Made available in DSpace on 2014-06-11T19:35:42Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2011-02-23Bitstream added on 2014-06-13T20:07:15Z : No. of bitstreams: 1 paiva_lrs_dr_botib.pdf: 838865 bytes, checksum: e8edadf07bdde39f8c49dd784531755a (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / O estudo da organização estrutural dos cromossomos é extremamente complexo e envolve a intrínseca relação entre as sequências de DNA e sua composição, proteínas histônicas e não histônicas, bem como processos extra-cromossomais. Em citogenética de peixes são utilizadas de forma sistemática técnicas clássicas (bandas C e NOR) e citomoleculares, com uso de sondas de DNAr. A análises para identificação de todos os cromossomos homólogos do complemento foi descrita para algumas espécies com a utilização da técnica de incorporação de análogos de base (BrdU) e alguns outros por bandas G. Porém, a aplicação desta metodologia não é realizada de modo rotineiro devido às dificuldades para obtenção do padrão de bandas de forma repetitiva. O padrão de bandas observado nos cromossomos é correlacionado à distribuição do conteúdo de sequências ricas em bases GC, identificados como isocores e reportado por alguns autores, de modo que quanto maior o conteúdo de bases G e C, maior a compartimentalização do genoma, enquanto o menor conteúdo destas bases seria determinante de menor grau de compartimentalização. O presente trabalho descreve a padronização de técnicas de obtenção cromossômica visando a aplicação de metodologias promotoras de bandamento cromossômico e a análise de um estudo de caso de obtenção de bandas G em Tilápia (Oreochromis niloticus) / The study of the structural organization of chromosomes is extremely complex and involves the intrinsic relationship between sequences of DNA and its composition, histone and non-histone proteins as well as extra-chromosomal processes. Classical techniques as C-banding and Ag-NOR, and molecular techniques using fluorochromes and repetitive DNA probes are frequently used in fish cytogenetics. The technique of base analogues (BrdU) incorporation and G-bands has been used in the identification of all chromosomes of the complement in some species of this group of organisms. However, such techniques are not routinely performed due to difficulties in the obtention of good and repetitive banding patterns. The banding pattern of chromosomes is correlated to the distribution of GC-rich segments (isochores) reported by some authors, and higher content of GC-rich sites characterize a large degree of compartmentalization, while a less content in GC segments is identified as bas-degree of compartmentalization of the genome. This paper describes the standardization of techniques for the obtention of chromosome preparations looking for better conditions to the employment of G-banding technique in fish chromosomes and the analysis of a case study for the obtention of G-bands in tilapia (Oreochromis niloticus) chromosomes

Orientador: Fausto Foresti / Coorientador: Marta Svartmanm / Banca: Sanae Kasahara / Banca: Luiz Antônio Carlos Bertollo / Banca: Lígia Souza Lima Silveira da Mota / Banca: Lúcia Giuliano Caetano / Resumo: O estudo da organização estrutural dos cromossomos é extremamente complexo e envolve a intrínseca relação entre as sequências de DNA e sua composição, proteínas histônicas e não histônicas, bem como processos extra-cromossomais. Em citogenética de peixes são utilizadas de forma sistemática técnicas clássicas (bandas C e NOR) e citomoleculares, com uso de sondas de DNAr. A análises para identificação de todos os cromossomos homólogos do complemento foi descrita para algumas espécies com a utilização da técnica de incorporação de análogos de base (BrdU) e alguns outros por bandas G. Porém, a aplicação desta metodologia não é realizada de modo rotineiro devido às dificuldades para obtenção do padrão de bandas de forma repetitiva. O padrão de bandas observado nos cromossomos é correlacionado à distribuição do conteúdo de sequências ricas em bases GC, identificados como isocores e reportado por alguns autores, de modo que quanto maior o conteúdo de bases G e C, maior a compartimentalização do genoma, enquanto o menor conteúdo destas bases seria determinante de menor grau de compartimentalização. O presente trabalho descreve a padronização de técnicas de obtenção cromossômica visando a aplicação de metodologias promotoras de bandamento cromossômico e a análise de um estudo de caso de obtenção de bandas G em Tilápia (Oreochromis niloticus) / Abstract: The study of the structural organization of chromosomes is extremely complex and involves the intrinsic relationship between sequences of DNA and its composition, histone and non-histone proteins as well as extra-chromosomal processes. Classical techniques as C-banding and Ag-NOR, and molecular techniques using fluorochromes and repetitive DNA probes are frequently used in fish cytogenetics. The technique of base analogues (BrdU) incorporation and G-bands has been used in the identification of all chromosomes of the complement in some species of