paracoccidioides possui um amplo repertório antioxidante, composto por diferentes proteínas que atuam de maneira complementar, que foram capazes de detoxificar as EROs e de minimizar os efeitos causados pelo estresse oxidativo. _______________________________________________________________________________________ ABSTRACT / The dimorphic fungus Paracoccidioides is the etiologic agent of paracoccidioidomycosis, a disease acquired by inhalation of infective airborne conidia or mycelia fragments that transit to the pathogenic yeast phase in the host lungs. Upon infection, fungal survival depends on evasion from the immune system and adaptation to the host environment. Alveolar macrophages are the first defense cells line against Paracoccidioides and aiming to restrict the fungal infection, macrophages produce several harmful substances, such as hydrogen peroxide (H2O2) that triggers oxidative stress. To investigate the effect of H2O2 on the proteome of Paracoccidiodes, we used a large scale 2-DE protein gel electrophoresis approach to analyze differentially expressed proteins that were detected in early (2 h) and in late (6 h) H2O2-treatments. The 2-DE analysis revealed a total 179 spots differentially expressed (116 proteins spots with increased expression and 63 with decreased expression). Differentially expressed proteins were subjected to identification by mass spectrometry and by submi tting the monoisotopic mass of the peptides to the NCBI non reduntand database. All spots were successfully identified and they were grouped according the functional category - FunCat2. Cell rescue, defense and virulence, metabolism and energy were the categories that showed the most number of occurrences of the proteins/isoforms. Several antioxidant enzymes, such as catalase, superoxide dismutase, peroxidases and thioredoxins were identified, as well as others oxidoreductases putatively involved with defense against oxidative stress. A view of the metabolic cell profile depicted an activation of the pentose phosphate pathway, a great source of cellular reducing power in the form of NADPH. Confirmatory assays of enzymatic activity, flow cytometry, transcript levels and NADPH measurements, produced data in agreement with proteomic analysis. The results indicated that Paracoccidioides has several antioxidant systems, including various proteins that complementarlly were able to detoxified ROS and minimized the damage triggered by oxidative stress.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Medicina, 2007. / Submitted by Diogo Trindade Fóis (diogo_fois@hotmail.com) on 2009-12-08T10:36:17Z No. of bitstreams: 1 2007_CarlaLeticiaGedielRivero.pdf: 3459597 bytes, checksum: 39f2c2a51a7a940db8910f697cd129c0 (MD5) / Approved for entry into archive by Carolina Campos(carolinacamposmaia@gmail.com) on 2009-12-08T17:39:37Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2007_CarlaLeticiaGedielRivero.pdf: 3459597 bytes, checksum: 39f2c2a51a7a940db8910f697cd129c0 (MD5) / Made available in DSpace on 2009-12-08T17:39:37Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2007_CarlaLeticiaGedielRivero.pdf: 3459597 bytes, checksum: 39f2c2a51a7a940db8910f697cd129c0 (MD5) Previous issue date: 2007-02-02 / O comprometimento da qualidade da água, devido às atividades humanas, chama a atenção para os desequilíbrios ecológicos. Dentre os diversos fatores que contribuem para a poluição do ambiente aquático estão à emissão de efluentes industriais, domésticos ou de origem desconhecida. Portanto, este trabalho foi realizado com o objetivo de avaliar as águas do Lago Paranoá no Distrito Federal, de modo a verificar a genotoxicidade do ambiente por meio de peixes nativos e exóticos que habitam o lago. Foram realizadas cinco coletas em pontos distintos do lago, sendo quatro pontos nos braços (do Torto, Bananal, Riacho Fundo e do Gama) e um na zona central (Ermida Dom Bosco). Após a coleta das espécies Geophagus brasiliensis (acará amarelo), Cichla temensis (tucunaré), Hoplias malabaricus (traíra), Astyamax binaculatus lacustres (lambari), Oreochromis niloticus (Tilápia do Nilo), Cyprinus carpio (carpa), Steindacnerina insculpita (sagüiru), foram aplicadas metodologias do teste de micronúcleo, anomalias nucleares e o ensaio do cometa. A partir destes resultados pode-se verificar que a espécie Cichla temensis foi a que apresentou maior freqüência de micronúcleos e a espécie Steindacnerina insculpita o maior índice de danos, dados encontrados por meio dos testes de MN e cometa, respectivamente. Além dos testes genotóxicos, foi realizada uma análise morfológica das gônadas de O. niloticus. Como controle positivo, utilizou-se o nonilfenol, conhecido poluente industrial, com efeito, sabidamente estrogênico. Os ensaios de genotoxicidade (micronúcleos e cometa) aplicados com nonilfenol apresentaram resultados negativos. Na concentração de 16 µL/L, observamos alterações gonadais como o aumento do tamanho dos ovócitos, bem como precocidade no processo de maturidade sexual em ambos os sexos. A análise morfométrica das gônadas femininas mostrou um aumento de duas vezes dos ovócitos tipo V nos animais tratados em relação aos ovócitos do controle. Estes resultados foram utilizados como parâmetros para a avaliação dos efeitos do efluente final das estações de tratamento