this group of organisms. However, such techniques are not routinely performed due to difficulties in the obtention of good and repetitive banding patterns. The banding pattern of chromosomes is correlated to the distribution of GC-rich segments (isochores) reported by some authors, and higher content of GC-rich sites characterize a large degree of compartmentalization, while a less content in GC segments is identified as bas-degree of compartmentalization of the genome. This paper describes the standardization of techniques for the obtention of chromosome preparations looking for better conditions to the employment of G-banding technique in fish chromosomes and the analysis of a case study for the obtention of G-bands in tilapia (Oreochromis niloticus) chromosomes / Doutor

Orientador: Cesar Martins / Banca: Antonio Carlos Bertollo / Banca: Claudio Oliveira / Resumo: Os ciclídeos são considerados peixes secundários adaptados à água doce e distribuídos principalmente pela África, América Central e América do sul. Nesse trabalho foram realizados estudos citogenéticos em 24 espécies representantes das principais subfamílias de ciclídeos sul-americanos com o objetivo de fornecer contribuições ao entendimento das tendências que governam a evolução cromossômica no grupo. Para isto foram realizadas análises da macroestrutura cariotípica através de coloração convencionais com Giemsa, localização das regiões organizadoras de nucléolo (RONs) através de coloração com Nitrato de Prata e identificação de regiões heterocromáticas através de bandamento C. A análise da macroestrutura cariotípica revelou que, embora eventos de rearranjos cromossômicos ocorreram no grupo, os ciclídeos mantém ainda as características basais do cariótipo dos Perciformes composto por 48 cromossomos subtelo-acrocêntricos. As RONs estiveram presentes em um único par cromossômico, porém em posições variáveis, caracterizando a ocorrência de rearranjos envolvendo estes cromossomos. Embora blocos de heterocromatina tenham sido identificados principalmente no centrômero de todas as espécies analisadas, algumas espécies apresentaram grandes segmentos heterocromáticos intersticiais caracterizando eventos de ganhos de heterocromatina que levaram a diferenciação de cariótipos específicos. As análises citogenéticas realizadas mostram que, embora aparentemente conservada, a estrutura cariotípica dos ciclídeos tem sofrido inúmeros rearranjos ao longo da sua história evolutiva. / Abstract: Cichlids are considered secondary fish adapted to the freshwater and distributed mainly in Africa, Central America and South America. Cytogenetic studies in 24 representative species of the main subfamilies of South American cichlids were conducted with the objective to supply informations about the chromosome evolution in the group. The karyotype macrostructure was analized through Giemsa stainning an localization of the nucleolar organizer regions (NORs) through silver staining technique and the identification of heterochromatic regions through C-banding. The analysis of the karyotype macrostructure showed that although events of chromosome rearrangements occurred in the group, the cichlids still mantain the basic karyotype structure of Perciformes with 48 subtelocentric and acrocentric chromosomes. The NORs were observed in only one chromosome pair, however in different positions, characterizing the occurrence of rearrangements involving the NOR-bearing chromosomes. Although heterochromatic blocks have been mainly identified in centromeres of all analyzed species, some species presented large interstitial heterochromatin segments characterizing events of heterochromatin accumulation that had lead to the differentiation of specific karyotypes. Although the cytogenetic data obtained showed an apparently conserved chromosome structure, the cichlid karyotipes have suffered rearrangements throughout its evolutionary history. / Mestre

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2015-11-18T07:14:18Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 906359 bytes, checksum: 3bea75921378dea5bf73e2746d51a3a0 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-11-18T07:14:19Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 906359 bytes, checksum: 3bea75921378dea5bf73e2746d51a3a0 (MD5) Previous issue date: 2015-03-27 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / O objetivo do estudo foi reconstruir a biogeografia histórica das populações de Hoplias malabaricus nas bacias da Colômbia e no Norte da América do Sul usando citogenética e dados moleculares, para propor uma avaliação de estas populações na região Neotropical. Foram coletadas sessenta e nove amostras. Usando técnicas citogenética tradicionais e protocolos de hibridização in situ (FISH). Foram realizados inferência bayesiana e analise de máxima parcimônia usando genes mitocôndrias ATP synthase 6 (ATPase-6), cytochrome c oxidase subunit 1 e o gene nuclear recombination activating gene 2 (RAG2). As populações de Hoplias malabaricus do Alto e Médio Magdalena mostram o cariomorfo 2n=42A, e as populações do Baixo Magdalena