de esgoto da Asa Norte e Sul. Os efluentes finais das estações de tratamento de esgoto não apresentaram diferenças significativas na classificação dos estádios de maturação em relação ao controle, sobre as gônadas de O. niloticus expostas por 72 horas e submetidas aos mesmos ensaios do nonilfenol. _______________________________________________________________________________ ABSTRACT / The commitment of water quality due to human activities have been causing ecological disturbances in water ecosystems. Among different sources that contribute to water pollution, industrial and domestic effluents are well-known to have genotoxic properties. Therefore, this study was carried out with the propose of evaluating the waters of Lake Paranoá for genotoxic risk, using different specie of fishes. Fishes were sampled in five sites (Torto, Bananal, Riacho Fundo, Gama e Ermida Dom Bosco). The fish species Geophagus brasiliensis, Cichla temensis, Hoplias malabaricus, Astyamax bimaculatus lacustres, Oreochromis niloticus, Cyprinus carpio and Steindacnerina insculpita were studied through micronucleus test, comet assay and nuclear abnormalities in peripheral erythrocytes. Our results showed that Cichla temensis presented the highest frequency of micronucleus and Steindacnerina insculpita the highest DNA damage index, comparing to among the other studies species. The final effluent of the two wastewater treatment plant of Brasília City that address to the Lake Paranoá were also investigated on their possible endocrine activity on the gonads of fish. This study was carried out in O. niloticus exposed to final treated effluents for 72 hours. Nonylphenol ethoxylated (NP) is known by its estrogenic effects, was used as positive control. NP was tested also for genotoxicity in O. niloticus and both comet assay and micronucleus test and showed negative results. At concentration of 16 L/L, NP showed significant activity causing premature growing of the ovocites and premature sexual maturity both in males and females. The morphometric analisis of females gonads were based in the ovocites in stage five. Comparing the ovocites size between control and treated fish, the results clearly demonstrated hormonal-like effect of NP. The exposure of O. niloticus to final effluent of the wastewaters treatment plants did not show an increased number of stage five ovocites.

A mucopolissacaridose tipo I (MPS I) é uma doença genética autossômica recessiva, causada pela deficiência da enzima lisossomal α-L-iduronidase (IDUA), envolvida na degradação de dermatan e heparan sulfato. O acúmulo desses substratos nas células provoca inúmeras e variadas manifestações clínicas, acarretando diferentes formas da doença, as quais estão divididas de acordo com a sua gravidade: forma atenuada (Síndrome de Scheie – MPS I S), forma intermediária (Síndrome de Hurler-Scheie – MPS I SH) e forma grave (Síndrome de Hurler – MPS I H). O diagnóstico molecular precoce e preciso pode ser feito pela análise de DNA. Entretanto, como essa abordagem despende bastante tempo e recursos, procurou-se estabelecer uma estratégia mais eficiente de diagnóstico molecular. Inicialmente foi feita a comparação entre a metodologia tradicional e a análise por RNA através de levantamentos comparativos de tempo e custos de ambas as metodologias. A seguir, foi realizada a padronização e a validação dessa técnica. A padronização foi realizada em plasmídeo contendo cDNA de IDUA e a sua validação foi feita utilizando-se sangue e/ou fibroblastos de pacientes com diagnóstico molecular já estabelecido pela metodologia tradicional. Finalmente, foi sugerida uma nova abordagem otimizada de análise de DNA através da análise das freqüências de mutações descritas na literatura. O estudo do RNA pareceu, num primeiro momento, bastante vantajoso, sendo realizado em menos tempo e com custo reduzido para a genotipagem completa do gene. Para pesquisa das mutações comuns, a análise por RNA teve um custo mais alto, porém uma redução de 60% no tempo de processamento. Passou-se para a padronização da técnica, que foi realizada com sucesso. Entretanto, na etapa de validação observou-se que em pacientes com mutações sem sentido ou que alteram o sítio de splice, não são corretamente diagnosticados através dessa metodologia. Apenas as mutações com sentido trocado aparecem claramente, porém ainda assim pacientes heterozigotos compostos para essas mutações e uma mutação sem sentido são incorretamente diagnosticados como homozigotos, devido à falha de amplificação do alelo com mutação sem sentido. Como a abordagem proposta inicialmente não foi satisfatória, procurou-se uma estratégia otimizada de análise de DNA através do seqüenciamento direto de éxons com maior freqüência de mutações. Essa nova abordagem utilizando DNA ainda necessita ser validada em uma amostra de pacientes para que se possa conhecer o seu real impacto no tempo e custo do diagnóstico molecular de pacientes com MPS I. / Mucopolisaccharidosis type I (MPS I) is an autosomal recessive genetic disorder caused by the deficiency of the lysosomal enzyme α-L-iduronidase (IDUA), responsible for the degradation of dermatan and heparan sulfate. The storage of these undegraded or partially degraded substrates causes the various clinical manifestations of the disease that can be