apresenta o cariomorfo 2n=40C. Os dados moleculares mostram dois haplogrupos: O Haplogrupo I está composto pelo Alto, Médio Magdalena + Dagua (Drenagem do Pacífico) e o Haplogrupo II formado pelo baixo Magdalena + Bacias do Caribe (San Jorge, Ranchería, Atrato e Sinú) + Orinoco. A biogeografia histórica de H. malabaricus na Colômbia mostra grandes diferencias ecológicas entre o Alto Magdalena+Medio Magdalena + Dagua y Atrato + Baixo Magdalena + Orinoco + Sinú + Ranchería. / The aim of this study was to reconstruct the historical biogeography of Hoplias malabaricus populations in the river basins of Colombia and Northern South America using cytogenetic and molecular data, to provide an assessment of those populations in the Neotropical Region. Sixty-nine samples were collected. Cytogenetic techniques included standard and fluorescent in situ hybridization (FISH) protocols. Bayesian inference and maximum parsimony analyses were performed using mitochondrial genes ATP synthase 6 (ATPase-6), cytochrome c oxidase subunit 1 and the recombination activating gene 2 (RAG2) nuclear gene sequences. Hoplias malabaricus populations from the Upper and Middle Magdalena River showed the 2n=42A karyotype, whereas the population from the Lower Magdalena River had the 2n=40C karyotype. Molecular data showed two haplogroups: Haplogroup I composed of Upper, Middle Magdalena + Dagua (Pacific Coast drainage) and Haplogroup II formed by Lower Magdalena + Caribbean river basins (San Jorge, Ranchería, Atrato, and Sinú) + Orinoco. The biogeographical history of H. malabaricus in Colombia reflects deep ecological differences between the Upper +Middle Magdalena + Dagua River in the Pacific, and the Atrato River + Lower Magdalena + Orinoco + Sinú + Ranchería.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:22:55Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2007-03-30Bitstream added on 2014-06-13T19:28:26Z : No. of bitstreams: 1 ribeiro_hb_me_botib.pdf: 818945 bytes, checksum: 0dcdc893d82479fdd59b8e9e10c78d34 (MD5) / Universidade Estadual Paulista (UNESP) / Os ciclídeos são considerados peixes secundários adaptados à água doce e distribuídos principalmente pela África, América Central e América do sul. Nesse trabalho foram realizados estudos citogenéticos em 24 espécies representantes das principais subfamílias de ciclídeos sul-americanos com o objetivo de fornecer contribuições ao entendimento das tendências que governam a evolução cromossômica no grupo. Para isto foram realizadas análises da macroestrutura cariotípica através de coloração convencionais com Giemsa, localização das regiões organizadoras de nucléolo (RONs) através de coloração com Nitrato de Prata e identificação de regiões heterocromáticas através de bandamento C. A análise da macroestrutura cariotípica revelou que, embora eventos de rearranjos cromossômicos ocorreram no grupo, os ciclídeos mantém ainda as características basais do cariótipo dos Perciformes composto por 48 cromossomos subtelo-acrocêntricos. As RONs estiveram presentes em um único par cromossômico, porém em posições variáveis, caracterizando a ocorrência de rearranjos envolvendo estes cromossomos. Embora blocos de heterocromatina tenham sido identificados principalmente no centrômero de todas as espécies analisadas, algumas espécies apresentaram grandes segmentos heterocromáticos intersticiais caracterizando eventos de ganhos de heterocromatina que levaram a diferenciação de cariótipos específicos. As análises citogenéticas realizadas mostram que, embora aparentemente conservada, a estrutura cariotípica dos ciclídeos tem sofrido inúmeros rearranjos ao longo da sua história evolutiva. / Cichlids are considered secondary fish adapted to the freshwater and distributed mainly in Africa, Central America and South America. Cytogenetic studies in 24 representative species of the main subfamilies of South American cichlids were conducted with the objective to supply informations about the chromosome evolution in the group. The karyotype macrostructure was analized through Giemsa stainning an localization of the nucleolar organizer regions (NORs) through silver staining technique and the identification of heterochromatic regions through C-banding. The analysis of the karyotype macrostructure showed that although events of chromosome rearrangements occurred in the group, the cichlids still mantain the basic karyotype structure of Perciformes with 48 subtelocentric and acrocentric chromosomes. The NORs were observed in only one chromosome pair, however in different positions, characterizing the occurrence of rearrangements involving the NOR-bearing chromosomes. Although heterochromatic blocks have been mainly identified in centromeres of all analyzed species, some species presented large interstitial heterochromatin segments characterizing events of heterochromatin accumulation that had lead to the differentiation of specific karyotypes. Although the cytogenetic data obtained showed an apparently conserved chromosome structure, the cichlid karyotipes have suffered rearrangements throughout its evolutionary history.