classified into three main forms: Scheie Syndrome (MPS I S), the attenuated form; Hurler- Scheie Syndrome (MPS I HS), the intermediate form; and Hurler Syndrome (MPS I H), the severe form. Early and precise molecular diagnosis can be performed by DNA analysis. However, as this methodology is time and resource-consuming, more efficient approaches are needed. Initially, a comparison between the traditional DNA analysis and RNA-based analysis was performed for each step of both techniques. Then, the RNA-based technique was set up using a plasmid with IDUA cDNA and validated on patients with molecular diagnosis already performed by DNA analysis. Finally, an optimized strategy for DNA-based analysis based on the mutation frequencies was proposed. In comparison with DNA-based analysis, RNA studies seem more advantageous, as it is less expensive and faster for whole gene sequencing. For the screening of common mutations it is more expensive but 60% less time-consuming. This technique was successfully set-up. However, at the validation step it was noticed that nonsense and splice site mutations are not correctly diagnosed by this methodology. Missense mutations can be clearly identified even though compound heterozygotes with nonsense mutations are wrongly diagnosed as homozygotes due to amplification failure of the nonsense carrying allele. As this approach was considered unsuitable for the analysis of MPS I patients, a new optimized strategy based on direct sequencing of selected exons was suggested. This approach still needs to be validated in a sample of patients so that its real impact on molecular diagnosis of MPS I can be established.

Introdução:Mucopolissacaridose tipo II é uma doença lisossômica causada pela deficiência da enzima idounato-2-sulfatase. A incidência de MPS II é muito baixa, geralmente menos de 1 caso para cada 1.000.000 recém-nascidos. Até o presente momento, cerca de 340 mutações foram identificadas no gene da idorunatosulfatase. Objetivo: O presente trabalho teve como objetivo principal identificar as alterações moleculares presentes em 149 pacientes brasileiros e sul americanos com diagnóstico bioquímico de MPS II. Métodos: Após a realização do protocolo inicial proposto e que incluía o sequenciamento completo do gene IDS, alguns pacientes não apresentaram alterações e foram incluídos num protocolo adicional para casos “especais”. Resultados: Uma deleção de 178pb foi encontrada na região promotora do gene, em 2 pacientes que não apresentaram alterações em região codificante, bem como outros 2 pacientes apresentaram um polimorfismo na mesma região, que nunca havia sido relatado em pacientes com MPS II. A detecção de uma deleção em 3 pacientes através da técnica de PCR convencional,exon por exon, nos mostrou que a deleção se estendia da região proximal do gene IDS até a região dos genes FRAXA e FRAXE, contudo análises adicionais, através de SNP-array, confirmaram a deleção restrita a estas regiões em 2 pacientes e identificaram a deleção total retrita ao gene IDS em outro. Após a análise de 105 pacientes com MPS II, 30 novas mutações foram encontradas o que demonstra uma grande heterogeneidade genica. Conclusão: Tais análises são importantes para elucidar o defeito básico e assim poder identificar portadoras nas famílias, o que tem uma importância fundamental para o aconselhamento genético, diagnóstico pré-natal e prevenção de novos casos. Adicionalmente, a informação sobre o defeito genéticomolecular é muito importante para a predição do fenótipo e consequentemente para a definição da melhor estratégia de tratamento. / Background: Mucopolysaccharidosis type II is a lysosomal disease caused by deficiency of the enzyme idounate-2-sulfatase. The incidence of MPS II is very low, usually less than 1 case per 1 million newborns. To date, about 340 mutations have been identified in the IDS gene. Objective: This study aimed to identify the molecular alterations present in 149 Brazilian and South American patients with biochemical diagnosis of MPS II. Methods: After molecular analysis using the initial protocol proposed, wich included complete sequencing of the IDS gene, someof the patients showed no DNA alterations of the gene coding region and were included an additional protocol for “special” cases. Results: A deletion of 178pb was found in the promoter region of the gene in two patients. An other 2 patients had a polymorphism in the same region, which had never been reported in patients with MPS II. A deletion was observed in 3 patients by conventional PCR, exon by exon, which extended from the proximal IDS gene until the fagile sites FRAXA and FRAXE. Additional analyzes using SNP-array confirmed the deletion of those regions in two patients and have identified the full deletion restricted to IDS in another. After analysis of 105 patients with MPS II, 30 new mutations were found which shows a broad genomic heterogeneity. Conclusion: Such analyzes are important to elucidate the basic defect and thus enable to identify carriers in families, which is of fundamental importance for genetic counseling, prenatal diagnosis and prevention of new cases. In addition, information about the molecular genetic defect is very important for the prediction of phenotype and thus for defining the best tstrategy for treatment.

Submitted by Priscila Nascimento (pnascimento@icict.fiocruz.br) on 2012-11-13T18:17:33Z No. of bitstreams: 1 carlos-renato-calvet.pdf: 572867 bytes, checksum: 445d1b96d9a8d9baadaf7ef3d8852421 (MD5) / Made available in DSpace on 2012-11-13T18:17:33Z (GMT). No. of bitstreams: 1 carlos-renato-calvet.pdf: 572867 bytes, checksum: 445d1b96d9a8d9baadaf7ef3d8852421 (MD5) Previous issue date: 2007 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto de Tecnologia em Imunobiológicos. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil. / No Brasil, a Leishmaniose Visceral (LV) é uma antropozoonose que representa grave problema de saúde pública, presente em 19 estados da federação, com cerca de 3.500 casos humanos anuais. O agente etiológico da LV é um protozoário do gênero Leishmania, cujos vetores são insetos da sub-família Phlebotominae, sendo o Lutzomyia longipalpisa principal espécie das Américas. O cão é o mais importante reservatório da doença, atuando como hospedeiro doméstico o que torna necessária maior atenção sobre o papel destes animais na transmissão da doença e conseqüente urbanização. O controle da população canina consiste, principalmente, na eliminação de cães infectados e diagnosticados por exames parasitológicos ou sorológicos positivos para a leishmaniose visceral canina (LVC). Resultados sorológicos falso-positivos e falso-negativos podem levar à eutanásia animais supostamente infectados, determinando dados epidemiológicos imprecisos. Bio-Manguinhos produz e distribui os kits de LVC mais utilizados na rede de Laboratório Público do país: incluem-se os testes imunoenzimático (ELISA) e o teste de Imunofluorescência Indireta (IFI). O objetivo desta Dissertação foi pôr em execução um Programa de Avaliação Externa da Qualidade dos testes sorológicos da LVC em instituições localizadas em áreas endêmicas do país. Distribuímos, em outubro de 2006, carta-convite e questionário de cadastramento a 51 instituições responsáveis por realizar o diagnóstico sorológico no país com 78% de adesão (40). Sendo assim, em dezembro de 2006, enviamos um painel sorológico composto por 6 amostras de soro canino, por quatro (4) amostras positivas e duas (2) amostras negativas, todas com certeza diagnóstica confirmadapor ELISA e IFI, junto a um protocolo para o preenchimento dos resultados obtidos. Dos 75% laboratórios (30) que realizaram os exames, 30% (9) foram não-conformes, totalizando 10 erros. Os percentuais de resultados incorretos por metodologia obtidos nesse painel de AEQ-LVC foram 3,7% (4/108 / ELISA) e 3,4% (6/176 / IFI). As respostas dos questionários e dos resultados na sorologia dos painéis foram armazenadas em um banco de dados construído em software estatístico SPSS WIN 11.0. Apoiado nas informações do banco de dados, diversos aspectos foram analisadas (percentil, mediana, desvio-padrão). Além disso, correlações entre realização prévia em Programa de Avaliação Externa da Qualidade (AEQ) foram correlacionadas àsvariáveis de estrutura e processo. A maioria dos laboratórios pertence à Rede Pública, sendo estaduais pouco mais da metade (55%). Apresentam funcionáriosexclusivos para realização da sorologia para LVC em 70% das instituições, com metade dos serviços contando, pelo menos, com um funcionário com instrução superior. Independente do nível de instrução, a experiência dos funcionários na execução do exame de IFI aproxima-se do dobro (em média 6 anos) daquela relativa à execução do ELISA. Quanto às informações estruturais, itens ligados à qualidade demonstraram que 77,5% das instituições possuem Procedimentos Operacionais