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:42:34Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1695521 bytes, checksum: 9a0915b224b9fc02033cedd8cfc42515 (MD5) Previous issue date: 2014-07-30 / Fundação de Amparo a Pesquisa do Estado de Minas Gerais / The species of the genus Astyanax are widely distributed in the Neotropical region and have few morphological, ecological and behavioral differences, which complicates the taxonomic classification of this taxon. The nominal species Astyanax bimaculatus was described by Linnaeus in 1758 and currently species with two oval spots that occur in several Neotropical basins are considered as belonging to bimaculatus complex. The objective of this study was to determine the cytogenetic and molecular characteristics (mitochondrial DNA) of 19 populations currently assigned to Astyanax bimaculatus from complex coastal basins of southeastern Minas Gerais using conventional staining, nucleolar organizer regions Ag-NORs, C-band, DAPI, FISH and the gene cytochrome oxidase I - COI. Data were compared with other species of the complex. The karyotype 6m +20 sm +18 st +6 t occurred in all populations, with Ag-NORs ranging from two to eight stained chromosomes. The C-banding showed centromeric and pericentromeric markings, evidenced by the fluorochrome DAPI. Fluorescent 18S and 5S rDNA probes marked one chromosome pair respectively. The phylogeny obtained with the COI gene indicated the presence of two haplogroups with large molecular distance between them: haplogroup I was more closely related to the populations of the São Francisco River Basin, while haplogroup II was subdivided into a group which was more related to populations from the upper Paraná (IIA) and another group formed exclusively by coastal haplotypes (IIB). The karyotype uniformity of coastal populations is greater than the recognized Astyanax altiparanae, suggesting the persistence of large populations. Polymorphisms involving C-band patterns indicate that the addition and reduction of heterochromatin blocks are compatible with intraspecific variation. The molecular data suggest that coastal basins received migrants from continental basins, with more recent geodispersion of a coastal haplogroup, probably related to the dynamic confluence of coastal basins during glacial periods. The genetic similarity between São Francisco River Basin and coastal basins indicates that the nominal species Astyanax lacustris does not represent a valid taxon. While the Upper Paraná Basin maintained a molecular identity consistent with the existence of the nominal taxon Astyanax altiparanae that, agreeing with the cytogenetic data, also occurs in the Paraíba do Sul River Basin. It is concluded that the bimaculatus complex in southeastern Brazil is composed by three lineages, including only two species Astyanax aff. bimaculatus present in São Francisco and coastal basins and A. altiparanae present in the Upper Paraná. / As espécies do gênero Astyanax apresentam ampla distribuição na região neotropical e apresentam poucas diferenças morfológicas, ecológicas e comportamentais, o que dificulta a classificação taxonômica desse táxon. A espécie nominal Astyanax bimaculatus foi descrita em 1758 por Linnaeus e, atualmente, espécies com duas manchas ovaladas que ocorrem em diversas bacias neotropicais são consideradas como pertencentes ao complexo bimaculatus. O objetivo deste trabalho foi determinar as características citogenéticas e moleculares (DNA mitocondrial) de 19 populações consideradas como pertencentes ao complexo Astyanax bimaculatus das bacias costeiras do sudeste de Minas Gerais utilizando coloração convencional, regiões organizadoras de nucléolos Ag-NOrs, banda C, DAPI, FISH e o gene citocromo oxidase I - COI. Os dados foram comparados com outras espécies do complexo. O cariótipo 6m+20sm+18st+6t ocorreu em todas as populações, com Ag-NORs variando de dois a oito cromossomos marcados. A banda C mostrou marcações centroméricas e pericentroméricas, evidenciadas pelo fluorocromo DAPI. As sondas 18S e 5S marcaram apenas um par cromossômico respectivamente. A filogenia obtida com o gene COI indicou a presença de dois haplogrupos com grande distância molecular: o haplogrupo I mais aparentado com populações da bacia do rio São Francisco, enquanto o haplogrupo II subdividiu-se em um grupo mais aparentado com populações do alto Paraná (IIA) e outro grupo formado exclusivamente por haplótipos costeiros (IIB). A uniformidade cariotípica das populações costeiras é maior que a reconhecida em Astyanax altiparanae, sugerindo a persistência de grandes populações. Polimorfismos envolvendo padrões de banda C indicam que a adição e redução de blocos de heterocromatina são consideradas variações intraespecíficas. Os dados moleculares sugerem que as bacias costeiras receberam aporte de bacias continentais, com geodispersão mais recente de um haplogrupo costeiro, provavelmente relacionado com a dinâmica de confluência de bacias costeiras durante os períodos glaciais. A similaridade genética entre a bacia do rio São Francisco e as bacias costeiras indica que a espécie nominal Astyanax lacustris não representa um táxon válido. Enquanto a bacia do alto Paraná manteve uma identidade molecular condizente com a existência do táxon nominal Astyanax altiparanae que, condizente com os dados citogenéticos, também ocorre na bacia do rio Paraíba do Sul. Conclui-se que o complexo bimaculatus no sudeste brasileiro é composto de três linhagens, englobando apenas duas espécies: Astyanax aff. bimaculatus presente no São Francisco e nas bacias costeiras e A. altiparanae presente no alto Paraná.