Padrão (POP); 95,0% afirmaram utilizar equipamento de proteção individual (EPI) emais da metade (60%) dos laboratórios não calibra equipamentos e dentre esses um terço (31,3%) o faz com periodicidade irregular ou acima da anual. Por intermédio de painéis sorológicos, o AEQ-LVC pretende contribuir como importante instrumento para melhoria do desempenho dos laboratórios públicos. / Visceral leishmaniasis (VL) is one anthropozoonose that represents a serious problem of public health in Brazil with 3.500 new annual cases in 19 states of the country. The etiological agent of VL is a protozoa of the genus Leishmania, whose vectors are insects of the sub-family Phlebotominae, being the Lutzomyia longipalpis, the main species found in the Americas. The dog is the most important reservoir of the parasite acting as a domestic host, demanding agreater attention on the role of these animals in the transmission of the illness and its consequent urbanization. The control of the canine population consists mainly inthe elimination of infected dogs, diagnosed by parasitological examinations or positive serological tests for canine visceral leishmaniasis (CVL). False-positive and false-negative serological results may lead to the euthanasia of supposedly infected animals and the attainment of imprecise epidemiological data. Bio-Manguinhos produces and distributes the most consumed kits for CVL used in Brazil’s public laboratory network including immunoenzyme (ELISA) and indirect immunofluorescence (IFI) tests. The objective of the present study was to initiate a Program of External Quality Assessment (EQA) for CVL serological tests, in institutions located in endemic areas of the country. In October 2006, an invitation letter together with anenrollment form was sent to 51 institutions responsible for the serological diagnosis in the country to which 78% (40) had adhered. In December 2006, along with a protocol to be fulfilled with the results a serological panel was sent containing: four (4) positive and two (2) negative samples of canine serum, all of them confirmed by ELISA and IFI. Of the 30 (75%) laboratories that performed the exams, 9 (30%) werenot in agreement, totalizing 10 errors. The percentage of incorrect results by methodology obtained for this EQA-CVL panel was 3,7% (4/108) for ELISA and 3,4% (6/176) for IFI. The information obtained from the serological panel results was stored in a data bank, constructed in SPSS WIN 11.0 statistical software. Based on this data bank, some statistical were analyzed. Furthermore, correlations between previous programs of external quality assessment (EQA) were performed to compare structural and process variables. The majority of the laboratories belong to the public network with more than a half (55%) belonging to the state. Exclusive employees that perform CVL serology were found in 70% of the institutions and half of the servicespossess at least one employee with superior instruction. Independently of the instruction level, the employees experience on IFI is about 2 times greater (6 years) than thatrelated to ELISA tests. Concerning structural information, quality related items showed that 77,5% of the institutions possess Standard Operating Procedures (SOP), 95,0% use Individual Protection Equipment (IPE), more than a half (60%) do not calibrate equipments and amongst the ones that do the calibration, one-third (31,3%)make it with irregularly or over annual periodicity. Through serological panels, theEQA-CVL might contribute as an important instrument to improve the performance of public laboratories.

Made available in DSpace on 2015-07-22T20:49:51Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010-11-24 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Pacientes transplantados de órgãos sólidos apresentam alto risco para infecção da corrente sanguínea. A instituição da terapia antimicrobiana apropriada guiada por um diagnóstico rápido e preciso das infecções da corrente sangüínea está relacionada a um resultado satisfatório. O objetivo deste estudo foi a detecção de bactérias Grampositivas e Gram-negativas em hemocultura automatizada (Bactec®, Becton Dickinson), com a utilização do multiplex para reação da polimerase em cadeia (PCR) em Tempo Real e detecção de genes de resistência. Métodos: Um total de 185 hemoculturas, 126 positivas e 59 negativas, foram obtidos de 117 pacientes submetidos a transplante de órgãos sólidos, dois centros de transplante na cidade de São Paulo, Brasil, Hospital São Paulo e Hospital do Rim e Hipertensão. DNA das culturas de sangue foi extraído pelo método fenol clorofórmio (Brazol®, LGC, Brasil). A detecção do DNA bacteriano foi realizada utilizando iniciadores universais do gene 16S rRNA. A diferenciação entre as bactérias Gram-positivas e Gram-negativas foi feito por hibridização com sondas específicas por multiplex TaqMan em Tempo Real. Os genes de resistência: blaSHV, blaTEM, blaCTX-M, blaKPC, blaSPM, blaVIM, blaIMP, vanA, vanB e mecA foram detectadas utilizando iniciadores específicos, em Tempo Real sitema SYBR Green. A adequação do tratamento antimicrobiano foi avaliada pela revisão do prontuário dos pacientes. Resultados: Cinqüenta e nove amostras foram positivas para bactérias Gram-positivas e sessenta e sete amostras foram positivas para bactérias Gram-negativas. Todas as amostras (100%) foram concordantes entre hemocultura e PCR. Trinta e duas amostras foram positivas para o gene mecA, cinco para o gene blaCTX-M, uma para o gene blaKPC, uma para o gene blaSHV e uma para blaTEM. Oitenta e oito foram negativas para todos os genes. A detecção de genes de resistência a antimicrobianos favoreceria a adequação da antibioticoterapia, particularmente no descalonamento no tratamento de bacteremias causadas por bactérias Gram positivas e na adequação precoce no tratamento de bacteremias por bacilos Gram negativas multiresistentes em pacienetes tranplantados de órgãos sólidos. Conclusão: A PCR multiplex “in house” para bactérias Gram-positivas e Gram-negativas e detecção de genes de resistência aos antimicrobianos por PCR em Tempo Real poderia ser útil para o diagnóstico rápido da infecção da corrente sangüínea em pacientes submetidos a transplante de órgão sólidos. / Solid organ transplanted patients are at high risk for blood stream infection. The institution of appropriate antimicrobial therapy guided by a rapid and accurate microbiological diagnosis of blood stream infections is related to a successful outcome. The aim of this study was the detection of Gram-positive and Gram-negative bacteria from automated blood cultures (Bactec®, Becton Dickinson) with the use of the multiplex real-time polymerase chain reaction (PCR) and detection of antimicrobial resistance genes. Methods: A total of 185 blood cultures, 126 positive and 59 negative, were obtained of 117 patients submitted to solid organ transplant at two transplant centers in the city of São Paulo, Brazil, Hospital São Paulo and Hospital do Rim e Hipertensão. DNA from the blood cultures was extracted by phenol chloroform method (Brazol®, LGC, Brazil). The detection of bacterial DNA was performed using universal primers of 16S rRNA gene. The differentiation between Gram-positive and Gram-negative bacteria was done by hybridization with Gram-specific probes by multiplex real-time TaqMan. The resistance genes: blaSHV, blaTEM, blaCTX-M, blaKPC, blaSPM, blaVIM, blaIMP, vanA, vanB and mecA were detected using specific primers by real-time SYBR Green. The adequacy of antimicrobial treatment was evaluated by reviewing the records of patients. Results: Fifty nine samples were positive for Grampositive and sixty seven samples were positive for Gram-negative. All samples (100%) were concordant between blood culture and PCR. Thirty two samples were positive for mecA gene, five for blaCTX-M gene, one for blaKPC gene, one for blaSHV gene and one for blaTEM. Eighty eight were negative for all genes. The detection of antimicrobial resistance genes could enhance the appropriateness of antibiotic therapy, particularly in descalation the treatment of bacteremia caused by Gram positive and early adequacy in the treatment of Gram negative bacteremia of solid organ transplanted patients. Conclusion: The in house multiplex PCR for Grampositive/ Gram-negative bacteria and detection of antimicrobial resistance genes by Real Time PCR could be useful for rapid diagnosis of bloodstream infection in patients undergoing solid organ transplant. / FAPESP: 2008/04761-8 / TEDE / BV UNIFESP: Teses e dissertações

Made available in DSpace on 2016-03-08T14:00:32Z (GMT). No. of bitstreams: 2 daniela_pereira_ioc_dout_2010.pdf: 4935523 bytes, checksum: a1a6007d45d89b72eecfd82e24256149 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2016-01-13 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / No presente estudo, a metodologia de PCR multiplex seguida de hibridização não radioativa direcionada para a região conservada dos minicículos do kDNA (gênero Leishmania) e para o gene constitutivo cacophony de flebotomíneo (gênero Lutzomyia) foi inicialmente empregada para a avaliação da taxa de infecção natural em flebotomíneos provenientes de diferentes áreas endêmicas de LT e LV do Brasil, as quais apresentam diferentes graus de endemicidade e transmissão para uma ou outra forma da doença. Para a determinação do índice de infecção natural, considerou-se o mínimo de 1 (um) inseto infectado em cada pool positivo. Em Saquarema, foram constituídos polls de Lu. Intermédia (13\2642 / 30\2640) e Lu. Migonei (0\2642 / 3\2640), sendo que nehum grupo de fêmea foi positivo para infecção por Leishmania spp. O mesmo ocorreu em Além Paraíba e Rio Bonito, onde foram coletados exemplares apenas de Lu. Intermédia, totalizando a formação de pools consistindo de 11\2642 / 30\2640 e 8\2642 / 27\2640, respectivamente. No município do Rio de Janeiro foram constituídos polls de Lu. intermedia (27\2642 / 32\2640 ), onde 5/32 (15,6%) grupos de fêmeas forampositivos (dois da localidade Pau da Fome e três de Colônia Juliano Moreira), e Lu. Migonei (8\2642 / 5\2640) com 3/5 (60%) polls de fêmeas positivos (um de Colônia Jmoreira e 2 de Pau da Fome). Os ensaios de hibridização confirmaminfecção por L. (V.) braziliensis nos 8/37 pools positivos, indicando un índice mínimo de infecção natural de cerca de 2% nos flebótomos avaliados. Em Porto Alegre também foram obtidos resultados positivos para infecção por L. (V.) braziliensis em 3/98 (3,1%) grupos de fêmeas de Lu. Neivai e 2/52 correspondentes à Lu. Fischerii (3,8%), representando um índice mínimo de infecção natural de cerca de 0,3% para as duas espécies de flebótomos. Não foram obtidos resultados positivos para os pools de fêmeas de Lu. Migonei (n=28) e Lu. Lanei (n=2) coletados na região. Os resultados de Porto Alegre permitiram confirmar estudos prévios que sugeriram Lu. Neivai como principal vetor de LTA no municipio. Em Corumbá foram formados polls para as espécies Lu. Cruzi (12\2642 / 13\2640) e Lu. Foratinii (6\2642 / 14\2640). Nesse município identificamos infecção por L. Infantum chagasi em 2/13 (15,4%) amostras de fêmeas de Lu. Cruzi e em 1/14 (7,1%) de Lu. Forattinii, representando um índice total de infecção natural de 1,1% (3/27). Os dados obtidos em Corumbá reafirmaram a importância de Lu. Cruzi como principal espécie vetora de LV no município, além de sugerir o papel de Lu. Forattinii como segunda espécie transmissora da doença nesta região. Visando o estudo da estimativa da carga parasitária nos pools de fêmeas que foram positivos pelos ensaios de PRC multiplex-hibridização, padronizamos a metodologia de PRC em tempo real, utilizando o sistema de detecção SYBR Green (para os dois alvos separadamente \2013 cacophony e kDNA), o qual nos permitiu detectar, quantificar e também diferenciar os parasitos no nível de subgênero, através da curva de dissociação dos produtos amplificados dos kDNA. Em relação às amostras provenientes de Corumbá, os polls positivosapresentaram uma quantificação de cerca de 100 parasitos/pool (2 de Lu. Cruzi e 1 de Lu. Foratinii). Além desses, dois novos polls de Lu. Foratinii foram positivos, com cerca de 10 e 1 parasitos cada. Em Porto Alegra, dos 5 pools positivos pela PCR multiplex, 3 foram quantificados com cerca de 100 parasitos (2 Lu. Neivai e 1 Lu fischerii), os outros 2 apresentaram uma média de 10 parasitos (1 lu. Neivai e 1 Lu. Fischeri). As amostras coletadas no Rio de Janeiro apresentaram uma quantidade média de 10 parasitos cada (4 de Lu. Intermedia e 3 de Lu. Migonei), sendo que um polls de Lu. Intermedia positivo pelo diagnóstico qualitativo não pôde ser avaliado quantitativamente. A análise das curvas de dissociação para a determinação dos valores de Tm dos produtos amplificados do kDNA de promastigotas de L. (V.) braziliensis e L. (L.)chagasi, corroboraram os resultados prévios de diagnóstico pelos ensaios de PRC multiplex-hibridização. Investigações diagnósticasque possibilitem a detecção, correta identificação e quantificação de carga parasitária por Leishmania spp na fauna flebotomínea em áreas com notificações de LTA e/ou LVA em humanos ou reservatórios animais, certamente contribuem para uma maior visão do quadro de veiculação das espécies de parasitos nas distintas áreas, fornecendo dados importantes para a compreensão da eco-epidemiologia dessas doenças nas respectivas áreas / In this study, t he multiplex PCR methodology was initially established with the purpose of assessing the natural infection rate in sand flies from different endemic areas of CL and VL in Brazil, which consist of various degrees of endemicity and transmission to all the fo rms of the disease. It is followed by non - radioactive hybridization, focused on the conserved area of kDNA minicircle ( Leishmania ) and the constitutive gene cacophony of sand fly ( Lutzomyia genus ). To determine the rate of natural infection, it was conside red a minimum of one (1) infected insect to each positive pool. In Saquarema, pools of Lu. intermedia (13 ♂ / 30 ♀) and Lu. migonei (0 ♂ / ♀ 3) were identified and no female groups were positive for infection with Leishmania spp. It also occurred in Além Paraíba and Rio Bonito, where there were only collected specimens of Lu. intermedia , leading to the es tablishment of pools, comprising of 11 ♂ / 30 ♀ and 8 ♂ / 27 ♀, respectively. In the district of Rio de Janeiro there were pools of Lu. intermedia (27 ♂ / 32 ♀), in which 5 / 32 (15.6%) females groups were positive (two from Pau da Fome and three from Colo nia Juliano Moreira), as well as 3 / 5 (60%) positive females pools of Lu. migonei (8 ♂ / ♀ 5) (one of them from Colonia Juliano Moreira and the other two from Pau da Fome). Hybridization tests have confirmed the infection by L. (V.) braziliensis in 8 / 37 of the positive pools, indicating a minimum rate of natural infection of approximately 2% of the evaluated sand flies. In Porto Alegre, positive results were also obtained for infection by L. (V.) braziliensis in 3 / 98 (3.1%) females groups of Lu. neivai and 2 / 52 corresponding to Lu. fischerii (3.8%), representing a minimum rate of natural infection of approximately 0.3% for the two species of sand flies. No positive results were obtained for females pools of Lu. migonei (n = 28) and Lu. lanei (n = 2) w hich were collected in the area. The results from Porto Alegre helped to confirm previous studies suggesting Lu.neivai as the district’s main vector of leishmaniasis. In Corumbá, there were obtained pools for the species Lu. cruzi (12 ♂ / 13 ♀) and Lu. for atinii (6 ♂ / 14 ♀). We identified an infection by L. infantum chagasi in 2 / 13 (15.4%) samples from females of Lu. cruzi and 1 / 14 (7.1%) females of Lu. foratinii , representing a total rate of natural infection of 1.1% (3 / 27). The obtained data in Cor umbá reassured the importance of Lu. cruzi as the district’s VL main vector species and also suggested the role of Lu. forattinii as the second disease transmitter species in this area. Aiming at the estimate study of parasite load in positive females poo ls, according to multiplex PCR - hybridization, we standardized the real - time PCR methodology, using SYBR Green detection system (for both targets individually - cacophony and kDNA), which allowed us to detect, quantify and differentiate the level of parasit es in the subgenus by means of kDNA amplified products dissociation curve. Regarding Corumbá’s samples, the positive pools showed an amount of approximately 100 worms / pool (2 Lu. cruzi and 1 Lu. foratinii ). Furthermore, two new Lu. foratinii pools were positive approximately with 10 and 1 parasite respectively. In Porto Alegre, from a total of 5 positive pools, 3 of them were identified according to multiplex PCR in approximately 100 parasites (2 Lu. neivai and 1 Lu.fischerii ) and the other 2 had an av erage of 10 parasites (1 Lu. neivai 1 and Lu. fischerii ). The samples collected in Rio de Janeiro had an average amount of 10 parasites each (4 Lu. Intermedia and 3 Lu migonei ). One of them, which was positive according to qualitative diagnosis, could not be quantitatively evaluated. The analysis of dissociation curves for determining the Tm values of kDNA amplified products of promastigotes of L. (V.) braziliensis and L. (L.) chagasi corroborated the previous results of diagnostic testing by means of PCR multiplex hybridization. Thus, it is important to highlight that diagnostic investigations will certainly contribute to a greater view of the scope of the establishment of parasite species in different areas, providing important data for the understanding of the eco - epidemiology of these diseases. This process allows the detection, proper identification and quantification of parasite burden in Leishmania spp sand fly fauna in areas reporting ACT and / or AVL in humans or animal reservoirs